Sonikasyon ile kolaylaştırılan genomik araştırma

Genomik araştırmalar, çeşitli hastalıkların ve özelliklerin altında yatan karmaşık genetik mekanizmaların aydınlatılmasını sağlayarak biyolojik sistemler anlayışımızda devrim yarattı. Başlangıçta hücresel zarların bozulması için geliştirilen bir teknik olan sonikasyon, genomik araştırmalarda geniş bir fayda sağlamıştır. Bu makale, DNA izolasyonu ve parçalanması, kromatin immünopresipitasyonu (ChIP) ve yeni nesil dizileme kütüphanelerinin hazırlanması dahil olmak üzere genomik çalışmalarda sonikasyon uygulamasına genel bir bakış sunmaktadır. Bu makale, genomik araştırmalarda sonikasyonun ilkelerine, metodolojilerine ve uygulamalarına genel bir bakış sunar ve sizi genomik araştırma için en uygun sonikatörlerle tanıştırır.

Genomik Araştırmalarda Sonikatörler

Biyolojik numunelerin hazırlanması için prob tipi sonikatör UP100H, örneğin DNA parçalanması, kromatin kesme, hücre lizisi.Genomik araştırmalar, yüksek verimli dizileme teknolojilerinin ve yenilikçi deneysel metodolojilerin geliştirilmesiyle son yıllarda dikkate değer ilerlemeler kaydetmiştir. Bu gelişmeler, genomların, epigenomların ve transkriptomların kapsamlı analizini kolaylaştırarak hastalıkların, evrimin ve fenotipik varyasyonun genetik temeli hakkında içgörüler sunmuştur.
Moleküler yapıları bozmak için ultrasonun fiziksel kuvvetlerinin uygulanmasını içeren mekanik bir süreç olan sonikasyon, genomik araştırmalarda çok yönlü bir araç olarak ortaya çıkmıştır. Sonikasyon, DNA parçalanması, kromatin kesme ve NGS kütüphanesi hazırlığı için kullanılan köklü bir tekniktir.

Bilgi talebi





 

Bu eğitimde, lizis, hücre bozulması, protein izolasyonu, laboratuvarlarda DNA ve RNA parçalanması, analiz ve araştırma gibi numune hazırlama görevleriniz için ne tür bir sonikatörün en iyisi olduğu açıklanmaktadır. Uygulamanız, numune hacminiz, numune numaranız ve veriminiz için ideal sonikatör tipini seçin. Hielscher Ultrasonics sizin için ideal ultrasonik homojenizatör sahiptir!

Bilim ve Analizde Hücre Bozulması ve Protein Ekstraksiyonu için Mükemmel Sonikatör Nasıl Bulunur

Video Küçük Resmi

 

Genomik Araştırmada Sonikasyon Uygulamaları

Sonikasyon, tahlillerden, analizden önce veya daha sonraki sonraki işlemler için hazırlık olarak numune hazırlama için biyolojik numunelere uygulanır. Sonikasyon kullanan en yaygın örnek hazırlama uygulamaları şunlardır:

  • DNA Parçalanması: Tahliller ve diğer analiz teknikleri için hazırlık aşaması olarak, genomik DNA'nın belirli bir parça boyutuna kesilmesi gerekir.
    Sonikasyon, genomik DNA'nın kesin parçalanması için kullanılır ve PCR, klonlama ve Southern blotting dahil olmak üzere çeşitli aşağı akış uygulamaları için istenen boyutlarda DNA parçalarının üretilmesini sağlar. Sonikasyon, parça boyutu ve dağılımı üzerinde esnek kontrole izin verdiği için enzimatik yöntemlere göre avantajlar sunar. UIP400MTP plakalı sonikatör ile yüksek verimli numune hazırlama, büyük numune sayılarının işlenmesini kolaylaştırır.
    Ultrasonik hakkında daha fazla bilgi edinin DNA parçalanması ve Plazmid parçalanması!
  • Kromatin İmmünopresipitasyon (ChIP): ChIP, histon modifikasyonları ve transkripsiyon faktörü bağlanması gibi protein-DNA etkileşimlerini araştırmak için yaygın olarak kullanılan bir tekniktir. Sonikasyon, kromatini immünopresipitasyona uygun daha küçük parçalara (~ 200-1000 baz çiftleri) parçalamada çok önemli bir rol oynar. Bu, ilgilenilen proteinlerle ilişkili spesifik genomik bölgelerin izolasyonunu ve analizini sağlar.
  • Yeni Nesil Dizileme (NGS): Illumina ve Ion Torrent gibi yüksek verimli dizileme teknolojileri, hazırlanması için parçalanmış DNA gerektirir. Sonikasyon, daha sonra kütüphane yapımı için kullanılan tek tip boyutta DNA parçaları üretmek için genomik DNA'nın kontrollü parçalanmasını kolaylaştırır. Bu, genomik içeriğin doğru bir şekilde temsil edilmesini sağlar ve dizileme verimliliğini artırır.
    Yeni Nesil Sıralama için sonication kullanımı hakkında daha fazla bilgi edinin!
  • Komple VialTweeter kurulumu: ultrasonik işlemcisinde VialTweeter sonotrot UP200St

    VialTweeter sonikatör birden fazla şişenin aynı anda numune hazırlanması için

    DNA ile İlgili Araştırmam İçin En İyi Sonikatörü Nasıl Seçerim?

    Dönem “sonication” ultrason uygulamasının çeşitli modileri için kullanılır. En yaygın yöntemler ultrasonik banyo ve prob tipi sonikatör vardır. Aşağıda, doğru sonikatör seçiminin neden araştırma sonuçlarınızın kalitesini ve geçerliliğini artıracağını keşfedeceksiniz.

    Çeşitli ultrasonicator modelleri, avantajları ve sınırlamaları arasındaki farklar hakkında bilgi edinin. Burada genomik araştırmalar için en yaygın kullanılan sonicator modellerine dalacağız.

    Banyo Sonikasyonu: Banyo tipi sonikatörler neden size güvenilmez, tekrarlanamayan sonuçlar veriyor? Genomik örnekler, su tankının dibine tutturulmuş birkaç ultrasonik dönüştürücü ile donatılmış bir su banyosuna yerleştirilir. Akustik kavitasyon lekeleri, tanktan çok düzensiz bir şekilde meydana gelir ve tutarlı bir ultrason gücü sağlamaz. Bu yöntem, numuneleri değişen yoğunlukta işler ve DNA parçalanması gibi numune hazırlamada tekrarlanabilir sonuçlar sağlamaz. Bu düzensiz tedavinin bir sonucu olarak, DNA fragman boyutu üzerinde kontrol verilmemiştir. Ortak bir ultrasonik banyo ile güvenilir, tekrarlanabilir araştırma mümkün değildir.
    Prob tipi sonikatör ve ultrasonik banyo hakkında daha fazla bilgi edinmek ister misiniz? Buraya tıklayın!

    Ultrasonik bir banyonun aksine, Hielscher güçlü ultrason sağlayan hassas bir şekilde kontrol edilebilir sonikatörlerdir. Sonikasyonun yoğunluğu tam olarak uygulamaya göre ayarlanabilir, böylece biyolojik numunelerin istenmeyen bozulması önlenir. Numune işleme sırasında nükleik asitlerin ve diğer biyomoleküllerin en iyi şekilde korunmasını sağlar. Bu, özellikle örnek bütünlüğünün aşağı akış analizi için kritik olduğu genomik araştırmalar için avantajlıdır. Programlanabilir ayar, tarayıcı uzaktan kumandası ve otomatik veri kaydı gibi akıllı özellikler, laboratuvarlarda araştırma çalışmalarını kolaylaştırır.

    Genomik Araştırma için Hielscher Sonicator Modelleri

    • Prob tipi sonikasyon: Bir sonikasyon probu doğrudan numune tüpüne yerleştirilir ve lokalize sonikasyon ve parçalanma parametreleri üzerinde hassas kontrol sağlar. Bu yöntem, tekli şişeler veya beherler gibi küçük numune sayıları için tercih edilir.
      DNA parçalanması ve numune hazırlama için tüm prob tipi sonikatörleri burada bulabilirsiniz!
    • CupHorn ve UIP400MTP: Hielscher sonicator modelleri ultrasonik cuphorn ve UIP400MTP plakası sonicator, ortak bir ultrasonik banyo veya temizleme tankından önemli ölçüde farklıdır. İlk bakışta, ultrason dalgalarının bir su banyosundan dolaylı iletimi prensibi benzer görünmektedir – Hielscher ultrasonik cuphorn veya plaka sonicator ile ortak bir ultrasonik banyo arasındaki fark daha büyük olamazdı! Hielscher sistemlerinde, cuphorn ve plaka sonikatörünün tam tabanı, güçlü ultrason ile düzgün bir şekilde çalkalanır. Bu, tüm yüzeyin tam olarak aynı genlik ve frekansta titreştiği anlamına gelir. Ölü, sonikleştirilmemiş nokta bulunamadı, tüm örnekler aynı yoğunlukta sonikleştirildi! Bu, ultrasonik numune hazırlamanızda tekdüze, tekrarlanabilir sonuçlar sağlar.
      Ultrasonik cuphorn hakkında daha fazla bilgiyi burada bulabilirsiniz!
      Plaka-sonicator UIP400MTP hakkında daha fazla bilgiyi burada bulabilirsiniz!
    • VialTweeter: VialTweeter, ultrasonik enerjiyi bir su banyosuna veya başka bir ortama daldırmaya gerek kalmadan doğrudan numune şişelerine iletmek için titreşimli bir şişe tutma bloğu sonotrotunun benzersiz bir tasarımını kullanır. Bu dolaylı ancak yüksek verimli sonikasyon yöntemi, 10'a kadar kapalı şişenin tedavisi için idealdir ve çapraz kontaminasyonu önler.
      VialTweeter ile 10'a kadar kapalı şişenin kontaminasyonsuz sonikasyonu hakkında daha fazla bilgi edinin!
    Üniform ve hızlı steril numune homojenizasyonu için 5 kapalı tüp ve şişeye kadar üniform ve yoğun sonikasyon için ultrasonik cuphorn.

    ultrasonik cuphorn steril DNA parçalanması için kapalı tüplerin ve şişelerin yoğun sonikasyonu için.

    Bilgi talebi





    Otomatik Sistemlerde Sonikatörler – Basit Entegrasyon

    Hielscher ultrasonicators tarayıcı kontrolü ile uzaktan kontrol edilebilir. Sonication parametreleri izlenebilir ve proses gereksinimlerine tam olarak ayarlanabilir.Hielscher sonicators otomatik sistemlere entegre edilebilir. Açık bir ağ arayüzü ve programlama özellikleri ile, Hielscher sonicators otomasyon için uygundur. Otomasyon ve robotikle entegrasyon, genomik örneklerin yüksek verimli işlenmesini sağlayarak büyük ölçekli çalışmaları ve kişiselleştirilmiş tıp girişimlerini kolaylaştırır. Sonikatörünüzü otomatik bir numune hazırlama sistemine entegre etme imkanı, numune işlemeyi optimize eder ve çeşitli uygulamalar ve numune türleri arasında verimli, tekrarlanabilir ve güvenli numune işleme sağlar.

    Neden Hielscher ultrason?

    • yüksek verim
    • Son teknoloji
    • güvenilirlik & sağlamlık
    • Ayarlanabilir, hassas proses kontrolü
    • yığın & Çizgide
    • herhangi bir hacim için
    • akıllı yazılım
    • Akıllı özellikler (örneğin, programlanabilir, veri protokolü, uzaktan kumanda)
    • Kullanımı Kolay ve Güvenli
    • Düşük bakım
    • CIP (yerinde temizlik)

    Tasarım, İmalat ve Danışmanlık – Almanya'da Üretilen Kalite

    Hielscher ultrasonicators iyi onların en yüksek kalite ve tasarım standartları için bilinir. Sağlamlık ve kolay kullanım, ultrasonicator'larımızın endüstriyel tesislere sorunsuz entegrasyonunu sağlar. Zorlu koşullar ve zorlu ortamlar kolayca Hielscher ultrasonicators tarafından ele alınır.

    Hielscher Ultrasonics, ISO sertifikalı bir şirkettir ve state-of-the-son teknoloji ve kullanıcı dostu özelliğine sahip yüksek performanslı ultrasonicator'lara özel önem vermektedir. Tabii ki, Hielscher ultrasonicators CE uyumlu ve UL, CSA ve RoHs gereksinimlerini karşılamak.

    Aşağıdaki tablo size DNA ve RNA parçalanması, hücre lizisi ve DNA ve protein izolasyonu gibi numune hazırlama görevleri için ideal olan laboratuvar ultrasonicators'ımızın yaklaşık işleme kapasitesinin bir göstergesini verir:

    cihaz Güç [B] tip Hacim [mi]
    UIP400MTP 400 mikro plakalar için 6 – 3456 kuyular
    VialTweeter 200 10 şişeye kadar artı kelepçe imkanı için 0.5 – 1,5
    UP50H 50 Sonda tipi 0.01 – 250
    UP100H 100 Sonda tipi 0.01 – 500
    UP200Ht 200 Sonda tipi 00,1 – 1000
    UP200St 200 Sonda tipi 00,1 – 1000
    UP400St 400 Sonda tipi 5,0 – 2000
    CupHorn 200 CupHorn, sonoreactor 10 – 200
    GDmini2 200 kirlilik içermeyen akış hücresi

    Bizimle iletişime geçin! / Bize sor!

    Daha fazla bilgi isteyin

    Ultrasonik işlemciler, uygulamalar ve fiyat hakkında ek bilgi talep etmek için lütfen aşağıdaki formu kullanın. Sürecinizi sizinle tartışmaktan ve gereksinimlerinizi karşılayan bir ultrasonik sistem sunmaktan mutluluk duyacağız!









    Lütfen dikkat Gizlilik Politikası.


    Bu video klip Hielscher ultrasonik homojenizatör UP100H, laboratuvarlarda örnek hazırlama için yaygın olarak kullanılan bir ultrasonicator gösterir.

    Ultrasonik Homojenizatör UP100H

    Video Küçük Resmi



    Genomik ve Sonikasyon Hakkında Sıkça Sorulan Sorular

    Ultrasonikasyon ve genomik araştırma söz konusu olduğunda en sık sorulan sorunun cevaplarını burada bulabilirsiniz.

    DNA'ya sonikasyon ne yapar?

    Sonikasyon, mekanik kuvvetler oluşturan yüksek frekanslı ses dalgaları uygulayarak DNA'yı daha küçük parçalara ayırır ve DNA ipliklerinin rastgele noktalarda kırılmasına neden olur. Sonikasyon yoğunluğunun ayarlanması, sonraki işleme ve analiz gereksinimlerine bağlı olarak daha büyük veya daha küçük DNA parçaları oluşturmaya izin verir.

    DNA parçalanması için sonikasyon protokolü nedir?

    DNA parçalanması için tipik bir sonikasyon protokolü, bir dizi kısa patlama için bir tampon çözeltisinde DNA örneklerine ultrasonik dalgaların uygulanmasını ve ardından numunenin ısınmasını önlemek için soğutma aralıklarını içerir. Genlik, süre ve döngü sayısı gibi parametreler, numune tipine ve istenen parça boyutuna göre optimize edilir.

    Sonikasyon DNA kesme için nasıl çalışır?

    DNA kesme için sonikasyon, ultrasonik dalgalar kullanarak DNA moleküllerine kontrollü mekanik kuvvetler uygulanmasını içerir. Bu kuvvetler, DNA zincirlerini bir arada tutan hidrojen bağlarını ve diğer etkileşimleri bozar, bu da DNA'nın rastgele kırılmasına ve daha küçük parçalara bölünmesine neden olur.

    DNA örneklerini ne kadar süre sonikleştirmelisiniz?

    DNA örnekleri için sonikasyon süresi, örnek hacmi, konsantrasyon ve istenen parça boyutu gibi faktörlere bağlıdır. Tipik olarak, sonikasyon, numunenin aşırı ısınmasını önlemek için soğutma aralıkları ile birkaç saniye ila birkaç dakika arasında değişen kısa patlamalar için gerçekleştirilir.

    DNA izolasyonu için en iyi sonikatör nedir?

    DNA izolasyonu için en iyi sonikatörün seçimi, numune hacmi, verim ve istenen parça boyutu gibi faktörlere bağlıdır. Bazı popüler seçenekler arasında Hielscher UIP400MTP plaka sonikatörü, VialTweeter, CupHorn ve ultrasonik prob UP100H bulunur. Bu sonikatörler, sonikasyon parametreleri üzerinde hassas kontrol sunar ve araştırma laboratuvarlarında çeşitli DNA izolasyon uygulamaları için uygundur.

    Genomik Nedir?

    Genomik, genomların tüm yapısını, işlevlerini, evrimini, haritalanmasını ve modifikasyonunu anlamaya çalışan multidisipliner bir biyoloji dalıdır. Bir genom, bir organizma içindeki tüm DNA'yı kapsar ve hem genlerini hem de karmaşık üç boyutlu organizasyonlarını içerir. Bireysel genlere ve kalıtım modellerine odaklanan genetiğin aksine, genomik, bir organizma içindeki tüm genleri kapsamlı bir şekilde karakterize etmeyi ve ölçmeyi, etkileşimlerini ve bir bütün olarak organizma üzerindeki etkilerini aydınlatmayı amaçlar. Genler, enzimler ve haberci moleküller tarafından kolaylaştırılan proteinlerin sentezini yönlendirmede çok önemli bir rol oynar. Bu proteinler sırayla, organ ve dokuların yapısal bileşenlerini oluşturur, biyokimyasal süreçleri düzenler ve hücreden hücreye iletişimi kolaylaştırır. Genomik, genomların yapısını ve işlevlerini bütünüyle deşifre etmek için yüksek verimli DNA dizileme teknikleri ve biyoinformatik araçları kullanarak tüm genomların dizilenmesini ve analizini kapsar.
    Genomik, bir organizmanın DNA dizisi, organizasyonu, işlevi ve varyasyonu dahil olmak üzere tüm genetik materyalinin incelenmesidir. Genlerin, etkileşimlerinin ve özellikler ve davranışlar üzerindeki etkilerinin analizini kapsar. Genomik araştırma, genomların yapısını ve işlevini ve ayrıca sağlık, hastalık, evrim ve diğer biyolojik süreçlerdeki rollerini anlamak için çeşitli teknikler ve yaklaşımlar içerir.

    Genomik araştırma şunları amaçlar:

    • Dizi Genomları: Bu, bir organizmanın DNA'sındaki nükleotidlerin (A, T, C ve G) sırasının belirlenmesini içerir. Bu, tüm genom veya belirli ilgi alanları olabilir.
    • Genetik Varyasyonu Analiz Edin: Genomik araştırma, bireyler veya popülasyonlar arasındaki DNA dizilerindeki varyasyonları araştırır ve bu da hastalıkların, özelliklerin ve evrimsel süreçlerin genetik temeli hakkında fikir verebilir.
    • Fonksiyonel Genomik: Bu alan, genlerin nasıl işlediğini ve birbirleriyle ve çevre ile nasıl etkileşime girdiğini araştırır. Transkriptomik (gen ekspresyonunun incelenmesi), proteomik (proteinlerin incelenmesi) ve metabolomiklerin (metabolitlerin incelenmesi) içerir.
    • Karşılaştırmalı Genomik: Araştırmacılar, farklı türler arasındaki genomları karşılaştırarak evrimsel ilişkileri ortaya çıkarabilir, korunmuş bölgeleri belirleyebilir ve biyolojik çeşitliliğin genetik temelini anlayabilir.
    • Tıbbi Genomik: Tıpta genomik araştırma, hastalıkların genetik temelini anlamaya, hastalık riskini tahmin etmeye ve kişiselleştirilmiş tedaviler ve müdahaleler geliştirmeye odaklanır.

    Genomik araştırmalar, tıp, tarım, evrimsel biyoloji ve biyoteknoloji gibi alanlarda önemli ilerlemelere yol açmış, moleküler düzeyde yaşamı anlamamıza katkıda bulunmuş ve insan sağlığını ve refahını iyileştirmiştir.

    Edebiyat / Referanslar


    Yüksek performanslı ultrasonik! Hielscher ürün yelpazesi, kompakt laboratuar ultrasonicator tezgah üstü birimler üzerinden tam endüstriyel ultrasonik sistemlere kadar tüm spektrumu kapsar.

    Hielscher Ultrasonics yüksek performanslı ultrasonik homojenizatörler üretir laboratuvar için endüstriyel boyut.


    Sürecinizi konuşmanızdan memnuniyet duyarız.

    İletişime geçelim.