बायोफिल्म और प्रोटिओमिक विश्लेषण में Hielscher मल्टी-सैंपल Sonicators का उपयोग करके प्रोटोकॉल

मल्टी-सैंपल सोनिकेटर का उपयोग, जैसे कि वायलट्वीटर मल्टी-ट्यूब सोनिकेटर और UIP400MTP माइक्रोप्लेट सोनिकेटर का उपयोग, उच्च-थ्रूपुट अनुप्रयोगों के लिए प्रयोगशाला वर्कफ़्लो को सुव्यवस्थित करता है। दोनों डिवाइस कई नमूनों में सटीक और समान अल्ट्रासोनिक प्रसंस्करण की अनुमति देते हैं, परिवर्तनशीलता को कम करते हैं और प्रजनन क्षमता को बढ़ाते हैं। यह लगातार नमूना lysis, बायोफिल्म टुकड़ी, प्रोटीन निष्कर्षण या प्रोटियोलिटिक पाचन, जहां मैनुअल या एकल नमूना तरीकों कम कुशल और असंगतता के लिए प्रवण हैं की आवश्यकता वाले प्रयोगों में विशेष रूप से फायदेमंद है.

मल्टी-सैंपल सोनिकेटर के साथ वर्कफ़्लोज़ को स्ट्रीमलाइन करें

उदाहरण के लिए, UIP400MTP माइक्रोप्लेट कुओं के एक साथ अल्ट्रासोनिक उपचार को सक्षम बनाता है, बायोफिल्म या सेलुलर सामग्री की समान टुकड़ी सुनिश्चित करता है। इस बीच, VialTweeter क्रॉस-संदूषण के बिना कई ट्यूब नमूनों के सटीक lysis और homogenization प्रदान करता है। ये सोनिकेटर प्रसंस्करण समय को काफी कम करते हैं, प्रयोगात्मक प्रजनन क्षमता में सुधार करते हैं, और उच्च नमूना अखंडता बनाए रखते हैं, जिससे उन्हें सूक्ष्म जीव विज्ञान, प्रोटिओमिक्स और आणविक जीव विज्ञान अनुसंधान में अपरिहार्य उपकरण मिलते हैं।
नीचे एक विस्तृत प्रोटोकॉल Hielscher बहु नमूना sonicator मॉडल के उपयोग उदाहरण है, VialTweeter मल्टी ट्यूब Sonicator और माइक्रोप्लेट Sonicator UIP400MTP, ई कोलाई बायोफिल्म गठन और बाद में प्रोटिओमिक विश्लेषण से जुड़े एक अध्ययन में.

प्रोटोकॉल: बायोफिल्म गठन, टुकड़ी, और Hielscher बहु नमूना Sonicators का उपयोग प्रोटिओमिक विश्लेषण

1. बैक्टीरियल संस्कृति तैयारी

• संस्कृति ई. कोलाई बैक्टीरिया (तनाव W3110) 30 डिग्री सेल्सियस पर, ई कोलाई बायोफिल्म गठन के लिए अनुकूल तापमान, ट्रिप्टोन शोरबा (टीबी) माध्यम में युक्त:
  – 10 ग्राम/एल ट्रिप्टोन
  – 5 ग्राम/एल एनसीएल
• प्लास्मिड प्रतिधारण सुनिश्चित करने के लिए आवश्यकतानुसार एंटीबायोटिक दवाओं के साथ पूरक।
• माइक्रोस्कोपी और प्रमोटर गतिविधि अध्ययन के लिए, RplL प्रमोटर के नियंत्रण में एक जीनोमिक बढ़ाया GFP (eGFP) रिपोर्टर के साथ W3110 ई कोलाई तनाव का उपयोग करें.
• विभिन्न प्रमोटरों के लिए जीएफपी रिपोर्टर प्लास्मिड का उपयोग करें (जैसे, csgA, csgD, fliA, fliC, flhD ) प्रमोटर गतिविधियों को मापने के लिए।

2. बायोफिल्म खेती और टुकड़ी

• बीज 1.5 एमएल पतला जीवाणु संस्कृति प्रति अच्छी तरह से एक 12 अच्छी तरह से थाली (सेलस्टार 12 अच्छी तरह से प्लेट, ग्रीनर जैव एक) में.
• बायोफिल्म गठन की अनुमति देने के लिए सेते हैं।
• प्लवक (गैर-अनुयायी) संस्कृति को ध्यान से हटा दें।

– 500 माइक्रोन पीबीएस के साथ प्रत्येक अच्छी तरह से धो लें।
– UIP400MTP माइक्रोप्लेट सोनिकेटर में 12-वेल प्लेट को सोनिकेट करके संलग्न कोशिकाओं को अलग करें। UIP400MTP सभी कुओं में लगातार अल्ट्रासोनिक ऊर्जा प्रदान करके एक समान टुकड़ी सुनिश्चित करता है।
– सोनीशन सेटिंग्स: 60% आयाम, चक्र मोड: 60 सेकंड चालू / 30 सेकंड बंद।

3. सेल हार्वेस्टिंग और लाइसिस

• 5 मिनट के लिए 4,500 ग्राम पर अपकेंद्रित्र अलग बायोफिल्म कोशिकाएं।
• पीबीएस के साथ गोली कोशिकाओं को धो लें.
• 2% सोडियम लॉरॉयल सरकोसिनेट (एसएलएस) के 100 माइक्रोन में कोशिकाओं को फिर से निलंबित करें और 15 मिनट के लिए 95 डिग्री सेल्सियस पर इनक्यूबेट करें।
• पूर्ण सेल लसीका सुनिश्चित करने के लिए VialTweeter मल्टी-ट्यूब सोनिकेटर का उपयोग करके Sonicate।
  – सोनीशन सेटिंग्स: 100% आयाम, 10 मिनट के कुल रन टाइम के लिए 50 एस ऑन / 10 एस ऑफ; बर्फ पर नमूने रखें।

4. कमी और Alkylation

• डाइसल्फ़ाइड बॉन्ड को कम करने के लिए 5 एमएम ट्रिस (2-कार्बोक्सीएथिल) फॉस्फीन (टीसीईपी) जोड़ें और 15 मिनट के लिए 95 डिग्री सेल्सियस पर इनक्यूबेट करें।
• 25 डिग्री सेल्सियस पर 30 मिनट के लिए 10 मिमी आयोडोसेटामाइड के साथ एल्किलेट प्रोटीन।

5. प्रोटीन की मात्रा का ठहराव और पाचन

• मलबे को साफ करने के लिए अपकेंद्रित्र lysates।
• पियर्स बीसीए प्रोटीन परख किट का उपयोग करके कुल प्रोटीन सामग्री की मात्रा निर्धारित करें।
• 2% एसएलएस और 100 एमएम अमोनियम बाइकार्बोनेट युक्त समाधान में 1 माइक्रोग्राम ट्रिप्सिन के साथ 50 माइक्रोग्राम कुल प्रोटीन को डाइजेस्ट करें।
• 30 डिग्री सेल्सियस पर रात भर पाचन प्रतिक्रिया सेते हैं.

6. पेप्टाइड शुद्धिकरण

• 1.5% ट्राइफ्लोरोएसेटिक एसिड (टीएफए) जोड़कर एसएलएस को अवक्षेपित करें, फिर अपकेंद्रित्र।
• C18 माइक्रोस्पिन कॉलम का उपयोग करके पेप्टाइड्स को शुद्ध करें।
• सूखी शुद्ध पेप्टाइड्स और 0.1% टीएफए में फिर से निलंबित करें।

7. लिक्विड क्रोमैटोग्राफी-मास स्पेक्ट्रोमेट्री (LC-MS/MS)

• एक क्यू-एक्सएक्टिव प्लस मास स्पेक्ट्रोमीटर पर पेप्टाइड्स का विश्लेषण करें जो एक अंतिम 3000 आरएसएलसी नैनो सिस्टम के साथ मिलकर है।
• सी 18 राल (2.4 माइक्रोन) के साथ पैक किए गए रिवर्स-चरण एचपीएलसी कॉलम (75 माइक्रोन × 42 सेमी) का उपयोग करके पेप्टाइड्स को अलग करें।
• 140 मिनट में 2% से 35% विलायक बी (0.15% फॉर्मिक एसिड के साथ एसीटोनिट्राइल) से एक ढाल लागू करें।
• उच्च-रिज़ॉल्यूशन एमएस स्कैन का उपयोग करके डेटा प्राप्त करें, इसके बाद 10 सबसे तीव्र आयनों के अग्रानुक्रम एमएस / एमएस स्कैन करें।

8. डेटा विश्लेषण

• प्रोजेनेसिस सॉफ्टवेयर का उपयोग करके कच्चे एलसी-एमएस डेटा को संसाधित करें।
• .mgf फ़ाइलें निर्यात करें और MASCOT के साथ उनका विश्लेषण करें।
• गुणवत्ता नियंत्रण और झूठी खोज समायोजन के लिए SafeQuant का उपयोग पेप्टाइड मात्रा का ठहराव प्रदर्शन.
• प्रतिलिपि प्रस्तुत करने की क्षमता सुनिश्चित करने के लिए डुप्लिकेट या तीन प्रतियों में सभी प्रयोगों का संचालन करें।

उच्च-थ्रूपुट नमूना तैयार करने के लिए बहु-नमूना Sonicators

मल्टी-सैंपल सोनिकेटर मॉडल वायलट्वीटर और UIP400MTP प्रयोगात्मक वर्कफ़्लोज़ की सटीकता और दक्षता में काफी वृद्धि करते हैं, खासकर बायोफिल्म अनुसंधान और प्रोटिओमिक्स में। कई नमूनों को समान रूप से संसाधित करने की उनकी क्षमता डेटा गुणवत्ता से समझौता किए बिना उच्च-थ्रूपुट क्षमता सुनिश्चित करती है। ये लाभ, ऊपर उल्लिखित सुव्यवस्थित वर्कफ़्लोज़ के साथ मिलकर, आधुनिक जैविक अनुसंधान के लिए Hielscher बहु-नमूना sonicators आवश्यक उपकरण बनाते हैं।

डिजाइन, विनिर्माण और परामर्श – गुणवत्ता जर्मनी में निर्मित

Hielscher अल्ट्रासोनिकेटर अपने उच्चतम गुणवत्ता और डिजाइन मानकों के लिए प्रसिद्ध हैं। मजबूती और आसान संचालन औद्योगिक सुविधाओं में हमारे अल्ट्रासोनिकेटर के सुचारू एकीकरण की अनुमति देता है। किसी न किसी स्थिति और मांग वातावरण आसानी से Hielscher ultrasonicators द्वारा नियंत्रित कर रहे हैं।

Hielscher Ultrasonics एक आईएसओ प्रमाणित कंपनी है और अत्याधुनिक प्रौद्योगिकी और उपयोगकर्ता-मित्रता की विशेषता वाले उच्च प्रदर्शन अल्ट्रासोनिकेटर पर विशेष जोर देती है। बेशक, Hielscher अल्ट्रासोनिकेटर सीई के अनुरूप हैं और उल, सीएसए और RoHs की आवश्यकताओं को पूरा करते हैं।