Proteomik tadqiqotlar – Nima uchun sonikator namuna tayyorlash uchun ajralmas hisoblanadi
Proteomik tadqiqotlar hujayra biologiyasi haqida chuqur ma'lumot beradi va oqsillar va ularning funktsiyalarini har tomonlama tahlil qilish imkonini beruvchi biologik tizimlar haqidagi tushunchamizni kengaytiradi. Proteomik tadqiqotlar muvaffaqiyatining markaziy qismi yuqori sifatli namunalarni tayyorlashdir, bu ko'pincha murakkab va ko'p mehnat talab qiladigan namunalarni tayyorlashni o'z ichiga oladi. Sonication an'anaviy usullarga nisbatan ko'plab afzalliklarni taklif qiluvchi namuna tayyorlash uchun yaxshi tasdiqlangan va kuchli vositadir. Zond tipidagi sonikatorlar, VialTweeter va UIP400MTP yuqori o'tkazuvchanlik plastinka-sonikatori kabi turli sonikator modellari proteomik namunani qayta ishlashda noyob afzalliklarni taklif qiladi va ishonchli, takrorlanadigan tadqiqot natijalariga yo'l ochadi.
Nega menga proteomik tadqiqotlarim uchun sonikator kerak?
Proteomik tadqiqotlar sohasida sonikatorga bo'lgan ehtiyoj tahlil uchun yuqori sifatli namunalarga erishishning muhim ahamiyatidan kelib chiqadi. Proteomik tadqiqotlarda sonikatsiyadan foydalanish samarali hujayra lizisini ta'minlash, oqsil ekstraktsiyasini yaxshilash, murakkab namunalarni homogenlashtirish, fermentativ hazm qilishni osonlashtirish, namunaning ifloslanishini kamaytirish va yuqori mahsuldorlikni qayta ishlash imkoniyatlarini ta'minlash orqali ishonchli va takrorlanadigan natijalarga erishish uchun juda muhimdir.
Proteomikada namuna tayyorlashning ahamiyati: Proteomik tajribalarda ishonchli va takrorlanadigan natijalarga erishish namunani sinchkovlik bilan tayyorlashga bog'liq. Hujayra lizisidan oqsillarni ajratib olish va tozalashgacha bo'lgan har bir qadam artefaktlarni minimallashtirish va namunaning yaxlitligini ta'minlash uchun aniq bajarilishi kerak. Biroq, mexanik buzilish va kimyoviy lizis kabi an'anaviy usullar ko'pincha to'liq ekstraksiya, oqsilning parchalanishi va namunaning ifloslanishi kabi muammolar tufayli kerakli natijalarga erisha olmaydi.
Yuqori o'tkazuvchan sonikator UIP400MTP proteomikada namuna tayyorlash uchun.
Ultrasonikatsiya: Proteomik namunani tayyorlashda o'yinni o'zgartiruvchi
Ultrasonikatsiya, biologik namunalarni buzish uchun yuqori chastotali tovush to'lqinlaridan foydalanish jarayoni proteomik namunani tayyorlashda o'yinni o'zgartiruvchi vosita sifatida paydo bo'ldi. Akustik energiya kuchidan foydalangan holda, sonikatorlar tez va samarali hujayra lizisini, oqsillarni ajratib olishni va fermentativ hazm qilishni osonlashtiradi, bu esa yuqori hosildorlikka va namunaning tozaligini yaxshilashga olib keladi.
Protokol: Biofilm va proteomik tahlilda Hielscher ko'p namunali sonikatorlardan foydalangan holda bosqichma-bosqich ko'rsatmalarni bu erda toping!
Sonication yordamida osonlashtirilgan namuna tayyorlash vazifalari
- Hujayra lizisi va oqsillarni ekstraktsiyasi: Sonikatorlar ko'p qirrali va aniqligi tufayli hujayra lizisi va oqsillarni olish uchun idealdir. Ultrasonik energiyaning boshqariladigan portlashlarini etkazib berish orqali sonikator hujayra membranalarini samarali ravishda buzadi va hujayra ichidagi oqsillarni ularning yaxlitligini buzmasdan chiqaradi. Bu, ayniqsa, oqsil-oqsil o'zaro ta'sirini o'rganish va tizimli proteomika kabi quyi oqimlarni tahlil qilish uchun buzilmagan protein tuzilmalarini talab qiladigan proteomik tadqiqotlarda juda muhimdir.
- Yuqori mahsuldorlikka ega namunalarni qayta ishlash: UIP400MTP plastinka sonikatori yuqori samarali proteomik namunani qayta ishlashda misli ko'rilmagan samaradorlikni taklif etadi. Ultrasonik energiyani ko'p quduqli plastinka formatida ishlatib, UIP400MTP bir vaqtning o'zida bir nechta namunalarni sonikatsiya qilish imkonini beradi, ishlov berish vaqtini va mehnat xarajatlarini keskin kamaytiradi. Bu, ayniqsa, namuna kutubxonalarini tezkor tekshirishni yoki biomarkerlarni aniqlash va tekshirish uchun yuqori namuna o'tkazish qobiliyatini talab qiluvchi keng ko'lamli proteomik tadqiqotlarda foydalidir.
- Protein yog'ishidan keyin hosildorlikning oshishi: Protein yog'inlari odatda oqsillarni konsentratsiyalash va ularni turli ifloslantiruvchi moddalardan tozalash uchun biologik namunalarni quyi oqimda qayta ishlashda qo'llaniladi. Sonikatsiya trikloroatsetik kislota (TCA) oqsillarni cho'ktirganda oqsil hosilini oshirish uchun qayta suspenziya qilishning samarali usuli sifatida ko'rsatildi. Namunalarni sonikatsiya qilish, TCA cho'kmasidan so'ng namuna buferida elutsiyadan so'ng, oqsilning umumiy tiklanishini oshiradi va takrorlanish va mos keladigan nisbatlarni yaxshilaydi.
- Proteolitik hazm qilish: Ultratovush yordamida oqsil hazm qilish tezligi va samaradorligi bo'yicha an'anaviy tungi hazm qilishdan sezilarli darajada ustun turadi. Sonikatsiya murakkab proteomalarning tez qisqarishi, alkillanishi va proteolitik hazm bo'lishini ta'minlaydi, an'anaviy 12-24 soatdan bir necha daqiqagacha talab qilinadigan vaqtni qisqartiradi. Ushbu ultratovushli yondashuv nafaqat ish jarayonini tezlashtiradi, balki proteomik tahlillarda takrorlanuvchanlik va izchillikni oshiradi. Batafsil bu yerda oʻqing!
- Namuna gomogenlash va bufer aralashtirish: Sonication proteomika ish oqimlarida namunani homogenlashtirish, hujayra eruvchanligi va buferni aralashtirishni osonlashtiradi.
VialTweeter ko'p quvurli sonikator 10 tagacha namunalarni bir vaqtning o'zida sonikatsiya qilish uchun, masalan, hujayralarni buzish va oqsillarni olish uchun.
Mening proteomik namunalarim uchun eng yaxshi sonikator
Hielscher Ultrasonics turli sonikator modellarini taklif etadi, ularning dizayni ideal namunani tayyorlashga imkon beradi.
Kichik yoki yuqori namunali raqamlarni, daqiqali yoki katta hajmlarni sonikatsiya qilishingiz kerak bo'ladimi – Hielscher sizning protein bilan bog'liq dasturingiz uchun eng mos sonikatorga ega.
Flakonlar va stakanlar – Zond tipidagi sonikator: Klassik zond tipidagi sonikator flakonlar yoki stakanlardagi bitta namunalar jarayon bo'lganda, kichikroq namunalar uchun laboratoriya gomogenizatori sifatida keng qo'llaniladi. Mikro-uchli UP50H yoki UP100H laboratoriya gomogenizatorlari namunani to'g'ridan-to'g'ri ultratovush qilish uchun ishlatiladigan odatiy prob-/shox-sonikatorlardir.
96-quduqli plitalar/Mikrotitr plitalari – UIP400MTP Plitalar-sonikator: Namuna sonining ko'payishi va 96, 384 yoki 1536 quduqli ko'p quduqlar va mikroplastinkalardan foydalanish bilan UIP400MTP yuqori o'tkazuvchan plastinka sonikatori bir vaqtning o'zida bir nechta namunalarni bir vaqtning o'zida sonikatsiya va aralashtirish imkonini beradi, yumshoq, ammo samarali oqsil izolyatsiyasini ta'minlaydi, shuningdek, yaxshilab aralashtirish va bir xil shaklda. reagentlarning dispersiyasi. Bu, ayniqsa, murakkab namuna matritsalari yoki bir nechta namunali preparatlarni o'z ichiga olgan proteomik tajribalarda foydalidir, bu erda aniq va takrorlanadigan natijalar uchun bir xillik juda muhimdir.
10 flakongacha – VialTweeter: Agar siz bir vaqtning o'zida bir nechta flakonlar, masalan, Eppendorf naychalari bilan ishlasangiz, VialTweeter siz tanlagan vositadir. VialTweeter bir vaqtning o'zida 10 tagacha yopiq flakon yoki naychalarni sonikatsiya qilish imkonini beruvchi noyob dizaynni taklif etadi. O'zaro kontaminatsiya va havo bilan ifloslanish butunlay oldini oladi.
Bir nechta flakonlar yoki bitta idishlar – Kubok shoxi: UP200St_TD-Cuphorn kuchli sonikator bo'lib, u flakon ushlagichi yordamida bir vaqtning o'zida bir nechta flakonlarni qayta ishlash yoki CupHorn suv hammomiga alohida idishni joylashtirish imkonini beradi.
Biz yordam berish uchun shu yerdamiz
Bizning texnik xodimlarimiz ultratovush bo'yicha mutaxassislardir va sizning talablaringizni qondiradigan va tadqiqotingizni muvaffaqiyatga aylantiradigan eng mos sonikatorni tavsiya qilishni yaxshi biladi. Sonikatorlar proteomik tadqiqotlarda ajralmas vositaga aylanganligi sababli, namuna tayyorlashda misli ko'rilmagan samaradorlik, ko'p qirralilik va takrorlanuvchanlikni taklif qilgan holda, Hielscher sizga mukammal sonikator modelini taqdim etadigan sonikatsiya eng samarali va ishonchli ekanligiga ishonch hosil qiladi. Hujayra lizisidan oqsillarni ajratib olishgacha va undan keyin ultratovush an'anaviy usullarni ortda qoldirib, tadqiqotchilarga proteomik fanning chegaralarini kengaytirishga imkon beradi. Proteomik tadqiqotlar rivojlanishda davom etar ekan, sonikatorlar ishonchli natijalarga hissa qo'shadigan va oqsillarning murakkab dunyosi va ularning funktsiyalarini tushunishga yordam beradigan asosiy namuna tayyorlash vositasidir.
- yuqori samaradorlik
- yuqori o'tkazuvchanlik
- eng zamonaviy texnologiya
- Qayta tiklanadigan, takrorlanadigan natijalar
- ishonchlilik & mustahkamlik
- sozlanishi, aniq jarayon nazorati
- stakanlar, flakonlar, naychalar, mikroplastinkalar uchun
- har qanday namuna hajmi uchun
- aqlli dasturiy ta'minot
- aqlli xususiyatlar (masalan, dasturlashtiriladigan, ma'lumotlarni protokollash, masofadan boshqarish)
- oson va xavfsiz ishlash
- past texnik xizmat ko'rsatish
- CIP (joyida toza)
Dizayn, ishlab chiqarish va konsalting – Germaniyada ishlab chiqarilgan sifat
Hielscher ultrasonikatorlari eng yuqori sifat va dizayn standartlari bilan mashhur. Mustahkamlik va qulay foydalanish ultratovush qurilmalarimizni sanoat ob'ektlariga silliq integratsiya qilish imkonini beradi. Qo'pol sharoitlar va talabchan muhit Hielscher ultrasonikatorlari tomonidan osonlik bilan hal qilinadi.
Hielscher Ultrasonics ISO sertifikatiga ega kompaniya bo'lib, eng zamonaviy texnologiya va foydalanuvchilarga qulaylik bilan ajralib turadigan yuqori samarali ultratovush apparatlariga alohida e'tibor beradi. Albatta, Hielscher ultrasonikatorlari Idoralar talablariga javob beradi va UL, CSA va RoHs talablariga javob beradi.
Quyidagi jadval DNK va RNK parchalanishi, hujayra lizisi, DNK va oqsillarni izolyatsiyalash, proteolitik hazm qilish yoki biofilmni ajratish kabi namuna tayyorlash vazifalari uchun ideal bo'lgan laboratoriya ultratovush apparatlarining taxminiy qayta ishlash imkoniyatlarini ko'rsatadi:
| sonikator | Quvvat [Vt] | Turi | Hajmi [ml] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | mikroplitalar uchun | 6 – 3456 quduq | VialTweeter | 200 | 10 flakongacha plyus qisqich bilan mahkamlash imkoniyati | 0.5 – 1.5 |
| UP50H | 50 | Prob turi | 0.01 – 250 |
| UP100H | 100 | Prob turi | 0.01 – 500 |
| UP200Ht | 200 | Prob turi | 0.1 – 1000 |
| UP200St | 200 | Prob turi | 0.1 – 1000 |
| UP400St | 400 | Prob turi | 5.0 – 2000 |
| chashka | 200 | CupHorn, sonoreaktor | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | ifloslanishsiz oqim xujayrasi |
Biz bilan bog'lanish! / Bizdan so'rang!
Ultrasonik kubok oqsil izolyatsiyasi va DNK parchalanishi uchun bir xil sharoitlarda bir nechta namunalardan bir vaqtning o'zida yuqori samarali namuna tayyorlash uchun.
Fact Sheets – Proteomika uchun Hielscher Sonicator modellari
Sonikatsiya va proteomikaga oid tez-tez so'raladigan savollar
Sonikatsiya disulfid aloqalarini buzishi mumkinmi?
Yuqori quvvatdagi sonikatsiya oqsillarni olish jarayonida kovalent aloqalarni buzishi mumkin. Biroq, sonikatsiya namunalarga mos keladigan boshqariladigan quvvat darajalarida o'tkazilganda. ulrasonikatsiya disulfid aloqalarining uzilishiga olib kelmaydi. Shuning uchun amplituda, quvvat, vaqt va harorat kabi ultratovush jarayoni parametrlarini aniq nazorat qilish juda muhimdir. Hielscher sonikatorlari sizga ushbu parametrlarni to'liq nazorat qilish imkonini beradi.
Sonikatsiya peptid aloqalarini buzishi mumkinmi?
Sonication - qattiq peptidlarni kichikroq zarrachalarga bo'lish orqali peptidlarning eruvchanligini oshirishning samarali usuli. Biroq, agar tovushdan so'ng peptid eritmasi jelleşme, loyqalik yoki ko'rinadigan flokulyatsiyalar mavjudligini ko'rsatsa, bu to'liq eritilmaganligini ko'rsatadi, peptid eritma matritsasi ichida faqat to'xtatib qo'yilgan.
Bunday hollarda to'liq eritishga erishish uchun yanada kuchli erituvchiga ehtiyoj paydo bo'ladi. Agar eritish qiyin bo'lsa, siz uchuvchi bufer eritmasini liyofilizatsiya qilishingiz va olib tashlashingiz mumkin. Keyinchalik, bu quritilgan namuna peptidlarning eruvchanligini oshirish uchun muqobil erituvchilarni o'rganishga imkon beradi, bu esa optimal erituvchi tizimini aniqlash imkonini beradi.
Adabiyot / Adabiyotlar
- Lindemann C, Lupilova N, Müller A, Warscheid B, Meyer HE, Kuhlmann K, Eisenacher M, Leichert LI. (2013): Redox proteomics uncovers peroxynitrite-sensitive proteins that help Escherichia coli to overcome nitrosative stress. Journal of Biological Chemistry 288(27); 2013. 19698-714.
- Gonçalo Martins, Javier Fernández-Lodeiro, Jamila Djafari, Carlos Lodeiro, J.L. Capelo, Hugo M. Santos (2019): Label-free protein quantification after ultrafast digestion of complex proteomes using ultrasonic energy and immobilized-trypsin magnetic nanoparticles. Talanta, Volume 196, 2019. 262-270.
- Andreas Hofmann, Bertran Gerrits, Alexander Schmidt, Thomas Bock, Damaris Bausch-Fluck, Rudolf Aebersold, Bernd Wollscheid (2010): Proteomic cell surface phenotyping of differentiating acute myeloid leukemia cells.
Blood, Volume 116, Issue 13; 2010. e26-e34. - Fernandes, Luz; Santos, Hugo; Nunes-Miranda, J.; Lodeiro, Carlos; Capelo, Jose (2011): Ultrasonic Enhanced Applications in Proteomics Workflows: single probe versus multiprobe. Journal of Integrated OMICS 2011.
- Fic, E., Kedracka-Krok, S., Jankowska, U., Pirog, A. and Dziedzicka-Wasylewska, M. (2010): Comparison of protein precipitation methods for various rat brain structures prior to proteomic analysis. Electrophoresis, 31; 2020. 3573-3579.
- Manadas B.J., Vougas K., Fountoulakis M., Duarte C.B. (2006): Sample sonication after trichloroacetic acid precipitation increases protein recovery from cultured hippocampal neurons, and improves resolution and reproducibility in two-dimensional gel electrophoresis. Electrophoresis 27(9); 2006. 1825-1831.
- Pooreydy, B., Jafari, M., Tajik, F., Karimi, M., Rezaei-Tavirani, M., Ghassempour, A., Rezadoost, H., & Khodabandeh, M. (2013): Organelle Isolation for Proteomics: Mitochondria from Peripheral Blood Mononuclear Cells. Archives of Advances in Biosciences 4, 2013.
Hielscher Ultrasonics kompaniyasi yuqori samarali ultratovushli homogenizatorlarni ishlab chiqaradi laboratoriya uchun sanoat hajmi.