Sonication के साथ SARS-CoV-2 कोरोनावायरस निष्क्रियता के लिए प्रोटोकॉल
Hielscher VialTweeter एक अद्वितीय अल्ट्रासोनिक बहु-नमूना तैयारी इकाई है, जिसका उपयोग कोरोनावायरस SARS-COV-2 को निष्क्रिय करने के लिए किया जाता है। VialTweeter एक साथ 10 नमूना शीशियों को तैयार करने की अनुमति देता है और इस तरह बड़े पैमाने पर नमूना प्रसंस्करण के लिए आदर्श इकाई है।
VialTweeter के साथ SARS-CoV-2 कोरोनावायरस की निष्क्रियता
लगानेवाला को हटाने के बाद, मोनोलेयर्स को फॉस्फेट-बफर खारा (पीबीएस) के साथ तीन बार धोया गया था, इससे पहले कि 1 एमएल एमईएम / 5% एफबीएस में कोशिकाओं को स्क्रैप किया जाए और सोनिकेटेड (3 × 10 सेकंड, 100% पावर और आयाम पर 10 सेकंड बंद) Hielscher अल्ट्रासोनिक प्रोसेसर का उपयोग करके UP200St VialTweeter के साथ संलग्नक। सुपरनेटेंट को 10 मिनट के लिए 3000 × ग्राम पर सेंट्रीफ्यूजिंग द्वारा स्पष्ट किया गया था। वेल्च एट अल (2) द्वारा SARS-CoV-2020 कोरोनावायरस निष्क्रियता के लिए यहां पूरा प्रोटोकॉल नीचे पढ़ें:
सेल और वायरस
वेरो ई 6 सेल (वेरो सी 1008; एटीसीसी सीआरएल -1586) को संशोधित ईगल के न्यूनतम आवश्यक माध्यम (एमईएम) में 10% (वी / वी) भ्रूण बछड़ा सीरम (एफसीएस) के साथ पूरक किया गया था। इस्तेमाल किया गया वायरस SARS-CoV-2 स्ट्रेन hCOV-19/England/2/2020 था, जिसे PHE द्वारा 29/01/2020 को यूके में पहले रोगी क्लस्टर से अलग किया गया था। यह वायरस मार्ग 1 पर प्राप्त किया गया था और मार्ग 2 या 3 पर निष्क्रियता अध्ययन के लिए उपयोग किया गया था।
SARS-CoV-2 निष्क्रियता के साथ-साथ अभिकर्मक साइटोटॉक्सिसिटी को हटाने के लिए उपयोग किए जाने वाले अभिकर्मकों और रसायनों के लिए, कृपया वेल्च एट अल (2020) की वैज्ञानिक रिपोर्ट देखें।
SARS-CoV-2 निष्क्रियता
वाणिज्यिक उत्पादों के लिए, वायरस की तैयारी (टिशू कल्चर तरल पदार्थ, टाइटर्स 1 से 10 × तक6 सेवा मेरे 1 × 108 एमएल) सांद्रता में अभिकर्मकों के साथ तीन प्रतियों में इलाज किया गया था और उपयोग के लिए निर्माताओं के निर्देशों में अनुशंसित संपर्क समय के लिए, जहां उपलब्ध हो, या विशेष रूप से परीक्षण प्रयोगशालाओं द्वारा अनुरोध किए गए सांद्रता और समय के लिए। जहां निर्माता द्वारा सांद्रता की एक श्रृंखला दी गई थी, नमूना के लिए उत्पाद का सबसे कम अनुपात परीक्षण किया गया था (यानी परीक्षण उत्पाद की सबसे कम अनुशंसित एकाग्रता)। नमूना परिवहन ट्यूब अभिकर्मकों अभिकर्मक के दस संस्करणों के लिए ऊतक संस्कृति तरल पदार्थ की एक मात्रा का एक अनुपात का उपयोग कर परीक्षण किया गया, जब तक कि अभिकर्मक के लिए नमूना तरल पदार्थ की मात्रा अनुपात निर्माता द्वारा निर्दिष्ट किया गया था. संकेतित समय के लिए संकेतित सांद्रता पर डिटर्जेंट, जुड़नार और सॉल्वैंट्स का परीक्षण किया गया था। सभी निष्क्रियता कदम परिवेश कमरे के तापमान (18 - 25 डिग्री सेल्सियस) पर किए गए थे। वैकल्पिक नमूना प्रकारों के परीक्षण के लिए, वायरस को 1: 9 के अनुपात में संकेतित नमूना मैट्रिक्स में नुकीला किया गया था, फिर ऊपर के रूप में परीक्षण अभिकर्मकों के साथ इलाज किया गया था। सभी प्रयोगों परीक्षण अभिकर्मक के स्थान पर पीबीएस के एक बराबर मात्रा के साथ तीन प्रतियों नियंत्रण नकली इलाज नमूने शामिल. आवश्यक संपर्क समय के तुरंत बाद, उपचारित नमूने के 1 एमएल को उचित रूप से चयनित निस्पंदन मैट्रिक्स का उपयोग करके संसाधित किया गया था। निष्क्रियता परीक्षण के लिए अभिकर्मक हटाने पियर्स 4mL डिटर्जेंट हटाने स्पिन कॉलम (थर्मो फिशर) का उपयोग कर एक बड़ा स्पिन स्तंभ प्रारूप में किया गया था, या खाली पियर्स 10mL क्षमता अपकेंद्रित्र कॉलम (थर्मो फिशर) SM2 जैव मोती के साथ भरकर, Sephacryl एस 400HR या Sephadex LH-20 4mL पैक मोती / राल देने के लिए. एमिकॉन फिल्टर का उपयोग करके शुद्धिकरण के लिए, 2 × 500μl नमूनों को पहले वर्णित विधि द्वारा दो केन्द्रापसारक फिल्टर का उपयोग करके शुद्ध किया गया था, फिर एक साथ पूल किया गया था। ग्लूटार्डाल्डिहाइड हटाने के साथ फॉर्मलाडेहाइड और फॉर्मलाडेहाइड के लिए, एक फिल्टर का उपयोग 1× 500μl नमूना मात्रा के साथ किया गया था, 500μl पीबीएस में प्रसंस्करण के बाद फिर से निलंबित कर दिया गया था, और 400ul MEM/5% FBS में जोड़ा गया था। संक्रमित की निष्क्रियता के लिए मोनोलेयर्स, 12.5 सेमी2 वेरो ई 6 कोशिकाओं के फ्लास्क (2.5 × 106 5% एफबीएस) एमओआई 0.001 पर संक्रमित थे और 37 डिग्री सेल्सियस / 5% सीओ पर इनक्यूबेट किए गए थे2 24 घंटे के लिए। सतह पर तैरनेवाला हटा दिया गया था, और कोशिकाओं को 15 या 60 मिनट के लिए कमरे के तापमान पर फॉर्मलाडेहाइड, या फॉर्मलाडेहाइड और ग्लूटार्डाल्डिहाइड के 5 एमएल का उपयोग करके तय किया गया था। लगानेवाला हटा दिया गया था, और monolayers 1mL MEM/5% FBS में कोशिकाओं scraping से पहले पीबीएस के साथ तीन बार धोया और sonicated (3 × 10 सेकंड पर, 100% शक्ति और आयाम पर 10 सेकंड) VialTweeter लगाव (Hielscher अल्ट्रासाउंड प्रौद्योगिकी) के साथ एक UP200St का उपयोग कर. सुपरनेटेंट को 10 मिनट के लिए 3000 × ग्राम पर सेंट्रीफ्यूजिंग द्वारा स्पष्ट किया गया था।
Hielscher VialTweeter के उपयोग सहित पूर्ण प्रोटोकॉल यहाँ पाया जा सकता है:
Welch, Stephen R.; Davies, Katherine A.; Buczkowski, Hubert; Hettiarachchi, Nipunadi; Green, Nicole; Arnold, Ulrike; Jones, Matthew; Hannah, Matthew J.; Evans, Reah; Burton, Christopher; Burton, Jane E.; Guiver, Malcolm; Cane, Patricia A.; Woodford, Neil; Bruce, Christine B.; Roberts, Allen D. G.; Killip, Marian J. (2020): Inactivation analysis of SARS-CoV-2 by specimen transport media, nucleic acid extraction reagents, detergents and fixatives. Journal of Clinical Microbiology. Accepted Manuscript Posted Online 24 August 2020.
- एक साथ 10 शीशियों तक का सोनिकेशन
- कोई क्रॉस-संदूषण नहीं
- कोई नमूना नुकसान नहीं
- स्वचालित डेटा रिकॉर्डिंग
- संचालित करने में आसान और सुरक्षित
परिष्कृत अल्ट्रासोनिक डिमेब्रेटर और सेल डिसरप्टर
बहु-नमूना अल्ट्रासोनिकेटर वायलट्वीटर जैविक, जैव रासायनिक और नैदानिक प्रयोगशालाओं में नमूना तैयार करने के लिए कई अल्ट्रासोनिक समाधानों में से एक है। Hielscher Ultrasonics आपके आवेदन के लिए आदर्श अल्ट्रासोनिक डिमेब्रेटर प्रदान करता है, जैसे सेल लाइसिस, सेल निष्कर्षण, ऊतक समरूपीकरण, लाइसेट घुलनशीलता, भंग, नमूना degassing आदि।
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साहित्य/सन्दर्भ
- Welch, Stephen R.; Davies, Katherine A.; Buczkowski, Hubert; Hettiarachchi, Nipunadi; Green, Nicole; Arnold, Ulrike; Jones, Matthew; Hannah, Matthew J.; Evans, Reah; Burton, Christopher; Burton, Jane E.; Guiver, Malcolm; Cane, Patricia A.; Woodford, Neil; Bruce, Christine B.; Roberts, Allen D. G.; Killip, Marian J. (2020): Inactivation analysis of SARS-CoV-2 by specimen transport media, nucleic acid extraction reagents, detergents and fixatives. Journal of Clinical Microbiology 58(11), 2020.
- Natacha S. Ogando; Tim J. Dalebout; Jessika C. Zevenhoven-Dobbe; Ronald W. Limpens; Yvonne van der Meer; Leon Caly; Julian Druce; Jutte J. C. de Vries; Marjolein Kikkert; Montserrat Bárcena; Igor Sidorov; Eric J. Snijder (2020): SARS-coronavirus-2 replication in Vero E6 cells: replication kinetics, rapid adaptation and cytopathology. bioRxiv posted 20 April 2020.
जानने के योग्य तथ्य
वेरो सेल क्या हैं?
वेरो ई 6, जिसे वेरो सी 1008 (एटीसीसी नं। CRL-1586) वेरो 76 से क्लोन सेल लाइन है और इसका उपयोग SARS-CoV और SARS-CoV-2 कोरोनावायरस के शोध में किया जाता है। वेरो कोशिकाएं सेल संस्कृतियों में उपयोग की जाने वाली कोशिकाओं का एक वंश हैं। 'वेरो'’ वंश को एक अफ्रीकी हरे बंदर (क्लोरोसेबस एसपी) से निकाले गए गुर्दे के उपकला कोशिकाओं से अलग किया गया था।
वेरो ई 6 कोशिकाएं कुछ संपर्क अवरोध दिखाती हैं, इसलिए वायरस के प्रसार के लिए उपयुक्त हैं जो धीरे-धीरे दोहराते हैं। वेरो ई 6 सेल लाइनों का उपयोग आमतौर पर कोरोनविर्यूज़ SARS-CoV और SARS-CoV-2 के साइटोपैथोलॉजी की जांच के लिए किया जाता है क्योंकि वेरो कोशिकाएं (अफ्रीकी हरी बंदर गुर्दे की कोशिकाएं) एंजियोटेंसिन-परिवर्तित एंजाइम 2 (ACE2) रिसेप्टर्स की प्रचुर अभिव्यक्ति प्रदर्शित करती हैं। ACE2 रिसेप्टर्स SARS-CoV-2 कोरोनावायरस के लिए एक प्रमुख डॉकिंग साइट हैं।
उदाहरण के लिए, Ogando et al. (2020) ने पाया कि SARS-CoV-2 – SARS-CoV की तुलना में – इंट्रासेल्युलर वायरल आरएनए के उच्च स्तर उत्पन्न हुए, लेकिन आश्चर्यजनक रूप से संस्कृति माध्यम से लगभग 50 गुना कम संक्रामक वायरल संतान बरामद की गई। इसके अलावा, उन्होंने निर्धारित किया कि कोरोनोवायरस प्रतिकृति (रेमेडिसविर, एलिस्पोरिविर और क्लोरोक्वीन) के तीन स्थापित अवरोधकों के लिए दो वायरस की संवेदनशीलता बहुत समान है, लेकिन यह कि SARS-CoV-2 संक्रमण पेगीलेटेड इंटरफेरॉन अल्फा के साथ कोशिकाओं के पूर्व-उपचार के लिए काफी अधिक संवेदनशील था। दो वायरस के बीच एक महत्वपूर्ण अंतर यह तथ्य है कि – वेरो ई 6 कोशिकाओं में गुजरने पर – SARS-CoV-2 स्पष्ट रूप से अपने स्पाइक प्रोटीन जीन में अनुकूली उत्परिवर्तन प्राप्त करने के लिए मजबूत चयन दबाव में है। ये उत्परिवर्तन S1 और S2 डोमेन को जोड़ने वाले क्षेत्र में एक ख्यात 'फ्यूरिन जैसी दरार साइट' को बदलते हैं या हटाते हैं और परिणामस्वरूप पट्टिका परख में एक बहुत ही प्रमुख फेनोटाइपिक परिवर्तन होता है।