Mikroplack-Sonicator validéiert an enger peer-reviewter Proteomik-Studie

Hielscher Ultrasonics annoncéiert, datt säi UIP400MTP ultraschall-Mikroplack-Sonikator erfollegräich an enger peer-reviewter vergläichender Proteomik-Studie am Proteomics (2024) validéiert gouf. D'Studie weist, datt ultraschall Mikroplack-baséiert Probepreparatioun reproduzéierbar, héichwäerteg Proteinextrakter liwwert, déi voll kompatibel mat fortgeschrattene Shotgun-Proteomik- a Terminomik-Workflows sinn.

D'Publikatioun, “TermineR: Informatiounen iwwer endogen proteolytesch Veraarbechtung aus Shotgun-Proteomik-Donnéeën extrahéieren”, stellt e neie bioinformatesche Kader fir d'Analyse vun endogener Proteolyse direkt aus Standard-Massespektrometrie-Datensätz vir. Als Deel vun der Methodvalidatioun hunn d'Auteuren dräi heefeg benotzt Gewebehomogeniséierungstechniken verglach: Bead Beat (Precellys), Badsonikatioun (Bioruptor) an ultraschall Mikroplack-Sonikatioun mat der UIP400MTP.

Vergläichbar Proteom-Ofdeckung ouni kënschtlech Proteolyse

E wichtegt Zil vun der vergläichender Etüd war ze evaluéieren, ob verschidde Extraktiounsmethoden d'Identifikatioun an d'Quantifizéierung vu semi-spezifesche Peptiden beaflossen, déi entscheedend fir d'Studie vun endogener proteolytescher Veraarbechtung sinn. D'Resultater weisen, datt UIP400MTP-baséiert ultraschall-Extraktioun eng Proteom-Ofdeckung erreecht, déi mat etabléierte mechanesche Stéierungsmethoden vergläichbar ass, während d'konsequent Proportiounen u voll spezifesche a semi-spezifesche Peptiden erhale bleiwen.
Wichteg ass, datt d'Donnéeën weisen, datt héichleeschtend ultraschall Mikroplack-Sonikatioun keng kënschtlech Proteinspaltung aféiert, wat eng heefeg Suerg an der Terminomik an der semi-spezifescher Peptidanalyse adresséiert. Dëst bestätegt, datt d'UIP400MTP eng effizient Probe-Ënnerbriechung bitt an dobäi biologesch bedeitend proteolytesch Signaturen erhaalt.

Quantitativ Reproduzéierbarkeet vu semi-spezifesche Peptiden iwwer Extraktiounsmethoden –
Pearson Korrelatiouns-Hëtztkaarten vun log2-transforméierte Intensitéiten vu semi-spezifesche Peptiden, déi verschidde Proteinextraktiounsmethoden fir Wildtyp-Proben (WT, lénks) an Knock-out (KO, riets) vergläichen. Héich Korrelatiounskoeffizienten (typesch ≥0,95) ginn tëscht UIP400MTP ultraschallescher Mikroplack-Sonikatioun, Perlenschloen (Precellys®) an Badsonikatioun (Bioruptor®) observéiert, wat eng exzellent quantitativ Iwwereenstëmmung weist. Dës Resultater bestätegen, datt d'Ultraschallung op Mikroplack relativ Peptid-Quantitéiten erhaalt an voll kompatibel mat quantitativen Proteomik- a Terminomik-Analysen ass.
Studie a Grafiken: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Héich reproduzéierbarkeet an der quantitativer Proteomik

D'Studie weist weiderhin eng héich quantitativ Reproduzéierbarkeet iwwer d'Extraktiounsmethoden hin. Pearson-Korrelatiounsanalysen vun de Peptidintensitéiten hu staark Iwwereenstëmmung tëscht UIP400MTP-veraarbechte Proben an deenen, déi mat Bead Bead oder Badsonikatioun preparéiert goufen, gewisen, mat Korrelatiounskoeffizienten, déi typesch iwwer 0,95 leien.
Dës Erkenntnisser bestätegen, datt ultraschall Mikroplack-Sonikatioun relativ Peptid-Quantitéiten erhaalt, wat se gutt gëeegent mécht fir differenziell Proteomik, TMT-baséiert Multiplexing an krankheetsfokusséiert Studien, déi präzis quantitativ Vergläicher erfuerderen.

Zuel vun identifizéierte Peptidprecursoren no Spezifizitéit an Extraktiounsmethod
Verglach vun der Zuel vun identifizéierte Peptid-Virläufer, klassifizéiert no enzymatescher Spezifizitéit (vollstänneg spezifesch, C-terminal semi-spezifesch an N-terminal semi-spezifesch) iwwer dräi Proteinextraktiounsmethoden: Perlenschloen (Precellys®), Badsonikatioun (Bioruptor®) an ultraschall Mikroplack-Sonikatioun mat der UIP400MTP. Et ginn Donnéeën fir biologesch Replikatiounen aus Wildtyp (WT) an Knock-out (KO) Maus-Nierproben gewisen. D'Resultater weisen eng vergläichbar Proteomdeckung an ähnlech Verdeelung vun Peptidspezifitéiten iwwer all Extraktiounsmethoden, wat weist, datt d'UIP400MTP-baséiert Mikroplack-Sonikatioun eng effizient Proteinextraktioun erméiglecht ouni d'net-spezifesch proteolytesch Spaltung ze erhéijen.
Studie a Grafiken: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Erméiglechung vu héich-Duerchsatz- a standardiséierte Proteomik-Workflows

Duerch d'Kombinatioun vun net-kontakter ultraschaller Energieliwwerung mat paralleler Veraarbechtung vun allen 96-Well-Placken ënnerstëtzt d'UIP400MTP héichduerchsatz, standardiséiert an automatisatiounskompatibel Probepreparatioun. An der publizéierter Etude gouf de System erfollegräich an e DIA-fäege, TMT-markéierte Proteomik-Workflow integréiert, deen op e Mausmodell vun polyzystescher Nierenerkrankung applizéiert gouf.
D'Auteuren kommen zum Schluss, datt d'Mikroplack-Ultraschallung voll kompatibel mat moderner Shotgun-Proteomik ass an d'Analyse vun der endogener Proteolyse erméiglecht, ouni datt eng aarbechtsintensiv biochemesch Beräicherung néideg ass.

Engagement fir wëssenschaftlech validéiert Léisungen

“D'Inklusioun vun der UIP400MTP an enger rigoréiser, peer-reviewter vergläichender Studie ënnersträicht Hielscher Ultrasonics’ Engagement fir wëssenschaftlech validéiert Probepreparatiounstechnologien ze bidden,” sot e Vertrieder vun der Firma. “Onofhängeg Validatioun an usprochsvollen Proteomics-Workflows ass essentiell fir Laboratoiren, déi no robusten, reproduzéierbare a skaléierbare Léisungen sichen.”
Déi komplett Etude ass als Open-Access Publikatioun an der Proteomics (DOI: 10.1002/pmic.202300491).

Fannt Informatiounen iwwer de Multi-Well Plate Sonicator UIP400MTP hei!