Fragmentimi i ADN-së me ultratinguj për sekuencimin e gjeneratës së ardhshme
Sekuencimi i gjeneratës së ardhshme (NGS) kërkon prerjen dhe fragmentimin e besueshëm të ADN-së gjenomike për të sekuencuar vargjet e ADN-së gjenomike dhe për të krijuar biblioteka gjenomike. Fragmentimi i kontrolluar i ADN-së në fragmente ADN-je është një hap thelbësor i përgatitjes së mostrave, i cili kërkohet përpara se ADN-ja të sekuencohet. Trajtimi me ultratinguj është provuar si një teknikë efikase dhe e besueshme për fragmentimin e ADN-së në fragmente me gjatësi të caktuar. Protokollet e fragmentimit të ADN-së me ultratinguj japin rezultate të riprodhueshme të fragmentimit. Pajisjet me ultratinguj Hielscher janë në gjendje të prodhojnë një gamë të gjerë shpërndarjesh të madhësisë së fragmenteve të ADN-së gjenomike, të kontrollueshme me saktësi nëpërmjet parametrave të funksionimit. Meqenëse sistemet Hielscher për prerjen e ADN-së me ultratinguj janë të disponueshme për një ose disa flakonë, si dhe për mikropllaka, përgatitja e mostrave bëhet shumë efikase.
Pajisja me ultratinguj UIP400MTP për pllaka për përgatitjen e një numri të madh mostrash trajton në mënyrë të njëtrajtshme me ultratinguj mostrat në pllaka me shumë puse, pllaka mikrotitruese dhe pllaka me 96 puse
- rezultate të përsëritshme / të riprodhueshme
- rregullim i saktë për të përftuar fragmente me gjatësi të caktuar
- përpunim i shpejtë
- rezultate të qëndrueshme të fragmentimit të ADN-së
- pajisje për çdo vëllim mostre (p.sh., disa flakonë ose mikropllaka)
- kapacitet i lartë përpunimi të mostrave
- kontroll i saktë i temperaturës
- përdorim i thjeshtë dhe i lehtë për përdoruesin
Sekuencimi i gjeneratës së ardhshme: fragmentimi i ADN-së me ultratinguj për përgatitjen e bibliotekave
Për të kryer sekuencimin e gjeneratës së ardhshme, duhen realizuar tre hapat bazë: (1) përgatitja e bibliotekës, (2) sekuencimi dhe (3) analiza e të dhënave. Gjatë përgatitjes së bibliotekës, ADN-ja fragmentohet, më pas skajet e fragmenteve riparohen (lëmohen) duke shtuar një bazë të vetme adenine dhe fragmentet e synuara shndërrohen në ADN dyvargore. Në fund, të ashtuquajturit adaptorë bashkohen nëpërmjet ligimit, PCR-së ose tagmentimit, në mënyrë që produkti përfundimtar i ADN-së së bibliotekës të mund të përcaktohet nga ana sasiore për sekuencim.
Fragmentimi i ADN-së nëpërmjet trajtimit me ultratinguj: Veçanërisht kur përdoren teknologji sekuencimi me lexime të shkurtra, si Illumina, të cilat nuk mund t’i lexojnë lehtësisht fragmentet më të gjata të ADN-së, vargjet e ADN-së duhet të fragmentohen deri në një madhësi të caktuar, gjë që mund të arrihet me besueshmëri nëpërmjet trajtimit me ultratinguj.
Trajtimi me ultratinguj mund të përdoret me besueshmëri për fragmentimin e ADN-së, ARN-së dhe kromatinës.
Sekuencimi i gjeneratës së ardhshme – Përgatitja e bibliotekës
Fragmentimi i ADN-së me ultratinguj përdoret zakonisht në përgatitjen e bibliotekave të sekuencimit të ADN-së për platformat e sekuencimit të gjeneratës së ardhshme (NGS). Kjo teknikë përdoret për të copëtuar molekulat e ADN-së në fragmente më të vogla brenda një intervali të dëshiruar madhësish, gjë që lehtëson hapat pasues të përgatitjes së bibliotekës. Fragmentimi i ADN-së me ultratinguj zakonisht kërkohet gjatë hapit të përgatitjes së bibliotekës në rrjedhat e punës së NGS-së për ta fragmentuar ADN-në gjenomike në pjesë më të vogla, të përshtatshme për përpunimin dhe sekuencimin e mëtejshëm. Ai luan një rol vendimtar në sigurimin e suksesit të eksperimentit të sekuencimit duke gjeneruar fragmente ADN-je brenda intervalit të përshtatshëm të madhësive për platformën specifike të sekuencimit që përdoret.
Analiza elektroforetike të ADN-së gjenomike të E. coli EDL933, të trajtuar me ultratinguj për 0 – 15 min. L tregon shkallën e fragmenteve të ADN-së. (Basselet et al. 2008)
Sekuencimi i gjeneratës së ardhshme – Hapat e procesit:
- Fragmentimi i ADN-së me ultratinguj: Përpara ndërtimit të bibliotekës, ADN-ja gjenomike fragmentohet në pjesë më të vogla, më të lehta për t’u përpunuar. Fragmentimi me ultratinguj përfshin përdorimin e valëve zanore me frekuencë të lartë për t’i prerë molekulat e ADN-së në fragmente brenda intervalit të dëshiruar të madhësive. Ky hap është vendimtar, sepse ndihmon për të siguruar që leximet e sekuencimit të gjeneruara më vonë të kenë gjatësinë e përshtatshme për platformën e sekuencimit që përdoret. Intervali i madhësive të fragmenteve mund të rregullohet sipas kërkesave specifike të eksperimentit të sekuencimit.
- Amplifikimi klonal me PCR: Pas fragmentimit me ultratinguj, fragmentet e ADN-së i nënshtrohen riparimit të skajeve, ligimit të adaptorëve dhe amplifikimit me PCR për të krijuar bibliotekat përfundimtare për sekuencimin e ADN-së. Këta hapa i përgatisin molekulat e fragmentuara të ADN-së për procesin e sekuencimit duke shtuar sekuenca adaptorësh të nevojshme për lidhjen me platformën e sekuencimit dhe duke siguruar vende lidhjeje për primerët për amplifikimin me PCR.
- Sekuencimi i ADN-së përmes sintezës: Pasi të jenë përgatitur bibliotekat e sekuencimit, fillon procesi i sekuencimit të ADN-së përmes sintezës (SBS). Gjatë SBS-së, sekuenca e ADN-së përcaktohet përmes shtimit të njëpasnjëshëm të nukleotideve në vargun komplementar. Ky hap përfshin reaksione ciklike të inkorporimit të nukleotideve, marrjes së imazheve dhe çarjes, duke mundësuar përcaktimin e sekuencës së ADN-së në bazë të sinjaleve fluoreshente të emetuara nga nukleotidet e inkorporuara.
- Sekuencimi masiv paralel: Në hapin përfundimtar, shabllonet e amplifikuara të ADN-së, të ndara hapësinorisht, sekuencohen njëkohësisht në mënyrë masive paralele. Kjo qasje sekuencimi me kapacitet të lartë përpunimi mundëson gjenerimin e miliona deri në miliarda leximeve të sekuencimit gjatë një cikli të vetëm sekuencimi, duke lejuar përcaktimin efikas dhe të shpejtë të sekuencave të ADN-së.
Si funksionon fragmentimi i ADN-së me ultratinguj?
Sonikimi, i njohur edhe si përpunimi akustik i mostrave, është një metodë gjerësisht e përdorur për fragmentimin e ADN-së. Për prerjen e ADN-së me ultratinguj, mostrat ekspozohen ndaj valëve ultrasonike në kushte të kontrolluara. Parimi i funksionimit të fragmentimit të ADN-së me ultratinguj bazohet në dridhjet dhe kavitacionin e krijuar nga valët ultrasonike. Forcat prerëse që rezultojnë nga kavitacioni ultrasonik (akustik) i thyejnë molekulat e ADN-së me peshë të lartë molekulare. Cilësimet e sonikimit, si intensiteti (amplituda, kohëzgjatja), mënyra e pulsimit dhe temperatura, mundësojnë fragmentimin e saktë të ADN-së në fragmente me një gjatësi të caktuar të dëshiruar. Ndërsa ADN-ja shpesh shkurtohet në 100 deri në 600 bp duke përdorur trajtimin me ultratinguj, fragmente më të gjata të ADN-së, deri në 1300 bp, mund të përftohen kur zbatohen kushte më të buta të trajtimit me ultratinguj.
Prerja e ADN-së me ultratinguj gjatë ChIP – imunoprecipitimit të kromatinës
Përshtatur nga Jkwchui sipas licencës CC-BY-SA.03
Kontrolli i temperaturës për të parandaluar degradimin e ADN-së
Forma molekulare dyvargore e ADN-së është shumë e ndjeshme ndaj temperaturave të larta, prandaj kontrolli i saktë i temperaturës gjatë hapave të përgatitjes së mostrave është një faktor vendimtar për rezultate të besueshme të analizës.
Pavarësisht nëse përdorni pajisjet me ultratinguj me sondë të Hielscher, VialTweeter apo UIP400MTP – monitorimi dhe kontrolli i vazhdueshëm i temperaturës sigurohen nga një sensor temperature që mund të lidhet me pajisjen dhe nga softueri inteligjent i pajisjes. Për ta mbajtur temperaturën brenda një intervali të caktuar, mund të vendosni një kufi të sipërm dhe një kufi të poshtëm të temperaturës. Si rrjedhojë, pajisja me ultratinguj do të ndalojë përkohësisht sapo të tejkalohet ky kufi i temperaturës dhe do të rifillojë automatikisht sonikimin kur temperatura të jetë ulur me një ∆T të paracaktuar.
Softueri i sofistikuar i pajisjeve me ultratinguj të Hielscher siguron ruajtjen e besueshme të kushteve ideale të trajtimit të mostrave.
Fragmentimi i ADN-së në një numër të madh mostrash me pajisjen me ultratinguj UIP400MTP për pllaka me shumë puse
Numri i mostrave në shkencat e jetës është rritur ndjeshëm gjatë dekadës së fundit. Kjo do të thotë se gjatë përgatitjes dhe analizës së mostrave duhet të përpunohen një numër shumë i madh mostrash (p.sh., 384, 1536 ose 3456 zgavra për mikropllakë) në kushte vazhdimisht të njëjta, për të marrë rezultate të krahasueshme dhe të vlefshme. Me UIP400MTP, Hielscher Ultrasonics po ndjek prirjen e përpunimit masiv të mostrave. UIP400MTP është një ultrasonikator për përgatitjen e mostrave duke përdorur mikropllaka. UIP400MTP mund të përpunojë pllaka me 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 ose 3456 zgavra. Në varësi të llojit të mikropllakës, çdo zgavër zakonisht mund të mbajë vëllime mostrash nga dhjetëra nanolitra deri në disa mililitra. I përdorur gjerësisht në kërkimin në shkencat e jetës, UIP400MTP përdoret shumë shpesh për përgatitjen e mostrave përpara analizave të tilla si ELISA (analiza imunosorbente e lidhur me enzimë) ose PCR, përpara analizave të proteinave, si edhe për përgatitjen e kromatinës përpara CHiP dhe CHiP-seq, identifikimin e modifikimeve të histoneve dhe trajtime të tjera analitike (p.sh., elektroforeza në xhel, spektrometria e masës).
Lexoni më shumë rreth përpunimit të pllakave PCR me kapacitet të lartë përpunimi të mostrave!
VialTweeter për përgatitjen e mostrave në deri në 10 flakonë
VialTweeter është një ultrasonikator laboratorik VialTweeter i përdorur gjerësisht, i cili mundëson sonikimin efektiv dhe të lehtë të deri në 10 flakonëve njëkohësisht. Meqenëse flakonët dhe epruvetat (p.sh., flakonët Eppendorf, flakonët kriogjenikë, tubat e centrifugimit) sonikohen në mënyrë të tërthortë, shmanget çdo kontaminim i kryqëzuar. Meqenëse te çdo mostër transmetohet i njëjti intensitet i ultratingujve, të gjitha rezultatet e sonikimit janë homogjene dhe të riprodhueshme. VialTweeter ofron të gjitha veçoritë inteligjente ashtu si pajisjet tona të tjera digjitale (p.sh., menu inteligjente, cilësime të programueshme, kontroll të temperaturës, telekomandim etj.), duke siguruar kështu komoditetin më të lartë për përdoruesin.
Sonda me shumë gishta për pllaka me mikrozgavra
Të disponueshme për homogjenizuesit ultrasonikë me sondë UP200Ht dhe UP200St, sondat me shumë gishta, me 4 ose 8 gishta, janë një mundësi e përshtatshme për sonikimin e shumë mostrave njëkohësisht në të njëjtat kushte. Për shembull, sonotroda MTP-24-8-96 është një sondë me tetë gishta, e cila është ideale për integrimin në sisteme të automatizuara ose për përgatitjen efikase manuale të mostrave në zgavrat e pllakave me shumë zgavra. Sonotroda me shumë gishta është ideale për laboratorë të automatizuar, ku përpunohen kryesisht gota laboratorike dhe epruveta duke përdorur një sonotrodë ultrasonike standarde. Sondat me shumë gishta dhe sondat standarde mund të ndërrohen shpejt me njëra-tjetrën brenda pak minutash, duke e shndërruar ultrasonikatorin me një sondë në një pajisje ultrasonike me shumë sonda për shpërbërje.
Ultrasonikatorët Hielscher për fragmentimin e ADN-së
Hielscher Ultrasonics ofron platforma të ndryshme të bazuara në ultratinguj për fragmentimin e ADN-së, ARN-së dhe kromatinës. Këto platforma të ndryshme përfshijnë sonda ultrasonike (sonotroda), zgjidhje për sonikim të tërthortë për përgatitjen e njëkohshme të mostrave në shumë tuba ose pllaka me shumë zgavra (p.sh., pllaka me 96 zgavra, pllaka mikrotitrimi), sonoreaktorë dhe brirë ultrasonikë në formë kupe. Të gjitha platformat për prerjen mekanike të ADN-së vihen në punë nga procesorë ultrasonikë me performancë të lartë, të akorduar sipas frekuencës, të cilët mund të kontrollohen me saktësi dhe japin rezultate të riprodhueshme.
Procesorë ultrasonikë për çdo numër dhe madhësi mostrash
Me ultrasonikatorët Hielscher për shumë mostra VialTweeter (për deri në 10 epruveta) dhe UIP400MTP (për mikropllaka/ pllaka me shumë zgavra), bëhet lehtësisht e mundur të shkurtohet koha e përpunimit të mostrave falë sonikimit intensiv dhe të kontrollueshëm me saktësi, duke arritur njëkohësisht shpërndarjen e dëshiruar të madhësive të fragmenteve të ADN-së dhe rendimentin e dëshiruar. Fragmentimi ultrasonik i ADN-së e bën përgatitjen e mostrave efikase, të besueshme dhe të shkallëzueshme. Protokollet mund të shkallëzohen në mënyrë lineare nga një mostër në shumë mostra duke zbatuar ultratinguj të kontrolluar vazhdimisht.
Ultrasonikatorët me sondë me një deri në pesë gishta janë idealë për përgatitjen e një numri më të vogël mostrash. Ultrasonikatorët laboratorikë Hielscher janë të disponueshëm në madhësi të ndryshme, në mënyrë që të mund t’ju rekomandojmë pajisjen ideale për zbatimin dhe kërkesat tuaja.
Kontroll i saktë i procesit
Cilësimet e sonikimit që mund të kontrollohen me saktësi janë thelbësore, pasi sonikimi i tepruar mund të shkatërrojë ADN-në, ARN-në dhe kromatinën, ndërsa copëtimi i pamjaftueshëm nga forcat prerëse të ultratingujve jep fragmente tepër të gjata të ADN-së dhe kromatinës. Sonikatorët digjitalë të Hielscher mund të konfigurohen lehtësisht me parametra të saktë sonikimi. Cilësimet specifike të sonikimit mund të ruhen edhe si konfigurime të programuara për përsëritjen e shpejtë të së njëjtës procedurë.
Të gjitha sonikimet dokumentohen automatikisht dhe ruhen si skedar CSV në një kartë SD të integruar. Kjo mundëson dokumentimin e saktë të provave të kryera dhe rishikimin e lehtë të cikleve të sonikimit.
Përmes kontrollit në distancë nga shfletuesi, të gjithë sonikatorët digjitalë mund të operohen dhe monitorohen nga çdo shfletues standard. Nuk kërkohet instalimi i programeve shtesë, pasi një lidhje LAN mundëson konfigurim shumë të thjeshtë me lidhje dhe përdorim të menjëhershëm.
Lehtësia më e madhe e përdorimit në përgatitjen e mostrave me ultratinguj
Të gjithë sonikatorët e Hielscher janë projektuar për të ofruar ultratinguj me performancë të lartë, duke qenë njëkohësisht gjithmonë shumë të përshtatshëm për përdoruesin dhe të lehtë për t’u përdorur. Të gjitha cilësimet janë të strukturuara mirë në një meny të qartë, e cila mund të hapet lehtësisht përmes ekranit me prekje me ngjyra ose kontrollit në distancë nga shfletuesi. Softueri inteligjent me cilësime të programueshme dhe regjistrim automatik të të dhënave siguron cilësime optimale sonikimi për rezultate të besueshme dhe të riprodhueshme. Ndërfaqja e qartë dhe e lehtë për t’u përdorur e menysë i bën sonikatorët e Hielscher pajisje të përshtatshme për përdoruesin dhe efikase.
Tabela më poshtë ju jep një ide për kapacitetin e përafërt të përpunimit të sonikatorëve tanë laboratorikë, të cilët janë idealë për detyra të përgatitjes së mostrave, si fragmentimi i ADN-së dhe ARN-së, liza qelizore dhe ekstraktimi i proteinave:
| Pajisja | Fuqia [W] | Lloji | Vëllimi [mL] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | për mikropllaka | 6 – 3456 puse | VialTweeter | 200 | për deri në 10 flakonë, plus mundësi fiksimi me kapëse | 0,5 – 1,5 |
| UP50H | 50 | me sondë | 0,01 – 250 |
| UP100H | 100 | me sondë | 0,01 – 500 |
| UP200Ht | 200 | me sondë | 0,1 – 1000 |
| UP200St | 200 | me sondë | 0,1 – 1000 |
| UP400St | 400 | me sondë | 5,0 – 2000 |
| CupHorn | 200 | CupHorn, sonoreaktor | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | qelizë rrjedhjeje pa kontaminim |
Na kontaktoni! / Na pyesni!
Njësia me ultratinguj për përgatitjen e shumë mostrave VialTweeter mundëson sonikimin e njëkohshëm të deri në 10 flakonëve. Me pajisjen me kapëse VialPress, deri në 4 tuba shtesë mund të shtypen kundrejt pjesës së përparme për sonikim intensiv.
Sonotroda MTP-24-8-96 ka tetë sonda me ultratinguj për sonikimin e puseve të pllakave të mikrotitrimit.
Literatura / Referencat
- Qiyun Liang, Christoph Ratzke (2025): Lysing diverse bacteria with the Hielscher UIP400MTP for DNA sequencing. Protocol Uni Tübingen 2025.
- Poptsova, M., Il’icheva, I., Nechipurenko, D. et al. (2014): Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Scientific Reports 4, 4532; 2014.
- Basselet P., Wegrzyn G., Enfors S.-O., Gabig-Ciminska M. (2008): Sample processing for DNA chip array-based analysis of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC). Microbial Cell Factories 7:29. 2008.
- Wang Y., Joshu C.E., Curtis S.D., Douville C., Burk V.A., Ru M., Popoli M., Ptak J., Dobbyn L., Silliman N., Coresh J., Boerwinkle E., Prizment A., Bettegowda C., Kinzler K.W., Papadopoulos N., Platz E.A., Vogelstein B. (2025): Detection of cancers three years prior to diagnosis using plasma cell-free DNA. Cancer Discovery 2025 May.
- Doublier S., Riganti Ch., Voena C., Costamagna C., Aldieri E., Pescarmona G., Ghigo D., Bosia A. (008): RhoA Silencing Reverts the Resistance to Doxorubicin in Human Colon Cancer Cells. Molecular Cancer Research 6(10), 2008.
- Fredlund E., Gidlund A., Olsen M., Börjesson T., Spliid N.H.H., Simonsson M. (2008): Method evaluation of Fusarium DNA extraction from mycelia and wheat for down-stream real-time PCR quantification and correlation to mycotoxin levels. Journal of Microbiological Methods 2008.
- Fritsche C., Sitz M., Weiland N., Breitling R., Pohl H.-D. (2007): Characterization of the growth behavior of Leishmania tarentolae – a new expression system for recombinant proteins. Journal of Basic Microbiology 47, 2007. 384–393.
- Ristola M., Arpiainen S., Saleem M. A., Mathieson P. W., Welsh G. I., Lehtonen S., Holthöfer H. (2009): Regulation of Neph3 gene in podocytes – key roles of transcription factors NF-κB and Sp1. BMC Molecular Biology 10:83, 2009.
- Rodriguez J., Vives L., Jorda M., Morales C., Munoz M., Vendrell E., Peinado M. A. (2008): Genome-wide tracking of unmethylated DNA Alu repeats in normal and cancer cells. Nucleic Acids Research Vol. 36, No. 3, 2008. 770-784.
- Weiske J. Huber O. (2006): The Histidine Triad Protein Hint1 Triggers Apoptosis Independent of Its Enzymatic Activity. The Journal of Biological chemistry. Vol. 281, No. 37, 2006. 27356–27366.
Fakte që ia vlen të dini
Çfarë është sekuencimi i gjeneratës së ardhshme?
Sekuencimi i gjeneratës së ardhshme, i njohur edhe si Next Gen Sequencing (NGS), sekuencimi me kapacitet të lartë përpunimi ose sekuencimi i gjeneratës së dytë, i referohet qasjes së sekuencimit masivisht paralel, ku sasi shumë të mëdha (masive) ADN-je nga miliona fragmente sekuencohen njëkohësisht në mënyrë paralele gjatë çdo cikli.
Për të kryer sekuencimin e gjeneratës së ardhshme, tre hapat bazë të
- përgatitjes së bibliotekës,
- sekuencimit dhe
- analizës së të dhënave
janë të nevojshëm.
Gjatë përgatitjes së bibliotekës, vargjet e ADN-së duhet të fragmentohen në fragmente ADN-je me një gjatësi të caktuar. Sonikimi është një nga teknikat e preferuara për fragmentimin e ADN-së.
Gjatë procesit të sekuencimit të ADN-së përcaktohet renditja e nukleotideve në ADN – e njohur si sekuenca e acidit nukleik. Sekuenca e acidit nukleik përbëhet nga katër baza nukleotidike – adenina, citozina, guanina dhe timina – të cilat kodojnë informacionin.
Sekuencimi i gjeneratës së ardhshme po nxit kërkimin në shkencat e jetës dhe mjekësinë e personalizuar, pasi sekuencimi i ADN-së dhe ARN-së përdoret gjerësisht në kërkimin gjenomik, kërkimin mbi kancerin, kërkimin mbi sëmundjet e rralla dhe komplekse, kërkimin mikrobik, agrogjenomikë dhe shumë fusha të tjera kërkimore.
Sekuencimi i gjeneratës së ardhshme kundrejt sekuencimit Sanger
Ndërsa me sekuencimin e gjeneratës së ardhshme (NGS) është e mundur të sekuencohen numra shumë të mëdhenj mostrash gjenomike, sekuencimi Sanger (i njohur edhe si metoda e ndërprerjes së zinxhirit ose sekuencimi i gjeneratës së parë) ka vetëm aftësinë të sekuencojë një numër të vogël mostrash. Sekuencimi Sanger sekuencon vetëm një fragment të vetëm të ADN-së në një kohë dhe mund të kryhet brenda një dite të vetme. Për shkak të saktësisë së tij, sekuencimi Sanger konsiderohet gjithashtu teknologjia e standardit të artë, e cila përdoret për të verifikuar rezultatet e marra nga sekuencimi i gjeneratës së ardhshme.
Sekuencimi Sanger arrin gjatësi leximi prej afërsisht 800bp (zakonisht 500–600bp me ADN të papasuruar). Gjatësitë më të mëdha të leximit në sekuencimin Sanger ofrojnë përparësi të konsiderueshme ndaj metodave të tjera të sekuencimit, veçanërisht për sekuencimin e rajoneve përsëritëse të gjenomit. Sfida që paraqesin të dhënat e sekuencimit me lexime të shkurtra është veçanërisht problematike gjatë sekuencimit të gjenomeve të reja (de novo) dhe sekuencimit të segmenteve gjenomike me rirregullime të shumta, zakonisht atyre që vërehen në gjenomet e kancerit ose në rajone të kromozomeve që shfaqin ndryshime strukturore. [cp. Morozova and Marra, 2008]
ADN-ja – Acidi deoksiribonukleik – Format dhe funksionet e saj
Çdo formë e ADN-së ka karakteristika dhe zbatime unike, duke kontribuar në një spektër të gjerë fushash kërkimore, përfshirë onkologjinë, gjenetikën, shkencën mjekoligjore dhe biologjinë evolucionare. Sonikatorët Hielscher janë një zgjidhje shumë efikase dhe e besueshme për izolimin dhe fragmentimin e ADN-së dhe ARN-së për qëllimet tuaja të analizës. Në listën e mëposhtme shpjegojmë format specifike të ADN-së dhe i kategorizojmë sipas kontekstit dhe funksioneve të tyre biologjike:
- ADN-ja gjenomike (gDNA)
ADN-ja gjenomike (gDNA): Tërësia e plotë e ADN-së në një organizëm, përfshirë si rajonet koduese (gjenet), ashtu edhe ato jokoduese. - ADN-ja jashtëqelizore
ADN-ja tumorale qarkulluese (ctDNA): Fragmente të ADN-së të çliruara në qarkullimin e gjakut nga qelizat tumorale.
ADN-ja e lirë nga qelizat (cfDNA): Fragmente të ADN-së që qarkullojnë lirisht në gjak dhe e kanë origjinën nga inde të ndryshme. - ADN-ja rrethore jashtëkromozomale (eccDNA): Molekula rrethore të ADN-së që gjenden jashtë kromozomeve në qelizat eukariote.
ADN-ja virale: ADN me origjinë nga viruset, e integruar në gjenomin e bujtësit ose në formën e ADN-së epizomale. - ADN-ja mitokondriale
ADN-ja mitokondriale (mtDNA): ADN që ndodhet në mitokondri, trashëgohet nga nëna dhe merr pjesë në prodhimin e energjisë. - ADN-ja plazmidike
ADN-ja plazmidike: Molekula të vogla rrethore të ADN-së që replikohen në mënyrë të pavarur nga ADN-ja kromozomale, gjenden zakonisht te bakteret dhe përdoren në inxhinierinë gjenetike. - ADN-ja bërthamore
ADN-ja bërthamore (nDNA): ADN që ndodhet brenda bërthamës së qelizave eukariote dhe përbën pjesën më të madhe të materialit gjenetik në një organizëm. - ADN-ja e një qelize të vetme
ADN-ja e një qelize të vetme (scDNA): ADN e nxjerrë nga një qelizë e vetme, e përdorur për analiza të hollësishme gjenomike në nivelin e qelizës individuale. - ADN-ja rekombinante
ADN-ja rekombinante (rDNA): Molekula të ADN-së të formuara me metoda laboratorike të rekombinimit gjenetik për të bashkuar material gjenetik nga burime të shumta. - Forma të specializuara
ADN-ja mjedisore (eDNA): ADN e mbledhur nga mostra mjedisore (tokë, ujë) pa izoluar organizmat burimorë
ADN-ja e lashtë (aDNA): ADN e nxjerrë nga ekzemplarë të lashtë, e cila ofron njohuri mbi biologjinë evolucionare dhe popullatat e lashta. - ADN-ja kromozomale
ADN-ja kromozomale: ADN që përbën kromozomet brenda bërthamës qelizore, duke përfshirë si rajonet koduese, ashtu edhe ato jokoduese. - Forma virale dhe sintetike
ADN-ja virale: ADN me prejardhje nga viruset, e cila mund të jetë e integruar në gjenomet e bujtësve ose të ekzistojë si entitet i pavarur.
ADN-ja sintetike: Sekuenca të ADN-së të sintetizuara artificialisht përmes proceseve kimike, të përdorura shpesh në kërkime dhe bioteknologji.
Hielscher Ultrasonics prodhon homogjenizues ultrasonikë me performancë të lartë, nga përmasat laboratorike deri te përmasat industriale.