Mikrobioma tadqiqotlari va sonikatsiya bilan soddalashtirilgan klinik tahlil
Sonication - bu mikrobioma tadqiqotlari va klinik tahlillarda keng qo'llaniladigan kuchli usul bo'lib, yuqori samarali namuna tayyorlashni osonlashtiradi. Ultrasonik usul, ayniqsa, mikroorganizmlarni o'z ichiga olgan murakkab biologik namunalarni qayta ishlash uchun samarali. Sonikatsiyadan foydalanish hujayra lizisini, nuklein kislotalarni, oqsillarni va metabolitlarni ajratib olish va tahlil qilishni osonlashtiradi, mikrobial jamoalar va ularning salomatlik va kasalliklardagi rolini chuqurroq tushunishga imkon beradi. Hielscher yuqori o'tkazuvchan sonikatorlari o'zlarining aniqligi, samaradorligi va takrorlanadigan natijalari bilan mashhur bo'lib, ularni mikrobioma tadqiqotlari uchun ajoyib tanlov qiladi.
Mikrobioma tadqiqotlarida yuqori mahsuldor sonikatsiyadan foydalaning
96-quduqli plastinka sonikatori UIP400MTP yuqori samarali namuna tayyorlash orqali mikrobioma tadqiqotlarini soddalashtiradi
96-quduqli Plitalar Sonicator UIP400MTP bilan yuqori mahsuldorlikka ega namuna tayyorlash
Mikrobioma tadqiqotlarida sonikatsiyani qo'llash
Samarali hujayra lizisi
Sonikatsiya mikrob hujayralarini, shu jumladan gram-musbat bakteriyalar va zamburug'lar kabi qattiq hujayra devorlariga ega bo'lgan hujayralarni lizingda juda samarali. Ultrasonik to'lqinlar namunada kavitatsiya pufakchalarini hosil qiladi, ular qulab tushadi va ochiq hujayra devorlari va membranalarini buzadigan zarba to'lqinlarini yaratadi. Bu jarayon hujayraning keng qamrovli buzilishini va hujayra ichidagi tarkibni, masalan, DNK, RNK va oqsillarni samarali chiqarishni ta'minlaydi.
Boshqariladigan DNK parchalanishi
Keyingi avlod sekvensiyasi kabi ilovalar uchun ko'pincha DNKni kichikroq, bir xil bo'laklarga bo'lish kerak. Sonikatsiya parchalanish jarayoni ustidan aniq nazoratni ta'minlaydi, tadqiqotchilarga kerakli o'lchamdagi DNK parchalarini olish imkonini beradi. Ushbu nazorat ketma-ketlik kutubxonalarini tayyorlash va yuqori sifatli ketma-ketlik ma'lumotlarini ta'minlash uchun juda muhimdir.
Kengaytirilgan namunani homogenlashtirish
Mikrobioma tadqiqotlarida namunalar ko'pincha turli xil mikroorganizmlarning aralashmasini o'z ichiga oladi. Sonication bu mikroorganizmlarning namuna ichida bir xil taqsimlanishiga yordam beradi va izchil va takrorlanadigan natijalarni ta'minlaydi. Ushbu gomogenizatsiya aniq miqdoriy tahlil uchun, masalan, mikroblarning ko'pligini aniqlash yoki muayyan metabolik faollikni o'lchash uchun juda muhimdir.
Ishonchli metabolit ekstraktsiyasi
Sonikatsiya orqali ishonchli metabolit ekstraktsiyasi biologik namunalardan kichik molekulalarni ajratish uchun metabolomikada keng qo'llaniladigan usuldir. Sonication hujayra membranalarini buzadigan mexanik tebranishlardan foydalanadi, hujayra ichidagi metabolitlarni erituvchiga chiqarishni osonlashtiradi. Ushbu usul samarali, takrorlanuvchan va turli xil namunalar bilan mos keladi, bu uni yuqori mahsuldorlik va maqsadli metabolik tadqiqotlar uchun qimmatli vositaga aylantiradi. Ultrasonik metabolitlarni ekstraktsiya qilish haqida ko'proq o'qing!
“Najas mikrobioma namunalarining bir xil va izchil bakterial lizis uchun UIP400MTP sonikatoridan foydalanganimiz uchun ajoyib tajribamiz uchun sizga minnatdorchilik bildiraman. Biz yuqori o'tkazuvchanlik lizis texnologiyasi uchun konvertni surmoqdamiz va sizning asbobingiz vazifaga juda mos keladi. Asosiy diqqatga sazovor joylarning ba'zilari:
- Ishlash qulayligi - asbobdan foydalanish oson va menyu tanlash orqali sozlash oson
- Yuqori o'tkazuvchanlik - bir vaqtning o'zida 96 ta namunaga ega bo'lgan plitalar bilan ishlash uchun juda yaxshi
- Hatto barcha tomirlarning sonikatsiyasi - qurilma barcha quduqlarga bir xil miqdordagi sonikatsiyani etkazib bera oldi, bu bizning dasturimiz uchun juda muhim edi.
- Hielscher jamoasining qo'llab-quvvatlashi - qo'llab-quvvatlash juda yaxshi edi, siz har doim mashg'ulotlarda biz bilan birga bo'ldingiz, savollarimizga javob berdingiz va muammolarni hal qildingiz, maqsadimizga erishishimizga yordam beradigan takliflar bilan.
Protokollarimizni optimallashtirish ustida ishlaganimizda yordamingiz va yordamingiz uchun yana bir bor rahmat.”
Mark D. Driskoll, PhD. – Bosh ilmiy xodim – Intus Biosciences
Mikrobioma tadqiqotlari va diagnostikasida sonication qanday qo'llaniladi?
Metabolomika, metagenomika va metaproteomika mikrobioma tadqiqotlarida bir-biri bilan chambarchas bog'liq, chunki ular birgalikda mikroorganizmlar jamoalari va ularning funktsiyalari haqida keng qamrovli tushuncha beradi. Lizis, oqsillarni tozalash va DNK / RNK parchalanishi 96 quduqli plastinka sonikatori UIP400MTP yordamida soddalashtirilgan namunani tayyorlashning muhim bosqichlari.
Metabolomika va metaboloma tahlili
Metabolomika biologik tizimdagi kichik molekulali metabolitlarni tizimli o'rganishni o'z ichiga oladi. Mikrobiomani tadqiq qilishda sonikatsiya mikrob hujayralarini parchalash, hujayra ichidagi metabolitlarni chiqarish uchun ishlatiladi. Yuqori namuna raqamlari 96-quduqli plastinka sonikatori UIP400MTP yordamida tezda qayta ishlanishi mumkin. Keyin olingan metabolitlar massa spektrometriyasi (MS) va yadro magnit-rezonans (NMR) spektroskopiyasi kabi ilg'or usullardan foydalangan holda miqdori aniqlanadi. Olingan ma'lumotlar mikrobiomaning metabolik holatining qisqacha tasvirini beradi, mikrobiomalarning biokimyoviy faoliyati va o'zaro ta'siri haqida tushuncha beradi.
Metagenomika va Metatranskriptomiya
Metagenomika to'g'ridan-to'g'ri atrof-muhit namunalaridan olingan genetik materialni har tomonlama tahlil qilishni o'z ichiga oladi. Sonication bu jarayonda hal qiluvchi rol o'ynaydi, mikrobial hujayralarni yuqori sifatli DNKni ajratib olish uchun lizing, keyinchalik mavjud mikrobial turlarni aniqlash va miqdorini aniqlash uchun ketma-ketlashtiriladi. Metatranskriptomikada RNK turli mikrobial jamoalarda gen ekspresyon profilini o'rganish uchun shunga o'xshash sonikatsiya usullari yordamida chiqariladi. DNK va RNK ketma-ketligi uchun nuklein kislotalar ma'lum bir tayanch juftligi uzunligiga bo'lingan bo'lishi kerak. Bu vazifalarning barchasi UIP400MTP yuqori o'tkazuvchan sonikator tomonidan ishonchli va tez bajariladi!
proteomika
Proteomik tahlillar mikrob hujayralaridan oqsillarni ajratib olishni talab qiladi. Sonication hujayralarni buzish, oqsillarni eritma ichiga chiqarish uchun samarali qo'llaniladi. Keyinchalik bu oqsillarni mikrobiomadagi funktsional rollarini va metabolik yo'llardagi ishtirokini tushunish uchun tozalanishi va tahlil qilinishi mumkin. UIP400MTP ko'p quduqli plastinka sonikatori yordamida siz mikrobial jamoalardagi oqsillar tomonidan boshqariladigan biologik jarayonlar haqida tushunchaga ega bo'lish uchun takrorlanadigan natijalarni yaratish uchun bir necha daqiqada lizis va oqsillarni ajratib olish vazifasini bajarishingiz mumkin.
metaproteomika
Metaproteomika mikrobioma ichidagi funktsional ifoda va o'zaro ta'sirlarni tushunish uchun kollektiv oqsil tarkibini o'rganib, proteomik tahlilni butun mikrobial jamoalarga kengaytiradi. Sonication hujayralarni lizislash uchun ishlatiladi, oqsillarni chiqaradi, keyin tozalanadi va massa spektrometriyasi kabi usullar orqali tahlil qilinadi. Ushbu yondashuv faol biologik jarayonlar va mikrobial jamoalarning turli muhitlarda moslashuvi haqida batafsil ma'lumot beradi.
UIP400MTP ko'p quduqli plastinka sonikatorining yuqori o'tkazuvchanlik ishlash qobiliyatidan foydalaning va mikrobiomani tadqiq qilish va tahlil qilishni osonlashtiring!
UIP400MTP yuqori o'tkazuvchan sonikator ko'p quduqli plitalar, 96 quduqli plitalar, naychalar va Petri idishlarida mikrobioma tadqiqotlari uchun.
Mikrobioma diagnostikasida yuqori o'tkazuvchanlik namunalarini tayyorlash uchun UIP400MTP Multiwell Plate Sonicator.
Ko'p quduqli plastinka sonikatori UIP400MTP, masalan, mikrobiomani tadqiq qilish va diagnostika qilishda yuqori samarali namuna tayyorlashni osonlashtiradi.
96-quduqli plastinka sonikatori UIP400MTP: ultratovush o'tkazuvchi suyuqlik barcha quduqlarni o'rab oladi va har bir namunaning bir xil sonikatsiyasini ta'minlaydi.
UIP400MTP ko'p quduqli plastinka sonikatorining asosiy xususiyatlari
| Yuqori mahsuldor sonikatsiya | 96-quduqli va boshqa ko'p quduqli plitalar uchun juda mos keladigan UIP400MTP bir nechta namunalarni bir vaqtning o'zida, bir xil sonikatsiya qilish imkonini beradi, namuna tayyorlash muddatini sezilarli darajada qisqartiradi va yuqori namunalar sonini sinovdan o'tkazish qobiliyatini oshiradi. |
| O'zingiz tanlagan ko'p teshikli plastinkadan foydalaning | UIP400MTP har qanday standart multiwell plitalari, PCR plitalari yoki mikrotiter plitalarini sonikatsiya qilish uchun mo'ljallangan. Tajribalaringiz uchun eng mos plastinkani tanlaysiz. UIP400MTP xususiy sarf materiallarini talab qilmagani uchun bu sizga ko'p pul tejaydi! |
| Kontaktsiz ultratovush | Multiwell Plate Sonicator UIP400MTP namunaga hech narsa kiritmasdan intensiv ultratovushni qo'llaydi. Ealed multiwell plitalari, yopiq idishlar va flakonlarni sonikatsiya qilishingiz mumkin. Hielscher har qanday nostandart flakonlar yoki idishlar uchun moslashtirilgan namuna ushlagichlarini taqdim etadi. |
| Aniqlik va nazorat | Nozik nazorat va aqlli dasturiy ta'minot sizga ultratovush parametrlarini maxsus ishlov berish ehtiyojlaringizga mos ravishda o'rnatishga imkon beradi. Har bir tajriba uchun maksimal sonikatsiya samaradorligi va samaradorligini olasiz. |
| Haroratni nazorat qilish | Sonikatsiya uchun ma'lum bir haroratni o'rnating. UIP400MTP plastinka sonikatori namuna haroratini kuzatishi va sonikatsiyani mos ravishda sozlashi mumkin. Qayta aylanuvchi sovutish suyuqligi haroratni aniq nazorat qilish uchun plastinkadagi har bir quduqni sovutadi. |
| Protokollashtirish va masofadan boshqarish | Har bir sonikatsiyani kompyuterdan boshqarish mumkin. Dasturiy ta'minotni o'rnatish shart emas. UIP400MTP ni masofadan boshqarish va kuzatish uchun istalgan operatsion tizimda (masalan, MacOS, Windows, Android, iOS yoki Linux) standart brauzeringizdan (masalan, Chrome, Firefox, Edge yoki Safari) foydalanishingiz mumkin. Har bir sonikatsiya jarayoni baholash va hujjatlar uchun batafsil sonikatsiya protokolini ishlab chiqaradi. Protokol fayli xususiy bo'lmagan CSV formatida bo'lib, uni o'zingiz yoqtirgan dastur, masalan, Microsoft Excel, Apple Numbers yoki OpenOffice Calc bilan ochishingiz mumkin. |
| Mustahkam va ishonchli | Germaniyada eng yuqori sifat standartlari asosida ishlab chiqilgan va qurilgan UIP400MTP nafaqat kuchli, balki juda bardoshlidir. Uning dizayni sanoat standartlariga javob beradi va talabchan laboratoriya sharoitida kundalik foydalanishning qiyinchiliklariga osongina bardosh beradi. UIP400MTP dan haftada 7 kun 24 soat uzluksiz foydalanishingiz mumkin. |
- yuqori samaradorlik
- eng zamonaviy texnologiya
- ishonchlilik & mustahkamlik
- sozlanishi, aniq jarayon nazorati
- aqlli dasturiy ta'minot
- aqlli xususiyatlar (masalan, dasturlashtiriladigan, ma'lumotlarni protokollash, masofadan boshqarish)
- oson va xavfsiz ishlash
- past texnik xizmat ko'rsatish
- CIP (joyida toza)
Dizayn, ishlab chiqarish va konsalting – Germaniyada ishlab chiqarilgan sifat
Hielscher ultrasonikatorlari eng yuqori sifat va dizayn standartlari bilan mashhur. Mustahkamlik va qulay foydalanish ultratovush qurilmalarimizni sanoat ob'ektlariga silliq integratsiya qilish imkonini beradi. Qo'pol sharoitlar va talabchan muhit Hielscher ultrasonikatorlari tomonidan osonlik bilan hal qilinadi.
Hielscher Ultrasonics ISO sertifikatiga ega kompaniya bo'lib, eng zamonaviy texnologiya va foydalanuvchilarga qulaylik bilan ajralib turadigan yuqori samarali ultratovush apparatlariga alohida e'tibor beradi. Albatta, Hielscher ultrasonikatorlari Idoralar talablariga javob beradi va UL, CSA va RoHs talablariga javob beradi.
UIP400MTP kontaktsiz sonikator ko'p quduqli plitalarda mikrobioma namunalarini tayyorlash uchun.
Adabiyot / Adabiyotlar
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- InfoGraphic UIP400MTP – 96-well plate Ultrasonicator for High-Throughput Sample Prep – english – Hielscher Ultrasonics
- Jannike L. Krause, Sven-Bastiaan Haange, Stephanie S. Schäpe, Beatrice Engelmann, Ulrike Rolle-Kampczyk, Katarina Fritz-Wallace, Zhipeng Wang, Nico Jehmlich, Dominique Türkowsky, Kristin Schubert, Judith Pöppe, Katrin Bote, Uwe Rösler, Gunda Herberth, Martin von Bergen (2020): The glyphosate formulation Roundup® LB plus influences the global metabolome of pig gut microbiota in vitro. Science of The Total Environment, Volume 745, 2020.
- Tröscher-Mußotter, Johanna; Sáenz, Johan; Grindler, Sandra; Meyer, Jennifer; Kononov, Susanne; Mezger, Beate; Borda, Daniel; Frahm, Jana; Dänicke, Sven; Camarinha-Silva, Amelia; Huber, Korinna; Seifert, Jana (2021): Microbiome Clusters Disclose Physiologic Variances in Dairy Cows Challenged by Calving and Lipopolysaccharides. mSystems 2021.
- Jannike Lea Krause, Beatrice Engelmann, Stephanie Serena Schaepe, Ulrike Rolle-Kampczyk, Nico Jehmlich, Hyun-Dong Chang, Ulla Slanina, Maximillian Hoffman, Jörg Lehmann, Ana Claudia Zenclussen, Gunda Herberth, Martin von Bergen, Sven-Bastiaan Haange (2024): DSS treatment does not affect murine colonic microbiota in absence of thehost. Gut Microbes 2024.
Mikrobioma tadqiqotlari haqida tez-tez so'raladigan savollar
Sonication bakteriyalarga nima qiladi?
Sonication yuqori chastotali tovush to'lqinlari yordamida bakterial hujayralarni buzadi, zarba to'lqinlari va mexanik kuchlarni keltirib chiqaradigan kavitatsiyani keltirib chiqaradi, bu hujayra lizisiga va hujayra ichidagi tarkibning chiqishiga olib keladi.
Mikrobiomalarni o'rganish uchun qanday usullardan foydalaniladi?
Mikrobiomalarni o'rganish usullari orasida 16S rRNK genini ajratish va metagenomika kabi DNK ketma-ketligi texnikasi, shuningdek, mikrob funktsiyalari va o'zaro ta'sirini tahlil qilish uchun transkriptomika, proteomika va metabolomika kiradi. Olingan keng ma'lumotlarni sharhlash uchun bioinformatika vositalari qo'llaniladi.
Mikrobiomani tahlil qilishda qanday usullar qo'llaniladi?
Mikrobiomani tahlil qilishda qo'llaniladigan usullarga taksonomik profillash uchun 16S rRNK genini ajratish, keng qamrovli genetik tahlil qilish uchun metagenomik ketma-ketlik, gen ekspressiyasini o'rganish uchun metatrankriptomika, oqsillarni tahlil qilish uchun metaproteomika va metabolik mahsulotlarni aniqlash uchun metabolomika kiradi. Bioinformatika vositalari ma'lumotlarni qayta ishlash va sharhlash uchun zarurdir.
Mikrobioma tadqiqotlarida metabolomika, metagenomika va metaproteomika nima?
Mikrobioma tadqiqotida metabolomika mikroblar tomonidan ishlab chiqarilgan kichik molekulalar va metabolitlarni tahlil qilib, ularning metabolik faoliyati haqida ma'lumot beradi. Metagenomika mikrob jamoalarining genetik tarkibi va funktsional imkoniyatlarini tushunish uchun ularning kollektiv genomlarini ketma-ketlashtirishni o'z ichiga oladi. Metaproteomika mikrobiomaning butun protein tarkibini o'rganadi, genlarning funktsional ifodasini va mikroblar jamoasida oqsillarning rolini ochib beradi.
Mikrobioma tadqiqotida bakterial koloniyalar nima?
Mikrobioma tadqiqotlaridagi bakteriya koloniyalari - bu qattiq o'sish muhitida bir yoki bir nechta hujayradan o'stirilgan bakteriyalar guruhlari bo'lib, ko'rinadigan klasterlarni hosil qiladi. Ushbu koloniyalar mikroblar jamoasidagi o'ziga xos bakterial shtammlarning xususiyatlarini, xilma-xilligini va funktsiyalarini o'rganish uchun ishlatiladigan klonal populyatsiyalarni ifodalaydi.
Hielscher Ultrasonics kompaniyasi yuqori samarali ultratovushli homogenizatorlarni ishlab chiqaradi laboratoriya uchun sanoat hajmi.