પીઅર-સમીક્ષા કરાયેલ પ્રોટીઓમિક્સ અભ્યાસમાં માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરને માન્ય કરવામાં આવ્યું

હિલ્સચર અલ્ટ્રાસોનિક્સે જાહેરાત કરી છે કે તેના UIP400MTP અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરને પ્રોટીઓમિક્સ (2024) માં પ્રકાશિત પીઅર-સમીક્ષા કરાયેલ તુલનાત્મક પ્રોટીઓમિક્સ અભ્યાસમાં સફળતાપૂર્વક માન્ય કરવામાં આવ્યું છે. અભ્યાસ દર્શાવે છે કે અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ-આધારિત નમૂના તૈયારી પ્રજનનક્ષમ, ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા પ્રોટીન અર્ક પહોંચાડે છે જે અદ્યતન શોટગન પ્રોટીઓમિક્સ અને ટર્મિનમિક્સ વર્કફ્લો સાથે સંપૂર્ણપણે સુસંગત છે.

પ્રકાશન, “ટર્મિનઆર: શોટગન પ્રોટીઓમિક્સ ડેટામાંથી એન્ડોજેનસ પ્રોટીઓલિટીક પ્રોસેસિંગ પર માહિતી કાઢવી”, પ્રમાણભૂત માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી ડેટાસેટ્સમાંથી સીધા એન્ડોજેનસ પ્રોટીઓલિસિસના વિશ્લેષણ માટે એક નવું બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ માળખું રજૂ કરે છે. પદ્ધતિ માન્યતાના ભાગ રૂપે, લેખકોએ ત્રણ સામાન્ય રીતે ઉપયોગમાં લેવાતી ટીશ્યુ હોમોજનાઇઝેશન તકનીકોની તુલના કરી: બીડ બીટિંગ (પ્રેસેલીસ), બાથ સોનિકેશન (બાયોરપ્ટર), અને UIP400MTP નો ઉપયોગ કરીને અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન.

કૃત્રિમ પ્રોટીઓલિસિસ વિના તુલનાત્મક પ્રોટીઓમ કવરેજ

તુલનાત્મક અભ્યાસનો મુખ્ય ઉદ્દેશ એ મૂલ્યાંકન કરવાનો હતો કે શું વિવિધ નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓ અર્ધ-વિશિષ્ટ પેપ્ટાઇડ્સની ઓળખ અને જથ્થાત્મકતાને પ્રભાવિત કરે છે, જે અંતર્જાત પ્રોટીઓલિટીક પ્રક્રિયાના અભ્યાસ માટે મહત્વપૂર્ણ છે. પરિણામો દર્શાવે છે કે UIP400MTP-આધારિત અલ્ટ્રાસોનિક નિષ્કર્ષણ સ્થાપિત યાંત્રિક વિક્ષેપ પદ્ધતિઓની તુલનામાં પ્રોટીઓમ કવરેજ પ્રાપ્ત કરે છે, જ્યારે સંપૂર્ણપણે ચોક્કસ અને અર્ધ-વિશિષ્ટ પેપ્ટાઇડ્સના સુસંગત પ્રમાણને જાળવી રાખે છે.
મહત્વપૂર્ણ રીતે, ડેટા દર્શાવે છે કે હાઇ-પાવર અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન કૃત્રિમ પ્રોટીન ક્લીવેજ રજૂ કરતું નથી, જે પરિભાષા અને અર્ધ-વિશિષ્ટ પેપ્ટાઇડ વિશ્લેષણમાં સામાન્ય ચિંતાને સંબોધિત કરે છે. આ પુષ્ટિ કરે છે કે UIP400MTP જૈવિક રીતે અર્થપૂર્ણ પ્રોટીઓલિટીક હસ્તાક્ષરોને સાચવતી વખતે કાર્યક્ષમ નમૂના વિક્ષેપ પ્રદાન કરે છે.

નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓમાં અર્ધ-વિશિષ્ટ પેપ્ટાઇડ્સની માત્રાત્મક પ્રજનનક્ષમતા –
વાઇલ્ડ-ટાઇપ (WT, ડાબે) અને નોક-આઉટ (KO, જમણે) નમૂનાઓ માટે વિવિધ પ્રોટીન નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓની તુલના કરતા અર્ધ-વિશિષ્ટ પેપ્ટાઇડ્સની લોગ2-રૂપાંતરિત તીવ્રતાના પિયર્સન સહસંબંધ હીટમેપ્સ. UIP400MTP અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન, બીડ બીટિંગ (પ્રિસેલીસ®), અને બાથ સોનિકેશન (બાયોરપ્ટર®) વચ્ચે ઉચ્ચ સહસંબંધ ગુણાંક (સામાન્ય રીતે ≥0.95) જોવા મળે છે, જે ઉત્તમ માત્રાત્મક કરાર દર્શાવે છે. આ પરિણામો પુષ્ટિ કરે છે કે માઇક્રોપ્લેટ-આધારિત અલ્ટ્રાસોનિકેશન સંબંધિત પેપ્ટાઇડ વિપુલતાને સાચવે છે અને માત્રાત્મક પ્રોટીઓમિક્સ અને પરિભાષા વિશ્લેષણ સાથે સંપૂર્ણપણે સુસંગત છે.
અભ્યાસ અને ગ્રાફિક્સ: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

જથ્થાત્મક પ્રોટીઓમિક્સમાં ઉચ્ચ પ્રજનનક્ષમતા

આ અભ્યાસ આગળ જણાવે છે કે નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓમાં ઉચ્ચ જથ્થાત્મક પ્રજનનક્ષમતા છે. પેપ્ટાઇડ તીવ્રતાના પિયર્સન સહસંબંધ વિશ્લેષણમાં UIP400MTP-પ્રક્રિયા કરેલા નમૂનાઓ અને મણકાના બીટિંગ અથવા બાથ સોનિકેશનનો ઉપયોગ કરીને તૈયાર કરાયેલા નમૂનાઓ વચ્ચે મજબૂત સંમતિ જાહેર થઈ, જેમાં સહસંબંધ ગુણાંક સામાન્ય રીતે 0.95 કરતા વધારે હોય છે.
આ તારણો પુષ્ટિ કરે છે કે અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન સંબંધિત પેપ્ટાઇડ વિપુલતાને સાચવે છે, જે તેને ડિફરન્શિયલ પ્રોટીઓમિક્સ, TMT-આધારિત મલ્ટિપ્લેક્સિંગ અને ચોક્કસ જથ્થાત્મક તુલનાની જરૂર હોય તેવા રોગ-કેન્દ્રિત અભ્યાસો માટે સારી રીતે અનુકૂળ બનાવે છે.

વિશિષ્ટતા અને નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિ દ્વારા ઓળખાયેલા પેપ્ટાઇડ પુરોગામીઓની સંખ્યા
ત્રણ પ્રોટીન નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓમાં એન્ઝાઇમેટિક વિશિષ્ટતા (સંપૂર્ણપણે વિશિષ્ટ, સી-ટર્મિનલ અર્ધ-વિશિષ્ટ, અને એન-ટર્મિનલ અર્ધ-વિશિષ્ટ) દ્વારા વર્ગીકૃત કરાયેલ ઓળખાયેલ પેપ્ટાઇડ પૂર્વગામીઓની સંખ્યાની તુલના: મણકાના ધબકારા (પ્રિસેલીસ®), બાથ સોનિકેશન (બાયોરપ્ટર®), અને UIP400MTP નો ઉપયોગ કરીને અલ્ટ્રાસોનિક માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન. વાઇલ્ડ-ટાઇપ (WT) અને નોક-આઉટ (KO) માઉસ કિડની નમૂનાઓમાંથી જૈવિક પ્રતિકૃતિઓ માટે ડેટા બતાવવામાં આવ્યો છે. પરિણામો બધી નિષ્કર્ષણ પદ્ધતિઓમાં તુલનાત્મક પ્રોટીઓમ કવરેજ અને પેપ્ટાઇડ વિશિષ્ટતાઓના સમાન વિતરણો દર્શાવે છે, જે દર્શાવે છે કે UIP400MTP-આધારિત માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન બિન-વિશિષ્ટ પ્રોટીઓલિટીક ક્લીવેજ વધાર્યા વિના કાર્યક્ષમ પ્રોટીન નિષ્કર્ષણ પૂરું પાડે છે.
અભ્યાસ અને ગ્રાફિક્સ: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

હાઇ-થ્રુપુટ અને સ્ટાન્ડર્ડાઇઝ્ડ પ્રોટીઓમિક્સ વર્કફ્લોને સક્ષમ કરવું

સમગ્ર 96-વેલ પ્લેટોની સમાંતર પ્રક્રિયા સાથે બિન-સંપર્ક અલ્ટ્રાસોનિક ઊર્જા વિતરણને જોડીને, UIP400MTP ઉચ્ચ-થ્રુપુટ, પ્રમાણિત અને ઓટોમેશન-સુસંગત નમૂના તૈયારીને સમર્થન આપે છે. પ્રકાશિત અભ્યાસમાં, સિસ્ટમને પોલિસિસ્ટિક કિડની રોગના માઉસ મોડેલ પર લાગુ કરાયેલ DIA-સક્ષમ, TMT-લેબલવાળા પ્રોટીઓમિક્સ વર્કફ્લોમાં સફળતાપૂર્વક સંકલિત કરવામાં આવી હતી.
લેખકો તારણ કાઢે છે કે માઇક્રોપ્લેટ અલ્ટ્રાસોનિકેશન આધુનિક શોટગન પ્રોટીઓમિક્સ સાથે સંપૂર્ણપણે સુસંગત છે અને શ્રમ-સઘન બાયોકેમિકલ સંવર્ધન પગલાંની જરૂરિયાત વિના એન્ડોજેનસ પ્રોટીઓલિસિસનું વિશ્લેષણ સક્ષમ કરે છે.

વૈજ્ઞાનિક રીતે માન્ય ઉકેલો પ્રત્યે પ્રતિબદ્ધતા

“સખત, પીઅર-સમીક્ષા કરાયેલ તુલનાત્મક અભ્યાસમાં UIP400MTP નો સમાવેશ Hielscher Ultrasonics પર ભાર મૂકે છે’ વૈજ્ઞાનિક રીતે માન્ય નમૂના તૈયારી તકનીકો પ્રદાન કરવાની પ્રતિબદ્ધતા,” કંપનીના પ્રતિનિધિએ કહ્યું. “મજબૂત, પુનઃઉત્પાદનક્ષમ અને સ્કેલેબલ ઉકેલો શોધતી પ્રયોગશાળાઓ માટે પ્રોટીઓમિક્સ વર્કફ્લોની માંગમાં સ્વતંત્ર માન્યતા આવશ્યક છે.”
સંપૂર્ણ અભ્યાસ પ્રોટીઓમિક્સ (DOI:) માં ઓપન-એક્સેસ પ્રકાશન તરીકે ઉપલબ્ધ છે. ૧૦.૧૦૦૨/પીએમઆઈસી.૨૦૨૩૦૦૪૯૧).

મલ્ટી-વેલ પ્લેટ સોનિકેટર UIP400MTP વિશે માહિતી અહીં મેળવો!