Ultraheli DNA fragmenteerimine järgmise gen sekveneerimise jaoks

Järgmise põlvkonna sekveneerimine (NGS) nõuab genoomilise DNA usaldusväärset tükeldamist ja killustumist, et järjestada genoomilisi DNA ahelaid ja luua genoomiteeke. DNA kontrollitud killustatus DNA fragmentideks on oluline proovi ettevalmistamise etapp, mis on vajalik enne DNA järjestamist. Ultraheli on osutunud tõhusaks ja usaldusväärseks tehnikaks teatud pikkusega DNA fragmendimiseks. Ultraheli DNA fragmendimise protokollid saavutavad reprodutseeritavaid killustatuse tulemusi. Hielscheri ultrasonikaatorid on võimelised tootma laia valikut genoomilisi DNA fragmentide suuruse jaotusi, mis on täpselt kontrollitavad tööparameetrite kaudu. Kuna Hielscheri ultraheli DNA nihkesüsteemid on saadaval nii ühe kui ka mitme viaali ja mikroplaatide jaoks, muutub proovi ettevalmistamine väga tõhusaks.

Infonõue




Pange tähele, et meie Privaatsuspoliitika.


Ultrasonic DNA fragmentation is frequently used as sample preparation step in Next Generation Sequencing (NGS)

E. coli EDL933 genoomse DNA elektroforeesianalüüsid, mida oli ultraheliga seostatud 0 - 15 minutiga. L näitab DNA ladderit. (Basselet jt, 2008)

Ultraheli DNA killustatuse eelised

  • korratavad / reprodutseeritavad tulemused
  • täpselt reguleeritav, et saada teatud killu pikkus
  • Kiire töötlemine
  • järjepidevad DNA fragmendimise tulemused
  • seadmed mis tahes proovimahu jaoks (nt mitu viaali või mikroplaati)
  • suur läbilaskevõime
  • täpne temperatuuri reguleerimine
  • lihtne ja kasutajasõbralik töö

Järgmise põlvkonna sekveneerimine: ultraheli DNA fragmenteerimine raamatukogu ettevalmistamiseks

Järgmise põlvkonna järjestuse läbiviimiseks tuleb teha (1) raamatukogu ettevalmistamise, 2) järjestuse ja 3) andmeanalüüsi kolm põhietappi. Raamatukogu ettevalmistamise ajal on DNA killustatud, seejärel parandatakse (lihvitakse) fragmendi otsad, lisades ühe adenoide aluse ja sihtfragmendid teisendatakse kahekordseks DNA-ks. Lõpuks on niinimetatud adapterid kinnitatud sideme, PCR-i või sildistamisega, nii et lõplikku teegi DNA-toodet saab sekveneerimiseks kvantifitseerida.
DNA fragmenteerimine ultrahelitöötluse abil: Eriti kui lühiloetavad sekveneerimistehnoloogiad, nagu Illumina, mis ei suuda pikemaid DNA fragmente kergesti lugeda, tuleb DNA-d killustada teatud suuruseni, mida on võimalik ultraheliga usaldusväärselt saavutada.
Ultraheli saab usaldusväärselt kasutada DNA, RNA ja kromatiini killustatuse jaoks.

Kuidas ultraheli DNA fragmenteerimine toimib?

Ultrahelitöötlus, tuntud ka kui akustiliste proovide töötlemine, on laialdaselt kasutatav meetod DNA fragmendimiseks. Ultraheli DNA nihke jaoks puutuvad proovid kontrollitud seisundis kokku ultraheli lainetega. Ultraheli DNA killustatuse tööpõhimõte põhineb ultraheli lainete tekitatud vibratsioonil ja kavitatsioonil. Ultraheli (akustilisest) kavitatsioonist tulenevad nihkejõud purustavad suure molekulmassiga DNA molekulid. Ultrahelitöötluse seadistamine, nagu intensiivsus (amplituud, kestus), pulsatsioonirežiim ja temperatuur, võimaldavad täpset DNA killustumist teatud DNA fragmentide soovitud pikkuseni. Kuigi DNA-d vähendatakse sageli ultraheliuuringu abil 100 kuni 600 bp-ni, võib kergemate ultraheli tingimuste rakendamisel saada pikemaid DNA fragmente kuni 1300 bp.

Ultrasonic homogenizers are reliable for DNA shearing

Ultraheli DNA nihke ChIP ajal – Kromatiini immuunsadestamine
Kohandatud Jkwchuist CC-BY-SA.03 alusel

Temperatuuri reguleerimine DNA lagunemise vältimiseks

DNA kaheahelaline molekulaarne kuju on kõrgendatud temperatuuri suhtes väga tundlik, nii et täpne kontroll temperatuuri üle proovi ettevalmistamise etapis on usaldusväärsete analüüsitulemuste oluline tegur.
Kas kasutate Hielscheri sondi ultrasonikaatoreid, VialTweeter või UIP400MTP – pidev temperatuuri jälgimine ja juhtimine on tagatud ühendatava temperatuurianduri ja nutiseadme tarkvara tõttu. Temperatuuri säilitamiseks teatud vahemikus saate määrata ülemise ja alumise temperatuuripiiri. Järelikult peatub ultrasonikaator niipea, kui see temperatuuripiir on ületatud, ja jätkab automaatselt sonicate, kui temperatuur on langenud seatud ∆T võrra.
Hielscheri ultrasonikaatorite keerukas tarkvara tagab ideaalsete näidisravi tingimuste usaldusväärse hoolduse.

Massiproovi DNA fragmenteerimine UIP400MTP multi-well plaadi ultrasonikaatoriga

Ultrasonic Multi-Sample Preparation Unit UIP400MTP for multi-well plate sonicationViimase kümne aasta jooksul on valimite arv bioteaduses märkimisväärselt kasvanud. See tähendab, et väga suurt hulka proove (nt 384, 1536 või 3456 kaevu mikroplaadi kohta) tuleb töödelda proovi ettevalmistamine ja analüüsimine järjekindlalt võrdsetel tingimustel, et saada võrreldavaid ja kehtivaid tulemusi. UIP400MTP-ga järgib Hielscher Ultrasonics massiproovide töötlemise trendi. UIP400MTP on ultraheliator proovide valmistamiseks mikroplaatide abil. UIP400MTP saab töödelda plaate 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 või 3456 kaevudega. Sõltuvalt mikroplaadi tüübist võib iga kaev tavaliselt hoida proovimahte kümnete nanoliitrite ja mitme milliliitri vahel. Laialdaselt kasutatakse bioteaduste uuringutes UIP400MTP-d väga sageli proovide ettevalmistamiseks enne teste, nagu ELISA (ensüümiga seotud immunosorbentanalüüs) või PCR, enne valguanalüüsi, samuti kromatiini valmistamiseks enne CHiP ja CHiP-seq, histone modifitseerimise tuvastamist ja muid analüütilisi ravimeetodeid (nt geelelektroforees, massispektromeetria).

VialTweeter kuni 10 viaali proovi praparatsiooniks

Täielik VialTweeter seadistamine: VialTweeter sonotrode ultraheli protsessoril UP200StVialTweeter on laialdaselt kasutatav labori ultrasonikaator VialTweeter, mis võimaldab samaaegselt kuni 10 viaali efektiivset ja mugavat ultrahelitöötlust. Kuna viaalid ja katseklaasid (nt Eppendorfi viaalid, krüoviaalid, tsentrifuugitorud) sonicated kaudselt, välditakse ristsaastumist. Kuna igale proovile edastatakse sama ultraheli intensiivsus, on kõik ultrahelitöötluse tulemused homogeensed ja reprodutseeritavad. VialTweeter pakub kõiki nutikaid funktsioone, nagu meie teised digitaalsed seadmed (nt nutikas menüü, programmeeritavad seaded, temperatuuri juhtimine, kaugjuhtimine jne), et tagada suurim kasutajamugavus.

Microwelli plaatide mitme sõrmega sondid

4 probe heads or 4 sonotrodes for simultaneous sonication of 4 samples at the same intensity with the Hielscher 200 watts ultrasonicator models UP200ST and UP200HTSaadaval ultraheli sondi homogenisaatorid UP200Ht ja UP200St, mitme sõrmega sondid 4 või 8 sõrmega on mugav võimalus sonicate mitu proovi samal ajal samadel tingimustel. Näiteks sonotrode MTP-24-8-96 on kaheksa sõrme sond, mis sobib ideaalselt automaatsetesse süsteemidesse integreerimiseks või mitmekaevuliste plaatide kaevude tõhusaks käsitsi prooviettevalmistamiseks. Mitme sõrmega sonotrode sobib ideaalselt laboritele, kus töödeldakse enamasti keeduklaase ja katseklaase, kasutades standardset ultraheli sonotrode. Mitme sõrmega ja standardseid sonde saab mõne minuti jooksul kiiresti muuta, muutes ühe sondi ultrasonikaatori mitme sondi ultraheli häirijaks.

Infonõue




Pange tähele, et meie Privaatsuspoliitika.


Hielscheri ultrasonikaatorid DNA fragmenteerimiseks

Hielscher Ultrasonics pakub erinevaid ultrahelipõhiseid platvorme DNA, RNA ja kromatiini killustatuse jaoks. Nende erinevate platvormide hulka kuuluvad ultraheli sondid (sonotroodid), kaudsed ultrahelitöötluslahendused mitme toru või mitmekaevuliste plaatide (nt 96-kaevuplaadid, mikrotiterplaadid), sonorektooride ja ultraheli tasside samaaegseks ettevalmistamiseks. Kõik DNA nihke platvormid töötavad sagedusega häälestatud, suure jõudlusega ultraheli protsessoritega, mis on täpselt kontrollitavad ja annavad reprodutseeritavaid tulemusi.

Ultraheli protsessorid mis tahes proovi numbri ja suuruse jaoks

Hielscheri mitme proovi ultrasonikaatoritega VialTweeter (kuni 10 katseklaasi) ja UIP400MTP (mikroplaatide/ multiwell plaatide jaoks) on lihtne vähendada proovide töötlemise aega intensiivse ja täpselt kontrollitava ultraheliuuringu tõttu, saades samal ajal soovitud DNA fragmendi suuruse jaotuse ja saagise. Ultraheli DNA fragmenteerimine muudab proovi ettevalmistamise tõhusaks, usaldusväärseks ja skaleeritavaks. Protokolle saab lineaarselt skaleerida ühest kuni arvukate proovideni, rakendades pidevalt kontrollitud ultraheli.
Ühe kuni viie sõrmega sondi ultrasonikaatorid sobivad ideaalselt väiksemate proovinumbrite valmistamiseks. Hielscheri laboratoorsed ultrasonikaatorid on saadaval erineva suurusega, nii et saame soovitada teile ideaalset seadet teie rakenduse ja nõuete jaoks.

täpne protsessi juhtimine

Hielscher ultrasonicators can be remotely controlled via browser control. Sonication parameters can be monitored and adjusted precisely to the process requirements.Täpselt kontrollitavad ultrahelitöötlusseaded on üliolulised, kuna ammendav ultrahelitöötlus võib hävitada DNA, RNA ja kromatiini, kuid ebapiisav ultraheli nihke tulemuseks on liiga pikad DNA ja kromatiini fragmendid. Hielscheri digitaalseid ultrasonikaatoreid saab kergesti seadistada täpse ultrahelitöötluse parameetrile. Spetsiifilisi ultrahelitöötlussätteid saab salvestada ka programmeeritud sättena sama protseduuri kiireks kordamiseks.
Kogu ultrahelitöötlus protokollitakse automaatselt ja salvestatakse CSV-failina sisseehitatud SD-kaardile. See võimaldab tehtud katsete täpset dokumenteerimist ja võimaldab ultrahelitöötluse toiminguid hõlpsalt läbi vaadata.
Brauseri kaugjuhtimispuldi kaudu saab kõiki digitaalseid ultrasonikaatoreid kasutada ja jälgida mis tahes standardse brauseri kaudu. Täiendava tarkvara installimine ei ole vajalik, kuna LAN-ühendus võimaldab väga lihtsat plug-n-play seadistust.

Kõrgeim kasutajasõbralikkus ultraheli proovi valmistamisel

Kõik Hielscheri ultrasonikaatorid on mõeldud suure jõudlusega ultraheli pakkumiseks, olles samal ajal alati väga kasutajasõbralikud ja kergesti töötavad. Kõik seaded on hästi struktureeritud selges menüüs, millele pääseb hõlpsasti juurde värvilise puuteekraani või brauseri kaugjuhtimispuldi kaudu. Programmeeritavate seadistuste ja automaatse andmesalvestusega nutikas tarkvara tagab optimaalsed ultrahelitöötlusseaded usaldusväärsete ja reprodutseeritavate tulemuste saavutamiseks. Puhas ja hõlpsasti kasutatav menüüliides muudab Hielscheri ultrasonikaatorid kasutajasõbralikeks ja tõhusateks seadmeteks.
Alljärgnev tabel annab teile märku meie labori ultrasonikaatorite ligikaudsest töötlemisvõimsusest, mis sobivad ideaalselt proovide ettevalmistamiseks, nagu DNA ja RNA fragmenteerumine, rakkude lüüs ja valgu ekstraheerimine:

Seade Võimsus [W] Tüüp Maht [ml]
Led, mida sa ei pea booking.com-i külastajaid vastu 400 mikroplaatide puhul 6 – 3456 kaevu
VialTweeter 200 kuni 10 viaalile pluss klambri võimalus 0.5 – 1.5
UP50H 50 Probe-tüüpi 0.01 – 250
UP100H 100 Probe-tüüpi 0.01 – 500
Uf200 ः t 200 Probe-tüüpi 0.1 – 1000
UP200St 200 Probe-tüüpi 0.1 – 1000
UP400St 400 Probe-tüüpi 5.0 – 2000
CupHorn 200 CupHorn, sonoreactor 10 – 200
GDmini2 200 saastevaba voolukamber

Võta meiega ühendust! / Küsi meiega!

Küsige lisateavet

Palun kasutage allolevat vormi, et küsida lisateavet ultraheli protsessorite, rakenduste ja hinna kohta. Meil on hea meel arutada teie protsessi teiega ja pakkuda teile ultraheli süsteem, mis vastab teie vajadustele!









Palun pange tähele, et meie Privaatsuspoliitika.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

Ultraheli mitmeprooviline ettevalmistusseade VialTweeter võimaldab samaaegset ultrahelitöötlust kuni 10 viaali. Mis klamber-on seade VialPress, kuni 4 täiendavat torud saab vajutada ees intensiivne ultrahelitöötlus.


Sonotrode MTP-24-8-96 on kaheksa ultraheli sondid ultraheli töötluse kaevud mikrotiiter plaadid.

Sonotrode MTP-24-8-96 on kaheksa ultraheli sondid ultraheli töötluse kaevud mikrotiiter plaadid.



Kirjandus/viited

Faktid Tasub teada

Mis on järgmise põlvkonna järjestamine?

Järgmise põlvkonna sekveneerimine, ka Next Gen Sequencing (NGS), suure läbilaskevõimega järjestamine või teise põlvkonna järjestamine, viitab massiivse paralleelse järjestuse lähenemisviisile, kus väga suured (massiivsed) miljonite fragmentide DNA kogused järjestatakse samaaegselt paralleelselt jooksu kohta.
Järgmise põlvkonna järjestuse läbiviimiseks tuleb teha (1) raamatukogu ettevalmistamise, 2) järjestuse ja 3) andmeanalüüsi kolm põhietappi. Raamatukogu ettevalmistamise ajal tuleb DNA ahelad killustada teatud pikkusega DNA fragmentideks. Ultrahelitöötlus on üks eelistatud tehnikaid DNA fragmendimiseks.
DNA sekveneerimise käigus nukleotiidide järjekord DNA-s – tuntud kui nukleiinhappe järjestus – määratakse. Nukleiinhappe järjestus koosneb neljast nukleotiidalusest – adeniin, tsütosiin, guaniin, tüümiin – millist koodi teabe saamiseks.
Järgmise põlvkonna sekveneerimine juhib teadusuuringuid bioteaduses ja personaalmeditsiinis, kuna DNA ja RNA sekveneerimist kasutatakse suurel määral genoomilistes uuringutes, vähiuuringutes, haruldaste ja komplekssete haiguste uurimises, mikroobide uuringutes, põllumajandusgenoomikas ja paljudes teistes uurimisvaldkondades.

Järgmise põlvkonna järjestamine vs Mangeri järjestamine

Kuigi järgmise põlvkonna sekveneerimise (NGS) abil on võimalik järjestada tohutul hulgal genoomilisi proove, on Sanger Sequencing (tuntud ka kui ahela lõpetamise meetod või esimese põlvkonna sekveneerimine) võimeline järjestama ainult väikeseid valiminumbreid. Sanger sekveneerimine järjestab korraga ainult ühe DNA fragmendi ja seda saab saavutada ühe päevaga. Tänu oma aktuaalsusele peetakse Sangeri järjestuseks ka kuldstandardtehnoloogiat, mida kasutatakse järgmise põlvkonna järjestuse abil saadud tulemuste kontrollimiseks.
Mangeri sekveneerimisel saavutatakse lugemispikkus ligikaudu 800bp (tavaliselt 500-600bp rikastamata DNA-ga). Sanger'i järjestuse pikemad lugemispikkused näitavad märkimisväärseid eeliseid võrreldes teiste sekveneerimismeetoditega, eriti genoomi korduvate piirkondade järjestamisel. Lühiloetavate järjestuse andmete probleem on eriti probleem uute genoomide (de novo) järjestamisel ja väga ümberkorraldatud genoomisegmentide järjestamisel, tavaliselt need, mida täheldatakse vähi genoomides või struktuuriliste variatsioonidega kromosoomide piirkondades. [cp. Morozova ja Marra, 2008]


High performance ultrasonics! Hielscher's product range covers the full spectrum from the compact lab ultrasonicator over bench-top units to full-industrial ultrasonic systems.

Hielscher Ultrasonics toodab suure jõudlusega ultraheli homogenisaatoreid Lab et tööstuslik suurus.