अगले जनरल अनुक्रमण के लिए अल्ट्रासोनिक डीएनए विखंडन

अगली पीढ़ी अनुक्रमण (NGS) के लिए जीनोमिक डीएनए किस्में अनुक्रम और जीनोम पुस्तकालयों बनाने के लिए विश्वसनीय बाल्द्रण और जीनोम डीएनए के विखंडन की आवश्यकता है । डीएनए के टुकड़ों में डीएनए का नियंत्रित विखंडन डीएनए अनुक्रम से पहले आवश्यक एक आवश्यक नमूना तैयारी कदम है । अल्ट्रासोनिकेशन कुछ लंबाई के डीएनए विखंडन के लिए कुशल और विश्वसनीय तकनीक के रूप में साबित होता है। अल्ट्रासोनिक डीएनए विखंडन प्रोटोकॉल प्रजनन विखंडन परिणाम प्राप्त करते हैं। Hielscher अल्ट्रासोनिकेटर जीनोमिक डीएनए टुकड़ा आकार वितरण की एक विस्तृत श्रृंखला का उत्पादन करने में सक्षम हैं, ठीक ऑपरेटिंग मापदंडों के माध्यम से नियंत्रणीय । चूंकि Hielscher अल्ट्रासोनिक डीएनए कतरनी सिस्टम एकल और कई शीशियों के साथ ही माइक्रोप्लेट के लिए उपलब्ध हैं, नमूना तैयारी अत्यधिक कुशल हो जाता है ।

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Ultrasonic DNA fragmentation is frequently used as sample preparation step in Next Generation Sequencing (NGS)

15 मिनट के ultrasonication - Electrophoretic ई कोलाई EDL933 के जीनोमिक डीएनए 0 के अधीन की विश्लेषण करती है। एल डीएनए सीढ़ी इंगित करता है। (Basselet एट अल। 2008)

अल्ट्रासोनिक डीएनए विखंडन के फायदे

  • दोहराने योग्य/प्रजनन योग्य परिणाम
  • कुछ टुकड़ा लंबाई प्राप्त करने के लिए ठीक समायोज्य
  • द्रुत संसाधन
  • लगातार डीएनए विखंडन परिणाम
  • किसी भी नमूना मात्रा के लिए उपकरण (उदाहरण के लिए, कई शीशियां या माइक्रोप्लेट)
  • ऊंची-ऊंचीपुट
  • सटीक तापमान नियंत्रण
  • सरल, उपयोगकर्ता के अनुकूल ऑपरेशन

अगली पीढ़ी अनुक्रमण: अल्ट्रासोनिक डीएनए विखंडन पुस्तकालय की तैयारी के लिए

अगली पीढ़ी के अनुक्रमण को पूरा करने के लिए, (1) पुस्तकालय तैयारी, (2) अनुक्रमण, और (3) डेटा विश्लेषण के तीन बुनियादी चरण किए जाने चाहिए। पुस्तकालय की तैयारी के दौरान, डीएनए खंडित हो जाता है, फिर टुकड़े को एक ही एडेनाइन आधार जोड़कर (पॉलिश) की मरम्मत की जाती है और लक्ष्य के टुकड़ों को डबल-फंसे डीएनए में परिवर्तित कर दिया जाता है। अंत में तथाकथित एडाप्टर लिगेशन, पीसीआर या टैगमेंटेशन से जुड़े होते हैं ताकि अंतिम पुस्तकालय डीएनए उत्पाद को अनुक्रमण के लिए मात्रात्मक किया जा सके।
सोनिकेशन का उपयोग कर डीएनए विखंडन: विशेष रूप से जब Illumina, जो अब डीएनए टुकड़े आसानी से नहीं पढ़ सकते है के रूप में कम पढ़ा अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों, डीएनए खड़ा एक निश्चित आकार है जो अल्ट्रासोनिकेशन द्वारा मज़बूती से प्राप्त किया जा सकता है के लिए खंडित किया जाना चाहिए ।
अल्ट्रासोनिकेशन का उपयोग डीएनए, आरएनए और क्रोमेटिन विखंडन के लिए मज़बूती से किया जा सकता है।

अल्ट्रासोनिक डीएनए विखंडन कैसे काम करता है?

सोनीशन, जिसे ध्वनिक नमूना प्रसंस्करण के रूप में भी जाना जाता है, डीएनए को खंडित करने के लिए एक व्यापक रूप से उपयोग की जाने वाली विधि है। अल्ट्रासोनिक डीएनए बाल कतरनी के लिए, नमूनों को नियंत्रित हालत में अल्ट्रासोनिक तरंगों के संपर्क में हैं । अल्ट्रासोनिक डीएनए विखंडन का कार्य सिद्धांत अल्ट्रासाउंड तरंगों द्वारा उत्पन्न कंपन और कैविटेशन पर आधारित है। अल्ट्रासोनिक (ध्वनिक) कैविटेशन से उत्पन्न कतरनी ताकतें उच्च आणविक वजन डीएनए अणुओं को तोड़ती हैं। तीव्रता (आयाम, अवधि), स्पंदन मोड और तापमान जैसे सोनीशन की स्थापना डीएनए टुकड़ों की एक निश्चित वांछित लंबाई के लिए सटीक डीएनए विखंडन के लिए अनुमति देते हैं। जबकि डीएनए अक्सर अल्ट्रासोनिकेशन का उपयोग करके 100 से 600 बीपी तक कम हो जाता है, 1300 बीपी तक के लंबे डीएनए टुकड़े तब प्राप्त किए जा सकते हैं जब मामूली अल्ट्रासोनिक स्थितियां लागू होती हैं।

Ultrasonic homogenizers are reliable for DNA shearing

अल्ट्रासोनिक डीएनए ChIP के दौरान कतरनी – क्रोमेटिन प्रतिरक्षक अवक्षेपण
सीसी-बाय-एसए.03 के तहत जेकेडब्ल्यूचुई से अनुकूलित

डीएनए क्षरण को रोकने के लिए तापमान नियंत्रण

डीएनए के दोहरे फंसे आणविक आकार ऊंचा तापमान के प्रति अत्यधिक संवेदनशील है ताकि नमूना तैयारी चरणों के दौरान तापमान पर सटीक नियंत्रण विश्वसनीय विश्लेषण परिणामों के लिए एक महत्वपूर्ण कारक है ।
चाहे आप Hielscher की जांच अल्ट्रासोनिकेटर, VialTweeter या UIP400MTP का उपयोग कर रहे हैं – एक प्लग करने योग्य तापमान सेंसर और स्मार्ट डिवाइस सॉफ्टवेयर के कारण निरंतर तापमान निगरानी और नियंत्रण सुनिश्चित किया जाता है। एक निश्चित सीमा के भीतर तापमान को बनाए रखने के लिए, आप एक ऊपरी और कम तापमान सीमा निर्धारित कर सकते हैं। नतीजतन, अल्ट्रासोनिकेटर इस तापमान की सीमा से अधिक होने के रूप में जल्द ही रुक जाएगा और स्वचालित रूप से जब तापमान एक सेट ∆T से कम हो गया है सोनीकेट करने के लिए जारी रहेगा ।
Hielscher अल्ट्रासोनिकेटर का परिष्कृत सॉफ्टवेयर आदर्श नमूना उपचार स्थितियों के विश्वसनीय रखरखाव को सुनिश्चित करता है।

यूआईपी 400एमटीपी मल्टी-वेल प्लेट अल्ट्रासोनिकेटर के साथ बड़े पैमाने पर नमूना डीएनए विखंडन

Ultrasonic Multi-Sample Preparation Unit UIP400MTP for multi-well plate sonicationजीवन विज्ञान में नमूना संख्या पिछले एक दशक के भीतर काफी वृद्धि हुई है । इसका मतलब यह है कि तुलनात्मक और वैध परिणाम प्राप्त करने के लिए नमूनों की बहुत अधिक संख्या (उदाहरण के लिए, 384, 1536, या प्रति माइक्रोप्लेट 3456 कुएं) को लगातार समान परिस्थितियों में नमूना प्रस्तुत करने और विश्लेषण के दौरान संसाधित किया जाना चाहिए। UIP400MTP के साथ, Hielscher Ultrasonics बड़े पैमाने पर नमूना प्रसंस्करण की प्रवृत्ति का पालन कर रहा है । UIP400MTP माइक्रोप्लेट का उपयोग कर नमूना तैयार करने के लिए एक अल्ट्रासोनिकेटर है। UIP400MTP 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536, या 3456 कुओं के साथ प्लेटों की प्रक्रिया कर सकते हैं। माइक्रोप्लेट प्रकार के आधार पर, प्रत्येक अच्छी तरह से आम तौर पर नैनोलीटर के दसियों के बीच कई मिलीलीटर के बीच नमूना मात्रा पकड़ कर सकते हैं । जीवन विज्ञान अनुसंधान में व्यापक रूप से उपयोग किया जाता है, UIP400MTP का उपयोग आमतौर पर प्रोटीन एनालिटिक्स से पहले एलिसा (एंजाइम से जुड़े इम्यूनोसोर्ब्रेंट परख) या पीसीआर जैसे परख से पहले नमूना तैयार करने के लिए किया जाता है, साथ ही साथ सीआईपी और सीआईपी-सेक्यू, हिस्टोन संशोधन पहचान, और अन्य विश्लेषणात्मक उपचार (जैसे ग् त्रेमेट्री) से पहले क्रोमेटिन तैयारी के लिए भी उपयोग किया जाता है।

10 पायलों तक के सैंपल प्रपारेषण के लिए VialTweeter

पूरा VialTweeter स्थापना: अल्ट्रासोनिक प्रोसेसर पर VialTweeter sonotrode UP200StVialTweeter एक व्यापक रूप से उपयोग की जाने वाली प्रयोगशाला अल्ट्रासोनिकेटर VialTweeter है जो एक साथ 10 शीशियों तक के प्रभावी और आरामदायक सोनीटेशन के लिए अनुमति देता है। चूंकि शीशियों और टेस्ट ट्यूब (जैसे, एपेंडोर्फ शीशियों, क्रायो शीशियों, अपकेंद्रित्र ट्यूब) को अप्रत्यक्ष रूप से सोनिकेट किया जाता है, इसलिए किसी भी क्रॉस-संदूषण से बचा जाता है। जैसा कि प्रत्येक नमूने में एक ही अल्ट्रासाउंड तीव्रता वितरित की जाती है, सभी सोनीशन परिणाम सजातीय और प्रजनन योग्य होते हैं। VialTweeter हमारे अन्य डिजिटल उपकरणों (जैसे, स्मार्ट मेनू, प्रोग्राम करने योग्य सेटिंग्स, तापमान नियंत्रण, रिमोट कंट्रोल आदि) जैसे सभी स्मार्ट फीचर्स प्रदान करता है ताकि उच्चतम उपयोगकर्ता-आराम सुनिश्चित किया जा सके।

माइक्रोवेल प्लेटों के लिए मल्टी-फिंगर प्रोब

4 probe heads or 4 sonotrodes for simultaneous sonication of 4 samples at the same intensity with the Hielscher 200 watts ultrasonicator models UP200ST and UP200HTअल्ट्रासोनिक जांच समरूपों के लिए उपलब्ध होमोजेनाइजर्स UP200Ht और UP200St, 4 या 8 उंगलियों के साथ बहु-उंगली जांच एक ही शर्तों के तहत एक ही समय में कई नमूने को सोनीकेट करने के लिए एक आरामदायक विकल्प हैं। उदाहरण के लिए, सोनोट्रोड एमटीपी-24-8-96 एक आठ उंगली जांच है, जो स्वचालित प्रणालियों में एकीकरण या बहु-अच्छी प्लेटों के कुओं के कुशल मैनुअल नमूना तैयार करने के लिए आदर्श है। मल्टी-फिंगर सोनोट्रॉड प्रयोगशालाओं के लिए स्वचालित के लिए आदर्श है, जहां ज्यादातर बीकर्स और टेस्ट ट्यूब एक मानक अल्ट्रासोनिक सोनोट्रॉड का उपयोग करके संसाधित किए जाते हैं। बहु-उंगली और मानक जांच को कुछ ही मिनटों के भीतर तेजी से अंतर-परिवर्तित किया जा सकता है, जो एकल-जांच अल्ट्रासोनिक बाधित में एकल-जांच अल्ट्रासोनिकेटर को बदल सकता है।

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डीएनए विखंडन के लिए Hielscher Ultrasonicators

Hielscher Ultrasonics डीएनए, आरएनए, और क्रोमेटिन विखंडन के लिए विभिन्न अल्ट्रासाउंड आधारित प्लेटफार्मों प्रदान करता है। इन विभिन्न प्लेटफार्मों में अल्ट्रासोनिक प्रोब्स (सोनोटोड्स), कई ट्यूबों या मल्टी-वेल प्लेटों (जैसे, 96-वेल प्लेट्स, माइक्रोटिटर प्लेट्स), सोनोरिएक्टर और अल्ट्रासोनिक कपहॉर्न के एक साथ नमूना तैयार करने के लिए अप्रत्यक्ष सोनीशन समाधान शामिल हैं। डीएनए कतरनी के लिए सभी प्लेटफार्मों आवृत्ति देखते, उच्च प्रदर्शन अल्ट्रासोनिक प्रोसेसर, जो ठीक नियंत्रणीय है और प्रजनन योग्य परिणाम देने के द्वारा संचालित कर रहे हैं ।

किसी भी नमूना संख्या और आकार के लिए अल्ट्रासोनिक प्रोसेसर

Hielscher के बहु नमूना अल्ट्रासोनिकेटर्स VialTweeter (10 टेस्ट ट्यूबों के लिए) और UIP400MTP (माइक्रोप्लेट/मल्टीवेल प्लेटों के लिए) के साथ वांछित डीएनए खंड आकार वितरण और उपज प्राप्त करते हुए तीव्र और ठीक नियंत्रणीय अल्ट्रासोनिकेशन के कारण नमूना प्रसंस्करण समय को कम करना आसानी से संभव हो जाता है। अल्ट्रासोनिक डीएनए विखंडन नमूना तैयारी कुशल, विश्वसनीय और स्केलेबल बनाता है। प्रोटोकॉल लगातार नियंत्रित अल्ट्रासाउंड लागू करके एक से कई नमूनों के लिए पहुंचा जा सकता है।
एक से पांच उंगलियों के साथ जांच अल्ट्रासोनिकेटर छोटे नमूना संख्या की तैयारी के लिए आदर्श हैं। Hielscher की प्रयोगशाला अल्ट्रासोनिकेटर विभिन्न आकारों में उपलब्ध हैं ताकि हम आपको आपके आवेदन और आवश्यकताओं के लिए आदर्श डिवाइस की सिफारिश कर सकें।

सटीक प्रक्रिया नियंत्रण

Hielscher ultrasonicators can be remotely controlled via browser control. Sonication parameters can be monitored and adjusted precisely to the process requirements.ठीक नियंत्रणीय सोनीशन सेटिंग्स महत्वपूर्ण हैं क्योंकि संपूर्ण सोनिफिकेशन डीएनए, आरएनए और क्रोमेटिन को नष्ट कर सकता है, लेकिन अपर्याप्त अल्ट्रासोनिक कतरनी परिणाम बहुत लंबे डीएनए और क्रोमेटिन टुकड़ों में होते हैं। Hielscher के डिजिटल अल्ट्रासोनिकेटर आसानी से सटीक सोनीशन पैरामीटर के लिए सेट किया जा सकता है । एक ही प्रक्रिया की तेजी से पुनरावृत्ति के लिए प्रोग्राम की गई सेटिंग के रूप में विशिष्ट सोनीशन सेटिंग्स को भी सहेजा जा सकता है।
सभी सोनीशन स्वचालित रूप से एक अंतर्निहित एसडी कार्ड पर सीएसवी फ़ाइल के रूप में स्वचालित रूप से प्रोटोकॉल और संग्रहीत होते हैं। यह प्रदर्शन किए गए परीक्षणों के सटीक दस्तावेज के लिए अनुमति देता है और सोनीशन को आसानी से संशोधित करना संभव बनाता है।
ब्राउज़र रिमोट कंट्रोल के माध्यम से, सभी डिजिटल अल्ट्रासोनिकेटर को किसी भी मानक ब्राउज़र के माध्यम से संचालित और निगरानी की जा सकती है। अतिरिक्त सॉफ्टवेयर की स्थापना की आवश्यकता नहीं है, क्योंकि एक लैन कनेक्शन एक बहुत ही सरल प्लग-एन-प्ले सेटअप की अनुमति देता है।

अल्ट्रासोनिक नमूना तैयारी में उच्चतम उपयोगकर्ता-मैत्री

सभी Hielscher अल्ट्रासोनिकेटर उच्च प्रदर्शन अल्ट्रासाउंड देने के लिए डिज़ाइन किए गए हैं, जबकि एक ही समय में हमेशा बहुत उपयोगकर्ता के अनुकूल और आसानी से संचालित किया जा रहा है। सभी सेटिंग्स एक स्पष्ट मेनू में अच्छी तरह से संरचित हैं, जिन्हें रंगीन टच-डिस्प्ले या ब्राउज़र रिमोट कंट्रोल के माध्यम से आसानी से एक्सेस किया जा सकता है। प्रोग्राम करने योग्य सेटिंग्स और स्वचालित डेटा रिकॉर्डिंग के साथ स्मार्ट सॉफ्टवेयर विश्वसनीय और प्रजनन योग्य परिणामों के लिए इष्टतम सोनीशन सेटिंग्स सुनिश्चित करता है। स्वच्छ और उपयोग में आसान मेनू इंटरफ़ेस हाइल्चर अल्ट्रासोनिकेटर को उपयोगकर्ता के अनुकूल और कुशल उपकरणों में बदल देता है।
नीचे दी गई तालिका आपको हमारे लैब अल्ट्रासोनिकेटर्स की अनुमानित प्रसंस्करण क्षमता का संकेत देती है, जो डीएनए और आरएनए विखंडन, सेल लाइसिस के साथ-साथ प्रोटीन निष्कर्षण जैसे नमूना तैयारी कार्यों के लिए आदर्श हैं:

युक्ति पावर [W] प्रकार मात्रा [एमएल]
यूआईपी400एमटीपी 400 माइक्रोप्लेट के लिए 6 – 3456 कुएं
VialTweeter 200 अप करने के लिए 10 शीशियों प्लस क्लैंप-ऑन संभावना 0.5 – 1.5
UP50H 50 जांच-प्रकार 0.01 – 250
UP100H 100 जांच-प्रकार 0.01 – 500
UP200Ht 200 जांच-प्रकार 0.1 – 1000
UP200St 200 जांच-प्रकार 0.1 – 1000
UP400St 400 जांच-प्रकार 5.0 – 2000
कपहॉर्न 200 कपहॉर्न, सोनोरेक्टर 10 – 200
GDmini2 200 दूषित मुक्त प्रवाह सेल

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कृपया अल्ट्रासोनिक प्रोसेसर, अनुप्रयोगों और कीमत के बारे में अतिरिक्त जानकारी का अनुरोध करने के लिए नीचे दिए गए फॉर्म का उपयोग करें। हम आपके साथ आपकी प्रक्रिया पर चर्चा करने और आपकी आवश्यकताओं को पूरा करने के लिए एक अल्ट्रासोनिक सिस्टम पेश करने के लिए खुश होंगे!









कृपया ध्यान दें हमारे गोपनीयता नीति


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

अल्ट्रासोनिक मल्टी-सैंपल तैयारी इकाई VialTweeter 10 शीशियों तक के एक साथ सोनीकेशन के लिए अनुमति देता है। क्लैंप-ऑन डिवाइस VialPress के साथ, तीव्र सोनीफिकेशन के लिए सामने 4 अतिरिक्त ट्यूबों को दबाया जा सकता है।


सोनोट्रोड एमटीपी-24-8-96 में माइक्रोटिटर प्लेटों के कुओं के सोनिकेशन के लिए आठ अल्ट्रासोनिक जांच की गई है ।

सोनोट्रोड एमटीपी-24-8-96 में माइक्रोटिटर प्लेटों के कुओं के सोनिकेशन के लिए आठ अल्ट्रासोनिक जांच की गई है ।



साहित्य/संदर्भ

जानने के योग्य तथ्य

अगली पीढ़ी अनुक्रमण क्या है?

अगली पीढ़ी के अनुक्रमण, भी अगली पीढ़ी अनुक्रमण (NGS), उच्च थ्रूपुट अनुक्रमण या दूसरी पीढ़ी अनुक्रमण, बड़े पैमाने पर समानांतर अनुक्रम के दृष्टिकोण को संदर्भित करता है, जहां बहुत बड़ी (बड़े पैमाने पर) टुकड़े के डीएनए की मात्रा एक साथ समानांतर प्रति रन में अनुक्रमित कर रहे हैं ।
अगली पीढ़ी के अनुक्रमण को पूरा करने के लिए, (1) पुस्तकालय तैयारी, (2) अनुक्रमण, और (3) डेटा विश्लेषण के तीन बुनियादी चरण किए जाने चाहिए। पुस्तकालय की तैयारी के दौरान, डीएनए किस्में कुछ लंबाई के डीएनए टुकड़ों में खंडित किया जाना चाहिए । सोनीशन डीएनए को खंडित करने के लिए पसंदीदा तकनीक में से एक है।
डीएनए अनुक्रमण की प्रक्रिया के दौरान, डीएनए में न्यूक्लियोटाइड का क्रम – न्यूक्लिक एसिड अनुक्रम के रूप में जाना जाता है - निर्धारित किया जाता है। न्यूक्लियिक एसिड अनुक्रम चार न्यूक्लियोटाइड ठिकानों से बना है - एडेनिन, साइटोसाइन, ग्वानाइन, थाइमाइन – जानकारी के लिए कौन सा कोड।
अगली पीढ़ी के अनुक्रमण जीवन विज्ञान और व्यक्तिगत चिकित्सा में अनुसंधान चला रहा है क्योंकि डीएनए और आरएनए अनुक्रमण जीनोमिक अनुसंधान, कैंसर अनुसंधान, दुर्लभ और जटिल रोगों के अनुसंधान, माइक्रोबियल अनुसंधान, कृषि विज्ञान और कई अन्य अनुसंधान क्षेत्रों में भारी उपयोग किया जाता है।

नेक्स्ट जेनरेशन सीक्वेंसिंग बनाम सेंगर सीक्वेंसिंग

जबकि नेक्स्ट जेनरेशन सीक्वेंसिंग (एनजीएस) के साथ जीनोमिक नमूनों की भारी संख्या को अनुक्रम करना संभव है, सेंगर अनुक्रम (जिसे चेन टर्मिनेशन विधि या पहली पीढ़ी अनुक्रम के रूप में भी जाना जाता है) में केवल छोटे नमूना नंबरों को अनुक्रम करने की क्षमता है। Sanger अनुक्रमण केवल एक समय में एक डीएनए टुकड़ा दृश्यों और एक ही दिन में पूरा किया जा सकता है । इसकी एक्यूरेसी के कारण, सेंगर अनुक्रमण को स्वर्ण-मानक तकनीक भी माना जाता है, जिसका उपयोग अगली पीढ़ी के अनुक्रमण द्वारा प्राप्त परिणामों को सत्यापित करने के लिए किया जाता है।
सेंगर अनुक्रमण लगभग 800bp (आम तौर पर गैर समृद्ध डीएनए के साथ 500-600bp) की लंबाई को प्राप्त करता है। सेंगर अनुक्रमण में लंबी पढ़ी गई लंबाई विशेष रूप से जीनोम के दोहराव वाले क्षेत्रों के संदर्भ में अन्य अनुक्रमण विधियों पर महत्वपूर्ण लाभ प्रदर्शित करती है। कम पढ़े गए अनुक्रम डेटा की एक चुनौती विशेष रूप से नए जीनोम (डी नोवो) अनुक्रमण में और अत्यधिक पुनर्व्यवस्थित जीनोम खंडों को अनुक्रमित करने में एक मुद्दा है, आमतौर पर कैंसर जीनोम या गुणसूत्रों के क्षेत्रों में जो संरचनात्मक भिन्नता प्रदर्शित करते हैं। [सीपी मोरोजोवा और मार्रा, 2008]


High performance ultrasonics! Hielscher's product range covers the full spectrum from the compact lab ultrasonicator over bench-top units to full-industrial ultrasonic systems.

हिल्स्चर अल्ट्रासोनिक्स उच्च प्रदर्शन अल्ट्रासोनिक होमोजेनाइजर्स से बनाती है प्रयोगशाला सेवा मेरे औद्योगिक आकार।