Hiivasolujen lyysi mikrolevyillä suuren intensiteetin ultraäänikäsittelyllä
Mikrobiologit ja biotieteiden tutkijat, jotka työskentelevät Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris / Komagataella phaffii -lajien ja muiden hiivajärjestelmien parissa, tuntevat haasteen: hiivasolut ovat kestäviä, toistettava lyysi voi olla vaikeaa, ja näytteiden manuaalinen hajotus muodostuu nopeasti pullonkaulaksi, kun seulottavana on paljon kantoja, klooneja, viljelyolosuhteita tai ekspressiokonstrukteja.
Suuren näytemäärän hiivalyysi mikrobiologiaan, molekyylibiologiaan ja proteiinianalytiikkaan
Hielscherin mikrolevyjen ultraäänilaitteet, kuten UIP400MTP (400 W) ja UIP550MTP (550 W), tarjoavat ratkaisun suurten näytemäärien mekaaniseen hiivasolulyysiin suoraan mikrolevyillä. Sen sijaan, että näytteitä käsiteltäisiin yksitellen anturilla, kokonaisia mikrolevyjä voidaan ultraäänikäsitellä yhtenäisissä olosuhteissa. Tämä tekee hiivojen ultraäänilyysistä nopeampaa, toistettavampaa ja helpommin integroitavaa nykyaikaisiin mikrobiologian, proteiiniekspression, entsyymiseulonnan ja omiikan työnkulkuihin.
Tarvitsetpa rekombinanttiproteiinien vapauttamista P. pastoris -hiivasta, hiivalysaattien valmistamista entsyymimäärityksiin, S. cerevisiae -hiivan hajottamista proteiinianalyysiin tai kymmenien hiivakloonien rinnakkaista seulontaa, Hielscherin mikrolevyjen ultraäänilaitteet tarjoavat tehokkaan kavitaatioon perustuvan solujen hajotuksen ja tarkan prosessinhallinnan.
Tarvitsetko mikrolevyillä toistettavaa lyysiä hiivoille S. cerevisiae, P. pastoris tai muille hiivakannoille? Kerro meille levymuoto, näytetilavuus, solutiheys ja kohdeanalyytti. Autamme sinua määrittämään sopivat ultraäänikäsittelyparametrit työnkulkuusi, jossa käytät laitetta UIP400MTP tai UIP550MTP.
Hielscherin monikuoppalevyjen ultraäänilaite hiivalyysiin – suurten näytemäärien valmistelu
Miksi hiivasolut vaativat tehokasta mekaanista lyysiä
Hiivasolujen lyysi on vaikeampaa kuin monien bakteeri- tai nisäkässolujen, koska niitä suojaa jäykkä soluseinä, joka koostuu pääasiassa polysakkarideista, glukaaneista, mannoproteiineista ja kitiinistä. Tämä soluseinä antaa mekaanista vakautta, mutta se myös rajoittaa solunsisäisten proteiinien, nukleiinihappojen, metaboliittien ja entsyymien vapautumista.
Perinteisiä hiivalyysimenetelmiä ovat helmihajotus, entsymaattinen hajotus, jäädytys-sulatussyklit, kemiallinen lyysi ja anturilla tehtävä ultraäänikäsittely. Nämä menetelmät voivat olla tehokkaita, mutta niillä on myös rajoituksia. Helmihajotus voi tuoda näytteeseen jäännöshiukkasia ja aiheuttaa lämpenemistä, entsymaattinen hajotus voi lisätä kustannuksia ja vaihtelua, ja yksittäisten näytteiden ultraäänikäsittely anturilla vie aikaa, kun käsiteltävänä on suuria näytemääriä.
Suuren intensiteetin kohdistettu ultraäänikavitaatio voittaa nämä rajoitukset kohdistamalla hiivasuspensioon voimakkaita mekaanisia leikkausvoimia, painevaihteluita ja mikrovirtauksia. Tuloksena on soluseinien ja solukalvojen nopea hajotus, solunsisäisten aineiden tehokkaampi vapautuminen ja erittäin toistettava näytteenvalmistelu levymuodossa.
Mikrolevyjen ultraäänikäsittely hiivanäytteiden rinnakkaiseen valmisteluun
Hielscher UIP400MTP ja UIP550MTP on suunniteltu mikrolevyjen, monikuoppalevyjen, PCR-levyjen ja soveltuvien näytetelineiden yhtenäiseen ultraäänikäsittelyyn. Toisin kuin anturilla tehtävässä ultraäänikäsittelyssä, näytteitä ei tarvitse käsitellä yksitellen. Koko levy altistetaan hallitulle ultraäänienergialle, joten työnkulku soveltuu erittäin hyvin näytteiden rinnakkaiseen käsittelyyn.
Tämä on erityisen hyödyllistä seuraavissa käyttökohteissa:
- Seulonta: S. cerevisiae -lajin mutantit tai ekspressiokannat
- Lyysi: P. pastoris / K. phaffii -lajien kloonit rekombinanttiproteiinien ekspression jälkeen
- Hiivalysaattien valmistaminen entsyymimäärityksiin
- Proteiinien uutto analyysejä (SDS-PAGE, Western blot, ELISA, LC-MS/MS) tai aktiivisuuden testausta varten
- Solunsisäisten metaboliittien vapauttaminen metabolomiikkaa varten
- DNA- ja RNA-näytteiden valmistelu soveltuvan jatkopuhdistuksen jälkeen
- Lyysipuskureiden, lisäaineiden ja uutto-olosuhteiden optimointi suurilla näytemäärillä
Miten ultraäänikavitaatio hajottaa hiivasoluja
Ultraäänikäsittelyn aikana kohdistettu suuritehoinen ultraääni synnyttää nestemäisessä näytteessä vuorottelevia puristus- ja harvenemisjaksoja. Kun intensiteetti on riittävä, nämä painevaihtelut synnyttävät akustista kavitaatiota. Kavitaatiokuplat muodostuvat, värähtelevät ja luhistuvat, jolloin syntyy paikallisia leikkausvoimia, mikrosuihkuja, turbulenssia ja voimakkaita painegradientteja.
Hiivasuspensioissa nämä mekaaniset vaikutukset heikentävät ja rikkovat soluseinän ja solukalvon. Solunsisäiset proteiinit, entsyymit, nukleiinihapot ja metaboliitit vapautuvat lyysipuskuriin. Koska prosessi on mekaaninen, sitä voidaan käyttää monien eri puskurijärjestelmien kanssa ja yhdistää proteaasi-inhibiittoreihin, pelkistimiin, detergentteihin, suoloihin tai lievään entsymaattiseen esikäsittelyyn.
Yleinen menetelmäohje: hiivasolujen lyysi mikrolevyillä
Seuraava menetelmäohje tarjoaa käytännöllisen lähtökohdan hiivalyysiin käyttämällä mikrolevyjen ultraäänilaitetta Hielscher UIP400MTP tai UIP550MTP. Parametrit tulee optimoida hiivakannan, solutiheyden, kohdemolekyylin, puskurin koostumuksen, levytyypin ja jatkomäärityksen mukaan.
1. Kerää ja pese hiivasolut
Kasvata Saccharomyces-, Pichia-, Hansenula- tai Debaryomyces-hiivaa tai muuta hiivakantaa halutuissa viljelyolosuhteissa. Kerää solut sentrifugoimalla ja poista viljelyalusta. Pese pelletti kylmällä tislatulla vedellä, PBS:llä tai valitulla lyysipuskurilla poistaaksesi viljelyalustan jäämäkomponentit, jotka voivat häiritä jatkoanalyysiä.
Proteiinien uuttoa varten pidä näytteet kylminä ja työskentele nopeasti. Jos proteaasit aiheuttavat huolta, esijäähdytä kaikki puskurit ja kulutustarvikkeet.
2. Suspendoi solupelletti uudelleen
Suspendoi hiivapelletti uudelleen sopivaan kylmään lyysipuskuriin. Suuri solutiheys on usein eduksi proteiinien tehokkaassa vapauttamisessa. Käytä lähtökohtana määrityksestä riippuen noin 10–20% w/v märkää solupellettiä tai tiheää suspensiota, jonka OD600 on > 10.
Tyypillinen hiivaproteiinien lyysipuskuri voi sisältää:
- puskurijärjestelmän, kuten Tris-HCl:n, fosfaattipuskurin tai HEPESin
- suolan, kuten NaCl:n tai KCl:n
- proteaasi-inhibiittoriseoksen
- valinnaisen pelkistimen, kuten DTT:n tai β-merkaptoetanolin
- valinnaisen detergentin, kuten Triton X-100:n, NP-40:n, SDS:n tai CHAPSin, jatkokäsittelyn yhteensopivuudesta riippuen
- valinnaisia fosfataasi-inhibiittoreita fosforylaatiotutkimuksia varten
Vaikeasti hajotettaville hiivakannoille tai erittäin hellävaraiseen proteiinien uuttoon voidaan käyttää ennen ultraäänikäsittelyä lyhyttä esikäsittelyä Zymolyase- tai Lyticase-entsyymillä tai muulla soluseinää hajottavalla entsyymillä. Tämä entsymaattinen esikäsittely on valinnainen, mutta se voi parantaa lyysin tehokkuutta tai vähentää tarvittavaa ultraäänen intensiteettiä.
3. Siirrä näytteet soveltuvalle mikrolevylle
Annostele hiivasuspensio ultraäänikäsittelyyn soveltuvalle mikrolevylle. Pyöreäpohjaisia levyjä suositaan usein, koska ne parantavat näytteiden keräämistä ja vähentävät katvealueita. Käytä kaikissa kuopissa samaa näytetilavuutta toistettavuuden parantamiseksi.
Sulje levy sopivalla tiivistematolla tai kalvolla haihtumisen, aerosolien muodostumisen ja ristikontaminaation estämiseksi. Varmista, että tiiviste soveltuu valittuun lämpötilaan ja ultraäänikäsittelyolosuhteisiin.
Tyypilliset käyttötilavuudet riippuvat levymuodosta ja käyttökohteesta. Yleisiä muotoja ovat 96-kuoppalevyt, syväkuoppalevyt, PCR-levyt ja soveltuvat putkitelineet.
4. Järjestä jäähdytys
Hiivalyysi vaatii suurta ultraäänen intensiteettiä, ja mekaaninen hajotus tuottaa lämpöä. Lämpötilan hallinta on siksi kriittistä erityisesti proteiini-, entsyymi-, RNA- tai fosforylaatioanalyysissä.
Käytä asianmukaista jäähdytysmenetelmää, kuten:
- esijäähdytettyä lyysipuskuria
- esijäähdytettyjä mikrolevyjä
- jäähdytystaukoja ultraäänikäsittelyjaksojen välillä
- ultraäänikäsittelyalustan ulkoista jäähdytystä, kun se on sovellettavissa
Tavoitteena on pitää näyte riittävän kylmänä proteiinien denaturoitumisen, entsyymien inaktivoitumisen, RNA:n hajoamisen ja lämmön aiheuttaman näytevaihtelun estämiseksi.
5. Ultraäänikäsittele hiivasuspensio
Aseta suljettu levy mikrolevyjen ultraäänilaitteeseen Hielscher UIP400MTP tai UIP550MTP ja valitse pulssitettu ultraäänikäsittelyohjelma. Pulssitusta suositellaan, koska se mahdollistaa mekaanisen hajotuksen ON-vaiheissa ja lämmön poistumisen OFF-vaiheissa.
Hiivasolujen lyysin lähtökohdaksi:
| Parametri | Suositeltu aloitusalue | Tarkoitus |
|---|---|---|
| Amplitudi | 60–100% | Suuri kavitaation intensiteetti kestäville hiivasoluille |
| Pulssitila | 10–30 sec ON / 30–60 sec OFF | Tehokas lyysi ja hallittu lämmön kertyminen |
| Kumulatiivinen ON-aika | 5–15 min | Säädä kannan, tiheyden ja kohdemolekyylin mukaan |
| Lämpötila | Pidä näytteet kylminä | Suojaa proteiineja, entsyymejä, RNA:ta ja metaboliitteja |
| Levyn tiivistäminen | Suositellaan | Estää haihtumista, aerosolien muodostumista ja ristikontaminaatiota |
Erittäin vastustuskykyisille hiivasuspensioille, tiheälle P. pastoris -biomassalle tai vaikeaan rekombinanttiproteiinien uuttoon lisää kumulatiivista ON-aikaa vaiheittain. Lämpöherkille proteiineille tai entsyymimäärityksille käytä lyhyempiä pulsseja, pidempiä jäähdytystaukoja ja pienempää aloitusamplitudia.
Suurten näytemäärien hiivalyysi monikuoppalevyillä laitteella UIP400MTP
6. Kirkasta lysaatti
Sentrifugoi mikrolevy ultraäänikäsittelyn jälkeen tai siirrä näytteet putkiin sentrifugointia varten. Poista solujäännökset sentrifugoimalla sopivalla nopeudella ja sopivassa lämpötilassa. Kerää supernatantti jatkoanalyysiä varten.
Käyttökohteesta riippuen lysaattia voidaan käyttää seuraaviin tarkoituksiin:
- proteiinien määrän mittaus
- entsyymiaktiivisuuden määritykset
- SDS-PAGE ja Western blot -analyysi
- ELISA ja immunomääritykset
- Proteomiikka menetelmällä LC-MS/MS
- metaboliittianalyysi
- DNA:n tai RNA:n puhdistus
7. Optimoi ja dokumentoi menetelmä
Toistettavaa hiivalyysiä varten dokumentoi kaikki olennaiset parametrit, mukaan lukien kanta, viljelyolosuhde, OD600, märkä solumassa, puskurin koostumus, levytyyppi, näytetilavuus, amplitudi, pulssisykli, kumulatiivinen ON-aika, jäähdytysmenetelmä ja näytteen lopullinen lämpötila.
Jos Hielscherin ultraäänilaite on varustettu automaattisella tiedontallennuksella, prosessitietoja voidaan käyttää dokumentointiin, menetelmäkehitykseen, mittakaavan suurentamiseen ja laadunvalvontaan.
Hiivalyysin optimointivinkkejä
Proteiinien maksimaaliseen vapauttamiseen käytä tiheitä hiivasuspensioita, suurta ultraäänen intensiteettiä ja riittävää kumulatiivista ON-aikaa. Herkille proteiineille pienennä amplitudia, pidennä jäähdytystaukoja ja pidä levy kylmänä koko ajon ajan.
Jos lyysi on epätäydellinen, pidennä ultraäänikäsittelyaikaa vaiheittain, kokeile entsymaattista esikäsittelyä, vähennä näytteen viskositeettia tai optimoi puskuri. Jos proteiinit hajoavat tai menettävät aktiivisuutensa, paranna jäähdytystä, lyhennä ON-jaksoja, lisää inhibiittoreita ja varmista, että detergenttijärjestelmä on yhteensopiva kohdeproteiinin kanssa.
Koska hiivakannat eroavat huomattavasti soluseinän rakenteen, kasvuvaiheen, ekspressiojärjestelmän ja biomassan tiheyden suhteen, suositellaan suppeaa optimointimatriisia. Kokeile esimerkiksi kolmea amplitudia, kahta pulssisykliä ja kahta ON-kokonaisaikaa ja arvioi sitten lyysin tehokkuutta ja proteiinien eheyttä.
Käsitteletpä muutamia määrityslevyjä tai teet suurten näytemäärien hiivaseulontaa, Hielscher voi auttaa sinua valitsemaan oikean mikrolevyjen ultraäänilaitteen ja kehittämään luotettavan lyysimenetelmän. Ota yhteyttä ja kerro hiivakannastasi, työnkulustasi ja näytteiden käsittelykapasiteettia koskevista vaatimuksistasi!
Hielscherin mikrolevyjen ultraäänilaitteiden edut hiivalyysissä
Hielscherin mikrolevyjen ultraäänilaitteet ovat ihanteellisia laboratorioille, jotka tarvitsevat toistettavaa lyysiä useille näytteille. Ne poistavat anturilla tehtävän ultraäänikäsittelyn hitaan, yksi näyte kerrallaan tapahtuvan käsittelyn ja vähentävät vaihtelua, joka johtuu anturin manuaalisesta sijoittamisesta, upotussyvyydestä ja näytteiden välisistä käsittelyeroista.
Keskeisiä etuja ovat:
- Suurten näytemäärien käsittely: Ultraäänikäsittele useita hiivanäytteitä rinnakkain mikrolevyillä tai yhteensopivissa näytetelineissä.
- Toistettavat olosuhteet: Samat ultraäänikäsittelyolosuhteet kaikissa kuopissa tuottavat yhtenäiset ja vertailukelpoiset lyysitulokset.
- Ei anturin aiheuttamaa ristikontaminaatiota: Näytteet pysyvät suljettuina ultraäänikäsittelyn aikana, mikä vähentää aineiden siirtymistä näytteestä toiseen ja puhdistusvaiheita.
- Soveltuu kestäville soluille: Suuren intensiteetin ultraääni tukee hiivasoluseinien hajotusta.
- Tehokas työnkulku: Ihanteellinen kantojen, kloonien, ekspressio-olosuhteiden ja lyysipuskureiden seulontaan.
- Tehokas työnkulku: Ohjelmoitavat asetukset, automaattinen tiedonkeruu ja soveltuvuus laboratorioautomaatioon.
Sovellukset hiivabioteknologiassa ja biotieteiden tutkimuksessa
Hiivojen ultraäänilyysi mikrolevyillä tukee monia tutkimus- ja seulontatyönkulkuja. Rekombinanttiproteiinien ekspressiossa P. pastoris- ja S. cerevisiae -kloonit voidaan lysoida rinnakkain ekspressiotasojen tai entsyymiaktiivisuuden vertailemiseksi. Systeemibiologiassa ja omiikassa standardoitu lyysi parantaa vertailukelpoisuutta eri olosuhteiden välillä. Mikrobiologiassa ultraäänikäsittely tukee lysaattien nopeaa valmistamista useista kannoista, erilaisista viljelyalustaolosuhteista tai stressikäsittelyistä.
Tyypillisiä sovellusalueita ovat:
- hiivaproteiinien uutto
- rekombinanttiproteiinien seulonta
- entsyymiaktiivisuuden seulonta
- kloonien valinta transformaation jälkeen
- fermentoinnin optimointi
- proteomiikan näytteenvalmistelu
- metabolomiikan näytteenvalmistelu
- soluseinän hajotustutkimukset
- suurten näytemäärien mikrobiologiset määritykset
Luotettava hiivalyysi alkaa hallitusta ultraäänikäsittelystä
Hiivalyysi voi olla vaikeaa näytemäärien kasvaessa, mutta Hielscherin mikrolevyjen ultraäänilaitteet tekevät prosessista nopeamman, puhtaamman ja toistettavamman. UIP400MTP ja UIP550MTP mahdollistavat kokonaisten levyjen käsittelyn määritellyissä ultraääniolosuhteissa, mikä parantaa näytteiden käsittelykapasiteettia ja vähentää samalla manuaalista käsittelyä.
Mikrobiologeille, molekyylibiologeille, proteiinitutkijoille ja bioteknologian laboratorioille mikrolevyjen ultraäänikäsittely on tehokas työkalu hiivojen solunsisäisten komponenttien tehokkaaseen ja toistettavaan vapauttamiseen.
Usein kysyttyjä kysymyksiä hiivasolujen lyysistä mikrolevyjen ultraäänikäsittelyllä
Voidaanko hiivasoluja lysoida ultraäänikäsittelyllä?
Kyllä. Hiivasoluja, kuten Saccharomyces cerevisiae- ja Pichia pastoris -hiivojen soluja, voidaan lysoida suuren intensiteetin ultraäänikäsittelyllä. Ultraäänikavitaatio synnyttää voimakkaita mekaanisia leikkausvoimia, jotka hajottavat hiivan soluseinän ja solukalvon ja vapauttavat proteiineja, entsyymejä, nukleiinihappoja ja metaboliitteja.
Miksi hiivasolujen lyysi on vaikeampaa kuin bakteerisolujen?
Hiivasoluilla on paksu ja mekaanisesti kestävä soluseinä, joka koostuu pääasiassa glukaaneista, mannoproteiineista ja kitiinistä. Tämä jäykkä rakenne tekee hiivojen hajottamisesta vaikeampaa kuin monien bakteeri- tai nisäkässolujen hajottamisesta. Siksi hiivalyysi vaatii yleensä suurempaa intensiteettiä, pidempää käsittelyä tai valinnaista entsymaattista esikäsittelyä.
Mitkä Hielscherin ultraäänilaitteet soveltuvat hiivalyysiin mikrolevyillä?
Hielscher UIP400MTP ja UIP550MTP soveltuvat suurten näytemäärien hiivalyysiin mikrolevyillä. UIP400MTP on ihanteellinen rutiininomaiseen rinnakkaiseen näytteenvalmisteluun, kun taas UIP550MTP tarjoaa suuremman ultraäänitehon vaativiin lyysitehtäviin, tiheille suspensioille ja kestäville hiivakannoille.
Voidaanko Pichia pastoris -hiivaa lysoida mikrolevyjen ultraäänilaitteella?
Kyllä. Pichia pastoris -hiivaa, joka tunnetaan myös nimellä Komagataella phaffii, voidaan lysoida suuren intensiteetin mikrolevyjen ultraäänikäsittelyllä. Koska P. pastoris voi muodostaa tiheää biomassaa ja sillä on kestävä soluseinä, suositellaan amplitudin, pulssisyklin, jäähdytyksen ja ultraäänikäsittelyn kokonaisajan optimointia.
Mitkä ovat tyypilliset ultraäänikäsittelyparametrit hiivalyysiin?
Hyödyllinen aloitusalue on 50–80%:n amplitudi, pulssitettu käyttö esimerkiksi 10–30 sekuntia ON ja 30–60 sekuntia OFF sekä 5–15 minuutin kumulatiivinen ON-aika. Tarkat parametrit riippuvat hiivakannasta, solutiheydestä, näytetilavuudesta, levytyypistä, puskurista ja kohdemolekyylistä.
Miksi hiivalyysi tulisi tehdä pulssitilassa?
Pulssitila vähentää lämmön kertymistä ultraäänikäsittelyn aikana. ON-vaiheen aikana ultraäänikavitaatio hajottaa solut. OFF-vaiheen aikana näyte voi jäähtyä. Tämä on tärkeää, koska liiallinen lämpö voi denaturoida proteiineja, vähentää entsyymiaktiivisuutta, hajottaa RNA:ta ja heikentää toistettavuutta.
Tarvitaanko entsymaattista esikäsittelyä ennen hiivasolujen ultraäänikäsittelyä?
Entsymaattista esikäsittelyä ei aina tarvita, mutta se voi parantaa lyysin tehokkuutta. Entsyymit, kuten Zymolyase tai Lyticase, hajottavat hiivan soluseinää osittain ja voivat vähentää täydelliseen lyysiin tarvittavaa ultraäänen intensiteettiä tai aikaa. Tästä voi olla hyötyä herkille proteiineille tai vaikeasti hajotettaville kannoille.
Miten ylikuumenemista voidaan estää hiivojen ultraäänikäsittelyn aikana?
Käytä esijäähdytettyjä puskureita, pulssitilaa, jäähdytystaukoja ja jäähdytettyä levyjärjestelyä. Pidä mikrolevy suljettuna ja seuraa lämpötilaa mahdollisuuksien mukaan. Herkille proteiineille käytä lyhyempiä ON-jaksoja ja pidempiä OFF-jaksoja sekä käsittele näytteet kylmissä olosuhteissa.
Voiko mikrolevyjen ultraäänikäsittely korvata helmihajotuksen hiivalyysissä?
Monissa työnkuluissa kyllä. Mikrolevyjen ultraäänikäsittely voi korvata helmihajotuksen, kun tarvitaan puhdasta, toistettavaa ja rinnakkaista lyysiä. Se poistaa helmien käsittelyn tarpeen, vähentää kulutustarvikkeiden käytön monimutkaisuutta ja yksinkertaistaa automaatiota. Jokainen sovellus tulee kuitenkin validoida vertailemalla lyysin saantoa, proteiinien eheyttä ja määrityksen suorituskykyä.
Soveltuuko mikrolevyjen ultraäänikäsittely proteiinien uuttoon hiivasta?
Kyllä. Mikrolevyjen ultraäänikäsittely soveltuu hyvin proteiinien uuttoon hiivasta erityisesti silloin, kun on vertailtava monia klooneja tai viljelyolosuhteita. Proteaasi-inhibiittorit, kylmät puskurit ja hallitut pulssiasetukset auttavat säilyttämään proteiinien laadun.
Voidaanko samaa menetelmää käyttää DNA:n, RNA:n ja proteiinien uuttoon?
Samaa ultraäänikäsittelyn perusperiaatetta voidaan käyttää, mutta puskuri ja prosessiolosuhteet tulee sovittaa kohdemolekyyliin. Proteiinien käsittelyn työnkulut vaativat proteaasien inhibointia ja lämpötilan hallintaa. RNA:n käsittelyn työnkulut vaativat RNaasitonta käsittelyä ja tehokasta jäähdytystä. DNA:n käsittelyn työnkulut voivat vaatia erilaisia lyysi- ja puhdistusolosuhteita sen mukaan, halutaanko ehjää genomista DNA:ta vai fragmentoitunutta DNA:ta.
Mitä levytyyppiä tulisi käyttää hiivalyysiin?
Käytä ultraäänikäsittelyyn soveltuvaa mikrolevyä tai syväkuoppalevyä, jossa on sopiva tiiviste. Pyöreäpohjaiset levyt ovat usein hyödyllisiä suspensioiden käsittelyssä. Levyn tulee kestää valitut ultraäänikäsittelyolosuhteet, näytteen lämpötila ja sentrifugointivaiheet.
Mistä tiedän, onko hiivalyysi täydellinen?
Lyysin tehokkuutta voidaan tarkistaa mikroskopialla, proteiinisaannolla, entsyymiaktiivisuudella, viskositeetin vähenemisellä, SDS-PAGE-analyysillä, DNA-/RNA-saannolla tai vertaamalla tunnettuun lyysimenetelmään. Arvioi menetelmäkehityksessä sekä vapautuneen kohdemolekyylin saantoa että laatua.
UIP400MTP vai UIP550MTP: kumman mikrolevyjen ultraäänilaitteen valitset?
UIP400MTP on tehokas mikrolevyjen ultraäänilaite rutiininomaiseen suurten näytemäärien valmisteluun, mukaan lukien hiivalyysi, proteiinien uutto, DNA:n leikkaaminen, biofilmin irrotus ja määritysten valmistelu. Se soveltuu laboratorioille, jotka tarvitsevat toistettavaa ultraäänikäsittelyä vakiomuotoisilla levyillä.
UIP550MTP tarjoaa suuremman ultraäänitehon, ja sitä suositellaan, kun vaativammat sovellukset edellyttävät voimakkaampaa akustista intensiteettiä, lyhyempiä käsittelyaikoja, suurempia näytekuormia tai voimakkaampia hajotusolosuhteita. Hiivalyysissä UIP550MTP on erityisen hyödyllinen tiheälle biomassalle, vaikeasti hajotettaville kannoille, suuremmille käyttötilavuuksille ja suurten näytemäärien ekspressioseulontaan.
Voidaanko hiivalyysi mikrolevyjen ultraäänikäsittelyllä automatisoida?
Kyllä. Mikrolevypohjainen ultraäänikäsittely soveltuu hyvin automatisoituihin laboratoriotyönkulkuihin, koska näytteet pysyvät levymuodossa. Tämä tukee integrointia pipetointijärjestelmiin, levyjen käsittelyyn, sentrifugointiin, määritysten valmisteluun ja suurten näytemäärien seulontatyönkulkuihin.
Kirjallisuus / Lähteet
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP550MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics 2024.
