Mikroplacken-Ultraschallgerät an enger vu Fachleit iwwerpréifter Proteomikstudie validéiert

Hielscher Ultrasonics deelt mat, datt säin UIP400MTP Mikroplacken-Ultraschallgerät an enger vu Fachleit iwwerpréifter vergläichender Proteomikstudie, déi a Proteomics (2024) publizéiert gouf, erfollegräich validéiert gouf. D’Studie weist, datt d’Proufvirbereedung mat Ultraschall a Mikroplacke reproduzéierbar Proteinextrakter vun héijer Qualitéit liwwert, déi vollstänneg mat fortgeschrattene Workflows an der Shotgun-Proteomik an der Terminomik kompatibel sinn.

D’Publikatioun „TermineR: Informatiounen iwwer endogen proteolytesch Veraarbeedung aus Shotgun-Proteomikdaten extrahéieren“ stellt en neie bioinformatesche Kader fir d’Analys vun der endogener Proteolys direkt aus Standarddatesätz vun der Massespektrometrie vir. Am Kader vun der Methodevalidéierung hunn d’Auteuren dräi heefeg benotzt Technike fir d’Homogeniséierung vu Geweebe verglach: mechaneschen Opschloss mat Kärelen (Precellys), Ultraschallbehandlung am Bad (Bioruptor) an Ultraschallbehandlung a Mikroplacke mam UIP400MTP.

Vergläichbar Proteomofdeckung ouni kënschtlech Proteolys

En zentraalt Zil vun der vergläichender Studie war et ze bewäerten, ob verschidden Extraktiounsmethoden d’Identifikatioun an d’Quantifizéierung vun hallefspezifesche Peptiden beaflossen, déi fir d’Ënnersichung vun der endogener proteolytescher Veraarbeedung entscheedend sinn. D’Resultater weisen, datt d’Ultraschallextraktioun mam UIP400MTP eng Proteomofdeckung erreecht, déi mat där vun etabléierte mechaneschen Opschlossmethode vergläichbar ass, woubäi d’Undeeler vu vollstänneg spezifeschen an hallefspezifesche Peptide konstant bleiwen.
Besonnesch wichteg ass, datt d’Date weisen, datt d’Ultraschallbehandlung a Mikroplacke mat héijer Leeschtung keng kënschtlech Proteinspaltung verursaacht. Domat gëtt op eng heefeg Bedenk an der Terminomik an der Analys vun hallefspezifesche Peptiden agaangen. Dëst bestätegt, datt den UIP400MTP en effizienten Opschloss vun de Prouwe liwwert an dobäi biologesch aussokräfteg proteolytesch Signature erhält.

Quantitativ Reproduzéierbarkeet vun hallefspezifesche Peptiden iwwer verschidden Extraktiounsmethoden ewech –
Heatmaps vun de Pearson-Korrelatioune vun de log2-transforméierten Intensitéite vun hallefspezifesche Peptiden, déi verschidde Proteinextraktiounsmethode fir Wëlltyp-Prouwen (WT, lénks) a Knock-out-Prouwen (KO, riets) vergläichen. Héich Korrelatiounskoeffizienten (typischerweis ≥0,95) ginn tëscht der Ultraschallbehandlung a Mikroplacke mam UIP400MTP, dem mechaneschen Opschloss mat Kärelen (Precellys®) an der Ultraschallbehandlung am Bad (Bioruptor®) observéiert, wat eng exzellent quantitativ Iwwereneestëmmung weist. Dës Resultater bestätegen, datt d’Ultraschallbehandlung a Mikroplacken déi relativ Heefegkeete vun de Peptiden erhält a vollstänneg mat quantitativen Analysen an der Proteomik an der Terminomik kompatibel ass.
Studie a Grafiken: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Héich Reproduzéierbarkeet an der quantitativer Proteomik

D’Studie bericht ausserdeem iwwer eng héich quantitativ Reproduzéierbarkeet iwwer verschidden Extraktiounsmethoden ewech. Pearson-Korrelatiounsanalysë vun de Peptidintensitéiten hunn eng staark Iwwereneestëmmung tëscht de mam UIP400MTP verschaffte Prouwen an deene gewisen, déi duerch mechaneschen Opschloss mat Kärelen oder Ultraschallbehandlung am Bad virbereet goufen, mat Korrelatiounskoeffizienten, déi typischerweis iwwer 0,95 louchen.
Dës Erkenntnesser bestätegen, datt d’Ultraschallbehandlung a Mikroplacken déi relativ Heefegkeete vun de Peptiden erhält. Doduerch eegent si sech gutt fir differentiell Proteomik, TMT-baséiert Multiplexing a krankheetsbezunne Studien, déi präzis quantitativ Vergläicher erfuerderen.

Zuel vun den identifizéierte Peptidvirleefer no Spezifitéit an Extraktiounsmethod
Verglach vun der Zuel vun den identifizéierte Peptidvirleefer, klasséiert no enzymatescher Spezifitéit (vollstänneg spezifesch, C-terminal hallefspezifesch an N-terminal hallefspezifesch), iwwer dräi Proteinextraktiounsmethoden ewech: mechaneschen Opschloss mat Kärelen (Precellys®), Ultraschallbehandlung am Bad (Bioruptor®) an Ultraschallbehandlung a Mikroplacke mam UIP400MTP. D’Date gi fir biologesch Replikater aus Niereprouwe vu Wëlltyp-Mais (WT) a Knock-out-Mais (KO) gewisen. D’Resultater weisen eng vergläichbar Proteomofdeckung an änlech Verdeelunge vun de Peptidspezifitéiten iwwer all Extraktiounsmethoden ewech. Dëst weist drop hin, datt d’Ultraschallbehandlung a Mikroplacke mam UIP400MTP eng effizient Proteinextraktioun erméiglecht, ouni déi net spezifesch proteolytesch Spaltung ze erhéijen.
Studie a Grafiken: ©Cosenza-Contreras et al. 2024


Standardiséiert Proteomikworkflows mat héijem Proufduerchsaz erméiglechen

Duerch d’Kombinatioun vu kontaktloser Ultraschallenergieiwwerdroung mat der paralleller Veraarbeedung vu ganzen 96-Well-Placken ënnerstëtzt den UIP400MTP eng standardiséiert Proufvirbereedung mat héijem Proufduerchsaz, déi mat der Automatiséierung kompatibel ass. An der publizéierter Studie gouf de System erfollegräich an e Proteomikworkflow mat DIA an TMT-Markéierung integréiert, deen op e Mausmodell vun der polyzystescher Nierekrankheet applizéiert gouf.
D’Auteure kommen zur Konklusioun, datt d’Ultraschallbehandlung a Mikroplacke vollstänneg mat moderner Shotgun-Proteomik kompatibel ass an d’Analys vun der endogener Proteolys erméiglecht, ouni datt aarbechtsintensiv biocheemesch Uräicherungsschrëtt néideg sinn.

Engagement fir wëssenschaftlech validéiert Léisungen

„D’Abezéie vum UIP400MTP an eng rigoréis, vu Fachleit iwwerpréift vergläichend Studie ënnersträicht d’Engagement vun Hielscher Ultrasonics, wëssenschaftlech validéiert Technologië fir d’Proufvirbereedung unzebidden“, sot e Vertrieder vun der Entreprise. „Eng onofhängeg Validéierung an usprochsvolle Proteomikworkflows ass fir Laboratoiren, déi robust, reproduzéierbar a skaléierbar Léisunge sichen, essenziell.“
Déi komplett Studie ass als fräi zougänglech Publikatioun a Proteomics disponibel (DOI: 10.1002/pmic.202300491).

Hei fannt Dir Informatiounen iwwer den UIP400MTP Ultraschallgerät fir Multi-Well-Placken!