Proteomske raziskave – Zakaj je zvočni zvočnik nepogrešljiv za pripravo vzorca
Proteomske raziskave dajejo globok vpogled v celično biologijo in razširjajo naše razumevanje bioloških sistemov z omogočanjem celovite analize beljakovin in njihovih funkcij. Osrednjega pomena za uspeh proteomskih študij je priprava visokokakovostnih vzorcev, ki pogosto vključuje kompleksno in delovno intenzivno pripravo vzorcev. Sonication je dobro uveljavljeno in močno orodje za pripravo vzorcev, ki ponuja številne prednosti pred tradicionalnimi metodami. Različni modeli sonikatorjev, kot so sondni zvočniki, VialTweeter in UIP400MTP visoko zmogljiv ploščni sonikator, ponujajo edinstvene prednosti pri obdelavi proteomskih vzorcev in utirajo pot zanesljivim, ponovljivim rezultatom raziskav.
Zakaj potrebujem sonikator za svoje proteomske raziskave?
Na področju proteomskih raziskav potreba po sonikatorju izhaja iz kritičnega pomena doseganja visokokakovostnih vzorcev za analizo. Uporaba ultrazvočne razbijanje v proteomskih raziskavah je bistvenega pomena za doseganje zanesljivih in ponovljivih rezultatov z zagotavljanjem učinkovite lize celic, izboljšane ekstrakcije beljakovin, homogenizacije kompleksnih vzorcev, olajšane encimske prebave, zmanjšanja kontaminacije vzorca in visoko zmogljivih zmogljivosti obdelave.
Pomen priprave vzorcev v proteomiki: Doseganje zanesljivih in ponovljivih rezultatov v proteomskih poskusih je odvisno od natančne priprave vzorca. Od lize celic do ekstrakcije in čiščenja beljakovin je treba vsak korak natančno izvesti, da se zmanjšajo artefakti in zagotovi celovitost vzorca. Vendar pa konvencionalne metode, kot so mehanske motnje in kemična liza, pogosto ne dosegajo želenih rezultatov zaradi težav, kot so nepopolna ekstrakcija, razgradnja beljakovin in kontaminacija vzorca.
Visoko zmogljiv sonikator UIP400MTP za pripravo vzorcev v proteomiki
Ultrasonication: spreminjalec igre pri pripravi proteomskih vzorcev
Ultrasonication, proces uporabe visokofrekvenčnih zvočnih valov za motenje bioloških vzorcev, se je pojavil kot sprememba igre pri pripravi proteomskih vzorcev. Z izkoriščanjem moči akustične energije zvočni aparati olajšajo hitro in učinkovito lizo celic, ekstrakcijo beljakovin in encimsko prebavo, kar vodi do večjih donosov in izboljšane čistosti vzorca.
Naloge priprave vzorcev, ki jih omogoča ultrazvočno razbijanje
- Liza celic in ekstrakcija beljakovin: Sonicatorji so zaradi svoje vsestranskosti in natančnosti idealni za lizo celic in ekstrakcijo beljakovin. Z zagotavljanjem nadzorovanih izbruhov ultrazvočne energije sonikatorji učinkovito motijo celične membrane in sproščajo znotrajcelične beljakovine, ne da bi pri tem ogrozili njihovo celovitost. To je še posebej dragoceno v proteomskih študijah, ki zahtevajo nedotaknjene proteinske strukture za analizo nadaljnjih tokov, kot so študije interakcije med beljakovinami in proteini in strukturna proteomika.
- Visoko zmogljiva obdelava vzorcev: Zvočni zvočnik UIP400MTP plošče ponuja neprimerljivo učinkovitost pri visoko zmogljivi obdelavi proteomskih vzorcev. Z izkoriščanjem ultrazvočne energije v obliki plošče z več vdolbinicami UIP400MTP omogoča hkratno ultrazvočno razbijanje več vzorcev, kar drastično zmanjša čas obdelave in stroške dela. To je še posebej koristno pri obsežnih proteomskih študijah, ki zahtevajo hiter pregled knjižnic vzorcev ali visoko prepustnost vzorcev za odkrivanje in validacijo biomarkerjev.
- Povečani donos po obarjanju beljakovin: Obarjanje beljakovin se običajno uporablja pri nadaljnji obdelavi bioloških vzorcev, da se beljakovine koncentrirajo in očistijo iz različnih onesnaževalcev. Sonication se je izkazal kot učinkovita tehnika za resuspenzijo za povečanje vsebnosti beljakovin, ko so trikloroocetna kislina (TCA) oborila beljakovine, ki so bile nato sonikirane. Sonikacija vzorcev po obarjanju TCA, ki mu sledi elucija v pufru vzorca, poveča skupno izkoristek beljakovin in izboljša obnovljivost in ujemajoča razmerja.
- Homogenizacija vzorca in pufersko mešanje: Sonication olajša homogenizacijo vzorcev, raztapljanje celic in mešanje pufrov v proteomiki.
VialTweeter sonicator za sočasno ultrazvočno razbijanje do 10 vzorcev, npr. za motečenje celic in ekstrakcijo beljakovin
Najboljši zvočnik za moje proteomske vzorce
Hielscher Ultrasonics ponuja različne modele sonikatorjev, katerih zasnova omogoča idealno pripravo vzorcev.
Ne glede na to, ali morate sonikirati majhno ali visoko število vzorcev, minutne ali velike količine – Hielscher ima najprimernejši sonikator za vašo aplikacijo, povezano z beljakovinami.
Viale in čaše – Sonicator tipa sonde: Klasični sondni sonikator se pogosto uporablja kot laboratorijski homogenizator za manjše število vzorcev, ko se poskušajo posamezni vzorci v vialah ali čašah. Laboratorijski homogenizatorji UP50H ali UP100H z mikro konico so tipični sondni / rogovi za ultrazvočno obdelavo vzorca.
Plošče z 96 jamicami/mikrotitarske plošče – The UIP400MTP Plate-Sonicator: Z naraščajočim številom vzorcev in uporabo večvodnic in mikroplošč z 96, 384 ali 1536 vdolbinicami, UIP400MTP visokozmogljiv ploščni sonikator omogoča racionalizirano sočasno ultrazvočno razbijanje in mešanje več vzorcev, kar zagotavlja nežno, a učinkovito izolacijo beljakovin ter temeljito mešanje in enakomerno disperzijo reagentov. To je še posebej koristno pri proteomskih poskusih, ki vključujejo kompleksne vzorčne matrike ali priprave več vzorcev, kjer je homogenost ključnega pomena za natančne in ponovljive rezultate.
do 10 vial – The VialTweeter: Če delate z več vialami, kot so Eppendorfove epruvete hkrati, je VialTweeter orodje po vaši izbiri. VialTweeter ponuja edinstveno zasnovo, ki omogoča sonikiranje do 10 zaprtih vial ali epruvet hkrati. Navzkrižni kontaminaciji in onesnaženju po zraku se popolnoma izognemo.
Več vial ali posameznih posod – The CupHorn: UP200St_TD-Cuphorn je zmogljiv zvočni zvočnik, ki vam omogoča, da z držalom za vialo hkrati obdelate več vial ali pa posamezno posodo namestite v vodno kopel CupHorn.
Tukaj smo, da vam pomagamo
Naše tehnično osebje je strokovnjak za ultrazvok in dobro podkovano pri priporočilu najprimernejšega sonikatorja, ki izpolnjuje vaše zahteve in vaše raziskave spremeni v uspeh. Ker so sonikatorji postali nepogrešljiva orodja v proteomskih raziskavah, ki ponujajo neprimerljivo učinkovitost, vsestranskost in ponovljivost pri pripravi vzorcev, Hielscher zagotavlja, da je ultrazvočno razbijanje najbolj učinkovito in zanesljivo, saj vam zagotavlja popoln model sonicatorja. Od lize celic do ekstrakcije beljakovin in naprej, ultrazvočna razširitev prehiteva tradicionalne metode in omogoča raziskovalcem, da premikajo meje proteomske znanosti. Ker se proteomske raziskave še naprej razvijajo, so sonikatorji glavno orodje za pripravo vzorcev, ki prispevajo k zanesljivim rezultatom in pomagajo razumeti zapleten svet beljakovin in njihovih funkcij.
- visoka učinkovitost
- Visoka zmogljivost
- Najsodobnejša tehnologija
- Ponovljivi, ponovljivi rezultati
- Zanesljivost & Robustnosti
- nastavljiv, natančen nadzor procesa
- za čaše, viale, epruvete, mikroplošče
- za poljubno količino vzorca
- Inteligentna programska oprema
- pametne funkcije (npr. programabilno, podatkovno protokoliranje, daljinski upravljalnik)
- enostaven in varen za uporabo
- nizko vzdrževanje
- CIP (čiščenje na mestu)
Projektiranje, izdelava in svetovanje – Kakovost izdelana v Nemčiji
Hielscher ultrazvočni aparati so znani po svojih najvišjih standardih kakovosti in oblikovanja. Robustnost in enostavno upravljanje omogočata nemoteno integracijo naših ultrazvočnih aparatov v industrijske objekte. Težke pogoje in zahtevna okolja zlahka obvladajo Hielscher ultrasonicatorji.
Hielscher Ultrasonics je podjetje s certifikatom ISO in daje poseben poudarek visoko zmogljivim ultrazvočnim aparatom z najsodobnejšo tehnologijo in prijaznostjo do uporabnika. Seveda so Hielscher ultrazvočni aparati skladni s CE in izpolnjujejo zahteve UL, CSA in RoHs.
Spodnja tabela vam prikazuje približno zmogljivost obdelave naših laboratorijskih ultrazvočnih aparatov, ki so idealni za naloge priprave vzorcev, kot so fragmentacija DNA in RNA, liza celic ter izolacija DNA in beljakovin:
| Naprava | Moč [W] | Vrsta | Prostornina [ml] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | za mikroplošče | 6 – 3456 vodnjakov | VialTweeter | 200 | za do 10 vial in možnost vpenjanja | 0.5 – 1.5 |
| UP50H | 50 | Tip sonde | 0.01 – 250 |
| UP100H | 100 | Tip sonde | 0.01 – 500 |
| UP200Ht | 200 | Tip sonde | 0.1 – 1000 |
| UP200St | 200 | Tip sonde | 0.1 – 1000 |
| UP400St | 400 | Tip sonde | 5.0 – 2000 |
| Cuphorn | 200 | CupHorn, sonoreaktor | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | pretočna celica brez kontaminacije |
Kontaktirajte nas! / Vprašajte nas!
Ultrazvočni CupHorn za sočasno, zelo učinkovito pripravo vzorcev več vzorcev pod enakimi pogoji za izolacijo beljakovin in fragmentacijo DNK.
Informativni pregledi – Hielscher Sonicator modeli za proteomiko
Pogosto zastavljena vprašanja v zvezi z ultrazvočnim razbijanjem in proteomiko
Ali lahko ultrazvočno razbijanje prekine disulfidne vezi?
Sonication pri visoki moči lahko med ekstrakcijo beljakovin prekine kovalentne vezi. Vendar, ko se ultrazvočno razbijanje izvaja na nadzorovanih ravneh moči, ki se ujemajo z vzorci. Ulrasonication ne bo povzročil prekinitve disulfidnih vezi. Zato je tako pomemben natančen nadzor nad ultrazvočnimi procesnimi parametri, kot so amplituda, moč, čas in temperatura. Hielscher sonicatorji vam dajejo popoln nadzor nad temi parametri.
Ali lahko ultrazvočno razbijanje prekine peptidne vezi?
Sonication je učinkovita metoda za izboljšanje raztapljanja peptidov z razdrobljenjem trdnih peptidov na manjše delce. Če pa peptidna raztopina po sonikaciji kaže gelacijo, motnost ali prisotnost vidnih flokulatov, kaže na nepopolno raztapljanje, pri čemer je peptid le suspendiran v matrici raztopine.
V takih primerih se pojavi potreba po močnejšem topilu, da se doseže popolno raztapljanje. Če raztapljanje vztraja kot izziv, lahko liofilizirate in odstranite hlapno pufersko raztopino. Nato ta posušen vzorec omogoča raziskovanje alternativnih topil za spodbujanje topnosti peptidov in tako omogoča identifikacijo optimalnega sistema topil.
Literatura / Reference
- Lindemann C, Lupilova N, Müller A, Warscheid B, Meyer HE, Kuhlmann K, Eisenacher M, Leichert LI. (2013): Redox proteomics uncovers peroxynitrite-sensitive proteins that help Escherichia coli to overcome nitrosative stress. Journal of Biological Chemistry 288(27); 2013. 19698-714.
- Andreas Hofmann, Bertran Gerrits, Alexander Schmidt, Thomas Bock, Damaris Bausch-Fluck, Rudolf Aebersold, Bernd Wollscheid (2010): Proteomic cell surface phenotyping of differentiating acute myeloid leukemia cells.
Blood, Volume 116, Issue 13; 2010. e26-e34. - Fernandes, Luz; Santos, Hugo; Nunes-Miranda, J.; Lodeiro, Carlos; Capelo, Jose (2011): Ultrasonic Enhanced Applications in Proteomics Workflows: single probe versus multiprobe. Journal of Integrated OMICS 2011.
- Fic, E., Kedracka-Krok, S., Jankowska, U., Pirog, A. and Dziedzicka-Wasylewska, M. (2010): Comparison of protein precipitation methods for various rat brain structures prior to proteomic analysis. Electrophoresis, 31; 2020. 3573-3579.
- Manadas B.J., Vougas K., Fountoulakis M., Duarte C.B. (2006): Sample sonication after trichloroacetic acid precipitation increases protein recovery from cultured hippocampal neurons, and improves resolution and reproducibility in two-dimensional gel electrophoresis. Electrophoresis 27(9); 2006. 1825-1831.
- Pooreydy, B., Jafari, M., Tajik, F., Karimi, M., Rezaei-Tavirani, M., Ghassempour, A., Rezadoost, H., & Khodabandeh, M. (2013): Organelle Isolation for Proteomics: Mitochondria from Peripheral Blood Mononuclear Cells. Archives of Advances in Biosciences 4, 2013.
Hielscher Ultrasonics proizvaja visoko zmogljive ultrazvočne homogenizatorje iz laboratorij k industrijska velikost.