Fragmentimi tejzanor i ADN -së për sekuencimin e gjeneratës tjetër

Sekuencimi i Gjeneratës së Tjetër (NGS) kërkon prerje dhe fragmentim të besueshëm të ADN -së gjenomike në mënyrë që të rendisë fillesat gjenomike të ADN -së dhe të krijojë biblioteka gjenome. Fragmentimi i kontrolluar i ADN -së në fragmente të ADN -së është një hap thelbësor i përgatitjes së mostrës që kërkohet para sekuencimit të ADN -së. Ultratingulli është vërtetuar si teknikë efikase dhe e besueshme për fragmentimin e ADN -së me gjatësi të caktuar. Protokollet e fragmentimit tejzanor të ADN -së arrijnë rezultate të fragmentimit të riprodhueshëm. Ultratinguj Hielscher janë të aftë të prodhojnë një gamë të gjerë të shpërndarjeve të madhësisë së fragmenteve të ADN -së gjenomike, të kontrollueshme saktësisht përmes parametrave të funksionimit. Meqenëse sistemet e qethjes së ADN -së Hielscher tejzanor janë në dispozicion për shishka të vetme dhe të shumëfishta, si dhe për mikroplaca, përgatitja e mostrës bëhet shumë efikase.

Kërkesë informacioni





Ultrasonic DNA fragmentation is frequently used as sample preparation step in Next Generation Sequencing (NGS)

Analizat elektroforetike të ADN gjenomike të E. coli EDL933 nënshtruar ultrasonication 0-15 min. L tregon shkallën e ADN-së. (Basselet et al., 2008)

Avantazhet e Fragmentimit tejzanor të ADN -së

  • rezultate të përsëritshme / të riprodhueshme
  • saktësisht i rregullueshëm për të marrë një gjatësi të caktuar fragmenti
  • përpunim të shpejtë
  • rezultate të qëndrueshme të fragmentimit të ADN -së
  • pajisje për çdo vëllim mostre (p.sh. shishka të shumta ose mikroplaca)
  • xhiros së lartë
  • kontroll i saktë i temperaturës
  • operacion i thjeshtë, miqësor për përdoruesit

Renditja e Gjeneratës tjetër: Fragmentimi tejzanor i ADN-së për Përgatitjen e Bibliotekës

Për të kryer një sekuencë të gjeneratës tjetër, duhet të kryhen tre hapat bazë të (1) përgatitjes së bibliotekës, (2) sekuencimit dhe (3) analizës së të dhënave. Gjatë përgatitjes së bibliotekës, ADN-ja copëzohet, pastaj skajet e fragmentit riparohen (lëmohen) duke shtuar një bazë të vetme adenine dhe fragmentet e synuara shndërrohen në ADN me dy fije. Së fundi, të ashtuquajturit përshtatës janë bashkangjitur me ligation, PCR ose etiketim, në mënyrë që produkti përfundimtar i ADN-së së bibliotekës të mund të përcaktohet për përcaktimin e sekuencave.
Fragmentimi i ADN -së duke përdorur Sonication: Sidomos kur lexohen teknologji të sekuencave të shkurtra si Illumina, të cilat nuk mund të lexojnë fragmente më të gjata të ADN-së, bazat e ADN-së duhet të fragmentohen në një madhësi të caktuar, e cila mund të arrihet me besueshmëri me ultratinguj.
Ultratingulli mund të përdoret me besueshmëri për ADN -në, ARN -në dhe fragmentimin e kromatinës.

Si funksionon copëzimi i ADN -së tejzanor?

Sonication, i njohur gjithashtu si përpunimi i mostrës akustike, është një metodë e përdorur gjerësisht për fragmentimin e ADN -së. Për qethjen tejzanor të ADN -së, mostrat ekspozohen ndaj valëve tejzanor në gjendje të kontrolluar. Parimi i funksionimit të fragmentimit të ADN -së tejzanor bazohet në dridhjet dhe kavitacionin e gjeneruar nga valët e ultrazërit. Forcat e qethjes që rezultojnë nga kavitacioni tejzanor (akustik) thyejnë molekulat e ADN -së me peshë të lartë molekulare. Vendosja e zërit si intensiteti (amplituda, kohëzgjatja), mënyra e pulsimit dhe temperatura lejojnë fragmentimin e saktë të ADN -së në një gjatësi të caktuar të dëshiruar të fragmenteve të ADN -së. Ndërsa ADN -ja shpesh zvogëlohet në 100 deri në 600 bp duke përdorur ultratinguj, fragmente më të gjata të ADN -së deri në 1300 bp mund të merren kur aplikohen kushte më të buta tejzanor.

Ultrasonic homogenizers are reliable for DNA shearing

Qethja tejzanor e ADN -së gjatë ChIP – Implantacioni i kromatit
Përshtatur nga Jkwchui sipas CC-BY-SA.03

Kontrolli i temperaturës për të parandaluar degradimin e ADN -së

Forma molekulare e dyfishtë e ADN-së është shumë e ndjeshme ndaj temperaturave të ngritura, kështu që kontrolli i saktë mbi temperaturën gjatë hapave të përgatitjes së mostrës është një faktor vendimtar për rezultate të besueshme të analizës.
Nëse jeni duke përdorur ultratinguj të sondës së Hielscher, VialTweeter ose UIP400MTP – monitorimi dhe kontrolli i vazhdueshëm i temperaturës sigurohet për shkak të një sensori të mbylljes së temperaturës dhe softuerit të pajisjes inteligjente. Për të ruajtur temperaturën brenda një diapazoni të caktuar, mund të vendosni një kufi të sipërm dhe të poshtëm të temperaturës. Si pasojë, ultratingulli do të ndalojë sapo të tejkalohet ky kufi i temperaturës dhe automatikisht do të vazhdojë të zërit kur temperatura të ulet me një setT të caktuar.
Softueri i sofistikuar i ultrazërit Hielscher siguron mirëmbajtjen e besueshme të kushteve ideale të trajtimit të mostrës.

Mostër në masë Fragmentimi i ADN-së me Ultrasonicator UIP400MTP Multi-Well Plate

Ultrasonic Multi-Sample Preparation Unit UIP400MTP for multi-well plate sonicationNumrat e mostrave në shkencën e jetës janë rritur ndjeshëm brenda dekadës së fundit. Kjo do të thotë që një numër shumë i madh i mostrave (p.sh., 384, 1536, ose 3456 puse për mikroplakë) duhet të përpunohen gjatë përgatitjes së mostrës dhe analizës nën kushte të barabarta në mënyrë të vazhdueshme, në mënyrë që të merren rezultate të krahasueshme dhe të vlefshme. Me UIP400MTP, Hielscher Ultrasonics po ndjek trendin e përpunimit të mostrës masive. UIP400MTP është një ultratinguj për përgatitjen e mostrës duke përdorur mikroplaca. UIP400MTP mund të përpunojë pllaka me 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536, ose 3456 puse. Në varësi të llojit të mikropllakës, secili pus zakonisht mund të mbajë vëllime të mostrës midis dhjetëra nanolitrave deri në disa mililitra. Përdorur gjerësisht në kërkimet shkencore të jetës, UIP400MTP përdoret shumë shpesh për përgatitjen e mostrës para analizave të tilla si ELISA (analiza imunosorbente e lidhur me enzimat) ose PCR, para analizave të proteinave, si dhe për përgatitjen e kromatinës para CHiP dhe CHiP-seq, modifikimi i histonit identifikimi, dhe trajtime të tjera analitike (p.sh., elektroforezë xhel, spektrometri masive).

VialTweeter për Përgatitjen e Mostrës deri në 10 Shishe

Përcaktimi i plotë i VialTweeter: ViolTweeter sonotrode në procesorin UP200StVialTweeter është një ultratinguj laborator i përdorur gjerësisht VialTweeter që lejon zërit efektiv dhe të rehatshëm deri në 10 shishe njëkohësisht. Meqenëse shishkat dhe tubat e provës (p.sh., shishkat Eppendorf, shishkat krio, tubat e centrifugës) janë të zërit në mënyrë indirekte, çdo ndotje e tërthortë shmanget. Meqenëse i njëjti intensitet me ultratinguj i jepet çdo mostre, të gjitha rezultatet e zërit janë homogjenë dhe të riprodhueshëm. VialTweeter ofron të gjitha tiparet e zgjuara si pajisjet tona të tjera dixhitale (p.sh. menyja e zgjuar, cilësimet e programueshme, kontrolli i temperaturës, telekomandë etj.) Në mënyrë që të sigurohet komoditeti më i lartë i përdoruesit.

Sonda me shumë gishta për pllaka Microwell

4 probe heads or 4 sonotrodes for simultaneous sonication of 4 samples at the same intensity with the Hielscher 200 watts ultrasonicator models UP200ST and UP200HTNë dispozicion për homogjenizuesit e sondës tejzanor UP200Ht dhe UP200St, sondat me shumë gishta me 4 ose 8 gishta janë një mundësi e rehatshme për të sonifikuar mostrën e shumëfishtë në të njëjtën kohë në të njëjtat kushte. Për shembull, sonotrode MTP-24-8-96 është një sondë me tetë gishta, e cila është ideale për integrimin në sisteme të automatizuara ose përgatitjen efikase të mostrës manuale të puseve të pllakave me shumë puse. Sonotroda me shumë gishta është ideale për të automatizuar për laboratorët, ku përpunohen kryesisht gota dhe epruveta duke përdorur një sonotrode standarde tejzanor. Sondat me shumë gishta dhe standarde mund të ndërrohen me shpejtësi brenda pak minutash duke e shndërruar ultratingullin me një sondë në një ndërprerës tejzanor me shumë sonda.

Kërkesë informacioni





Ultrasonicators Hielscher për Fragmentimin e ADN -së

Hielscher Ultrasonics ofron platforma të ndryshme të bazuara në ultratinguj për ADN, ARN dhe fragmentimin e kromatinës. Këto platforma të ndryshme përfshijnë sonda tejzanor (sonotrode), zgjidhje indirekte të zërit për përgatitjen e mostrës së njëkohshme të tubave të shumtë ose pllakave me shumë puse (p.sh., pllaka me 96 puse, pllaka mikrotiter), sonoreaktorë dhe kufikë tejzanor. Të gjitha platformat për prerjen e ADN-së mundësohen nga procesorë tejzanor të rregulluar me frekuencë, me performancë të lartë, të cilët janë saktësisht të kontrollueshëm dhe japin rezultate të riprodhueshme.

Përpunuesit tejzanor për çdo numër dhe madhësi mostre

Me ultrasonatorët e Hielscher-it me shumë mostra VialTweeter (për deri në 10 tuba provë) dhe UIP400MTP (për pllaka me mikrovalë/ pllaka shumëplanëshe) bëhet lehtësisht e mundur të zvogëlohet koha e përpunimit të mostrës për shkak të ultrazërit intensiv dhe saktësisht të kontrollueshëm, ndërkohë që merret shpërndarja dhe rendimenti i madhësisë së fragmentit të ADN-së së dëshiruar. Me Fragmentimi tejzanor i ADN -së e bën përgatitjen e mostrës efikase, të besueshme dhe të shkallëzueshme. Protokollet mund të shkallëzohen në mënyrë lineare nga një në mostra të shumta duke aplikuar ultratinguj të kontrolluar vazhdimisht.
Ultrasonifikuesit e sondave me një deri në pesë gishta janë ideale për përgatitjen e numrave më të vegjël të mostrës. Ultratinguj laboratorikë të Hielscher janë në dispozicion në madhësi të ndryshme, në mënyrë që të mund t'ju rekomandojmë pajisjen ideale për aplikimin dhe kërkesat tuaja.

kontrolli i saktë i procesit

Hielscher ultrasonicators can be remotely controlled via browser control. Sonication parameters can be monitored and adjusted precisely to the process requirements.Cilësimet saktësisht të kontrollueshme të zërit janë vendimtare pasi sonifikimi shterues mund të shkatërrojë ADN -në, ARN -në dhe kromatinën, por qethja e papërshtatshme tejzanor rezulton në ADN shumë të gjatë dhe fragmente të kromatinës. Ultratinguj dixhitalë të Hielscher mund të vendosen lehtësisht në parametrin e saktë të zërit. Cilësimet specifike të zërit mund të ruhen gjithashtu si cilësime të programuara për përsëritje të shpejtë të së njëjtës procedurë.
Të gjitha zërit protokollohen automatikisht dhe ruhen si skedar CSV në një kartë SD të integruar. Kjo lejon dokumentimin e saktë të provave të kryera dhe bën të mundur rishikimin e funksionimit të zërit lehtësisht.
Përmes telekomandës së shfletuesit, të gjithë ultrasonatorët dixhital mund të operohen dhe monitorohen përmes çdo shfletuesi standard. Instalimi i softuerit shtesë nuk kërkohet, pasi një lidhje LAN lejon një konfigurim shumë të thjeshtë të plug-n-play.

Miqësia më e lartë për përdoruesit në përgatitjen e mostrës tejzanor

Të gjithë tejzanorët Hielscher janë krijuar për të dhënë ultratinguj me performancë të lartë, ndërsa në të njëjtën kohë gjithmonë janë shumë miqësorë për përdoruesit dhe të lehtë për t’u përdorur. Të gjitha cilësimet janë të strukturuara mirë në një meny të qartë, e cila mund të arrihet lehtësisht përmes ekranit me prekje me ngjyra ose telekomandës së shfletuesit. Softueri i zgjuar me cilësime të programueshme dhe regjistrim automatik të të dhënave siguron cilësime optimale të zërit për rezultate të besueshme dhe të riprodhueshme. Ndërfaqja e menusë e pastër dhe e lehtë për t’u përdorur i kthen Hielscher tejzanorët në pajisje miqësore dhe efikase.
Tabela më poshtë ju jep një tregues të kapacitetit të përafërt të përpunimit të ultratingujve tanë të laboratorit, të cilët janë ideale për detyrat e përgatitjes së mostrës si fragmentimi i ADN -së dhe ARN -së, lizës së qelizave si dhe nxjerrjes së proteinave:

pajisje Fuqia [W] lloj Sasia [ml]
UIP400MTP 400 për mikroplaca 6 – 3456 puse
VialTweeter 200 për deri në 10 shishe plus mundësi fiksimi 0.5 – 1.5
UP50H 50 Probe-type 00,01 – 250
UP100H 100 Probe-type 00,01 – 500
UP200Ht 200 Probe-type 0.1 – 1000
UP200St 200 Probe-type 0.1 – 1000
UP400St 400 Probe-type 5.0 – 2000
Cuphorn 200 CupHorn, sonoreaktor 10 – 200
GDmini2 200 qelizë rrjedhin ndotje-free

Na kontaktoni! / Pyet Na!

Pyesni për më shumë informacion

Ju lutemi përdorni formularin më poshtë për të kërkuar informacione shtesë në lidhje me procesorët tejzanor, aplikacionet dhe çmimin. Ne do të jemi të lumtur të diskutojmë procesin tuaj me ju dhe t'ju ofrojmë një sistem tejzanor që plotëson kërkesat tuaja!









Ju lutem vini re tonë Politika e privatësisë.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

Njësia e përgatitjes me shumë mostra tejzanor VialTweeter lejon sonifikimin e njëkohshëm deri në 10 shishka. Me pajisjen e fiksimit VialPress, deri në 4 tuba shtesë mund të shtypen në pjesën e përparme për sonifikim intensiv.


Sonotrode MTP-24-8-96 ka tetë sonda ultrasonike për sonifikimin e puseve të pllakave të mikrotiterit.

Sonotrode MTP-24-8-96 ka tetë sonda ultrasonike për sonifikimin e puseve të pllakave të mikrotiterit.



Literatura / Referencat

Fakte të vlefshme

Çfarë është sekuenca e gjeneratës tjetër?

Sekuenca e gjeneratës së ardhshme, gjithashtu sekuencimi i gjeneratës së ardhshme (NGS), sekuencimi me qarkullim të lartë ose sekuencimi i gjeneratës së dytë, i referohet qasjes së sekuencimit paralel masiv, ku sasi shumë të mëdha (masive) të ADN-së të miliona fragmenteve sekuencohen njëkohësisht paralelisht për vrapim.
Për të kryer një sekuencë të gjeneratës tjetër, duhet të kryhen tre hapat bazë të (1) përgatitjes së bibliotekës, (2) sekuencimit dhe (3) analizës së të dhënave. Gjatë përgatitjes së bibliotekës, fillesat e ADN -së duhet të copëzohen në fragmente të ADN -së me gjatësi të caktuar. Sonication është një nga teknikat e preferuara për fragmentimin e ADN -së.
Gjatë procesit të sekuencimit të ADN -së, rendi i nukleotideve në ADN – i njohur si sekuenca e acidit nukleik - përcaktohet. Sekuenca e acidit nukleik përbëhet nga katër baza nukleotide - adenina, citosina, guanina, timina – i cili kodon për informacion.
Sekuencimi i gjeneratës së ardhshme po nxit kërkimin në shkencën e jetës dhe mjekësinë e personalizuar pasi sekuencimi i ADN-së dhe ARN-së përdoren shumë në kërkimet gjenomike, hulumtimet e kancerit, kërkimet e sëmundjeve të rralla dhe komplekse, hulumtimet mikrobike, agrigenomikën dhe shumë fusha të tjera kërkimore.

Sekuenca e gjeneratës së ardhshme kundër renditjes së sangerit

Ndërsa me Sekuencimin e Gjeneratës Tjetër (NGS) është e mundur të sekuencohen numra masivë të mostrave gjenomike, Sekuencimi Sanger (i njohur gjithashtu si metoda e përfundimit të zinxhirit ose Sekuencimi i Gjeneratës së Parë) ka vetëm aftësinë për të renditur numrat e vegjël të mostrës. Sekuenca e Sanger sekuencon vetëm një fragment të vetëm të ADN -së në të njëjtën kohë dhe mund të realizohet në një ditë të vetme. Për shkak të saktësisë së tij, sekuenca e Sanger konsiderohet gjithashtu teknologji e standardit të arit, e cila përdoret për të verifikuar rezultatet e marra nga sekuencimi i gjeneratës së ardhshme.
Sekuenca e Sanger arrin gjatësi leximi afërsisht 800bp (zakonisht 500-600bp me ADN jo të pasuruar). Gjatësia më e gjatë e leximit në renditjen e Sanger shfaq përparësi të konsiderueshme ndaj metodave të tjera të sekuencimit, veçanërisht në aspektin e sekuencimit të rajoneve të përsëritura të gjenomit. Një sfidë e të dhënave të sekuencave të lexuara shkurt është veçanërisht një çështje në sekuencimin e gjenomeve të reja (de novo) dhe në sekuencimin e segmenteve të gjenomit shumë të riorganizuar, zakonisht ato që shihen nga gjenomet e kancerit ose në rajonet e kromozomeve që shfaqin ndryshime strukturore. [kp. Morozova dhe Marra, 2008]


High performance ultrasonics! Hielscher's product range covers the full spectrum from the compact lab ultrasonicator over bench-top units to full-industrial ultrasonic systems.

Hielscher Ultrasonics prodhon homogjenizues tejzanor me performancë të lartë nga laboratormadhësia industriale.