Keyingi avlod ketma-ketligi uchun ultratovushli DNK parchalanishi
Keyingi avlod ketma-ketligi (NGS) genomik DNK zanjirlarini ketma-ketlashtirish va genom kutubxonalarini yaratish uchun genomik DNKning ishonchli kesilishi va parchalanishini talab qiladi. DNKning DNK bo'laklariga boshqariladigan parchalanishi DNK ketma-ketligidan oldin zarur bo'lgan namuna tayyorlashning muhim bosqichidir. Ultrasonikatsiya ma'lum uzunlikdagi DNK parchalanishi uchun samarali va ishonchli usul sifatida isbotlangan. Ultrasonik DNK parchalanish protokollari takrorlanadigan parchalanish natijalariga erishadi. Hielscher ultrasonicators genomik DNK fragment hajmi taqsimlash keng ishlab chiqarish qodir, operatsion parametrlari orqali aniq nazorat. Hielscher ultratovushli DNKni kesish tizimlari bitta va bir nechta flakonlar, shuningdek, mikroplatalar uchun mavjud bo'lganligi sababli, namuna tayyorlash juda samarali bo'ladi.
UIP400MTP plastinka sonikatori yuqori o'tkazuvchanlik namunalarini tayyorlash uchun ko'p quduqli, mikrotitrli plitalar va 96 quduqli plitalardagi namunalarni bir xilda sonikatsiya qiladi.
- takrorlanadigan / takrorlanadigan natijalar
- ma'lum bir parcha uzunligini olish uchun aniq sozlanishi
- Tez ishlov berish
- izchil DNK parchalanishi natijalari
- har qanday namuna hajmlari uchun qurilmalar (masalan, bir nechta flakonlar yoki mikroplastinkalar)
- Yuqori o'tkazuvchanlik
- haroratni aniq nazorat qilish
- oddiy, foydalanuvchi uchun qulay operatsiya
Keyingi avlod ketma-ketligi: kutubxonani tayyorlash uchun ultratovushli DNK parchalanishi
Keyingi avlod sekvensiyasini amalga oshirish uchun (1) kutubxonani tayyorlash, (2) ketma-ketlik va (3) ma'lumotlarni tahlil qilishning uchta asosiy bosqichi bajarilishi kerak. Kutubxonani tayyorlash jarayonida DNK parchalanadi, so'ngra fragment uchlari bitta adenin asosini qo'shish orqali ta'mirlanadi (yaltiraydi) va maqsadli fragmentlar ikki zanjirli DNKga aylanadi. Nihoyat, adapterlar deb ataladigan narsalar ligatsiya, PCR yoki teglash orqali biriktiriladi, shunda yakuniy kutubxona DNK mahsulotini ketma-ketlik uchun miqdoriy aniqlash mumkin.
Sonication yordamida DNKning parchalanishi: Ayniqsa, Illumina kabi qisqa muddatli DNK bo'laklarini osongina o'qiy olmaydigan sekvensiya texnologiyalari DNK stendlari ultratovush yordamida ishonchli tarzda erishish mumkin bo'lgan ma'lum hajmga bo'lingan bo'lishi kerak.
Ultrasonikatsiya DNK, RNK va xromatin parchalanishi uchun ishonchli ishlatilishi mumkin.
Keyingi avlod ketma-ketligi – kutubxona tayyorlash
Ultrasonik DNK parchalanishi odatda keyingi avlod sekvensiyasi (NGS) platformalari uchun DNK ketma-ketlik kutubxonalarini tayyorlashda qo'llaniladi. Ushbu usul DNK molekulalarini kerakli o'lchamdagi kichikroq bo'laklarga ajratish uchun ishlatiladi, bu kutubxonani tayyorlashning keyingi bosqichlarini osonlashtiradi. Ultrasonik DNK parchalanishi odatda NGS ish oqimlarining kutubxona tayyorlash bosqichida genomik DNKni quyi oqimga ishlov berish va ketma-ketlashtirish uchun mos keladigan kichikroq bo'laklarga bo'lish uchun talab qilinadi. U qo'llaniladigan maxsus sekvensiya platformasi uchun mos o'lchamdagi DNK fragmentlarini yaratish orqali ketma-ketlik tajribasining muvaffaqiyatini ta'minlashda hal qiluvchi rol o'ynaydi.
E. coli EDL933 genomik DNKsining elektroforetik tahlillari 0 - 15 min ultratovushga duchor bo'ladi. L DNK zinapoyasini bildiradi. (Basselet va boshq. 2008)
Keyingi avlod ketma-ketligi – Jarayon bosqichlari:
- Ultrasonik DNK parchalanishi: Kutubxonani qurishdan oldin genomik DNK kichikroq, boshqariladigan bo'laklarga bo'linadi. Ultrasonik parchalanish DNK molekulalarini kerakli o'lchamdagi bo'laklarga bo'lish uchun yuqori chastotali tovush to'lqinlaridan foydalanishni o'z ichiga oladi. Ushbu qadam juda muhim, chunki u keyinchalik hosil qilingan ketma-ketlik o'qishlari foydalanilayotgan ketma-ketlik platformasi uchun mos uzunlikda bo'lishini ta'minlashga yordam beradi. Fragmanlarning o'lchamlari diapazoni ketma-ketlik tajribasining o'ziga xos talablari asosida sozlanishi mumkin.
- PCR orqali klonal kuchaytirish: Ultrasonik parchalanishdan so'ng, DNK bo'laklari yakuniy ta'mirdan, adapter bog'lanishidan va yakuniy DNK ketma-ketlik kutubxonalarini yaratish uchun PCR kuchaytirilishidan o'tadi. Ushbu bosqichlar sekvensiya platformasiga ulanish uchun zarur bo'lgan adapter ketma-ketliklarini qo'shish va PCR amplifikatsiyasi uchun boshlang'ich joylarni ta'minlash orqali parchalangan DNK molekulalarini sekvensiya jarayoniga tayyorlaydi.
- Sintez orqali DNK ketma-ketligi: Tartiblash kutubxonalari tayyorlangandan so'ng, sintez bo'yicha DNK ketma-ketligi (SBS) jarayoni boshlanadi. SBS jarayonida DNK ketma-ketligi komplementar zanjirga nukleotidlarning ketma-ket qo'shilishi bilan aniqlanadi. Bu bosqich nukleotidlarni kiritish, tasvirlash va parchalanishning siklik reaktsiyalarini o'z ichiga oladi, bu birlashtirilgan nukleotidlar chiqaradigan floresan signallar asosida DNK ketma-ketligini aniqlash imkonini beradi.
- Massiv parallel ketma-ketlik: Yakuniy bosqichda fazoviy ajratilgan, kuchaytirilgan DNK shablonlari bir vaqtning o'zida massiv parallel ravishda ketma-ket joylashtiriladi. Ushbu yuqori samarali ketma-ketlik yondashuvi DNK ketma-ketliklarini samarali va tez aniqlash imkonini beruvchi bitta ketma-ketlik ishida millionlab milliardlab ketma-ketlik o'qishlarini yaratishga imkon beradi.
Ultrasonik DNK parchalanishi qanday ishlaydi?
Akustik namunani qayta ishlash deb ham ataladigan sonication DNKni parchalash uchun keng qo'llaniladigan usuldir. Ultrasonik DNKni kesish uchun namunalar nazorat ostida ultratovush to'lqinlariga ta'sir qiladi. Ultrasonik DNK parchalanishining ishlash printsipi ultratovush to'lqinlari tomonidan hosil bo'ladigan tebranish va kavitatsiyaga asoslanadi. Ultrasonik (akustik) kavitatsiya natijasida yuzaga keladigan kesish kuchlari yuqori molekulyar og'irlikdagi DNK molekulalarini buzadi. Intensivlik (amplituda, davomiylik), pulsatsiya rejimi va harorat kabi sonikatsiya sozlamalari DNK fragmentlarining ma'lum bir kerakli uzunligiga aniq DNK parchalanishiga imkon beradi. Ultratovush yordamida DNK ko'pincha 100 dan 600 bp gacha qisqartirilsa-da, engilroq ultratovush sharoitlari qo'llanilganda 1300 bp gacha bo'lgan uzunroq DNK fragmentlarini olish mumkin.
ChIP paytida ultratovushli DNKni kesish – kromatin immunopresipitsiyasi
CC-BY-SA.03 bo'yicha Jkwchui'dan moslashtirilgan
DNK degradatsiyasini oldini olish uchun haroratni nazorat qilish
DNKning ikki zanjirli molekulyar shakli yuqori haroratga juda sezgir, shuning uchun namunani tayyorlash bosqichlarida haroratni aniq nazorat qilish ishonchli tahlil natijalari uchun hal qiluvchi omil hisoblanadi.
Hielscherning ultratovushli zondlaridan, VialTweeter yoki UIP400MTP dan foydalanasizmi? – doimiy haroratni nazorat qilish va nazorat qilish ulanadigan harorat sensori va aqlli qurilma dasturiy ta'minoti tufayli ta'minlanadi. Haroratni ma'lum bir diapazonda ushlab turish uchun siz yuqori va pastki harorat chegarasini o'rnatishingiz mumkin. Shunday qilib, ultratovush qurilmasi ushbu harorat chegarasidan oshib ketishi bilanoq pauza qiladi va harorat belgilangan ∆T ga tushirilganda avtomatik ravishda sonikatsiyani davom ettiradi.
Hielscher ultrasonikatorlarining murakkab dasturiy ta'minoti ideal namunali davolash sharoitlarini ishonchli saqlashni ta'minlaydi.
UIP400MTP ko'p quduqli plastinka ultratovush apparati yordamida DNKning ommaviy parchalanishi
So'nggi o'n yil ichida hayot haqidagi fanlar soni sezilarli darajada oshdi. Bu shuni anglatadiki, juda ko'p miqdordagi namunalar (masalan, har bir mikroplastinada 384, 1536 yoki 3456 quduq) taqqoslanadigan va haqiqiy natijalarga erishish uchun namunani tayyorlash va tahlil qilish jarayonida doimiy teng sharoitlarda qayta ishlanishi kerak. UIP400MTP bilan Hielscher Ultrasonics ommaviy namunalarni qayta ishlash tendentsiyasini kuzatmoqda. UIP400MTP - bu mikroplastinkalar yordamida namuna tayyorlash uchun ultratovush qurilmasi. UIP400MTP 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 yoki 3456 quduqli plitalarga ishlov berishi mumkin. Mikroplastinka turiga qarab, har bir quduq odatda o'nlab nanolitrdan bir necha millilitrgacha bo'lgan namuna hajmlarini ushlab turishi mumkin. Hayotiy fanlar bo'yicha tadqiqotlarda keng qo'llaniladigan UIP400MTP odatda ELISA (ferment bilan bog'liq immunosorbent tahlili) yoki PCR kabi tahlillar oldidan, oqsil tahlilidan oldin, shuningdek, CHiP va CHiP-seq, giston modifikatsiyasidan oldin xromatin tayyorlash uchun juda keng qo'llaniladi. identifikatsiya va boshqa analitik muolajalar (masalan, gel elektroforezi, mass-spektrometriya).
PCR plitalarini yuqori mahsuldorlikka ega ishlov berish haqida ko'proq o'qing!
10 flakongacha namuna olish uchun VialTweeter
VialTweeter keng qo'llaniladigan laboratoriya ultratovushli VialTweeter bo'lib, u bir vaqtning o'zida 10 flakongacha samarali va qulay sonikatsiyani ta'minlaydi. Flakonlar va probirkalar (masalan, Eppendorf flakonlari, kriyo flakonlar, santrifüj naychalari) bilvosita sonikatsiya qilinganligi sababli, har qanday o'zaro ifloslanishning oldini oladi. Har bir namunaga bir xil ultratovush intensivligi etkazilganligi sababli, barcha sonikatsiya natijalari bir hil va takrorlanishi mumkin. VialTweeter boshqa raqamli qurilmalarimiz kabi barcha aqlli funksiyalarni (masalan, aqlli menyu, dasturlashtiriladigan sozlamalar, haroratni boshqarish, masofadan boshqarish pulti va boshqalar) taqdim etadi, shunda foydalanuvchi uchun eng yuqori qulaylik ta'minlanadi.
Microwell plitalari uchun ko'p barmoqli problar
UP200Ht va UP200St ultratovushli zond gomogenizatorlari uchun mavjud bo'lib, 4 yoki 8 barmoqli ko'p barmoqli problar bir xil sharoitlarda bir vaqtning o'zida bir nechta namunani sonikatsiya qilish uchun qulay imkoniyatdir. Masalan, MTP-24-8-96 sonotrodi sakkiz barmoqli zond bo'lib, u avtomatlashtirilgan tizimlarga integratsiya qilish yoki ko'p quduqli plitalar quduqlarini samarali qo'lda namuna tayyorlash uchun idealdir. Ko'p barmoqli sonotrod laboratoriyalar uchun avtomatlashtirilgan uchun idealdir, bu erda standart ultratovushli sonotrod yordamida asosan stakan va sinov naychalari qayta ishlanadi. Ko'p barmoqli va standart zondlar bir necha daqiqa ichida tez o'zgarishi mumkin, bu bitta probli ultratovushli qurilmani ko'p probli ultratovushli buzuvchiga aylantiradi.
DNK parchalanishi uchun Hielscher ultrasonikatorlari
Hielscher Ultrasonics DNK, RNK va xromatin parchalanishi uchun ultratovushga asoslangan turli platformalarni taklif etadi. Ushbu turli platformalarga ultratovushli zondlar (sonotrotlar), bir vaqtning o'zida bir nechta naychalar yoki ko'p quduqli plitalar (masalan, 96 quduqli plitalar, mikrotitr plitalari), sonoreaktorlar va ultratovushli kupalar namunalarini tayyorlash uchun bilvosita sonikatsion echimlar kiradi. DNKni kesish uchun barcha platformalar chastotali sozlangan, yuqori samarali ultratovushli protsessorlar bilan ishlaydi, ular aniq boshqarilishi mumkin va takrorlanadigan natijalarni beradi.
Har qanday namuna soni va hajmi uchun ultratovushli protsessorlar
Hielscherning ko'p namunali ultratovushli ultratovush apparatlari VialTweeter (10 tagacha probirka uchun) va UIP400MTP (mikroplastinkalar/ko'p quduqli plitalar uchun) yordamida intensiv va aniq boshqariladigan ultrasonikatsiya tufayli namunani qayta ishlash vaqtini osonlik bilan qisqartirish mumkin bo'ladi, shu bilan birga kerakli DNK fragmenti hajmi taqsimoti va rentabelligi olinadi. . Ultrasonik DNK parchalanishi namunani tayyorlashni samarali, ishonchli va kengaytiriladigan qiladi. Doimiy nazorat ostida bo'lgan ultratovushni qo'llash orqali protokollarni bir nechta namunalargacha chiziqli o'lchash mumkin.
Bir-besh barmoqli probli ultratovush apparatlari kichikroq namuna raqamlarini tayyorlash uchun idealdir. Hielscher laboratoriya ultrasonikatorlari turli o'lchamlarda mavjud bo'lib, biz sizga ilovangiz va talablaringiz uchun ideal qurilmani tavsiya qilishimiz mumkin.
jarayonni aniq nazorat qilish
Aniq nazorat qilinadigan sonikatsiya sozlamalari juda muhim, chunki to'liq sonifikatsiya DNK, RNK va xromatinni yo'q qilishi mumkin, ammo ultratovushning noto'g'ri kesishi juda uzun DNK va xromatin bo'laklariga olib keladi. Hielscher raqamli ultrasonikatorlari aniq sonication parametriga osongina o'rnatilishi mumkin. Muayyan sonikatsiya sozlamalari xuddi shu protsedurani tez takrorlash uchun dasturlashtirilgan sozlamalar sifatida ham saqlanishi mumkin.
Barcha sonikatsiya avtomatik ravishda protokollanadi va o'rnatilgan SD-kartada CSV fayli sifatida saqlanadi. Bu amalga oshirilgan sinovlarni aniq hujjatlashtirishga imkon beradi va sonikatsiya ishlarini osongina qayta ko'rib chiqish imkonini beradi.
Brauzerning masofadan boshqarish pulti orqali barcha raqamli ultrasonikatorlarni har qanday standart brauzer orqali boshqarish va kuzatish mumkin. Qo'shimcha dasturiy ta'minotni o'rnatish talab qilinmaydi, chunki LAN ulanishi juda oddiy plug-n-play sozlash imkonini beradi.
Ultrasonik namunani tayyorlashda foydalanuvchi uchun eng yuqori qulaylik
Barcha Hielscher ultrasonikatorlari yuqori samarali ultratovushni etkazib berish uchun mo'ljallangan, shu bilan birga har doim juda qulay va ishlatish uchun qulay. Barcha sozlamalar aniq menyuda yaxshi tuzilgan, ularga rangli sensorli displey yoki brauzerning masofadan boshqarish pulti orqali osongina kirish mumkin. Dasturlashtiriladigan sozlamalar va avtomatik ma'lumotlarni yozib olish bilan aqlli dastur ishonchli va takrorlanadigan natijalar uchun optimal sonikatsiya sozlamalarini ta'minlaydi. Toza va ishlatish uchun qulay menyu interfeysi Hielscher ultrasonikatorlarini foydalanuvchilar uchun qulay va samarali qurilmalarga aylantiradi.
Quyidagi jadval DNK va RNK parchalanishi, hujayra lizisi, shuningdek oqsillarni ekstraksiya qilish kabi namunalarni tayyorlash vazifalari uchun ideal bo'lgan laboratoriya ultratovush apparatlarining taxminiy qayta ishlash imkoniyatlarini ko'rsatadi:
| Qurilma | Quvvat [Vt] | Turi | Hajmi [ml] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | mikroplitalar uchun | 6 – 3456 quduq | VialTweeter | 200 | 10 flakongacha plyus qisqich bilan mahkamlash imkoniyati | 0.5 – 1.5 |
| UP50H | 50 | Prob turi | 0.01 – 250 |
| UP100H | 100 | Prob turi | 0.01 – 500 |
| UP200Ht | 200 | Prob turi | 0.1 – 1000 |
| UP200St | 200 | Prob turi | 0.1 – 1000 |
| UP400St | 400 | Prob turi | 5.0 – 2000 |
| chashka | 200 | CupHorn, sonoreaktor | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | ifloslanishsiz oqim xujayrasi |
Biz bilan bog'lanish! / Bizdan so'rang!
Ultrasonik ko'p namunali tayyorlash birligi VialTweeter bir vaqtning o'zida 10 flakongacha sonikatsiya qilish imkonini beradi. VialPress qisqich moslamasi yordamida kuchli sonikatsiya uchun 4 tagacha qo'shimcha naychani old tomonga bosish mumkin.
MTP-24-8-96 sonotrodida mikrotiter plitalari quduqlarini sonikatsiya qilish uchun sakkizta ultratovushli prob mavjud.
Adabiyot / Adabiyotlar
- Poptsova, M., Il’icheva, I., Nechipurenko, D. et al. (2014): Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Scientific Reports 4, 4532; 2014.
- Basselet P., Wegrzyn G., Enfors S.-O., Gabig-Ciminska M. (2008): Sample processing for DNA chip array-based analysis of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC). Microbial Cell Factories 7:29. 2008.
- Doublier S., Riganti Ch., Voena C., Costamagna C., Aldieri E., Pescarmona G., Ghigo D., Bosia A. (008): RhoA Silencing Reverts the Resistance to Doxorubicin in Human Colon Cancer Cells. Molecular Cancer Research 6(10), 2008.
- Fredlund E., Gidlund A., Olsen M., Börjesson T., Spliid N.H.H., Simonsson M. (2008): Method evaluation of Fusarium DNA extraction from mycelia and wheat for down-stream real-time PCR quantification and correlation to mycotoxin levels. Journal of Microbiological Methods 2008.
- Fritsche C., Sitz M., Weiland N., Breitling R., Pohl H.-D. (2007): Characterization of the growth behavior of Leishmania tarentolae – a new expression system for recombinant proteins. Journal of Basic Microbiology 47, 2007. 384–393.
- Ristola M., Arpiainen S., Saleem M. A., Mathieson P. W., Welsh G. I., Lehtonen S., Holthöfer H. (2009): Regulation of Neph3 gene in podocytes – key roles of transcription factors NF-κB and Sp1. BMC Molecular Biology 10:83, 2009.
- Rodriguez J., Vives L., Jorda M., Morales C., Munoz M., Vendrell E., Peinado M. A. (2008): Genome-wide tracking of unmethylated DNA Alu repeats in normal and cancer cells. Nucleic Acids Research Vol. 36, No. 3, 2008. 770-784.
- Weiske J. Huber O. (2006): The Histidine Triad Protein Hint1 Triggers Apoptosis Independent of Its Enzymatic Activity. The Journal of Biological chemistry. Vol. 281, No. 37, 2006. 27356–27366.
Bilishga arziydigan faktlar
Keyingi avlod ketma-ketligi nima?
Keyingi avlod ketma-ketligi, shuningdek Next Gen Sequencing (NGS), yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi yoki ikkinchi avlod sekvensiyasi massiv parallel ketma-ketlik yondashuviga ishora qiladi, bu erda millionlab fragmentlarning juda katta (massiv) miqdoridagi DNK bir vaqtning o'zida parallel ravishda ketma-ketlashtiriladi. yugurish uchun.
Keyingi avlod ketma-ketligini amalga oshirish uchun uchta asosiy qadam
- kutubxonani tayyorlash,
- ketma-ketlik va
- ma'lumotlarni tahlil qilish
talab qilinadi.
Kutubxonani tayyorlash jarayonida DNK iplari ma'lum uzunlikdagi DNK bo'laklariga bo'linishi kerak. Sonikatsiya DNKni parchalash uchun afzal qilingan usullardan biridir.
DNK sekvensiyasi jarayonida DNKdagi nukleotidlar tartibi – nuklein kislotalar ketma-ketligi sifatida tanilgan - aniqlanadi. Nuklein kislotalar ketma-ketligi to'rtta nukleotid asoslaridan iborat - adenin, sitozin, guanin, timin. – ma'lumot uchun qaysi kod.
Keyingi avlod sekvensiyasi hayot fanlari va shaxsiylashtirilgan tibbiyot sohasidagi tadqiqotlarni boshqaradi, chunki DNK va RNK ketma-ketligi genomik tadqiqotlar, saraton tadqiqotlari, noyob va murakkab kasalliklarni tadqiq qilish, mikrobiologik tadqiqotlar, agrigenomika va boshqa ko'plab tadqiqot sohalarida keng qo'llaniladi.
Keyingi avlod ketma-ketligi va Sanger ketma-ketligi
Keyingi avlod ketma-ketligi (NGS) yordamida genomik namunalarning katta sonlarini ketma-ketlashtirish mumkin bo'lsa-da, Sanger Sequencing (shuningdek, zanjirni tugatish usuli yoki Birinchi avlod ketma-ketligi sifatida ham tanilgan) faqat kichik namuna raqamlarini ketma-ketlashtirish qobiliyatiga ega. Sanger ketma-ketligi bir vaqtning o'zida faqat bitta DNK fragmentini ketma-ketlashtiradi va bir kunda bajarilishi mumkin. Aniqligi tufayli Sanger sekvensiyasi ham oltin standart texnologiya hisoblanadi, u keyingi avlod sekvensiyasi orqali olingan natijalarni tekshirish uchun ishlatiladi.
Sanger sekvensiyasi taxminan 800bp (odatda boyitilmagan DNK bilan 500-600bp) o'qish uzunligiga erishadi. Sanger sekvensiyasidagi uzunroq o'qish uzunligi boshqa ketma-ketlik usullariga nisbatan, ayniqsa genomning takrorlanadigan hududlarini ketma-ketlashtirish nuqtai nazaridan sezilarli afzalliklarni ko'rsatadi. Qisqa o'qiladigan ketma-ketlik ma'lumotlarining muammosi, ayniqsa, yangi genomlarni (de novo) sekvensiyalash va yuqori darajada qayta tashkil etilgan genom segmentlarini, odatda saraton genomlari yoki strukturaviy o'zgarishlarni ko'rsatadigan xromosomalar hududlarida ko'rilganlarni ketma-ketlashtirishda muammo hisoblanadi. [kb. Morozova va Marra, 2008]
DNK – Deoksiribonuklein kislotasi – Uning shakllari va vazifalari
DNKning har bir shakli o'ziga xos xususiyatlarga va qo'llanilishiga ega bo'lib, keng ko'lamli tadqiqot sohalariga, jumladan, onkologiya, genetika, sud tibbiyoti va evolyutsion biologiyaga hissa qo'shadi. Hielscher sonikatorlari sizning tahlil maqsadlaringiz uchun DNK va RNKni ajratish va parchalash uchun yuqori samarali va ishonchli yechimdir. Quyidagi ro'yxatda biz sizga DNKning o'ziga xos shakllarini tushuntiramiz va ularni biologik kontekst va funktsiyalariga qarab toifalarga ajratamiz:
- Genomik DNK (gDNK)
Genomik DNK (gDNK): Kodlovchi (genlar) va kodlanmagan hududlarni o'z ichiga olgan organizmdagi DNKning to'liq to'plami. - Hujayradan tashqari DNK
Aylanma o'simta DNKsi (ctDNK): O'simta hujayralari tomonidan qon oqimiga chiqarilgan DNK parchalari.
Hujayrasiz DNK (cfDNA): DNK parchalari turli to'qimalardan kelib chiqqan holda qon oqimida erkin aylanib yuradi. - Ekstraxromosomali dumaloq DNK (eccDNK): Dumaloq DNK molekulalari eukaryotik hujayralardagi xromosomalardan tashqarida joylashgan.
Virusli DNK: Viruslardan kelib chiqqan DNK yoki xost genomiga integratsiyalashgan yoki epizomal DNK sifatida. - mitoxondriyal DNK
Mitoxondriyal DNK (mtDNK): DNK mitoxondriyada joylashgan bo'lib, onadan meros bo'lib, energiya ishlab chiqarishda ishtirok etadi. - plazmid DNK
Plazmid DNK: Xromosoma DNKsidan mustaqil ravishda ko'payadigan kichik, dumaloq DNK molekulalari, odatda bakteriyalarda topiladi va genetik muhandislikda qo'llaniladi. - yadroviy DNK
Yadro DNKsi (nDNK): DNK eukaryotik hujayralar yadrosida joylashgan bo'lib, organizmdagi genetik materialning ko'p qismini tashkil qiladi. - Bir hujayrali DNK
Bir hujayrali DNK (scDNK): Bitta hujayradan olingan DNK individual hujayra darajasida batafsil genomik tahlil qilish uchun ishlatiladi. - Rekombinant DNK
Rekombinant DNK (rDNK): Genetik rekombinatsiyaning laboratoriya usullari bilan yaratilgan DNK molekulalari genetik materialni bir nechta manbalardan birlashtirish uchun. - Maxsus shakllar
Atrof-muhit DNKsi (eDNK): Atrof-muhit namunalaridan (tuproq, suv) manba organizmlarni ajratmasdan to'plangan DNK
Qadimgi DNK (aDNK): Qadimgi namunalardan olingan DNK evolyutsion biologiya va qadimgi populyatsiyalar haqida tushuncha beradi. - Xromosoma DNKsi
Xromosoma DNKsi: Hujayra yadrosidagi xromosomalarni tashkil etuvchi, kodlovchi va kodlanmagan hududlarni o'z ichiga olgan DNK. - Virusli va sintetik shakllar
Virusli DNK: DNK viruslardan olingan bo'lib, ular xost genomlariga qo'shilishi yoki mustaqil ob'ektlar sifatida mavjud bo'lishi mumkin.
Sintetik DNK: Ko'pincha tadqiqot va biotexnologiyada qo'llaniladigan kimyoviy jarayonlar orqali yaratilgan sun'iy ravishda sintez qilingan DNK ketma-ketligi.
Hielscher Ultrasonics kompaniyasi yuqori samarali ultratovushli homogenizatorlarni ishlab chiqaradi laboratoriya uchun sanoat hajmi.