Ultrahelitöötlusega hõlbustatud genoomsed uuringud

Genoomiuuringud on muutnud meie arusaama bioloogilistest süsteemidest, võimaldades selgitada erinevate haiguste ja tunnuste aluseks olevaid keerulisi geneetilisi mehhanisme. Sonikatsioon, tehnika, mis oli algselt välja töötatud rakumembraanide katkestamiseks, on leidnud genoomiuuringutes ulatuslikku kasulikkust. See artikkel annab ülevaate ultrahelitöötluse rakendamisest genoomiuuringutes, sealhulgas DNA isoleerimine ja killustumine, kromatiini immunoprecipitation (ChIP) ja järgmise põlvkonna sekveneerimisraamatukogude ettevalmistamine. See artikkel annab ülevaate ultrahelitöötluse põhimõtetest, metoodikatest ja rakendustest genoomiuuringutes ning tutvustab teile kõige sobivamaid sonikaatoreid genoomiuuringuteks.

Sonikaatorid genoomiuuringutes

Sondi tüüpi sonikaator UP100H bioloogiliste proovide valmistamiseks, nt DNA killustumine, kromatiini lõikamine, rakkude lüüs.Genoomiuuringud on viimastel aastakümnetel teinud märkimisväärseid edusamme, mida toidab suure läbilaskevõimega sekveneerimistehnoloogiate ja uuenduslike eksperimentaalsete metoodikate väljatöötamine. Need edusammud on hõlbustanud genoomide, epigenoomide ja transkriptoomide põhjalikku analüüsi, pakkudes teadmisi haiguste geneetilisest alusest, evolutsioonist ja fenotüübilisest variatsioonist.
Sonikatsioon, mehaaniline protsess, mis hõlmab ultraheli füüsiliste jõudude rakendamist molekulaarsete struktuuride häirimiseks, on kujunenud genoomiuuringute mitmekülgseks vahendiks. Sonikatsioon on väljakujunenud tehnika, mida kasutatakse DNA killustumiseks, kromatiini lõikamiseks ja NGS-i raamatukogu ettevalmistamiseks.

Infonõue




Pange tähele, et meie Privaatsuspoliitika.


 

See õpetus selgitab, millist tüüpi sonikaator sobib kõige paremini teie proovide ettevalmistamise ülesannete jaoks, nagu lüüs, rakkude katkestamine, valkude eraldamine, DNA ja RNA killustumine laborites, analüüs ja uuringud. Valige oma rakenduse, proovi mahu, proovi numbri ja läbilaskevõime jaoks ideaalne sonikaatori tüüp. Hielscher Ultrasonicsil on teile ideaalne ultraheli homogenisaator!

Kuidas leida täiuslik sonikaator rakkude katkestamiseks ja valkude ekstraheerimiseks teaduses ja analüüsis

Video pisipilt

 

Ultrahelitöötluse rakendused genoomiuuringutes

Sonikatsiooni rakendatakse bioloogilistele proovidele proovide ettevalmistamiseks enne analüüse, analüüse või edasiste järgnevate protsesside ettevalmistamist. Kõige tavalisemad proovi ettevalmistamise rakendused, mis kasutavad ultrahelitöötlust, on järgmised:

  • DNA killustatus: Katsete ja muude analüüsimeetodite ettevalmistamise etapina tuleb genoomne DNA lõigata kindlaksmääratud suurusega fragmentideks.
    Sonikatsiooni kasutatakse genoomse DNA täpseks killustamiseks, võimaldades genereerida soovitud suurusega DNA fragmente erinevate järgnevate rakenduste jaoks, sealhulgas PCR, kloonimine ja lõunapoolne blottimine. Sonikatsioon pakub eeliseid ensümaatiliste meetoditega võrreldes, kuna see võimaldab fragmentide suuruse ja jaotuse paindlikku kontrolli. Suure läbilaskevõimega proovi ettevalmistamine UIP400MTP plaadi sonikaatoriga lihtsustab suurte proovinumbrite töötlemist.
    Loe lähemalt ultraheli kohta DNA killustatus ja Plasmiidi killustatus!
  • Kromatiini immunoprecipitatsioon (ChIP): ChIP on laialdaselt kasutatav meetod valgu-DNA interaktsioonide, näiteks histooni modifikatsioonide ja transkriptsioonifaktori sidumise uurimiseks. Sonikatsioon mängib olulist rolli kromatiini killustamisel väiksemateks fragmentideks (~ 200-1000 aluspaari), mis on immunoprecipitatsiooniks sobivad. See võimaldab huvipakkuvate valkudega seotud spetsiifiliste genoomipiirkondade isoleerimist ja analüüsi.
  • Järgmise põlvkonna sekveneerimine (NGS): Suure läbilaskevõimega sekveneerimistehnoloogiad, nagu Illumina ja Ion Torrent, vajavad killustatud DNA-d . Sonikatsioon hõlbustab genoomse DNA kontrollitud killustumist, et tekitada ühtlase suurusega DNA fragmente, mida seejärel kasutatakse raamatukogu ehitamiseks. See tagab genoomse sisu täpse esituse ja suurendab sekveneerimise tõhusust.
    Loe lähemalt ultrahelitöötluse kasutamise kohta Next Gen sekveneerimiseks!
  • Täielik VialTweeter seadistamine: VialTweeter sonotrode ultraheli protsessoril UP200St

    VialTweeter sonikaator mitme viaali samaaegseks proovi ettevalmistamiseks

    Kuidas valida oma DNA-ga seotud uuringute jaoks parim sonikaator?

    Termin “Sonikatsioon” kasutatakse ultrahelirakenduse erinevate modi jaoks. Kõige levinumad meetodid on ultraheli vann ja sondi tüüpi sonikaator. Allpool saate teada, miks sonikaatori õige valik parandab teie uurimistöö kvaliteeti ja kehtivust.

    Lisateave erinevate ultrasonikaatori mudelite erinevuste, nende eeliste ja piirangute kohta. Siin sukeldume genoomiuuringute jaoks kõige laialdasemalt kasutatavatesse sonikaatorimudelitesse.

    Vanni ultrahelitöötlus: Miks annavad vanni tüüpi sonikaatorid teile ebausaldusväärseid, reprodutseerimatuid tulemusi? Genoomsed proovid pannakse veevanni, mis on varustatud mitme ultrahelianduriga, mis on kinnitatud veepaagi põhja. Akustilise kavitatsiooni laigud esinevad paagi kaudu väga ebaühtlaselt ja ei taga järjepidevat ultraheli võimsust. Selle meetodiga töödeldakse proove erineva intensiivsusega ja see ei anna proovi ettevalmistamisel reprodutseeritavaid tulemusi, näiteks DNA killustumist. Selle ebaühtlase töötlemise tagajärjel ei anta kontrolli DNA fragmendi suuruse üle. Tavalise ultrahelivanniga on usaldusväärsed ja korratavad uuringud võimatud.
    Kas soovite rohkem teada saada sondi tüüpi sonikaatori vs ultrahelivanni kohta? Kliki siia!

    Erinevalt ultraheli vannist on Hielscher täpselt kontrollitavad sonikaatorid, mis pakuvad võimsat ultraheli. Ultrahelitöötluse intensiivsust saab häälestada täpselt rakendusele, et vältida bioloogiliste proovide soovimatut lagunemist. Tagab nukleiinhapete ja teiste biomolekulide optimaalse säilimise proovi töötlemise ajal. See on eriti kasulik genoomiuuringute puhul, kus proovi terviklikkus on järgneva etapi analüüsi jaoks kriitilise tähtsusega. Nutikad funktsioonid, nagu programmeeritav seadistus, brauseri kaugjuhtimispult ja automaatne andmete salvestamine, hõlbustavad uurimistööd laborites.

    Hielscher Sonicatori mudelid genoomiuuringuteks

    • Sondi tüüpi ultrahelitöötlus: Ultrahelitöötlussond sisestatakse otse proovitorusse, mis võimaldab lokaliseeritud ultrahelitöötlust ja killunemisparameetrite täpset kontrolli. Seda meetodit eelistatakse väikeste valimite puhul, nagu üksikud viaalid või keeduklaasid.
      Siit leiate kõik sondi tüüpi sonikaatorid DNA killustamiseks ja proovi ettevalmistamiseks!
    • CupHorn ja UIP400MTP: Hielscheri sonikaatori mudelid Ultrasonic Cuphorn ja UIP400MTP Plate Sonicator erinevad oluliselt tavalisest ultrahelivannist või puhastuspaagist. Kuigi esimesel vaatlusel tundub ultrahelilainete kaudse ülekande põhimõte veevanni kaudu sarnane – erinevus Hielscheri ultraheli cuphorn või plate sonicator ja ühine ultraheli vann ei saanud olla suurem! Hielscheri süsteemides segatakse kuppel- ja plaadisonikaatori täielikku põhja ühtlaselt võimas ultraheli. See tähendab, et kogu pind vibreerib täpselt sama amplituudi ja sagedusega. Surnud, ultraheliga töötlemata kohta ei leita, kõik proovid on ultraheliga töödeldud sama intensiivsusega! See tagab ultraheliproovi ettevalmistamisel ühtlased, reprodutseeritavad tulemused.
      Lisateavet ultraheli kuppaela kohta leiate siit!
      Lisateavet plaadisonikaatori UIP400MTP kohta leiate siit!
    • VialTweeter: VialTweeter kasutab vibreeriva viaali hoidva ploki sonotrode ainulaadset disaini, et edastada ultraheli energiat otse proovipudelitesse, ilma et oleks vaja kasta veevanni või muusse keskkonda. See kaudne, kuid väga tõhus ultrahelitöötlusmeetod sobib ideaalselt kuni 10 suletud viaali raviks ja väldib ristsaastumist.
      Lisateavet kuni 10 suletud viaali saastumiseta ultrahelitöötluse kohtaVialTweeteriga!
    Ultraheli cuphorn kuni 5 suletud toru ja viaali ühtlaseks ja intensiivseks ultrahelitöötluseks ühtlaseks ja kiireks steriilseks proovi homogeniseerimiseks.

    Ultraheli kastanahk suletud torude ja viaalide intensiivseks ultrahelitöötluseks steriilse DNA killustumise jaoks.

    Infonõue




    Pange tähele, et meie Privaatsuspoliitika.


    Sonikaatorid automatiseeritud süsteemides – Lihtne integratsioon

    Hielscheri ultraheliatoreid saab brauseri juhtimise kaudu kaugjuhtida. Ultrahelitöötlusparameetreid saab jälgida ja kohandada täpselt protsessi nõuetele.Hielscheri sonikaatoreid saab integreerida automatiseeritud süsteemidesse. Avatud võrguliidese ja programmeerimisfunktsioonidega sobivad automatiseerimiseks Hielscheri sonikaatorid. Integreerimine automatiseerimise ja robootikaga võimaldab genoomiproovide suure läbilaskevõimega töötlemist, hõlbustades suuremahulisi uuringuid ja isikupärastatud meditsiinialgatusi. Võimalus integreerida oma sonikaator automatiseeritud proovide ettevalmistamise süsteemi optimeerib proovide käitlemist ja tagab tõhusa, reprodutseeritava ja ohutu proovide töötlemise mitmesugustes rakendustes ja proovitüüpides.

    Miks Hielscher Ultrasonics?

    • kõrge efektiivsusega
    • Tipptasemel tehnoloogia
    • usaldusväärsus & stabiilsus
    • reguleeritav, täpne protsessi juhtimine
    • partii & järjekorras
    • mis tahes mahu puhul
    • intelligentne tarkvara
    • nutikad funktsioonid (nt programmeeritavad, andmeprotokollid, kaugjuhtimispult)
    • Lihtne ja ohutu tegutseda
    • Madal hooldus
    • CIP (puhas koht)

    Disain, tootmine ja nõustamine – Kvaliteet Valmistatud Saksamaal

    Hielscheri ultrasonikaatorid on tuntud oma kõrgeimate kvaliteedi- ja disainistandardite poolest. Vastupidavus ja lihtne kasutamine võimaldavad meie ultrasonikaatorite sujuvat integreerimist tööstusrajatistesse. Karmid tingimused ja nõudlikud keskkonnad on Hielscheri ultrasonikaatorite poolt kergesti käsitsetavad.

    Hielscher Ultrasonics on ISO sertifitseeritud ettevõte ja paneb erilist rõhku suure jõudlusega ultrasonikaatoritele, millel on tipptasemel tehnoloogia ja kasutajasõbralikkus. Loomulikult on Hielscheri ultrasonikaatorid CE-nõuetele vastavad ja vastavad UL, CSA ja RoHs nõuetele.

    Allolev tabel annab teile ülevaate meie labori ultrasonikaatorite ligikaudsest töötlemisvõimsusest, mis sobivad ideaalselt proovide ettevalmistamise ülesanneteks, nagu DNA ja RNA killustumine, rakkude lüüs, samuti DNA ja valgu eraldamine:

    Seade Võimsus [W] Tüüp Maht [ml]
    Led, mida sa ei pea booking.com-i külastajaid vastu 400 mikroplaatide puhul 6 – 3456 kaevu
    VialTweeter 200 kuni 10 viaalile pluss klambri võimalus 0.5 – 1.5
    UP50H 50 Probe-tüüpi 0.01 – 250
    UP100H 100 Probe-tüüpi 0.01 – 500
    Uf200 ः t 200 Probe-tüüpi 0.1 – 1000
    UP200St 200 Probe-tüüpi 0.1 – 1000
    UP400St 400 Probe-tüüpi 5.0 – 2000
    CupHorn 200 CupHorn, sonoreactor 10 – 200
    GDmini2 200 saastevaba voolukamber

    Võta meiega ühendust! / Küsi meiega!

    Küsige lisateavet

    Palun kasutage allolevat vormi, et taotleda lisateavet ultraheli protsessorite, rakenduste ja hinna kohta. Meil on hea meel arutada teie protsessi teiega ja pakkuda teile ultraheli süsteemi, mis vastab teie nõuetele!









    Palun pange tähele, et meie Privaatsuspoliitika.


    See videoklipp näitab Hielscheri ultraheli homogenisaatorit UP100H, ultrasonikaatorit, mida kasutatakse laialdaselt proovide ettevalmistamiseks laborites.

    Ultraheli homogenisaator UP100H

    Video pisipilt



    Korduma kippuvad küsimused genoomika ja ultrahelitöötluse kohta

    Siit leiate vastused kõige sagedamini esitatavale küsimusele, kui tegemist on ultraheliuuringute ja genoomiuuringutega.

    Mida ultrahelitöötlus DNA-le?

    Sonikatsioon purustab DNA väiksemateks fragmentideks, rakendades kõrgsageduslikke helilaineid, mis tekitavad mehaanilisi jõude, põhjustades DNA ahelate purunemist juhuslikes punktides. Ultrahelitöötluse intensiivsuse reguleerimine võimaldab luua suuremaid või väiksemaid DNA fragmente sõltuvalt järgneva töötlemise ja analüüsi nõuetest.

    Mis on DNA killustumise ultrahelitöötluse protokoll?

    Tüüpiline DNA killustumise ultrahelitöötluse protokoll hõlmab ultraheli lainete rakendamist DNA proovidele puhverlahuses lühikeste purunemiste seeria jaoks, millele järgneb jahutamisintervall, et vältida proovi kuumutamist. Sellised parameetrid nagu amplituud, kestus ja tsükli arv optimeeritakse vastavalt proovi tüübile ja soovitud fragmendi suurusele.

    Kuidas ultrahelitöötlus toimib DNA lõikamiseks?

    DNA lõikamise ultrahelitöötlus hõlmab kontrollitud mehaaniliste jõudude rakendamist DNA molekulidele ultraheli lainete abil. Need jõud häirivad vesiniksidemeid ja muid DNA ahelaid koos hoidvaid koostoimeid, mille tulemuseks on juhuslikud purunemised ja DNA killustumine väiksemateks tükkideks.

    Kui kaua peaksite DNA-proove sonikeerima?

    DNA proovide ultrahelitöötluse kestus sõltub sellistest teguritest nagu proovi maht, kontsentratsioon ja soovitud fragmendi suurus. Tavaliselt viiakse ultrahelitöötlus läbi lühikeste purunemiste korral, mis ulatuvad mõnest sekundist kuni mitme minutini, jahutusintervallidega, et vältida proovi ülekuumenemist.

    Mis on parim sonikaator DNA eraldamiseks?

    Parima sonikaatori valik DNA eraldamiseks sõltub sellistest teguritest nagu proovi maht, läbilaskevõime ja soovitud fragmendi suurus. Mõned populaarsed valikud hõlmavad Hielscheri UIP400MTP plaadisonikaatorit, VialTweeterit, CupHorni ja ultraheli sondi UP100H. Need sonikaatorid pakuvad täpset kontrolli ultrahelitöötluse parameetrite üle ja sobivad erinevateks DNA isoleerimise rakendusteks uurimislaborites.

    Mis on genoomika?

    Genoomika on bioloogia multidistsiplinaarne haru, mis süveneb genoomide täieliku koostise, funktsioonide, evolutsiooni, kaardistamise ja muutmise mõistmisse. Genoom hõlmab kogu organismi DNA-d, mis koosneb nii selle geenidest kui ka nende keerukast kolmemõõtmelisest organisatsioonist. Erinevalt geneetikast, mis keskendub üksikutele geenidele ja nende pärimismustritele, on genoomika eesmärk iseloomustada ja kvantifitseerida põhjalikult kõiki organismis olevaid geene, selgitades nende koostoimeid ja mõju organismile tervikuna. Geenidel on keskne roll valkude sünteesi suunamisel, mida hõlbustavad ensüümid ja messengeri molekulid. Need valgud omakorda moodustavad elundite ja kudede struktuurikomponendid, reguleerivad biokeemilisi protsesse ja hõlbustavad rakkudevahelist suhtlust. Genoomika hõlmab tervete genoomide sekveneerimist ja analüüsi, kasutades suure läbilaskevõimega DNA sekveneerimise tehnikaid ja bioinformaatika vahendeid genoomide struktuuri ja funktsioonide dešifreerimiseks tervikuna.
    Genoomika on organismi kogu geneetilise materjali, sealhulgas selle DNA järjestuse, organisatsiooni, funktsiooni ja variatsiooni uurimine. See hõlmab geenide analüüsi, nende koostoimeid ja nende mõju tunnustele ja käitumisele. Genoomiuuringud hõlmavad erinevaid tehnikaid ja lähenemisviise genoomide struktuuri ja funktsiooni mõistmiseks, samuti nende rolli mõistmiseks tervises, haigustes, evolutsioonis ja muudes bioloogilistes protsessides.

    Genoomiuuringute eesmärk on:

    • Järjestuse genoomid: See hõlmab nukleotiidide (A, T, C ja G) järjekorra määramist organismi DNA-s. See võib olla kogu genoom või konkreetsed huvipakkuvad piirkonnad.
    • Analüüsige geneetilist variatsiooni: Genoomiuuringud uurivad DNA järjestuste erinevusi üksikisikute või populatsioonide vahel, mis võib anda ülevaate haiguste, tunnuste ja evolutsiooniprotsesside geneetilisest alusest.
    • Funktsionaalne genoomika: See väli uurib, kuidas geenid toimivad ning suhtlevad omavahel ja keskkonnaga. See hõlmab transkriptoomikat (geeniekspressiooni uuring), proteoomikat (valkude uurimine) ja metaboloomikat (metaboliitide uurimine).
    • Võrdlev genoomika: Võrreldes erinevate liikide genoome, saavad teadlased avastada evolutsioonilisi seoseid, tuvastada säilinud piirkondi ja mõista bioloogilise mitmekesisuse geneetilist alust.
    • Meditsiiniline genoomika: Genoomiuuringud meditsiinis keskenduvad haiguste geneetilise aluse mõistmisele, haigusriski prognoosimisele ning isikupärastatud ravimeetodite ja sekkumiste väljatöötamisele.

    Genoomiuuringud on toonud kaasa märkimisväärseid edusamme sellistes valdkondades nagu meditsiin, põllumajandus, evolutsioonibioloogia ja biotehnoloogia, aidates kaasa meie arusaamisele elust molekulaarsel tasandil ning parandades inimeste tervist ja heaolu.

    Kirjandus/viited


    Suure jõudlusega ultraheli! Hielscheri tootevalik hõlmab kogu spektrit kompaktsest labori ultraheliaatorist pink-top üksuste üle täistööstuslike ultrahelisüsteemideni.

    Hielscher Ultrasonics toodab suure jõudlusega ultraheli homogenisaatoreid Lab et tööstuslik suurus.


    Meil on hea meel arutada teie protsessi.

    Võtame ühendust.