પ્રોટીઓમિક્સ પ્રોટોકોલ: સંપર્કરહિત સોનિકેશન MS માટે પેપ્ટાઇડ નમૂનાની તૈયારીને સુધારે છે
બોટમ-અપ પ્રોટીઓમિક્સ આધુનિક બાયોમાર્કરની શોધ, સંરચનાત્મક જીવવિજ્ઞાન અને ક્લિનિકલ નિદાનનો પાયાનો આધાર બની ગયું છે. માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી (MS) વિશ્લેષણ પહેલાં પ્રોટીનનું પેપ્ટાઇડમાં પાચન કરીને સંશોધકો વધુ વ્યાપક અનુક્રમ આવરણ અને વધુ વિશ્વસનીય માત્રાત્મક નિર્ધારણ પ્રાપ્ત કરી શકે છે. જોકે, MS માટે અત્યંત જટિલ જૈવિક નમૂનાઓ તૈયાર કરવા હજી પણ તકનીકી રીતે પડકારજનક છે. પદ્ધતિઓમાં થયેલી તાજેતરની પ્રગતિ દર્શાવે છે કે નિયંત્રિત અલ્ટ્રાસોનિક પ્રક્રિયા – ખાસ કરીને સંપર્કરહિત VialTweeter Multi-Tube સોનિકેટર અને UIP400MTP Microplate સોનિકેટર વડે – આ કાર્યપ્રવાહને નોંધપાત્ર રીતે સુગમ બનાવી શકે છે, પુનરુત્પાદકતા સુધારી શકે છે અને ઉપકરણોમાં સામાન્ય રીતે ઊભા થતા અવરોધોને અટકાવી શકે છે.
MS દ્વારા વિશ્લેષણ માટે યોગ્ય કદના પેપ્ટાઇડ મેળવવા માટે નમૂનાની તૈયારીનો વિગતવાર પ્રોટોકોલ જાણો.
પેપ્ટાઇડ નમૂનાની તૈયારી માટે સંપર્કરહિત સોનિકેશનનો ઉપયોગ કોણે કરવો જોઈએ?
- બોટમ-અપ પ્રોટીઓમિક્સ અને શોધ પ્રયોગશાળાઓ: LC-MS અથવા MALDI કાર્યપ્રવાહો માટે અત્યંત જટિલ નમૂનાઓ તૈયાર કરતા એવા સંશોધકો, જેમને વિવિધ જૈવિક મેટ્રિક્સમાંથી સાતત્યપૂર્ણ રીતે ઊંચી ઉપજ સાથે પેપ્ટાઇડની પુનઃપ્રાપ્તિની જરૂર હોય છે.
- S-Trap™ અને સસ્પેન્શન ટ્રેપિંગના વપરાશકર્તાઓ: માઇક્રો-કૉલમ દ્વારા શુદ્ધિકરણ પર આધાર રાખતી એવી ટીમો, જેમને કૉલમ અવરોધાતી અટકાવવા અને નમૂનાનું સુગમ લોડિંગ તથા પાચન સુનિશ્ચિત કરવા માટે નિયંત્રિત DNA શીયરિંગની જરૂર હોય છે.
- ક્લિનિકલ અને ટ્રાન્સલેશનલ સંશોધન જૂથો: પેશી, કોષો, પ્લાઝ્મા, સીરમ અથવા મસ્તિષ્ક-મેરુરજ્જુ પ્રવાહીની પ્રક્રિયા કરતી એવી પ્રયોગશાળાઓ, જ્યાં બૅચથી બૅચની પુનરુત્પાદકતા અને નમૂનાની અખંડિતતા અત્યંત મહત્વપૂર્ણ હોય છે.
- માત્રાત્મક અને લક્ષિત MS ટીમો: કડક તુલનાત્મક અભ્યાસો કરતી એવી પ્રયોગશાળાઓ, જ્યાં પ્રોબ સોનિકેટરો નમૂનાઓ વચ્ચે પરસ્પર દૂષણનાં જોખમો ઊભાં કરે છે, જે ઓછી માત્રામાં રહેલા પેપ્ટાઇડના માત્રાત્મક નિર્ધારણને અસર કરી શકે છે.
- કેન્દ્રીય સુવિધાઓ અને ઉચ્ચ નમૂના-પ્રક્રિયા ક્ષમતાવાળી કામગીરી: એકસાથે અનેક જૈવિક પુનરાવર્તિત નમૂનાઓની પ્રક્રિયા કરતાં એવાં જૂથો, જેમને VialTweeter વડે બંધ ટ્યુબોમાં થતા મલ્ટી-ટ્યુબ બ્લૉક સોનિકેશનનો લાભ મળે છે; તે પ્રોબની સફાઈની જરૂરિયાત દૂર કરે છે, પ્રત્યક્ષ કામગીરીનો સમય ઘટાડે છે અને જીવાણુરહિત પરિસ્થિતિઓ જાળવે છે.
- PTM અને પ્રોટીનની સંરચનાનો અભ્યાસ કરતા સંશોધકો: કોષલયન અને સમાનાંગીકરણ દરમિયાન અસ્થિર ફેરફારોને જાળવી રાખવા અને અનુક્રમ આવરણ મહત્તમ કરવા માટે સૌમ્ય, તાપમાન-નિયંત્રિત પ્રક્રિયાની જરૂર ધરાવતા સંશોધકો.
પ્રોટીઓમિક્સ માટે અનેક સીલબંધ વાયલમાં રહેલા નમૂનાઓની સંપર્કરહિત તૈયારી માટેનું મલ્ટી-સેમ્પલ સોનિકેટર “VialTweeter”
પ્રોટોકોલનો વિહંગાવલોકન: પેશી અને કોષોથી MS માટે તૈયાર પેપ્ટાઇડ સુધી
Wojtkiewicz અને સહલેખકો દ્વારા વર્ણવાયેલો, વ્યાપકપણે અપનાવાયેલો બોટમ-અપ પ્રોટીઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહ વિવિધ જૈવિક મેટ્રિક્સમાંથી પેપ્ટાઇડ નમૂનાઓ તૈયાર કરવા માટે એક સુદૃઢ પદ્ધતિ પૂરી પાડે છે, જેનો પ્રક્રિયા વ્યાપ વધારી શકાય છે. 50–100 mg ત્વરિત હિમિત પેશી અથવા 1–20 મિલિયન કોષોથી શરૂ થતો આ પ્રોટોકોલ એન્ઝાઇમ દ્વારા પાચન પહેલાં ડિટર્જન્ટ, ક્ષાર અને દૂષકોને કાર્યક્ષમ રીતે દૂર કરવા માટે સસ્પેન્શન ટ્રેપિંગ (S-Trap™) ટેકનોલોજીનો સમાવેશ કરે છે.
કોષલયન, પ્રોટીનના માત્રાત્મક નિર્ધારણ, અપચય અને આલ્કિલેશન પછી નમૂનાનું અમ્લીકરણ કરવામાં આવે છે અને તેને S-Trap™ સ્પિન કૉલમ પર લોડ કરવામાં આવે છે, જ્યાં trypsin/lysC દ્વારા પાચન થાય છે. પરિણામી પેપ્ટાઇડનું એલ્યુશન કરવામાં આવે છે, તેમને સૂકવવામાં આવે છે અને તેમનું LC-MS વિશ્લેષણ કરવામાં આવે છે. માનવ હૃદયની 50 mg પેશી પર લાગુ કરવામાં આવે ત્યારે આ કાર્યપ્રવાહ સાતત્યપૂર્ણ રીતે 30–40 ઇન્જેક્શન માટે પૂરતા પેપ્ટાઇડ આપે છે અને દરેક રનમાં 4,000 કરતાં વધુ વિશિષ્ટ પ્રોટીનની ઓળખ કરે છે. રાસાયણિક પ્રક્રિયા અને કૉલમ-આધારિત શુદ્ધિકરણ સુસ્પષ્ટ રીતે નિર્ધારિત હોવા છતાં, સમગ્ર પ્રક્રિયાક્રમની સફળતા પ્રારંભિક ભૌતિક વિઘટન અને DNA વ્યવસ્થાપનનાં પગલાં પર ખૂબ આધાર રાખે છે.
પ્રોટોકોલ સોનિકેશન દ્વારા કોષલયન અને DNA શીયરિંગ માટે VialTweeter Multi-Tube Sonicator નો ઉપયોગ કરવાની ભલામણ કરે છે – પેપ્ટાઇડ વિશ્લેષણ માટે આ બંને પગલાં અત્યંત મહત્વપૂર્ણ છે.
VialTweeter સીલબંધ 1.0, 1.5 અને 2.0mL Eppendorf ટ્યુબો તેમજ વિવિધ NUNC વાયલનું સોનિકેશન કરે છે
પ્રોટીન નિષ્કર્ષણ માટે અલ્ટ્રાસોનિક કોષ અને પેશીલયન
બોટમ-અપ પ્રોટીઓમિક્સની કાર્યપ્રક્રિયામાં, અનુગામી માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી વિશ્લેષણ માટે પ્રોટીન કાઢવા કોષના નમૂનાઓનું લાયસિસ કરવામાં સોનિકેશન એક મુખ્ય પગલું છે. કોષના પેલેટમાં SDS કોષ લાયસિસ બફર ઉમેર્યા પછી, VialTweeter મલ્ટી-ટ્યૂબ સોનિકેટરનો ઉપયોગ કરીને નમૂનાઓ પર અલ્ટ્રાસોનિક પ્રક્રિયા કરવામાં આવે છે. પ્રોટોકોલમાં 1.5 mL માઇક્રોફ્યુજ ટ્યૂબનો ઉપયોગ થાય છે અને સોનિકેટરને 30% પાવર પર 10 સેકન્ડ ચાલુ અને 10 સેકન્ડ બંધ રાખીને 3 ચક્ર સુધી ચલાવવાનું નિર્દિષ્ટ કરવામાં આવ્યું છે. 1 મિનિટ રાહ જોયા પછી, ચક્રને વધુ બે વખત પુનરાવર્તિત કરવામાં આવે છે. નમૂનાઓને બરફથી સતત ઠંડા રાખવામાં આવે છે.
આ પ્રક્રિયા કોષોના વિઘટનમાં મદદ કરે છે એટલું જ નહીં, પરંતુ લાયસિસ દરમિયાન મુક્ત થતા જિનોમિક DNAને શીયર કરવા માટે ખાસ જરૂરી છે. નમૂનાની શ્યાનતા ઘટાડવા અને S-Trap™ કૉલમને અવરોધાતા અટકાવવા માટે અસરકારક DNA શીયરિંગ નિર્ણાયક છે, જેથી પ્રોટીનની શ્રેષ્ઠ પુનઃપ્રાપ્તિ અને ત્યારબાદ પેપ્ટાઇડનું વિશ્વસનીય પાચન સુનિશ્ચિત થાય છે.
અલ્ટ્રાસોનિક DNA શીયરિંગની નિર્ણાયક ભૂમિકા
S-Trap™ આધારિત કાર્યપ્રક્રિયાઓમાં સૌથી વારંવાર થતી નિષ્ફળતાઓમાંની એક કૉલમનું અવરોધાવું છે, જે લગભગ સંપૂર્ણપણે કોષ અથવા પેશીના સમાનાંગીકરણ દરમિયાન મુક્ત થતા ઊંચા અણુભારવાળા જિનોમિક DNAને કારણે થાય છે. અખંડ DNA નમૂનાની શ્યાનતામાં ભારે વધારો કરે છે, પેપ્ટાઇડને ફસાવે છે અને સૂક્ષ્મ છિદ્રો ધરાવતા S-Trap™ અધિશોષક સ્તરને અવરોધે છે.
અલ્ટ્રાસોનિક પ્રક્રિયા DNAને યાંત્રિક રીતે નાના, દ્રાવ્ય ખંડોમાં વિભાજિત કરીને આ સમસ્યા ઉકેલે છે. નિયંત્રિત ધ્વનિ ઊર્જા લાગુ કરીને, VialTweeter વધુ પડતી ગરમી ઉત્પન્ન કર્યા વિના અથવા બાહ્ય દૂષકો દાખલ કર્યા વિના ન્યુક્લિક એસિડનું કાર્યક્ષમ રીતે શીયરિંગ કરે છે. શ્યાનતામાં આ ઘટાડો નમૂનાનું સરળ લોડિંગ, એકસમાન આરપાર પ્રવાહ દર અને પાચનની અવિરત ગતિ સુનિશ્ચિત કરે છે.
શ્રેષ્ઠ બનાવેલા VialTweeter સોનિકેશન પરિમાણો
પ્રોટોકોલમાં જૈવિક નમૂનાની અખંડિતતા અને અનુગામી MS સુસંગતતા માટે શ્રેષ્ઠ બનાવેલી, અત્યંત પુનરુત્પાદનક્ષમ સોનિકેશન પદ્ધતિ નિર્દિષ્ટ કરવામાં આવી છે. Hielscher VialTweeter બિનસંપર્ક બ્લોક સોનિકેટરનો ઉપયોગ કરીને 1.5mL માઇક્રોસેન્ટ્રિફ્યુજ ટ્યૂબમાં રહેલા નમૂના માટે, નીચેના પરિમાણો પ્રોટીનની રચના જાળવી રાખીને લાયસિસ અને શ્રેષ્ઠ DNA શીયરિંગ પ્રદાન કરે છે:
- કંપવિસ્તાર: 30% પાવર
- ચક્રની પદ્ધતિ: 10 સેકન્ડ ચાલુ / 10 સેકન્ડ બંધ
- અવધિ: 3 ચક્ર (10sec ચાલુ/10sec બંધ) → બરફ પર 1 મિનિટનો વિરામ → વધુ 2 વખત પુનરાવર્તન કરો
- તાપમાન વ્યવસ્થાપન: ઉષ્મીય વિકૃતીકરણ અને સમય પહેલાં થતી ઉત્સેચકીય પ્રવૃત્તિ અટકાવવા માટે પ્રક્રિયા દરમિયાન નમૂનાઓને બરફ પર રાખવામાં આવે છે
આ પલ્સવાળી સોનિકેશન પદ્ધતિ સ્થાનિક અતિશય ગરમી અટકાવે છે, પેપ્ટાઇડનું ઓક્સિડેશન લઘુતમ કરે છે અને બધી વાયલ પર એકસમાન ધ્વનિ ઊર્જાનો પ્રભાવ સુનિશ્ચિત કરે છે. બંધ ટ્યૂબવાળી ગોઠવણી નમૂનાઓ વચ્ચે પ્રોબ સાફ કરવાની જરૂરિયાત પણ દૂર કરે છે, જેથી પ્રત્યક્ષ કામમાં લાગતો સમય અને સંચાલકને કારણે થતી પરિવર્તનશીલતા મોટા પ્રમાણમાં ઘટે છે.
આધુનિક પ્રોટીઓમિક્સ કાર્યપ્રક્રિયાઓ માટેના મુખ્ય લાભો
તમારી બોટમ-અપ પ્રોટીઓમિક્સ પ્રક્રિયાશૃંખલામાં VialTweeter નો સમાવેશ કરવાથી સંચાલન અને વિજ્ઞાન સંબંધિત અનેક લાભો મળે છે:
- સુસંગત DNA ખંડન: બધી વાયલમાં ધ્વનિ ઊર્જાનું એકસમાન પ્રદાન શ્યાનતામાં પુનરુત્પાદનક્ષમ ઘટાડો સુનિશ્ચિત કરે છે અને S-Trap™ લોડિંગમાં બૅચથી બૅચ વચ્ચેની પરિવર્તનશીલતા અટકાવે છે.
- અસ્થિર રૂપાંતરોનું સંરક્ષણ: બરફના સ્નાનમાં નીચા તાપમાને થતી પ્રક્રિયા અનુવાદોત્તર રૂપાંતરો (PTMs)નું રક્ષણ કરે છે અને કોષ લાયસિસ દરમિયાન ગરમીથી પ્રેરિત પ્રોટીન એકત્રીકરણ અટકાવે છે.
- સુવ્યવસ્થિત અનુગામી પ્રક્રિયા: VialTweeter દ્વારા પ્રક્રિયા કરેલા લાયસેટને વધારાનાં શુદ્ધીકરણ પગલાં વિના સીધા સેન્ટ્રિફ્યુગેશન દ્વારા કણમુક્ત કરી શકાય છે અને તેમનું પરિમાણન કરી શકાય છે, જેથી S-Trap™ પાચન સુધી પહોંચવાની પ્રક્રિયા ઝડપી બને છે.
- પ્રક્રિયાનું પ્રમાણ વધારવાની ક્ષમતા અને લવચીકતા: સોનિકેશનની સમાન સેટિંગ્સ ઊંચી જટિલતાવાળા પેશીના નમૂનાઓ અને કોષ સસ્પેન્શન બંનેને લાગુ પડે છે, જે શોધલક્ષી પ્રોટીઓમિક્સ, લક્ષિત પરિમાણન અને ગ્લાયકોપ્રોટીઓમિક્સ કાર્યપ્રક્રિયાઓને સમર્થન આપે છે. Hielscher માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર મલ્ટી-વેલમાં મોટી સંખ્યામાં નમૂનાઓની પ્રક્રિયા કરવા માટે સરળતાથી પ્રમાણ વધારવાની સુવિધા આપે છે.
બિનસંપર્ક મલ્ટી-ટ્યૂબ સોનિકેટર VialTweeter ને રેફ્રિજરેટેડ કેબિનેટમાં ચલાવી શકાય છે
પ્રોટીઓમિક નમૂના તૈયારી માટેનાં સોનિકેટર
માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી માટે ઉચ્ચ ગુણવત્તાવાળા પેપ્ટાઇડ નમૂનાઓ તૈયાર કરવા માટે કાર્યક્ષમ લાયસિસ ઉપરાંત વધુની જરૂર પડે છે – તેમાં DNA શિયરિંગ, તાપમાન અને દૂષણ નિવારણ પર ચોક્કસ નિયંત્રણ જરૂરી છે. તમારા બોટમ-અપ પ્રોટીઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહમાં Hielscher VialTweeter નો સમાવેશ કરીને તમે S-Trap™ માં અવરોધ થતો અટકાવી શકો છો, પુનરુત્પાદનીય પ્રોટીન પુનઃપ્રાપ્તિ સુનિશ્ચિત કરી શકો છો અને સંવેદનશીલ MS વિશ્લેષણો માટે જરૂરી સ્વચ્છતા જાળવી શકો છો. તમે માનવ પેશી, સંવર્ધિત કોષો કે જટિલ લાયસેટ્સનું પ્રોસેસિંગ કરતા હો, અલ્ટ્રાસોનિક બ્લોક પ્રોસેસિંગ આધુનિક પ્રોટીઓમિક્સ પ્રયોગશાળાઓને જરૂરી વિશ્વસનીયતા, પ્રોસેસિંગનું પ્રમાણ વધારવાની ક્ષમતા અને પ્રક્રિયા નિયંત્રણ પૂરાં પાડે છે.
વધુ સંખ્યામાં નમૂનાઓનું પ્રોસેસિંગ કરવા માટે Hielscher ના કેન્દ્રિત, બિનસંપર્ક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર મોડેલો UIP400MTP અને UIP550MTP નો લાભ લો! ઉચ્ચ નમૂના પ્રોસેસિંગ ક્ષમતાવાળા પ્રોટીઓમિક્સ માટે કોઈપણ પ્રમાણભૂત મલ્ટિ-વેલ પ્લેટનું પ્રોસેસિંગ કરો!
બંધ ટ્યૂબમાં પ્રોસેસિંગ વિરુદ્ધ પરંપરાગત પ્રોબ સોનિકેટર્સ
ઐતિહાસિક રીતે, સંશોધકો DNA શિયરિંગ માટે સીધા સંપર્કવાળા પ્રોબ સોનિકેટર્સ પર આધાર રાખતા આવ્યા છે. અસરકારક હોવા છતાં, પ્રોબ પ્રણાલીઓ પ્રોટીઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહોમાં કેટલીક ગંભીર મર્યાદાઓ ઊભી કરે છે:
- પરસ્પર દૂષણનું જોખમ: અનેક નમૂનાઓમાં એક જ પ્રોબનો પુનઃઉપયોગ કરવાથી એરોસોલ દ્વારા એક નમૂનાના પદાર્થો બીજા નમૂનામાં વહન થાય છે અને પરસ્પર દૂષકો પ્રવેશે છે, જે પરિમાણાત્મક MS પરિણામોને વિકૃત કરે છે.
- નમૂનાનો વ્યય: પ્રોબને સીધો દાખલ કરવાથી છાંટા ઊડવા, બાષ્પીભવન થવું અને મૂલ્યવાન પેપ્ટાઇડ્સ પ્રોબની સપાટી પર ચોંટી જવા જેવી અસરો થઈ શકે છે.
- સફાઈ: પ્રોસેસિંગના બે રન વચ્ચે પ્રોબને સંપૂર્ણપણે દૂષણમુક્ત કરવામાં ઘણો સમય લાગે છે અને આ પ્રક્રિયા ઘણી વાર અધૂરી રહે છે, જેના કારણે ઓછી માત્રામાં હાજર પ્રોટીનના અભ્યાસોની વિશ્વસનીયતા જોખમાય છે.
VialTweeter બ્લોક સોનિકેટર નમૂનાઓનું પ્રોસેસિંગ સંપૂર્ણપણે સીલબંધ માઇક્રોસેન્ટ્રિફ્યુજ ટ્યૂબની અંદર કરે છે. આ બંધ પ્રણાલીની રચના પ્રોબ અને નમૂના વચ્ચેનો સંપર્ક દૂર કરે છે, એરોસોલ ઉત્પન્ન થતો અટકાવે છે અને હોમોજેનાઇઝેશન તથા લાયસિસ દરમિયાન કડક જીવાણુરહિત પરિસ્થિતિઓ જાળવે છે. અત્યંત જટિલ પેશી લાયસેટ્સ અથવા અનેક કોષ રેખાઓનું પ્રોસેસિંગ કરતી પ્રયોગશાળાઓ માટે આનો અર્થ વધુ સ્વચ્છ MS ડેટા, વધુ પેપ્ટાઇડ પુનઃપ્રાપ્તિ અને વધુ વિશ્વસનીય જૈવિક પુનરાવર્તિત નમૂનાઓ થાય છે.
મલ્ટિવેલ પ્લેટોમાં ઉચ્ચ નમૂના પ્રોસેસિંગ ક્ષમતાવાળી નમૂના તૈયારી માટે પ્રોસેસિંગનું પ્રમાણ વધારવું
માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર મોડેલો UIP400MTP અને UIP550MTP ની મદદથી, ટ્યૂબમાં થતા પ્રોસેસિંગનું પ્રમાણ સરળતાથી વધારીને કોઈપણ પ્રમાણભૂત મલ્ટિ-વેલ પ્લેટમાં ઉચ્ચ ક્ષમતાએ નમૂનાઓનું પ્રોસેસિંગ કરી શકાય છે.
મલ્ટિ-વેલ પ્લેટ સોનિકેટર UIP400MTP નમૂનાઓમાંથી ઉચ્ચ નમૂના પ્રોસેસિંગ ક્ષમતાએ પ્રોટીન નિષ્કર્ષણ માટે
પેપ્ટાઇડ નમૂના તૈયારી માટે સોનિકેશન વિશે વારંવાર પૂછાતા પ્રશ્નો
S-Trap™ દ્વારા પેપ્ટાઇડ પ્રોસેસિંગ પહેલાં સોનિકેશન શા માટે જરૂરી છે?
કોષ અથવા પેશીના લાયસિસ દરમિયાન મુક્ત થતા ઉચ્ચ આણ્વિક વજનવાળા જીનોમિક DNA નું શિયરિંગ કરવા માટે સોનિકેશન જરૂરી છે. અખંડ DNA નમૂનાની શ્યાનતામાં ભારે વધારો કરે છે, જેના કારણે S-Trap™ માઇક્રો-કૉલમમાં અવરોધ થઈ શકે છે અને પેપ્ટાઇડ્સ ફસાઈ શકે છે, જેનાથી પુનઃપ્રાપ્તિ અને MS સાથેની સુસંગતતામાં ગંભીર ઘટાડો થાય છે.
પરંપરાગત પ્રોબ સોનિકેટર્સની તુલનામાં VialTweeter બ્લોક સોનિકેટર નમૂના તૈયારીમાં કેવી રીતે સુધારો કરે છે?
સીધા સંપર્કવાળા પ્રોબ સોનિકેટર્સમાં પ્રોસેસિંગના બે રન વચ્ચે કાળજીપૂર્વક સફાઈ જરૂરી હોય છે અને એરોસોલ દ્વારા એક નમૂનાના પદાર્થો બીજા નમૂનામાં વહન થવાનું જોખમ રહે છે, જ્યારે VialTweeter નમૂનાઓનું પ્રોસેસિંગ સંપૂર્ણપણે સીલબંધ વાયલ્સ અને માઇક્રોસેન્ટ્રિફ્યુજ ટ્યૂબની અંદર કરે છે. આ બંધ ટ્યૂબની રચના પરસ્પર દૂષણ દૂર કરે છે, નમૂનાનો વ્યય અટકાવે છે અને હોમોજેનાઇઝેશન તથા કોષ લાયસિસ દરમિયાન કડક જીવાણુરહિત પરિસ્થિતિઓ જાળવે છે.
પ્રોટીઓમિક્સ નમૂના તૈયારી માટે સોનિકેશનના શ્રેષ્ઠ પરિમાણો કયા છે?
કોષો અને પેશીઓ જેવા જૈવિક નમૂનાઓ માટે ભલામણ કરાયેલ પ્રોટોકોલમાં VialTweeter સોનિકેટરને 30% પાવર પર 10 સેકન્ડ ચાલુ / 10 સેકન્ડ બંધના ચક્ર સાથે ચલાવવામાં આવે છે અને આ ચક્ર 3 વખત પુનરાવર્તિત કરવામાં આવે છે. પ્રોસેસિંગ દરમિયાન નમૂનાઓને બરફ પર રાખવા જોઈએ અને જો ≥5 મિલિયન કોષોનું પ્રોસેસિંગ કરવામાં આવતું હોય તો આ ચક્ર વધુ બે વખત પુનરાવર્તિત કરવું જોઈએ. (જુઓ Wojtkiewicz et al., 2021)
નમૂનો લોડ કરતી વખતે મારી S-Trap™ કૉલમમાં અવરોધ થાય તો મારે શું કરવું જોઈએ?
કૉલમમાં અવરોધ સામાન્ય રીતે DNA ને કારણે થતી ઊંચી શ્યાનતા અથવા અપર્યાપ્ત નિર્મલીકરણને કારણે થાય છે. આ સમસ્યા દૂર કરવા માટે, પિપેટિંગ પહેલાં તમારા લાયસેટનું સારી રીતે સેન્ટ્રિફ્યુગેશન કરો અને સોનિકેશન દ્વારા DNA નું પૂરતું શિયરિંગ થયું છે તેની ખાતરી કરો.
બિનસંપર્ક સોનિકેશન પરિમાણાત્મક પ્રોટીઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહોને કેવી રીતે લાભ આપે છે?
પરિમાણાત્મક અભ્યાસોમાં, નમૂનાઓ વચ્ચે અતિસૂક્ષ્મ માત્રામાં થતું પરસ્પર દૂષણ પણ ઓછી માત્રામાં હાજર પેપ્ટાઇડ્સના માપનને વિકૃત કરી શકે છે. VialTweeter ની બંધ ટ્યુબમાં અનેક વાયલની પ્રક્રિયા પ્રોબ દાખલ કરવાની જરૂરિયાત દૂર કરે છે, બેચથી બેચ પુનરુત્પાદકતા સુનિશ્ચિત કરે છે અને સચોટ તુલનાત્મક વિશ્લેષણો માટે નમૂનાની અખંડિતતા જાળવે છે.
આ પ્રોટોકોલથી હું કેટલી પ્રોટીન ઉપજ અને MS વિશ્લેષણની કેટલી ઊંડાઈની અપેક્ષા રાખી શકું?
માનવ હૃદયની 50 mg પેશી અથવા 5 મિલિયન કોષોથી શરૂઆત કરતાં, S-Trap™ કાર્યપ્રવાહ સામાન્ય રીતે 30–50 LC-MS ઇન્જેક્શન્સ માટે પૂરતા પેપ્ટાઇડ્સ આપે છે અને દરેક રનમાં સતત 4,000થી વધુ વિશિષ્ટ પ્રોટીનોની ઓળખ કરે છે. (જુઓ Wojtkiewicz et al., 2021)
સાહિત્ય / સંદર્ભો
- FactSheet VialTweeter – Sonicator for Simultaneous Sample Preparation
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP550MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- Wojtkiewicz M., Berg Luecke L., Kelly M.I., Gundry R.L. (2021): Facile Preparation of Peptides for Mass Spectrometry Analysis in Bottom-Up Proteomics Workflows. Current Protocols 2021 Mar;1(3):e85.
- Lori C., Kaczmarczyk A., de Jong I., Jenal U. (2018): A single-domain response regulator functions as an integrating hub to coordinate general stress response and development in alphaproteobacteria. mBio Vol 9, No 3; 2018.
- Jorge S., Pereira K., López-Fernández H., LaFramboise W., Dhir R., Fernández-Lodeiro J., Lodeiro C., Santos H.M., Capelo-Martínez J.L. (2020): Ultrasonic-assisted extraction and digestion of proteins from solid biopsies followed by peptide sequential extraction hyphenated to MALDI-based profiling holds the promise of distinguishing renal oncocytoma from chromophobe renal cell carcinoma. Talanta, 2020.
Hielscher Ultrasonics નમૂનાની તૈયારી અને ક્લિનિકલ વિશ્લેષણ માટે શક્તિશાળી બિનસંપર્ક સોનિકેટર્સ પૂરા પાડે છે. મલ્ટિ-વેલ પ્લેટ સોનિકેટર UIP400MTP, VialTweeter, CupHorn અને GDmini2 ફ્લો સોનિકેટર નમૂનાઓને સ્પર્શ કર્યા વિના તેમની પ્રક્રિયા કરે છે.