Drosophila melanogaster namunalarining ultratovushli lizisi

Drosophila melanogaster laboratoriyada namunaviy organizm sifatida keng qo'llaniladi. Shu sababli, Drosophila melanogaster namunalarini lizis, hujayraning buzilishi, oqsil olish va DNKni qirqish kabi analitik tayyorgarlik bosqichlari tez-tez bajarilishi kerak. Ultrasonik dismembratorlar ishonchli va samarali bo'lib, faqat ultratovush jarayonining parametrlarini sozlash orqali osonlik bilan lizis, oqsil olish yoki DNKning parchalanishi kabi turli xil vazifalarni bajarish uchun ishlatilishi mumkin. Ultrasonik homogenizatorlar - bu keng ko'lamli dasturlarga ega bo'lgan moslashuvchan vositalar.

Ultrasonik lizis va oqsillarni ekstrakti

Drosophila melanogaster is widely used as model organism in biological labs. Find here protocols for lysis, protein extracion and DNA shearing of D. melanogaster samples.Biologik laboratoriyalarda ultratovushli dismembratorlar uchun lizis, hujayraning solubilizatsiyasi, to'qimalarning homogenizatsiyasi va oqsillarni ekstrakti. Ultrasonik dismembratorlar va hujayralarni buzuvchi moddalar hayvon to'qimalarini, hasharotlarni (masalan, Drosophila melanogaster, C. elegans) yoki o'simlik namunalarini bir hil holga keltirish uchun juda mos keladi. Keyinchalik ultratovush tekshiruvi dasturlari hujayra suspenziyalari va granulalarini liziz qilish, shuningdek hujayra ichidagi oqsillarni ajratib olishdir.
Ultrasonik lizis va oqsillarni ekstraktsiyasi juda ishonchli va takrorlanadigan jarayonlar bo'lib, ular belgilangan protokollar asosida amalga oshirilishi mumkin. Ultrasonik jarayon intensivligi amplituda, tsikl / impuls rejimi, harorat va namuna hajmi kabi sonikatsiya parametrlari orqali aniq sozlanishi mumkinligi sababli, bir marta tasdiqlangan protokollar bir xil natijalar bilan takrorlanishi mumkin.

Ultrasonik namuna tayyorlashning afzalliklari

  • yuqori samarali
  • Maxsus namuna materialiga moslashtiriladi
  • Har qanday hajm uchun javob beradi
  • Termik bo'lmagan davolash
  • tekrarlanabilir natijalar
  • Oddiy va xavfsiz

Ultrasonik DNK va RNKning parchalanishi

Hujayra lizisi va oqsillarni ekstraktsiyasidan so'ng, namunani tayyorlashning umumiy talab qilinadigan bosqichi DNK, RNK va xromatinning qirqilishi va parchalanishi, masalan, xromatin immunoprecipitatsiyasidan oldin (ChIP). Jismoniy kuchlar yordamida DNKni ushlab turuvchi kovalent aloqalarni uzish natijasida DNK va RNKning parchalanishiga ishonchli tarzda erishish mumkin. Sonikatsiya kabi jismoniy qirqishdan foydalanib, avval DNK zanjiri sinadi, so'ngra DNK mayda bo'laklarga bo'linadi.
Ultrasonik DNKning parchalanishi DNKni aniq uzunlikda kesishda ishonchli va samarali, masalan, 500 ot kuchiga teng (tayanch juftliklari). Ultrasonik DNKning parchalanishining asosiy afzalliklari ultratovush jarayoni parametrlari va intensivligini aniq nazorat qilishni o'z ichiga oladi. Ultrasonik jarayon parametrlari sonikatsiya intensivligini, tsikllarini va vaqtini aniq sozlash orqali sozlanishi mumkin. Bu kerakli DNK o'lchamlarini yaratishga imkon beradi va maqsadli DNK uzunligini ishonchli tarzda ishlab chiqarish va ko'paytirish mumkin. Ultrasonik DNKni kesish ham yuqori molekulyar og'irlikdagi DNK qismlarini yaratish uchun idealdir.

Ultrasonicator UP200Ht with microtip S26d2 for ultrasonic lysis of Drosophila samples

ultrasonikator Uf200 ः t Drosophila namunalarini sonikatsiyalash uchun 2 mm mikrotip S26d2 bilan

Ma'lumot so'rovini




Bizning e'tibor bering Maxfiylik siyosati.


Drosophila melanogaster ultratovushli lizisi uchun protokollar

Quyida Drosophila namunalarining ultratovushli yordami bilan liziz, oqsillarni ekstrakti va DNK yoki xromatin parchalanishi uchun turli xil protokollarni topishingiz mumkin.

O'zaro bog'langan immunoprecipitatsiyani ultratovushli lizis (CLIP) tahlil qilish

CLIP tahlili ilgari ma'lum qilinganidek, ba'zi bir o'zgartirishlar bilan amalga oshirildi. 0 dan 1 kungacha bo'lgan yovvoyi tipdagi ayollardan taxminan 20 mg tuxumdonlar ultrabinafsha nurlari bilan bog'langan (3 × 2000 mJJ / sm2), 1 ml RCB tamponda muzda bir hil holga keltirilgan (50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 2.5 mM). MgCl2, 0,1% Triton X-100, 250 mM saxaroza, 1 mM DTT, 1 × EDTA bo'lmagan to'liq proteinli inhibitörler, 1 mM PMSF) 300 U RNAseOUT bilan to'ldirilgan va 30 minut muzga qo'yilgan. Gomogenat muzda sonikatsiyalangan, 80% quvvat bilan, Hielscher ultratovush protsessoridan foydalangan holda 60 soniyagacha bo'lgan 20 soniya ichida besh marta. UP100H (100 Vt, 30 kHz) va santrifüjlangan (16000 × g 4 ° C da 5 minut davomida). Eriydigan ekstrakt 20 ml protein-G dynabeads bilan 20 minut davomida 4 ° C da tozalangan. Immunoblotlash va RNK kiritish miqdorini aniqlash uchun namunalarni olib tashlagandan so'ng (HPL 9A9) anti-HP1 9A9 antikor bilan 450 mkl oldindan tozalangan ekstraktdan 4 soat davomida 50 mkm Protein-G dynabeads bilan inkubatsiya qilish yo'li bilan HP1 immunopreksitatsiya qilindi. Immunopretsipitatlar RCB bilan 4 marta yuvilgan. Immunoprecipitatsiyalangan RNKlarni elute qilish uchun pelletli boncuklar 100 mkL UltraPure DEPC bilan ishlangan suvda 5 daqiqa davomida qaynatildi. RNK tayyorlash uchun qaytarib olingan ustki moddaga 900 mkL Qiazol reaktivi qo'shildi. Tozalangan RNK ishlab chiqaruvchining protokoliga binoan oligo dT, tasodifiy heksamerlar va SuperScript teskari transkriptaz III yordamida cDNA ni sintez qilish uchun shablon sifatida ishlatilgan.
(Cassale va boshq. 2019)

Xromatin immunoprecipitatsiyasini tahlil qilish uchun ultratovushli lizis

Xromatin immunoprecipitatsiyasi Menet tomonidan ta'riflangan usul bo'yicha kichik modifikatsiyalar bilan amalga oshirildi. 0 dan 1 kunlik yovvoyi tipdagi urg'ochilarning taxminan 20 mg tuxumdonlari 1 ml NEB tamponida (pH 8.0 da 10 mM HEPES-Na, 10 mM NaCl, pH 8, 0.5 mM da 0.1 mM EGTA-Na) homogenlashtirildi. PH 8 da EDTA-Na, 1 mM DTT, 0,5% NP-40, 0,5 mM Spermidin, 0,15 mM Spermin, 1 × EDTA bo'lmagan to'liq proteinli inhibitörler) homogenizator / immersion disperser bilan 1 min (3000 rpm da). Gomogenat oldindan sovutilgan stakanga tushirildi va qattiq pestle bilan 15 ta to'liq zarba berildi. Keyin erkin yadrolar 6000xg da 10 minut davomida 4 ° C da santrifüj qilindi. Yadro o'z ichiga olgan granulalar 1 ml NEBda qayta tiklandi va 20000 × g da sukroz gradyanida 20 daqiqa davomida santrifüj qilindi (NEBda 0,65 ml 1,6 M saxaroza, NEBda 0,35 ml 0,8 M saxaroza). Pellet 1 ml NEB va formaldegidda qayta tiklanib, yakuniy konsentratsiyasi 1% gacha bo'lgan. Yadrolarni xona haroratida 10 minut davomida o'zaro bog'lashdi va 1/10 voltsiyaga 1,375 M glitsin qo'shib o'chirishdi. Yadrolar santrifüj bilan 6000 × g da 5 minut davomida to'plandi. Yadrolar 1 ml NEBda ikki marta yuvilib, 1 ml lizis tamponida qayta tiklandi (pH 7,6, 140 mM NaCl da 15 mM HEPES-Na, 0,5 mM EGTA, pH 8 da 1 mM EDTA, 1% Triton X-100, 0,5 mM DTT, 0,1% Na Deoksixolat, 0,1% SDS, 0,5% N-lauroylsarkozin va 1 × EDTA bo'lmagan to'liq proteinli inhibitörler). Yadro Hielscher ultratovush protsessori yordamida ultrasoniklashtirildi UP100H (100 Vt, 30 kHz) olti marta 20 s va muzda 1 min. Sonikatsiyalangan yadrolar 4 daqiqa davomida 4 daqiqa davomida 13000 × g da santrifüj qilindi. Sonikatsiyalangan xromatinning ko'p qismi 500 dan 1000 tagacha juftlik (bp) uzunlikda edi. Har bir immunoprecipitatsiya uchun 10 mkg HP1 9A9 monoklonal antikor ishtirokida (aylanadigan g'ildirakda 4 ° C da 3 soat) 15 mkg xromatin inkubatsiya qilingan. Keyin 50 ml dinabadlar G oqsili qo'shildi va inkubatsiya kechasi 4 ° C da davom ettirildi. Supernatantlar tashlandi va namunalar ikki marta Lizis tamponida yuvildi (har biri 15 minut 4 ° C da) va ikki marta TE Buferda (1 mM EDTA, pH 8 da 10 mM TrisHCl). Bonuslardan xromatin ikki qadamda elutiya qilindi; birinchi navbatda 100 ml eluition Buffer 1 (10 mM EDTA, 1% SDS, pH 8 da 50 mM TrisHCl) da 65 ° C da 15 minut davomida, so'ngra santrifüj va superfantning tiklanishi. Boncuk materiallari 100 ml TE + 0,67% SDSda qayta qazib olindi. Birlashtirilgan elyuat (200 mkl) bir-biriga teskari bog'lanish uchun tunda 65 ° C da inkübe qilindi va 65 ° C haroratda 15 minut davomida 50 mg / ml RNaseA va 500 mkg / ml Proteinaz K bilan 3 soat davomida muomala qilindi. Namunalar fenol-xloroform olingan va etanol cho'kindi. DNK 25 ml suvda qayta tiklandi. Molekulyar analizlarni DNK bilan immunoprecipitatsiyalangan maksimal darajaga ko'tarish uchun nomzod genlar bir reaksiya davomida eritish temperaturasi o'xshash bo'lgan ikki xil primer to'plamlari yordamida optimallashtirilgan dupleks-PCR protokoli orqali juft-juft bo'lib kuchaytirildi.
(Casale va boshq. 2019)

Namunalarni bilvosita sonikatsiya qilish uchun UP200St TD_CupHorn

UP200St TD_CupHorn DNK va xromatin qirqish kabi namunalarni bilvosita sonikatsiya qilish uchun

Biologik namunalar uchun yuqori samarali ultratovushli hujayraning buzilishi

Hielscher Ultrasonics - bu sizning hujayraning buzilishi, lizis, oqsillarni ekstraktsiyasi, DNK, RNK va xromatinlarni parchalash uchun yuqori samarali ultratovush tekshirgichlari va boshqa analitik namunalarni tayyorlash bosqichlarida. Ultratovushli laboratoriya gomogenizatorlari va namunalarni tayyorlash birliklarining keng qamrovli portfelini taklif qiluvchi Hielscher sizning biologik dasturingiz va talablaringiz uchun ideal ultratovush moslamasiga ega.
parchalash uchun UP200St insonifier tekshirish-turiKabi mikro uchli klassik proba tipidagi ultrasonikator UP200St (200W; chap rasmga qarang) yoki ultratovushli namunalarni tayyorlash qismlaridan biri VialTweeter yoki UP200St_TD_CupHorn VialHolder bilan tadqiqot va tahlil laboratoriyalarida eng sevimli modellar mavjud. Klassik ultratovush tekshiruvi ideal, chunki kamroq namunalarni tayyorlash, ularni ajratish, ajratish yoki parchalash kerak. Namuna tayyorlash birliklari VialTweeter va UP200St_TD_CupHorn bir vaqtning o'zida 10 yoki 5 flakongacha sonikatsiyalashga imkon beradi.
Agar yuqori namunali raqamlar (masalan, 96 quduqli plitalar, mikrotitrli plitalar va boshqalar) qayta ishlanishi kerak bo'lsa, ular UIP400MTP ideal sonikatsiyani o'rnatish. UIP400MTP suv bilan to'ldirilgan va mikro quduq plitalarini saqlash uchun etarli joyga ega bo'lgan kattaroq gumbaz kabi ishlaydi. 400 vatt quvvatli ultratovushli protsessor bilan ishlaydigan UIP400MTP hujayralarni buzish, namunalarni litseylash, granulalarni eritib olish, oqsillarni ajratish yoki DNKni qirqish uchun ko'p quduqli plastinalarni bir xil va kuchli sonikatsiyasini ta'minlaydi.

Smart Software orqali aniq boshqarish

HDT qator Hielscher sanoat Protsessorlar qulay va do'stona brauzer masofadan boshqarish orqali boshqariladigan bo'lishi mumkin.200 vattdan yuqori bo'lgan barcha Hielscher ultratovush echimlari raqamli rangli sensorli ekran va aqlli dastur bilan jihozlangan. Barcha ultratovush protsess parametrlarini protokollaydigan aqlli ma'lumotlar protokoli orqali ultratovush moslamasi ishga tushishi bilan avtomatik ravishda o'rnatilgan SD-kartadagi CSV fayli sifatida saqlanadi. Bu tadqiqot va protokollashni juda ham qulay qiladi. Sonikatsiya sinovlaridan yoki namunani tayyorlashdan so'ng, har bir sonikatsiya ishining sonikatsiya parametrlarini ko'rib chiqishingiz va ularni taqqoslashingiz mumkin.
Intuitiv menyu orqali sonikatsiyadan oldin ko'plab parametrlarni oldindan belgilash mumkin: Masalan, namunadagi haroratni boshqarish va uning issiqlik tanazzulini oldini olish uchun namuna haroratining yuqori chegarasi o'rnatilishi mumkin. Ultrasonik birlik bilan ta'minlanadigan ulanadigan harorat sensori ultratovushli protsessorga haqiqiy sonikatsiya harorati haqida fikr bildiradi. Yuqori harorat chegarasiga etganida, ultratovush moslamasi ∆T to'plamining pastki chegarasiga yetguncha to'xtatiladi va avtomatik ravishda qayta sonikatsiyani boshlaydi.
Agar ma'lum bir energiya kiritish bilan ultratovush zarur bo'lsa, siz ultratovush ishlashining so'nggi ultratovush energiyasini oldindan belgilashingiz mumkin. Albatta, ultratovushli pulsatsiya va tsikl rejimi ham alohida o'rnatilishi mumkin.
O'zingizning eng muvaffaqiyatli ultratovush parametrlarini qayta ishlatish uchun siz har xil sonikatsiya rejimlarini (masalan, sonikatsiya vaqti, intensivligi, tsikl rejimi va boshqalarni) oldindan o'rnatilgan rejimlar sifatida saqlashingiz mumkin, shunda ular oson va tezda qayta ishga tushirilishi mumkin.
Keyinchalik qulayroq ishlash uchun barcha raqamli ultratovush qurilmalari har qanday umumiy brauzerda (masalan, InternetExplorer, Safari, Chrome va boshqalarda) masofadan boshqarish pulti orqali ishlaydi. LAN ulanishi oddiy plagin-n-play sozlamalari va qo'shimcha dasturlarni o'rnatishni talab qilmaydi.
Biz Hielscher-da biologik namunalarni muvaffaqiyatli sonikatsiyalash aniqlik va takroriylikni talab qilishini bilamiz. Shuning uchun biz ultratovush tekshirgichlarimizni samarali, ishonchli, takrorlanadigan va qulay namunalarni tayyorlashga imkon beradigan barcha xususiyatlarga ega aqlli qurilmalar sifatida ishlab chiqdik.

Hozir biz bilan bog'laning va biologik namunalaringiz va kerakli tayyorgarlik bosqichlari haqida bizga xabar bering. Sizga eng mos ultratovush namunasini tayyorlash moslamasini taklif qilamiz va sizga protokol va tavsiyalar kabi qo'shimcha ma'lumotlarda yordam beramiz.

Quyidagi jadval sizga ultratovushli ultratovushli mikrosxemalar va klassik ultratovushli homogenizatorlardan MultiSample ultrasonikatorlarga qadar ultratovushli tizimlarimizning taxminiy ishlov berish imkoniyatlarini ko'rsatmoqda, ko'plab namunalarni qulay va ishonchli tayyorlash uchun:

Buyurtma miqdori Oqim darajasi Tavsiya Qurilmalar
96 quduq / mikrotitr plitalari ga UIP400MTP
10 flakon 0,5 dan 1,5 ml gacha ga UP200St da VialTweeter
CupHorn bilvosita sonikatsiya uchun, masalan, 5 flakongacha ga UP200St_TD_CupHorn
0.01 dan 250 ml gacha 5 dan 100 ml / min UP50H
0.01 dan 500 ml gacha 10 200ml / min uchun UP100H
0.02 dan 1L gacha 20 400ml / min uchun Uf200 ः t / UP200St
10 2000mL uchun 20 400ml / min uchun Uf200 ः t, UP400St
0.25 dan 5L gacha 0.05 dan 1L / min UIP500hdT

Biz bilan bog'lanish! Bizdan so'rang!

Qo'shimcha ma'lumotni so'rang

Iltimos, ultratovush protsessorlari, ilovalari va narxlari to'g'risida qo'shimcha ma'lumot olish uchun quyidagi shakldan foydalaning. Jarayoningizni siz bilan muhokama qilishdan va sizning talablaringizga javob beradigan ultrasonik tizimni taklif qilishdan mamnun bo'lamiz!









Iltimos, bizning e'tibor bering Maxfiylik siyosati.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

Ultrasonik ko'p namunali tayyorgarlik birligi VialTweeter bir vaqtning o'zida 10 flakongacha sonikatsiyalashga imkon beradi. VialPress mahkamlash moslamasi yordamida intensiv sonikatsiya qilish uchun 4 tagacha qo'shimcha naychani old tomonga bosish mumkin.

Adabiyotlar / Adabiyotlar



Hielscher Ultrasonics supplies high-performance ultrasonic homogenizers from lab to industrial size.

Yuqori ishlash ultratovush! Hielscher mahsulot assortimenti ixcham laboratoriya ultrasonikatoridan dastgoh uskuna ustidagi to'liq sanoat ultratovush tizimlariga qadar to'liq spektrni qamrab oladi.


Bilishingiz kerak bo'lgan dalillar

Metabolik moddalar

Metaboomika - bu hujayralar, biologik suyuqliklar, to'qimalar yoki organizmlarda mavjud bo'lgan metabolitlar deb nomlanadigan kichik molekulalarni o'rganish. Ushbu kichik molekulalar va ularning biologik tizimdagi o'zaro ta'siri soyabon "metabolome" atamasi ostida umumlashtiriladi va tadqiqot sohasi metabolomika deb ataladi. Metabolizm tadqiqotlari tez rivojlanayotgan aniq tibbiyot sohasi bilan chambarchas bog'liqdir. Metabolizmni va uning turli xil kasalliklarga aloqadorligini tushunish atrof-muhit, turmush tarzi, genetika va molekulyar fenotipdagi individual o'zgaruvchanlik, kasallikning oldini olish va klinik yordam strategiyasini ishlab chiqishga yordam beradi. Metabolik molekulalarni hujayralardan ozod qilish uchun ultratovush ultratovush tez-tez biologik laboratoriyalarda hujayraning buzilishi, lizis va oqsillar, lipidlar va boshqa molekulalarning ekstraktsiyasi kabi tahlildan oldingi namunalarni tayyorlash uchun ishlatiladi.