Proteomik tadqiqotlar – Nima uchun sonikator namunalarni tayyorlashda ajralmas vosita hisoblanadi
Proteomik tadqiqotlar oqsillar va ularning funksiyalarini keng qamrovli tahlil qilish imkonini berib, hujayra biologiyasini chuqur anglashga yordam beradi va biologik tizimlar haqidagi tushunchamizni kengaytiradi. Proteomik tadqiqotlarning muvaffaqiyati uchun yuqori sifatli namunalarni tayyorlash hal qiluvchi ahamiyatga ega boʻlib, bu koʻpincha murakkab va koʻp mehnat talab qiladigan namuna tayyorlash jarayonlarini oʻz ichiga oladi. Ultratovush bilan ishlov berish namunalarni tayyorlash uchun yaxshi oʻrganilgan va kuchli vosita boʻlib, anʼanaviy usullarga nisbatan koʻplab afzalliklarni taqdim etadi. Zondli sonikatorlar, VialTweeter va namunalarni qayta ishlash unumdorligi yuqori boʻlgan UIP400MTP planshet sonikatori kabi turli sonikator modellari proteomik namunalarga ishlov berishda oʻziga xos afzalliklarni taqdim etadi hamda ishonchli va qayta hosil qilinadigan tadqiqot natijalariga yoʻl ochadi.
Proteomik tadqiqotlarim uchun nima sababdan sonikator kerak?
Proteomik tadqiqotlar sohasida sonikatorga ehtiyoj tahlil uchun yuqori sifatli namunalarni olishning hal qiluvchi ahamiyatidan kelib chiqadi. Proteomik tadqiqotlarda ultratovush bilan ishlov berish hujayralarning samarali lizisi, oqsillar ekstraksiyasining yaxshilanishi, murakkab namunalarning gomogenizatsiyasi, fermentativ parchalashning osonlashishi, namunalar ifloslanishining kamayishi va namunalarni yuqori unumdorlik bilan qayta ishlash imkoniyatlarini taʼminlab, ishonchli va qayta hosil qilinadigan natijalarga erishish uchun zarurdir.
Proteomikada namunalarni tayyorlashning ahamiyati: Proteomik tajribalarda ishonchli va qayta hosil qilinadigan natijalarga erishish namunalarni puxta tayyorlashga bogʻliq. Hujayra lizisidan tortib oqsillarni ekstraksiya qilish va tozalashgacha boʻlgan har bir bosqich artefaktlarni imkon qadar kamaytirish va namuna yaxlitligini taʼminlash uchun aniq bajarilishi kerak. Biroq mexanik parchalash va kimyoviy lizis kabi anʼanaviy usullar toʻliq boʻlmagan ekstraksiya, oqsillarning degradatsiyasi va namunalarning ifloslanishi kabi muammolar tufayli koʻpincha kerakli natijalarni bermaydi.
Namunalarni qayta ishlash unumdorligi yuqori boʻlgan UIP400MTP sonikatori proteomikada namunalarni tayyorlash uchun.
Ultratovush bilan ishlov berish: proteomik namunalarni tayyorlashda tub burilish
Ultratovush bilan ishlov berish, yaʼni biologik namunalarni parchalash uchun yuqori chastotali tovush toʻlqinlaridan foydalanish jarayoni proteomik namunalarni tayyorlashda tub burilish yasadi. Akustik energiya kuchidan foydalanib, sonikatorlar hujayralarning tez va samarali lizisi, oqsillar ekstraksiyasi hamda fermentativ parchalashni osonlashtiradi, bu esa mahsulot chiqishining ortishiga va namuna tozaligining yaxshilanishiga olib keladi.
Protokol: biofilm va proteomik tahlilda Hielscher koʻp namunali sonikatorlaridan foydalanish boʻyicha bosqichma-bosqich yoʻriqnomani shu yerdan toping!
Ultratovush bilan ishlov berish yordamida osonlashadigan namuna tayyorlash vazifalari
- Hujayra lizisi va oqsillar ekstraksiyasi: Sonikatorlar koʻp qirraliligi va aniqligi tufayli hujayra lizisi va oqsillar ekstraksiyasi uchun ideal vositalardir. Ultratovush energiyasining nazorat qilinadigan impulslarini uzatib, sonikatorlar hujayra membranalarini samarali parchalaydi va hujayra ichidagi oqsillarni ularning yaxlitligini buzmasdan ajratib chiqaradi. Bu oqsillar oʻrtasidagi oʻzaro taʼsirlarni oʻrganish va strukturaviy proteomika kabi keyingi tahlillar uchun buzilmagan oqsil tuzilmalari talab etiladigan proteomik tadqiqotlarda ayniqsa qimmatlidir.
- Namunalarni yuqori unumdorlik bilan qayta ishlash: UIP400MTP planshet sonikatori proteomik namunalarni yuqori unumdorlik bilan qayta ishlashda tengsiz samaradorlikni taqdim etadi. Koʻp chuqurchali planshet formatida ultratovush energiyasidan foydalanib, UIP400MTP bir vaqtning oʻzida bir nechta namunaga ultratovush bilan ishlov berish imkonini yaratadi va ishlov berish vaqtini hamda mehnat xarajatlarini keskin kamaytiradi. Bu namuna kutubxonalarini tez skrining qilish yoki biomarkerlarni aniqlash va tasdiqlash uchun koʻp sonli namunalarni qayta ishlash talab etiladigan keng koʻlamli proteomik tadqiqotlarda ayniqsa foydalidir.
- Oqsillarni choʻktirishdan keyin mahsulot chiqishining ortishi: Oqsillarni choʻktirish biologik namunalarni keyingi qayta ishlashda oqsillarni konsentrlash va turli ifloslantiruvchi moddalardan tozalash maqsadida keng qoʻllaniladi. Trixlorsirka kislotasi (TCA) bilan choʻktirilgan oqsillarga keyinchalik ultratovush bilan ishlov berilganda, bu usul oqsil chiqishini oshirish uchun qayta suspenziyalashning samarali texnikasi ekanligi koʻrsatilgan. TCA bilan choʻktirish va undan keyin namuna buferida elyutsiya qilishdan soʻng namunalarga ultratovush bilan ishlov berish oqsillarning umumiy qaytarib olinadigan miqdorini oshiradi hamda natijalarning qayta hosil qilinishi va mos kelish nisbatlarini yaxshilaydi.
- Proteolitik parchalash: Ultratovush yordamida oqsillarni parchalash tezlik va samaradorlik jihatidan anʼanaviy tun davomida parchalashdan ancha ustun. Ultratovush bilan ishlov berish murakkab proteomlarni tez qaytarish, alkillash va proteolitik parchalash imkonini berib, kerakli vaqtni odatdagi 12–24 soatdan atigi bir necha daqiqagacha qisqartiradi. Ushbu ultratovushli yondashuv ish jarayonini tezlashtirish bilan birga proteomik tahlillarda natijalarning qayta hosil qilinishi va izchilligini ham yaxshilaydi. Batafsil maʼlumotni shu yerda oʻqing!
- Fosfoproteomika: Ultratovush bilan ishlov berish fosfoproteomik ish jarayonlarini, avvalo, hujayra lizisi samaradorligi va oqsillar ekstraksiyasini yaxshilash orqali takomillashtiradi, ayniqsa mustahkam bogʻlangan yoki membrana bilan bogʻliq oqsillar uchun. Ultratovush bilan ishlov berish paytida hosil boʻladigan mexanik siljish kuchlari hujayra va hujayra ichidagi tuzilmalarni parchalaydi hamda aks holda ajratib olish imkoni boʻlmasligi mumkin boʻlgan fosforlangan oqsillarning ajralib chiqishini osonlashtiradi. Bu proteom qamrovining kengayishiga va kam miqdorda mavjud fosfopeptidlarni aniqlashning yaxshilanishiga olib keladi. Bundan tashqari, nazorat qilinadigan ultratovush bilan ishlov berish namuna qovushqoqligini kamaytirishga yordam berishi mumkin, masalan, nuklein kislotalarni fragmentlash orqali. Bu keyingi fermentativ parchalash va fosfopeptidlarni boyitish samaradorligini oshirib, yakunda yanada qayta hosil qilinadigan va keng qamrovli fosforlanish profillarini beradi. Batafsil maʼlumotni shu yerda oʻqing!
- Filtr yordamida namuna tayyorlash (FASP): FASP ish jarayonlarida ultratovush bilan ishlov berish filtrlashdan oldin oqsillarning eruvchan holatga oʻtishi va gomogenizatsiyasini yaxshilash orqali yordam beradi. Hujayralar va oqsil agregatlarining samarali parchalanishi oqsillarning mochevina kabi denaturatsiyalovchi moddalar taʼsiriga toʻliq uchrashini taʼminlaydi, bu esa ularning filtrda samarali ushlanib qolishi va keyingi parchalanishi uchun hal qiluvchi ahamiyatga ega. Ultratovush bilan ishlov berish namuna qovushqoqligini kamaytirishga ham yordam berib, filtrlashning ravon kechishini taʼminlaydi va filtr tiqilib qolishini imkon qadar kamaytiradi. Natijada proteolitik parchalash, odatda tripsin bilan, samaraliroq va bir tekisroq kechadi, peptidlarni qaytarib olish hamda FASP protokoli natijalarining umumiy qayta hosil qilinishi yaxshilanadi. Batafsil maʼlumotni shu yerda oʻqing!
- Namunalarni gomogenizatsiyalash va buferlarni aralashtirish: Ultratovush bilan ishlov berish proteomika ish jarayonlarida namunalarni gomogenizatsiyalash, hujayralarni eruvchan holatga oʻtkazish va buferlarni aralashtirishni osonlashtiradi.
VialTweeter koʻp probirkali sonikatori bir vaqtning oʻzida 10 tagacha namunaga ultratovush bilan ishlov berish, masalan, hujayralarni parchalash va oqsillarni ekstraksiya qilish uchun.
Proteomik namunalarim uchun eng yaxshi sonikator
Hielscher Ultrasonics turli sonikator modellarini taklif etadi, ularning konstruksiyalari namunalarni ideal tarzda tayyorlash imkonini beradi.
Kam yoki koʻp sonli namunalarga, juda kichik yoki katta hajmlarga ultratovush bilan ishlov berishingiz kerak boʻlishidan qatʼi nazar, Hielscher oqsillar bilan bogʻliq qoʻllanishingiz uchun eng mos sonikatorga ega.
Flakonlar va stakanlar – Zondli sonikator: Klassik zondli sonikator kamroq sonli namunalar uchun, flakonlar yoki stakanlardagi alohida namunalarga ishlov berilganda, laboratoriya gomogenizatori sifatida keng qoʻllaniladi. Mikro uchli UP50H yoki UP100H laboratoriya gomogenizatorlari namunaga bevosita ultratovush bilan ishlov berish uchun qoʻllaniladigan odatiy zondli yoki shoxsimon sonikatorlardir.
96 chuqurchali planshetlar / Mikrotitr planshetlari – UIP400MTP planshet sonikatori: Namunalar soni ortib, 96 , 384 yoki 1536 chuqurchali koʻp chuqurchali planshetlar va mikroplanshetlardan foydalanilganda, namunalarni qayta ishlash unumdorligi yuqori boʻlgan UIP400MTP planshet sonikatori bir vaqtning oʻzida bir nechta namunaga qulay tarzda ultratovush bilan ishlov berish va ularni chayqatish imkonini yaratadi. U oqsillarni ehtiyotkor, lekin samarali ajratib olishni, shuningdek, reagentlarni puxta aralashtirish va bir tekis dispersiyalashni taʼminlaydi. Bu murakkab namuna matritsalari yoki bir nechta namunani tayyorlashni oʻz ichiga olgan proteomik tajribalarda ayniqsa afzaldir, chunki bunday tajribalarda bir jinslilik aniq va qayta hosil qilinadigan natijalar uchun hal qiluvchi ahamiyatga ega.
10 tagacha flakon – VialTweeter: Agar siz bir vaqtning oʻzida Eppendorf probirkalari kabi bir nechta flakon bilan ishlasangiz, VialTweeter siz tanlaydigan vositadir. VialTweeter bir vaqtning oʻzida 10 tagacha yopiq flakon yoki probirkaga ultratovush bilan ishlov berish imkonini beruvchi noyob konstruksiyani taqdim etadi. Namunalararo oʻzaro ifloslanish va havo orqali ifloslanishning toʻliq oldi olinadi.
Bir nechta flakon yoki alohida idishlar – CupHorn: UP200St_TD-Cuphorn kuchli sonikator boʻlib, flakon tutqichidan foydalanib bir vaqtning oʻzida bir nechta flakonga ishlov berish yoki CupHorn suv vannasiga alohida idishni joylashtirish imkonini beradi.
Biz yordam berishga tayyormiz
Texnik xodimlarimiz ultratovush sohasidagi mutaxassislar boʻlib, talablaringizni qondiradigan va tadqiqotingizni muvaffaqiyatga olib keladigan eng mos sonikatorni tavsiya qilishda katta tajribaga ega. Sonikatorlar namunalarni tayyorlashda tengsiz samaradorlik, koʻp qirralilik va natijalarning qayta hosil qilinishini taqdim etib, proteomik tadqiqotlarda ajralmas vositalarga aylangani sababli, Hielscher sizga ideal sonikator modelini taqdim etish orqali ultratovush bilan ishlov berishning eng samarali va ishonchli boʻlishini taʼminlaydi. Hujayra lizisidan tortib oqsillar ekstraksiyasi va undan keyingi jarayonlargacha ultratovush bilan ishlov berish anʼanaviy usullardan ustun kelib, tadqiqotchilarga proteomika fanining chegaralarini kengaytirish imkonini beradi. Proteomik tadqiqotlar rivojlanishda davom etar ekan, sonikatorlar namunalarni tayyorlashning asosiy vositalaridan biri boʻlib, ishonchli natijalarga hissa qoʻshadi va oqsillar hamda ularning funksiyalarining murakkab olamini tushunishga yordam beradi.
- yuqori samaradorlik
- namunalarni qayta ishlashning yuqori unumdorligi
- eng zamonaviy texnologiya
- qayta hosil qilinadigan, takrorlanadigan natijalar
- ishonchlilik va mustahkamlik
- sozlanadigan, aniq jarayon nazorati
- stakanlar, flakonlar, probirkalar va mikroplanshetlar uchun
- har qanday namuna hajmi uchun
- intellektual dasturiy taʼminot
- aqlli funksiyalar (masalan, dasturlash imkoniyati, maʼlumotlarni qayd etish, masofadan boshqarish)
- ishlatish oson va xavfsiz
- kam texnik xizmat talab etadi
- CIP (joyida tozalash)
Loyihalash, ishlab chiqarish va maslahat berish – Germaniyada yaratilgan sifat
Hielscher ultratovush qurilmalari eng yuqori sifat va dizayn standartlari bilan mashhur. Mustahkamlik va ishlatishning osonligi ultratovush qurilmalarimizni sanoat korxonalariga muammosiz integratsiya qilish imkonini beradi. Hielscher ultratovush qurilmalari ogʻir sharoitlar va talabchan ish muhitlarini osonlik bilan yengib oʻtadi.
Hielscher Ultrasonics ISO sertifikatiga ega kompaniya boʻlib, eng zamonaviy texnologiya va foydalanuvchi uchun qulaylik bilan ajralib turadigan yuqori unumli ultratovush qurilmalariga alohida eʼtibor qaratadi. Albatta, Hielscher ultratovush qurilmalari CE talablariga muvofiq boʻlib, UL, CSA va RoHs talablarini qondiradi.
Quyidagi jadval DNA va RNA fragmentatsiyasi, hujayra lizisi, DNA va oqsillarni ajratib olish, proteolitik parchalash yoki biofilmni ajratish kabi namuna tayyorlash vazifalari uchun ideal boʻlgan laboratoriya ultratovush qurilmalarimizning taxminiy ishlov berish quvvati haqida tasavvur beradi:
| Sonikator | Quvvat [W] | Turi | Hajm [mL] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | mikroplanshetlar uchun | 6 – 3456 chuqurcha | VialTweeter | 200 | 10 tagacha flakon uchun, qoʻshimcha ravishda qisqich bilan mahkamlash imkoniyati | 0,5 – 1,5 |
| UP50H | 50 | zondli | 0,01 – 250 |
| UP100H | 100 | zondli | 0,01 – 500 |
| UP200Ht | 200 | zondli | 0,1 – 1000 |
| UP200St | 200 | zondli | 0,1 – 1000 |
| UP400St | 400 | zondli | 5,0 – 2000 |
| CupHorn | 200 | CupHorn, ultratovush reaktori | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | ifloslanishsiz oqim hujayrasi |
Biz bilan bogʻlaning! / Bizga savol bering!
Ultratovushli CupHorn oqsillarni ajratib olish va DNA fragmentatsiyasi uchun bir xil sharoitlarda bir vaqtning oʻzida bir nechta namunani juda samarali tayyorlash uchun.
Maʼlumot varaqalari – Proteomika uchun Hielscher sonikator modellari
Ultratovush bilan ishlov berish va proteomika boʻyicha koʻp beriladigan savollar
Oqsillar qanday namunalardan ekstraksiya qilinadi?
Oqsillar keng turdagi biologik namunalardan ekstraksiya qilinadi. Bularga oʻstirilgan hujayralar, hayvon va inson toʻqimalari, qon, plazma, qon zardobi, siydik, orqa miya suyuqligi, soʻlak, oʻsimlik toʻqimalari, bakteriyalar va achitqilar kabi mikrob hujayralari hamda yadrolar, membranalar, mitoxondriyalar yoki hujayradan tashqari vezikulalar kabi hujayra ichki fraksiyalari kiradi. Namuna tanlovi biologik savolga bogʻliq, chunki turli namuna turlari proteomning turli qismlarini, masalan, butun hujayra oqsillari, sekretsiya qilinadigan oqsillar, membrana oqsillari yoki toʻqimaga xos signal oqsillarini oʻrganish imkonini beradi.
MS oldidan oqsil namunalarini kontaktsiz ultratovush bilan ishlov berish yordamida tayyorlash protokolini oʻqing!
Shu yerda shotgun proteomikasi uchun namunalarni yuqori unumdorlik bilan tayyorlash protokolini topishingiz mumkin!
Oʻsma toʻqimasidan ultratovush bilan ishlov berish yordamida oqsillarni ekstraksiya qilish protokoli uchun shu yerni bosing!
Shotgun proteomikasi uchun hujayradan tashqari vezikulalardan oqsillarni ekstraksiya qilish boʻyicha qoʻllanish eslatmalari bilan tanishing!
Ultratovush bilan ishlov berish disulfid bogʻlarini uzishi mumkinmi?
Yuqori quvvatda ultratovush bilan ishlov berish oqsillar ekstraksiyasi paytida kovalent bogʻlarni uzishi mumkin. Biroq ultratovush bilan ishlov berish namunalarga mos keladigan, nazorat qilinadigan quvvat darajalarida amalga oshirilganda, disulfid bogʻlari uzilmaydi. Shu sababli amplituda, quvvat, vaqt va harorat kabi ultratovush jarayoni parametrlarini aniq nazorat qilish juda muhimdir. Hielscher sonikatorlari ushbu parametrlar ustidan toʻliq nazorat qilish imkonini beradi.
Ultratovush bilan ishlov berish peptid bogʻlarini uzishi mumkinmi?
Ultratovush bilan ishlov berish qattiq peptidlarni kichikroq zarrachalarga parchalash orqali peptidlarning eruvchan holatga oʻtishini yaxshilashning samarali usulidir. Biroq ultratovush bilan ishlov berilgandan soʻng peptid eritmasida gellanish, loyqalanish yoki koʻzga koʻrinadigan parchasimon agregatlar kuzatilsa, bu toʻliq erish sodir boʻlmaganini va peptid eritma matritsasida faqat suspenziya holatida ekanini bildiradi.
Bunday hollarda toʻliq erishga erishish uchun kuchliroq erituvchi kerak boʻladi. Agar erish bilan bogʻliq qiyinchilik saqlanib qolsa, siz liofilizatsiya qilib, uchuvchan bufer eritmasini olib tashlashingiz mumkin. Keyinchalik ushbu quritilgan namuna peptidning eruvchanligini oshirish uchun muqobil erituvchilarni oʻrganish imkonini beradi va shu tariqa optimal erituvchi tizimini aniqlashga yordam beradi.
Adabiyotlar / Manbalar
- Lindemann C, Lupilova N, Müller A, Warscheid B, Meyer HE, Kuhlmann K, Eisenacher M, Leichert LI. (2013): Redox proteomics uncovers peroxynitrite-sensitive proteins that help Escherichia coli to overcome nitrosative stress. Journal of Biological Chemistry 288(27); 2013. 19698-714.
- Gonçalo Martins, Javier Fernández-Lodeiro, Jamila Djafari, Carlos Lodeiro, J.L. Capelo, Hugo M. Santos (2019): Label-free protein quantification after ultrafast digestion of complex proteomes using ultrasonic energy and immobilized-trypsin magnetic nanoparticles. Talanta, Volume 196, 2019. 262-270.
- Andreas Hofmann, Bertran Gerrits, Alexander Schmidt, Thomas Bock, Damaris Bausch-Fluck, Rudolf Aebersold, Bernd Wollscheid (2010): Proteomic cell surface phenotyping of differentiating acute myeloid leukemia cells.
Blood, Volume 116, Issue 13; 2010. e26-e34. - Fernandes, Luz; Santos, Hugo; Nunes-Miranda, J.; Lodeiro, Carlos; Capelo, Jose (2011): Ultrasonic Enhanced Applications in Proteomics Workflows: single probe versus multiprobe. Journal of Integrated OMICS 2011.
- Fic, E., Kedracka-Krok, S., Jankowska, U., Pirog, A. and Dziedzicka-Wasylewska, M. (2010): Comparison of protein precipitation methods for various rat brain structures prior to proteomic analysis. Electrophoresis, 31; 2020. 3573-3579.
- Manadas B.J., Vougas K., Fountoulakis M., Duarte C.B. (2006): Sample sonication after trichloroacetic acid precipitation increases protein recovery from cultured hippocampal neurons, and improves resolution and reproducibility in two-dimensional gel electrophoresis. Electrophoresis 27(9); 2006. 1825-1831.
- Pooreydy, B., Jafari, M., Tajik, F., Karimi, M., Rezaei-Tavirani, M., Ghassempour, A., Rezadoost, H., & Khodabandeh, M. (2013): Organelle Isolation for Proteomics: Mitochondria from Peripheral Blood Mononuclear Cells. Archives of Advances in Biosciences 4, 2013.
Hielscher Ultrasonics yuqori unumli ultratovushli gomogenizatorlarni laboratoriya miqyosidan sanoat miqyosigacha ishlab chiqaradi.