Staphylococcus बायोफिल्म के संवर्धन और पृथक्करण का प्रोटोकॉल
विश्वसनीय अनुसंधान परिणामों के लिए मानकीकृत विधियाँ आवश्यक हैं। यहाँ Staphylococcus बायोफिल्म के संवर्धन और पृथक्करण का प्रोटोकॉल दिया गया है। यह प्रोटोकॉल 96-वेल प्लेटों में बायोफिल्म के कुशल पृथक्करण और उच्च नमूना प्रसंस्करण क्षमता के लिए UIP400MTP मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर का उपयोग करके सुव्यवस्थित नमूना तैयारी पर केंद्रित है। इस प्रोटोकॉल में बायोफिल्म संवर्धन, धुलाई और दृश्य निरीक्षण के प्रमुख चरण भी शामिल हैं, जिनमें परिवर्तनशीलता को न्यूनतम रखने और पुनरुत्पादकता सुनिश्चित करने पर ध्यान दिया गया है।
Staphylococcus बायोफिल्म और एंटीबायोटिक अनुसंधान
एंटीबायोटिक दवाओं और प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं के प्रति अपने प्रतिरोध के कारण Staphylococcus बायोफिल्म लगातार बने रहने वाले संक्रमणों में महत्वपूर्ण भूमिका निभाती हैं। बायोफिल्म का निर्माण बैक्टीरिया को एक सुरक्षात्मक वातावरण प्रदान करता है, जिससे संक्रमणों का उपचार कठिन हो जाता है। बायोफिल्म पर अनुसंधान अक्सर उनके निर्माण, व्यवहार और रोगाणुरोधी पदार्थों के प्रति संवेदनशीलता को समझने पर केंद्रित होता है, जिसमें प्रयोगात्मक कार्यप्रवाहों को सुव्यवस्थित करने के लिए उच्च नमूना प्रसंस्करण क्षमता वाली विधियों पर जोर दिया जाता है।
UIP400MTP मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर 96-वेल प्लेटों से बायोफिल्म का तेज और कुशल पृथक्करण संभव बनाकर बायोफिल्म अनुसंधान में एक महत्वपूर्ण लाभ प्रदान करता है। यह उपकरण सभी वेलों में एकसमान अल्ट्रासोनिक ऊर्जा प्रदान करता है, जिससे परिवर्तनशीलता न्यूनतम रहती है और सुसंगत परिणाम सुनिश्चित होते हैं।
Staphylococcus बायोफिल्म के संवर्धन और पृथक्करण के लिए प्रोटोकॉल
नीचे हम चरणबद्ध निर्देशों के माध्यम से Staphylococcus बायोफिल्म के संवर्धन और पृथक्करण की प्रक्रिया बताते हैं। एक उदाहरणात्मक विश्लेषण चरण के रूप में, हम बताते हैं कि क्रिस्टल वायलेट अभिरंजन द्वारा संवर्धित जैवभार का स्पेक्ट्रोफोटोमेट्री से परिमाण निर्धारण कैसे किया जाता है।
Staphylococcus बायोफिल्म का संवर्धन
आवश्यक सामग्री:
- ढक्कन के साथ निष्फल सपाट-तली वाले 96-कुएँ के पॉलिस्टाइरीन ऊतक संवर्धन-उपचारित माइक्रोटाइटर प्लेटें
- 0.25% ग्लूकोज़ युक्त ट्रिप्टिक सोया ब्रोथ (TSB)
- जैविक सुरक्षा कैबिनेट
चरण:
- दूषण को न्यूनतम करने के लिए एक जैविक सुरक्षा कैबिनेट में निष्फल कार्य वातावरण तैयार करें।
- माइक्रोटाइटर प्लेट के कुओं में 0.25% ग्लूकोज़ युक्त TSB डालें। ग्लूकोज़ रहित TSB सामान्यतः बायोफिल्म निर्माण को समर्थन नहीं देता और इसे केवल आवश्यकता होने पर नियंत्रण (control) के रूप में ही उपयोग किया जाना चाहिए।
- कुओं को नीचे वर्णित विधि से तैयार किए गए बैक्टीरिया स्ट्रेनों से टीकाकृत (inoculate) करें:
- बैक्टीरिया निलंबन (suspensions) तैयार करें, यह सुनिश्चित करते हुए कि पहले से कोई कोशिका समूह न हो – इसके लिए निलंबनों को सोनिकेशन द्वारा समांगीकृत करें या 23-गेज सुई से समूह तोड़कर संक्षेप में वर्टेक्स करें।
- प्लेट को उसके ढक्कन से सील करें और बायोफिल्म निर्माण के लिए अनुकूल शर्तों (जैसे, 37°C पर 24 घंटे) में संवर्धित रखें।
- विश्वसनीयता सुनिश्चित करने के लिए प्रत्येक बैक्टीरिया स्ट्रेन के लिए प्रयोग तीन प्रतिकृतियों (प्रति स्ट्रेन तीन कुएँ) में करें।
- प्रति प्लेट छह कुएँ ऋणात्मक नियंत्रणों के लिए आरक्षित रखें। प्रति 96-कुएँ प्लेट 30 स्ट्रेनों तक परीक्षण संभव है।
बायोफिल्म का दृश्य निरीक्षण और धुलाई
- संवर्धन के पश्चात, बायोफिल्म की अवस्थिति बिगाड़े बिना माध्यम को सावधानी से निपटाएँ।
- मुक्त-तैरते (planktonic) बैक्टीरिया हटाने के लिए प्रत्येक कुएँ को शारीरिक खारे (physiological saline) से चार बार धोएँ।
- बायोफिल्म की उपस्थिति का संकेत देने वाले सफेद धब्बों के लिए कुओं की तली का निरीक्षण करें।
मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर UIP400MTP का उपयोग करके बायोफिल्म का पृथक्करण
उपकरण की स्थापना और प्राचल:
- UIP400MTP मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर
- परिचालन सेटिंग: 60% आयाम, चक्र मोड, 60 सेकंड चालू / 30 सेकंड बंद
चरण:
- धुली हुई माइक्रोटाइटर प्लेट को UIP400MTP प्लेटफ़ॉर्म पर रखें।
- अनुशंसित सेटिंग्स (60% आयाम, 60 सेकंड चालू, 30 सेकंड बंद) पर नमूनों को सोनिकेट करें। सेटिंग्स को बैक्टीरिया स्ट्रेन के अनुसार समायोजित करें।
- बायोफिल्म के पृथक्करण के लिए सोनिकेशन प्रक्रिया आरंभ करें। अल्ट्रासोनिक तरंगें बायोफिल्म मैट्रिक्स को विघटित करती हैं और चिपके बैक्टीरिया को मुक्त करती हैं।
- पृथक्करण के सुसंगत परिणामों के लिए UIP400MTP सभी वेलों में एकसमान अल्ट्रासोनिक संपर्क सुनिश्चित करता है।
विश्लेषण चरण: क्रिस्टल वायलेट (CV) का उपयोग करके पृथक किए गए Staphylococcus बायोफिल्म के जैवभार का परिमाण निर्धारण
आवश्यक सामग्री:
- 0.1% क्रिस्टल वायलेट (CV) विलयन
- 95% एथेनॉल या 30% एसिटिक अम्ल (विलायन के लिए)
- 570 nm पर रीडिंग करने में सक्षम माइक्रोप्लेट रीडर
- अभिरंजन के लिए निष्फल माइक्रोटाइटर प्लेटें
चरण:
- अभिरंजन प्लेट की तैयारी: सोनिकेट की गई प्लेट के प्रत्येक कुएँ से पृथक किए गए बायोफिल्म निलंबन के 100 µL लेकर एक स्वच्छ, निष्फल 96-कुएँ की माइक्रोटाइटर प्लेट के संगत कुओं में डालें। इससे अभिरंजन के लिए एक स्पष्ट और एकसमान वातावरण सुनिश्चित होता है।
- पृथक किए गए बायोफिल्म का अभिरंजन: पृथक किए गए बायोफिल्म निलंबन वाले प्रत्येक कुएँ में 0.1% क्रिस्टल वायलेट विलयन के 150 µL डालें। बायोफिल्म निलंबन और क्रिस्टल वायलेट के एकसमान मिश्रण को सुनिश्चित करने के लिए हल्के ढंग से पिपेट करें।
- संवर्धन (Incubation): क्रिस्टल वायलेट द्वारा जैवभार का प्रभावी अभिरंजन सुनिश्चित करने के लिए प्लेट को कमरे के तापमान पर 15 मिनट तक रखने दें।
- धुलाई: संवर्धन के बाद, जैवभार बिगाड़े बिना कुओं से क्रिस्टल वायलेट विलयन को सावधानी से निपटाएँ। अनबंधित रंजक हटाने के लिए प्रत्येक कुएँ को निष्फल शारीरिक खारे से तीन बार धोएँ।
- शुष्कीकरण: प्लेट को कमरे के तापमान पर या निष्फल वायु प्रवाह हुड के नीचे वायु में सूखने दें। संभावित त्रुटि से बचने के लिए ताप देने से बचें।
- बद्ध क्रिस्टल वायलेट को विलायक बनाने के लिए प्रत्येक कुएँ में 95% एथेनॉल (या मानक प्रयोगशाला प्रथाओं के अनुसार 30% एसिटिक अम्ल) के 200 µL डालें। पिपेटिंग द्वारा या प्लेट को हिलाकर हल्के से मिलाएँ और कमरे के तापमान पर 10 मिनट तक रखें।
- मापन: माइक्रोप्लेट रीडर द्वारा विलयित क्रिस्टल वायलेट विलयन का ऑप्टिकल घनत्व (OD) 570 nm पर मापें।
- आँकड़ा विश्लेषण: पृष्ठभूमि अभिरंजन को ध्यान में रखते हुए, प्रायोगिक कुओं से ऋणात्मक नियंत्रणों (TSB युक्त परन्तु बैक्टीरिया टीकाकरण रहित कुएँ) के OD570 के माध्य मान को घटाएँ। आँकड़ों को रिकॉर्ड और विश्लेषित करें।
ध्यान दें: पुनरुत्पादनीयता सुनिश्चित करने के लिए प्रत्येक शर्त के लिए प्रयोग तीन प्रतिकृतियों में करें। क्रिस्टल वायलेट और एथेनॉल का उचित उपयोग करें, और सुरक्षा एवं निपटान प्रोटोकॉल का पालन करें।
एक दृष्टि में UIP400MTP के प्रमुख लाभ:
- उच्च-क्षमता प्रसंस्करण: मल्टी-वेल प्लेटों के लिए विशेष रूप से डिज़ाइन किया गया, जिससे आप एक साथ कई नमूनों का प्रसंस्करण कर सकते हैं।
- एकसमान अल्ट्रासोनिक वितरण: सभी कुओं में समान अल्ट्रासोनिक तीव्रता सुनिश्चित करता है, जिससे सभी नमूनों में सुसंगत परिणाम मिलते हैं।
- कोई भी मानक प्लेट उपयोग करें: UIP400MTP किसी भी मानक मल्टी-वेल प्लेट, पेट्री डिश और ट्यूब रैक संभाल सकता है। महँगी विशेष (proprietary) प्लेटों की कोई आवश्यकता नहीं!
- उपयोगकर्ता-अनुकूल इंटरफ़ेस: स्थापित और नियंत्रित करने में सरल होने के कारण यह प्रयोगशाला की उत्पादकता बढ़ाने के लिए एक उत्कृष्ट साधन है। प्रोग्राम करने योग्य सेटिंग्स और स्वचालन प्रक्रिया मानकीकरण को सरल बनाते हैं!
उच्च-क्षमता बायोफिल्म पृथक्करण 96-कुएँ प्लेट सोनिकेटर UIP400MTP के साथ
साहित्य / संदर्भ
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न
बाह्यकोशिकीय बहुलक पदार्थ (EPS) क्या हैं?
बाह्यकोशिकीय बहुलक पदार्थ (EPS) जैवबहुलकों का एक जटिल मिश्रण है, जिसमें मुख्य रूप से पॉलीसैकेराइड, प्रोटीन, न्यूक्लिक अम्ल और लिपिड शामिल हैं। यह बायोफिल्मों में सूक्ष्मजीवों द्वारा स्रावित होता है। EPS एक सुरक्षात्मक मैट्रिक्स बनाता है जो सूक्ष्मजीवी समुदाय को धारण करता है, संरचनात्मक अखंडता प्रदान करता है, सतहों पर आसंजन को साधता है और कोशिकाओं को एंटीबायोटिक तथा प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं सहित पर्यावरणीय तनावों से बचाता है।
प्लैंक्टोनिक बैक्टीरिया से क्या तात्पर्य है?
प्लैंक्टोनिक बैक्टीरिया स्वतंत्र रूप से तैरने वाले एककोशिकीय सूक्ष्मजीव हैं जो निलंबन (सस्पेंशन) में, यथा तरल संवर्धन या शारीरिक तरल पदार्थों में, रहते हैं। ये सतहों से चिपकते नहीं और बायोफिल्म जैसे संरचित समुदाय नहीं बनाते।
बायोफिल्म और प्लैंक्टोनिक बैक्टीरिया में क्या अंतर है?
बायोफिल्म और प्लैंक्टोनिक बैक्टीरिया के बीच मुख्य अंतर उनकी संरचना में है। बायोफिल्म संरचित, सतह-आसक्त बैक्टीरिया समुदाय हैं जो बाह्यकोशिकीय बहुलक पदार्थ (EPS) के मैट्रिक्स में धारित रहते हैं, जबकि प्लैंक्टोनिक बैक्टीरिया स्वतंत्र रूप से तैरते हैं और इस प्रकार की संरचनात्मक व्यवस्था से रहित होते हैं।
क्या बायोफिल्म में उपस्थित बैक्टीरिया का एंटीबायोटिक उपचार प्लैंक्टोनिक बैक्टीरिया की तुलना में अधिक कठिन होता है?
बायोफिल्म में उपस्थित बैक्टीरिया का एंटीबायोटिक उपचार प्लैंक्टोनिक बैक्टीरिया की तुलना में काफी अधिक कठिन होता है। बायोफिल्म मैट्रिक्स एक भौतिक अवरोध के रूप में कार्य करता है, और इसके भीतर के बैक्टीरिया परिवर्तित उपापचयी अवस्थाएँ तथा बरती तनाव-सहिष्णुता प्रदर्शित करते हैं, जिससे एंटीबायोटिक की प्रभावशीलता घट जाती है।
क्या एंटीबायोटिक द्वारा बायोफिल्म को मारा जा सकता है?
बायोफिल्म कभी-कभी एंटीबायोटिक द्वारा समाप्त किए जा सकते हैं, परंतु यह चुनौतीपूर्ण है। प्रभावी उपचार में प्रायः उच्च एंटीबायोटिक सांद्रताएँ, विशिष्ट संयोजन या सहायक उपचार आवश्यक होते हैं, क्योंकि EPS मैट्रिक्स और बैक्टीरिया प्रतिरोध तंत्र बायोफिल्म की रक्षा करते हैं।
क्या Staphylococcus आसक्त बैक्टीरिया है?
Staphylococcus बैक्टीरिया अपनी आसक्ति क्षमता के लिए प्रसिद्ध हैं। ये सतहों पर आसानी से आसक्त होकर बायोफिल्म बनाते हैं, विशेषतः चिकित्सीय उपकरणों या मेज़बान ऊतकों पर, जिससे ये दीर्घस्थायी संक्रमणों का प्रमुख कारक बनते हैं।
Staphylococcus बैक्टीरिया के कितने प्रकार होते हैं?
Staphylococcus बैक्टीरिया में अनेक प्रकार शामिल हैं, जिनमें सबसे उल्लेखनीय Staphylococcus aureus और Staphylococcus epidermidis हैं। S. aureus रोगजनक है और गंभीर संक्रमण उत्पन्न कर सकता है, जबकि S. epidermidis प्रायः उपकरण-संबद्ध बायोफिल्म संक्रमणों से जुड़ा होता है।
क्रिस्टल वायलेट क्या है?
क्रिस्टल वायलेट एक क्षारीय रंजक है जिसका उपयोग जैविक सामग्री के अभिरंजन में सामान्यतः किया जाता है। सूक्ष्मजीव विज्ञान में जैवभार को अभिरंजित करके बायोफिल्म निर्माण मापा जाता है, जिसके बाद परिमाण का निर्धारण स्पेक्ट्रोफोटोमेट्रिक रीति से किया जाता है।
Hielscher Ultrasonics उच्च-प्रदर्शन अल्ट्रासोनिक होमोजेनाइज़रों का निर्माण करता है – प्रयोगशाला से औद्योगिक आकार तक।


