શોટગન પ્રોટિયોમિક્સમાં માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન – એપ્લિકેશન નોટ

શોટગન પ્રોટિઓમિક્સ પરિપૂર્ણ, પુનરાવર્તનીય સેંપલ તૈયારી પર આધાર રાખે છે જે જટિલ બાયોલોજિકલ સામગ્રીને LC-MS/MS-સંગઠિત પેપ્ટાઈડ્સમાં રૂપાંતરિત કરે છે. UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર આ પ્રક્રિયાને સહાય કરે છે અને નાના-માપના સેમ્પલ્સની ધોરણભૂત, સમાંતર સોનિકેશનને શક્ય બનાવે છે, જે લેબોરેટોરીઝને માઇક્રોપ્લેટ આધારિત વર્કફ્લોઝમાં વિઘટન, નિષ્કર્ષણ અને ફરીથી ઘોળવાની પ્રક્રિયાઓમાં સુધારો લાવે છે. આ એપ્લિકેશન નોટ વર્ણવે છે કે UIG400MTPને પ્રોટિઓમિક સેમ્પલ તૈયારીમાં કેવી રીતે સંકલિત કરી શકાય, PLA2G12A/Th17 અભ્યાસોના પ્રકાશિત એક્સ્ટ્રસીલર-વેસિકલ વર્કફ્લોનો લેબ-ટેસ્ટ ઉદાહરણનો ઉપયોગ કરીને.

અધિ પુનરાવર્તનીય શોટગન પ્રોટિઓમિક્સ માટે માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન

પ્રોટીઓમિક્સ સંશોધકો માટે, ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા એલસી-એમએસ / એમએસ ડેટા માટે પ્રજનન નમૂનાની તૈયારી મહત્વપૂર્ણ છે. UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર પ્લેટ-આધારિત અને નાના-વોલ્યુમ / ઉચ્ચ-થ્રુપુટ વર્કફ્લોમાં પ્રમાણિત, સમાંતર સોનિકેશનને ટેકો આપે છે.

તે ખાસ કરીને પ્રયોગશાળાઓ માટે ઉપયોગી છે:

• મોટા નમૂના સમૂહો કે જેને ઘણા કુવાઓમાં સતત પ્રક્રિયાની જરૂર હોય છે
• મર્યાદિત-ઇનપુટ સામગ્રી, જ્યાં નમૂનાનું નુકસાન અને પરિવર્તનશીલતા ઘટાડવી આવશ્યક છે
• લિપિડ-સમૃદ્ધ નમૂનાઓ, જેમ કે એક્સ્ટ્રાસેલ્યુલર વેસિકલ્સ
• જટિલ જૈવિક તૈયારીઓ કે જેને કાર્યક્ષમ વિક્ષેપ, નિષ્કર્ષણની જરૂર હોય છે, અથવા રિઝોલ્યુબિલાઇઝેશન
• તુલનાત્મક શોટગન પ્રોટીઓમિક્સ, જ્યાં પરિસ્થિતિઓ અને પ્રતિકૃતિઓમાં પ્રજનન આવશ્યક છે

પાચન પહેલાં માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશનને એકીકૃત કરીને, સંશોધકો નમૂનાની તત્પરતામાં સુધારો કરી શકે છે:

• પ્રોટીન નિષ્કર્ષણ અને નિરાકરણ
• ટ્રિપ્સિન/લાયઝ-સી પચન
• નાનો-LC/MS/MS અધિગ્રહણ
• પરિમાણાત્મક ડાઉનસ્ટ્રીમ પ્રોટીયોમિક્સ વિશ્લેષણ

 

તમારા પ્રોટીયોમિક્સ નમૂના તૈયારીને આત્મવિશ્વાસ સાથે સ્કેલ કરો!
શીખો કે માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન કેવી રીતે મેન્યૂઅલ ફેરફાર ઘટાડવામાં, નમૂનાને વિખંડિત કરવામાં, અને વિશ્વસનીય LC-MS/MS વિશ્લેષણ માટે જટિલ જૈવિક નમૂનાઓ તૈયાર કરવામાં મદદ કરે છે.

માહિતી માટે ની અપીલ


ઇમેઇલ સરનામું (જરૂરી)


ઉત્પાદન અથવા રસ વિસ્તાર



હું ગોપનીયતા નીતિથી સંમત છું









માહિતીની વિનંતી કરો

માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન આ માટે લાભકારી થઈ શકે છે:

• પ્રોટીયોમિક્સ કોર સુવિધાઓ
• EV સંશોધન લેબોરેટોર્સ
• પ્રતિકારક અને સેલ-બાયોલોજી લેબ્સ
• અનુવાદાત્મક સંશોધન જૂથો
• સિંગલ-સેમ્પલ તૈયારીથી ઉચ્ચ-થ્રુપુટ વર્કફ્લોઝ સુધી સ્કેલ કરતી લાઈફ-સાયન્સ ટીમો

એક્સ્ટ્રાસેલ્યુલર વેસિકલ પ્રોટીઓમ વિશ્લેષણ માટે ઉચ્ચ-થ્રુપુટ નમૂના તૈયારી

શોટગન પ્રોટીઓમિક્સ શું છે?

Shotgun proteomics has become a central analytical strategy for characterizing complex biological samples, from whole-cell lysates and tissue extracts to purified organelles, extracellular vesicles, and low-input clinical specimens. Its core strength lies in the coupling of protein digestion, high-resolution liquid chromatography-tandem mass spectrometry, and computational peptide-to-protein inference. However, the quality of the final proteome dataset is determined long before the sample reaches the mass spectrometer. Efficient sample disruption, protein solubilization, removal of interfering substances, reproducible enzymatic digestion, and robust peptide recovery are all decisive for depth of coverage and quantitative reliability.
મર્યાદિત અથવા કિંમતી નમૂનાઓ સાથે કામ કરતા પ્રોટીઓમિક્સ સંશોધકો અને જીવન-વિજ્ઞાન પ્રયોગશાળાઓ માટે, નમૂનાની તૈયારી ઘણીવાર અવરોધ હોય છે.

પ્રોટીઓમિક્સમાં એક્સ્ટ્રાસેલ્યુલર વેસિકલ્સનો પડકાર

એક્સ્ટ્રાસેલ્યુલર વેસિકલ્સ (ઇવી), ઉદાહરણ તરીકે, ખાસ કરીને માંગ નમૂના વર્ગનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. તે પટલ-બાઉન્ડ, લિપિડ-સમૃદ્ધ, નેનોસ્કેલ કણો છે જે પ્રમાણમાં ઓછી પ્રોટીન ઉપજ ધરાવે છે અને લિપિડ, ક્ષાર, ડિટર્જન્ટ, સીરમ પ્રોટીન અને અન્ય મેટ્રિક્સ ઘટકોની વહન કરવાની ઉચ્ચ સંભાવના ધરાવે છે. આ સુવિધાઓ પાચન કાર્યક્ષમતા, ક્રોમેટોગ્રાફિક કામગીરી, ઇલેક્ટ્રોસ્પ્રે સ્થિરતા અને પેપ્ટાઇડ ઓળખમાં દખલ કરી શકે છે. તેથી ઇવી પ્રોટીઓમિક્સ માટેનો તૈયારી વર્કફ્લો વેસિકલ સ્ટ્રક્ચર્સને વિક્ષેપિત કરવા અને પ્રોટીન કાર્ગોને દ્રાવ્ય બનાવવા માટે પૂરતો મજબૂત હોવો જોઈએ, જ્યારે ડાઉનસ્ટ્રીમ એન્ઝાઇમેટિક પાચન અને એલસી-એમએસ વિશ્લેષણ સાથે સુસંગત રહે છે.
આ સંદર્ભમાં, માઇક્રોપ્લેટ-સુસંગત અલ્ટ્રાસોનિકેશન પ્રજનનક્ષમ, સમાંતર નમૂના પ્રક્રિયા માટે વ્યવહારુ અભિગમ પ્રદાન કરે છે. હિલ્સચર માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર મોડેલો UIP400MTP (400 ડબલ્યુ) અને UIP550MTP (550 ડબલ્યુ) મલ્ટિવેલ પ્લેટો અને નાના-વોલ્યુમ જહાજોમાં નમૂનાઓના સોનિકેશન માટે રચાયેલ છે, જે પરંપરાગત સિંગલ-પ્રોબ સોનિકેટર્સ કરતાં ઉચ્ચ-થ્રુપુટ વર્કફ્લોને ટેકો આપે છે. પ્રોટીઓમિક્સ પ્રયોગશાળાઓ માટે, આ ફોર્મેટ આકર્ષક છે કારણ કે તે હેન્ડ-ઓન વિવિધતા ઘટાડી શકે છે, બહુવિધ નમૂનાઓની સમાંતર સારવારમાં સુધારો કરી શકે છે, અને પ્લેટ-આધારિત નમૂના તૈયારી પાઇપલાઇન્સમાં વધુ કુદરતી રીતે એકીકૃત કરી શકે છે.

અનુકરણીય વર્કફ્લો

PLA2G12A-સંચાલિત Th17-સેલ બાયોલોજીમાં તાજેતરના એક્સ્ટ્રાસેલ્યુલર વેસિકલ પ્રોટીઓમિક્સ વર્કફ્લો એક ઉપયોગી, લેબ-પરીક્ષણ ઉદાહરણ પૂરું પાડે છે કે કેવી રીતે માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર UIP400MTP શોટગન પ્રોટીઓમિક્સ નમૂના તૈયારીમાં શામેલ કરી શકાય છે. તે અભ્યાસ શ્રેણીમાં, ઇવી નમૂનાઓ મિથેનોલ સારવાર, UIP400MTP સોનિકેશન, સેન્ટ્રીફ્યુગેશન, સૂકવણી, ટ્રિપ્સિન / લાઇસ-સી પાચન અને નેનો-ફ્લો એલસી-હાઇ-રિઝોલ્યુશન ટેન્ડમ એમએસનો ઉપયોગ કરીને પ્રોટીઓમ વિશ્લેષણ માટે પ્રક્રિયા કરવામાં આવી હતી. જૈવિક કાર્યની જાણ 2026 માં મોચિઝુકી-ઓનો અને સાથીદારો દ્વારા કરવામાં આવી હતી, જ્યાં પ્રોટીઓમિક્સ વિશ્લેષણથી પેથોજેનિક ટી-સેલ પ્રતિક્રિયાઓના સંદર્ભમાં PLA2G12A ઇવી કાર્ગો પ્રોટીનને કેવી રીતે બદલે છે તે દર્શાવવામાં મદદ કરી હતી.

મલ્ટી-વેલ પ્લેટ સોનિકેટર UIP400MTP

માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન શા માટે?
UIP400MTP નાની-માત્રા નમૂનાઓની ધોરણિત, સમાન સૉનિકેશન માટે સક્ષમ બનાવે છે. જ્યારે પુનરુત્પાદકતા, ઓછા નમૂના ઇનપુટ અને બહુપક્ષીય નમૂના થ્રુપુટ મહત્વપૂર્ણ હોય ત્યારે આ ઉપયોગી છે.

ગુણવત્તા નિયંત્રણ ચેકલિસ્ટ

• તમામ નમૂનાઓમાં સમાન EV પ્રોટીન-સમાન ઇનપુટની પુષ્ટી કરો.
• રેન્ડમ અથવા સંતુલિત નમૂના પ્રક્રિયા લેઆઉટનો ઉપયોગ કરો.
• મેથેનોલ વોલ્યુમ, સોનિકેશન સમય, સુકાણાનો સમય અને પચાવાની જથ્થાને સમાન રાખો.
• પેપ્ટાઇડ ઉત્પાદન અને કુલ પ્રોટીન ઓળખને મોનિટર કરો.
• ચૂકવાયેલા કિલેવેજ દર અને પેપ્ટાઇડ લંબાઈનું વિતરણ તપાસો.
• ક્રોમાટોગ્રાફિક પીક આકાર અને રિટેન્શન-ટાઇમ પુનરાવૃત્તિને તપાસો.
• કેરિ ઓવર મોનિટર કરવા 위해 બ્લાંક સામેલ કરો.
• મોટા અભ્યાસ માટે પૂલ કરેલા QC નમૂનાઓનો ઉપયોગ કરો.
• નોંધદારોના સહ ગુણાંક ફેરફારનું મૂલ્યાંકન કરો.
• બેચ અસર અથવા બહારના નમૂનાઓ ઓળખવા માટે PCA અથવા સંબંધિત પદ્ધતિઓનો ઉપયોગ કરો.

પ્રોટોકોલિંગ સુપરિશીઓ

આ વર્કફ્લોને પ્રકાશિત અથવા દસ્તાવેજીકરણ કરતી વખતે, ઇવી ઇનપુટ માત્રા, પ્લેટ ફોર્મેટ, મિથેનોલ વોલ્યુમ, UIP400MTP કંપનવિસ્તાર અને સોનિકેશન સમય, સેન્ટ્રીફ્યુગેશન પરિસ્થિતિઓ, સૂકવણી પદ્ધતિ, પાચન બફર, એન્ઝાઇમ સાંદ્રતા, પાચન સમય, એસિડિફિકેશન શરતો, એલસી-એમએસ / એમએસ પ્લેટફોર્મ, એક્વિઝિશન મોડ, સૉફ્ટવેર સંસ્કરણ, ડેટાબેઝ, એફડીઆર થ્રેશોલ્ડ, નોર્મલાઇઝેશન પદ્ધતિ અને આંકડાકીય વર્કફ્લોની જાણ કરો.
બધા હિલ્સચર માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર્સ આપમેળે મહત્વપૂર્ણ પ્રક્રિયા પરિમાણોને રેકોર્ડ કરે છે જેમ કે સંકલિત એસડી-કાર્ડ પર સીવીએસ ફાઇલ તરીકે તારીખ અને સમય સ્ટેમ્પ સાથે કંપનવિસ્તાર, સોનિકેશન અવધિ અને તાપમાન. પ્રજનનક્ષમતા અને ગુણવત્તા નિયંત્રણ માટે ડેટા પ્રોટોકોલિંગ ક્યારેય સરળ ન હતું!

વિગતે અભ્યાસ: PLA2G12A અભ્યાસમાં EV શોટગન પ્રોટિઓમિક્સ

The PLA2G12A study provides a concrete example of UIP400MTP use in a shotgun proteomics workflow. The biological question was how the secreted phospholipase PLA2G12A modifies Th17-cell-derived extracellular vesicles and thereby influences pathogenic T-cell differentiation. The authors showed that PLA2G12A acts on EV membranes to produce lysophospholipids, including 1-oleoyl-lysophosphatidylethanolamine, and that downstream lysophosphatidic acid signaling via LPA2 contributes to Th17 differentiation. Beyond lipid signaling, the studies also examined EV cargo, including RNA and protein content, making shotgun proteomics an important component of the characterization strategy.
In the EV preparation workflow, Th17 cells were cultured in medium containing exosome-depleted fetal bovine serum. Culture supernatants were first centrifuged to remove cells, filtered through a 0.22 µm filter, concentrated by ultrafiltration/ultracentrifugation, washed, resuspended in PBS, and quantified by BCA protein assay. This upstream EV preparation ensured that a defined protein-equivalent amount of EV material could be carried into the proteomics workflow.
For shotgun proteomic analysis, the authors used EV samples corresponding to 5 µg protein equivalents. These samples were dried in PCR tubes, and 25 µL methanol was added. The samples were then sonicated for 3 minutes using the UIP400MTP microplate sonicator. Following sonication, the samples were centrifuged at 4°C for 20 minutes at 19,000 × g. After removal of 20 µL supernatant, the samples were centrifuged to dryness. Proteins were then dissolved by sonication in 4 µL trypsin/Lys-C solution at 100 ng/µL in 50 mM ammonium bicarbonate. Digestion was performed for 2 hours at 37°C with shaking at 300 rpm. The digest was acidified with 1 µL of 1.25% trifluoroacetic acid and submitted to nano-flow LC-high-resolution tandem mass spectrometry.
આ વર્કફ્લો લો-ઇનપુટ ઇવી પ્રોટીઓમિક્સ માટે ઘણા ઉપયોગી સિદ્ધાંતોને પ્રકાશિત કરે છે. પ્રથમ, ઇનપુટને પ્રોટીન સમકક્ષ દ્વારા સામાન્ય બનાવવામાં આવ્યું હતું, જે વિવિધ જીનોટાઇપ્સ અથવા સારવારમાંથી ઇવીની તુલના કરતી વખતે મહત્વપૂર્ણ છે. બીજું, મિથેનોલનો ઉપયોગ સોનિકેશન પહેલાં કરવામાં આવ્યો હતો, વિક્ષેપ અને નિષ્કર્ષણને ટેકો આપતો હતો જ્યારે ડિટર્જન્ટ સિસ્ટમ્સને ટાળે છે જે એલસી-એમએસ / એમએસને જટિલ બનાવી શકે છે. ત્રીજું, સોનિકેશન પગલું ટૂંકું અને પ્રમાણિત હતું, જે સમાંતર નમૂના પ્રક્રિયા સાથે સુસંગત છે. ચોથું, ટ્રાઇપ્સિન / લાઇસ-સી પાચન ખૂબ જ નાના વોલ્યુમમાં કરવામાં આવ્યું હતું, જે મંદન ઘટાડે છે અને લો-ઇનપુટ પેપ્ટાઇડ પુન recoveryપ્રાપ્તિને ટેકો આપે છે. છેવટે, પાચનથી એસિડિફિકેશનમાં સીધું સંક્રમણ અને એલસી-એમએસ / એમએસ બિનજરૂરી હેન્ડલિંગ પગલાંને ઘટાડે છે.
ડાઉનસ્ટ્રીમ એલસી-એમએસ / એમએસ પદ્ધતિમાં નેનો-ફ્લો રિવર્સ-ફેઝ સેપરેશનનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો, જે ક્યૂ-એક્ઝેક્ટિવ એચએફ ઓર્બિટ્રેપ માસ સ્પેક્ટ્રોમીટર સાથે જોડાય છે. નમૂનાઓ સી 18 પ્રી-કોલમ પર ફસાયેલા હતા, પછી 200 એનએલ / મિનિટ અને 40 ° સે પર 50 μm આંતરિક વ્યાસના વિશ્લેષણાત્મક સ્તંભ પર અલગ કરવામાં આવ્યા હતા. ઢાળ 60 મિનિટમાં નીચા કાર્બનિક દ્રાવકથી 35% દ્રાવક બી સુધી ચાલ્યું, ત્યારબાદ ઉચ્ચ-કાર્બનિક ધોવા અને ફરીથી સંતુલન થયું. એમએસ સંપાદન ઉચ્ચ-ઊર્જા અથડામણ વિચ્છેદન સાથે ડેટા-સ્વતંત્ર સંપાદનનો ઉપયોગ કરીને હકારાત્મક-આયન મોડમાં કરવામાં આવ્યું હતું. DIA કાચી ફાઇલોનું વિશ્લેષણ DIA-NN 1.8 નો ઉપયોગ કરીને કરવામાં આવી હતી જેમાં સિલિકો આગાહી સ્પેક્ટ્રલ લાઇબ્રેરી છે.