Liza komórek drożdżowych w mikropłytkach przy użyciu sonikacji o wysokiej intensywności
Mikrobiolodzy i naukowcy zajmujący się naukami przyrodniczymi, którzy zajmują się saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris / Komagataella phaffii, a osoby zajmujące się innymi systemami drożdżowymi doskonale znają to wyzwanie: komórki drożdżowe są odporne, ich powtarzalna liza może być trudna, a ręczne rozdrabnianie próbek szybko staje się wąskim gardłem, gdy konieczne jest przebadanie wielu szczepów, klonów, warunków hodowli lub konstrukcji ekspresyjnych.
Wysokoprzepustowa liza drożdży do zastosowań w mikrobiologii, biologii molekularnej i analizie białek
Ultradźwiękowce do mikropłytek firmy Hielscher, takie jak UIP400MTP (400 W) i UIP550MTP (550 W), stanowią rozwiązanie o wysokiej wydajności do mechanicznej lizy komórek drożdżowych bezpośrednio w mikropłytkach. Zamiast przetwarzać próbki pojedynczo za pomocą sondy, całe mikropłytki można poddawać działaniu ultradźwięków w jednolitych warunkach. Dzięki temu ultradźwiękowa liza drożdży przebiega szybciej, jest bardziej powtarzalna i łatwiejsza do zintegrowania z nowoczesnymi procesami mikrobiologicznymi, ekspresją białek, przesiewaniem enzymów oraz procesami omicznymi.
Niezależnie od tego, czy chcesz uzyskać białka rekombinowane z P. pastoris, przygotować lizaty drożdżowe do testów enzymatycznych, rozbić komórki S. cerevisiae w celu analizy białek, czy też przeprowadzić równoległe badania przesiewowe dziesiątek klonów drożdżowych, sonikatory do mikropłytek firmy Hielscher zapewniają wydajne rozbijanie komórek oparte na kawitacji oraz precyzyjną kontrolę procesu.
Potrzebna jest powtarzalna liza Drożdże piekarskie, Ojcze, pasterzulub inne szczepy drożdży w mikropłytkach? Podaj nam format płytek, objętość próbki, gęstość komórek oraz analit docelowy. Pomożemy Ci dobrać odpowiednie parametry sonikacji dla Twojego procesu z wykorzystaniem urządzeń UIP400MTP lub UIP550MTP.
Sonikator Hielscher do płytek wielokomorowych przeznaczony do lizy drożdży – przygotowywanie próbek w warunkach wysokoprzepustowych
Dlaczego komórki drożdżowe wymagają skutecznej lizy mechanicznej
Komórki drożdżowe są trudniejsze do lizy niż wiele komórek bakteryjnych lub ssaków, ponieważ są chronione przez sztywną ścianę komórkową złożoną głównie z polisacharydów, glukanów, manoprotein i chityny. Ściana ta zapewnia stabilność mechaniczną, ale ogranicza również uwalnianie białek wewnątrzkomórkowych, kwasów nukleinowych, metabolitów i enzymów.
Do konwencjonalnych metod lizy drożdży należą rozbijanie kulkowe, trawienie enzymatyczne, cykle zamrażania i rozmrażania, liza chemiczna oraz sonikacja z użyciem sondy. Metody te mogą być skuteczne, ale mają też swoje ograniczenia. Rozbijanie kulkowe może powodować powstawanie resztek i nagrzewanie, trawienie enzymatyczne wiąże się z dodatkowymi kosztami i zmiennością wyników, a sonikacja sondowa pojedynczych próbek jest czasochłonna w przypadku konieczności przetworzenia dużej liczby próbek.
Wysokointensywna, ukierunkowana kawitacja ultradźwiękowa pozwala przezwyciężyć te ograniczenia poprzez wywieranie na zawiesinę drożdżową silnych mechanicznych sił ścinających, wahań ciśnienia oraz mikroprądów. Efektem tego jest szybkie rozbicie ścian komórkowych i błon, lepsze uwalnianie substancji wewnątrzkomórkowych oraz wysoce powtarzalne przygotowanie próbek w formacie płytek.
Ultrasonikacja mikropłytek w celu równoległego przygotowania próbek drożdży
Urządzenia Hielscher UIP400MTP i UIP550MTP zostały zaprojektowane do równomiernej sonikacji mikropłytek, płytek wielokomorowych, płytek PCR oraz odpowiednich stojaków na próbki. W przeciwieństwie do sonikacji sondowej próbki nie muszą być przetwarzane pojedynczo. Cała płytka jest poddawana działaniu kontrolowanej energii ultradźwiękowej, dzięki czemu proces ten doskonale nadaje się do równoległego przetwarzania próbek.
Jest to szczególnie przydatne w następujących przypadkach:
- projekcja Drożdże piekarskie mutanty lub szczepy ekspresyjne
- Liza Ojcze, pasterzu / K. phaffii klony po ekspresji białka rekombinowanego
- Przygotowanie lizatów drożdżowych do oznaczeń enzymatycznych
- Ekstrakcja białek do analizy metodą SDS-PAGE, Western blot, ELISA, LC-MS/MS lub do badania aktywności
- Uwalnianie metabolitów wewnątrzkomórkowych na potrzeby metabolomiki
- Przygotowanie próbek DNA i RNA po odpowiednim dalszym oczyszczeniu
- Optymalizacja buforów lizujących, dodatków i warunków ekstrakcji z wykorzystaniem metod wysokoprzepustowych
W jaki sposób kawitacja ultradźwiękowa niszczy komórki drożdży
Podczas sonikacji skupiona fala ultradźwiękowa o dużej mocy wywołuje w płynnej próbce naprzemienne cykle sprężania i rozrzedzania. Przy wystarczającym natężeniu te wahania ciśnienia powodują kawitację akustyczną. Pęcherzyki kawitacyjne powstają, oscylują i zapadają się, wytwarzając miejscowe siły ścinające, mikrostrumienie, turbulencje oraz silne gradienty ciśnienia.
W zawiesinach drożdżowych te oddziaływania mechaniczne osłabiają i rozrywają ścianę komórkową oraz błonę komórkową. Białka wewnątrzkomórkowe, enzymy, kwasy nukleinowe i metabolity są uwalniane do buforu lizującego. Ponieważ proces ten ma charakter mechaniczny, można go stosować z wieloma różnymi układami buforowymi oraz łączyć z inhibitorami proteaz, środkami redukującymi, detergentami, solami lub łagodną obróbką wstępną z użyciem enzymów.
Protokół ogólny: Lizycja komórek drożdżowych w mikropłytkach
Poniższy protokół stanowi praktyczny punkt wyjścia do lizy drożdży przy użyciu sonikatora do płytek mikrotitracyjnych Hielscher UIP400MTP lub UIP550MTP. Parametry należy zoptymalizować w zależności od szczepu drożdży, gęstości komórek, cząsteczki docelowej, składu buforu, typu płytki oraz dalszego testu.
1. Pobranie i umycie komórek drożdżowych
Wyhodować drożdże z rodzaju Saccharomyces, Pichia, Hansenula, Debaryomyces lub inny szczep drożdży w pożądanych warunkach hodowli. Zebrać komórki poprzez odwirowanie i usunąć pożywkę hodowlaną. Przepłukać osad zimną wodą destylowaną, roztworem PBS lub wybranym buforem lizującym w celu usunięcia pozostałości składników pożywki, które mogą zakłócać dalszą analizę.
W celu ekstrakcji białek należy przechowywać próbki w niskiej temperaturze i pracować szybko. Jeśli istnieje ryzyko działania proteaz, należy wcześniej schłodzić wszystkie bufory i materiały eksploatacyjne.
2. Ponownie zawiesić osad komórkowy
Osad drożdżowy należy ponownie zawiesić w odpowiednim, schłodzonym buforze lizującym. W celu skutecznego uwolnienia białek często korzystne jest stosowanie wysokiego stężenia komórek. Na początek należy użyć około 10–20% (w/v) mokrego osadu komórkowego lub gęstej zawiesiny odpowiadającej wartości OD600 > 10, w zależności od testu.
Typowy bufor do lizy białek drożdżowych może zawierać:
- układ buforowy, taki jak Tris-HCl, bufor fosforanowy lub HEPES
- sól, np. NaCl lub KCl
- koktajl inhibitorów proteazy
- opcjonalny środek redukujący, taki jak DTT lub β-merkaptoetanol
- opcjonalny detergent, taki jak Triton X-100, NP-40, SDS lub CHAPS, w zależności od zgodności z kolejnymi etapami procesu
- opcjonalne inhibitory fosfatazy do badań nad fosforylacją
W przypadku trudnych szczepów drożdży lub bardzo delikatnej ekstrakcji białek przed sonikacją można zastosować krótką obróbkę wstępną preparatem Zymolyase, Lyticase lub innym enzymem rozkładającym ściany komórkowe. Ta enzymatyczna obróbka wstępna jest opcjonalna, ale może poprawić skuteczność lizy lub zmniejszyć wymaganą intensywność ultradźwięków.
3. Przenieść próbki do odpowiedniej mikropłytki
Należy nanieść zawiesinę drożdżową do mikropłytki przystosowanej do ultradźwiękowania. Często preferuje się płytki z okrągłym dnem, ponieważ ułatwiają one pobieranie próbek i ograniczają strefy martwe. Aby zwiększyć powtarzalność wyników, należy stosować jednakowe objętości próbek we wszystkich studzienkach.
Należy uszczelnić płytkę za pomocą odpowiedniej maty lub folii uszczelniającej, aby zapobiec parowaniu, tworzeniu się aerozoli oraz zanieczyszczeniu krzyżowemu. Należy upewnić się, że uszczelnienie jest zgodne z wybranymi warunkami temperaturowymi i warunkami sonikacji.
Typowe objętości robocze zależą od formatu płytek i zastosowania. Do popularnych formatów należą płytki 96-dołkowe, płytki z głębokimi dołkami, płytki do PCR oraz odpowiednie stojaki na probówki.
4. Konfiguracja chłodzenia
Liza drożdży wymaga wysokiej intensywności ultradźwięków, a rozbicie mechaniczne powoduje wytwarzanie ciepła. Kontrola temperatury ma zatem kluczowe znaczenie, zwłaszcza w przypadku analizy białek, enzymów, RNA lub fosforylacji.
Należy zastosować odpowiednią strategię chłodzenia, na przykład:
- wstępnie schłodzony bufor lizujący
- wstępnie schłodzone mikropłytki
- przerwy chłodzące pomiędzy cyklami sonikacji
- zewnętrzne chłodzenie platformy do sonikacji, jeśli ma to zastosowanie
Celem jest utrzymanie próbki w temperaturze wystarczająco niskiej, aby zapobiec denaturacji białek, inaktywacji enzymów, degradacji RNA oraz zmienności próbki spowodowanej działaniem ciepła.
5. Poddać zawiesinę drożdżową działaniu ultradźwięków
Umieść zamkniętą płytkę w sonikatorze do mikropłytek Hielscher UIP400MTP lub UIP550MTP i wybierz program sonikacji impulsowej. Zaleca się stosowanie trybu impulsowego, ponieważ umożliwia on rozbijanie mechaniczne w fazach włączenia (ON) oraz odprowadzanie ciepła w fazach wyłączenia (OFF).
Jako punkt wyjścia do lizy komórek drożdżowych:
| Parametr | Zalecany zakres początkowy | Cel |
|---|---|---|
| amplituda | 60–100% | Wysoka intensywność kawitacji w przypadku odpornych komórek drożdżowych |
| tryb impulsowy | 10–30 sek. wł. / 30–60 sek. wył. | Skuteczna liza przy kontrolowanym wzrostem temperatury |
| Łączny czas pracy | Od pięciu do piętnastu minut | Należy dostosować w zależności od odkształcenia, gęstości i cząsteczki docelowej |
| temperatura | Próbki należy przechowywać w niskiej temperaturze | Ochrona białek, enzymów, RNA i metabolitów |
| Zgrzewanie blach | Polecane | Zapobiega parowaniu, tworzeniu się aerozoli oraz zanieczyszczeniu krzyżowemu |
W przypadku wysoce odpornych zawiesin drożdżowych, gęstej biomasy P. pastoris lub trudnej ekstrakcji białek rekombinowanych należy stopniowo zwiększać łączny czas trwania stanu włączenia. W przypadku białek wrażliwych na ciepło lub testów enzymatycznych należy stosować krótsze impulsy, dłuższe przerwy na schładzanie oraz niższą amplitudę początkową.
Wysokoprzepustowa liza drożdży w płytkach wielokomorowych przy użyciu urządzenia UIP400MTP
6. Oczyścić lizat
Po sonikacji należy odwirować mikropłytkę lub przenieść próbki do probówek w celu odwirowania. Usunąć resztki komórkowe poprzez odwirowanie przy odpowiedniej prędkości i temperaturze. Zebrać supernatant do dalszej analizy.
W zależności od zastosowania lizat można wykorzystać do:
- Kwantyfikacja białek
- testy aktywności enzymatycznej
- SDS-PAGE i Western blotting
- ELISA i testy immunologiczne
- Proteomika LC-MS/MS
- analiza metabolitów
- Oczyszczanie DNA lub RNA
7. Optymalizacja i udokumentowanie metody
Aby zapewnić powtarzalność lizy drożdży, należy udokumentować wszystkie istotne parametry, w tym szczep, warunki hodowli oraz OD600, masa mokrej komory, skład buforu, typ płytki, objętość próbki, amplituda, cykl impulsowy, skumulowany czas włączenia, metoda chłodzenia oraz końcowa temperatura próbki.
Jeśli sonikator firmy Hielscher jest wyposażony w funkcję automatycznego rejestrowania danych, dane procesowe można wykorzystać do celów dokumentacji, opracowywania metod, skalowania oraz kontroli jakości.
Wskazówki dotyczące optymalizacji lizy drożdży
Aby uzyskać maksymalne uwolnienie białek, należy stosować gęste zawiesiny drożdżowe, wysoką intensywność ultradźwięków oraz wystarczający łączny czas pracy. W przypadku białek wrażliwych należy zmniejszyć amplitudę, wydłużyć przerwy na chłodzenie oraz utrzymywać płytkę w niskiej temperaturze przez cały czas trwania procesu.
Jeśli liza jest niepełna, należy stopniowo wydłużać czas sonikacji, wypróbować wstępną obróbkę enzymatyczną, zmniejszyć lepkość próbki lub zoptymalizować bufor. Jeśli białka ulegają degradacji lub tracą aktywność, należy poprawić chłodzenie, skrócić przerwy między cyklami ON, dodać inhibitory oraz sprawdzić, czy układ detergentowy jest kompatybilny z białkiem docelowym.
Ponieważ szczepy drożdży znacznie różnią się pod względem struktury ściany komórkowej, fazy wzrostu, systemu ekspresji oraz gęstości biomasy, zaleca się zastosowanie krótkiej macierzy optymalizacyjnej. Na przykład należy przetestować trzy amplitudy, dwa cykle impulsów i dwa całkowite czasy trwania impulsu, a następnie ocenić skuteczność lizy i integralność białka.
Niezależnie od tego, czy przetwarzasz kilka płytek testowych, czy przeprowadzasz badania przesiewowe drożdży o dużej wydajności, firma Hielscher pomoże Ci dobrać odpowiedni sonikator do płytek mikrotitracyjnych oraz opracować niezawodny protokół lizy. Skontaktuj się z nami, podając informacje o szczepie drożdży, przebiegu pracy oraz wymaganiach dotyczących wydajności!
Zalety sonikatorów do mikropłytek firmy Hielscher w procesie lizy drożdży
Sonikatory do mikropłytek firmy Hielscher są idealnym rozwiązaniem dla laboratoriów, w których wymagana jest powtarzalna liza wielu próbek. Eliminują one powolną obsługę polegającą na sonikacji pojedynczych próbek za pomocą sondy oraz ograniczają zmienność wynikającą z ręcznego ustawiania sondy, głębokości zanurzenia oraz różnic w sposobie obsługi poszczególnych próbek.
Kluczowe zalety obejmują:
- Przetwarzanie o wysokiej przepustowości: Poddaj sonikacji wiele próbek drożdży równolegle w mikropłytkach lub kompatybilnych stojakach na próbki.
- Warunki umożliwiające odtworzenie eksperymentu: Jednakie warunki sonikacji we wszystkich studzienkach w celu uzyskania jednolitych i porównywalnych wyników lizy.
- Brak zanieczyszczenia krzyżowego sondy: Próbki pozostają zamknięte podczas sonikacji, co ogranicza przenoszenie zanieczyszczeń i zmniejsza liczbę etapów czyszczenia.
- Odpowiednie dla komórek o dużej wytrzymałości: Ultradźwięki o wysokiej intensywności sprzyjają rozrywaniu ścian komórkowych drożdży.
- Wydajny przebieg pracy: Idealny do badania szczepów, klonów, warunków ekspresji i buforów lizujących.
- Wydajny przebieg pracy: Programowalne ustawienia, automatyczne rejestrowanie danych oraz możliwość zastosowania w automatyzacji laboratoryjnej.
Zastosowania w biotechnologii drożdżowej i badaniach z zakresu nauk przyrodniczych
Ultradźwiękowa liza drożdży w mikropłytkach stanowi wsparcie dla wielu procesów badawczych i przesiewowych. W przypadku ekspresji białek rekombinowanych klony P. pastoris i S. cerevisiae można poddawać lizie równolegle w celu porównania poziomów ekspresji lub aktywności enzymatycznej. W biologii systemowej i naukach omicznych standaryzowana liza poprawia porównywalność wyników w różnych warunkach. W mikrobiologii sonikacja umożliwia szybkie przygotowywanie lizatów z wielu szczepów, w różnych warunkach pożywki lub po ekspozycji na czynniki stresogenne.
Typowe obszary zastosowań obejmują:
- ekstrakcja białka drożdżowego
- badanie przesiewowe białek rekombinowanych
- badanie aktywności enzymów
- wybór klonów po transformacji
- optymalizacja fermentacji
- przygotowanie próbek do analizy proteomicznej
- przygotowanie próbek do analizy metabolomicznej
- badania dotyczące uszkodzeń ściany komórkowej
- testy mikrobiologiczne o wysokiej wydajności
Niezawodna liza drożdży zaczyna się od kontrolowanego sonikowania
Liza drożdży może stanowić trudność w miarę wzrostu liczby próbek, jednak sonikatory do mikropłytek firmy Hielscher sprawiają, że proces ten przebiega szybciej, jest czystszy i bardziej powtarzalny. Modele UIP400MTP i UIP550MTP umożliwiają naukowcom przetwarzanie całych płytek w określonych warunkach ultradźwiękowych, zwiększając wydajność przy jednoczesnym ograniczeniu ręcznej obsługi.
Dla mikrobiologów, biologów molekularnych, badaczy białek oraz laboratoriów biotechnologicznych sonikacja mikropłytek stanowi skuteczne narzędzie umożliwiające wydajne i powtarzalne uwalnianie wewnątrzkomórkowych składników drożdży.
Najczęściej zadawane pytania dotyczące lizy komórek drożdżowych metodą sonikacji w mikropłytkach
Czy komórki drożdżowe można poddać lizie za pomocą sonikacji?
Tak. Komórki drożdżowe, takie jak Saccharomyces cerevisiae i Pichia pastoris, można poddać lizie za pomocą sonikacji o wysokiej intensywności. Kawitacja ultradźwiękowa generuje silne mechaniczne siły ścinające, które niszczą ścianę komórkową i błonę drożdżową, uwalniając białka, enzymy, kwasy nukleinowe i metabolity.
Dlaczego komórki drożdżowe trudniej ulegają lizie niż komórki bakteryjne?
Komórki drożdży posiadają grubą i odporną na uszkodzenia mechaniczne ścianę komórkową, złożoną głównie z glukanów, manoprotein i chityny. Ta sztywna struktura sprawia, że rozbicie komórek drożdży jest trudniejsze niż w przypadku wielu komórek bakteryjnych lub ssaków. W związku z tym liza drożdży zazwyczaj wymaga zastosowania większej intensywności, dłuższego czasu przetwarzania lub opcjonalnej obróbki wstępnej z użyciem enzymów.
Które sonikatory firmy Hielscher nadają się do lizy drożdży w mikropłytkach?
Urządzenia Hielscher UIP400MTP i UIP550MTP nadają się do lizy drożdży o dużej wydajności w mikropłytkach. Model UIP400MTP idealnie nadaje się do rutynowego, równoległego przygotowywania próbek, natomiast model UIP550MTP zapewnia wyższą moc ultradźwiękową do wymagających zadań lizy, gęstych zawiesin i odpornych szczepów drożdży.
Czy komórki Pichia pastoris można poddać lizowaniu w sonikatorze do mikropłytek?
Tak. Komórki Pichia pastoris, znane również jako Komagataella phaffii, można rozbić za pomocą sonikacji mikropłytek o wysokiej intensywności. Ponieważ P. pastoris może tworzyć gęstą biomasę i posiada wytrzymałą ścianę komórkową, zaleca się optymalizację amplitudy, cyklu impulsów, chłodzenia oraz całkowitego czasu sonikacji.
Jakie są typowe parametry sonikacji stosowane do lizy drożdży?
Dobrym punktem wyjścia jest zakres amplitudy 50–80%, praca impulsowa, np. 10–30 sekund w trybie włączonym i 30–60 sekund w trybie wyłączonym, oraz łączny czas pracy w trybie włączonym wynoszący 5–15 minut. Dokładne parametry zależą od szczepu drożdży, gęstości komórek, objętości próbki, rodzaju płytki, buforu oraz cząsteczki docelowej.
Dlaczego lizę drożdży należy przeprowadzać w trybie impulsowym?
Tryb impulsowy ogranicza gromadzenie się ciepła podczas sonikacji. W fazie włączenia kawitacja ultradźwiękowa powoduje rozbicie komórek. W fazie wyłączenia próbka może się ochłodzić. Ma to duże znaczenie, ponieważ nadmierne ciepło może powodować denaturację białek, zmniejszać aktywność enzymów, degradować RNA oraz negatywnie wpływać na powtarzalność wyników.
Czy przed poddaniem komórek drożdżowych działaniu ultradźwięków konieczna jest obróbka enzymatyczna?
Wstępna obróbka enzymatyczna nie zawsze jest konieczna, ale może zwiększyć skuteczność lizy. Enzymy, takie jak Zymolyase czy Lyticase, częściowo rozkładają ścianę komórkową drożdży i mogą zmniejszyć intensywność ultradźwięków lub skrócić czas potrzebny do całkowitej lizy. Może to być przydatne w przypadku wrażliwych białek lub trudnych szczepów.
Jak można zapobiec przegrzaniu podczas sonikacji drożdży?
Należy stosować wstępnie schłodzone bufory, tryb impulsowy, przerwy chłodzące oraz chłodzoną płytkę. Mikropłytkę należy utrzymywać w stanie szczelnie zamkniętym i w miarę możliwości monitorować temperaturę. W przypadku wrażliwych białek należy stosować krótsze interwały włączenia, dłuższe interwały wyłączenia oraz przetwarzać próbki w warunkach chłodniczych.
Czy sonikacja w mikropłytkach może zastąpić rozbijanie kulkami w procesie lizy drożdży?
W wielu procesach – tak. Sonikacja mikropłytek może zastąpić rozbijanie kulkami, gdy wymagana jest czysta, powtarzalna i równoległa liza. Pozwala to uniknąć konieczności manipulowania kulkami, zmniejsza złożoność materiałów eksploatacyjnych i upraszcza automatyzację. Jednak każde zastosowanie powinno zostać zweryfikowane poprzez porównanie wydajności lizy, integralności białek oraz skuteczności testu.
Czy sonikacja na mikropłytkach nadaje się do ekstrakcji białek z drożdży?
Tak. Sonikacja w mikropłytkach doskonale nadaje się do ekstrakcji białek z drożdży, zwłaszcza gdy konieczne jest porównanie wielu klonów lub warunków hodowli. Inhibitory proteaz, bufory schłodzone oraz kontrolowane ustawienia impulsów pomagają zachować jakość białek.
Czy tę samą metodę można zastosować do ekstrakcji DNA, RNA i białek?
Można zastosować tę samą podstawową zasadę sonikacji, jednak bufor i warunki procesu należy dostosować do cząsteczki docelowej. Procedury dotyczące białek wymagają hamowania aktywności proteaz oraz kontroli temperatury. Procedury dotyczące RNA wymagają postępowania bez obecności RNazy oraz intensywnego chłodzenia. Procedury dotyczące DNA mogą wymagać różnych warunków lizy i oczyszczania, w zależności od tego, czy pożądane jest nienaruszone DNA genomowe, czy też DNA w postaci fragmentów.
Jakiego rodzaju płytki należy użyć do lizy drożdży?
Należy używać mikropłytki lub płytki z głębokimi studzienkami przystosowanej do sonikacji, wyposażonej w odpowiednie uszczelnienie. Do pracy z zawiesinami często przydatne są płytki z okrągłym dnem. Płytka powinna wytrzymać wybrane warunki sonikacji, temperaturę próbki oraz etapy wirowania.
Jak mogę sprawdzić, czy liza drożdży została zakończona?
Skuteczność lizy można sprawdzić za pomocą mikroskopii, na podstawie wydajności białka, aktywności enzymatycznej, spadku lepkości, analizy SDS-PAGE, wydajności DNA/RNA lub poprzez porównanie z znaną metodą lizy. W przypadku opracowywania metody należy ocenić zarówno wydajność, jak i jakość uwolnionej cząsteczki docelowej.
UIP400MTP czy UIP550MTP: który sonikator do płytek mikrotitracyjnych wybrać?
UIP400MTP to wydajny sonikator do płytek mikrotitracyjnych, przeznaczony do rutynowego przygotowywania próbek na dużą skalę, w tym do lizy drożdży, ekstrakcji białek, rozdrabniania DNA, odrywania biofilmów oraz przygotowywania próbek do testów. Urządzenie to jest odpowiednie dla laboratoriów, które potrzebują powtarzalnych procesów sonikacji w standardowych formatach płytek.
Urządzenie UIP550MTP zapewnia wyższą moc ultradźwiękową i jest zalecane w przypadku bardziej wymagających zastosowań, w których konieczna jest większa intensywność akustyczna, krótszy czas przetwarzania, większe obciążenie próbkami lub bardziej intensywne warunki rozbijania. W przypadku lizy drożdży urządzenie UIP550MTP sprawdza się szczególnie dobrze w przypadku gęstej biomasy, trudnych szczepów, większych objętości roboczych oraz wysokoprzepustowego badania ekspresji.
Czy można zautomatyzować lizę drożdży metodą sonikacji w mikropłytkach?
Tak. Sonikacja z wykorzystaniem mikropłytek doskonale nadaje się do zautomatyzowanych procesów laboratoryjnych, ponieważ próbki pozostają w formacie płytek. Umożliwia to integrację z systemami pipetującymi, urządzeniami do obsługi płytek, wirówkami, procesami przygotowania testów oraz procesami przesiewowymi o wysokiej wydajności.
Literatura / Referencje
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP550MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics 2024.
