Yeni Nesil Dizileme için Ultrasonik DNA Parçalanması

Yeni Nesil Dizileme (NGS), genomik DNA iplikçiklerini sıralamak ve genom kütüphaneleri oluşturmak için genomik DNA'nın güvenilir bir şekilde yamlanmasını ve parçalanmasını gerektirir. DNA'nın DNA parçalarına kontrollü bir şekilde parçalanması, DNA dizilenmeden önce gerekli olan önemli bir örnek hazırlama adımıdır. Ultrasonication belirli uzunlukta DNA parçalanması için verimli ve güvenilir teknik olarak kanıtlanmıştır. Ultrasonik DNA parçalanma protokolleri tekrarlanabilir parçalanma sonuçları elde. Hielscher ultrasonicators, çalışma parametreleri ile hassas bir şekilde kontrol edilebilir, genomik DNA parça boyutu dağılımları geniş bir yelpazede üretebilir. Hielscher ultrasonik DNA kesme sistemleri tek ve çoklu şişelerin yanı sıra mikro plakalar için de mevcut olduğundan, numune hazırlama son derece verimli hale gelir.

Bilgi talebi





Ultrasonic DNA fragmentation is frequently used as sample preparation step in Next Generation Sequencing (NGS)

15 dakika ultrasonikasyon - elektroforetik 0 tabi E.coli EDL933 genomik DNA analiz eder. L DNA merdiven gösterir. (Basselet ve ark. 2008)

Ultrasonik DNA Parçalanmasının Avantajları

  • tekrarlanabilir / tekrarlanabilir sonuçlar
  • belirli parça uzunluğunu elde etmek için hassas bir şekilde ayarlanabilir
  • hızlı işleme
  • tutarlı DNA parçalanma sonuçları
  • herhangi bir numune birimi için cihazlar (örn. çoklu şişeler veya mikro plakalar)
  • yüksek verim
  • hassas sıcaklık kontrolü
  • basit, kullanıcı dostu çalışma

Yeni Nesil Dizileme: Kütüphane Hazırlığı için Ultrasonik DNA Parçalanması

Yeni nesil sıralamanın yapılabilmesi için (1) kütüphane hazırlama, (2) sıralama ve (3) veri analizinin üç temel adımının gerçekleştirilmesi gerekir. Kütüphane hazırlığı sırasında DNA parçalanır, daha sonra parça uçları tek bir adenin tabanı eklenerek onarılır (parlatılır) ve hedef parçalar çift iplikli DNA'ya dönüştürülür. Son olarak, bağdaştırıcılar ligasyon, PCR veya etiketleme ile tutturulur, böylece son kitaplık DNA ürünü sıralama için miktarlandırılabilir.
Sonication kullanarak DNA Parçalanması: Özellikle daha uzun DNA parçalarını kolayca okuyamayan Illumina gibi kısa okumalı sıralama teknolojileri olduğunda, DNA standları ultrasonication ile güvenilir bir şekilde elde edilebilen belirli bir boyuta parçalanmalıdır.
Ultrasonication güvenilir DNA, RNA ve kromatin parçalanması için kullanılabilir.

Ultrasonik DNA Parçalanması Nasıl Çalışır?

Akustik örnek işleme olarak da bilinen sonication, DNA'yı parçalamak için yaygın olarak kullanılan bir yöntemdir. Ultrasonik DNA kesme için, örnekler kontrollü durum altında ultrasonik dalgalara maruz kalır. Ultrasonik DNA parçalanmasının çalışma prensibi, ultrason dalgaları tarafından oluşan titreşimlere ve kavitasyona dayanır. Ultrasonik (akustik) kavitasyondan kaynaklanan kesme kuvvetleri yüksek moleküler ağırlıklı DNA moleküllerini kırar. Yoğunluk (genlik, süre), titreşim modu ve sıcaklık gibi sonikasyonun ayarlanması, DNA parçalarının belirli bir uzunluğuna kesin DNA parçalanmasını sağlar. DNA genellikle ultrasonikasyon kullanılarak 100 ila 600 bp'ye düşürülürken, daha hafif ultrasonik koşullar uygulandığında 1300 bp'ye kadar daha uzun DNA parçaları elde edilebilir.

Ultrasonic homogenizers are reliable for DNA shearing

ChIP sırasında ultrasonik DNA kesme – kromatin immünopresipitasyon
CC-BY-SA.03 kapsamında Jkwchui'den uyarlandı

DNA Bozulmasını Önlemek İçin Sıcaklık Kontrolü

DNA'nın çift iplikli moleküler şekli yüksek sıcaklıklara karşı oldukça hassastır, böylece numune hazırlama adımları sırasında sıcaklık üzerinde tam kontrol güvenilir analiz sonuçları için çok önemli bir faktördür.
İster Hielscher'ın prob ultrasonicators, VialTweeter veya UIP400MTP kullanıyorsanız – takılabilir bir sıcaklık sensörü ve akıllı cihaz yazılımı sayesinde sürekli sıcaklık izleme ve kontrol sağlanır. Sıcaklığı belirli bir aralıkta tutmak için bir üst ve alt sıcaklık sınırı belirleyebilirsiniz. Sonuç olarak, ultrasonicator bu sıcaklık sınırı aşılır aşılmaz duraklayacak ve sıcaklık belirli bir ∆T tarafından düşürülmüş olduğunda otomatik olarak sonicate devam edecektir.
Hielscher ultrasonicators sofistike yazılım ideal örnek tedavi koşullarının güvenilir bakım sağlar.

UIP400MTP Çok Kuyulu Plaka Ultrasonicator ile Kütle Örnek DNA Parçalanması

Ultrasonic Multi-Sample Preparation Unit UIP400MTP for multi-well plate sonicationYaşam bilimlerindeki örnek sayılar son on yılda önemli ölçüde artmıştır. Bu, karşılaştırılabilir ve geçerli sonuçlar elde etmek için numune hazırlığı ve analizi sırasında çok yüksek sayıda numunenin (örneğin, mikro plaka başına 384, 1536 veya 3456 kuyu) sürekli olarak eşit koşullarda işlenmesi gerektiği anlamına gelir. UIP400MTP ile, Hielscher Ultrasonics toplu örnek işleme eğilimini takip ediyor. UIP400MTP mikro plakalar kullanarak örnek hazırlama için bir ultrasonicator olduğunu. UIP400MTP, 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 veya 3456 kuyuları olan plakaları işleyebilir. Mikro plaka tipine bağlı olarak, her kuyu genellikle onlarca nanolitre ila birkaç mililitre arasında numune hacimlerini tutabilir. Yaşam bilimleri araştırmalarında yaygın olarak kullanılan UIP400MTP, ELISA (enzime bağlı immünosorbent tahlil) veya PCR gibi testlerden önce, protein analitiğinden önce, ayrıca CHiP ve CHiP-seq'den önce kromatin hazırlama, histone modifikasyon tanımlaması ve diğer analitik tedaviler (örneğin jel elektroforezi, kütle spektrometresi) için çok yaygın olarak kullanılır.

10 Şişeye Kadar Örnek Praparasyon için VialTweeter

Komple VialTweeter kurulumu: ultrasonik işlemcisinde VialTweeter sonotrot UP200StVialTweeter aynı anda 10 şişeye kadar etkili ve rahat sonication sağlar yaygın olarak kullanılan bir laboratuvar ultrasonicator VialTweeter olduğunu. Şişeler ve test tüpleri (örneğin Eppendorf şişeleri, kriyo şişeleri, santrifüj tüpleri) dolaylı olarak sonikte edildiğinden, çapraz kontaminasyon önlenir. Her numuneye aynı ultrason yoğunluğu iletildikçe, tüm sonication sonuçları homojen ve tekrarlanabilir. VialTweeter, diğer dijital cihazlarımız gibi tüm akıllı özellikleri (ör. akıllı menü, programlanabilir ayarlar, sıcaklık kontrolü, uzaktan kumanda vb.) sunar, böylece en yüksek kullanıcı konforu sağlanır.

Microwell Plakaları için Çok Parmaklı Problar

4 probe heads or 4 sonotrodes for simultaneous sonication of 4 samples at the same intensity with the Hielscher 200 watts ultrasonicator models UP200ST and UP200HTUltrasonik prob homojenizatörleri UP200Ht ve UP200St için kullanılabilir, 4 veya 8 parmaklı çok parmaklı problar, aynı koşullar altında aynı anda birden fazla numuneyi sonağlamak için rahat bir seçenektir. Örneğin, sonotrode MTP-24-8-96, otomatik sistemlere entegrasyon veya çok kuyulu plaka kuyularının verimli manuel numune hazırlanması için ideal olan sekiz parmaklı bir probdur. Çok parmaklı sonotrode, çoğunlukla standart bir ultrasonik sonotrod kullanan beherlerin ve test tüplerinin işlendiği laboratuvarlar için otomatik olarak idealdir. Çoklu parmak ve standart problar, tek problu ultrasonicator'ı çok problu ultrasonik bozucuya dönüştürerek birkaç dakika içinde hızlı bir şekilde değiştirilebilir.

Bilgi talebi





DNA Parçalanması için Hielscher Ultrasonicators

Hielscher Ultrasonics DNA, RNA ve kromatin parçalanması için çeşitli ultrason tabanlı platformlar sunar. Bu farklı platformlar ultrasonik problar (sonotrodes), birden fazla tüp veya çok kuyulu plakaların (örneğin, 96 kuyu plakaları, mikrotiter plakalar), sonoreactors ve ultrasonik cuphorns eşzamanlı numune hazırlanması için dolaylı sonication çözümleri içerir. DNA kesme için tüm platformlar, hassas bir şekilde kontrol edilebilen ve tekrarlanabilir sonuçlar sunan frekans ayarlı, yüksek performanslı ultrasonik işlemciler tarafından desteklenmektedir.

Herhangi Bir Örnek Numarası ve Boyutu için Ultrasonik İşlemciler

Hielscher'ın çok örnekli ultrasonicators VialTweeter (10 test tüpleri için) ve UIP400MTP (mikro plakalar / çokwell plakalar için) ile istenen DNA parça boyutu dağılımını ve verim elde ederken yoğun ve hassas kontrol edilebilir ultrasonication nedeniyle numune işleme süresini azaltmak kolayca mümkün hale gelir. Ultrasonik DNA parçalanması numune hazırlamayı verimli, güvenilir ve ölçeklenebilir hale getirir. Protokoller, sürekli kontrollü ultrason uygulanarak bir numuneden çok sayıda numuneye doğrusal olarak ölçeklendirilebilir.
Bir ila beş parmaklı prob ultrasonicators daha küçük örnek numaraların hazırlanması için idealdir. Hielscher'ın laboratuvar ultrasonicators çeşitli boyutlarda mevcuttur, böylece biz uygulama ve gereksinimleriniz için ideal cihaz tavsiye edebilirsiniz.

kesin işlem kontrolü

Hielscher ultrasonicators can be remotely controlled via browser control. Sonication parameters can be monitored and adjusted precisely to the process requirements.Tam olarak kontrol edilebilir sonication ayarları, kapsamlı sonifikasyon DNA, RNA ve kromatin yok edebilir, ancak yetersiz ultrasonik kesme çok uzun DNA ve kromatin parçaları ile sonuçlanır. Hielscher'ın dijital ultrasonicators kolayca hassas sonication parametre ayarlanabilir. Belirli sonication ayarları da aynı yordamın hızlı tekrarı için programlanmış ayar olarak kaydedilebilir.
Tüm sonication otomatik olarak protokollenir ve yerleşik bir SD kartta CSV dosyası olarak saklanır. Bu, gerçekleştirilen denemelerin doğru bir şekilde belgelenmesine izin verir ve sonication çalıştırmalarını kolayca gözden geçirmeyi mümkün kılar.
Tarayıcı uzaktan kumandası ile, tüm dijital ultrasonicators herhangi bir standart tarayıcı aracılığıyla çalıştırılabilir ve izlenebilir. Lan bağlantısı çok basit bir tak-çalıştır kurulumuna izin verdiğinden, ek yazılımların yüklenmesi gerekli değildir.

Ultrasonik Örnek Hazırlamada En Yüksek Kullanıcı Dostu

Tüm Hielscher ultrasonicators yüksek performanslı ultrason sunmak için tasarlanmıştır, aynı zamanda her zaman çok kullanıcı dostu ve kullanımı kolay olmak. Tüm ayarlar, renkli dokunmatik ekran veya tarayıcı uzaktan kumandası ile kolayca erişilebilen net bir menüde iyi yapılandırılmıştır. Programlanabilir ayarlara ve otomatik veri kaydına sahip akıllı yazılım, güvenilir ve tekrarlanabilir sonuçlar için en uygun sonication ayarlarını sağlar. Temiz ve kullanımı kolay menü arayüzü, Hielscher ultrasonicators'ı kullanıcı dostu ve verimli cihazlara dönüştürmektedir.
Aşağıdaki tablo, DNA ve RNA parçalanması, hücre lizizi ve protein ekstraksiyonu gibi örnek hazırlama görevleri için ideal olan laboratuvar ultrasonicator'larımızın yaklaşık işlem kapasitesinin bir göstergesini verir:

cihaz Güç [B] tip Hacim [mi]
UIP400MTP 400 mikro plakalar için 6 – 3456 kuyular
VialTweeter 200 10 şişeye kadar artı kelepçe imkanı için 0.5 – 1,5
UP50H 50 Sonda tipi 0.01 – 250
UP100H 100 Sonda tipi 0.01 – 500
UP200Ht 200 Sonda tipi 00,1 – 1000
UP200St 200 Sonda tipi 00,1 – 1000
UP400St 400 Sonda tipi 5,0 – 2000
CupHorn 200 CupHorn, sonoreactor 10 – 200
GDmini2 200 kirlilik içermeyen akış hücresi

Bizimle iletişime geçin! / Bize sor!

Daha fazla bilgi isteyin

Ultrasonik işlemciler, uygulamalar ve fiyat hakkında ek bilgi istemek için lütfen aşağıdaki formu kullanın. Biz sizinle süreci tartışmak ve size gereksinimlerinizi karşılayan bir ultrasonik sistem sunmak için mutlu olacak!









Lütfen dikkat Gizlilik Politikası.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

Ultrasonik çoklu örnek hazırlama ünitesi VialTweeter en fazla 10 şişe eşzamanlı sonication sağlar. Kelepçe cihaz VialPress ile, en fazla 4 ek tüpler yoğun sonication için ön basılabilir.


Sonotrode MTP-24-8-96 mikrotiter plakaları kuyularının sonication için sekiz ultrasonik problar vardır.

Sonotrode MTP-24-8-96 mikrotiter plakaları kuyularının sonication için sekiz ultrasonik problar vardır.



Edebiyat / Referanslar

Bilinmesi Gereken Gerçekler

Yeni Nesil Sıralama Nedir?

Yeni nesil Sıralama, ayrıca Next Gen Dizileme (NGS), yüksek verimli sıralama veya ikinci nesil sıralama, milyonlarca parçanın çok büyük (büyük) miktarda DNA'sının aynı anda çalışma başına paralel olarak sıralandığı büyük paralel sıralama yaklaşımını ifade eder.
Yeni nesil sıralamanın yapılabilmesi için (1) kütüphane hazırlama, (2) sıralama ve (3) veri analizinin üç temel adımının gerçekleştirilmesi gerekir. Kütüphane hazırlığı sırasında DNA iplikçiklerinin belirli uzunlukta DNA parçalarına parçalanması gerekir. Sonication DNA parçalamak için tercih edilen tekniklerden biridir.
DNA dizilimi sürecinde, DNA'daki nükleotitlerin sırası – nükleik asit dizisi olarak bilinir – belirlenir. Nükleik asit dizisi dört nükleotid bazından oluşur - adenin, sitozin, guanin, timin – hangi bilgi kodu.
DNA ve RNA dizilimi genomik araştırmalarda, kanser araştırmalarında, nadir ve karmaşık hastalıkların araştırmalarında, mikrobiyal araştırmalarda, agrigenomik ve diğer birçok araştırma alanında yoğun olarak kullanıldığından, yeni nesil dizileme yaşam bilimi ve kişiselleştirilmiş tıp araştırmalarını yönlendirmektedir.

Yeni Nesil Sıralama vs Sanger Dizilimi

Yeni Nesil Sıralama (NGS) ile çok sayıda genomik numune sıralamak mümkün olsa da, Sanger Dizileme (zincir sonlandırma yöntemi veya Birinci Nesil Sıralama olarak da bilinir) sadece küçük örnek numaralarını sıralama yeteneğine sahiptir. Sanger dizileme aynı anda sadece tek bir DNA parçasını sıralar ve tek bir günde gerçekleştirilebilir. Onun tahakkuk nedeniyle, Sanger dizileme aynı zamanda altın standart teknoloji olarak kabul edilir, hangi yeni nesil sıralama tarafından elde sonuçları doğrulamak için kullanılır.
Sanger dizilimi yaklaşık 800bp (genellikle zenginleştirilmiş olmayan DNA ile 500-600bp) okuma uzunluklarına ulaşır. Sanger diziliminde daha uzun okuma uzunlukları, özellikle genomun tekrarlayan bölgelerinin sıralenmesi açısından diğer sıralama yöntemlerine göre önemli avantajlar gösterir. Kısa okuma dizi verilerinin zorluğu, özellikle yeni genomların (de novo) sırasında ve tipik olarak kanser genomlarında görülenler veya yapısal varyasyon gösteren kromozom bölgelerinde son derece yeniden düzenlenmiş genom segmentlerinin sırasında bir sorundur. [cp. Morozova ve Marra, 2008]


High performance ultrasonics! Hielscher's product range covers the full spectrum from the compact lab ultrasonicator over bench-top units to full-industrial ultrasonic systems.

Hielscher Ultrasonics yüksek performanslı ultrasonik homojenizatörler üretir laboratuvar için endüstriyel boyut.