Zwiększanie skali syntezy peptydów: strategie wykorzystujące ultradźwięki w procesach okresowych i ciągłych
Synteza peptydów wspomagana ultradźwiękami łączy sprawdzoną chemię peptydową z energią mechaniczną o wysokiej częstotliwości w celu przyspieszenia procesów reakcyjnych i transportowych. Kawitacja akustyczna – powstawanie i zapadanie się mikroskopijnych pęcherzyków – powoduje intensywne lokalne mieszanie, powstawanie mikrostrumieni i sił ścinających. W syntezie peptydów efekty te usprawniają transport odczynników, zwilżanie żywicy, rozpuszczanie oraz rozbijanie agregatów. Ultradźwięki o niskiej częstotliwości pełnią zatem przede wszystkim rolę narzędzia intensyfikującego proces: nie zastępują one chemii sprzęgania, ale mogą sprawić, że sprzęganie, usuwanie grup ochronnych, płukanie, rozszczepianie i obróbka końcowa przebiegają znacznie szybciej i wydajniej.
Wyzwanie związane ze zwiększeniem skali produkcji peptydów
Przeniesienie produkcji peptydów z laboratorium do skali przemysłowej stanowi wyzwanie, ponieważ niewielkie nieefektywności kumulują się w trakcie wielu cykli sprzęgania i usuwania grup ochronnych, co zmniejsza wydajność i powoduje wzrost ilości trudnych do usunięcia zanieczyszczeń. Większe reaktory wiążą się również z ograniczeniami w zakresie mieszania, wymiany ciepła, pęcznienia żywicy i transportu odczynników, a jednocześnie gwałtownie wzrasta zużycie rozpuszczalników, wymagania dotyczące oczyszczania oraz koszty produkcji. Skuteczne zwiększenie skali musi zatem zapewnić zachowanie jednolitości reakcji i jakości produktu, przy jednoczesnym zapewnieniu powtarzalnej wydajności, efektywnego wykorzystania zasobów oraz precyzyjnej kontroli wszystkich kluczowych parametrów procesu.
Partia farmaceutyczna z ultradźwiękowcem UIP2000hdT w celu usprawnienia syntezy peptydów
Strategie syntezy peptydów wspomagane ultradźwiękami
Ultradźwiękowa synteza peptydów w fazie stałej
Synteza peptydów w fazie stałej (SPPS) z wykorzystaniem grupy Fmoc jest najdokładniej zbadaną metodą wykorzystującą ultradźwięki. Działanie ultradźwięków poprawia przenikanie odczynników do usuwania grup ochronnych i odczynników sprzęgających do spęcznionych kulek polimerowych, jednocześnie zmniejszając powstawanie warstw granicznych wokół żywicy. Może ono również zapobiegać agregacji cząsteczek na żywicy, co stanowi istotną przyczynę niepełnej konwersji w przypadku peptydów hydrofobowych i innych “trudne” sekwencje.
Badania eksperymentalne wykazały, że w opisanych warunkach możliwe jest przeprowadzenie wspomaganej ultradźwiękami syntezy biologicznie aktywnych peptydów zawierających aż 44 reszty, przy mniejszym zużyciu materiałów i krótszym czasie reakcji, bez zaobserwowanego nasilenia głównych reakcji ubocznych. (por. Merlino i in., 2019)
W innym badaniu odnotowano skrócenie czasu syntezy wybranych peptydów od czterokrotnego do czternastokrotnego; peptyd o długości 25 merów, bogaty w reszty hydrofobowe, został zsyntetyzowany w ciągu 347 minut. (por. Silva i in., 2021)
Badanie ultrasonograficzne można wykonać podczas:
- Pęcznienie żywicy i wymiana odczynników
- Usunięcie grupy ochronnej Fmoc lub Boc
- Aktywacja i sprzężenie aminokwasów
- Płukanie pośrednie
- Cykloizacja w żywicach
- Oddzielenie gotowego peptydu od nośnika
Synteza w fazie ciekłej i synteza wspomagana znacznikami
Ultradźwięki mogą również zintensyfikować konwencjonalną syntezę peptydów w fazie ciekłej poprzez przyspieszenie rozpuszczania, dyspersji odczynników oraz transferu masy w mieszaninach niejednorodnych lub lepkich. Korzyści z ich zastosowania są zazwyczaj największe, gdy proces jest ograniczony przez mieszanie lub transport; w przypadku całkowicie jednorodnej reakcji, kontrolowanej wyłącznie przez wewnętrzną kinetykę chemiczną, poprawa może być mniejsza.
W syntezie peptydów wspomaganej znacznikami powstający peptyd jest przyłączany do rozpuszczalnej lub podlegającej wytrącaniu organicznej kotwicy. Reakcje zachodzą w roztworze, po czym znakowany produkt pośredni jest odzyskiwany poprzez wytrącanie lub filtrację. Ultragłośne mieszanie może przyspieszyć procesy sprzęgania, usuwania grup ochronnych, cyklizacji i odcinania znacznika, jednocześnie utrzymując słabo rozpuszczalne produkty pośrednie w stanie zdyspergowanym.
| Technika | W jaki sposób ultradźwięki to wspomagają | Znaczenie i ograniczenia |
|---|---|---|
| Synteza peptydów w fazie stałej metodą Fmoc | Ultradźwiękowanie przyspiesza przenikanie piperydyny i usuwanie produktów Fmoc; poprawia transport aktywowanych aminokwasów do spęcznionej żywicy; zakłóca agregację na żywicy | Najmocniejsze dowody i zazwyczaj największe korzyści |
| Synteza w fazie stałej metodą Boc | Ultradźwiękowanie poprawia penetrację kwasu, wymianę odczynników, sprzężenie i płukanie w sposób podobny do chemii Fmoc | Przechowywanie kwasów i ich podgrzewanie wymagają ostrożności |
| Synteza w fazie roztworowej/ciekłej | Ultradźwiękowanie poprawia rozpuszczanie aminokwasów chronionych, rozprasza osady i zwiększa kontakt w reakcjach dwufazowych lub w zawiesinach | Korzyść jest mniejsza, gdy reakcja ma już charakter jednorodny i jest ograniczona szybkością chemiczną |
| Synteza z wykorzystaniem znacznika rozpuszczalnego lub oparta na precypitacji | Ultradźwiękowanie zapewnia dyspersję znakowanych związków pośrednich podczas sprzęgania i może poprawić ich rozpuszczalność przed filtracją lub strącaniem | Przydatne w przypadku preparatów słabo rozpuszczalnych lub o dużej objętości; ultradźwięki ułatwiają przede wszystkim manipulację i wymianę masową |
| Synteza strumieniowa lub ciągła | Ultradźwiękowanie pomaga utrzymać kontakt między żywicą a cieczą oraz zapobiega powstawaniu miejscowych obszarów zastoju lub agregacji | Rozbudowa z wykorzystaniem konstrukcji komory przepływowej zapewniającej równomierne naświetlanie ultradźwiękami |
| Ligacja fragmentów i cyklizacja | Ultradźwiękowanie może spowodować rozpuszczenie fragmentów hydrofobowych, rozbicie agregatów oraz poprawę kontaktów międzycząsteczkowych | Nie powoduje to samo w sobie przyspieszenia każdego naturalnego procesu ligacji chemicznej lub makrocyklizacji; dominującym czynnikiem może pozostać nadmierne rozcieńczenie lub agregacja międzycząsteczkowa |
| Enzymatyczna synteza peptydów | Przy odpowiedniej intensywności sonikacja może wpływać na dynamikę enzymów i usprawniać transfer substratu, zwłaszcza w przypadku enzymów unieruchomionych lub w środowiskach dwufazowych | W dużym stopniu zależy od enzymów; nadmierna energia powoduje denaturację lub inaktywację |
| Synteza rybosomalna/rekombinacyjna | Nie ma to bezpośredniego wpływu na tłumaczenie | Ultradźwiękowanie stosuje się głównie do rozbijania komórek po ekspresji |
Zwiększanie skali w technologii ultradźwiękowej: przetwarzanie partiami, z recyrkulacją i w trybie przepływu ciągłego
Urządzenia ultradźwiękowe firmy Hielscher można płynnie zintegrować z Państwa konkretną instalacją produkcyjną do syntezy peptydów.
W kontekście zwiększania skali istotne są trzy konfiguracje reaktorów:
- Ultradźwiękowanie wsadowe jest proste i elastyczne, jednak wraz ze wzrostem objętości zbiornika coraz trudniej jest zapewnić optymalne, jednorodne działanie ultradźwięków.
- W procesie recyrkulacji zawartość reaktora jest wielokrotnie przepompowywana przez komorę przepływową z ultradźwiękami, co zapewnia bardziej jednolite przetwarzanie przy zachowaniu elastyczności charakterystycznej dla procesu wsadowego.
- W systemie przepływu ciągłego strumień reakcyjny przepływa przez jedną lub więcej kontrolowanych stref sonikacji. Czas przebywania, natężenie przepływu i dostarczaną energię można precyzyjnie określić, co sprawia, że jest to preferowana architektura dla produkcji o wysokiej wydajności i powtarzalnych wynikach.
W przypadku procesów opartych na żywicy ścieżka przepływu, pompa i zawory muszą być dostosowane do wielkości kulek, tak aby nie dochodziło do ich ścierania ani zatykania. Alternatywnym rozwiązaniem jest zatrzymanie żywicy w reaktorze z mieszadłem i cyrkulowanie wyłącznie fazy ciekłej przez komorę ultradźwiękową.
2 sztuki przemysłowych sonikatorów modelu UIP4000hdT podłączony do reaktora z komorą przepływową ze stali nierdzewnej, służącego do produkcji peptydów.
Najczęściej zadawane pytania dotyczące zwiększania skali ultradźwiękowej syntezy peptydów
Czym jest ultradźwiękowa synteza peptydów?
W syntezie peptydów metodą ultradźwiękową wykorzystuje się fale dźwiękowe o wysokim natężeniu w celu usprawnienia mieszania, transferu masy oraz kinetyki reakcji podczas tworzenia peptydów. Kawitacja akustyczna ułatwia przenikanie odczynników do spęcznionej żywicy, rozprasza agregaty oraz przyspiesza etapy sprzęgania, usuwania grup ochronnych, płukania i rozszczepiania.
W jaki sposób ultradźwięki usprawniają syntezę peptydów w fazie stałej?
W syntezie peptydów w fazie stałej wspomaganej ultradźwiękami (US-SPPS) sonikacja poprawia kontakt między peptydem związanym z żywicą a rozpuszczonymi odczynnikami. Może to skrócić cykle reakcyjne, sprzyjać pełniejszemu sprzęganiu oraz ograniczyć utratę sekwencji, zwłaszcza podczas syntezy peptydów hydrofobowych, skłonnych do agregacji lub trudnych z innych powodów.
Czy sonikacja może zwiększyć wydajność i czystość peptydów?
Ultradźwiękowanie może poprawić wydajność konwersji, wydajność surową i czystość poprzez zapewnienie równomiernego rozprowadzenia odczynników oraz ograniczenie niepełnego sprzęgania. Wynik zależy od sekwencji peptydu, żywicy, rozpuszczalnika, chemii sprzęgania oraz parametrów ultradźwiękowych, dlatego każdy proces należy zoptymalizować i poddać walidacji analitycznej.
Które etapy syntezy peptydów można poddać działaniu ultradźwięków?
Ultradźwięki mogą wspomagać pęcznienie żywicy, usuwanie grup ochronnych Fmoc lub Boc, sprzęganie aminokwasów, płukanie, kondensację fragmentów, cyklizację oraz oddzielanie od nośnika stałego. Mogą one również poprawiać rozpuszczalność i przenoszenie masy w syntezie peptydów w fazie ciekłej oraz w syntezie wspomaganej znacznikami.
Odkryj ultradźwiękową syntezę peptydów – do syntezy peptydów w fazie stałej i – synteza metodą TAGGING w fazie ciekłej!
Czy ultradźwiękowa synteza peptydów nadaje się do sekwencji trudnych?
Tak. Ultradźwięki są szczególnie przydatne w przypadku sekwencji hydrofobowych i podatnych na agregację, ponieważ kawitacja i mikroprądy pomagają rozbić agregaty na żywicy oraz poprawiają dostęp odczynników do miejsc reaktywnych. Trudne procesy sprzęgania mogą jednak nadal wymagać zoptymalizowanych odczynników, powtórzenia sprzęgania lub dostosowania warunków reakcji.
Czy syntezę peptydów metodą ultradźwiękową można przeprowadzać na większą skalę?
Syntezę peptydów metodą ultradźwiękową można przenieść z etapu badań laboratoryjnych do produkcji seryjnej, z recyrkulacją lub w trybie ciągłym. Zwiększenie skali produkcji osiąga się poprzez utrzymanie kluczowych parametrów, takich jak amplituda, energia właściwa, temperatura i czas przebywania, przy jednoczesnym zwiększeniu mocy ultradźwiękowej, powierzchni sonotrody lub liczby modułów przetwórczych.
Co oznacza skalowalność liniowa w przypadku ultrasonikacji?
Liniowa skalowalność oznacza, że przepustowość może wzrastać w przybliżeniu proporcjonalnie do zainstalowanej mocy ultradźwiękowej, gdy wymagana energia na jednostkę objętości oraz inne warunki procesowe pozostają stałe. Na przykład podwojenie efektywnej mocy ultradźwiękowej może spowodować w przybliżeniu dwukrotny wzrost natężenia przepływu, pod warunkiem zachowania geometrii reaktora, temperatury oraz docelowych parametrów jakości produktu.
Dlaczego sonikatory firmy Hielscher nadają się do zwiększania skali produkcji peptydów?
Urządzenia ultradźwiękowe firmy Hielscher obejmują zakresy mocy od laboratoryjnej, przez pilotażową, aż po przemysłową, charakteryzując się stałymi i regulowanymi parametrami pracy. Regulowana amplituda, automatyczne rejestrowanie danych, monitorowanie temperatury i ciśnienia, kompatybilność z komorami przepływowymi oraz modułowa konfiguracja zapewniają powtarzalność procesów i niezawodną produkcję.
Czy sonikatory firmy Hielscher mogą być wykorzystywane do ciągłej produkcji peptydów?
Tak. Przemysłowe sonikatory firmy Hielscher można zintegrować z obiegami recyrkulacyjnymi oraz reaktorami z komorą przepływową pracującymi w trybie ciągłym. Takie konfiguracje zapewniają kontrolowany czas przebywania i doprowadzanie energii, jednocześnie ograniczając wahania między partiami. Systemy przemysłowe są zaprojektowane do ciągłej pracy przez całą dobę, 7 dni w tygodniu, w trudnych warunkach produkcyjnych.
Co jest lepsze do syntezy peptydów: wanny ultradźwiękowe czy sonikatory sondowe?
Kąpiele ultradźwiękowe mogą być wygodnym rozwiązaniem do wstępnej selekcji i jednoczesnego oczyszczania małych, zamkniętych naczyń. Sonikatory sondowe przekazują fale ultradźwiękowe bezpośrednio do ośrodka, zapewniając wyższe natężenie, lepszą kontrolę parametrów oraz większą skalowalność. W związku z tym sondy i komory przepływowe są zazwyczaj preferowane w produkcji pilotażowej i przemysłowej.
W jaki sposób regulowana jest temperatura podczas ultradźwiękowej syntezy peptydów?
Ponieważ sonikacja dostarcza energię do mieszaniny reakcyjnej, niezbędne jest skuteczne chłodzenie. Sonikatory firmy Hielscher są dostępne z zbiornikami w płaszczu grzewczym, zewnętrznymi wymiennikami ciepła, systemem recyrkulacji z regulacją temperatury oraz funkcją sonikacji impulsowej, co pozwala skutecznie zapobiegać przegrzaniu. Wtykowe czujniki temperatury i programowalne limity temperatury umożliwiają niezawodne monitorowanie i rejestrowanie temperatury na wszystkich etapach prac rozwojowych i produkcji.
Jak wybrać sonikator firmy Hielscher do syntezy peptydów?
Wybór zależy od objętości partii, pożądanego natężenia przepływu, rozpuszczalnika, lepkości, stężenia substancji stałych lub żywicy, wymaganej energii właściwej oraz harmonogramu produkcji. Badania laboratoryjne pozwalają określić efektywny zakres parametrów procesu, na podstawie którego można dobrać sonikator firmy Hielscher, sonotrodę oraz konfigurację komory przepływowej pod kątem zamierzonej wydajności.
Literatura / Referencje
- Merlino, F., Tomassi, S., Yousif, A. M., Messere, A., Marinelli, L., Grieco, P., Novellino, E., Cosconati, S., Di Maro, S. (2019): Boosting Fmoc Solid-Phase Peptide Synthesis by Ultrasonication. Organic Letters, 21(16), 2019. 6378–6382.
- M. Ramya, Veeranjaneyulu Avula, S. Nandeesh, B. Kirankumar, G. Nagendra (2025): TAG assisted and ultrasonication mediated total synthesis of lipobactin. Results in Chemistry, Volume 18, 2025, 102842.
- Silva, R., Franco Machado, J., Gonçalves, K., Lucas, F. M., Batista, S., Melo, R., Morais, T. S., & Correia, J. (2021): Ultrasonication Improves Solid Phase Synthesis of Peptides Specific for Fibroblast Growth Factor Receptor and for the Protein-Protein Interface RANK-TRAF6. Molecules (Basel, Switzerland), 26(23), 7349.
- Raheem, Shvan J; Schmidt, Benjamin W; Solomon, Viswas Raja; Salih, Akam K; Price, Eric W (2020): Ultrasonic-Assisted Solid-Phase Peptide Synthesis of DOTA-TATE and DOTA-linker-TATE Derivatives as a Simple and Low-Cost Method for the Facile Synthesis of Chelator-Peptide Conjugates. ACS Bioconjugate Chemistry, 2020.
- Salvatore Mottola, Alessandra Del Bene, Vincenzo Mazzarella, Roberto Cutolo, Ida Boccino, Francesco Merlino, Sandro Cosconati, Salvatore Di Maro, Anna Messere (2015): Sustainable Ultrasound-Assisted Solid-Phase peptide synthesis (SUS-SPPS): Less Waste, more efficiency. Ultrasonics Sonochemistry, Volume 114, 2025.
Hielscher Ultrasonics produkuje wysokowydajne homogenizatory ultradźwiękowe od laboratorium do rozmiar przemysłowy.