Ultratovush bilan ishlov berish orqali soddalashtirilgan mikrobiom tadqiqotlari va klinik tahlil
Ultratovush bilan ishlov berish mikrobiom tadqiqotlari va klinik tahlilda keng qoʻllaniladigan kuchli usul boʻlib, koʻp sonli namunalarni yuqori unumdorlik bilan tayyorlashni osonlashtiradi. Ultratovush usuli, ayniqsa, tarkibida mikroorganizmlar boʻlgan namunalar kabi murakkab biologik namunalarni qayta ishlashda samaralidir. Ultratovush bilan ishlov berish hujayra lizisini, nuklein kislotalar, oqsillar va metabolitlarni ajratib olish hamda tahlil qilishni osonlashtirib, mikrob hamjamiyatlari va ularning salomatlik hamda kasalliklardagi rolini chuqurroq tushunish imkonini beradi. Hielscher kompaniyasining yuqori unumdorlikka ega ultratovush bilan ishlov berish qurilmalari aniqligi, samaradorligi va takrorlanuvchan natijalari bilan mashhur boʻlib, mikrobiom tadqiqotlari uchun ajoyib tanlovdir.
Mikrobiom tadqiqotlarida yuqori unumdorlik bilan ultratovushli ishlov berish imkoniyatlaridan foydalaning
96 quduqchali plastinkalar uchun UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasi koʻp sonli namunalarni yuqori unumdorlik bilan tayyorlash orqali mikrobiom tadqiqotlarini soddalashtiradi
96 quduqchali plastinkalar uchun UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasi yordamida namunalarni yuqori unumdorlik bilan tayyorlash
Mikrobiom tadqiqotlarida ultratovush bilan ishlov berishning qoʻllanilishi
Samarali hujayra lizisi
Ultratovush bilan ishlov berish mikrob hujayralarini, jumladan, Gram-musbat bakteriyalar va zamburugʻlar kabi mustahkam hujayra devoriga ega hujayralarni lizis qilishda juda samaralidir. Ultratovush toʻlqinlari namunada kavitatsiya pufakchalarini hosil qiladi. Ular qulab, hujayra devorlari va membranalarini yorib ochadigan zarba toʻlqinlarini yuzaga keltiradi. Bu jarayon hujayralarning toʻliq parchalanishini va DNK, RNK hamda oqsillar kabi hujayra ichidagi tarkibiy qismlarning samarali ajralib chiqishini taʼminlaydi.
Nazorat qilinadigan DNK fragmentatsiyasi
Yangi avlod sekvenslash kabi qoʻllanishlarda koʻpincha DNKni siljish kuchlari yordamida kichikroq, bir xil oʻlchamdagi fragmentlarga parchalash zarur boʻladi. Ultratovush bilan ishlov berish fragmentatsiya jarayonini aniq nazorat qilish imkonini berib, tadqiqotchilarga kerakli oʻlchamdagi DNK fragmentlarini olishga yordam beradi. Bunday nazorat sekvenslash kutubxonalarini tayyorlash va yuqori sifatli ketma-ketlik maʼlumotlarini taʼminlash uchun nihoyatda muhimdir.
Namunalarni yaxshilangan gomogenizatsiya qilish
Mikrobiom tadqiqotlarida namunalar koʻpincha turli mikroorganizmlar aralashmasini oʻz ichiga oladi. Ultratovush bilan ishlov berish ushbu mikroorganizmlarning namuna ichida bir tekis taqsimlanishiga yordam berib, izchil va takrorlanuvchan natijalarni taʼminlaydi. Bunday gomogenizatsiya mikroorganizmlar miqdorini aniqlash yoki muayyan metabolik faolliklarni oʻlchash kabi aniq miqdoriy tahlillar uchun nihoyatda muhimdir.
Metabolitlarni ishonchli ajratib olish
Ultratovush bilan ishlov berish orqali metabolitlarni ishonchli ajratib olish biologik namunalardan kichik molekulalarni ajratish uchun metabolomikada keng qoʻllaniladigan usuldir. Ultratovush bilan ishlov berishda hujayra membranalarini parchalaydigan mexanik tebranishlardan foydalaniladi, bu esa hujayra ichidagi metabolitlarning erituvchiga ajralib chiqishini osonlashtiradi. Bu usul samarali, takrorlanuvchan va turli namuna turlariga mos boʻlib, yuqori unumdorlikdagi hamda maqsadli metabolomik tadqiqotlar uchun qimmatli vositadir. Ultratovush yordamida metabolitlarni ajratib olish haqida koʻproq oʻqing!
«Najas mikrobiomi namunalaridagi bakteriyalarni bir tekis va izchil lizis qilish uchun UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmangizdan foydalanishdagi ajoyib tajribamiz uchun sizga minnatdorchilik bildirish maqsadida yozyapman. Biz yuqori unumdorlikdagi lizis texnologiyasi imkoniyatlarini kengaytiryapmiz va sizning asbobingiz ushbu vazifaga juda mos keladi. Asosiy afzalliklardan ayrimlari quyidagilardir:
- Boshqarish qulayligi – asbobdan foydalanish oson, menyudagi tanlovlar yordamida uni ehtiyojga moslash ham sodda
- Yuqori unumdorlik – bir vaqtning oʻzida 96 ta namunani qayta ishlab, plastinkalar bilan ishlash uchun ajoyib imkoniyat yaratadi
- Barcha idishlarga bir tekis ultratovushli ishlov berish – qurilma barcha quduqchalarga bir xil miqdorda ultratovushli ishlov bera oldi, bu bizning qoʻllanishimiz uchun nihoyatda muhim edi
- Hielscher jamoasining yordami – yordam ajoyib boʻldi, siz oʻqitish davomida, savollarimizga javob berishda va muammolarni hal qilishda doimo yonimizda boʻldingiz hamda maqsadimizga erishishga yordam beradigan takliflar berdingiz.
Protokollarimizni optimallashtirish ustida ishlayotganimizda koʻrsatgan yordamingiz va koʻmagingiz uchun yana bir bor rahmat.»
Mark D. Driscoll, Ph.D. – Bosh ilmiy direktor – Intus Biosciences
Mikrobiom tadqiqotlari va diagnostikasida ultratovush bilan ishlov berish qanday qoʻllaniladi?
Metabolomika, metagenomika va metaproteomika mikrobiom tadqiqotlarida oʻzaro bogʻliq boʻlib, birgalikda mikrob hamjamiyatlari va ularning funksiyalari haqida keng qamrovli tushuncha beradi. Lizis, oqsillarni tozalash va DNK / RNK fragmentatsiyasi namuna tayyorlashning muhim bosqichlari boʻlib, ular 96 quduqchali plastinkalar uchun UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasi yordamida soddalashtiriladi.
Metabolomika va metabolom tahlili
Metabolomika biologik tizimdagi kichik molekulali metabolitlarni tizimli oʻrganishni oʻz ichiga oladi. Mikrobiom tadqiqotlarida ultratovush bilan ishlov berish mikrob hujayralarini lizis qilish va hujayra ichidagi metabolitlarni ajratib chiqarish uchun qoʻllaniladi. 96 quduqchali plastinkalar uchun UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasi yordamida koʻp sonli namunalarni tez qayta ishlash mumkin. Soʻngra ajratib olingan metabolitlar mass-spektrometriya (MS) va yadroviy magnit rezonans (NMR) spektroskopiyasi kabi ilgʻor usullar yordamida miqdoriy aniqlanadi. Olingan maʼlumotlar mikrobiomning muayyan paytdagi metabolik holatini aks ettirib, mikrob hamjamiyatlari ichidagi biokimyoviy faoliyatlar va oʻzaro taʼsirlar haqida tushuncha beradi.
Metagenomika va metatranskriptomika
Metagenomika atrof-muhit namunalaridan bevosita olingan genetik materialni keng qamrovli tahlil qilishni oʻz ichiga oladi. Ultratovush bilan ishlov berish yuqori sifatli DNKni ajratib olish uchun mikrob hujayralarini lizis qilish orqali ushbu jarayonda muhim rol oʻynaydi. Keyin mavjud mikrob turlarini aniqlash va ularning miqdorini belgilash uchun DNK sekvenslanadi. Metatranskriptomikada turli mikrob hamjamiyatlaridagi gen ekspressiyasi profillarini oʻrganish uchun RNK oʻxshash ultratovush bilan ishlov berish usullari yordamida ajratib olinadi. DNK va RNKni sekvenslash uchun nuklein kislotalarni uzunligi maʼlum miqdordagi asos juftlariga teng fragmentlarga parchalash kerak. Ushbu vazifalarning barchasi yuqori unumdorlikka ega UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasi yordamida ishonchli va tez bajariladi!
Proteomika
Proteomik tahlillar mikrob hujayralaridan oqsillarni ajratib olishni talab qiladi. Ultratovush bilan ishlov berish hujayralarni parchalash va oqsillarni eritmaga ajratib chiqarish uchun samarali qoʻllaniladi. Keyinchalik bu oqsillarning mikrobiomdagi funksional rolini va metabolik yoʻllardagi ishtirokini tushunish uchun ularni tozalash va tahlil qilish mumkin. Koʻp quduqchali plastinkalar uchun UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasi yordamida lizis va oqsillarni ajratib olish vazifasini bir necha daqiqa ichida bajarib, mikrob hamjamiyatlarida oqsillar boshqaradigan biologik jarayonlarni tushunish uchun takrorlanuvchan natijalar olishingiz mumkin.
Metaproteomika
Metaproteomika proteomik tahlilni butun mikrob hamjamiyatlariga tatbiq etib, mikrobiomdagi funksional ekspressiya va oʻzaro taʼsirlarni tushunish uchun ularning umumiy oqsil tarkibini oʻrganadi. Ultratovush bilan ishlov berish hujayralarni lizis qilish va oqsillarni ajratib chiqarish uchun qoʻllaniladi. Soʻngra oqsillar tozalanib, mass-spektrometriya kabi usullar yordamida tahlil qilinadi. Bu yondashuv mikrob hamjamiyatlarining turli muhitlardagi faol biologik jarayonlari va moslashuvlari haqida batafsil tushuncha beradi.
Koʻp quduqchali plastinkalar uchun UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasining yuqori unumdorlikdagi qayta ishlash imkoniyatidan foydalaning va mikrobiom tadqiqotlari hamda tahlilingizni osonlashtiring!
Yuqori unumdorlikka ega UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasi koʻp quduqchali plastinkalar, 96 quduqchali plastinkalar, probirkalar va Petri kosachalarida mikrobiom tadqiqotlarini olib borish uchun.
Mikrobiom diagnostikasida namunalarni yuqori unumdorlik bilan tayyorlash uchun koʻp quduqchali plastinkalarga ultratovush bilan ishlov beruvchi UIP400MTP qurilmasi.
Koʻp quduqchali plastinkalar uchun UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasi, masalan, mikrobiom tadqiqotlari va diagnostikasida namunalarni yuqori unumdorlik bilan tayyorlashni osonlashtiradi.
96 quduqchali plastinkalar uchun UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasi: ultratovushni uzatuvchi suyuqlik barcha quduqchalarni oʻrab turadi va har bir namunaga bir tekis ultratovushli ishlov berilishini taʼminlaydi
Koʻp quduqchali plastinkalar uchun UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasining asosiy xususiyatlari
| Yuqori unumdorlik bilan ultratovushli ishlov berish | 96 quduqchali va boshqa koʻp quduqchali plastinkalar uchun juda mos boʻlgan UIP400MTP bir nechta namunaga bir vaqtning oʻzida bir xil ultratovushli ishlov berish imkonini beradi. Bu namuna tayyorlash vaqtini sezilarli darajada qisqartiradi va koʻp sonli namunalarni sinash unumdorligini oshiradi. |
| Oʻzingiz tanlagan koʻp quduqchali plastinkadan foydalaning | UIP400MTP har qanday standart koʻp quduqchali plastinkalar, PCR plastinkalari yoki mikrotitr plastinkalariga ultratovush bilan ishlov berish uchun moʻljallangan. Siz tajribalaringizga eng mos plastinkani tanlaysiz. UIP400MTP faqat shu qurilmaga xos sarf materiallarini talab qilmagani uchun bu sizga katta miqdorda mablagʻ tejash imkonini beradi! |
| Kontaktsiz ultratovush bilan ishlov berish | Koʻp quduqchali plastinkalar uchun UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasi namunaga hech narsa kiritmasdan kuchli ultratovushni qoʻllaydi. Siz germetik yopilgan koʻp quduqchali plastinkalar, yopiq idishlar va flakonlarga ultratovush bilan ishlov berishingiz mumkin. Hielscher har qanday nostandart flakon yoki idishlar uchun maxsus moslashtirilgan namuna tutqichlarini yetkazib beradi. |
| Aniqlik va nazorat | Aniq nazorat va aqlli dasturiy taʼminot ultratovush parametrlarini muayyan qayta ishlash ehtiyojlaringizga eng maqbul tarzda moslab oʻrnatish imkonini beradi. Har bir tajribada ultratovush bilan ishlov berishning maksimal samaradorligi va natijadorligiga erishasiz. |
| Haroratni nazorat qilish | Ultratovush bilan ishlov berish uchun muayyan haroratni oʻrnating. Plastinkalar uchun UIP400MTP ultratovush bilan ishlov berish qurilmasi namuna haroratini kuzatishi va ultratovushli ishlovni shunga muvofiq sozlashi mumkin. Qayta aylanib turadigan sovituvchi suyuqlik haroratni aniq nazorat qilish uchun plastinkadagi har bir quduqchani sovitadi. |
| Hisobotlarni qayd etish va masofadan boshqarish | Har bir ultratovush bilan ishlov berish siklini kompyuterdan boshqarish mumkin. Dasturiy taʼminot oʻrnatish talab etilmaydi. UIP400MTP qurilmasini masofadan boshqarish va kuzatish uchun istalgan operatsion tizimda (masalan, MacOS, Windows, Android, iOS yoki Linux) odatiy brauzeringizdan (masalan, Chrome, Firefox, Edge yoki Safari) foydalanishingiz mumkin. Har bir ultratovush bilan ishlov berish sikli baholash va hujjatlashtirish uchun ultratovush bilan ishlov berish haqida batafsil hisobot yaratadi. Hisobot fayli muayyan ishlab chiqaruvchiga bogʻliq boʻlmagan CSV formatida boʻlib, uni oʻzingiz afzal koʻrgan dasturda, masalan, Microsoft Excel, Apple Numbers yoki OpenOffice Calc dasturida ochishingiz mumkin. |
| Mustahkam va ishonchli | Germaniyada eng yuqori sifat standartlariga muvofiq loyihalashtirilgan va ishlab chiqarilgan UIP400MTP kuchli boʻlish bilan birga nihoyatda chidamlidir. Uning konstruksiyasi sanoat standartlariga javob beradi va yuqori talablar qoʻyiladigan laboratoriya muhitida kundalik foydalanishning ogʻir sharoitlariga oson bardosh beradi. UIP400MTP qurilmasidan yuqori unumdorlikdagi ishlarda sutkasiga 24 soat, haftasiga 7 kun uzluksiz foydalanishingiz mumkin. |
- yuqori samaradorlik
- eng ilgʻor texnologiya
- ishonchlilik va mustahkamlik
- sozlanadigan, aniq jarayon nazorati
- intellektual dasturiy taʼminot
- aqlli funksiyalar (masalan, dasturlash imkoniyati, maʼlumotlarni qayd etish, masofadan boshqarish)
- boshqarish oson va xavfsiz
- kam texnik xizmat talab etadi
- CIP (joyida tozalash)
Loyihalash, ishlab chiqarish va maslahat berish – Germaniyada yaratilgan sifat
Hielscher ultratovush qurilmalari oʻzining eng yuqori sifat va loyihalash standartlari bilan mashhur. Mustahkamlik va boshqarish qulayligi ultratovush qurilmalarimizni sanoat obyektlariga muammosiz integratsiya qilish imkonini beradi. Hielscher ultratovush qurilmalari ogʻir sharoitlar va yuqori talablar qoʻyiladigan muhitlarda oson ishlaydi.
Hielscher Ultrasonics ISO sertifikatiga ega kompaniya boʻlib, eng ilgʻor texnologiya va foydalanish qulayligini oʻzida mujassam etgan yuqori unumdorlikdagi ultratovush qurilmalariga alohida eʼtibor qaratadi. Albatta, Hielscher ultratovush qurilmalari CE talablariga muvofiq boʻlib, UL, CSA va RoHs talablariga javob beradi.
Kontaktsiz ultratovush bilan ishlov beruvchi UIP400MTP qurilmasi koʻp quduqchali plastinkalarda mikrobiom namunalarini tayyorlash uchun.
Adabiyotlar / Manbalar
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- InfoGraphic UIP400MTP – 96-well plate Ultrasonicator for High-Throughput Sample Prep – english – Hielscher Ultrasonics
- Jannike L. Krause, Sven-Bastiaan Haange, Stephanie S. Schäpe, Beatrice Engelmann, Ulrike Rolle-Kampczyk, Katarina Fritz-Wallace, Zhipeng Wang, Nico Jehmlich, Dominique Türkowsky, Kristin Schubert, Judith Pöppe, Katrin Bote, Uwe Rösler, Gunda Herberth, Martin von Bergen (2020): The glyphosate formulation Roundup® LB plus influences the global metabolome of pig gut microbiota in vitro. Science of The Total Environment, Volume 745, 2020.
- Tröscher-Mußotter, Johanna; Sáenz, Johan; Grindler, Sandra; Meyer, Jennifer; Kononov, Susanne; Mezger, Beate; Borda, Daniel; Frahm, Jana; Dänicke, Sven; Camarinha-Silva, Amelia; Huber, Korinna; Seifert, Jana (2021): Microbiome Clusters Disclose Physiologic Variances in Dairy Cows Challenged by Calving and Lipopolysaccharides. mSystems 2021.
- Jannike Lea Krause, Beatrice Engelmann, Stephanie Serena Schaepe, Ulrike Rolle-Kampczyk, Nico Jehmlich, Hyun-Dong Chang, Ulla Slanina, Maximillian Hoffman, Jörg Lehmann, Ana Claudia Zenclussen, Gunda Herberth, Martin von Bergen, Sven-Bastiaan Haange (2024): DSS treatment does not affect murine colonic microbiota in absence of thehost. Gut Microbes 2024.
Mikrobiom tadqiqotlari haqida tez-tez beriladigan savollar
Ultratovush bilan ishlov berish bakteriyalarga qanday taʼsir qiladi?
Ultratovush bilan ishlov berish yuqori chastotali tovush toʻlqinlari yordamida bakteriya hujayralarini parchalaydi. Bu toʻlqinlar zarba toʻlqinlari va mexanik kuchlarni hosil qiluvchi kavitatsiyani yuzaga keltirib, hujayra lizisiga va hujayra ichidagi tarkibiy qismlarning ajralib chiqishiga olib keladi.
Mikrobiomlarni oʻrganish uchun qanday usullar qoʻllaniladi?
Mikrobiomlarni oʻrganish usullariga 16S rRNA genini sekvenslash va metagenomika kabi DNK sekvenslash usullari, shuningdek, mikroblarning funksiyalari va oʻzaro taʼsirlarini tahlil qilish uchun transkriptomika, proteomika va metabolomika kiradi. Hosil boʻladigan katta hajmdagi maʼlumotlarni talqin qilish uchun bioinformatika vositalari qoʻllaniladi.
Mikrobiom tahlilida qanday usullar qoʻllaniladi?
Mikrobiom tahlilida qoʻllaniladigan usullarga taksonomik profillash uchun 16S rRNA genini sekvenslash, keng qamrovli genetik tahlil uchun metagenomik sekvenslash, gen ekspressiyasini oʻrganish uchun metatranskriptomika, oqsillarni tahlil qilish uchun metaproteomika va metabolik mahsulotlarni aniqlash uchun metabolomika kiradi. Bioinformatika vositalari maʼlumotlarni qayta ishlash va talqin qilish uchun zarurdir.
Mikrobiom tadqiqotlarida metabolomika, metagenomika va metaproteomika nima?
Mikrobiom tadqiqotlarida metabolomika mikroblar ishlab chiqaradigan kichik molekulalar va metabolitlarni tahlil qilib, ularning metabolik faoliyati haqida tushuncha beradi. Metagenomika mikrob hamjamiyatlarining genetik tarkibi va funksional salohiyatini tushunish uchun ularning jami genomlarini sekvenslashni oʻz ichiga oladi. Metaproteomika mikrobiomning butun oqsil tarkibini oʻrganib, genlarning funksional ekspressiyasini va mikrob hamjamiyatida oqsillar oʻynaydigan rollarni ochib beradi.
Mikrobiom tadqiqotlarida bakteriya koloniyalari nima?
Mikrobiom tadqiqotlarida bakteriya koloniyalari qattiq ozuqa muhitida bitta yoki bir nechta hujayradan oʻstirilgan, koʻzga koʻrinadigan toʻplamlar hosil qiluvchi bakteriya guruhlaridir. Bu koloniyalar mikrob hamjamiyatidagi muayyan bakteriya shtammlarining xususiyatlari, xilma-xilligi va funksiyalarini oʻrganish uchun ishlatiladigan klonal populyatsiyalarni ifodalaydi.
Hielscher Ultrasonics yuqori unumdorlikdagi ultratovushli gomogenizatorlarni laboratoriya oʻlchamidan sanoat oʻlchamigacha ishlab chiqaradi.