પ્રોટીઓમિક્સ પ્રોટોકોલ: નોન-કોન્ટેક્ટ સોનિકેશન એમએસ માટે પેપ્ટાઇડ નમૂનાની તૈયારીમાં વધારો કરે છે

બોટમ-અપ પ્રોટીઓમિક્સ આધુનિક બાયોમાર્કર શોધ, માળખાકીય જીવવિજ્ઞાન અને ક્લિનિકલ ડાયગ્નોસ્ટિક્સનો આધાર બની ગયો છે. માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી (MS) પૃથ્થકરણ પહેલા પ્રોટીનને પેપ્ટાઈડ્સમાં ડાયજેસ્ટ કરીને, સંશોધકો ઊંડા ક્રમ કવરેજ અને વધુ વિશ્વસનીય પ્રમાણીકરણ પ્રાપ્ત કરી શકે છે. જો કે, એમએસ માટે ઉચ્ચ-જટીલતાના જૈવિક નમૂનાઓ તૈયાર કરવા એ તકનીકી રીતે માંગ રહે છે. તાજેતરની પદ્ધતિસરની પ્રગતિ દર્શાવે છે કે અલ્ટ્રાસોનિક પ્રોસેસિંગ કેવી રીતે નિયંત્રિત થાય છે – ખાસ કરીને બિન-સંપર્ક VialTweeter મલ્ટી-ટ્યુબ સોનીકેટર અને UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનીકેટર સાથે – આ વર્કફ્લોને નોંધપાત્ર રીતે સુવ્યવસ્થિત કરી શકે છે, પુનઃઉત્પાદનક્ષમતા સુધારી શકે છે અને સામાન્ય સાધન અવરોધોને અટકાવી શકે છે.
MS દ્વારા વિશ્લેષણ માટે યોગ્ય કદના પેપ્ટાઈડ્સ મેળવવા માટે વિગતવાર નમૂના તૈયારી પ્રોટોકોલ શોધો.

પેપ્ટાઇડ નમૂનાની તૈયારી માટે બિન-સંપર્ક સોનિકેશનનો ઉપયોગ કોણે કરવો જોઈએ?

• બોટમ-અપ પ્રોટીઓમિક્સ & ડિસ્કવરી લેબ્સ: સંશોધકો LC-MS અથવા MALDI વર્કફ્લો માટે ઉચ્ચ-જટિલતાના નમૂનાઓ તૈયાર કરી રહ્યા છે જેમને વિવિધ જૈવિક મેટ્રિસીસમાં સુસંગત, ઉચ્ચ-ઉપજ પેપ્ટાઇડ પુનઃપ્રાપ્તિની જરૂર હોય છે.
• S-Trap™ & સસ્પેન્શન ટ્રેપિંગ વપરાશકર્તાઓ: માઈક્રો-કૉલમ ક્લિનઅપ પર આધાર રાખતી ટીમો જેમને કૉલમ ક્લોગિંગ અટકાવવા અને સરળ નમૂના લોડિંગ અને પાચનની ખાતરી કરવા માટે નિયંત્રિત DNA શીયરિંગની જરૂર છે.
• ક્લિનિકલ & અનુવાદ સંશોધન જૂથો: પેશી, કોષો, પ્લાઝ્મા, સીરમ અથવા સેરેબ્રોસ્પાઇનલ પ્રવાહીની પ્રક્રિયા કરતી પ્રયોગશાળાઓ જ્યાં બેચ-ટુ-બેચ પ્રજનનક્ષમતા અને નમૂનાની અખંડિતતા મહત્વપૂર્ણ છે.
• જથ્થાત્મક & લક્ષિત MS ટીમો: લેબ્સ સખત તુલનાત્મક અભ્યાસ કરે છે જ્યાં ફરીથી વાપરી શકાય તેવા પ્રોબ સોનિકેટર્સ ક્રોસ-પ્રદૂષણના જોખમો રજૂ કરે છે જે ઓછી વિપુલતાવાળા પેપ્ટાઇડના પ્રમાણ સાથે સમાધાન કરી શકે છે.
• મૂળ સુવિધાઓ & હાઈ-થ્રુપુટ ઓપરેશન્સ: એકસાથે અનેક જૈવિક નકલી નમૂનાને પ્રક્રિયા કરતી જૂથો જે VialTweeter સાથે બંધ-ટ્યુબ, બહુ-ટ્યુબ બ્લોક સોનેકેશનથી લાભ મેળવે છે, જે પ્રોબ સાફ કરવાની જરૂર દૂર કરે છે, હાથની મહેનત ઘટાવે છે, અને એસ્પ્ટિક શરતો જાળવે છે.
• PTM & સંભાળેલી પ્રોટીન તપાસકર્તાઓ: શોધકર્તાઓ જેમને કોશન કુદરતી રીતે, તાપમાન નિયંત્રિત પ્રક્રિયા જરૂરી છે જેથી લેબાઈલ ફેરફારો જાળવી શકાય અને સેલ લાઈસિસ અને હોમોજનાઈઝેશન દરમિયાન સીquence આવરણ વધુ થાય.

પ્રોટોકૉલ અભ્યાસ: ટિશ્યુ અને સેલ્સથી MS-રીડી પેટીડ્સ સુધી

વ્યાપકપણે અપનાવવામાં આવેલ બોટમ-અપ પ્રોટીઓમિક્સ વર્કફ્લો વોજટકીવિઝ એટ અલ દ્વારા દર્શાવેલ છે. વિવિધ જૈવિક મેટ્રિસિસમાંથી પેપ્ટાઇડ નમૂનાઓ તૈયાર કરવા માટે એક મજબૂત, માપી શકાય તેવી પદ્ધતિ પ્રદાન કરે છે. 50-100 મિલિગ્રામ ફ્લેશ-ફ્રોઝન ટિશ્યુ અથવા 1-20 મિલિયન કોષોથી શરૂ કરીને, પ્રોટોકોલ એન્ઝાઈમેટિક પાચન પહેલાં ડિટર્જન્ટ, ક્ષાર અને દૂષકોને અસરકારક રીતે દૂર કરવા માટે સસ્પેન્શન ટ્રેપિંગ (S-Trap™) તકનીકને એકીકૃત કરે છે.
લિસિસ, પ્રોટીનનું પ્રમાણીકરણ, ઘટાડો અને આલ્કિલેશન પછી, નમૂનાને એસિડિફાઇડ કરવામાં આવે છે અને S-Trap™ સ્પિન કૉલમ પર લોડ કરવામાં આવે છે જ્યાં ટ્રિપ્સિન/lysC પાચન થાય છે. પરિણામી પેપ્ટાઇડ્સ એલ્યુટેડ, સૂકવવામાં આવે છે અને એલસી-એમએસ વિશ્લેષણને આધિન છે. જ્યારે માનવ હૃદયની પેશીઓના 50 મિલિગ્રામ પર લાગુ કરવામાં આવે છે, ત્યારે આ વર્કફ્લો સતત 30-40 ઇન્જેક્શન માટે પર્યાપ્ત પેપ્ટાઇડ્સ આપે છે, જે રન દીઠ 4,000 અનન્ય પ્રોટીનને ઓળખે છે. જ્યારે રસાયણશાસ્ત્ર અને કૉલમ-આધારિત સફાઈ સારી રીતે વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવી છે, ત્યારે પાઇપલાઇનની સફળતા પ્રારંભિક ભૌતિક વિક્ષેપ અને DNA વ્યવસ્થાપન પગલાં પર ખૂબ આધાર રાખે છે.
પ્રોટોકોલ કોશિકાઓ અને ડીએનએ ઉતારવા માટે સોનિકેશન માટે VialTweeter મલ્ટી-ટ્યુબ સોનિકેટરના ઉપયોગની ભલામણ કરે છે. – પેપ્ટાઇડ વિશ્લેષણ માટે બંને પગલાં મહત્વપૂર્ણ છે.

પ્રોટીન ઉત્પન્ન કરવા માટે અલ્ટ્રાસોનિક સેલ અને ટિશ્યુ લાઈસિસ

બોટમ-અાપ પ્રોટેઓમિક્સ વર્કફ્લોમાં, સેલ નમૂનાઓમાંથી પ્રોટીન કાઢવા માટે સેલ લાઈસિસ માટે સોનિકેશન એક મહત્વપૂર્ણ પગલું છે. સેલ પેલ્લેટમાં SDS સેલ લાઈસિસ બફર ઉમેર્યા પછી, નમૂનાઓને વાયલટ્વીટર મલ્ટિ-ટ્યુબ સોનીકેટરને વાપરીને અલ્ટ્રાસોનિક પ્રક્રિયાને પાળવામાં આવે છે. પ્રોટોકોલ 1.5 mL માઇક્રોફ્યુજ ટ્યુબોનો ઉપયોગ કરે છે અને સોનીકેટરને 30% શક્તિ પર ચલાવવા માટે 10 સેકન્ડ ચાલતું અને 10 સેકન્ડ બંધ રાખવાનું નિર્દેશ આપે છે, જે 3 ચક્રો સુધી પુનરાવૃત્ત થાય છે. 1 મિનિટ રાહ જોવાનાં બાદ, ચક્રને બે વાર વધુ પુનરાવૃત્તિ કરવામાં આવે છે. નમૂનાઓ સતત બરફ સાથે ઠંડા રાખવામાં આવે છે.
આ પ્રક્રિયા માત્ર કોષોના વિક્ષેપમાં જ મદદ કરતી નથી, પરંતુ લિસિસ દરમિયાન પ્રકાશિત જીનોમિક ડીએનએને કાપવા માટે ખાસ કરીને જરૂરી છે. નમૂનાની સ્નિગ્ધતા ઘટાડવા અને એસ-ટ્રેપ સ્તંભોના™ અવરોધને રોકવા માટે અસરકારક ડીએનએ શીયરિંગ નિર્ણાયક છે, જેનાથી શ્રેષ્ઠ પ્રોટીન પુન recoveryપ્રાપ્તિ અને વિશ્વસનીય ડાઉનસ્ટ્રીમ પેપ્ટાઇડ પાચનની ખાતરી થાય છે.

અલ્ટ્રાસોનિક ડીએનએ શીયરિંગની નિર્ણાયક ભૂમિકા

એસ-ટ્રેપ-આધારિત™ વર્કફ્લોમાં સૌથી વારંવાર થતી નિષ્ફળતાઓમાંની એક સ્તંભ ક્લોગિંગ છે, જે લગભગ ખાસ કરીને કોષ અથવા પેશી એકરૂપતા દરમિયાન પ્રકાશિત થતા ઉચ્ચ-પરમાણુ-વજનના જીનોમિક ડીએનએને કારણે થાય છે. અખંડ ડીએનએ નાટકીય રીતે નમૂનાની સ્નિગ્ધતામાં વધારો કરે છે, પેપ્ટાઇડ્સને ફસાવે છે, અને માઇક્રો-છિદ્રાળુ એસ-ટ્રેપ™ સોર્બન્ટ બેડને અવરોધિત કરે છે.
અલ્ટ્રાસોનિક પ્રોસેસિંગ આ સમસ્યાનો નિકાલ મિકેનિકલ રીતે DNA ને નાના, ઘુલનશીલ ટુકડાઓમાં વિભાજિત કરીને કરે છે. નિયંત્રિત акуસ્ટિક ઊર્જાનો ઉપયોગ કરીને, VialTweeter અસરકારક રીતે ન્યુક્લેઓનિક એસિડને છિદ્ર કરે છે તે વધુ ગરમી ઉત્પન્ન કરવામાં કે વિદેશી પ્રદૂષકો દાખલ કરવામાં વિના. આ વિસ્કોસિટી ઘટાડો નમૂના લોડિંગને સહજ બનાવે છે, સતત પ્રવાહ દર અને વિક્ષેપ વિના ડાઇજેશન ગતિશીલતાને સુનિશ્ચિત કરે છે.

ઓપ્ટિમાઇઝ્ડ VialTweeter સોનિકેશન પેરામિટર્સ

પ્રોટોકોલ એક高度 પુનઃપ્રાપ્ય સોનિકેશન નિયમનકારીને સ્પષ્ટ કરે છે જે બાયોલોજીકલ નમૂનાના ઈન્ટિગ્રીટી અને ડાઉનસ્ટ્રીમ MS સુસંગતતાને ઑપ્ટિમાઇઝ કરે છે. 1.5mL માઇક્રોસેન્ટ્રિફ્યુજી ટ્યુબમાં નમૂનાના Hielscher VialTweeter નોન-કોન્ટેક્ટ બ્લોક સોનિકેટરનો ઉપયોગ કરતી વખતે, નીચેના પેરામિટર્સ લાઈસીસ અને શ્રેષ્ઠ DNA છિદ્રણ પ્રદાન કરે છે સાથે-साथ પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર જાળવી રાખે:

• એમ્પ્લિટ્યુડ: 30% પાવર
• ચક્ર પેટર્ન: 10 સેકન્ડ ઓન / 10 સેકન્ડ બંધ
• સમયગાળો:3ચક્ર (10 સેકન્ડ ઓન / 10 સેકન્ડ બંધ) → બરફ પર 1-મિનિટનો આરામ → વધુ2વખત પુનરાવર્તન કરો
• તાપમાન વ્યવસ્થાપન: થર્મલ ડિનેચ્યુરેશન અને અકાળ ઉત્સેચક પ્રવૃત્તિને રોકવા માટે પ્રક્રિયા દરમિયાન નમૂનાઓ બરફ પર મૂકવામાં આવે છે

આ પલ્સ્ડ સોનિકેશન અભિગમ સ્થાનિક ઓવરહીટિંગને અટકાવે છે, પેપ્ટાઇડ ઓક્સિડેશન ઘટાડે છે, અને તમામ શીશીઓમાં સમાન એકોસ્ટિક એક્સપોઝરની ખાતરી આપે છે. ક્લોઝ-ટ્યુબ સેટઅપ નમૂનાઓ વચ્ચે પ્રોબ સફાઈની જરૂરિયાતને પણ દૂર કરે છે, હેન્ડ-ઓન સમય અને ઓપરેટર પરિવર્તનશીલતાને તીવ્ર રીતે ઘટાડે છે.

આધુનિક પ્રોટિયોમિક્સ વર્કફ્લોઝ માટેની મુખ્યuls લાભો

તમારા બોટમ-અપ પ્રોટિયોમિક્સ પાઇપલાઇનમાં VialTweeterને એકીકૃત કરવાથી અનેક કામગીરી અને વૈજ્ઞાાનિક લાભો મળે છે:

1. સackson DNA ફ્રેગમેન્ટેશન: બધી vialમાં એકસમાન અવાજ ઊર્જા વિતરણ સુનિશ્ચિત કરે છે ગેસવાળી ઘટને પુનાપ્રાપ્ય ઘટાડે છે અને S-Trap™ લોડિંગમાં બેચથી-બેચ ફરકને અટકાવે છે.
2. લેબાઇલ પરિવર્તનોની સંરક્ષણ: બરફના બાથમાં નીચા તાપમાન પર પ્રક્રિયા પોસ્ટ-ટ્રાન્સલેશનલ મોડીફિકેશન્સ (PTMs) ને સાચવે છે અને કોષ લાયસિસ દરમિયાન ગરમી-ઉત્પન્ન પ્રોટીન ત્યારકાને અટકાવે છે.
3. સ્ટ્રીમલાઈન ડાઉનસ્ટ્રીમ પ્રોસેસિંગ: VialTweeter-પ્રોસેસ કરેલા લાયસેટને સીધા સેન્ટ્રિફ્યુગેશન દ્વારા પરિષ્કૃત કરી શકાય છે અને વધારાના ક્લીનઅપ સ્ટેપ્સનો વિના જ માત્રા નક્કી કરી શકાય છે, S-Trap™ ડાઈજેક્શન તરફના માર્ગને ઝડપી બનાવે છે.
4. માપનીયતા & લવચીકતા: સમાન સોનિકેશન સુઝાવો બંને ઉચ્ચ જટિલતા વાળા ટિશ્યુ નમૂનાઓ અને કોષ સસ્પેંશન પર લાગુ પડે છે, જે ડિસ્કવરી પ્રોટીઓમિક્સ, ટાર્ગેટેડ ક્વાન્ટિફિકેશન અને ગ્લાઈકોપ્રોટીઓમિક્સ વર્કફ્લોઝને સપોર્ટ કરે છે. Hielscher માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર્સ મોટાં મલ્ટી-વાલ નમૂનાઓ માટે સરળ સ્કેલ-અપની મંજૂરી આપે છે.

સાહિત્ય / સંદર્ભો