Protokol for dyrkning og frigørelse af Staphylococcus-biofilm
Standardiserede metoder er afgørende for pålidelige forskningsresultater. Her finder du en protokol for dyrkning og frigørelse af stafylokokbiofilm. Denne protokol fokuserer på effektiviseret prøveforberedelse med høj prøvekapacitet ved hjælp af sonikatoren UIP400MTP til multibrøndsplader til effektiv frigørelse af biofilm i 96-brøndsplader med høj prøvekapacitet. Protokollen indeholder også centrale trin til dyrkning, vask og visualisering af biofilm med fokus på at minimere variation og sikre reproducerbarhed.
Forskning i Staphylococcus-biofilm og antibiotika
Staphylococcus-biofilm spiller en afgørende rolle ved vedvarende infektioner på grund af deres modstandsdygtighed over for antibiotika og immunreaktioner. Biofilmdannelse giver bakterier et beskyttende miljø, hvilket gør infektioner vanskelige at behandle. Forskning i biofilm fokuserer ofte på at forstå deres dannelse, adfærd og følsomhed over for antimikrobielle midler med vægt på metoder med høj prøvekapacitet, der effektiviserer forsøgsarbejdsgange.
Sonikatoren UIP400MTP til multibrøndsplader giver en væsentlig fordel i biofilmforskningen ved at muliggøre hurtig og effektiv frigørelse af biofilm fra 96-brøndsplader. Dette apparat tilfører ensartet ultralydsenergi til alle brønde, hvilket sikrer konsistente resultater og samtidig minimerer variation.
Protokol for dyrkning og frigørelse af Staphylococcus-biofilm
Nedenfor guider vi dig trin for trin gennem processen med at dyrke og frigøre en Staphylococcus-biofilm. Som eksempel på et analytisk trin viser vi dig, hvordan du kvantificerer den dyrkede biomasse spektrofotometrisk ved hjælp af krystalvioletfarvning.
Dyrkning af Staphylococcus-biofilm
Nødvendige materialer:
- Sterile, fladbundede 96-brønds mikrotiterplader af polystyren med låg, overfladebehandlet til vævskultur
- Tryptisk sojabouillon (TSB) med 0,25% glukose
- Biologisk sikkerhedskabinet
Trin:
- Klargør et sterilt arbejdsmiljø i et biologisk sikkerhedskabinet for at minimere kontaminering.
- Tilsæt TSB med 0,25% glukose til mikrotiterpladens brønde. TSB uden glukose understøtter generelt ikke biofilmdannelse og bør kun bruges som kontrol, hvis det er nødvendigt.
- Inokulér brøndene med bakteriestammer, der er klargjort som beskrevet nedenfor:
- Klargør bakteriesuspensioner, og sørg for, at der ikke er eksisterende celleansamlinger, ved at homogenisere suspensionerne ved hjælp af sonikering eller ved at bryde ansamlingerne op med en 23-gauge nål og kortvarig vortexblanding.
- Luk pladen med dens låg, og inkubér under optimale betingelser for biofilmdannelse (f.eks. ved 37°C i 24 timer).
- Udfør forsøget i triplikat for hver bakteriestamme (tre brønde pr. stamme) for at sikre pålidelighed.
- Afsæt seks brønde pr. plade til negative kontroller. Op til 30 stammer kan testes pr. 96-brøndsplade.
Visualisering og vask af biofilm
- Kassér forsigtigt mediet efter inkubation for at undgå at forstyrre biofilmen.
- Vask hver brønd fire gange med fysiologisk saltvand for at fjerne planktoniske bakterier.
- Undersøg bunden af brøndene for hvide områder, som tyder på tilstedeværelse af biofilm.
Frigørelse af biofilm ved hjælp af sonikatoren UIP400MTP til multibrøndsplader
Opsætning af apparatet og parametre:
- Sonikator UIP400MTP til multibrøndsplader
- Driftsindstillinger: 60% amplitude, cyklustilstand med 60 sekunder TIL / 30 sekunder FRA
Trin:
- Placér den vaskede mikrotiterplade på platformen på UIP400MTP.
- Sonikér prøverne med de anbefalede indstillinger (60% amplitude, 60 sekunder TIL, 30 sekunder FRA). Tilpas indstillingerne til bakteriestammen.
- Start sonikeringen for at frigøre biofilmen. Ultralydsbølgerne bryder biofilmmatricen op, hvorved de adhærente bakterier frigøres.
- UIP400MTP sikrer ensartet eksponering i alle brønde, så der opnås konsistente resultater ved frigørelsen.
Analytisk trin: Kvantificering af frigjort Staphylococcus-biofilmbiomasse ved hjælp af krystalviolet (CV)
Nødvendige materialer:
- 0,1% krystalvioletopløsning (CV)
- 95% ethanol eller 30% eddikesyre (til opløsning)
- Mikropladelæser, der kan måle ved 570 nm
- Sterile mikrotiterplader til farvning
Trin:
- Klargøring af farvningspladen: Overfør 100 µL af suspensionen af frigjort biofilm fra hver brønd i den sonikerede plade til de tilsvarende brønde i en ren, steril 96-brønds mikrotiterplade. Dette sikrer et rent og ensartet miljø til farvningen.
- Farvning af den frigjorte biofilm: Tilsæt 150 µL 0,1% krystalvioletopløsning til hver brønd, der indeholder suspensionen af frigjort biofilm. Pipettér forsigtigt for at sikre ensartet blanding af biofilmsuspensionen og krystalviolet.
- Inkubation: Lad pladen inkubere ved stuetemperatur i 15 minutter, så krystalviolet kan farve biomassen effektivt.
- Vask: Kassér efter inkubation forsigtigt krystalvioletopløsningen fra brøndene uden at forstyrre biomassen. Vask hver brønd tre gange med sterilt fysiologisk saltvand for at fjerne ubundet farvestof.
- Tørring: Lad pladen lufttørre ved stuetemperatur eller i en steril luftstrømsbænk. Undgå opvarmning, da dette kan ændre resultaterne.
- Opløsning: Tilsæt 200 µL 95% ethanol (eller 30% eddikesyre, afhængigt af laboratoriets standardpraksis) til hver brønd for at opløse det bundne krystalviolet. Bland forsigtigt ved at pipettere eller ryste pladen i 10 minutter ved stuetemperatur.
- Måling: Mål den optiske densitet (OD) af opløsningen med det opløste krystalviolet ved 570 nm ved hjælp af en mikropladelæser.
- Dataanalyse: Træk den gennemsnitlige OD570-værdi for de negative kontroller (brønde med TSB, men uden bakterieinokulum) fra værdierne for forsøgsbrøndene for at korrigere for baggrundsfarvning. Registrér og analysér dataene.
Bemærk: Udfør forsøget i triplikat for hver betingelse for at sikre reproducerbarhed. Sørg for korrekt håndtering af krystalviolet og ethanol, og følg sikkerheds- og bortskaffelsesprocedurerne.
De vigtigste fordele ved UIP400MTP i overblik:
- Behandling med høj prøvekapacitet: Designet specifikt til multibrøndsplader, så du kan behandle flere prøver samtidigt.
- Ensartet ultralydsfordeling: Sikrer samme ultralydsintensitet i alle brønde og giver dermed konsistente resultater for alle prøver.
- Brug enhver standardplade: UIP400MTP kan håndtere alle standardmultibrøndsplader, petriskåle og rørstativer. Der kræves ingen dyre proprietære plader!
- Brugervenlig grænseflade: Nem at sætte op og styre, hvilket gør den til et fremragende værktøj til at øge laboratoriets produktivitet. Programmerbare indstillinger og automatisering letter standardiseringen af processer!
Frigørelse af biofilm med høj prøvekapacitet med sonikatoren UIP400MTP til 96-brøndsplader
Litteratur / Referencer
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
Ofte stillede spørgsmål
Hvad er ekstracellulære polymere stoffer (EPS)?
Ekstracellulære polymere stoffer (EPS) er en kompleks blanding af biopolymerer, som primært består af polysakkarider, proteiner, nukleinsyrer og lipider, der udskilles af mikroorganismer i biofilm. EPS danner en beskyttende matrix, som omslutter det mikrobielle samfund, giver strukturel integritet, formidler adhæsion til overflader og beskytter cellerne mod miljømæssige belastninger, herunder antibiotika og immunreaktioner.
Hvad menes der med planktoniske bakterier?
Planktoniske bakterier er fritsvævende, encellede mikroorganismer, der findes i suspension, eksempelvis i flydende kultur eller kropsvæsker, frem for at være fastgjort til overflader eller danne strukturerede samfund som biofilm.
Hvad er forskellen mellem biofilm og planktoniske bakterier?
Den vigtigste forskel mellem biofilm og planktoniske bakterier ligger i deres organisering. Biofilm er strukturerede bakteriesamfund, der er fastgjort til overflader og indlejret i en matrix af ekstracellulære polymere stoffer (EPS), mens planktoniske bakterier er fritsvævende og mangler denne strukturelle organisering.
Er bakterier i biofilm vanskeligere at behandle med antibiotika end planktoniske bakterier?
Bakterier i biofilm er betydeligt vanskeligere at behandle med antibiotika end planktoniske bakterier. Biofilmmatricen fungerer som en fysisk barriere, og bakterierne i den udviser ændrede metaboliske tilstande og øget modstandsdygtighed over for stress, hvilket bidrager til at reducere antibiotikas virkning.
Kan biofilm dræbes af antibiotika?
Biofilm kan undertiden udryddes med antibiotika, men det er vanskeligt. Effektiv behandling kræver ofte høje antibiotikakoncentrationer, specifikke kombinationer eller supplerende behandlinger, da EPS-matricen og bakteriernes resistensmekanismer beskytter biofilmen.
Er Staphylococcus adhærente bakterier?
Staphylococcus-bakterier er velkendte for deres evne til at adhærere. De hæfter sig let til overflader og danner biofilm, især på medicinsk udstyr eller værtsvæv, hvilket gør dem til en væsentlig årsag til vedvarende infektioner.
Hvilke typer Staphylococcus-bakterier findes der?
Staphylococcus-bakterier omfatter flere typer, hvoraf de mest fremtrædende er Staphylococcus aureus og Staphylococcus epidermidis. S. aureus er patogen og kan forårsage alvorlige infektioner, mens S. epidermidis ofte forbindes med biofilmrelaterede infektioner på medicinsk udstyr.
Hvad er krystalviolet?
Krystalviolet er et basisk farvestof, der almindeligvis bruges til at farve biologiske materialer. Inden for mikrobiologi bruges det til at vurdere biofilmdannelse ved at farve biomassen, som derefter kan kvantificeres spektrofotometrisk.
Hielscher Ultrasonics fremstiller højtydende ultralydshomogenisatorer fra laboratoriestørrelse til industristørrelse.


