શૉટગન પ્રોટિઓમિક્સમાં માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન – ઉપયોગ નોંધ
જટિલ જૈવિક સામગ્રીને LC-MS/MS માટે તૈયાર પેપ્ટાઇડ્સમાં રૂપાંતરિત કરવા માટે શૉટગન પ્રોટિઓમિક્સ કાર્યક્ષમ અને પુનરુત્પાદનક્ષમ નમૂના તૈયારી પર આધાર રાખે છે. UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર નાના કદના નમૂનાઓનું પ્રમાણભૂત, સમાંતર સોનિકેશન શક્ય બનાવીને આ પ્રક્રિયાને સહાય કરે છે, જેથી પ્રયોગશાળાઓ માઇક્રોપ્લેટ આધારિત કાર્યપ્રવાહોમાં વિઘટન, નિષ્કર્ષણ અને પુનઃદ્રાવ્યીકરણ સુધારી શકે છે. આ ઉપયોગ નોંધમાં પ્રયોગશાળામાં પરીક્ષણ કરાયેલા ઉદાહરણ તરીકે PLA2G12A/Th17 અભ્યાસોમાંથી પ્રકાશિત કોષબાહ્ય પુટિકા કાર્યપ્રવાહનો ઉપયોગ કરીને UIP400MTP ને પ્રોટિઓમિક નમૂના તૈયારીમાં કેવી રીતે સંકલિત કરી શકાય છે તે વર્ણવવામાં આવ્યું છે.
વધુ પુનરુત્પાદનક્ષમ શૉટગન પ્રોટિઓમિક્સ માટે માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન
પ્રોટિઓમિક્સના સંશોધકો માટે ઉચ્ચ ગુણવત્તાવાળા LC-MS/MS ડેટા મેળવવા પુનરુત્પાદનક્ષમ નમૂના તૈયારી અત્યંત જરૂરી છે. UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર પ્લેટ આધારિત અને નાના કદના નમૂનાઓ/ઊંચી નમૂના પ્રક્રિયા ક્ષમતા ધરાવતા કાર્યપ્રવાહોમાં પ્રમાણભૂત, સમાંતર સોનિકેશનને સહાય કરે છે.
તે ખાસ કરીને નીચેની બાબતો સાથે કામ કરતી પ્રયોગશાળાઓ માટે ઉપયોગી છે:
- નમૂનાઓના મોટા સમૂહો, જેમાં અનેક વેલમાં એકસરખી પ્રક્રિયા જરૂરી હોય છે
- મર્યાદિત પ્રારંભિક જથ્થાવાળી સામગ્રી, જેમાં નમૂનાનું નુકસાન અને પરિવર્તનશીલતા ન્યૂનતમ રાખવાં જરૂરી હોય છે
- કોષબાહ્ય પુટિકાઓ જેવા લિપિડથી સમૃદ્ધ નમૂનાઓ
- જટિલ જૈવિક તૈયારીઓ, જેમાં કાર્યક્ષમ વિઘટન, નિષ્કર્ષણ અથવા પુનઃદ્રાવ્યીકરણ જરૂરી હોય છે
- તુલનાત્મક શૉટગન પ્રોટિઓમિક્સ, જેમાં વિવિધ પરિસ્થિતિઓ અને પુનરાવર્તિત નમૂનાઓમાં પુનરુત્પાદનક્ષમતા આવશ્યક હોય છે
પાચન પહેલાં માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશનને સંકલિત કરીને સંશોધકો નીચેની પ્રક્રિયાઓ માટે નમૂનાઓની તૈયારી સુધારી શકે છે:
- પ્રોટીનનું નિષ્કર્ષણ અને પુનઃદ્રાવ્યીકરણ
- ટ્રિપ્સિન/Lys-C દ્વારા પાચન
- Nano-LC/MS/MS ડેટા સંપાદન
- અનુવર્તી પરિમાણાત્મક પ્રોટિઓમિક્સ વિશ્લેષણ
માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન માનવીય કામગીરીને કારણે થતી પરિવર્તનશીલતા ઘટાડવામાં, નમૂનાનું વિઘટન સુધારવામાં અને વિશ્વસનીય LC-MS/MS વિશ્લેષણ માટે જટિલ જૈવિક નમૂનાઓ તૈયાર કરવામાં કેવી રીતે મદદ કરે છે તે જાણો.
માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશનથી નીચેની સંસ્થાઓ અને ટીમોને લાભ થઈ શકે છે:
- પ્રોટિઓમિક્સની કેન્દ્રીય સુવિધાઓ
- EV સંશોધન પ્રયોગશાળાઓ
- રોગપ્રતિકારકવિજ્ઞાન અને કોષજીવવિજ્ઞાનની પ્રયોગશાળાઓ
- સંશોધનને વ્યવહારુ ઉપયોગમાં પરિવર્તિત કરતા અનુવાદાત્મક સંશોધન જૂથો
- એકલ નમૂનાની તૈયારીથી વધુ ઊંચી નમૂના પ્રક્રિયા ક્ષમતા ધરાવતા કાર્યપ્રવાહો તરફ વિસ્તરતી જીવનવિજ્ઞાનની ટીમો
કોષબાહ્ય પુટિકાઓના પ્રોટિઓમ વિશ્લેષણ માટે ઊંચી નમૂના પ્રક્રિયા ક્ષમતાવાળી નમૂના તૈયારી
શૉટગન પ્રોટિઓમિક્સ શું છે?
સંપૂર્ણ કોષોના લાયસેટ અને પેશીઓના અર્કથી લઈને શુદ્ધ કરેલી કોષાંગિકાઓ, કોષબાહ્ય પુટિકાઓ અને મર્યાદિત પ્રારંભિક જથ્થાવાળા ક્લિનિકલ નમૂનાઓ સુધીના જટિલ જૈવિક નમૂનાઓનું લક્ષણનિર્ધારણ કરવા માટે શૉટગન પ્રોટિઓમિક્સ એક કેન્દ્રીય વિશ્લેષણાત્મક વ્યૂહરચના બની ગઈ છે. તેની મુખ્ય શક્તિ પ્રોટીન પાચન, ઉચ્ચ વિભેદનક્ષમતાવાળી પ્રવાહી ક્રોમેટોગ્રાફી–ટેન્ડમ માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી અને પેપ્ટાઇડ પરથી પ્રોટીન ઓળખવાની ગણનાત્મક અનુમાન પ્રક્રિયાના સંયોજનમાં રહેલી છે. જોકે, અંતિમ પ્રોટિઓમ ડેટાસેટની ગુણવત્તા નમૂનો માસ સ્પેક્ટ્રોમીટર સુધી પહોંચે તેના ઘણા સમય પહેલાં નક્કી થઈ જાય છે. કાર્યક્ષમ નમૂના વિઘટન, પ્રોટીનનું દ્રાવ્યીકરણ, અવરોધક પદાર્થોને દૂર કરવા, પુનરુત્પાદનક્ષમ ઉત્સેચકીય પાચન અને વિશ્વસનીય પેપ્ટાઇડ પુનઃપ્રાપ્તિ – આ બધાં પ્રોટિઓમ આવરણની ઊંડાઈ અને પરિમાણાત્મક વિશ્વસનીયતા માટે નિર્ણાયક છે.
મર્યાદિત અથવા મૂલ્યવાન નમૂનાઓ સાથે કામ કરતા પ્રોટિઓમિક્સ સંશોધકો અને જીવનવિજ્ઞાન પ્રયોગશાળાઓ માટે નમૂના તૈયારી ઘણી વાર સમગ્ર પ્રક્રિયાની ક્ષમતાને મર્યાદિત કરતું મુખ્ય પરિબળ બને છે.
UIP400MTP વિશ્વસનીય નમૂના તૈયારી અને હાલના પ્રયોગશાળા કાર્યપ્રવાહો સાથે સરળ સંકલન સુનિશ્ચિત કરે છે
પ્રોટિઓમિક્સમાં કોષબાહ્ય પુટિકાઓનો પડકાર
ઉદાહરણ તરીકે, કોષબાહ્ય પુટિકાઓ (EVs) ખાસ કરીને પડકારજનક નમૂના વર્ગનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. તે પટલથી ઘેરાયેલા, લિપિડથી સમૃદ્ધ, નેનોકક્ષાના કણો છે, જેમાં પ્રોટીનની ઉપજ પ્રમાણમાં ઓછી હોય છે અને લિપિડ, ક્ષાર, ડિટર્જન્ટ, સીરમ પ્રોટીન તથા અન્ય મેટ્રિક્સ ઘટકો આગળની પ્રક્રિયામાં સાથે જવાની સંભાવના ઊંચી હોય છે. આ લક્ષણો પાચનની કાર્યક્ષમતા, ક્રોમેટોગ્રાફિક કામગીરી, ઇલેક્ટ્રોસ્પ્રેની સ્થિરતા અને પેપ્ટાઇડની ઓળખમાં અવરોધ ઊભો કરી શકે છે. તેથી EV પ્રોટિઓમિક્સ માટેની તૈયારી કાર્યપ્રવાહ પુટિકાઓની સંરચનાઓ તોડવા અને તેમાં રહેલી પ્રોટીન સામગ્રીને દ્રાવ્ય બનાવવા પૂરતો સક્ષમ હોવો જોઈએ, સાથે જ આગળના એન્ઝાઇમ આધારિત પાચન અને LC-MS/MS વિશ્લેષણ સાથે સુસંગત રહેવો જોઈએ.
આ સંદર્ભમાં, માઇક્રોપ્લેટ સાથે સુસંગત અલ્ટ્રાસોનિકેશન પુનરુત્પાદનીય રીતે અને સમાંતર ધોરણે નમૂનાઓની પ્રક્રિયા કરવા માટે વ્યવહારુ અભિગમ પૂરો પાડે છે. Hielscher માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર મોડેલો UIP400MTP (400 W) અને UIP550MTP (550 W) મલ્ટિવેલ પ્લેટો અને ઓછા આયતનવાળાં પાત્રોમાં નમૂનાઓના સોનિકેશન માટે રચાયેલાં છે, જે પરંપરાગત સિંગલ-પ્રોબ સોનિકેટરોની સરખામણીએ વધુ નમૂનાઓની પ્રક્રિયા કરતી કાર્યપ્રવાહોને સહાય કરે છે. પ્રોટિઓમિક્સ પ્રયોગશાળાઓ માટે આ સ્વરૂપ આકર્ષક છે કારણ કે તે હાથે કરવામાં આવતી કામગીરીની પરિવર્તનશીલતા ઘટાડી શકે છે, અનેક નમૂનાઓની સમાંતર પ્રક્રિયા સુધારી શકે છે અને પ્લેટ આધારિત નમૂના તૈયારીની પ્રક્રિયાશૃંખલાઓમાં વધુ સહજ રીતે સંકલિત થઈ શકે છે.
ઉદાહરણરૂપ કાર્યપ્રવાહ
PLA2G12A-પ્રેરિત Th17-કોષ જીવવિજ્ઞાનમાં તાજેતરની કોષબાહ્ય પુટિકા પ્રોટિઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહ, શોટગન પ્રોટિઓમિક્સ માટેની નમૂના તૈયારીમાં માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર UIP400MTP ને કેવી રીતે સામેલ કરી શકાય તેનું ઉપયોગી, પ્રયોગશાળામાં પરીક્ષણ કરેલું ઉદાહરણ પૂરું પાડે છે. તે અભ્યાસશ્રેણીમાં, મિથેનોલ ઉપચાર, UIP400MTP સોનિકેશન, અપકેન્દ્રણ, સૂકવણી, trypsin/Lys-C પાચન અને નેનો-પ્રવાહ LC-ઉચ્ચ-વિભેદન ટેન્ડમ MS નો ઉપયોગ કરીને પ્રોટિઓમ વિશ્લેષણ માટે EV નમૂનાઓની પ્રક્રિયા કરવામાં આવી હતી. આ જૈવિક કાર્યનો અહેવાલ Mochizuki-Ono અને સહકર્મીઓએ 2026 માં આપ્યો હતો, જેમાં પ્રોટિઓમિક્સ વિશ્લેષણે રોગજનક T-કોષ પ્રતિસાદોના સંદર્ભમાં PLA2G12A, EV માં રહેલાં પ્રોટીનને કેવી રીતે બદલે છે તેનું લાક્ષણિક નિરૂપણ કરવામાં મદદ કરી હતી.
મોટી સંખ્યામાં નમૂનાઓમાંથી પ્રોટીન નિષ્કર્ષણ માટે 96-વેલ પ્લેટ સોનિકેટર UIP400MTP
સોનિકેટર: UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર
પ્રારંભિક સામગ્રી: 5 µg EV પ્રોટીન સમકક્ષ
પાચન: Trypsin/Lys-C
માપન પરિણામ: નેનો-LC-MS/MS / DIA પ્રોટિઓમિક્સ
પગલું-દર-પગલું સૂચના: શોટગન પ્રોટિઓમિક્સ માટે UIP400MTP ની સહાયથી EV નમૂનાની તૈયારી
આ કાર્યપ્રવાહ UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરનો ઉપયોગ કરીને ઓછી પ્રારંભિક સામગ્રી ધરાવતી કોષબાહ્ય પુટિકા (EV) શોટગન પ્રોટિઓમિક્સ નમૂના તૈયારી પદ્ધતિનું વર્ણન કરે છે. તે પ્રકાશિત EV પ્રોટિઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહ પર આધારિત છે, જેમાં EV નમૂનાઓનું સામાન્યકરણ કરવામાં આવ્યું હતું, તેમને સૂકવવામાં આવ્યા હતા, મિથેનોલથી ઉપચાર કરવામાં આવ્યો હતો, સોનિકેશન કરવામાં આવ્યું હતું, trypsin/Lys-C વડે પાચન કરવામાં આવ્યું હતું, અમ્લીકરણ કરવામાં આવ્યું હતું અને નેનો-LC-MS/MS વડે વિશ્લેષણ કરવામાં આવ્યું હતું.
આ પ્રક્રિયા બોટમ-અપ શોટગન પ્રોટિઓમિક્સ માટે EVs અથવા અન્ય ઓછા આયતનવાળા, લિપિડથી સમૃદ્ધ જૈવિક નમૂનાઓ તૈયાર કરતા પ્રોટિઓમિક્સ સંશોધકો અને જીવનવિજ્ઞાન પ્રયોગશાળાઓ માટે છે.
કાર્યપ્રવાહની રૂપરેખા
| તબક્કો | હેતુ | મુખ્ય પરિણામ |
|---|---|---|
| EV ની તૈયારી | EV નમૂનાઓને અલગ કરો, ધુઓ અને તેમનું માત્રાત્મક માપન કરો | સામાન્યીકૃત EV પ્રારંભિક સામગ્રી |
| નમૂનાની સૂકવણી | દ્રાવકની સહાયથી પ્રક્રિયા કરતાં પહેલાં પ્રવાહી દૂર કરો | સૂકવેલી EV સામગ્રી |
| મિથેનોલ ઉપચાર | લિપિડથી સમૃદ્ધ EV સામગ્રીના વિઘટનમાં સહાય કરો | મિથેનોલથી ભીંજવેલો નમૂનો |
| UIP400MTP સોનિકેશન | વિઘટન, નિષ્કર્ષણ અને સમાનાંગીકરણને પ્રોત્સાહિત કરો | પ્રક્રિયા કરેલો EV નમૂનો |
| પાચન | EV પ્રોટીનમાંથી પેપ્ટાઇડ ઉત્પન્ન કરો | Trypsin/Lys-C પાચનથી પ્રાપ્ત પેપ્ટાઇડ મિશ્રણ |
| LC-MS/MS વિશ્લેષણ | પેપ્ટાઇડને અલગ કરો, શોધો અને તેમનું માત્રાત્મક માપન કરો | પ્રોટિઓમિક્સ ડેટાસેટ |
| ડેટા વિશ્લેષણ | પેપ્ટાઇડ અને પ્રોટીનની ઓળખ તથા તેમનું માત્રાત્મક માપન કરો | પ્રોટીન સ્તરનાં પરિણામો |
પગલું-દર-પગલું પ્રોટોકોલ
| પગલું | સૂચના | નિર્ણાયક પરિમાણો |
|---|---|---|
| 1 | પ્રયોગશાળાની સ્થાપિત અલગીકરણ કાર્યપ્રવાહનો ઉપયોગ કરીને શુદ્ધ કરેલા EV નમૂનાઓ તૈયાર કરો. | પ્રોટિઓમિક્સ માટેની તૈયારી કરતાં પહેલાં કોષો, અવશેષો અને મુખ્ય દૂષકો દૂર કરો. |
| 2 | ઉદાહરણ તરીકે BCA પરીક્ષણ દ્વારા, EV માં રહેલા પ્રોટીનનું માત્રાત્મક માપન કરો. | બધા નમૂનાઓનું સામાન્યકરણ કરો જેથી પ્રારંભિક પ્રોટીન-સમકક્ષ માત્રા સમાન હોય. |
| 3 | 5 µg EV પ્રોટીન સમકક્ષ સામગ્રી સ્વચ્છ PCR ટ્યુબોમાં અથવા સુસંગત ઓછા આયતનવાળી ટ્યુબોમાં સ્થાનાંતરિત કરો. | જ્યાં નમૂનાની હાનિ ચિંતાનો વિષય હોય ત્યાં ઓછું બંધન કરતી ટ્યુબોનો ઉપયોગ કરો. |
| 4 | EV નમૂનાઓને સંપૂર્ણપણે સૂકવો. | વધુ પડતી ગરમી ટાળો; કોઈ દેખીતું પ્રવાહી બાકી નથી તેની ખાતરી કરો. |
| 5 | દરેક સૂકવેલા EV નમૂનામાં 25 µL મિથેનોલ ઉમેરો. | સૂકવેલી સામગ્રી સંપૂર્ણપણે ભીંજાયેલી છે તેની ખાતરી કરો. |
| 6 | UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરનો ઉપયોગ કરીને નમૂનાઓનું 3 મિનિટ સુધી સોનિકેશન કરો. | તમામ નમૂનાઓ માટે સોનિકેશનનાં સેટિંગ્સ અને નમૂનાઓની ગોઠવણીનો તર્ક એકસરખો રાખો. |
| 7 | સોનિકેશન કરેલા નમૂનાઓને 4°C પર 19,000 × g પર 20 મિનિટ સુધી સેન્ટ્રિફ્યુજ કરો. | સેન્ટ્રિફ્યુગેશન પછી કોઈપણ પેલેટ અથવા અદ્રાવ્ય પદાર્થ ખલેલ ન પામે તેની કાળજી લો. |
| 8 | ઉપરના સ્વચ્છ પ્રવાહીમાંથી 20 µL કાળજીપૂર્વક દૂર કરો. | તમામ નમૂનાઓ માટે એકસરખી પિપેટિંગ તકનીકનો ઉપયોગ કરો. |
| 9 | બાકીની નમૂના સામગ્રીને સંપૂર્ણપણે સૂકવો. | સીધા પાચનના તબક્કે આગળ વધો અથવા માત્ર માન્યતા પ્રાપ્ત પરિસ્થિતિઓમાં જ સંગ્રહ કરો. |
| 10 | 50 mM એમોનિયમ બાઇકાર્બોનેટમાં 100 ng/µL સાંદ્રતા ધરાવતા trypsin/Lys-C દ્રાવણના 4 µL ઉમેરો. | ઉત્સેચકનું તાજું દ્રાવણ તૈયાર કરો અથવા યોગ્ય રીતે સંગ્રહિત કરેલા અંશભાગોનો ઉપયોગ કરો. |
| 11 | સૂકવેલી પ્રોટીન સામગ્રીને પાચન દ્રાવણમાં ઓગાળવા માટે થોડા સમય માટે સોનિકેશન કરો. | સોનિકેશન પછી બધું પ્રવાહી ટ્યુબના તળિયે એકત્ર કરો. |
| 12 | 37°C પર 300 rpm પર હલાવતા રહીને 2 કલાક સુધી પાચન કરો. | બાષ્પીભવન અટકાવવા માટે ઢાંકણાં ચુસ્તપણે બંધ રાખો. |
| 13 | પાચિત મિશ્રણને અમ્લીય બનાવવા માટે 1.25% TFAના 1 µL ઉમેરો. | અમ્લીકરણ પાચન અટકાવે છે અને પેપ્ટાઇડ્સને LC-MS/MS માટે તૈયાર કરે છે. |
| 14 | પાચિત મિશ્રણને LC-MS સાથે સુસંગત વાયલ્સ અથવા પ્લેટ્સમાં સ્થાનાંતરિત કરો. | અદ્રાવ્ય કચરો સ્થાનાંતરિત ન થાય તેની કાળજી લો. |
| 15 | nano-LC-MS/MS દ્વારા વિશ્લેષણ કરો. | ઇન્જેક્શનનું કદ, LC ગ્રેડિયન્ટ અને MS ડેટા સંપાદનનાં સેટિંગ્સ એકસરખાં રાખો. |
| 16 | યોગ્યતા અનુસાર DIA, DDA અથવા લક્ષિત પ્રોટિઓમિક્સ સોફ્ટવેરનો ઉપયોગ કરીને કાચા ડેટા પર પ્રક્રિયા કરો. | યોગ્ય ડેટાબેઝ, ઉત્સેચક વિશિષ્ટતા, સંશોધન સેટિંગ્સ અને FDR સીમામૂલ્યો લાગુ કરો. |
(સરખાવો: Mochizuki-Ono et al., 2026)
મલ્ટિ-વેલ પ્લેટ સોનિકેટર UIP400MTP
માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન શા માટે?
UIP400MTP ઓછા કદના નમૂનાઓનું પ્રમાણભૂત, સમાંતર સોનિકેશન શક્ય બનાવે છે. જ્યારે પુનરુત્પાદકતા, નમૂનાની ઓછી પ્રારંભિક માત્રા અને બહુવિધ નમૂનાઓ પર પ્રક્રિયા કરવાની ક્ષમતા મહત્વપૂર્ણ હોય ત્યારે આ ઉપયોગી છે.
કોઈપણ પ્રમાણભૂત માઇક્રોપ્લેટનો ઉપયોગ કરો! UIP400MTP વડે ઊંચા નમૂના પ્રક્રિયા દરે નમૂનાઓની તૈયારી
સંદર્ભિત EV પ્રોટિઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહમાં 5 µg પ્રોટીન-સમકક્ષ EVની પ્રારંભિક માત્રા, 25 µL મિથેનોલ, UIP400MTP વડે 3 મિનિટનું સોનિકેશન, trypsin/Lys-C પાચન, TFA વડે અમ્લીકરણ અને nano-LC-MS/MS વિશ્લેષણનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો.
ભલામણ કરેલાં LC-MS/MS અને ડેટા વિશ્લેષણનાં પગલાં
પાચન અને અમ્લીકરણ પછી, ઉચ્ચ-વિભેદનક્ષમતા ધરાવતી ટેન્ડમ માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી સાથે જોડાયેલ નેનો-પ્રવાહ રિવર્સ્ડ-ફેઝ LCનો ઉપયોગ કરીને નમૂનાઓનું વિશ્લેષણ કરી શકાય છે. પ્રકાશિત કાર્યપ્રવાહમાં, પેપ્ટાઇડ્સને nano-LC સિસ્ટમ પર અલગ કરવામાં આવ્યા હતા અને Orbitrap માસ સ્પેક્ટ્રોમીટર પર ડેટા-સ્વતંત્ર સંપાદન દ્વારા તેમનું વિશ્લેષણ કરવામાં આવ્યું હતું.
| તબક્કો | ભલામણ | હેતુ |
|---|---|---|
| નમૂના લોડિંગ | C18 ટ્રેપ અથવા સમકક્ષ પેપ્ટાઇડ-લોડિંગ વ્યવસ્થાનો ઉપયોગ કરો. | પેપ્ટાઇડ્સને સાંદ્ર બનાવે છે અને અત્યંત ધ્રુવીય દૂષકોને દૂર કરે છે. |
| પેપ્ટાઇડ વિભાજન | નેનો-પ્રવાહ રિવર્સ્ડ-ફેઝ LCનો ઉપયોગ કરો. | પેપ્ટાઇડ વિભાજન અને MS સંવેદનશીલતામાં સુધારો કરે છે. |
| MS ડેટા સંપાદન | અભ્યાસની રચના અનુસાર DIA, DDA અથવા લક્ષિત MS નો ઉપયોગ કરો. | પેપ્ટાઇડ સ્તરનો સ્પેક્ટ્રલ ડેટા ઉત્પન્ન કરે છે. |
| ડેટાબેઝ શોધ | જૈવિક પ્રજાતિને અનુરૂપ સંદર્ભ ડેટાબેઝનો ઉપયોગ કરો. | પેપ્ટાઇડ અને પ્રોટીનની ઓળખમાં સહાય કરે છે. |
| FDR નિયંત્રણ | પેપ્ટાઇડ અને પ્રોટીન માટે ખોટી શોધના દરનાં સીમામૂલ્યો લાગુ કરો. | ઓળખની વિશ્વસનીયતાને નિયંત્રિત કરે છે. |
| માત્રા નિર્ધારણ | પેપ્ટાઇડ, પ્રીકર્સર અને પ્રોટીનની વિપુલતાનાં કોષ્ટકો નિકાસ કરો. | જૂથો વચ્ચે આંકડાકીય સરખામણી શક્ય બનાવે છે. |
ગુણવત્તા નિયંત્રણ તપાસસૂચિ
- તમામ નમૂનાઓમાં EVની પ્રોટીન-સમકક્ષ પ્રારંભિક માત્રા સમાન હોવાની ખાતરી કરો.
- નમૂનાઓ પર પ્રક્રિયા કરવા માટે યાદૃચ્છિક અથવા સંતુલિત ગોઠવણીઓનો ઉપયોગ કરો.
- મિથેનોલનું કદ, સોનિકેશનનો સમય, સૂકવવાનો સમય અને પાચન દ્રાવણનું કદ એકસરખાં રાખો.
- પેપ્ટાઇડની પ્રાપ્ત માત્રા અને ઓળખાયેલા પ્રોટીનની કુલ સંખ્યા પર નજર રાખો.
- પાચન દરમિયાન રહી ગયેલા વિચ્છેદનો દર અને પેપ્ટાઇડની લંબાઈનું વિતરણ તપાસો.
- ક્રોમેટોગ્રાફિક પીકનો આકાર અને રિટેન્શન સમયની પુનરુત્પાદકતા તપાસો.
- એક નમૂનામાંથી બીજા નમૂનામાં અવશેષોના વહન પર નજર રાખવા માટે બ્લેન્ક નમૂનાઓ સામેલ કરો.
- મોટા અભ્યાસો માટે ભેગા કરેલા QC નમૂનાઓનો ઉપયોગ કરો.
- પુનરાવર્તિત નમૂનાઓના વિચરણ ગુણાંકનું મૂલ્યાંકન કરો.
- બૅચ અસરો અથવા અસામાન્ય નમૂનાઓને ઓળખવા માટે PCA અથવા સંબંધિત પદ્ધતિઓનો ઉપયોગ કરો.
પ્રક્રિયા નોંધણી માટેની ભલામણો
આ કાર્યપ્રવાહ પ્રકાશિત કરતી વખતે અથવા તેનું દસ્તાવેજીકરણ કરતી વખતે, EV ની પ્રારંભિક માત્રા, પ્લેટનું સ્વરૂપ, મિથેનોલનું આયતન, UIP400MTP નો કંપનવિસ્તાર અને સોનિકેશનનો સમય, અપકેન્દ્રણની પરિસ્થિતિઓ, સૂકવવાની પદ્ધતિ, પાચન બફર, ઉત્સેચકની સાંદ્રતા, પાચનનો સમય, અમ્લીકરણની પરિસ્થિતિઓ, LC-MS/MS પ્લેટફોર્મ, ડેટા સંપાદન મોડ, સોફ્ટવેરનું સંસ્કરણ, ડેટાબેઝ, FDR સીમામૂલ્ય, સામાન્યીકરણની પદ્ધતિ અને આંકડાકીય કાર્યપ્રવાહની જાણ કરો.
Hielscher ના તમામ માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરો કંપનવિસ્તાર, સોનિકેશનનો સમયગાળો અને તાપમાન જેવા મહત્વપૂર્ણ પ્રક્રિયા પરિમાણોને તારીખ અને સમયની મુદ્રા સાથે એકીકૃત SD-કાર્ડ પર CVS ફાઇલ તરીકે આપમેળે નોંધે છે. પુનરુત્પાદનક્ષમતા અને ગુણવત્તા નિયંત્રણ માટે ડેટાની નોંધણી અગાઉ ક્યારેય આટલી સરળ નહોતી!
DIA પ્રોટિઓમિક્સ માટે, તમામ નમૂનાઓમાં એકસમાન ડેટા અધિગ્રહણ સેટિંગ્સનો ઉપયોગ કરો અને જ્યાં શક્ય હોય ત્યાં નમૂનાઓને ભેગા કરીને તૈયાર કરેલા QC નમૂનાઓનો સમાવેશ કરો. પ્રીકર્સરની સંખ્યા, રિટેન્શન સમયની સ્થિરતા અને પુનરાવર્તિત નમૂનાઓ વચ્ચેની પરિવર્તનશીલતા પર નજર રાખો.
આ કાર્યપ્રવાહ EV પ્રોટિઓમિક્સ માટે પ્રયોગશાળામાં ચકાસાયેલું ઉદાહરણ છે. અન્ય પ્રકારના નમૂનાઓ માટે, સંપૂર્ણ અભ્યાસ સુધી કાર્યનો વ્યાપ વધારતાં પહેલાં ઇનપુટની માત્રા, દ્રાવકની પરિસ્થિતિઓ, સોનિકેશનનો સમય, પાચનનું આયતન અને LC-MS/MS ઇન્જેક્શનની વ્યૂહરચનાને શ્રેષ્ઠ બનાવો.
અભ્યાસની વિગત: PLA2G12A અભ્યાસમાં EV શોટગન પ્રોટિઓમિક્સ
PLA2G12A અભ્યાસ શૉટગન પ્રોટિઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહમાં UIP400MTP ના ઉપયોગનું એક નક્કર ઉદાહરણ પૂરું પાડે છે. જૈવિક પ્રશ્ન એ હતો કે સ્રવિત ફોસ્ફોલાઇપેઝ PLA2G12A, Th17 કોષોમાંથી ઉત્પન્ન થયેલી કોષબાહ્ય પુટિકાઓમાં કેવી રીતે ફેરફાર કરે છે અને તેના દ્વારા રોગજનક T-કોષ વિભેદનને કેવી રીતે પ્રભાવિત કરે છે. લેખકોએ દર્શાવ્યું કે PLA2G12A, EV ના પટલો પર ક્રિયા કરીને 1-oleoyl-lysophosphatidylethanolamine સહિતના લાઇસોફોસ્ફોલિપિડ્સ ઉત્પન્ન કરે છે અને અનુવર્તી તબક્કે LPA2 મારફતે થતું લાઇસોફોસ્ફેટિડિક એસિડ સંકેતવહન Th17 વિભેદનમાં ફાળો આપે છે. લિપિડ સંકેતવહન ઉપરાંત, અભ્યાસોમાં RNA અને પ્રોટીનની સામગ્રી સહિત EV માં રહેલી સામગ્રીની પણ તપાસ કરવામાં આવી હતી, જેથી શૉટગન પ્રોટિઓમિક્સ લક્ષણનિર્ધારણની વ્યૂહરચનાનું એક મહત્વપૂર્ણ ઘટક બન્યું હતું.
EV ની તૈયારીના કાર્યપ્રવાહમાં, Th17 કોષોનું સંવર્ધન એક્ઝોસોમ દૂર કરેલું ભ્રૂણીય ગોવંશીય સીરમ ધરાવતા માધ્યમમાં કરવામાં આવ્યું હતું. સંવર્ધનના ઉપરિતર પ્રવાહીને પ્રથમ કોષો દૂર કરવા માટે અપકેન્દ્રિત કરવામાં આવ્યું હતું, 0.22 µm ફિલ્ટરમાંથી ગાળવામાં આવ્યું હતું, અલ્ટ્રાફિલ્ટ્રેશન/અલ્ટ્રાસેન્ટ્રિફ્યુગેશન દ્વારા સાંદ્ર કરવામાં આવ્યું હતું, ધોવામાં આવ્યું હતું, PBS માં ફરીથી નિલંબિત કરવામાં આવ્યું હતું અને BCA પ્રોટીન પરીક્ષણ દ્વારા તેનું માત્રાત્મક માપન કરવામાં આવ્યું હતું. EV ની આ પૂર્વવર્તી તૈયારીથી ખાતરી થઈ હતી કે EV સામગ્રીની નિર્ધારિત પ્રોટીન-સમકક્ષ માત્રા પ્રોટિઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહમાં લઈ જઈ શકાય.
શૉટગન પ્રોટિઓમિક વિશ્લેષણ માટે, લેખકોએ 5 µg પ્રોટીન સમકક્ષોને અનુરૂપ EV નમૂનાઓનો ઉપયોગ કર્યો હતો. આ નમૂનાઓને PCR ટ્યુબોમાં સૂકવવામાં આવ્યા હતા અને 25 µL મિથેનોલ ઉમેરવામાં આવ્યું હતું. ત્યારબાદ UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરનો ઉપયોગ કરીને નમૂનાઓનું 3 મિનિટ સુધી સોનિકેશન કરવામાં આવ્યું હતું. સોનિકેશન પછી, નમૂનાઓને 4°C પર 20 મિનિટ સુધી 19,000 × g પર અપકેન્દ્રિત કરવામાં આવ્યા હતા. 20 µL ઉપરિતર પ્રવાહી દૂર કર્યા પછી, નમૂનાઓ સૂકાઈ જાય ત્યાં સુધી તેમનું અપકેન્દ્રણ કરવામાં આવ્યું હતું. ત્યારબાદ 50 mM એમોનિયમ બાઇકાર્બોનેટમાં 100 ng/µL સાંદ્રતા ધરાવતા 4 µL trypsin/Lys-C દ્રાવણમાં સોનિકેશન દ્વારા પ્રોટીનને ઓગાળવામાં આવ્યાં હતાં. 300 rpm પર હલાવતા રહીને 37°C પર 2 કલાક સુધી પાચન કરવામાં આવ્યું હતું. પાચિત મિશ્રણને 1.25% ટ્રાઇફ્લોરોએસિટિક એસિડના 1 µL વડે અમ્લીકૃત કરવામાં આવ્યું હતું અને નેનો-પ્રવાહ LC-ઉચ્ચ-વિભેદનક્ષમતા ધરાવતી ટેન્ડમ માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી માટે મોકલવામાં આવ્યું હતું.
આ કાર્યપ્રવાહ ઓછી પ્રારંભિક નમૂના માત્રાવાળા EV પ્રોટિઓમિક્સ માટેના કેટલાક ઉપયોગી સિદ્ધાંતોને ઉજાગર કરે છે. પ્રથમ, પ્રારંભિક માત્રાનું પ્રોટીન સમકક્ષના આધારે સામાન્યીકરણ કરવામાં આવ્યું હતું, જે અલગ અલગ જનીનપ્રકારો અથવા ઉપચારોમાંથી મેળવેલા EV ની તુલના કરતી વખતે મહત્વપૂર્ણ છે. બીજું, સોનિકેશન પહેલાં મિથેનોલનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો, જે વિઘટન અને નિષ્કર્ષણમાં સહાય કરતો હતો અને સાથે LC-MS/MS ને જટિલ બનાવી શકે તેવી ડિટર્જન્ટ પ્રણાલીઓનો ઉપયોગ ટાળતો હતો. ત્રીજું, સોનિકેશનનું પગલું ટૂંકું અને પ્રમાણભૂત હતું, જે નમૂનાઓની સમાંતર પ્રક્રિયા સાથે સુસંગત છે. ચોથું, trypsin/Lys-C પાચન ખૂબ જ ઓછા આયતનમાં કરવામાં આવ્યું હતું, જેથી મંદન ઘટ્યું હતું અને ઓછી પ્રારંભિક માત્રામાંથી પેપ્ટાઇડની પુનઃપ્રાપ્તિમાં સહાય મળી હતી. અંતે, પાચનમાંથી સીધા અમ્લીકરણ અને LC-MS/MS તરફ જવાથી બિનજરૂરી હસ્તસંચાલનનાં પગલાં ન્યૂનતમ થયાં હતાં.
અનુવર્તી LC-MS/MS પદ્ધતિમાં Q-Exactive HF Orbitrap માસ સ્પેક્ટ્રોમીટર સાથે જોડાયેલા નેનો-પ્રવાહ રિવર્સ્ડ-ફેઝ વિભાજનનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો. નમૂનાઓને C18 પ્રી-કૉલમ પર રોકી રાખવામાં આવ્યા હતા અને પછી 50 µm આંતરિક વ્યાસ ધરાવતી વિશ્લેષણાત્મક કૉલમ પર 200 nL/min અને 40°C પર અલગ કરવામાં આવ્યા હતા. ગ્રેડિયન્ટમાં 60 મિનિટ દરમિયાન કાર્બનિક દ્રાવકના નીચા પ્રમાણથી 35% દ્રાવક B સુધી વધારો કરવામાં આવ્યો હતો, ત્યારબાદ કાર્બનિક દ્રાવકનું ઊંચું પ્રમાણ ધરાવતા દ્રાવણથી ધોવાણ અને પુનઃસંતુલન કરવામાં આવ્યાં હતાં. ઉચ્ચ-ઊર્જા અથડામણજન્ય વિયોજન સાથે ડેટા-સ્વતંત્ર સંપાદનનો ઉપયોગ કરીને ધન-આયન મોડમાં MS ડેટા સંપાદન કરવામાં આવ્યું હતું. કમ્પ્યુટર દ્વારા અનુમાનિત સ્પેક્ટ્રલ લાઇબ્રેરી સાથે DIA-NN 1.8 નો ઉપયોગ કરીને DIA ની કાચી ફાઇલોનું વિશ્લેષણ કરવામાં આવ્યું હતું.
ઉચ્ચ નમૂના-પ્રક્રિયા ક્ષમતા સાથે પ્રોટીનનું નિષ્કર્ષણ 96-વેલ પ્લેટ સોનિકેટર UIP400MTP વડે
વારંવાર પૂછાતા પ્રશ્નો
શોટગન પ્રોટિઓમિક્સમાં માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશનથી સૌથી વધુ લાભ કોને થાય છે?
માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન ખાસ કરીને એકસાથે અનેક નમૂનાઓની સમાંતર પ્રક્રિયા કરતી પ્રોટિઓમિક્સ પ્રયોગશાળાઓ માટે ઉપયોગી છે, જેમાં કેન્દ્રીય સુવિધાઓ, પ્રોટિઓમ સંશોધન જૂથો, રોગપ્રતિકારકવિજ્ઞાન પ્રયોગશાળાઓ, સંશોધનને વ્યવહારિક ઉપયોગમાં લાવતી સંશોધન ટીમો અને વધુ ઊંચી નમૂના-પ્રક્રિયા ક્ષમતાવાળા LC-MS/MS કાર્યપ્રવાહો તરફ આગળ વધી રહેલી જીવનવિજ્ઞાન પ્રયોગશાળાઓનો સમાવેશ થાય છે. જ્યારે નમૂનાથી નમૂના વચ્ચે પરિણામોની પુનરુત્પાદકતા નિર્ણાયક હોય ત્યારે તે ખાસ પ્રસ્તુત છે.
પરંપરાગત પ્રોબ સોનિકેટરને બદલે UIP400MTP નો ઉપયોગ શા માટે કરવો જોઈએ?
પરંપરાગત પ્રોબ સોનિકેટર સામાન્ય રીતે એક સમયે એક નમૂના પર પ્રક્રિયા કરે છે અને એક નમૂનાના અવશેષો બીજા નમૂનામાં જવાનું ઘટાડવા માટે નમૂનાઓ વચ્ચે કાળજીપૂર્વક સફાઈ કરવી જરૂરી બને છે. માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર મોડેલો UIP400MTP અને UIP550MTP પ્લેટ-આધારિત અથવા નાના આયતનના ફોર્મેટમાં સમાંતર સોનિકેશનને સમર્થન આપે છે, જે હાથથી કરવું પડતું સંચાલન ઘટાડવામાં, સુસંગતતા સુધારવામાં અને બહુવિધ નમૂનાઓની તૈયારી સુવ્યવસ્થિત કરવામાં મદદ કરે છે. તેઓ સ્વચાલિત કાર્યપ્રવાહોમાં સરળ સંકલન પણ શક્ય બનાવે છે.
શોટગન પ્રોટીઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહમાં સોનિકેશનનો સમાવેશ કયા તબક્કે થાય છે?
સોનિકેશન સામાન્ય રીતે પાચન પહેલાંના નમૂના-તૈયારી તબક્કા દરમિયાન લાગુ કરવામાં આવે છે. તે ટ્રિપ્સિન, Lys-C અથવા ટ્રિપ્સિન/Lys-C મિશ્રણ વડે એન્ઝાઇમેટિક પાચન પહેલાં વિઘટન, નિષ્કર્ષણ, સમરૂપીકરણ અને પુનઃદ્રાવ્યીકરણમાં મદદ કરી શકે છે.
વધુમાં, પ્રોટીનના એન્ઝાઇમેટિક પાચનને નોંધપાત્ર રીતે ઝડપી બનાવવા માટે પાચન દરમિયાન પણ સોનિકેશન લાગુ કરી શકાય છે. ઝડપી પ્રોટીઓમિક કાર્યપ્રવાહ માટે સોનિકેશનનો ઉપયોગ કરીને ઊંચી નમૂના-પ્રક્રિયા ક્ષમતાવાળું પ્રોટીન પાચન કરવાની સંભાવનાઓ જાણો!
શું માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન કોષબાહ્ય પુટિકાઓના પ્રોટીઓમિક્સ માટે ઉપયોગી છે?
હા. કોષબાહ્ય પુટિકાઓ લિપિડથી સમૃદ્ધ, પટલથી ઘેરાયેલા કણો છે, જેમની પુનરુત્પાદનીય રીતે પ્રક્રિયા કરવી પડકારજનક હોઈ શકે છે. સંદર્ભિત PLA2G12A અભ્યાસોમાં, EV નમૂનાઓને મિથેનોલથી ઉપચારિત કરવામાં આવ્યા હતા, UIP400MTP વડે સોનિકેશન કરવામાં આવ્યું હતું, સૂકવવામાં આવ્યા હતા, ટ્રિપ્સિન/Lys-C વડે પાચન કરવામાં આવ્યું હતું અને nano-LC/MS/MS દ્વારા વિશ્લેષણ કરવામાં આવ્યું હતું.
કયા પ્રકારના નમૂનાઓને માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશનથી લાભ થઈ શકે છે?
માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન કોષ લાઇસેટ્સ, કોષાંગ અંશો, ઇમ્યુનોપ્રેસિપિટેટ્સ, પ્રોટીન સમુચ્ચયો, પટલથી સમૃદ્ધ નમૂનાઓ, કોષબાહ્ય પુટિકાઓ અને અન્ય નાના આયતનની જૈવિક તૈયારીઓ માટે ઉપયોગી થઈ શકે છે. દરેક પ્રકારના નમૂના માટે સોનિકેશનની તીવ્રતા અને સમય, દ્રાવકની પરિસ્થિતિઓ, પ્રારંભિક નમૂનાની માત્રા અને પાચનની વ્યૂહરચનાને શ્રેષ્ઠ બનાવવી જોઈએ.
શું સોનિકેશન એન્ઝાઇમેટિક પાચનનું સ્થાન લે છે?
ના. સોનિકેશન વિઘટન, નિષ્કર્ષણ અથવા પુનઃદ્રાવ્યીકરણમાં સુધારો કરીને નમૂનાને પાચન માટે તૈયાર કરવામાં મદદ કરે છે. બોટમ-અપ શોટગન પ્રોટીઓમિક્સ માટે પેપ્ટાઇડ્સ ઉત્પન્ન કરવા પ્રોટીઓલિટિક પાચન હજી પણ જરૂરી છે.
પ્રોટીઓમિક કાર્યપ્રવાહોમાં અલ્ટ્રાસાઉન્ડ દ્વારા પ્રોત્સાહિત પ્રોટીન પાચન વિશે વધુ વાંચો!
શું UIP400MTP ઓછી પ્રારંભિક નમૂના માત્રાવાળા પ્રોટીઓમિક્સ સાથે સુસંગત છે?
હા, માઇક્રોપ્લેટ ફોર્મેટ નાના આયતનના એવા કાર્યપ્રવાહો માટે ખૂબ જ અનુકૂળ છે જેમાં નમૂનાની જાળવણી અને સુસંગત પ્રક્રિયા મહત્વપૂર્ણ હોય છે. પ્રકાશિત EV કાર્યપ્રવાહમાં, પ્રોટીઓમિક્સ માટેની તૈયારી 5 µg પ્રોટીન-સમકક્ષ EV પ્રારંભિક માત્રા સાથે કરવામાં આવી હતી.
શું માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન પુનરુત્પાદનીયતામાં સુધારો કરી શકે છે?
Hielscher સોનિકેટર્સ બહુવિધ નમૂનાઓમાં પ્રમાણભૂત સોનિકેશન પરિસ્થિતિઓ લાગુ કરીને પુનરુત્પાદનીયતાને સમર્થન આપે છે. જોકે, કોષ અથવા EV અલગીકરણ, પ્રારંભિક નમૂનાની માત્રાનું સામાન્યીકરણ, પાચનની કાર્યક્ષમતા, LC-MS/MS સ્થિરતા, ડેટા પ્રક્રિયા અને આંકડાકીય વિશ્લેષણ જેવા અન્ય પરિબળો પણ પ્રોટીઓમિક્સની એકંદર પુનરુત્પાદનીયતામાં ફાળો આપે છે.
શું માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન પ્રોટીન ઓળખની ઊંડાઈમાં સુધારો કરે છે?
જ્યારે નમૂનાનું વિઘટન અથવા પુનઃદ્રાવ્યીકરણ મર્યાદિત કરતું પરિબળ હોય ત્યારે તે ઓળખની ઊંડાઈમાં સુધારો કરવામાં ફાળો આપી શકે છે. તેની અસર નમૂનાના પ્રકાર, પ્રોટીનના રસાયણશાસ્ત્ર, શુદ્ધિકરણની વ્યૂહરચના, પાચનની પરિસ્થિતિઓ અને LC-MS/MS પદ્ધતિના પ્રદર્શન પર આધાર રાખે છે.
કાર્યપ્રવાહનો નિયમિત ઉપયોગ કરતાં પહેલાં શું શ્રેષ્ઠ બનાવવું જોઈએ?
મુખ્ય પરિમાણોમાં પ્રારંભિક નમૂનાની માત્રા, બફર અથવા દ્રાવકની રચના, પ્લેટ ફોર્મેટ, અલ્ટ્રાસોનિક કંપનવિસ્તાર અને અવધિ, સૂકવવાની પરિસ્થિતિઓ, પાચનનું આયતન, એન્ઝાઇમની સાંદ્રતા, ઇન્ક્યુબેશન સમય અને LC-MS/MS ઇન્જેક્શનની માત્રાનો સમાવેશ થાય છે. કાર્યપ્રવાહને સંપૂર્ણ પ્રાયોગિક સમૂહ પર લાગુ કરતાં પહેલાં પ્રાયોગિક ધોરણે પરીક્ષણ કરવાની ભલામણ કરવામાં આવે છે.
શું આ કાર્યપ્રવાહનો ઉપયોગ DIA પ્રોટીઓમિક્સ સાથે કરી શકાય છે?
હા. સંદર્ભિત EV કાર્યપ્રવાહમાં ડેટા-સ્વતંત્ર અધિગ્રહણનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો, ત્યારબાદ DIA-NN વિશ્લેષણ કરવામાં આવ્યું હતું. માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન પ્રારંભિક નમૂના-તૈયારી પ્રક્રિયાનો ભાગ છે અને તેને DIA, DDA અથવા લક્ષિત પ્રોટીઓમિક્સ પદ્ધતિઓ સાથે સંકલિત કરી શકાય છે.
ગુણવત્તા નિયંત્રણના કયા માપદંડોનું નિરીક્ષણ કરવું જોઈએ?
ભલામણ કરાયેલા QC માપદંડોમાં પેપ્ટાઇડ ઉપજ, ઓળખાયેલા પેપ્ટાઇડો અને પ્રોટીન જૂથોની સંખ્યા, ચૂકી ગયેલા વિચ્છેદનો દર, પેપ્ટાઇડની લંબાઈનું વિતરણ, ક્રોમેટોગ્રાફિક પીકનો આકાર, રિટેન્શન સમયની સ્થિરતા, પુનરાવર્તિત માપનોનો પરિવર્તન ગુણાંક, અગાઉના નમૂનાના અવશેષોનું પછીના નમૂનામાં વહન અને PCA અથવા સંબંધિત પદ્ધતિઓ દ્વારા જૈવિક જૂથોનું વિભાજન સામેલ છે.
પ્રોટિઓમિક્સ નમૂના તૈયારીમાં માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર મોડેલો UIP400MTP અથવા UIP550MTP ને સંકલિત કરવાનો મુખ્ય લાભ શું છે?
મુખ્ય લાભ નાના આયતનવાળા નમૂનાઓની પ્રમાણિત, સમાંતર પ્રક્રિયા છે. તે પ્રયોગશાળાઓને હસ્તચાલિત કામગીરીથી ઊભી થતી પરિવર્તનશીલતા ઘટાડવામાં અને પાચન, LC-MS/MS ડેટા સંપાદન તથા માત્રાત્મક પ્રોટિઓમિક્સ વિશ્લેષણ માટે જટિલ જૈવિક નમૂનાઓને વધુ સુસંગત રીતે તૈયાર કરવામાં મદદ કરે છે.
Hielscher માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરોને સ્વચાલિત કાર્યપ્રવાહોમાં સરળતાથી એકીકૃત કરી શકાય છે.
સાહિત્ય / સંદર્ભો
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP550MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Mochizuki-Ono C., Taketomi Y., Irie A., Kano K. et al. (2026): PLA2G12A-driven extracellular vesicle-lipid signaling amplifies pathogenic T cell responses in inflammatory diseases. Cell Reports 45, 2026.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Lischnig A., Bergqvist M., Ochiya T., Lässer C. (2023): Corrigendum for “Quantitative Proteomics Identifies Proteins Enriched in Large and Small Extracellular Vesicles”. Molecular & Cellular Proteomics, 22; 2023.
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
Hielscher Ultrasonics ઉચ્ચ કાર્યક્ષમતાવાળા અલ્ટ્રાસોનિક હોમોજેનાઇઝરો પ્રયોગશાળાના કદથી લઈને ઔદ્યોગિક કદ સુધી બનાવે છે.