Sonikatori për mikropllaka i validuar në një studim proteomik të shqyrtuar nga kolegët

Hielscher Ultrasonics njofton se sonikatori i saj ultrasonik për mikropllaka UIP400MTP është validuar me sukses në një studim krahasues proteomik të shqyrtuar nga kolegët dhe të botuar në Proteomics (2024). Studimi tregon se përgatitja e mostrave me ultratinguj në mikropllaka jep ekstrakte proteinike të riprodhueshme dhe me cilësi të lartë, plotësisht të përputhshme me rrjedhat e avancuara të punës në proteomikën shotgun dhe terminomikë.

Botimi, “TermineR: Nxjerrja e informacionit mbi përpunimin proteolitik endogjen nga të dhënat e proteomikës shotgun”, paraqet një kuadër të ri bioinformatik për analizën e proteolizës endogjene drejtpërdrejt nga grupet standarde të të dhënave të spektrometrisë së masës. Si pjesë e validimit të metodës, autorët krahasuan tri teknika të përdorura zakonisht për homogjenizimin e indeve: goditjen me rruaza (Precellys), sonikimin në banjë (Bioruptor) dhe sonikimin ultrasonik në mikropllaka duke përdorur UIP400MTP.

Mbulim i krahasueshëm i proteomës pa proteolizë artificiale

Një objektiv qendror i studimit krahasues ishte të vlerësonte nëse metodat e ndryshme të ekstraktimit ndikojnë në identifikimin dhe përcaktimin sasior të peptideve gjysmëspecifike, të cilat janë thelbësore për studimin e përpunimit proteolitik endogjen. Rezultatet tregojnë se ekstraktimi ultrasonik me UIP400MTP arrin një mbulim të proteomës të krahasueshëm me metodat e konsoliduara të shpërbërjes mekanike, duke ruajtur njëkohësisht përpjesëtime të qëndrueshme të peptideve plotësisht specifike dhe gjysmëspecifike.
Veçanërisht, të dhënat tregojnë se sonikimi ultrasonik me fuqi të lartë në mikropllaka nuk shkakton çarje artificiale të proteinave, duke trajtuar një shqetësim të zakonshëm në terminomikë dhe në analizën e peptideve gjysmëspecifike. Kjo konfirmon se UIP400MTP siguron shpërbërje efikase të mostrave duke ruajtur shenjat proteolitike me domethënie biologjike.

Riprodhueshmëria sasiore e peptideve gjysmëspecifike ndërmjet metodave të ekstraktimit –
Harta termike të korrelacionit të Pearson-it për intensitetet e peptideve gjysmëspecifike të transformuara me log2, që krahasojnë metoda të ndryshme të ekstraktimit të proteinave për mostrat e tipit të egër (WT, majtas) dhe të tipit knock-out (KO, djathtas). Koeficientë të lartë korrelacioni (zakonisht ≥0,95) vërehen ndërmjet sonikimit ultrasonik në mikropllaka me UIP400MTP, goditjes me rruaza (Precellys®) dhe sonikimit në banjë (Bioruptor®), duke dëshmuar përputhje të shkëlqyer sasiore. Këto rezultate konfirmojnë se trajtimi me ultratinguj në mikropllaka ruan sasitë relative të peptideve dhe është plotësisht i përputhshëm me analizat e proteomikës sasiore dhe terminomikës.
Studimi dhe grafikët: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Riprodhueshmëri e lartë në proteomikën sasiore

Studimi raporton gjithashtu riprodhueshmëri të lartë sasiore ndërmjet metodave të ekstraktimit. Analizat e korrelacionit të Pearson-it për intensitetet e peptideve zbuluan përputhje të fortë ndërmjet mostrave të përpunuara me UIP400MTP dhe atyre të përgatitura me goditje me rruaza ose sonikim në banjë, me koeficientë korrelacioni që zakonisht tejkalojnë 0,95.
Këto gjetje konfirmojnë se sonikimi ultrasonik në mikropllaka ruan sasitë relative të peptideve, çka e bën atë mjaft të përshtatshëm për proteomikën diferenciale, multipleksimin me bazë TMT dhe studimet e përqendruara te sëmundjet që kërkojnë krahasime të sakta sasiore.

Numri i prekursorëve peptidikë të identifikuar sipas specifikës dhe metodës së ekstraktimit
Krahasimi i numrit të prekursorëve peptidikë të identifikuar, të klasifikuar sipas specifikës enzimatike (plotësisht specifikë, gjysmëspecifikë në skajin C-terminal dhe gjysmëspecifikë në skajin N-terminal), ndërmjet tri metodave të ekstraktimit të proteinave: goditjes me rruaza (Precellys®), sonikimit në banjë (Bioruptor®) dhe sonikimit ultrasonik në mikropllaka duke përdorur UIP400MTP. Paraqiten të dhëna për përsëritje biologjike të mostrave të veshkave të minjve të tipit të egër (WT) dhe të tipit knock-out (KO). Rezultatet tregojnë mbulim të krahasueshëm të proteomës dhe shpërndarje të ngjashme të specifikave të peptideve në të gjitha metodat e ekstraktimit, duke treguar se sonikimi në mikropllaka me UIP400MTP siguron ekstraktim efikas të proteinave pa shtuar çarjen proteolitike jospecifike.
Studimi dhe grafikët: ©Cosenza-Contreras et al. 2024


Mundësimi i rrjedhave të standardizuara të punës në proteomikë me kapacitet të lartë përpunimi

Duke kombinuar transmetimin pa kontakt të energjisë ultrasonike me përpunimin paralel të pllakave të plota me 96 puse, UIP400MTP mbështet përgatitjen e standardizuar të mostrave me kapacitet të lartë përpunimi dhe të përputhshme me automatizimin. Në studimin e botuar, sistemi u integrua me sukses në një rrjedhë pune proteomike që përdor DIA dhe etiketim me TMT, të zbatuar në një model te minjtë të sëmundjes policistike të veshkave.
Autorët përfundojnë se trajtimi me ultratinguj në mikropllaka është plotësisht i përputhshëm me proteomikën moderne shotgun dhe mundëson analizën e proteolizës endogjene pa pasur nevojë për hapa pasurimi biokimik që kërkojnë shumë punë.

Përkushtim ndaj zgjidhjeve të validuara shkencërisht

“Përfshirja e UIP400MTP në një studim krahasues rigoroz, të shqyrtuar nga kolegët, nënvizon përkushtimin e Hielscher Ultrasonics për të ofruar teknologji të validuara shkencërisht për përgatitjen e mostrave”, tha një përfaqësues i kompanisë. “Validimi i pavarur në rrjedha pune proteomike me kërkesa të larta është thelbësor për laboratorët që kërkojnë zgjidhje të qëndrueshme, të riprodhueshme dhe të shkallëzueshme.”
Studimi i plotë është i disponueshëm si botim me qasje të hapur në Proteomics (DOI: 10.1002/pmic.202300491).

Gjeni këtu informacion për sonikatorin për pllaka me shumë puse UIP400MTP!