Biofilm va proteomik tahlilda Hielscher ko'p namunali sonikatorlardan foydalanadigan protokol

VialTweeter Multi-Tube Sonicator va UIP400MTP Microplate Sonicator kabi ko'p namunali sonikatorlardan foydalanish yuqori mahsuldorlikka ega ilovalar uchun laboratoriya ish oqimlarini soddalashtiradi. Ikkala qurilma ham bir nechta namunalar bo'ylab aniq va bir xil ultratovushli ishlov berishga imkon beradi, o'zgaruvchanlikni kamaytiradi va takrorlanuvchanlikni oshiradi. Bu, ayniqsa namuna lizisini, biofilmni ajratish, oqsillarni ekstraksiya qilish yoki proteolitik hazm qilishni talab qiladigan tajribalarda ayniqsa foydalidir, bunda qo'lda yoki bitta namunali usullar unchalik samarali emas va nomuvofiqlikka moyil bo'ladi.

Ko'p namunali sonikatorlar bilan ish oqimlarini soddalashtiring

Masalan, UIP400MTP mikroplastinka quduqlarini bir vaqtning o'zida ultratovush bilan davolash imkonini beradi, bu esa biofilmlar yoki uyali materialning bir xilda ajralishini ta'minlaydi. Shu bilan birga, VialTweeter o'zaro ifloslanishsiz bir nechta naycha namunalarining aniq lizisini va gomogenizatsiyasini taklif qiladi. Ushbu sonikatorlar ishlov berish vaqtlarini sezilarli darajada qisqartiradi, eksperimental qayta ishlab chiqarishni yaxshilaydi va yuqori namuna yaxlitligini saqlaydi, bu ularni mikrobiologiya, proteomika va molekulyar biologiya tadqiqotlarida ajralmas vositalarga aylantiradi.
Quyida E. coli biofilmini shakllantirish va keyingi proteomik tahlilni o'z ichiga olgan tadqiqotda Hielscher ko'p namunali sonikator modellari, VialTweeter Multi-Tube Sonicator va Microplate Sonicator UIP400MTP dan foydalanishga misol bo'lgan batafsil protokol mavjud.

Protokol: Hielscher ko'p namunali sonikatorlar yordamida biofilm shakllanishi, ajralishi va proteomik tahlili

1. Bakteriyalar kulturasini tayyorlash

• E. coli bakteriyasi (W3110 shtammi) 30°C da, E. coli biofilm hosil boʻlishi uchun qulay haroratda, triptonli bulonda (TB) oʻz ichiga olgan:
  – 10 g/l tripton
  – 5 g/l NaCl
• Plazmidni ushlab turishni ta'minlash uchun kerak bo'lganda antibiotiklar bilan to'ldiring.
• Mikroskopiya va promotor faolligini o'rganish uchun W3110 E. coli shtammidan genomik kuchaytirilgan GFP (eGFP) muxbiri bilan rplL promouteri nazorati ostida foydalaning.
• Turli promouterlar uchun GFP reportyor plazmidlaridan foydalaning (masalan, csgA, csgD, fliA, fliC, flhD ) promouter faoliyatini o'lchash uchun.

2. Bioplyonka yetishtirish va ajratish

• Har bir quduqqa 1,5 ml suyultirilgan bakteriya madaniyatini 12 quduqli plastinkaga (CellStar 12-quduqli plitalar, Greiner Bio-One) urug'lang.
• Biofilm shakllanishiga ruxsat berish uchun inkubatsiya qiling.
• Planktonik (yopishmaydigan) madaniyatni ehtiyotkorlik bilan olib tashlang.

– Har bir quduqni 500 µL PBS bilan yuving.
– UIP400MTP mikroplastinka sonikatoridagi 12-quduqli plastinkani soniklash orqali biriktirilgan hujayralarni ajratib oling. UIP400MTP barcha quduqlar bo'ylab izchil ultratovush energiyasini etkazib berish orqali bir xil ajralishni ta'minlaydi.
– Sonikatsiya sozlamalari: 60% amplituda, aylanish rejimi: 60 sek ON / 30 sek OFF.

3. Hujayralarni yig'ish va lizis

• Ajratilgan biofilm hujayralarini 5 daqiqa davomida 4500 g santrifüj qiling.
• PBS bilan pelletli hujayralarni yuving.
• Hujayralarni 100 µL 2% natriy lauroil sarkosinat (SLS)da qayta suspenziya qiling va 95°C da 15 daqiqa davomida inkubatsiya qiling.
• To'liq hujayra lizisini ta'minlash uchun VialTweeter Multi-Tube Sonicator yordamida sonikatsiya qiling.
  – Sonikatsiya sozlamalari: 100% amplituda, 50 s ON / 10 s OFF 10 daqiqa umumiy ish vaqti uchun; namunalarni muz ustida saqlang.

4. Qaytarilish va alkillanish

• Disulfid aloqalarini kamaytirish uchun 5 mM Tris (2-karboksietil)fosfin (TCEP) qo'shing va 95 ° C da 15 daqiqa davomida inkubatsiya qiling.
• 25 ° C da 30 daqiqa davomida 10 mM yodoasetamid bilan alkilat oqsillari.

5. Protein miqdorini aniqlash va hazm qilish

• Chiqindilarni tozalash uchun lizatlarni santrifüj qiling.
• Pirs BCA Protein Assay Kit yordamida umumiy protein miqdorini aniqlang.
• 2% SLS va 100 mM ammoniy bikarbonat o'z ichiga olgan eritmada 1 mkg tripsin bilan 50 mkg umumiy proteinni hazm qiling.
• Ovqat hazm qilish reaktsiyasini bir kechada 30 ° C da inkubatsiya qiling.

6. Peptidlarni tozalash

• 1,5% trifluoroasetik kislota (TFA) qo'shib SLSni cho'ktiring, so'ngra sentrifuga qiling.
• C18 mikrospin ustunlari yordamida peptidlarni tozalang.
• Quruq tozalangan peptidlar va 0,1% TFAda qayta suspenziya.

7. Suyuqlik xromatografiyasi-mass-spektrometriya (LC-MS/MS)

• Ultimate 3000 RSLC nano tizimi bilan birlashtirilgan Q-Exactive Plus massa spektrometrida peptidlarni tahlil qiling.
• Peptidlarni C18 qatroni (2,4 mkm) bilan o'ralgan teskari fazali HPLC ustuni (75 mkm × 42 sm) yordamida ajrating.
• 140 daqiqa davomida 2% dan 35% gacha erituvchi B (0,15% chumoli kislotasi bilan asetonitril) gradientini qo'llang.
• Yuqori aniqlikdagi MS skanerlari, so'ngra 10 ta eng qizg'in ionlarning tandem MS/MS skanerlari yordamida ma'lumotlarni oling.

8. Ma'lumotlarni tahlil qilish

• Progenesis dasturi yordamida LC-MS xom ashyosini qayta ishlang.
• .mgf fayllarni eksport qiling va ularni MASCOT bilan tahlil qiling.
• Sifat nazorati va noto‘g‘ri aniqlashni sozlash uchun SafeQuant yordamida peptid miqdorini aniqlashni amalga oshiring.
• Qayta ishlab chiqarishni ta'minlash uchun barcha tajribalarni ikki nusxada yoki uch nusxada o'tkazing.

Yuqori samarali namuna tayyorlash uchun ko'p namunali sonikatorlar

VialTweeter va UIP400MTP ko'p namunali sonikator modellari eksperimental ish oqimlarining aniqligi va samaradorligini sezilarli darajada oshiradi, ayniqsa biofilm tadqiqotlari va proteomikada. Ularning bir nechta namunalarni bir xilda qayta ishlash qobiliyati ma'lumotlar sifatiga putur etkazmasdan yuqori o'tkazuvchanlik qobiliyatini ta'minlaydi. Ushbu imtiyozlar yuqorida tavsiflangan soddalashtirilgan ish oqimlari bilan birgalikda Hielscher ko'p namunali sonikatorlarini zamonaviy biologik tadqiqotlar uchun muhim vositalarga aylantiradi.

Dizayn, ishlab chiqarish va konsalting – Germaniyada ishlab chiqarilgan sifat

Hielscher ultrasonikatorlari eng yuqori sifat va dizayn standartlari bilan mashhur. Mustahkamlik va qulay foydalanish ultratovush qurilmalarimizni sanoat ob'ektlariga silliq integratsiya qilish imkonini beradi. Qo'pol sharoitlar va talabchan muhit Hielscher ultrasonikatorlari tomonidan osonlik bilan hal qilinadi.

Hielscher Ultrasonics ISO sertifikatiga ega kompaniya bo'lib, eng zamonaviy texnologiya va foydalanuvchilarga qulaylik bilan ajralib turadigan yuqori samarali ultratovush apparatlariga alohida e'tibor beradi. Albatta, Hielscher ultrasonikatorlari Idoralar talablariga javob beradi va UL, CSA va RoHs talablariga javob beradi.