Liza e qelizave të majave në mikropllaka duke përdorur sonikim me intensitet të lartë
Mikrobiologët dhe studiuesit e shkencave të jetës që punojnë me Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris / Komagataella phaffii, si dhe me sisteme të tjera të majave, e njohin sfidën: qelizat e majave janë rezistente, liza e riprodhueshme mund të jetë e vështirë dhe shpërbërja manuale e mostrave bëhet shpejt një pengesë kur duhen shqyrtuar shumë shtame, klone, kushte kultivimi ose konstrukte të shprehjes.
Liza e majave me kapacitet të lartë përpunimi për mikrobiologjinë, biologjinë molekulare dhe analizën e proteinave
Sonikatorët e mikropllakave Hielscher, si UIP400MTP (400 W) dhe UIP550MTP (550 W), ofrojnë një zgjidhje me kapacitet të lartë përpunimi për lizën mekanike të qelizave të majave drejtpërdrejt në mikropllaka. Në vend që mostrat të përpunohen një nga një me një sondë, mikropllaka të tëra mund t’i nënshtrohen sonikimit në kushte uniforme. Kjo e bën lizën ultrasonike të majave më të shpejtë, më të riprodhueshme dhe më të lehtë për t’u integruar në rrjedhat moderne të punës në mikrobiologji, shprehjen e proteinave, shqyrtimin e enzimave dhe omikë.
Pavarësisht nëse ju duhet të çlironi proteina rekombinante nga P. pastoris, të përgatitni lizate majash për analiza enzimatike, të shpërbëni S. cerevisiae për analizën e proteinave ose të shqyrtoni paralelisht dhjetëra klone majash, sonikatorët e mikropllakave Hielscher sigurojnë shpërbërje të fuqishme të qelizave të bazuar në kavitacion, me kontroll të saktë të procesit.
Ju nevojitet lizë e riprodhueshme e S. cerevisiae, P. pastoris, ose e shtameve të tjera të majave në mikropllaka? Na tregoni formatin e pllakës, vëllimin e mostrës, dendësinë qelizore dhe analitin e synuar. Do t’ju ndihmojmë të përcaktoni parametrat e përshtatshëm të sonikimit për rrjedhën tuaj të punës me UIP400MTP ose UIP550MTP.
Sonikator Hielscher për pllaka me shumë puse për lizën e majave – përgatitje e mostrave me kapacitet të lartë përpunimi
Pse qelizat e majave kërkojnë lizë mekanike efikase
Qelizat e majave janë më të vështira për t’iu nënshtruar lizës sesa shumë qeliza bakteriale ose të gjitarëve, sepse mbrohen nga një mur qelizor i ngurtë, i përbërë kryesisht nga polisakaride, glukane, manoproteina dhe kitinë. Ky mur qelizor siguron qëndrueshmëri mekanike, por gjithashtu kufizon çlirimin e proteinave brendaqelizore, acideve nukleike, metabolitëve dhe enzimave.
Metodat konvencionale të lizës së majave përfshijnë shpërbërjen me rruaza, tretjen enzimatike, ciklet e ngrirjes dhe shkrirjes, lizën kimike dhe sonikimin me sondë. Këto metoda mund të jenë efektive, por kanë edhe kufizime. Shpërbërja me rruaza mund të fusë mbetje dhe të shkaktojë ngrohje, tretja enzimatike mund të shtojë kosto dhe ndryshueshmëri, ndërsa sonikimi me sondë i një mostre të vetme kërkon shumë kohë kur duhet të përpunohet një numër i madh mostrash.
Kavitacioni ultrasonik i fokusuar, me intensitet të lartë, i kapërcen këto kufizime duke ushtruar forca të forta mekanike prerëse, luhatje presioni dhe mikrorrymime mbi suspensionin e majave. Rezultati është shpërbërja e shpejtë e mureve dhe membranave qelizore, çlirimi i përmirësuar i përbërësve brendaqelizorë dhe përgatitja shumë e riprodhueshme e mostrave në format pllake.
Sonikimi në mikropllaka për përgatitjen paralele të mostrave të majave
Hielscher UIP400MTP dhe UIP550MTP janë projektuar për sonikimin uniform të mikropllakave, pllakave me shumë puse, pllakave PCR dhe mbajtëseve të përshtatshme të mostrave. Ndryshe nga sonikimi me sondë, mostrat nuk kanë nevojë të trajtohen individualisht. Pllaka e plotë ekspozohet ndaj energjisë ultrasonike të kontrolluar, duke e bërë rrjedhën e punës shumë të përshtatshme për përpunimin paralel të mostrave.
Kjo është veçanërisht e dobishme për:
- Shqyrtimin e S. cerevisiae për mutantë ose shtame të shprehjes
- Lizën e kloneve të P. pastoris / K. phaffii pas shprehjes së proteinave rekombinante
- Përgatitjen e lizateve të majave për analiza enzimatike
- Ekstraktimin e proteinave për SDS-PAGE, Western blot, ELISA, LC-MS/MS ose testimin e aktivitetit
- Çlirimin e metabolitëve brendaqelizorë për metabolomikë
- Përgatitjen e mostrave të ADN-së dhe ARN-së pas pastrimit të përshtatshëm në fazat pasuese
- Optimizimin me kapacitet të lartë përpunimi të tretësirave tampon të lizës, aditivëve dhe kushteve të ekstraktimit
Si i shpërbën kavitacioni ultrasonik qelizat e majave
Gjatë sonikimit, ultratingulli i fokusuar me fuqi të lartë gjeneron cikle të alternuara ngjeshjeje dhe rrallimi në mostrën e lëngshme. Në intensitet të mjaftueshëm, këto luhatje të presionit krijojnë kavitacion akustik. Flluskat e kavitacionit formohen, lëkunden dhe shemben, duke prodhuar forca prerëse të lokalizuara, mikrorryma të vrullshme, turbulencë dhe gradientë të fortë presioni.
Në suspensionet e majave, këto efekte mekanike dobësojnë dhe çajnë murin qelizor dhe membranën qelizore. Proteinat, enzimat, acidet nukleike dhe metabolitët brendaqelizorë çlirohen në tamponin e lizës. Meqenëse procesi është mekanik, ai mund të përdoret me shumë sisteme të ndryshme tamponuese dhe mund të kombinohet me frenues të proteazave, agjentë reduktues, detergjentë, kripëra ose paratrajtim të butë enzimatik.
Protokoll i përgjithshëm: Liza e qelizave të majave në mikropllaka
Protokolli i mëposhtëm ofron një pikënisje praktike për lizën e majave duke përdorur sonikatorin për mikropllaka Hielscher UIP400MTP ose UIP550MTP. Parametrat duhet të optimizohen sipas shtamit të majave, dendësisë qelizore, molekulës së synuar, përbërjes së tamponit, llojit të pllakës dhe analizës pasuese.
1. Mblidhni dhe lani qelizat e majave
Kultivoni Saccharomyces, Pichia, Hansenula, Debaryomyces ose një shtam tjetër majash në kushtet e dëshiruara të kultivimit. Mblidhni qelizat me centrifugim dhe largoni mjedisin e kultivimit. Lani sedimentin qelizor me ujë të distiluar të ftohtë, PBS ose tamponin e përzgjedhur të lizës për të larguar përbërësit e mbetur të mjedisit që mund të ndërhyjnë në analizën pasuese.
Për ekstraktimin e proteinave, mbajini mostrat të ftohta dhe punoni shpejt. Nëse proteazat përbëjnë shqetësim, ftohini paraprakisht të gjithë tamponët dhe materialet e konsumit.
2. Risuspendoni sedimentin qelizor
Risuspendoni sedimentin e majave në një tampon të përshtatshëm të ftohtë për lizë. Për çlirimin efikas të proteinave, dendësia e lartë qelizore është shpesh e favorshme. Si pikënisje, përdorni afërsisht 10–20% w/v sediment qelizor të lagësht ose një suspension të dendur që i korrespondon OD600 > 10, në varësi të analizës.
Një tampon tipik për lizën e majave për përftimin e proteinave mund të përmbajë:
- sistem tamponues si Tris-HCl, tampon fosfat ose HEPES
- kripë si NaCl ose KCl
- përzierje frenuesish të proteazave
- agjent reduktues opsional si DTT ose β-merkaptoetanol
- detergjent opsional si Triton X-100, NP-40, SDS ose CHAPS, në varësi të përputhshmërisë me procedurat pasuese
- frenues opsionalë të fosfatazave për studime të fosforilimit
Për shtame majash të vështira për t’u lizuar ose për ekstraktim shumë të butë të proteinave, para sonikimit mund të përdoret një paratrajtim i shkurtër me Zymolyase, Lyticase ose një enzimë tjetër që zbërthen murin qelizor. Ky paratrajtim enzimatik është opsional, por mund të përmirësojë efikasitetin e lizës ose të zvogëlojë intensitetin e nevojshëm të ultratingullit.
3. Transferoni mostrat në një mikropllakë të përshtatshme
Shpërndajeni suspensionin e majave në një mikropllakë të përshtatshme për sonikim. Pllakat me fund të rrumbullakët shpesh preferohen sepse përmirësojnë mbledhjen e mostrës dhe zvogëlojnë zonat e vdekura. Përdorni vëllime të barabarta të mostrave në të gjitha puset për të përmirësuar riprodhueshmërinë.
Mbylleni pllakën hermetikisht me një shtresë ose film të përshtatshëm izolues për të parandaluar avullimin, formimin e aerosoleve dhe kontaminimin e kryqëzuar. Sigurohuni që mbyllja të jetë e përshtatshme për temperaturën dhe kushtet e përzgjedhura të sonikimit.
Vëllimet tipike të punës varen nga formati i pllakës dhe zbatimi. Formatet e zakonshme përfshijnë pllaka me 96 puse, pllaka me puse të thella, pllaka PCR ose mbajtëse të përshtatshme për epruveta.
4. Përgatitni sistemin e ftohjes
Liza e majave kërkon intensitet të lartë të ultratingullit dhe shpërbërja mekanike gjeneron nxehtësi. Prandaj, kontrolli i temperaturës është kritik, veçanërisht për analizën e proteinave, enzimave, ARN-së ose fosforilimit.
Përdorni një strategji të përshtatshme ftohjeje, si:
- tampon lize i ftohur paraprakisht
- mikropllaka të ftohura paraprakisht
- pauza ftohjeje ndërmjet intervaleve të sonikimit
- ftohje e jashtme e platformës së sonikimit, kur është e zbatueshme
Qëllimi është që mostra të mbahet mjaftueshëm e ftohtë për të parandaluar denatyrimin e proteinave, inaktivizimin e enzimave, degradimin e ARN-së dhe ndryshueshmërinë e mostrave të shkaktuar nga nxehtësia.
5. Sonikoni suspensionin e majave
Vendoseni pllakën e mbyllur hermetikisht në sonikatorin e mikropllakave Hielscher UIP400MTP ose UIP550MTP dhe zgjidhni një program sonikimi me impulse. Rekomandohet përdorimi i impulseve sepse mundëson shpërbërjen mekanike gjatë fazave ON dhe shpërndarjen e nxehtësisë gjatë fazave OFF.
Si pikënisje për lizën e qelizave të majave:
| Parametri | Intervali fillestar i rekomanduar | Qëllimi |
|---|---|---|
| Amplituda | 60–100% | Intensitet i lartë kavitacioni për qeliza rezistente të majave |
| Modaliteti me impulse | 10–30 sec ON / 30–60 sec OFF | Lizë efikase me grumbullim të kontrolluar të nxehtësisë |
| Koha kumulative në gjendjen ON | 5–15 min | Përshtateni sipas shtamit, dendësisë dhe molekulës së synuar |
| Temperatura | Mbajini mostrat të ftohta | Mbroni proteinat, enzimat, ARN-në dhe metabolitët |
| Mbyllja hermetike e pllakës | E rekomanduar | Parandalon avullimin, formimin e aerosoleve dhe kontaminimin e kryqëzuar |
Për suspensione majash shumë rezistente, biomasë të dendur të P. pastoris ose nxjerrje të vështirë të proteinave rekombinante, rriteni gradualisht kohën kumulative në gjendjen ON. Për proteina të ndjeshme ndaj nxehtësisë ose analiza enzimatike, përdorni impulse më të shkurtra, pauza ftohjeje më të gjata dhe amplitudë fillestare më të ulët.
Lizë e majave me kapacitet të lartë përpunimi në pllaka me shumë puse me UIP400MTP
6. Kthjelloni lizatin
Pas sonikimit, centrifugojeni mikropllakën ose transferojini mostrat në tuba për centrifugim. Largoni mbetjet qelizore me centrifugim në shpejtësi dhe temperaturë të përshtatshme. Mblidhni supernatantin për analizat pasuese.
Në varësi të aplikimit, lizati mund të përdoret për:
- përcaktimin sasior të proteinave
- analiza të aktivitetit enzimatik
- SDS-PAGE dhe Western blotting
- ELISA dhe analiza imunologjike
- proteomikë me LC-MS/MS
- analizë të metabolitëve
- pastrim të ADN-së ose ARN-së
7. Optimizoni dhe dokumentoni metodën
Për lizë të riprodhueshme të majave, dokumentoni të gjithë parametrat përkatës, duke përfshirë shtamin, kushtin e kultivimit, OD600, masën e lagësht qelizore, përbërjen e tamponit, llojin e pllakës, vëllimin e mostrës, amplitudën, ciklin e impulseve, kohën kumulative në gjendjen ON, metodën e ftohjes dhe temperaturën përfundimtare të mostrës.
Nëse sonikatori Hielscher është i pajisur me regjistrim automatik të të dhënave, të dhënat e procesit mund të përdoren për dokumentim, zhvillim të metodës, kalim në shkallë më të madhe dhe kontroll të cilësisë.
Këshilla për optimizimin e lizës së majave
Për çlirim maksimal të proteinave, përdorni suspensione të dendura majash, intensitet të lartë ultrasonik dhe kohë kumulative të mjaftueshme në gjendjen ON. Për proteina të ndjeshme, ulni amplitudën, zgjatni pauzat e ftohjes dhe mbajeni pllakën të ftohtë gjatë gjithë procesit.
Nëse liza është e paplotë, rriteni gradualisht kohën e sonikimit, provoni paratrajtimin enzimatik, ulni viskozitetin e mostrës ose optimizoni tamponin. Nëse proteinat degradohen ose humbasin aktivitetin, përmirësoni ftohjen, shkurtoni intervalet ON, shtoni inhibitorë dhe verifikoni që sistemi i detergjentëve është i pajtueshëm me proteinën e synuar.
Meqë shtamet e majave ndryshojnë ndjeshëm për sa i përket strukturës së murit qelizor, fazës së rritjes, sistemit të shprehjes dhe dendësisë së biomasës, rekomandohet një matricë e vogël optimizimi. Për shembull, provoni tri amplituda, dy cikle impulsesh dhe dy kohë totale në gjendjen ON, pastaj vlerësoni efikasitetin e lizës dhe integritetin e proteinave.
Pavarësisht nëse përpunoni disa pllaka analizash apo kryeni depistim të majave me kapacitet të lartë përpunimi, Hielscher mund t’ju ndihmojë të zgjidhni sonikatorin e duhur të mikropllakave dhe të zhvilloni një protokoll të qëndrueshëm lize. Na kontaktoni duke na dhënë shtamin tuaj të majave, rrjedhën e punës dhe kërkesat për kapacitetin e përpunimit!
Përparësitë e sonikatorëve të mikropllakave Hielscher për lizën e majave
Sonikatorët e mikropllakave Hielscher janë idealë për laboratorë që kanë nevojë për lizë të riprodhueshme në shumë mostra. Ata eliminojnë trajtimin e ngadaltë të mostrave një nga një gjatë sonikimit me sondë dhe zvogëlojnë ndryshueshmërinë e shkaktuar nga pozicionimi manual i sondës, thellësia e zhytjes dhe dallimet në trajtimin e mostrave të ndryshme.
Përparësitë kryesore përfshijnë:
- Përpunim me kapacitet të lartë: Sonikoni shumë mostra majash paralelisht në mikropllaka ose në mbajtëse të përshtatshme për mostra.
- Kushte të riprodhueshme: Të njëjtat kushte sonikimi në të gjitha puset për rezultate të njëtrajtshme dhe të krahasueshme të lizës.
- Pa kontaminim të kryqëzuar nga sonda: Mostrat mbeten të mbyllura hermetikisht gjatë sonikimit, duke zvogëluar bartjen e materialit ndërmjet mostrave dhe hapat e pastrimit.
- Të përshtatshëm për qeliza rezistente: Ultratingulli me intensitet të lartë ndihmon në shpërbërjen e mureve qelizore të majave.
- Rrjedhë efikase e punës: Ideale për skriningun e shtameve, kloneve, kushteve të shprehjes dhe tretësirave tampon të lizës.
- Rrjedhë efikase e punës: Cilësime të programueshme, regjistrim automatik i të dhënave dhe përshtatshmëri për automatizimin laboratorik.
Zbatime në bioteknologjinë e majave dhe në kërkimin në shkencat e jetës
Liza me ultratinguj e majave në mikropllaka mbështet shumë rrjedha pune kërkimore dhe skriningu. Gjatë shprehjes së proteinave rekombinante, klonet e P. pastoris dhe S. cerevisiae mund t’i nënshtrohen lizës paralelisht për të krahasuar nivelet e shprehjes ose aktivitetin enzimatik. Në biologjinë e sistemeve dhe në shkencat omike, liza e standardizuar përmirëson krahasueshmërinë ndërmjet kushteve. Në mikrobiologji, sonikimi mbështet përgatitjen e shpejtë të lizateve nga shtame të shumta, kushte të ndryshme të mjediseve të kultivimit ose trajtime me stres.
Fushat tipike të zbatimit përfshijnë:
- ekstraktimin e proteinave nga majatë
- skriningun e proteinave rekombinante
- skriningun e aktivitetit enzimatik
- përzgjedhjen e kloneve pas transformimit
- optimizimin e fermentimit
- përgatitjen e mostrave për proteomikë
- përgatitjen e mostrave për metabolomikë
- studime mbi shpërbërjen e murit qelizor
- analiza mikrobiologjike me kapacitet të lartë përpunimi të mostrave
Liza e besueshme e majave fillon me sonikim të kontrolluar
Liza e majave mund të jetë e vështirë kur rritet numri i mostrave, por sonikatorët e mikropllakave Hielscher e bëjnë procesin më të shpejtë, më të pastër dhe më të riprodhueshëm. UIP400MTP dhe UIP550MTP u mundësojnë kërkuesve të përpunojnë pllaka të plota në kushte të përcaktuara të ultratingujve, duke rritur kapacitetin e përpunimit të mostrave dhe duke reduktuar njëkohësisht manipulimin manual.
Për mikrobiologët, biologët molekularë, studiuesit e proteinave dhe laboratorët bioteknologjikë, sonikimi në mikropllaka është një mjet i fuqishëm për çlirimin efikas dhe të riprodhueshëm të përbërësve brendaqelizorë të majave.
Pyetje të shpeshta rreth lizës së qelizave të majave me sonikim në mikropllaka
A mund t’i nënshtrohen lizës qelizat e majave me anë të sonikimit?
Po. Qelizat e majave si Saccharomyces cerevisiae dhe Pichia pastoris mund t’i nënshtrohen lizës me sonikim me intensitet të lartë. Kavitacioni ultrasonik gjeneron forca të forta mekanike prerëse që shpërbëjnë murin dhe membranën qelizore të majave, duke çliruar proteina, enzima, acide nukleike dhe metabolitë.
Pse qelizat e majave i nënshtrohen lizës më me vështirësi sesa qelizat bakteriale?
Qelizat e majave kanë një mur qelizor të trashë dhe mekanikisht rezistent, të përbërë kryesisht nga glukane, manoproteina dhe kitinë. Kjo strukturë e ngurtë e bën shpërbërjen e majave më të vështirë sesa atë të shumë qelizave bakteriale ose të gjitarëve. Prandaj, liza e majave zakonisht kërkon intensitet më të lartë, përpunim më të gjatë ose paratrajtim enzimatik opsional.
Cilët sonikatorë Hielscher janë të përshtatshëm për lizën e majave në mikropllaka?
Hielscher UIP400MTP dhe UIP550MTP janë të përshtatshëm për lizën e majave në mikropllaka me kapacitet të lartë përpunimi të mostrave. UIP400MTP është ideal për përgatitjen rutinë paralele të mostrave, ndërsa UIP550MTP ofron fuqi më të lartë ultrasonike për detyra kërkuese të lizës, suspensione të dendura dhe shtame rezistente të majave.
A mund t’i nënshtrohet lizës Pichia pastoris në një sonikator mikropllakash?
Po. Pichia pastoris, e njohur edhe si Komagataella phaffii, mund t’i nënshtrohet lizës me anë të sonikimit me intensitet të lartë në mikropllaka. Meqë P. pastoris mund të formojë biomasë të dendur dhe ka një mur qelizor rezistent, rekomandohet optimizimi i amplitudës, ciklit të pulseve, ftohjes dhe kohës totale të sonikimit.
Cilët janë parametrat tipikë të sonikimit për lizën e majave?
Një interval fillestar i dobishëm është amplituda 50–80%, funksionimi me pulse, për shembull 10–30 sekonda ON dhe 30–60 sekonda OFF, dhe 5–15 minuta kohë kumulative ON. Parametrat e saktë varen nga shtami i majave, dendësia qelizore, vëllimi i mostrës, lloji i pllakës, tretësira tampon dhe molekula e synuar.
Pse duhet të kryhet liza e majave në modalitetin me pulse?
Modaliteti me pulse redukton grumbullimin e nxehtësisë gjatë sonikimit. Gjatë fazës ON, kavitacioni ultrasonik shpërbën qelizat. Gjatë fazës OFF, mostra mund të ftohet. Kjo është e rëndësishme sepse nxehtësia e tepërt mund të denatyrojë proteinat, të ulë aktivitetin enzimatik, të degradojë ARN-në dhe të cenojë riprodhueshmërinë.
A kërkohet paratrajtim enzimatik përpara sonikimit të qelizave të majave?
Paratrajtimi enzimatik nuk kërkohet gjithmonë, por mund të përmirësojë efikasitetin e lizës. Enzima si Zymolyase ose Lyticase tresin pjesërisht murin qelizor të majave dhe mund të zvogëlojnë intensitetin e ultratingujve ose kohën e nevojshme për lizë të plotë. Kjo mund të jetë e dobishme për proteinat e ndjeshme ose shtamet e vështira për t’u lizuar.
Si mund të parandalohet mbinxehja gjatë sonikimit të majave?
Përdorni tretësira tampon të ftohura paraprakisht, modalitetin me impulse, pauza ftohjeje dhe një konfigurim me pllakë të ftohur. Mbajeni mikropllakën të mbyllur hermetikisht dhe monitoroni temperaturën kur është e mundur. Për proteinat e ndjeshme, përdorni intervale më të shkurtra ON, intervale më të gjata OFF dhe përpunojini mostrat në kushte të ftohta.
A mund ta zëvendësojë sonikimi në mikropllaka rrahjen me rruaza për lizën e majave?
Në shumë rrjedha pune, po. Sonikimi në mikropllaka mund ta zëvendësojë rrahjen me rruaza kur kërkohet lizë e pastër, e riprodhueshme dhe paralele. Ai shmang manipulimin e rruazave, zvogëlon kompleksitetin e materialeve të konsumit dhe thjeshton automatizimin. Megjithatë, çdo aplikim duhet të validohet duke krahasuar rendimentin e lizës, integritetin e proteinave dhe performancën e analizës.
A është sonikimi në mikropllaka i përshtatshëm për ekstraktimin e proteinave nga majatë?
Po. Sonikimi në mikropllaka është shumë i përshtatshëm për ekstraktimin e proteinave nga majatë, veçanërisht kur duhet të krahasohen shumë klone ose kushte kultivimi. Inhibitorët e proteazave, tretësirat tampon të ftohta dhe parametrat e kontrolluar të impulseve ndihmojnë në ruajtjen e cilësisë së proteinave.
A mund të përdoret e njëjta metodë për ekstraktimin e ADN-së, ARN-së dhe proteinave?
Mund të përdoret i njëjti parim bazë i sonikimit, por tretësira tampon dhe kushtet e procesit duhet t’i përshtaten molekulës së synuar. Rrjedhat e punës për proteinat kërkojnë inhibimin e proteazave dhe kontrollin e temperaturës. Rrjedhat e punës për ARN-në kërkojnë manipulim pa RNaza dhe ftohje të fuqishme. Rrjedhat e punës për ADN-në mund të kërkojnë kushte të ndryshme lize dhe pastrimi, në varësi të faktit nëse dëshirohet ADN gjenomike e paprekur apo ADN e fragmentuar.
Çfarë lloj pllake duhet të përdoret për lizën e majave?
Përdorni një mikropllakë ose një pllakë me puse të thella të përshtatshme për sonikim, me mbyllje hermetike të përshtatshme. Pllakat me fund të rrumbullakët janë shpesh të dobishme për manipulimin e suspensioneve. Pllaka duhet t’u rezistojë kushteve të zgjedhura të sonikimit, temperaturës së mostrës dhe hapave të centrifugimit.
Si mund ta di nëse liza e majave është e plotë?
Efikasiteti i lizës mund të kontrollohet me mikroskopi, rendimentin e proteinave, aktivitetin enzimatik, uljen e viskozitetit, analizën SDS-PAGE, rendimentin e ADN-së/ARN-së ose krahasimin me një metodë të njohur lize. Për zhvillimin e metodës, vlerësoni si rendimentin, ashtu edhe cilësinë e molekulës së synuar të çliruar.
UIP400MTP apo UIP550MTP: Cilin sonikator për mikropllaka duhet të zgjidhni?
UIP400MTP është një sonikator i fuqishëm për mikropllaka për përgatitjen rutinë të mostrave me kapacitet të lartë përpunimi, duke përfshirë lizën e majave, ekstraktimin e proteinave, fragmentimin e ADN-së nga forcat prerëse, shkëputjen e biofilmit dhe përgatitjen e analizave. Ai është i përshtatshëm për laboratorët që kanë nevojë për sonikim të riprodhueshëm në formate standarde pllakash.
UIP550MTP ofron fuqi më të lartë ultrasonike dhe rekomandohet kur aplikimet më kërkuese kanë nevojë për intensitet më të lartë akustik, kohë më të shkurtra përpunimi, ngarkesa më të larta mostrash ose kushte më të fuqishme shpërbërjeje. Për lizën e majave, UIP550MTP është veçanërisht i dobishëm për biomasë të dendur, shtame të vështira për t’u lizuar, vëllime më të mëdha pune dhe depistim të shprehjes me kapacitet të lartë përpunimi.
A mund të automatizohet liza e majave me sonikim në mikropllaka?
Po. Sonikimi në mikropllaka është shumë i përshtatshëm për rrjedha pune laboratorike të automatizuara, sepse mostrat mbeten në format pllake. Kjo mbështet integrimin me sistemet e pipetimit, manipulimin e pllakave, centrifugimin, përgatitjen e analizave dhe rrjedhat e punës për depistim me kapacitet të lartë përpunimi.
Literatura / Referencat
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP550MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics 2024.
