બાયોફિલ્મ અને પ્રોટીઓમિક વિશ્લેષણમાં Hielscher મલ્ટી-સેમ્પલ સોનિકેટર્સનો ઉપયોગ કરીને પ્રોટોકોલ

VialTweeter Multi-Tube Sonicator અને UIP400MTP Microplate Sonicator જેવા મલ્ટિ-સેમ્પલ સોનિકેટર્સનો ઉપયોગ, ઉચ્ચ-થ્રુપુટ એપ્લિકેશન્સ માટે લેબોરેટરી વર્કફ્લોને સુવ્યવસ્થિત કરે છે. બંને ઉપકરણો બહુવિધ નમૂનાઓમાં ચોક્કસ અને સમાન અલ્ટ્રાસોનિક પ્રક્રિયાને મંજૂરી આપે છે, પરિવર્તનક્ષમતા ઘટાડે છે અને પુનઃઉત્પાદનક્ષમતામાં વધારો કરે છે. આ ખાસ કરીને એવા પ્રયોગોમાં ફાયદાકારક છે કે જેમાં સતત સેમ્પલ લિસિસ, બાયોફિલ્મ ડિટેચમેન્ટ, પ્રોટીન એક્સ્ટ્રક્શન અથવા પ્રોટીઓલિટીક પાચન જરૂરી હોય છે, જ્યાં મેન્યુઅલ અથવા સિંગલ-સેમ્પલ પદ્ધતિઓ ઓછી કાર્યક્ષમ હોય છે અને અસંગતતાની સંભાવના હોય છે.

મલ્ટી-સેમ્પલ સોનિકેટર્સ સાથે વર્કફ્લોને સ્ટ્રીમલાઇન કરો

ઉદાહરણ તરીકે, UIP400MTP, માઇક્રોપ્લેટ કુવાઓની એક સાથે અલ્ટ્રાસોનિક સારવારને સક્ષમ કરે છે, બાયોફિલ્મ્સ અથવા સેલ્યુલર સામગ્રીની એકસમાન ટુકડીને સુનિશ્ચિત કરે છે. દરમિયાન, VialTweeter ક્રોસ-પ્રદૂષણ વિના બહુવિધ ટ્યુબ નમૂનાઓનું ચોક્કસ લિસિસ અને એકરૂપીકરણ પ્રદાન કરે છે. આ સોનિકેટર્સ પ્રક્રિયાના સમયને નોંધપાત્ર રીતે ઘટાડે છે, પ્રાયોગિક પ્રજનનક્ષમતામાં સુધારો કરે છે અને ઉચ્ચ નમૂનાની અખંડિતતા જાળવી રાખે છે, જે તેમને માઇક્રોબાયોલોજી, પ્રોટીઓમિક્સ અને મોલેક્યુલર બાયોલોજી સંશોધનમાં અનિવાર્ય સાધનો બનાવે છે.
નીચે E. કોલી બાયોફિલ્મ રચના અને અનુગામી પ્રોટીઓમિક વિશ્લેષણને સંડોવતા અભ્યાસમાં Hielscher મલ્ટિ-સેમ્પલ સોનિકેટર મોડલ્સ, VialTweeter Multi-Tube Sonicator અને Microplate Sonicator UIP400MTP ના ઉપયોગનું ઉદાહરણ આપતો વિગતવાર પ્રોટોકોલ છે.

પ્રોટોકોલ: Hielscher મલ્ટી-સેમ્પલ સોનિકેટર્સનો ઉપયોગ કરીને બાયોફિલ્મ રચના, ડિટેચમેન્ટ અને પ્રોટીઓમિક વિશ્લેષણ

1. બેક્ટેરિયલ કલ્ચરની તૈયારી

• કલ્ચર E. કોલી બેક્ટેરિયા (સ્ટ્રેન W3110) 30 °C પર, ઇ. કોલી બાયોફિલ્મ રચના માટે અનુકૂળ તાપમાન, ટ્રિપ્ટોન બ્રોથ (ટીબી) માધ્યમમાં જેમાં નીચેનાનો સમાવેશ થાય છે:
  – 10 g/L ટ્રિપ્ટોન
  – 5 g/L NaCl
• પ્લાઝમિડની જાળવણી સુનિશ્ચિત કરવા માટે જરૂર મુજબ એન્ટિબાયોટિક્સ સાથે પૂરક કરો.
• માઇક્રોસ્કોપી અને પ્રમોટર પ્રવૃત્તિ અભ્યાસ માટે, rplL પ્રમોટરના નિયંત્રણ હેઠળ જીનોમિક ઉન્નત GFP (eGFP) રિપોર્ટર સાથે W3110 E. coli સ્ટ્રેનનો ઉપયોગ કરો.
• વિવિધ પ્રમોટરો માટે GFP રિપોર્ટર પ્લાઝમિડનો ઉપયોગ કરો (દા.ત., csgA, csgD, fliA, fliC, flhD પ્રમોટર પ્રવૃત્તિઓ માપવા માટે.

2. બાયોફિલ્મ ખેતી અને ટુકડી

• 12-વેલ પ્લેટ (સેલસ્ટાર 12-વેલ પ્લેટ્સ, ગ્રેનર બાયો-વન) માં 1.5 એમએલ પાતળું બેક્ટેરિયલ કલ્ચર પ્રતિ કૂવા.
• બાયોફિલ્મ રચનાને મંજૂરી આપવા માટે સેવન કરો.
• પ્લાન્કટોનિક (બિન-પાલન) સંસ્કૃતિને કાળજીપૂર્વક દૂર કરો.

– દરેકને 500 μL PBS વડે સારી રીતે ધોઈ લો.
– UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરમાં 12-વેલ પ્લેટને સોનિકેટ કરીને જોડાયેલ કોષોને અલગ કરો. UIP400MTP તમામ કુવાઓમાં સતત અલ્ટ્રાસોનિક ઉર્જા પહોંચાડીને એક સમાન ટુકડીની ખાતરી કરે છે.
– સોનિકેશન સેટિંગ્સ: 60% કંપનવિસ્તાર, સાયકલ મોડ: 60 સેકન્ડ ચાલુ / 30 સેકન્ડ બંધ.

3. સેલ હાર્વેસ્ટિંગ અને લિસિસ

• સેન્ટ્રીફ્યુજ 5 મિનિટ માટે 4,500 ગ્રામ પર બાયોફિલ્મ કોષોને અલગ કરે છે.
• PBS સાથે પેલેટેડ કોશિકાઓ ધોવા.
• 2% સોડિયમ લૌરોયલ સાર્કોસિનેટ (SLS) ના 100 µL માં કોષોને પુનઃસ્થાપિત કરો અને 15 મિનિટ માટે 95 ડિગ્રી સેલ્સિયસ પર ઉકાળો.
• સંપૂર્ણ સેલ લિસિસની ખાતરી કરવા માટે VialTweeter Multi-Tube Sonicator નો ઉપયોગ કરીને Sonicate.
  – સોનિકેશન સેટિંગ્સ: 100% કંપનવિસ્તાર, 10 મિનિટના કુલ રન ટાઈમ માટે 50 સેકન્ડ ચાલુ / 10 સેકન્ડ બંધ; નમૂનાઓ બરફ પર રાખો.

4. ઘટાડો અને આલ્કિલેશન

• ડાયસલ્ફાઇડ બોન્ડ ઘટાડવા માટે 5 mM Tris(2-carboxyethyl) ફોસ્ફાઈન (TCEP) ઉમેરો અને 15 મિનિટ માટે 95°C પર સેવ કરો.
• 25°C પર 30 મિનિટ માટે 10 mM આયોડોએસેટામાઇડ સાથે આલ્કીલેટ પ્રોટીન.

5. પ્રોટીનનું પ્રમાણીકરણ અને પાચન

• સેન્ટ્રીફ્યુજ lysates કાટમાળ સાફ કરવા માટે.
• પિયર્સ બીસીએ પ્રોટીન એસે કીટનો ઉપયોગ કરીને કુલ પ્રોટીન સામગ્રીનું પ્રમાણ નક્કી કરો.
• 2% SLS અને 100 mM એમોનિયમ બાયકાર્બોનેટ ધરાવતા દ્રાવણમાં 1 µg ટ્રિપ્સિન સાથે 50 µg કુલ પ્રોટીન ડાયજેસ્ટ કરો.
• પાચન પ્રક્રિયાને 30 ડિગ્રી સેલ્સિયસ પર રાતોરાત ઉકાળો.

6. પેપ્ટાઇડ શુદ્ધિકરણ

• 1.5% trifluoroacetic એસિડ (TFA), પછી સેન્ટ્રીફ્યુજ ઉમેરીને SLS ને પ્રક્ષેપિત કરો.
• C18 માઇક્રોસ્પિન કૉલમનો ઉપયોગ કરીને પેપ્ટાઇડ્સને શુદ્ધ કરો.
• શુષ્ક શુદ્ધિકરણ પેપ્ટાઈડ્સ અને 0.1% TFA માં રિસસ્પેન્ડ.

7. લિક્વિડ ક્રોમેટોગ્રાફી-માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી (LC-MS/MS)

• અલ્ટીમેટ 3000 આરએસએલસી નેનો સિસ્ટમ સાથે ક્યૂ-એક્ઝેક્ટિવ પ્લસ માસ સ્પેક્ટ્રોમીટર પર પેપ્ટાઇડ્સનું વિશ્લેષણ કરો.
• C18 રેઝિન (2.4 µm) થી ભરેલા રિવર્સ-ફેઝ HPLC કૉલમ (75 µm × 42 cm) નો ઉપયોગ કરીને પેપ્ટાઈડ્સને અલગ કરો.
• 140 મિનિટમાં 2% થી 35% દ્રાવક B (0.15% ફોર્મિક એસિડ સાથે એસિટોનાઈટ્રાઈલ) સુધીનો ઢાળ લાગુ કરો.
• ઉચ્ચ-રિઝોલ્યુશન MS સ્કેનનો ઉપયોગ કરીને ડેટા મેળવો અને ત્યારબાદ 10 સૌથી તીવ્ર આયનોના ટેન્ડમ MS/MS સ્કેનનો ઉપયોગ કરો.

8. ડેટા વિશ્લેષણ

• પ્રોજેનેસિસ સોફ્ટવેરનો ઉપયોગ કરીને કાચો LC-MS ડેટા પર પ્રક્રિયા કરો.
• .mgf ફાઇલો નિકાસ કરો અને MASCOT વડે તેનું વિશ્લેષણ કરો.
• ગુણવત્તા નિયંત્રણ અને ખોટા-શોધ ગોઠવણ માટે SafeQuant નો ઉપયોગ કરીને પેપ્ટાઈડનું પ્રમાણીકરણ કરો.
• પ્રજનનક્ષમતા સુનિશ્ચિત કરવા માટે તમામ પ્રયોગો ડુપ્લિકેટ અથવા ટ્રિપ્લિકેટમાં કરો.

ઉચ્ચ-થ્રુપુટ નમૂનાની તૈયારી માટે મલ્ટિ-સેમ્પલ સોનિકેટર્સ

મલ્ટિ-સેમ્પલ સોનિકેટર મોડલ્સ VialTweeter અને UIP400MTP પ્રાયોગિક વર્કફ્લોની ચોકસાઈ અને કાર્યક્ષમતામાં નોંધપાત્ર વધારો કરે છે, ખાસ કરીને બાયોફિલ્મ સંશોધન અને પ્રોટીઓમિક્સમાં. બહુવિધ નમૂનાઓ પર પ્રક્રિયા કરવાની તેમની ક્ષમતા ડેટા ગુણવત્તા સાથે સમાધાન કર્યા વિના ઉચ્ચ-થ્રુપુટ ક્ષમતાને એકસરખી રીતે સુનિશ્ચિત કરે છે. આ લાભો, ઉપર દર્શાવેલ સુવ્યવસ્થિત વર્કફ્લો સાથે મળીને, આધુનિક જૈવિક સંશોધન માટે Hielscher મલ્ટિ-સેમ્પલ સોનિકેટર્સને આવશ્યક સાધનો બનાવે છે.

ડિઝાઇન, ઉત્પાદન અને કન્સલ્ટિંગ – જર્મનીમાં બનાવેલ ગુણવત્તા

Hielscher ultrasonicators તેમના ઉચ્ચતમ ગુણવત્તા અને ડિઝાઇન ધોરણો માટે જાણીતા છે. મજબૂતાઈ અને સરળ કામગીરી ઔદ્યોગિક સુવિધાઓમાં અમારા અલ્ટ્રાસોનિકેટર્સના સરળ એકીકરણને મંજૂરી આપે છે. ખરબચડી પરિસ્થિતિઓ અને માંગવાળા વાતાવરણને Hielscher અલ્ટ્રાસોનિકેટર્સ દ્વારા સરળતાથી નિયંત્રિત કરવામાં આવે છે.

Hielscher Ultrasonics એ ISO પ્રમાણિત કંપની છે અને ઉચ્ચ-પ્રદર્શન અલ્ટ્રાસોનિકેટર્સ પર વિશેષ ભાર મૂકે છે જેમાં અત્યાધુનિક ટેકનોલોજી અને વપરાશકર્તા-મિત્રતા દર્શાવવામાં આવે છે. અલબત્ત, Hielscher અલ્ટ્રાસોનિકેટર્સ CE અનુરૂપ છે અને UL, CSA અને RoHs ની જરૂરિયાતોને પૂર્ણ કરે છે.