Hulumtimi i mikrobiomit dhe analiza klinike e përmirësuar nga sonication
Sonication është një teknikë e fuqishme e përdorur gjerësisht në kërkimin e mikrobiomës dhe analizën klinike që lehtëson përgatitjen e mostrës me performancë të lartë. Metoda tejzanor është veçanërisht efektive për përpunimin e mostrave komplekse biologjike, të tilla si ato që përmbajnë mikroorganizma. Përdorimi i sonikacionit lehtëson lizën e qelizave, nxjerrjen dhe analizën e acideve nukleike, proteinave dhe metabolitëve, duke mundësuar një kuptim më të thellë të komuniteteve mikrobike dhe rolet e tyre në shëndet dhe sëmundje. Sonikatorët me performancë të lartë Hielscher janë të njohur për saktësinë, efikasitetin dhe rezultatet e riprodhueshme të tyre, duke i bërë ata një zgjedhje të shkëlqyer për studimet e mikrobiomit.
Përfitoni nga sonikacioni me performancë të lartë në Kërkimin e Mikrobiomës
Sonicator me pllaka 96 pusesh UIP400MTP thjeshton kërkimin e mikrobiomës me përgatitjen e mostrës me performancë të lartë
Përgatitja e mostrës me performancë të lartë me Sonicatorin 96-puse UIP400MTP
Aplikimet e Sonication në Kërkimin Microbiome
Liza efikase e qelizave
Sonicizimi është shumë efektiv në lizimin e qelizave mikrobike, duke përfshirë ato me mure qelizore të forta, të tilla si bakteret dhe kërpudhat gram-pozitive. Valët ultrasonike gjenerojnë flluska të kavitacionit në mostër, të cilat shemben dhe krijojnë valë goditëse që thyejnë muret dhe membranat qelizore të hapura. Ky proces siguron përçarje gjithëpërfshirëse të qelizave dhe çlirim efikas të përmbajtjeve ndërqelizore, si ADN, ARN dhe proteina.
Fragmentimi i kontrolluar i ADN-së
Për aplikime si sekuenca e gjeneratës së ardhshme, shpesh është e nevojshme të prehet ADN-ja në fragmente më të vogla dhe uniforme. Sonication siguron kontroll të saktë mbi procesin e fragmentimit, duke i lejuar studiuesit të marrin fragmente të ADN-së të madhësisë së dëshiruar. Ky kontroll është kritik për përgatitjen e bibliotekave të renditjes dhe sigurimin e të dhënave të sekuencës me cilësi të lartë.
Homogjenizimi i zgjeruar i mostrës
Në hulumtimin e mikrobiomit, mostrat shpesh përmbajnë një përzierje të ndryshme mikroorganizmash. Sonication ndihmon në arritjen e një shpërndarje uniforme të këtyre mikroorganizmave brenda kampionit, duke siguruar rezultate të qëndrueshme dhe të riprodhueshme. Ky homogjenizim është thelbësor për analiza të sakta sasiore, të tilla si përcaktimi i bollëkut mikrobial ose matja e aktiviteteve specifike metabolike.
Nxjerrja e besueshme e metabolitit
Nxjerrja e besueshme e metabolitit me anë të sonikacionit është një teknikë e përdorur gjerësisht në metabolomikë për izolimin e molekulave të vogla nga mostrat biologjike. Sonication përdor dridhje mekanike që prishin membranat qelizore, duke lehtësuar lirimin e metabolitëve ndërqelizor në një tretës. Kjo metodë është efikase, e riprodhueshme dhe e përputhshme me lloje të ndryshme të mostrave, duke e bërë atë një mjet të vlefshëm për studime metabolike me performancë të lartë dhe të synuar. Lexoni më shumë rreth nxjerrjes së metabolitit me ultratinguj!
“Po ju shkruaj për t'ju falënderuar për përvojën tonë fantastike duke përdorur sonikatorin tuaj UIP400MTP për lizën uniforme dhe të qëndrueshme bakteriale të mostrave të mikrobiomës fekale. Ne po e shtyjmë zarfin për teknologjinë e lizës me kapacitet të lartë dhe instrumenti juaj është i përshtatshëm për këtë detyrë. Disa nga pikat kryesore janë:
- Lehtësia e funksionimit - instrumenti është i lehtë për t'u përdorur dhe personalizimi është i thjeshtë duke përdorur zgjedhjet e menysë
- Produkt i lartë - i shkëlqyeshëm për trajtimin e pllakave, me 96 mostra në të njëjtën kohë
- Edhe sonikimi i të gjitha enëve - pajisja ishte në gjendje të jepte të njëjtën sasi sonikimi në të gjitha puset, gjë që ishte thelbësore për aplikimin tonë
- Mbështetja nga ekipi i Hielscher- mbështetja ishte e shkëlqyer, ju keni qenë gjithmonë pranë nesh në stërvitje, për t'iu përgjigjur pyetjeve tona dhe për të adresuar problemet, me sugjerime që na ndihmuan të arrijmë në qëllimin tonë.
Faleminderit përsëri për ndihmën dhe ndihmën tuaj ndërsa punuam për të optimizuar protokollet tona.”
Mark D. Driscoll, Ph.D. – Kryeshefi Shkencor – Intus Biosciences
Si aplikohet Sonication në Kërkimin dhe Diagnostifikimin e Mikrobiomës?
Metabolomika, metagjenomika dhe metaproteomika janë të ndërthurura në kërkimin e mikrobiomit pasi ato së bashku ofrojnë një kuptim gjithëpërfshirës të komuniteteve mikrobike dhe funksioneve të tyre. Liza, pastrimi i proteinave dhe fragmentimi i ADN/ARN-së janë hapa thelbësorë të përgatitjes së mostrës që janë të thjeshtuara duke përdorur sonikatorin e pllakave me 96 pusi UIP400MTP.
Metabolomika dhe Analiza Metabolome
Metabolomika përfshin studimin sistematik të metabolitëve me molekula të vogla brenda një sistemi biologjik. Në hulumtimin e mikrobiomit, sonikimi përdoret për lizimin e qelizave mikrobike, duke çliruar metabolitët ndërqelizor. Numrat e lartë të mostrave mund të përpunohen shpejt duke përdorur sonikatorin me pllaka 96 pusesh UIP400MTP. Metabolitët e nxjerrë më pas maten duke përdorur teknika të avancuara si spektrometria e masës (MS) dhe spektroskopia e rezonancës magnetike bërthamore (NMR). Të dhënat që rezultojnë ofrojnë një pamje të gjendjes metabolike të një mikrobiome, duke zbuluar njohuri mbi aktivitetet biokimike dhe ndërveprimet brenda komuniteteve mikrobike.
Metagjenomika dhe metatranskriptomika
Metagenomics përfshin analizën gjithëpërfshirëse të materialit gjenetik të rikuperuar drejtpërdrejt nga mostrat mjedisore. Sonicizimi luan një rol vendimtar në këtë proces duke lizuar qelizat mikrobike për të nxjerrë ADN-në me cilësi të lartë, e cila më pas renditet për të identifikuar dhe për të përcaktuar sasinë e specieve mikrobike të pranishme. Në metatranscriptomics, ARN-ja nxirret duke përdorur metoda të ngjashme sonikimi për të studiuar profilet e shprehjes së gjeneve nëpër komunitete të ndryshme mikrobike. Për renditjen e ADN-së dhe ARN-së, acidet nukleike duhet të fragmentohen në një gjatësi të caktuar të çifteve të bazave. Të gjitha këto detyra kryhen në mënyrë të besueshme dhe të shpejtë nga sonikatori UIP400MTP me performancë të lartë!
proteomika
Analizat proteomike kërkojnë nxjerrjen e proteinave nga qelizat mikrobike. Sonication përdoret në mënyrë efektive për të prishur qelizat, duke lëshuar proteina në tretësirë. Këto proteina më pas mund të pastrohen dhe analizohen për të kuptuar rolet e tyre funksionale brenda një mikrobiome dhe përfshirjen e tyre në rrugët metabolike. Me sonikatorin me pllaka me shumë puseta UIP400MTP, mund të kryeni detyrën e lizës dhe nxjerrjes së proteinave brenda pak minutash duke krijuar rezultate të riprodhueshme për të fituar njohuri mbi proceset biologjike të drejtuara nga proteinat në komunitetet mikrobike.
metaproteomika
Metaproteomics shtrin analizën proteomike në të gjitha komunitetet mikrobike, duke studiuar përmbajtjen kolektive të proteinave për të kuptuar shprehjen funksionale dhe ndërveprimet brenda mikrobiomës. Sonication përdoret për lizimin e qelizave, duke liruar proteinat të cilat më pas pastrohen dhe analizohen përmes teknikave si spektrometria e masës. Kjo qasje ofron njohuri të detajuara mbi proceset aktive biologjike dhe përshtatjet e komuniteteve mikrobike në mjedise të ndryshme.
Përfitoni nga kapaciteti i përpunimit me performancë të lartë të sonikatorit me pllaka me shumë pllakë UIP400MTP dhe lehtësoni kërkimin dhe analizën tuaj të mikrobiomës!
UIP400MTP sonikator me performancë të lartë për hulumtimin e mikrobiomit në pjata me shumë pusi, pjata 96 pusesh, tuba dhe enë Petri.
UIP400MTP Sonicator i pllakave Multiwell për përgatitjen e mostrës me fuqi të lartë në diagnostikimin e mikrobiomit.
Sonicatori me pllaka me shumë pllakë UIP400MTP lehtëson përgatitjen e mostrës me performancë të lartë, p.sh. në hulumtimin dhe diagnostikimin e mikrobiomit.
Sonicator me pllaka 96 pusesh UIP400MTP: Lëngu transmetues i ultrazërit rrethon të gjitha puset dhe siguron sonikacion uniform të çdo kampioni
Karakteristikat kryesore të Sonicatorit me pllaka me shumë puse UIP400MTP
| sonikacion me fuqi të lartë | I përshtatshëm në mënyrë perfekte për pllaka 96 pusesh dhe pllaka të tjera me shumë pus, UIP400MTP lejon sonifikimin e njëkohshëm, identik të mostrave të shumta, duke shkurtuar ndjeshëm kohëzgjatjen e përgatitjes së kampionit dhe duke rritur xhiron e testimit të numrit të lartë të mostrës. |
| Përdorni Pllakën Multiwell sipas zgjedhjes suaj | UIP400MTP është projektuar për të sonikuar çdo pllakë standarde me shumë pus, pllakë PCR ose pllakë mikrotitërore. Ju zgjidhni pjatën më të përshtatshme për eksperimentet tuaja. Meqenëse UIP400MTP nuk kërkon materiale konsumuese të pronarit, kjo ju kursen shumë para! |
| Ultratinguj pa kontakt | Multiwell Plate Sonicator UIP400MTP aplikon ultratinguj intensivë pa futur asgjë në mostër. Mund t'i sonikoni pllakat e ealuara me shumë pusi, enët e mbyllura dhe shishkat. Hielscher ju furnizon mbajtës të mostrave të personalizuara për çdo shishe ose enë jo standarde. |
| Preciziteti dhe Kontrolli | Kontrolli i saktë dhe softueri inteligjent ju lejon të vendosni parametrat tejzanor për t'iu përshtatur në mënyrë optimale nevojave tuaja specifike të përpunimit. Ju merrni efikasitetin dhe efektivitetin maksimal të sonikimit për çdo eksperiment. |
| kontrollin e temperaturës | Vendosni një temperaturë specifike për sonikimin tuaj. Sonicatori i pllakave UIP400MTP mund të monitorojë temperaturën e mostrës dhe të rregullojë tingullin në përputhje me rrethanat. Një lëng ftohës riqarkullues ftoh çdo pus në pjatë për kontroll të saktë të temperaturës. |
| Protokolim dhe telekomandë | Çdo ekzekutim i sonication mund të kontrollohet nga një kompjuter. Nuk nevojitet instalim i softuerit. Ju mund të përdorni shfletuesin tuaj standard (p.sh. Chrome, Firefox, Edge ose Safari) në çdo sistem operativ (p.sh. MacOS, Windows, Android, iOS ose Linux) për të kontrolluar dhe monitoruar UIP400MTP nga distanca. Çdo ekzekutim i sonication prodhon një protokoll të detajuar sonication për vlerësim dhe dokumentacion. Skedari i protokollit është në një format CSV jo të pronarit, të cilin mund ta hapni me programin tuaj të preferuar, p.sh. Microsoft Excel, Apple Numbers ose OpenOffice Calc. |
| E fortë dhe e besueshme | I projektuar dhe ndërtuar në Gjermani sipas standardeve më të larta të cilësisë, UIP400MTP nuk është vetëm i fuqishëm, por edhe jashtëzakonisht i qëndrueshëm. Dizajni i tij përmbush standardet industriale dhe përballon lehtësisht ashpërsinë e përdorimit të përditshëm në një mjedis laboratorik kërkues. Ju mund ta përdorni UIP400MTP vazhdimisht 24 orë, 7 ditë në javë në operacione me shpejtësi të lartë. |
- efikasitet të lartë
- teknologjinë më të fundit
- besueshmëria & qëndrueshmëri
- kontroll i rregullueshëm, i saktë i procesit
- softuer inteligjent
- veçoritë inteligjente (p.sh., të programueshme, protokollimi i të dhënave, telekomanda)
- e lehtë dhe e sigurt për t'u përdorur
- mirëmbajtje e ulët
- CIP (i pastër në vend)
Dizajn, Prodhim dhe Konsulencë – Cilësi e prodhuar në Gjermani
Ultrasonikët Hielscher janë të njohur për cilësinë e tyre më të lartë dhe standardet e dizajnit. Qëndrueshmëria dhe funksionimi i lehtë lejojnë integrimin e qetë të ultrasonikëve tanë në objektet industriale. Kushtet e vështira dhe mjediset kërkuese trajtohen lehtësisht nga ultrasonikët Hielscher.
Hielscher Ultrasonics është një kompani e certifikuar ISO dhe i kushton theks të veçantë ultratingujve me performancë të lartë që paraqesin teknologjinë më të fundit dhe lehtësinë ndaj përdorimit. Sigurisht, ultrasonikët Hielscher janë në përputhje me CE dhe plotësojnë kërkesat e UL, CSA dhe RoHs.
Sonicator pa kontakt UIP400MTP për përgatitjen e mostrës së mikrobiomit në pllaka me shumë pus.
Literatura / Referencat
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- InfoGraphic UIP400MTP – 96-well plate Ultrasonicator for High-Throughput Sample Prep – english – Hielscher Ultrasonics
- Jannike L. Krause, Sven-Bastiaan Haange, Stephanie S. Schäpe, Beatrice Engelmann, Ulrike Rolle-Kampczyk, Katarina Fritz-Wallace, Zhipeng Wang, Nico Jehmlich, Dominique Türkowsky, Kristin Schubert, Judith Pöppe, Katrin Bote, Uwe Rösler, Gunda Herberth, Martin von Bergen (2020): The glyphosate formulation Roundup® LB plus influences the global metabolome of pig gut microbiota in vitro. Science of The Total Environment, Volume 745, 2020.
- Tröscher-Mußotter, Johanna; Sáenz, Johan; Grindler, Sandra; Meyer, Jennifer; Kononov, Susanne; Mezger, Beate; Borda, Daniel; Frahm, Jana; Dänicke, Sven; Camarinha-Silva, Amelia; Huber, Korinna; Seifert, Jana (2021): Microbiome Clusters Disclose Physiologic Variances in Dairy Cows Challenged by Calving and Lipopolysaccharides. mSystems 2021.
- Jannike Lea Krause, Beatrice Engelmann, Stephanie Serena Schaepe, Ulrike Rolle-Kampczyk, Nico Jehmlich, Hyun-Dong Chang, Ulla Slanina, Maximillian Hoffman, Jörg Lehmann, Ana Claudia Zenclussen, Gunda Herberth, Martin von Bergen, Sven-Bastiaan Haange (2024): DSS treatment does not affect murine colonic microbiota in absence of thehost. Gut Microbes 2024.
Pyetjet e bëra më shpesh në lidhje me kërkimin e mikrobiomit
Çfarë i bën Sonication baktereve?
Sonication prish qelizat bakteriale duke përdorur valë zanore me frekuencë të lartë, duke shkaktuar kavitacion që gjeneron valë goditëse dhe forca mekanike, duke çuar në lizën e qelizave dhe lirimin e përmbajtjes ndërqelizore.
Cilat metoda përdoren për të studiuar mikrobiomet?
Metodat për të studiuar mikrobiomet përfshijnë teknikat e sekuencës së ADN-së si sekuenca e gjenit 16S rRNA dhe metagjenomika, si dhe transkriptomika, proteomika dhe metabolomika për të analizuar funksionet dhe ndërveprimet mikrobike. Mjetet e bioinformatikës përdoren për të interpretuar të dhënat e gjera të krijuara.
Cilat janë teknikat e përdorura në analizën e mikrobiomit?
Teknikat e përdorura në analizën e mikrobiomës përfshijnë sekuencën e gjenit 16S rRNA për profilizimin taksonomik, sekuencën metagjenomike për analizën gjenetike gjithëpërfshirëse, metatranskriptomikën për të studiuar shprehjen e gjeneve, metaproteomikën për të analizuar proteinat dhe metabolomikën për të identifikuar produktet metabolike. Mjetet bioinformatike janë thelbësore për përpunimin dhe interpretimin e të dhënave.
Cilat janë Metabolomika, Metagjenomika dhe Metaproteomika në Kërkimin e Mikrobiomit?
Në hulumtimin e mikrobiomit, metabolomics analizon molekulat e vogla dhe metabolitët e prodhuar nga mikrobet, duke ofruar njohuri për aktivitetet e tyre metabolike. Metagjenomika përfshin renditjen e gjenomave kolektive të komuniteteve mikrobike për të kuptuar përbërjen e tyre gjenetike dhe potencialin funksional. Metaproteomics studion të gjithë përmbajtjen e proteinave të një mikrobiome, duke zbuluar shprehjen funksionale të gjeneve dhe rolet që proteinat luajnë brenda komunitetit mikrobik.
Cilat janë kolonitë bakteriale në kërkimin e mikrobiomit?
Kolonitë bakteriale në hulumtimin e mikrobiomit janë grupe bakteresh të rritura nga një ose disa qeliza në një mjedis të fortë rritjeje, duke formuar grupime të dukshme. Këto koloni përfaqësojnë popullata klonale të përdorura për të studiuar karakteristikat, diversitetin dhe funksionet e shtameve specifike bakteriale brenda një komuniteti mikrobik.
Hielscher Ultrasonics prodhon homogjenizues tejzanor me performancë të lartë nga laboratori te madhësia industriale.