Sonikatori i mikropllakave i validuar në studimin e proteomikës të rishikuar nga kolegët

Hielscher Ultrasonics njofton se sonifikuesi i saj ultrasonik i mikropllakave UIP400MTP është validuar me sukses në një studim krahasues të proteomikës të rishikuar nga kolegët, të botuar në Proteomics (2024). Studimi tregon se përgatitja e mostrës me bazë mikropllake tejzanore ofron ekstrakte proteinash të riprodhueshme dhe me cilësi të lartë, plotësisht të pajtueshme me rrjedhat e punës së proteomikës së avancuar dhe terminomikës.

Publikimi, “TermineR: Nxjerrja e informacionit mbi përpunimin proteolitik endogjen nga të dhënat e proteomikës së shotgun”, prezanton një kornizë të re bioinformatike për analizën e proteolizës endogjene direkt nga të dhënat standarde të spektrometrisë së masës. Si pjesë e validimit të metodës, autorët krahasuan tre teknika të homogjenizimit të indeve që përdoren zakonisht: rrahja e rruazave (Precellys), sonikimi në banjë (Bioruptor) dhe sonikimi ultrasonik i mikropllakave duke përdorur UIP400MTP.

Mbulim i krahasueshëm i proteomës pa proteolizë artificiale

Një objektiv qendror i studimit krahasues ishte të vlerësonte nëse metodat e ndryshme të nxjerrjes ndikojnë në identifikimin dhe përcaktimin sasior të peptideve gjysmë-specifike, të cilat janë kritike për studimin e përpunimit proteolitik endogjen. Rezultatet tregojnë se nxjerrja tejzanore e bazuar në UIP400MTP arrin mbulim të proteomit të krahasueshëm me metodat e përcaktuara të përçarjes mekanike, duke ruajtur përmasa të qëndrueshme të peptideve plotësisht specifike dhe gjysmë-specifike.
Është e rëndësishme të theksohet se të dhënat tregojnë se sonikimi tejzanor i mikropllakës me fuqi të lartë nuk prezanton copëtim artificial të proteinave, duke adresuar një shqetësim të përbashkët në terminomikë dhe analizën gjysmë-specifike të peptideve. Kjo konfirmon se UIP400MTP siguron ndërprerje efikase të mostrës duke ruajtur nënshkrimet proteolitike biologjikisht domethënëse.

Riprodhueshmëria sasiore e peptideve gjysmë-specifike në të gjitha metodat e nxjerrjes –
Hartat e nxehtësisë së korrelacionit Pearson të intensiteteve të transformuara në log2 të peptideve gjysmë-specifike duke krahasuar metoda të ndryshme të nxjerrjes së proteinave për mostrat e tipit të egër (WT, majtas) dhe knock-out (KO, djathtas). Koeficientë të lartë të korrelacionit (zakonisht ≥0.95) vërehen midis sonifikimit ultrasonik të mikropllakës UIP400MTP, rrahjes së rruazave (Precellys®) dhe sonifikimit në banjë (Bioruptor®), duke demonstruar një përputhje të shkëlqyer sasiore. Këto rezultate konfirmojnë se ultratingulli i bazuar në mikropllakë ruan bollëkun relativ të peptideve dhe është plotësisht i pajtueshëm me analizat sasiore të proteomikës dhe terminomikës.
Studimi dhe grafika: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Riprodhueshmëri e Lartë në Proteomikën Sasiore

Studimi raporton më tej riprodhueshmëri të lartë sasiore në të gjitha metodat e nxjerrjes. Analizat e korrelacionit Pearson të intensiteteve të peptideve zbuluan një përputhje të fortë midis mostrave të përpunuara me UIP400MTP dhe atyre të përgatitura duke përdorur rrahjen e rruazave ose sonikimi në banjë, me koeficientë korrelacioni që zakonisht tejkalojnë 0.95.
Këto gjetje konfirmojnë se sonikimi tejzanor i mikropllakës ruan bollëkun relativ të peptideve, duke e bërë atë të përshtatshëm për proteomikën diferenciale, multipleksimin e bazuar në TMT dhe studimet e fokusuara në sëmundje që kërkojnë krahasime të sakta sasiore.

Numri i prekursorëve të peptideve të identifikuara sipas specifikës dhe metodës së nxjerrjes
Krahasimi i numrit të pararendësve të peptideve të identifikuara të klasifikuara sipas specifikës enzimatike (plotësisht specifik, gjysmë specifik C-terminal dhe gjysmë specifik N-terminal) në tre metoda të nxjerrjes së proteinave: rrahja e rruazave (Precellys®), sonikimi në banjë (Bioruptor®) dhe sonikimi ultrasonik i mikropllakave duke përdorur UIP400MTP. Të dhënat tregohen për replikime biologjike nga mostrat e veshkave të miut të tipit të egër (WT) dhe knock-out (KO). Rezultatet demonstrojnë mbulim të krahasueshëm të proteomës dhe shpërndarje të ngjashme të specifikave të peptideve në të gjitha metodat e nxjerrjes, duke treguar se sonikimi i mikropllakave me bazë UIP400MTP siguron nxjerrje efikase të proteinave pa rritur copëtimin proteolitik jo-specifik.
Studimi dhe grafika: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Mundësimi i rrjedhave të punës së proteomikës me rendiment të lartë dhe të standardizuar

Duke kombinuar shpërndarjen e energjisë tejzanore pa kontakt me përpunimin paralel të të gjithë pllakave me 96 puseta, UIP400MTP mbështet përgatitjen e mostrave me rendiment të lartë, të standardizuar dhe të pajtueshme me automatizimin. Në studimin e publikuar, sistemi u integrua me sukses në një rrjedhë pune proteomike të aktivizuar nga DIA dhe të etiketuar me TMT, të aplikuar në një model miu të sëmundjes policistike të veshkave.
Autorët arrijnë në përfundimin se ultratingulli i mikropllakës është plotësisht i pajtueshëm me proteomikën moderne të shotgun dhe mundëson analizën e proteolizës endogjene pa nevojën për hapa pasurimi biokimik që kërkojnë shumë punë.

Angazhim për zgjidhje të validuara shkencërisht

“Përfshirja e UIP400MTP në një studim krahasues rigoroz dhe të rishikuar nga kolegët nënvizon Hielscher Ultrasonics’ angazhim për të ofruar teknologji të përgatitjes së mostrave të vërtetuara shkencërisht,” tha një përfaqësues i kompanisë. “Validimi i pavarur në rrjedhat e punës së proteomikës me kërkesa të larta është thelbësor për laboratorët që kërkojnë zgjidhje të forta, të riprodhueshme dhe të shkallëzueshme.”
Studimi i plotë është i disponueshëm si një botim me akses të hapur në Proteomics (DOI: 10.1002/pmic.202300491).

Gjeni informacion në lidhje me sonifikuesin me pllaka shumë-pusetëshe UIP400MTP këtu!