સહકર્મી સમીક્ષિત પ્રોટિઓમિક્સ અભ્યાસમાં માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરનું સત્યાપન

Hielscher Ultrasonics જાહેરાત કરે છે કે Proteomics (2024)માં પ્રકાશિત સહકર્મી સમીક્ષિત તુલનાત્મક પ્રોટિઓમિક્સ અભ્યાસમાં તેના UIP400MTP અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરનું સફળતાપૂર્વક સત્યાપન થયું છે. આ અભ્યાસ દર્શાવે છે કે અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ આધારિત નમૂના તૈયારીથી પુનરુત્પાદનીય, ઉચ્ચ ગુણવત્તાવાળા પ્રોટીન અર્ક પ્રાપ્ત થાય છે, જે અદ્યતન શૉટગન પ્રોટિઓમિક્સ અને ટર્મિનોમિક્સ કાર્યપ્રવાહો સાથે સંપૂર્ણપણે સુસંગત છે.

“TermineR: શૉટગન પ્રોટિઓમિક્સ ડેટામાંથી અંતર્જાત પ્રોટીનવિઘટન પ્રક્રિયા વિશે માહિતી મેળવવી” નામનું પ્રકાશન પ્રમાણભૂત માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી ડેટાસેટમાંથી સીધા જ અંતર્જાત પ્રોટીનવિઘટનનું વિશ્લેષણ કરવા માટેનું નવું બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ માળખું રજૂ કરે છે. પદ્ધતિના સત્યાપનના ભાગરૂપે, લેખકોએ સામાન્ય રીતે વપરાતી ત્રણ પેશી સમાનીકરણ તકનીકોની સરખામણી કરી હતી: મણકાઓ વડે યાંત્રિક વિઘટન (Precellys), બાથ સોનિકેશન (Bioruptor) અને UIP400MTP વડે અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન.

કૃત્રિમ પ્રોટીનવિઘટન વિના તુલનાત્મક પ્રોટિઓમ આવરણ

તુલનાત્મક અભ્યાસનો એક મુખ્ય ઉદ્દેશ એ મૂલવવાનો હતો કે જુદી જુદી નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓ અર્ધવિશિષ્ટ પેપ્ટાઇડની ઓળખ અને જથ્થાત્મક નિર્ધારણને પ્રભાવિત કરે છે કે કેમ, કારણ કે આ પેપ્ટાઇડ અંતર્જાત પ્રોટીનવિઘટન પ્રક્રિયાના અભ્યાસ માટે અત્યંત મહત્વપૂર્ણ છે. પરિણામો દર્શાવે છે કે UIP400MTP આધારિત અલ્ટ્રાસોનિક નિષ્કર્ષણ સંપૂર્ણ વિશિષ્ટ અને અર્ધવિશિષ્ટ પેપ્ટાઇડના પ્રમાણમાં સાતત્ય જાળવીને, સ્થાપિત યાંત્રિક વિઘટન પદ્ધતિઓ જેટલું પ્રોટિઓમ આવરણ પ્રાપ્ત કરે છે.
મહત્વની વાત એ છે કે ડેટા દર્શાવે છે કે ઉચ્ચ શક્તિવાળું અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન કૃત્રિમ પ્રોટીન વિચ્છેદન પેદા કરતું નથી, જે ટર્મિનોમિક્સ અને અર્ધવિશિષ્ટ પેપ્ટાઇડ વિશ્લેષણમાં રહેલી એક સામાન્ય ચિંતાનું નિરાકરણ આપે છે. આ પુષ્ટિ કરે છે કે UIP400MTP જૈવિક રીતે અર્થપૂર્ણ પ્રોટીનવિઘટન સંકેતો જાળવી રાખીને નમૂનાનું કાર્યક્ષમ વિઘટન કરે છે.

નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓ વચ્ચે અર્ધવિશિષ્ટ પેપ્ટાઇડની જથ્થાત્મક પુનરુત્પાદનીયતા –
વાઇલ્ડ-ટાઇપ (WT, ડાબે) અને નૉક-આઉટ (KO, જમણે) નમૂનાઓ માટે વિવિધ પ્રોટીન નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓની સરખામણી કરતા, અર્ધવિશિષ્ટ પેપ્ટાઇડની log2-રૂપાંતરિત તીવ્રતાઓના પિયર્સન સહસંબંધ ઉષ્માનકશા. UIP400MTP અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન, મણકાઓ વડે યાંત્રિક વિઘટન (Precellys®) અને બાથ સોનિકેશન (Bioruptor®) વચ્ચે ઊંચા સહસંબંધ ગુણાંકો (સામાન્ય રીતે ≥0.95) જોવા મળે છે, જે ઉત્તમ જથ્થાત્મક સુસંગતતા દર્શાવે છે. આ પરિણામો પુષ્ટિ કરે છે કે માઇક્રોપ્લેટ આધારિત અલ્ટ્રાસોનિકેશન પેપ્ટાઇડની સાપેક્ષ વિપુલતા જાળવી રાખે છે અને જથ્થાત્મક પ્રોટિઓમિક્સ તથા ટર્મિનોમિક્સ વિશ્લેષણો સાથે સંપૂર્ણપણે સુસંગત છે.
અભ્યાસ અને આલેખો: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

જથ્થાત્મક પ્રોટિઓમિક્સમાં ઉચ્ચ પુનરુત્પાદનીયતા

આ અભ્યાસ નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓ વચ્ચે ઉચ્ચ જથ્થાત્મક પુનરુત્પાદનીયતા હોવાનું પણ જણાવે છે. પેપ્ટાઇડની તીવ્રતાઓના પિયર્સન સહસંબંધ વિશ્લેષણોમાં UIP400MTP વડે પ્રક્રિયા કરેલા નમૂનાઓ અને મણકાઓ વડે યાંત્રિક વિઘટન અથવા બાથ સોનિકેશનથી તૈયાર કરેલા નમૂનાઓ વચ્ચે મજબૂત સુસંગતતા જોવા મળી હતી, જેમાં સહસંબંધ ગુણાંકો સામાન્ય રીતે 0.95 કરતાં વધારે હતા.
આ તારણો પુષ્ટિ કરે છે કે અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન પેપ્ટાઇડની સાપેક્ષ વિપુલતા જાળવી રાખે છે, જેના કારણે તે વિભેદાત્મક પ્રોટિઓમિક્સ, TMT આધારિત મલ્ટિપ્લેક્સિંગ અને ચોક્કસ જથ્થાત્મક સરખામણીઓની જરૂરિયાત ધરાવતા રોગકેન્દ્રિત અભ્યાસો માટે ખૂબ જ અનુકૂળ છે.

વિશિષ્ટતા અને નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિ અનુસાર ઓળખાયેલા પેપ્ટાઇડ પૂર્વગામીઓની સંખ્યા
ત્રણ પ્રોટીન નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓમાં એન્ઝાઇમી વિશિષ્ટતા (સંપૂર્ણ વિશિષ્ટ, C-અંતીય અર્ધવિશિષ્ટ અને N-અંતીય અર્ધવિશિષ્ટ) અનુસાર વર્ગીકૃત કરાયેલા ઓળખાયેલા પેપ્ટાઇડ પૂર્વગામીઓની સંખ્યાની સરખામણી: મણકાઓ વડે યાંત્રિક વિઘટન (Precellys®), બાથ સોનિકેશન (Bioruptor®) અને UIP400MTP વડે અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન. વાઇલ્ડ-ટાઇપ (WT) અને નૉક-આઉટ (KO) ઉંદરની કિડનીના નમૂનાઓના જૈવિક પુનરાવર્તનો માટે ડેટા દર્શાવવામાં આવ્યા છે. પરિણામો તમામ નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓમાં તુલનાત્મક પ્રોટિઓમ આવરણ અને પેપ્ટાઇડ વિશિષ્ટતાઓનું સમાન વિતરણ દર્શાવે છે, જે સૂચવે છે કે UIP400MTP આધારિત માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન અવિશિષ્ટ પ્રોટીનવિઘટનજન્ય વિચ્છેદન વધાર્યા વિના કાર્યક્ષમ પ્રોટીન નિષ્કર્ષણ કરે છે.
અભ્યાસ અને આલેખો: ©Cosenza-Contreras et al. 2024


મોટી સંખ્યામાં નમૂનાઓની પ્રક્રિયા કરતા અને પ્રમાણિત પ્રોટિઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહોને સક્ષમ બનાવવું

બિનસંપર્ક અલ્ટ્રાસોનિક ઊર્જા પ્રદાનને સંપૂર્ણ 96-વેલ પ્લેટની સમાંતર પ્રક્રિયા સાથે જોડીને, UIP400MTP મોટી સંખ્યામાં નમૂનાઓની પ્રમાણિત અને સ્વચાલનસુસંગત તૈયારીને સમર્થન આપે છે. પ્રકાશિત અભ્યાસમાં, પોલિસિસ્ટિક કિડની રોગના ઉંદર મોડેલ પર લાગુ કરાયેલા DIA-સક્ષમ, TMT-લેબલવાળા પ્રોટિઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહમાં આ પ્રણાલીનું સફળતાપૂર્વક એકીકરણ કરવામાં આવ્યું હતું.
લેખકો નિષ્કર્ષ આપે છે કે માઇક્રોપ્લેટ અલ્ટ્રાસોનિકેશન આધુનિક શૉટગન પ્રોટિઓમિક્સ સાથે સંપૂર્ણપણે સુસંગત છે અને શ્રમસઘન જૈવરાસાયણિક સંવર્ધન પગલાંની જરૂર વિના અંતર્જાત પ્રોટીનવિઘટનનું વિશ્લેષણ શક્ય બનાવે છે.

વૈજ્ઞાનિક રીતે સત્યાપિત ઉકેલો પ્રત્યે પ્રતિબદ્ધતા

કંપનીના એક પ્રતિનિધિએ જણાવ્યું હતું કે, “કડક, સહકર્મી સમીક્ષિત તુલનાત્મક અભ્યાસમાં UIP400MTP નો સમાવેશ વૈજ્ઞાનિક રીતે સત્યાપિત નમૂના તૈયારી તકનીકો પૂરી પાડવા પ્રત્યે Hielscher Ultrasonics ની પ્રતિબદ્ધતાને રેખાંકિત કરે છે. મજબૂત, પુનરુત્પાદનીય અને જરૂરિયાત પ્રમાણે વ્યાપ વધારી શકાય એવા ઉકેલો શોધતી પ્રયોગશાળાઓ માટે કઠિન માંગ ધરાવતા પ્રોટિઓમિક્સ કાર્યપ્રવાહોમાં સ્વતંત્ર સત્યાપન આવશ્યક છે.”
સંપૂર્ણ અભ્યાસ Proteomics માં મુક્તપણે ઉપલબ્ધ પ્રકાશન તરીકે ઉપલબ્ધ છે (DOI: 10.1002/pmic.202300491).

મલ્ટિ-વેલ પ્લેટ સોનિકેટર UIP400MTP વિશેની માહિતી અહીં મેળવો!