Ultrahangos DNS fragmentáció a következő generációs szekvenáláshoz

A következő generációs szekvenálás (NGS) megköveteli a genomikus DNS megbízható nyírását és fragmentációját a genomikus DNS-szálak szekvenálásához és a genomkönyvtárak létrehozásához. A DNS DNS-töredékekké való ellenőrzött fragmentálása alapvető mintaelőkészítési lépés, amely a DNS szekvenálása előtt szükséges. Ultrahangos bizonyított, mint hatékony és megbízható technika DNS töredezettség bizonyos hosszúságú. Ultrahangos DNS fragmentációs protokollok elérni reprodukálható fragmentációs eredményeket. A Hielscher ultrahangosok képesek genomikus DNS-fragmentum méreteloszlások széles skáláját előállítani, amelyek pontosan szabályozhatók a működési paramétereken keresztül. Mivel a Hielscher ultrahangos DNS nyíró rendszerek állnak rendelkezésre egy- és több injekciós üvegek, valamint a mikrolemezek, minta előkészítése válik rendkívül hatékony.

Információkérés




Jegyezzük fel Adatvédelmi irányelvek.


Ultrasonic DNA fragmentation is frequently used as sample preparation step in Next Generation Sequencing (NGS)

Elektroforetikus analízis genomi DNS-ének E. coli EDL933 vetjük alá 0 - 15 perc ultrahangos kezeléssel. L jelzi a DNS létrát. (Basselet et al. 2008)

Az ultrahangos DNS töredezettség előnyei

  • megismételhető / reprodukálható eredmények
  • pontosan állítható bizonyos töredékhossz eléréséhez
  • gyors feldolgozáshoz
  • konzisztens DNS-fragmentációs eredmények
  • bármilyen mintamennyiségre (pl. több injekciós üveg vagy mikrolemez)
  • nagy áteresztőképesség
  • pontos hőmérséklet-szabályozás
  • egyszerű, felhasználóbarát működés

Következő generációs szekvenálás: Ultrahangos DNS-fragmentáció a könyvtár előkészítéséhez

A következő generációs szekvenálás elvégzéséhez el kell végezni az (1) könyvtári előkészítés, (2) a szekvenálás és a (3) adatelemzés három alapvető lépését. A könyvtár előkészítése során a DNS töredezett, majd a töredékvégeket egyetlen adeninalap hozzáadásával javítják (polírozzák), és a céldarabokat kettős szálú DNS-sé alakítják. Végül az úgynevezett adaptereket szalagozással, PCR-rel vagy tagmentációval rögzítik, hogy a végső könyvtár DNS-terméke szekvenálható legyen.
DNS fragmentáció Sonication segítségével: Különösen akkor, ha a rövid olvasott szekvenálási technológiák, mint például az Illumina, amely nem tudja könnyen olvasni a hosszabb DNS-töredékeket, a DNS-állványokat egy bizonyos méretre kell törni, amelyet ultrahanggal megbízhatóan el lehet érni.
Az ultrahangos kezelés megbízhatóan használható DNS, RNS és kromatin fragmentációhoz.

Hogyan működik ultrahangos DNS fragmentáció munka?

Sonication, más néven akusztikus minta feldolgozás, egy széles körben használt módszer a DNS töredezettség. Az ultrahangos DNS-nyírás, a minták vannak kitéve ultrahangos hullámok ellenőrzött állapotban. Az ultrahangos DNS töredezettség működési elve az ultrahanghullámok által generált rezgéseken és kavitáción alapul. Az ultrahangos (akusztikus) kavitációból eredő nyíróerők nagy molekulatömegű DNS molekulákat törnek meg. Az olyan szonikáció beállítása, mint az intenzitás (amplitúdó, időtartam), a pulzálási mód és a hőmérséklet lehetővé teszi a DNS-fragmentáció pontos meghatározását a DNS-töredékek bizonyos kívánt hosszáig. Míg a DNS gyakran csökken 100-600 bp ultrahangos kezeléssel, hosszabb DNS-töredékek akár 1300 bp lehet beszerezni, ha enyhébb ultrahangos feltételeket alkalmaznak.

Ultrasonic homogenizers are reliable for DNA shearing

Ultrahangos DNS nyírás során ChIP – kromatin immunprecipitációs
Átdolgozott Jkwchui alatt CC-BY-SA.03

Hőmérséklet-szabályozás a DNS lebomlásának megakadályozására

A DNS kettős szálú molekuláris alakja rendkívül érzékeny a magas hőmérsékletre, így a hőmérséklet pontos szabályozása a minta előkészítési lépései során kulcsfontosságú tényező a megbízható elemzési eredmények szempontjából.
Akár Hielscher szonda ultrahangos készülékek, a VialTweeter vagy az UIP400MTP – a folyamatos hőmérséklet-monitorozás és szabályozás a csatlakoztatható hőmérséklet-érzékelőnek és az intelligens eszköz szoftverének köszönhetően biztosított. Annak érdekében, hogy a hőmérséklet egy bizonyos tartományon belül tartható, beállíthat egy felső és alsó hőmérsékleti határértéket. Következésképpen az ultrahangosító szünetel, amint ezt a hőmérsékleti határértéket túllépik, és automatikusan tovább szonikál, ha a hőmérséklet egy meghatározott ∆T.
A Hielscher ultrahangos berendezések kifinomult szoftvere biztosítja az ideális mintakezelési feltételek megbízható fenntartását.

Tömeges minta DNS fragmentáció az UIP400MTP multi-well plate ultrasonicator

Ultrasonic Multi-Sample Preparation Unit UIP400MTP for multi-well plate sonicationAz élettudományok mintaszámai jelentősen megnőttek az elmúlt évtizedben. Ez azt jelenti, hogy a minták előkészítése és elemzése során mikrolemezenként nagyon nagy számú mintát (pl. 384, 1536 vagy 3456 kutat) kell feldolgozni következetesen egyenlő feltételek mellett, összehasonlítható és érvényes eredmények elérése érdekében. Az UIP400MTP-vel a Hielscher Ultrasonics követi a tömeges mintafeldolgozás trendét. Az UIP400MTP egy ultrahangos minta előkészítése mikrolemezek. Az UIP400MTP 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 vagy 3456 kutakkal képes feldolgozni a lemezeket. A mikrolemez típusától függően minden kút jellemzően több tíz nanoliter és több milliliter közötti mintamennyiséget képes tárolni. Széles körben használják az élettudományi kutatás, az UIP400MTP nagyon gyakran használják a minta előkészítése előtt vizsgálatok, mint például ELISA (enzim-kapcsolt immunsorbens vizsgálat) vagy PCR, fehérje analitika előtt, valamint a kromatin készítmény előtt CHiP és CHiP-seq, histone módosítás azonosítása, és egyéb analitikai kezelések (pl. gél elektroforézis, tömegspektrometria).

A VialTweeter minta praparáció legfeljebb 10 injekciós üveg

Komplett VialTweeter beállítás: VialTweeter szonotróda át ultrahangos processzor UP200StA VialTweeter egy széles körben használt laboratóriumi ultrahangos VialTweeter, amely lehetővé teszi a hatékony és kényelmes szonikálás akár 10 injekciós üveg egyszerre. Mivel az injekciós üvegek és kémcsövek (pl. Eppendorf injekciós üvegek, krio injekciós üvegek, centrifugacsövek) közvetetten szonikálódnak, elkerülhető a keresztszennyeződés. Mivel minden mintához ugyanazt az ultrahang intenzitást adják, az összes ultrahangos eredmény homogén és reprodukálható. A VialTweeter minden olyan intelligens funkciót kínál, mint más digitális eszközeink (pl. intelligens menü, programozható beállítások, hőmérséklet-szabályozás, távirányító stb.), hogy a legmagasabb felhasználói kényelmet biztosítsa.

Többujjas szondák Microwell lemezekhez

4 probe heads or 4 sonotrodes for simultaneous sonication of 4 samples at the same intensity with the Hielscher 200 watts ultrasonicator models UP200ST and UP200HTElérhető az ultrahangos szonda homogenizálók UP200Ht és UP200St, többujjas szondák 4 vagy 8 ujjal egy kényelmes lehetőség, hogy sonicate több mintát ugyanabban az időben azonos körülmények között. Például a sonotrode MTP-24-8-96 egy nyolcujjas szonda, amely ideális az automatizált rendszerekbe való integrációhoz vagy a többkúti lemezek kutáinak hatékony kézi mintaelőkészítéséhez. A többujjas sonotrode ideális laboratóriumok automatizált, ahol többnyire csőr és kémcsövek segítségével szabványos ultrahangos sonotrode dolgozzák fel. A többujjas és szabványos szondák néhány percen belül gyorsan megváltoztathatók, és az egyszondás ultrahangos szondát többszondás ultrahangos diszruptorrá alakítják.

Információkérés




Jegyezzük fel Adatvédelmi irányelvek.


Hielscher ultrahangosok DNS töredezettség

Hielscher Ultrasonics kínál különböző ultrahang-alapú platformok DNS, RNS, és a kromatin fragmentáció. Ezek a különböző platformok közé tartoznak az ultrahangos szondák (szonotródok), közvetett ultrahangos megoldások több cső vagy több kútlemez egyidejű mintavételi előkészítéséhez (pl. 96-kútlemezek, mikrotiter lemezek), szonoreactors és ultrahangos cuphornok. A DNS-nyírás minden platformját frekvenciahangolt, nagy teljesítményű ultrahangos processzorok hajtják, amelyek pontosan szabályozhatók és reprodukálható eredményeket biztosítanak.

Ultrahangos processzorok bármilyen mintaszámhoz és mérethez

A Hielscher többmintás ultrahangos vialTweeter (akár 10 kémcső) és UIP400MTP (mikrolemezek / multiwell lemezek) segítségével könnyen lehetővé válik a minta feldolgozási idejének csökkentése az intenzív és pontosan szabályozható ultrahangos kezelésnek köszönhetően, miközben megkapja a kívánt DNS-fragmentum méreteloszlást és hozamot. Ultrahangos DNS töredezettség teszi minta előkészítése hatékony, megbízható és skálázható. A protokollok lineárisan skálázhatók egyről számos mintára, folyamatosan ellenőrzött ultrahang alkalmazásával.
Az egy-öt ujjal rendelkező szonda ultrahangok ideálisak kisebb mintaszámok előkészítéséhez. A Hielscher laboratóriumi ultrahangos készülékei különböző méretekben állnak rendelkezésre, így az alkalmazáshoz és a követelményekhez ideális készüléket ajánlunk.

pontos folyamatszabályozás

Hielscher ultrasonicators can be remotely controlled via browser control. Sonication parameters can be monitored and adjusted precisely to the process requirements.A pontosan szabályozható ultrahangos beállítások kulcsfontosságúak, mivel a teljes szonifikáció elpusztíthatja a DNS-t, az RNS-t és a kromatint, de a nem megfelelő ultrahangos nyírás túl hosszú DNS- és kromatin-töredékeket eredményez. Hielscher digitális ultrahangos könnyen beállítható pontos ultrahangos paraméter. A speciális szonikációs beállítások programozott beállításként is elmenthetők ugyanazon eljárás gyors ismétléséhez.
Minden szonikálás automatikusan protokollal történik, és CSV fájlként tárolódik egy beépített SD-kártyán. Ez lehetővé teszi az elvégzett kísérletek pontos dokumentálását, és lehetővé teszi az ultrahangos kezelés egyszerű felülvizsgálatát.
A böngésző távirányítón keresztül az összes digitális ultrahangos eszköz bármilyen szabványos böngészőn keresztül működtethető és felügyelhető. További szoftverek telepítése nem szükséges, mivel a LAN-kapcsolat nagyon egyszerű plug-n-play beállítást teszi lehetővé.

A legmagasabb felhasználóbarát az ultrahangos mintaelőkészítésben

Minden Hielscher ultrahangos készüléket úgy terveztek, hogy nagy teljesítményű ultrahangot biztosítson, miközben mindig nagyon felhasználóbarát és könnyen kezelhető. Minden beállítás jól strukturált egy világos menüben, amely könnyen elérhető színes érintőképernyővel vagy böngésző távirányítóval. A programozható beállításokkal és automatikus adatrögzítéssel rendelkező intelligens szoftver optimális szonikációs beállításokat biztosít a megbízható és reprodukálható eredmények érdekében. A tiszta és könnyen használható menüfelület a Hielscher ultrahangos készülékeket felhasználóbarát és hatékony eszközökké nyitja.
Az alábbi táblázat jelzi laboratóriumi ultrahangosaink hozzávetőleges feldolgozási kapacitását, amelyek ideálisak a minta előkészítésére, mint például a DNS és az RNS fragmentációja, a sejtlízis, valamint a fehérje extrakció:

Eszköz Teljesítmény [W] típus Kötet [ml]
UIP400MTP 400 mikrolemezek esetében 6 – 3456 kutak
VialTweeter 200 akár 10 injekciós üveg plusz befogó lehetőség 00,5 – 1,5
UP50H 50 Szonda-típusú 00,01 – 250
UP100H 100 Szonda-típusú 00,01 – 500
Uf200 ः t 200 Szonda-típusú 0.1. – 1000
UP200St 200 Szonda-típusú 0.1. – 1000
UP400St 400 Szonda-típusú 5,0 – 2000
Cuphorn 200 CupHorn, sonoreaktor 10 – 200
GDmini2 200 szennyeződésmentes áramlási sejt

Lépjen kapcsolatba velünk! / Kérdezz minket!

Kérjen bővebb információt

Kérjük, használja az alábbi űrlapot, hogy kérjen további információkat ultrahangos processzorok, alkalmazások és az ár. Örömmel megvitatjuk önnel a folyamatot, és olyan ultrahangos rendszert kínálunk Önnek, amely megfelel az Ön igényeinek!









Kérjük, vegye figyelembe Adatvédelmi irányelvek.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

Az ultrahangos többmintás előkészítő egység VialTweeter lehetővé teszi akár 10 injekciós üveg egyidejű szonikálását. A VialPress szorítóeszközzel akár 4 további cső is nyomható az elejére az intenzív szonikálás érdekében.


A összehegeszthetősége MTP-24-8-96 nyolc ultrahangos szondák a szonikálás a kutak a mikrotiter lemezek.

A összehegeszthetősége MTP-24-8-96 nyolc ultrahangos szondák a szonikálás a kutak a mikrotiter lemezek.



Irodalom / Referenciák

Tudni érdemes

Mi az új generációs szekvenálás?

A következő generációs szekvenálás, más néven Next Gen Sequencing (NGS), a nagy áteresztőképességű szekvenálás vagy a második generációs szekvenálás a masszív párhuzamos szekvenálás megközelítésére utal, ahol nagyon nagy (hatalmas) mennyiségű, több millió darabból álló DNS-t szekvenálnak párhuzamosan futásonként.
A következő generációs szekvenálás elvégzéséhez el kell végezni az (1) könyvtári előkészítés, (2) a szekvenálás és a (3) adatelemzés három alapvető lépését. A könyvtári előkészítés során a DNS-szálakat bizonyos hosszúságú DNS-töredékekre kell törni. A szonikálás az egyik legkedveltebb technika a DNS töredezettségére.
A DNS-szekvenálás folyamata során a DNS-ben lévő nukleotidok sorrendje – nukleinsav-szekvencia néven ismert – meghatározásra kerül. A nukleinsav-szekvencia négy nukleotid bázisból áll – adenin, citozin, guanin, timin – melyik kódot.
A következő generációs szekvenálás az élettudományi és a személyre szabott orvoslás kutatásának motorja, mivel a DNS és az RNS szekvenálást erősen használják a genomikai kutatásban, a rákkutatásban, a ritka és összetett betegségek kutatásában, a mikrobiális kutatásban, az agrigenomikában és sok más kutatási területen.

Következő generációs szekvenálás vs Sanger szekvenálás

Míg a következő generációs szekvenálással (NGS) nagyszámú genomikus mintát lehet szekvenálni, a Sanger Szekvenálás (más néven láncmegszüntetési módszer vagy első generációs szekvenálás) csak kis mintaszámok szekvenálására képes. Sanger szekvenálása egyszerre csak egyetlen DNS-töredéket szekvenál, és egyetlen nap alatt megvalósítható. A sangeri szekvenálást akkkréciója miatt aranyszabvány-technológiának is tekintik, amelyet a következő generációs szekvenálás eredményeinek ellenőrzésére használnak.
A Sanger szekvenálás körülbelül 800bp olvasási hosszt ér el (jellemzően 500-600bp nem dúsított DNS-sel). A Sanger szekvenálás hosszabb olvasási hossza jelentős előnyöket mutat más szekvenálási módszerekkel szemben, különösen a genom ismétlődő régióinak szekvenálása szempontjából. A rövid olvasott szekvenciaadatok kihívása különösen az új genomok (de novo) szekvenálása és az erősen átrendezett genomszegmensek szekvenálása, jellemzően a rákos genomok vagy a szerkezeti eltéréseket mutató kromoszómák régióiban tapasztaltak. [cp. Morozova és Marra, 2008]


High performance ultrasonics! Hielscher's product range covers the full spectrum from the compact lab ultrasonicator over bench-top units to full-industrial ultrasonic systems.

Hielscher Ultrahang gyárt nagy teljesítményű ultrahangos homogenizátorok Labor nak nek ipari méretben.