96-વેલ સોનિકેટર UIP400MTP સાથે એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિક્સ એક્સટ્રેક્શન
પરંપરાગત એક્સ્ટ્રાસેલ્યુલર મેટ્રિક્સ (EM) નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓ ઘણીવાર બાયોફિલ્મ મેટ્રિક્સને વિક્ષેપિત કરવા માટે બહુવિધ પગલાઓનો સમાવેશ કરે છે. જો કે, આ તકનીકો સમય લેતી અને અસંગત હોઈ શકે છે, જે પરિણામોમાં પરિવર્તનશીલતા તરફ દોરી જાય છે. 96-વેલ પ્લેટ સોનીકેટર UIP400MTP સાથે, EM નિષ્કર્ષણ પ્રક્રિયાને નોંધપાત્ર રીતે સરળ બનાવવામાં આવે છે, જે ઉચ્ચ-થ્રુપુટ ફોર્મેટ્સમાં અત્યંત કાર્યક્ષમ, ચોક્કસ અને સમાન બાયોફિલ્મ વિક્ષેપ પ્રદાન કરે છે. UIP400MTP નિયંત્રિત પોલાણ પેદા કરવા માટે કેન્દ્રિત અલ્ટ્રાસાઉન્ડનો ઉપયોગ કરે છે, બાયોફિલ્મ-એમ્બેડેડ કોષોની કાર્યક્ષમતા અને અખંડિતતાને જાળવી રાખીને બાયોફિલ્મ મેટ્રિક્સને અસરકારક રીતે તોડી નાખે છે. UIP400MTP નો ઉપયોગ ડાઉનસ્ટ્રીમ એસેસની પ્રજનનક્ષમતા અને ચોકસાઈને વધારે છે, જેમ કે મેટાબોલમિક અને પ્રોટીઓમિક વિશ્લેષણ, સદ્ધરતા પરીક્ષણો અને એન્ટિમાઇક્રોબાયલ સંવેદનશીલતા અભ્યાસ. EM નિષ્કર્ષણને સુવ્યવસ્થિત કરીને, UIP400MTP સંશોધકોને બાયોફિલ્મ ડાયનેમિક્સ અને બાહ્ય એજન્ટો સાથેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓમાં ઊંડી આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરીને સતત અને ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા પરિણામો પ્રાપ્ત કરવા સક્ષમ બનાવે છે.
બાહ્યકોષીય મેટ્રિક્સ નિષ્કર્ષણ
એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિક્સ (EM) એ કેન્ડીડા આલ્બિકન્સ જેવા સુક્ષ્મસજીવો દ્વારા રચાયેલી બાયોફિલ્મ્સનો એક મહત્વપૂર્ણ ઘટક છે. પોલિસેકરાઇડ્સ, પ્રોટીન, લિપિડ્સ અને એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર ડીએનએથી બનેલું, EM માળખાકીય અખંડિતતા પ્રદાન કરે છે, સપાટીઓને સંલગ્નતામાં મધ્યસ્થી કરે છે અને એન્ટિમાઇક્રોબાયલ પ્રતિકારમાં નોંધપાત્ર યોગદાન આપે છે. બાયોફિલ્મ બાયોલોજીને સમજવા માટે, દવાના પ્રતિકારની પદ્ધતિને સ્પષ્ટ કરવા અને નવલકથા ઉપચારાત્મક લક્ષ્યોને ઓળખવા માટે EM ને બહાર કાઢવું અને તેનું વિશ્લેષણ કરવું જરૂરી છે.
UIP400MTP નો ઉપયોગ કરીને કેન્ડીડા આલ્બિકન્સ બાયોફિલ્મ્સમાંથી એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિક્સ (EM) નિષ્કર્ષણ માટે પ્રોટોકોલ
આ પ્રોટોકોલ સ્ટેટિક કેન્ડીડા આલ્બિકન્સ બાયોફિલ્મ્સના એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિક્સ (EM) કાઢવા પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરે છે. કાર્યક્ષમતા અને પ્રજનનક્ષમતામાં સુધારો કરવા માટે પરંપરાગત સ્ક્રેપિંગ અથવા એન્ઝાઇમ-આધારિત પગલાંને બદલવા માટે UIP400MTP સોનિકેટરનું એકીકરણ.
જરૂરી સામગ્રી
EM નિષ્કર્ષણ માટે પગલું-દર-પગલાની સૂચનાઓ
- સ્ટેટિક બાયોફિલ્મની રચના
સ્થિર બાયોફિલ્મ્સ માટે, RPMI-1640 માધ્યમનો ઉપયોગ કરીને 96-વેલ પ્લેટના કુવાઓમાં C. આલ્બિકન્સને ઇનોક્યુલેટ કરો. દરેક કૂવામાં ઇનોક્યુલમનું સતત પ્રમાણ હોવું જોઈએ (દા.ત., કૂવા દીઠ 200 µL).
પ્લેટને 37°C પર સ્થિર સ્થિતિમાં 24 કલાક માટે ઉકાળો જેથી કૂવાની સપાટી પર બાયોફિલ્મ બની શકે. - નિષ્કર્ષણ માટે બાયોફિલ્મની તૈયારી
ઇન્ક્યુબેશન પછી, બાયોફિલ્મને ખલેલ પહોંચાડ્યા વિના, દરેક કૂવામાંથી વિતાવેલા માધ્યમને નરમાશથી એસ્પિરેટ કરો અને કાઢી નાખો.
ઢીલી રીતે જોડાયેલા કોષો અને પ્લાન્કટોનિક કાટમાળને દૂર કરવા માટે જંતુરહિત PBS (દા.ત., 200 μL) વડે દરેક સારી રીતે ધોઈ નાખો. આ પગલું બે વાર પુનરાવર્તન કરો.
સોનિકેશન માટે તૈયાર કરવા માટે દરેક કૂવામાં તાજા PBS અથવા એક્સ્ટ્રક્શન બફર (દા.ત., 200 μL) ઉમેરો. - UIP400MTP સાથે સોનિકેશન
PBS અથવા એક્સ્ટ્રક્શન બફર ધરાવતી 96-વેલ પ્લેટને UIP400MTP સોનિકેટર ટ્રેમાં મૂકો. મલ્ટિ-વેલ પ્લેટને યોગ્ય રીતે મૂકવા માટે, મેન્યુઅલની સૂચનાઓને અનુસરો.
5-6 મિનિટ માટે હળવા સેટિંગ (60% કંપનવિસ્તાર, પલ્સ મોડ) પર સોનિકેટ કરો, બાયોફિલ્મના બંધારણમાં સમાન વિક્ષેપ અને EM ઘટકોના પ્રકાશનની ખાતરી કરો.
વધુ પડતી ગરમી અથવા નમૂનાના નુકસાનને ટાળવા માટે UIP400MTP સોનિકેટર (તાપમાન સેન્સર અને સેટિંગ્સ) ના તાપમાન નિયંત્રણનો ઉપયોગ કરો. - કેશન એક્સચેન્જ રેઝિન (CER) સારવાર
દરેક કૂવામાંથી સોનિકેટેડ પ્રવાહીને નવી 96-વેલ પ્લેટમાં સ્થાનાંતરિત કરો.
દરેક કૂવામાં CER સસ્પેન્શનનું બમણું વોલ્યુમ (PBS અથવા બફરમાં તૈયાર) ઉમેરો (દા.ત., કૂવા દીઠ કુલ વોલ્યુમ 400 µL).
પ્લેટને સીલ કરો અને તેને પ્લેટ શેકર અથવા રોટેટર પર 400 rpm પર 3 કલાક માટે 3 કલાક માટે પકાવો જેથી EM ઘટકોને બંધન અને અલગ કરી શકાય. - વિભાજન અને ગાળણક્રિયા
રેઝિન અને કોષોને સુપરનેટન્ટથી અલગ કરવા માટે પ્લેટને 2,000 × g પર 10 મિનિટ માટે સેન્ટ્રીફ્યુજ કરો.
દરેક કૂવામાંથી EM ધરાવતા સુપરનેટન્ટને કાળજીપૂર્વક નવી 96-વેલ પ્લેટમાં સ્થાનાંતરિત કરો.
પ્લેટ-આધારિત વેક્યુમ મેનીફોલ્ડ સિસ્ટમનો ઉપયોગ કરીને 0.22 µm ફિલ્ટર દ્વારા સુપરનેટન્ટને ફિલ્ટર કરો અથવા સ્વચ્છ EM અર્ક મેળવવા માટે સમકક્ષ. - EM નું વિશ્લેષણ
લક્ષિત મેટાબોલાઇટ પ્રોફાઇલિંગ માટે UPLC-Q-TOF-MS જેવી તકનીકોનો ઉપયોગ કરો અથવા EM ઘટકોની લાક્ષણિકતા માટે વિશિષ્ટ પરીક્ષણો (દા.ત., પ્રોટીન, ટ્રાઇગ્લિસરાઇડ અને કાર્બોહાઇડ્રેટ ક્વોન્ટિફિકેશન કિટ્સ માટે BCA) નો ઉપયોગ કરો.
UIP400MTP વિશ્વસનીય નમૂનાની તૈયારી અને હાલના લેબ વર્કફ્લો સાથે સરળ એકીકરણની ખાતરી કરે છે
The UIP400MTP is not an ultrasonic bath. It'a a high intensity cup horn for focused sonication. This powerful non-contact sonicator delivers a uniform sonication across all wells of your standard well-plate. You have precise control over amplitude, power, and pulsing. A built-in timer and temperature probe ensures consistent results. The UIP400MTP plate sonicator cools samples with water bath (external chiller optional).
હાઇ-થ્રુપુટ એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિક્સ એક્સટ્રેક્શન
UIP400MTP સોનિકેટર સાથે એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિક્સ (EM) નિષ્કર્ષણની ઉચ્ચ કાર્યક્ષમતાએ બાયોફિલ્મ પ્રોપર્ટીઝના ચોક્કસ પૃથ્થકરણની આવશ્યકતા માટેના નમૂનાની તૈયારીમાં ક્રાંતિ લાવી છે. UIP400MTP બાયોફિલ્મ મેટ્રિક્સને ચોક્કસ અને એકસરખી રીતે વિક્ષેપિત કરવા અલ્ટ્રાસોનિક તરંગોનો ઉપયોગ કરે છે, કોષની કાર્યક્ષમતા અને અખંડિતતાને જાળવી રાખીને EM ઘટકોના અસરકારક પ્રકાશનને સક્ષમ કરે છે. આ અભિગમ બાયોફિલ્મ સદ્ધરતા પરીક્ષણો, પ્રોટીઓમિક અને મેટાબોલિક અભ્યાસો અને એન્ટિમાઇક્રોબાયલ સંવેદનશીલતા મૂલ્યાંકન જેવા પરીક્ષણોની વિશ્વસનીયતામાં નોંધપાત્ર વધારો કરે છે.
બાયોફિલ્મ રિકવરી એસેસ માટે, જેમ કે કોલોની-ફોર્મિંગ યુનિટ (CFU) કાઉન્ટિંગ, UIP400MTP સાથે EM નિષ્કર્ષણ બાયોફિલ્મ-એમ્બેડેડ કોષોમાં રીએજન્ટ્સની અવરોધ વિનાની ઍક્સેસની ખાતરી કરે છે. તેવી જ રીતે, પ્રોટીઓમિક અને મેટાબોલમિક વિશ્લેષણ, જેમ કે UPLC-Q-TOF-MS, પ્રોટીન, લિપિડ્સ અને મેટાબોલિટ્સના ઉચ્ચ-ઉપજ અલગતાથી લાભ મેળવે છે. UIP400MTP ચોક્કસ એન્ટિમાઇક્રોબાયલ સંવેદનશીલતા પરીક્ષણને પણ સમર્થન આપે છે, જે બાયોફિલ્મ MIC અને MBEC મૂલ્યોના ચોક્કસ નિર્ધારણ માટે પરવાનગી આપે છે. વધુમાં, UIP400MTP દ્વારા સુવિધાયુક્ત કાર્યક્ષમ નિષ્કર્ષણ એન્ઝાઇમ એક્ટિવિટી એસેસ, કમ્પોનન્ટ ક્વોન્ટિફિકેશન અને સ્ટ્રક્ચરલ સ્ટડીઝમાં મદદ કરે છે, જે બાયોફિલ્મ આર્કિટેક્ચર, એડહેસન અને રેઝિસ્ટન્સ મિકેનિઝમ્સમાં એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિસિસની ભૂમિકામાં મૂલ્યવાન આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે.
આ ઉચ્ચ-થ્રુપુટ, પુનઃઉત્પાદનક્ષમ નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિ EM તૈયારીને ઑપ્ટિમાઇઝ કરે છે, બાયોફિલ્મ-સંબંધિત પરીક્ષણોની શ્રેણીમાં શ્રેષ્ઠ પરિણામોની ખાતરી કરે છે.
ઉચ્ચ થ્રુપુટ EM નિષ્કર્ષણ 96-વેલ પ્લેટ સોનિકેટર UIP400MTP સાથે
સાહિત્ય / સંદર્ભો
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
વારંવાર પૂછાતા પ્રશ્નો
એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિક્સનો હેતુ શું છે?
એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિક્સ (EM અથવા ECM) કોષોને માળખાકીય આધાર પૂરો પાડે છે, આંતરકોષીય સંચારનું નિયમન કરે છે અને કોષના વર્તનને પ્રભાવિત કરે છે.
એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિક્સ પેશીઓ માટે શું કરે છે?
પેશીઓ માટે, EM એક સ્કેફોલ્ડ તરીકે કામ કરે છે જે માળખાકીય અખંડિતતાને જાળવી રાખે છે, યાંત્રિક સ્થિતિસ્થાપકતાની સુવિધા આપે છે, અને વૃદ્ધિ, તફાવત અને સમારકામ જેવી પ્રક્રિયાઓને નિયંત્રિત કરવા માટે બાયોકેમિકલ સિગ્નલિંગની મધ્યસ્થી કરે છે.
એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિક્સ સંલગ્નતા શું છે?
એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિક્સ સંલગ્નતા કોશિકાઓ અને EM વચ્ચેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાનો સંદર્ભ આપે છે, મુખ્યત્વે કોષ-સપાટીના સંલગ્નતા પરમાણુઓ જેમ કે ઇન્ટિગ્રિન્સ દ્વારા મધ્યસ્થી, સેલ એન્કરિંગ, સિગ્નલ ટ્રાન્સડક્શન અને સ્થળાંતર સક્ષમ કરે છે.
એક્સ્ટ્રાસેલ્યુલર મેટ્રિક્સ એસેઝ માટે શા માટે કાઢવામાં આવે છે?
તેની રચનાનો અભ્યાસ કરવા, સેલ્યુલર પ્રક્રિયાઓમાં તેની ભૂમિકાને સમજવા અને બાયોફિલ્મની રચના અને એન્ટિમાઇક્રોબાયલ પ્રતિકાર સહિત રોગની પ્રગતિ પરના તેના પ્રભાવની તપાસ કરવા માટે EM એ એસેસ માટે કાઢવામાં આવે છે.
એક્સ્ટ્રાસેલ્યુલર મેટ્રિક્સ માટે સામાન્ય નિષ્કર્ષણ પ્રક્રિયાઓ શું છે?
સામાન્ય નિષ્કર્ષણ પ્રક્રિયાઓમાં ભૌતિક પદ્ધતિઓનો સમાવેશ થાય છે જેમ કે અલ્ટ્રાસોનિકેશન, ડિટર્જન્ટ અથવા ક્ષાર સાથેની રાસાયણિક સારવાર અને EM ઘટકોને તેમની અખંડિતતા જાળવી રાખવા માટે એન્ઝાઇમેટિક પાચન.
ડીસેલ્યુલરાઇઝ્ડ એક્સ્ટ્રાસેલ્યુલર મેટ્રિક્સ (ડીસીએમ) શું છે?
ડીસેલ્યુલરાઇઝ્ડ એક્સ્ટ્રા સેલ્યુલર મેટ્રિક્સ (ડીસીએમ) એ EM ના માળખાકીય અને બાયોકેમિકલ ગુણધર્મોને સાચવીને પેશીઓમાંથી સેલ્યુલર સામગ્રીને દૂર કરીને મેળવવામાં આવે છે. તેનો ઉપયોગ રિજનરેટિવ મેડિસિનમાં ટીશ્યુ એન્જિનિયરિંગ અને સેલ કલ્ચર માટે સ્કેફોલ્ડ તરીકે થાય છે.
બાહ્યકોષીય મેટ્રિક્સના અલ્ટ્રાસોનિકલી-સહાયિત ડિસેલ્યુલરાઇઝેશન વિશે વધુ વાંચો!
Hielscher Ultrasonics થી ઉચ્ચ-પ્રદર્શન અલ્ટ્રાસોનિક હોમોજેનાઇઝર્સનું ઉત્પાદન કરે છે પ્રયોગશાળા પ્રતિ ઔદ્યોગિક કદ.