Ultraääni-DNA-pirstoutuminen seuraavan sukupolven sekvensointiin
Seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) edellyttää genomi-DNA:n luotettavaa leikkaamista ja pirstomista genomi-DNA-juosteiden sekvensointia ja genomikirjastojen luomista varten. DNA:n hallittu pirstoutuminen DNA-fragmenteiksi on olennainen näytteen valmisteluvaihe, joka tarvitaan ennen DNA:n sekvensointia. Ultrasonication on osoittautunut tehokkaaksi ja luotettavaksi tekniikaksi tietyn pituiselle DNA: n pirstoutumiselle. Ultraääni-DNA: n pirstoutumisprotokollat saavuttavat toistettavat pirstoutumistulokset. Hielscher-ultraääniastiat pystyvät tuottamaan laajan valikoiman genomi-DNA-fragmenttikokojakaumia, joita voidaan tarkasti hallita toimintaparametrien avulla. Koska Hielscherin ultraääni-DNA-leikkausjärjestelmät ovat saatavilla yhdelle ja useammalle injektiopullolle sekä mikrolevyille, näytteen valmistelusta tulee erittäin tehokasta.
The UIP400MTP Plate Sonicator Korkean suorituskyvyn näytteen valmistamiseksi sonikoi näytteet tasaisesti monikuoppa-, mikrotiitterilevyissä ja 96-kuoppalevyissä
- toistettavat / toistettavat tulokset
- tarkasti säädettävissä tietyn fragmentin pituuden saamiseksi
- Nopea käsittely
- johdonmukaiset DNA:n pirstoutumistulokset
- laitteet kaikkia näytemääriä varten (esim. useita injektiopulloja tai mikrolevyjä)
- Suuri suorituskyky
- tarkka lämpötilan säätö
- Yksinkertainen, käyttäjäystävällinen käyttö
Seuraavan sukupolven sekvensointi: Ultraääni-DNA: n pirstoutuminen kirjaston valmisteluun
Seuraavan sukupolven sekvensoinnin suorittamiseksi on suoritettava (1) kirjaston valmistelun, (2) sekvensoinnin ja (3) data-analyysin kolme perusvaihetta. Kirjaston valmistelun aikana DNA pirstoutuu, sitten fragmentin päät korjataan (kiillotetaan) lisäämällä yksi adeniiniemäs ja kohdefragmentit muunnetaan kaksijuosteiseksi DNA: ksi. Lopuksi niin sanotut sovittimet kiinnitetään ligaatiolla, PCR: llä tai tagmentaatiolla, jotta lopullinen kirjaston DNA-tuote voidaan kvantitoida sekvensointia varten.
DNA: n pirstoutuminen sonikaatiolla: Erityisesti kun lyhytlukuiset sekvensointitekniikat, kuten Illumina, jotka eivät pysty lukemaan pidempiä DNA-fragmentteja helposti, DNA-telineet on pirstottava tiettyyn kokoon, joka voidaan saavuttaa luotettavasti ultraäänellä.
Ultrasonicationia voidaan käyttää luotettavasti DNA: n, RNA: n ja kromatiinin pirstoutumiseen.
Seuraavan sukupolven sekvensointi – Kirjaston valmistelu
Ultraääni-DNA-pirstoutumista käytetään yleisesti DNA-sekvensointikirjastojen valmistuksessa seuraavan sukupolven sekvensointialustoille (NGS). Tätä tekniikkaa käytetään hajottamaan DNA-molekyylit halutun kokoluokan pienemmiksi fragmenteiksi, mikä helpottaa kirjaston valmistelun seuraavia vaiheita. Ultraääni-DNA: n pirstoutumista tarvitaan tyypillisesti NGS-työnkulkujen kirjaston valmisteluvaiheessa genomi-DNA: n fragmentoimiseksi pienemmiksi paloiksi, jotka soveltuvat jatkokäsittelyyn ja sekvensointiin. Sillä on ratkaiseva rooli sekvensointikokeen onnistumisen varmistamisessa, sillä se tuottaa sopivan kokoisia DNA-fragmentteja käytettävälle sekvensointialustalle.
E. coli EDL933: n genomi-DNA: n elektroforeettiset analyysit, joille tehdään 0-15 minuutin ultrasonication. L osoittaa DNA-tikkaat. (Basselet ym. 2008)
Seuraavan sukupolven sekvensointi – Prosessin vaiheet:
- Ultraääni-DNA: n pirstoutuminen: Ennen kirjaston rakentamista genomi-DNA pirstotaan pienemmiksi, helpommin hallittaviksi paloiksi. Ultraäänipirstoutumiseen kuuluu korkeataajuisten ääniaaltojen käyttö DNA-molekyylien leikkaamiseksi halutun kokoalueen fragmenteiksi. Tämä vaihe on ratkaisevan tärkeä, koska se auttaa varmistamaan, että myöhemmin luodut sekvensointilukemat ovat sopivan pituisia käytettävälle sekvensointialustalle. Fragmenttien kokoaluetta voidaan säätää sekvensointikokeen erityisvaatimusten perusteella.
- Klooninen vahvistus PCR: llä: Ultraäänipirstoutumisen jälkeen DNA-fragmentit käyvät läpi loppukorjauksen, sovittimen ligaation ja PCR-monistuksen lopullisten DNA-sekvensointikirjastojen tuottamiseksi. Nämä vaiheet valmistelevat pirstoutuneet DNA-molekyylit sekvensointiprosessia varten lisäämällä sekvensointialustaan sitoutumiseen tarvittavia sovitinsekvenssejä ja tarjoamalla pohjustuskohtia PCR-monistusta varten.
- DNA-sekvensointi synteesillä: Kun sekvensointikirjastot on valmisteltu, alkaa DNA-sekvensointi synteesillä (SBS). SBS: n aikana DNA-sekvenssi määritetään lisäämällä nukleotideja peräkkäin komplementaariseen juosteeseen. Tämä vaihe sisältää nukleotidien inkorporoitumisen, kuvantamisen ja pilkkomisen sykliset reaktiot, mikä mahdollistaa DNA-sekvenssin määrittämisen sisällytettyjen nukleotidien lähettämien fluoresoivien signaalien perusteella.
- Massiivisesti rinnakkainen sekvensointi: Viimeisessä vaiheessa spatiaalisesti erotellut monistetut DNA-mallit sekvensoidaan samanaikaisesti massiivisesti rinnakkain. Tämä korkean suorituskyvyn sekvensointimenetelmä mahdollistaa miljoonien tai miljardien sekvensointilukujen tuottamisen yhdellä sekvensointiajolla, mikä mahdollistaa DNA-sekvenssien tehokkaan ja nopean määrittämisen.
Miten ultraääni-DNA-pirstoutuminen toimii?
Sonikaatio, joka tunnetaan myös nimellä akustinen näytteenkäsittely, on laajalti käytetty menetelmä DNA: n pirstomiseksi. Ultraääni-DNA-leikkausta varten näytteet altistetaan ultraääniaalloille kontrolloiduissa olosuhteissa. Ultraääni-DNA: n pirstoutumisen toimintaperiaate perustuu ultraääniaaltojen tuottamiin värähtelyihin ja kavitaatioon. Ultraääni (akustinen) kavitaatiosta johtuvat leikkausvoimat rikkovat suurimolekyylipainoisia DNA-molekyylejä. Sonikaatioasetus, kuten intensiteetti (amplitudi, kesto), pulsaatiotila ja lämpötila, mahdollistavat tarkan DNA-pirstoutumisen tiettyyn haluttuun DNA-fragmenttien pituuteen. Vaikka DNA usein pienenee 100 - 600 bp: iin ultraäänellä, pidempiä DNA-fragmentteja, jotka ovat jopa 1300 bp, voidaan saada, kun käytetään lievempiä ultraääniolosuhteita.
Ultraääni-DNA-leikkaus ChIP: n aikana – kromatiinin immunosaostus
Mukautettu Jkwchuista CC-BY-SA.03: n mukaisesti
Lämpötilan säätö DNA: n hajoamisen estämiseksi
DNA: n kaksijuosteinen molekyylimuoto on erittäin herkkä korkeille lämpötiloille, joten lämpötilan tarkka hallinta näytteen valmistusvaiheissa on ratkaiseva tekijä luotettavien analyysitulosten kannalta.
Käytätkö Hielscherin anturin ultraäänilaitteita, VialTweeteriä tai UIP400MTP – Jatkuva lämpötilan valvonta ja säätö varmistetaan kytkettävän lämpötila-anturin ja älylaiteohjelmiston ansiosta. Jotta lämpötila pysyisi tietyllä alueella, voit asettaa ylä- ja alalämpötilarajan. Näin ollen ultraäänilaite pysähtyy heti, kun tämä lämpötilaraja ylittyy, ja jatkaa automaattisesti sonikointia, kun lämpötila on laskenut asetetulla ∆T: llä.
Hielscher-ultraäänilaitteiden hienostunut ohjelmisto varmistaa ihanteellisten näytteenkäsittelyolosuhteiden luotettavan ylläpidon.
Massanäytteen DNA-pirstoutuminen UIP400MTP Multi-Well Plate Ultrasonicator -laitteella
Biotieteiden otosmäärät ovat kasvaneet merkittävästi viimeisen vuosikymmenen aikana. Tämä tarkoittaa, että näytteen valmistelun ja analyysin aikana on käsiteltävä erittäin suuri määrä näytteitä (esim. 384, 1536 tai 3456 kuoppaa mikrolevyä kohti) johdonmukaisesti yhtäläisissä olosuhteissa vertailukelpoisten ja pätevien tulosten saamiseksi. UIP400MTP, Hielscher Ultrasonics seuraa massanäytteiden käsittelyn suuntausta. UIP400MTP on ultraäänilaite näytteen valmistukseen mikrolevyillä. UIP400MTP voi käsitellä levyjä, joissa on 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 tai 3456 kuoppaa. Mikrolevytyypistä riippuen kuhunkin kuoppaan mahtuu tyypillisesti näytemääriä kymmenistä nanolitroista useisiin millilitroihin. UIP400MTP käytetään laajalti biotieteellisessä tutkimuksessa, ja sitä käytetään hyvin yleisesti näytteen valmisteluun ennen määrityksiä, kuten ELISA (entsyymiin liittyvä immunosorbenttimääritys) tai PCR, ennen proteiinianalytiikkaa, sekä kromatiinin valmistukseen ennen CHiP- ja CHiP-seq-arvoja, histonimodifikaatioiden tunnistamiseen ja muihin analyyttisiin hoitoihin (esim. geelielektroforeesi, massaspektrometria).
Lue lisää PCR-levyjen korkean suorituskyvyn käsittelystä!
VialTweeter jopa 10 injektiopullon näytteen käsittelyyn
VialTweeter on laajalti käytetty laboratorion ultraäänilaite VialTweeter, joka mahdollistaa jopa 10 injektiopullon tehokkaan ja mukavan sonikoinnin samanaikaisesti. Koska injektiopullot ja koeputket (esim. Eppendorf-injektiopullot, kryopullot, sentrifugiputket) sonikoidaan epäsuorasti, vältetään ristikontaminaatio. Koska sama ultraääniintensiteetti toimitetaan jokaiselle näytteelle, kaikki sonikaatiotulokset ovat homogeenisia ja toistettavissa. VialTweeter tarjoaa kaikki älykkäät ominaisuudet, kuten muutkin digitaaliset laitteemme (esim. älykäs valikko, ohjelmoitavat asetukset, lämpötilan säätö, kaukosäädin jne.), jotta varmistetaan korkein käyttömukavuus.
Monisormiset anturit mikrokuoppalevyille
Saatavana ultraäänianturin homogenisaattoreille UP200Ht ja UP200St, monisormianturit, joissa on 4 tai 8 sormea, ovat mukava vaihtoehto sonikoida useita näytteitä samanaikaisesti samoissa olosuhteissa. Esimerkiksi sonotrode MTP-24-8-96 on kahdeksan sormen anturi, joka on ihanteellinen integrointiin automatisoituihin järjestelmiin tai monikuoppalevyjen kaivojen tehokkaaseen manuaaliseen näytteenvalmistukseen. Monisorminen sonotrode on ihanteellinen automatisoitu laboratorioihin, joissa käsitellään enimmäkseen dekantterilasit ja koeputket, joissa käytetään tavallista ultraäänisonotrodia. Monisormi- ja vakioanturit voidaan vaihtaa nopeasti muutamassa minuutissa, jolloin yhden anturin ultraäänilaite muuttuu monianturiseksi ultraäänihäiritsijäksi.
Hielscher Ultrasonicators DNA: n pirstoutumiseen
Hielscher Ultrasonics tarjoaa erilaisia ultraäänipohjaisia alustoja DNA: lle, RNA, ja kromatiinin pirstoutuminen. Näitä eri alustoja ovat ultraäänianturit (sonotrodit), epäsuorat sonikaatioratkaisut useiden putkien tai monikuoppalevyjen (esim. 96-kuoppalevyt, mikrotitterilevyt), sonoreaktorien ja ultraäänikuppien samanaikaiseen näytteenvalmistukseen. Kaikki DNA-leikkausalustat saavat virtansa taajuusviritetyistä, korkean suorituskyvyn ultraääniprosessoreista, jotka ovat tarkasti hallittavissa ja tuottavat toistettavia tuloksia.
Ultraääniprosessorit mihin tahansa näytenumeroon ja kokoon
Hielscherin moninäytteisillä ultraäänilaitteilla VialTweeter (jopa 10 koeputkelle) ja UIP400MTP (mikrolevyille / multiwell-levyille) on helppo lyhentää näytteen käsittelyaikaa intensiivisen ja tarkasti hallittavan ultrasonication ansiosta samalla kun saadaan haluttu DNA-fragmentin kokojakauma ja saanto. Ultraääni-DNA: n pirstoutuminen tekee näytteen valmistuksesta tehokkaan, luotettavan ja skaalautuvan. Protokollat voidaan skaalata lineaarisesti yhdestä lukuisiin näytteisiin soveltamalla jatkuvasti kontrolloitua ultraääntä.
Koettimen ultraäänilaitteet, joissa on yhdestä viiteen sormea, ovat ihanteellisia pienempien näytemäärien valmistukseen. Hielscherin laboratorioultraäänilaitteita on saatavana erikokoisina, jotta voimme suositella sinulle ihanteellista laitetta sovellukseesi ja vaatimuksiisi.
tarkka prosessinohjaus
Tarkasti hallittavat sonikaatioasetukset ovat ratkaisevan tärkeitä, koska tyhjentävä sonifikaatio voi tuhota DNA: n, RNA: n ja kromatiinin, mutta riittämätön ultraäänileikkaus johtaa liian pitkiin DNA- ja kromatiinifragmentteihin. Hielscherin digitaaliset ultraääniastiat voidaan helposti asettaa tarkkaan sonikaatioparametriin. Erityiset sonikaatioasetukset voidaan tallentaa myös ohjelmoituna asetuksena saman menettelyn nopeaan toistamiseen.
Kaikki sonikaatiot protokollataan automaattisesti ja tallennetaan CSV-tiedostona sisäänrakennetulle SD-kortille. Tämä mahdollistaa suoritettujen kokeiden tarkan dokumentoinnin ja mahdollistaa sonikaatioajojen tarkistamisen helposti.
Selaimen kaukosäätimellä kaikkia digitaalisia ultraäänilaitteita voidaan käyttää ja valvoa millä tahansa tavallisella selaimella. Lisäohjelmistojen asentamista ei tarvita, koska LAN-yhteys mahdollistaa hyvin yksinkertaisen plug-n-play-asennuksen.
Korkein käyttäjäystävällisyys ultraääninäytteiden valmistuksessa
Kaikki Hielscher-ultraäänilaitteet on suunniteltu tuottamaan korkean suorituskyvyn ultraääniä, samalla kun ne ovat aina erittäin käyttäjäystävällisiä ja helppokäyttöisiä. Kaikki asetukset on jäsennelty selkeään valikkoon, johon pääsee helposti värillisellä kosketusnäytöllä tai selaimen kaukosäätimellä. Älykäs ohjelmisto, jossa on ohjelmoitavat asetukset ja automaattinen tietojen tallennus, takaa optimaaliset sonikaatioasetukset luotettavien ja toistettavien tulosten saavuttamiseksi. Puhdas ja helppokäyttöinen valikkoliittymä muuttaa Hielscher-ultraäänilaitteet käyttäjäystävällisiksi ja tehokkaiksi laitteiksi.
Alla oleva taulukko antaa sinulle viitteitä laboratorion ultraäänilaitteiden likimääräisestä käsittelykapasiteetista, jotka ovat ihanteellisia näytteenvalmistustehtäviin, kuten DNA: n ja RNA: n pirstoutumiseen, solulyysiin sekä proteiinien uuttamiseen:
| Laite | Teho [W] | Tyyppi | Tilavuus [ml] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | mikrolevyille | 6 – 3456 kaivoa | VialTweeter | 200 | Jopa 10 injektiopullolle ja kiinnitysmahdollisuus | 0.5 – 1.5 |
| UP50H | 50 | Koettimen tyyppi | 0.01 – 250 |
| UP100H | 100 | Koettimen tyyppi | 0.01 – 500 |
| UP200Ht | 200 | Koettimen tyyppi | 0.1 – 1000 |
| UP200St | 200 | Koettimen tyyppi | 0.1 – 1000 |
| UP400St | 400 | Koettimen tyyppi | 5.0 – 2000 |
| CupHorn | 200 | CupHorn, sonoreaktori | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | kontaminaatiovapaa virtauskenno |
Ota yhteyttä! / Kysy meiltä!
Ultraääni moninäytteinen valmistusyksikkö VialTweeter mahdollistaa jopa 10 injektiopullon samanaikaisen sonikaation. VialPress-kiinnityslaitteella voidaan painaa jopa 4 lisäputkea eteen voimakasta sonikaatiota varten.
Sonotrode MTP-24-8-96: ssa on kahdeksan ultraäänikoetinta mikrotitterilevyjen kaivojen sonikointiin.
Kirjallisuus / Viitteet
- Qiyun Liang, Christoph Ratzke (2025): Lysing diverse bacteria with the Hielscher UIP400MTP for DNA sequencing. Protocol Uni Tübingen 2025.
- Poptsova, M., Il’icheva, I., Nechipurenko, D. et al. (2014): Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Scientific Reports 4, 4532; 2014.
- Basselet P., Wegrzyn G., Enfors S.-O., Gabig-Ciminska M. (2008): Sample processing for DNA chip array-based analysis of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC). Microbial Cell Factories 7:29. 2008.
- Wang Y., Joshu C.E., Curtis S.D., Douville C., Burk V.A., Ru M., Popoli M., Ptak J., Dobbyn L., Silliman N., Coresh J., Boerwinkle E., Prizment A., Bettegowda C., Kinzler K.W., Papadopoulos N., Platz E.A., Vogelstein B. (2025): Detection of cancers three years prior to diagnosis using plasma cell-free DNA. Cancer Discovery 2025 May.
- Doublier S., Riganti Ch., Voena C., Costamagna C., Aldieri E., Pescarmona G., Ghigo D., Bosia A. (008): RhoA Silencing Reverts the Resistance to Doxorubicin in Human Colon Cancer Cells. Molecular Cancer Research 6(10), 2008.
- Fredlund E., Gidlund A., Olsen M., Börjesson T., Spliid N.H.H., Simonsson M. (2008): Method evaluation of Fusarium DNA extraction from mycelia and wheat for down-stream real-time PCR quantification and correlation to mycotoxin levels. Journal of Microbiological Methods 2008.
- Fritsche C., Sitz M., Weiland N., Breitling R., Pohl H.-D. (2007): Characterization of the growth behavior of Leishmania tarentolae – a new expression system for recombinant proteins. Journal of Basic Microbiology 47, 2007. 384–393.
- Ristola M., Arpiainen S., Saleem M. A., Mathieson P. W., Welsh G. I., Lehtonen S., Holthöfer H. (2009): Regulation of Neph3 gene in podocytes – key roles of transcription factors NF-κB and Sp1. BMC Molecular Biology 10:83, 2009.
- Rodriguez J., Vives L., Jorda M., Morales C., Munoz M., Vendrell E., Peinado M. A. (2008): Genome-wide tracking of unmethylated DNA Alu repeats in normal and cancer cells. Nucleic Acids Research Vol. 36, No. 3, 2008. 770-784.
- Weiske J. Huber O. (2006): The Histidine Triad Protein Hint1 Triggers Apoptosis Independent of Its Enzymatic Activity. The Journal of Biological chemistry. Vol. 281, No. 37, 2006. 27356–27366.
Faktoja, jotka kannattaa tietää
Mikä on seuraavan sukupolven sekvensointi?
Seuraavan sukupolven sekvensointi, myös seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS), korkean suorituskyvyn sekvensointi tai toisen sukupolven sekvensointi, viittaa massiivisen rinnakkaisen sekvensoinnin lähestymistapaan, jossa erittäin suuria (massiivisia) määriä miljoonien fragmenttien DNA: ta sekvensoidaan samanaikaisesti rinnakkain ajoa kohti.
Seuraavan sukupolven sekvensoinnin suorittamiseksi kolme perusvaihetta
- kirjaston valmistelu,
- sekvensointi ja
- Tietojen analysointi
vaaditaan.
Kirjaston valmistelun aikana DNA-säikeet on pirstottava tietyn pituisiksi DNA-fragmenteiksi. Sonikaatio on yksi suosituimmista tekniikoista DNA: n pirstomiseksi.
DNA-sekvensointiprosessin aikana nukleotidien järjestys DNA: ssa – tunnetaan nukleiinihapposekvenssinä - määritetään. Nukleiinihapposekvenssi koostuu neljästä nukleotidiemäksestä - adeniinista, sytosiinista, guaniinista, tymiinistä – mikä koodi tiedoksi.
Seuraavan sukupolven sekvensointi ohjaa biotieteiden ja yksilöllisen lääketieteen tutkimusta, koska DNA- ja RNA-sekvensointia käytetään voimakkaasti genomitutkimuksessa, syöpätutkimuksessa, harvinaisten ja monimutkaisten sairauksien tutkimuksessa, mikrobitutkimuksessa, maatalousgenomiikassa ja monilla muilla tutkimusaloilla.
Seuraavan sukupolven sekvensointi vs Sanger-sekvensointi
Vaikka seuraavan sukupolven sekvensoinnilla (NGS) on mahdollista sekvensoida valtavia määriä genominäytteitä, Sangerin sekvensoinnilla (tunnetaan myös nimellä ketjun lopetusmenetelmä tai ensimmäisen sukupolven sekvensointi) on kyky sekvensoida vain pieniä näytemääriä. Sanger-sekvensointi sekvensoi vain yhden DNA-fragmentin kerrallaan ja se voidaan suorittaa yhdessä päivässä. Tarkkuuden vuoksi Sangerin sekvensointia pidetään myös kultaisen standardin tekniikkana, jota käytetään seuraavan sukupolven sekvensoinnilla saatujen tulosten tarkistamiseen.
Sanger-sekvensointi saavuttaa noin 800 bp: n lukupituudet (tyypillisesti 500-600 bp rikastamattomalla DNA: lla). Sanger-sekvensoinnin pidemmillä lukupituuksilla on merkittäviä etuja muihin sekvensointimenetelmiin verrattuna, erityisesti genomin toistuvien alueiden sekvensoinnissa. Lyhytlukuisten sekvenssitietojen haaste on erityisesti uusien genomien sekvensoinnissa (de novo) ja erittäin uudelleen järjestettyjen genomisegmenttien sekvensoinnissa, tyypillisesti syövän genomeissa tai kromosomien alueilla, joilla on rakenteellista vaihtelua. [vrt. Morozova ja Marra, 2008]
DNA – Deoksiribonukleiinihappo – Sen muodot ja toiminnot
Jokaisella DNA-muodolla on ainutlaatuiset ominaisuudet ja sovellukset, jotka edistävät laajaa kirjoa tutkimusaloja, mukaan lukien onkologia, genetiikka, oikeuslääketiede ja evoluutiobiologia. Hielscher-sonikaattorit ovat erittäin tehokas ja luotettava ratkaisu DNA: n ja RNA: n eristämiseen ja pirstomiseen analyysitarkoituksiin. Alla olevassa luettelossa selitämme sinulle DNA: n erityiset muodot ja luokittelemme ne niiden biologisen kontekstin ja toimintojen perusteella:
- Genomi-DNA (gDNA)
Genomi-DNA (gDNA): Koko DNA-sarja organismissa, mukaan lukien sekä koodaavat (geenit) että ei-koodaavat alueet. - Solunulkoinen DNA
Kiertävä kasvaimen DNA (ctDNA): Kasvainsolujen verenkiertoon vapauttamat DNA-fragmentit.
Soluton DNA (cfDNA): DNA-fragmentit, jotka kiertävät vapaasti verenkierrossa ja jotka ovat peräisin eri kudoksista. - Ekstrakromosomaalinen pyöreä DNA (eccDNA): Pyöreät DNA-molekyylit, jotka löytyvät eukaryoottisolujen kromosomien ulkopuolelta.
Viruksen DNA: DNA, joka on peräisin viruksista, joko integroituna isäntägenomiin tai episomaalisena DNA:na. - mitokondrioiden DNA
Mitokondrioiden DNA (mtDNA): DNA, joka sijaitsee mitokondrioissa, periytyy äidiltä ja osallistuu energiantuotantoon. - plasmidi-DNA
Plasmidi-DNA: Pienet, pyöreät DNA-molekyylit, jotka replikoituvat kromosomi-DNA: sta riippumatta, joita esiintyy yleisesti bakteereissa ja joita käytetään geenitekniikassa. - ydin-DNA
Ydin-DNA (nDNA): Eukaryoottisolujen ytimessä oleva DNA, joka käsittää suurimman osan organismin geneettisestä materiaalista. - Yksisoluinen DNA
Yksisoluinen DNA (scDNA): Yhdestä solusta uutettu DNA, jota käytetään yksityiskohtaiseen genomianalyysiin yksittäisen solun tasolla. - Rekombinantti DNA
Rekombinantti-DNA (rDNA): DNA-molekyylit, jotka on muodostettu geneettisen rekombinaation laboratoriomenetelmillä yhdistämään geneettistä materiaalia useista lähteistä. - Erikoistuneet lomakkeet
Ympäristö-DNA (eDNA): Ympäristönäytteistä (maaperä, vesi) kerätty DNA eristämättä lähdeorganismeja
Muinainen DNA (aDNA): Muinaisista yksilöistä uutettu DNA tarjoaa tietoa evoluutiobiologiasta ja muinaisista populaatioista. - Kromosomaalinen DNA
Kromosomaalinen DNA: DNA, joka muodostaa solun tumassa olevat kromosomit, jotka käsittävät sekä koodaavat että ei-koodaavat alueet. - Virus- ja synteettiset muodot
Viruksen DNA: Viruksista johdettu DNA, joka voidaan joko integroida isäntägenomeihin tai olla olemassa itsenäisinä kokonaisuuksina.
Synteettinen DNA: Keinotekoisesti syntetisoidut DNA-sekvenssit, jotka on luotu kemiallisilla prosesseilla, joita käytetään usein tutkimuksessa ja biotekniikassa.
Hielscher Ultrasonics valmistaa korkean suorituskyvyn ultraäänihomogenisaattoreita laboratorio jotta Teollisuuden koko.