Sonikaatiolla virtaviivaistettu mikrobiomitutkimus ja kliininen analyysi
Sonikaatio on tehokas tekniikka, jota käytetään laajalti mikrobiomitutkimuksessa ja kliinisessä analyysissä, mikä helpottaa korkean suorituskyvyn näytteen valmistelua. Ultraäänimenetelmä on erityisen tehokas monimutkaisten biologisten näytteiden, kuten mikro-organismeja sisältävien näytteiden, käsittelyyn. Sonikoinnin käyttö helpottaa solulyysiä, nukleiinihappojen, proteiinien ja metaboliittien uuttamista ja analysointia, mikä mahdollistaa syvemmän ymmärryksen mikrobiyhteisöistä ja niiden rooleista terveydessä ja sairaudessa. Hielscherin korkean suorituskyvyn sonikaattorit ovat tunnettuja tarkkuudestaan, tehokkuudestaan ja toistettavista tuloksistaan, mikä tekee niistä erinomaisen valinnan mikrobiomitutkimuksiin.
Hyödynnä korkean suorituskyvyn sonikaatiota mikrobiomitutkimuksessa
96-kuoppainen levysoitin UIP400MTP virtaviivaistaa mikrobiomitutkimusta suuritehoisella näytteenvalmistuksella
Korkean suorituskyvyn näytteen valmistelu 96-kuoppaisella levysonikaattorilla UIP400MTP
Sonikaatiosovellukset mikrobiomitutkimuksessa
Tehokas solulyysi
Sonikaatio on erittäin tehokas mikrobisolujen lysoinnissa, mukaan lukien ne, joilla on kovat soluseinät, kuten grampositiiviset bakteerit ja sienet. Ultraääniaallot tuottavat näytteessä kavitaatiokuplia, jotka romahtavat ja luovat iskuaaltoja, jotka rikkovat avoimet soluseinät ja kalvot. Tämä prosessi varmistaa kattavan solujen häiriön ja solunsisäisen sisällön, kuten DNA: n, RNA: n ja proteiinien, tehokkaan vapautumisen.
Hallittu DNA-pirstoutuminen
Seuraavan sukupolven sekvensoinnin kaltaisissa sovelluksissa on usein tarpeen leikata DNA pienemmiksi, yhtenäisiksi fragmenteiksi. Sonikaatio tarjoaa tarkan hallinnan pirstoutumisprosessista, jolloin tutkijat voivat saada halutun kokoisia DNA-fragmentteja. Tämä ohjausobjekti on kriittinen sekvensointikirjastojen valmistelussa ja korkealaatuisten sekvenssitietojen varmistamisessa.
Tehostettu näytteen homogenisointi
Mikrobiomitutkimuksessa näytteet sisältävät usein monipuolisen sekoituksen mikro-organismeja. Sonikaatio auttaa saavuttamaan näiden mikro-organismien tasaisen jakautumisen näytteessä, mikä takaa johdonmukaiset ja toistettavat tulokset. Tämä homogenisointi on ratkaisevan tärkeää tarkan kvantitatiivisen analyysin kannalta, kuten mikrobien runsauden määrittäminen tai spesifisten aineenvaihduntatoimintojen mittaaminen.
Luotettava metaboliittiuutto
Luotettava metaboliitin uuttaminen sonikaatiolla on laajalti käytetty tekniikka metabolomiikassa pienten molekyylien eristämiseksi biologisista näytteistä. Sonikaatio käyttää mekaanisia värähtelyjä, jotka häiritsevät solukalvoja ja helpottavat solunsisäisten metaboliittien vapautumista liuottimeen. Tämä menetelmä on tehokas, toistettavissa ja yhteensopiva eri näytetyyppien kanssa, mikä tekee siitä arvokkaan työkalun suuritehoisissa ja kohdennetuissa metabolomiikkatutkimuksissa. Lue lisää ultraäänimetaboliitin uuttamisesta!
“Kirjoitan kiittääkseni sinua fantastisesta kokemuksestamme käyttää UIP400MTP sonicator -laitettasi ulosteen mikrobiominäytteiden yhtenäiseen ja johdonmukaiseen bakteerilyysiin. Venytämme rajoja korkean suorituskyvyn lyysitekniikalle, ja instrumenttisi sopii hyvin tehtävään. Jotkut tärkeimmistä kohokohdista ovat:
- Helppokäyttöisyys - instrumentti on helppokäyttöinen, ja räätälöinti on yksinkertaista valikkovalintojen avulla
- Suuri läpäisykyky - erinomainen levyjen käsittelyyn, 96 näytettä kerrallaan
- Jopa kaikkien alusten sonikaatio - laite pystyi toimittamaan saman määrän sonikaatiota kaikkiin kaivoihin, mikä oli ratkaisevan tärkeää sovelluksellemme
- Hielscher-tiimin tuki - tuki oli erinomainen, olit aina tukenamme koulutuksessa, vastasit kysymyksiimme ja käsittelit ongelmia ehdotuksilla, jotka auttoivat meitä saavuttamaan tavoitteemme.
Kiitos vielä kerran avustasi ja avustasi, kun työskentelimme protokolliemme optimoimiseksi.”
Mark D. Driscoll, tohtori – Tieteellinen johtaja – Intus Biotieteet
Miten sonikaatiota sovelletaan mikrobiomitutkimuksessa ja diagnostiikassa?
Metabolomiikka, metagenomiikka ja metaproteomiikka kietoutuvat mikrobiomitutkimuksessa toisiinsa, koska ne yhdessä tarjoavat kattavan käsityksen mikrobiyhteisöistä ja niiden toiminnoista. Lyysi, proteiinien puhdistus ja DNA / RNA-pirstoutuminen ovat välttämättömiä näytteenvalmistusvaiheita, joita virtaviivaistetaan käyttämällä 96-kuoppaista levysonikaattoria UIP400MTP.
Metabolomiikka ja metabolomianalyysi
Metabolomiikassa tutkitaan systemaattisesti pienimolekyylisiä metaboliitteja biologisessa järjestelmässä. Mikrobiomitutkimuksessa sonikaatiota käytetään mikrobisolujen hajottamiseen vapauttamalla solunsisäisiä metaboliitteja. Suuria näytemääriä voidaan käsitellä nopeasti käyttämällä 96-kuoppaista levysonikaattoria UIP400MTP. Uutetut metaboliitit kvantifioidaan sitten käyttämällä kehittyneitä tekniikoita, kuten massaspektrometriaa (MS) ja ydinmagneettisen resonanssin (NMR) spektroskopiaa. Tuloksena olevat tiedot tarjoavat tilannekuvan mikrobiomin metabolisesta tilasta ja paljastavat oivalluksia mikrobiyhteisöjen biokemiallisista aktiviteeteista ja vuorovaikutuksista.
Metagenomiikka ja metatranskriptomiikka
Metagenomiikka tarkoittaa suoraan ympäristönäytteistä talteen otetun geneettisen materiaalin kokonaisvaltaista analysointia. Sonikaatiolla on ratkaiseva rooli tässä prosessissa lysoimalla mikrobisoluja korkealaatuisen DNA: n uuttamiseksi, joka sitten sekvensoidaan läsnä olevien mikrobilajien tunnistamiseksi ja kvantifioimiseksi. Metatranskriptomiikassa RNA uutetaan käyttämällä samanlaisia sonikaatiomenetelmiä geeniekspressioprofiilien tutkimiseksi eri mikrobiyhteisöissä. DNA: n ja RNA: n sekvensointia varten nukleiinihapot on pirstoutettava tiettyyn emäsparin pituuteen. Kaikki nämä tehtävät suoritetaan luotettavasti ja nopeasti UIP400MTP korkean suorituskyvyn sonicatorilla!
proteomiikka
Proteomiikka-analyysit edellyttävät proteiinien uuttamista mikrobisoluista. Sonikaatiota käytetään tehokkaasti solujen häiritsemiseen, vapauttamalla proteiineja liuokseen. Nämä proteiinit voidaan sitten puhdistaa ja analysoida ymmärtämään niiden toiminnallisia rooleja mikrobiomissa ja niiden osallistumista aineenvaihduntareitteihin. UIP400MTP multi-well plate sonicatorin avulla voit suorittaa lyysi- ja proteiiniuuttotehtävän muutamassa minuutissa luoden toistettavia tuloksia saadaksesi käsityksen proteiinien ohjaamista biologisista prosesseista mikrobiyhteisöissä.
metaproteomiikka
Metaproteomiikka laajentaa proteomiikan analyysin kokonaisiin mikrobiyhteisöihin tutkimalla kollektiivista proteiinisisältöä ymmärtääkseen toiminnallista ilmentymistä ja vuorovaikutusta mikrobiomissa. Sonikaatiota käytetään solujen hajottamiseen, vapauttamalla proteiinit, jotka sitten puhdistetaan ja analysoidaan tekniikoilla, kuten massaspektrometrialla. Tämä lähestymistapa tarjoaa yksityiskohtaista tietoa mikrobiyhteisöjen aktiivisista biologisista prosesseista ja mukautuksista eri ympäristöissä.
Hyödynnä UIP400MTP multi-well plate sonicatorin korkean suorituskyvyn prosessointikapasiteettia ja helpota mikrobiomitutkimusta ja -analyysiä!
UIP400MTP korkean suorituskyvyn sonikaattori mikrobiomitutkimukseen monikuoppalevyillä, 96-kuoppaisilla lautasilla, putkilla ja petrimaljoilla.
UIP400MTP Multiwell Plate Sonicator korkean suorituskyvyn näytteen valmistukseen mikrobiomin diagnostiikassa.
Monikuoppalevyinen sonikaattori helpottaa UIP400MTP korkean suorituskyvyn näytteen valmistelua esimerkiksi mikrobiomin tutkimuksessa ja diagnostiikassa.
96-kuoppainen levysoitin UIP400MTP: Ultraääniä lähettävä neste ympäröi kaikkia kaivoja ja tarjoaa kunkin näytteen yhtenäisen sonikoinnin
UIP400MTP Multi-well Plate Sonicatorin tärkeimmät ominaisuudet
| Korkean suorituskyvyn sonikaatio | Sopii täydellisesti 96-kuoppiin ja muihin multiwell-levyihin, UIP400MTP mahdollistaa useiden näytteiden samanaikaisen, identtisen sonikaation, mikä lyhentää merkittävästi näytteen valmistuksen kestoa ja lisää suuren näytemäärän testauksen läpäisykykyä. |
| Käytä valitsemaasi Multiwell-levyä | UIP400MTP on suunniteltu sonikoimaan kaikki tavalliset multiwell-levyt, PCR-levyt tai mikrotitterilevyt. Valitset kokeiluihisi sopivimman levyn. Koska UIP400MTP ei vaadi omia kulutustarvikkeita, tämä säästää paljon rahaa! |
| Kosketukseton ultraääni | Multiwell Plate Sonicator UIP400MTP käyttää voimakasta ultraääntä lisäämättä mitään näytteeseen. Voit sonikoida ealed-multiwell-levyjä, suljettuja astioita ja injektiopulloja. Hielscher toimittaa sinulle räätälöityjä näytteenpitimiä epätyypillisille injektiopulloille tai astioille. |
| Tarkkuutta ja hallintaa | Tarkan ohjauksen ja älykkään ohjelmiston avulla voit asettaa ultraääniparametrit vastaamaan erityisiä käsittelytarpeitasi optimaalisesti. Saat maksimaalisen sonikaatiotehokkuuden ja tehokkuuden jokaiselle kokeilulle. |
| Lämpötilan säätö | Aseta tietty lämpötila sonikaatiollesi. UIP400MTP levysonikoija voi seurata näytteen lämpötilaa ja säätää sonikaatiota vastaavasti. Kierrätettävä jäähdytysneste jäähdyttää levyn jokaisen kaivon tarkkaa lämpötilan säätöä varten. |
| Protokollat ja kaukosäädin | Jokaista sonikaatioajoa voidaan ohjata tietokoneelta. Ohjelmiston asennusta ei tarvita. Voit käyttää tavallista selaintasi (esim. Chrome, Firefox, Edge tai Safari) missä tahansa käyttöjärjestelmässä (esim. MacOS, Windows, Android, iOS tai Linux) UIP400MTP etähallintaan ja -valvontaan. Jokainen sonikaatioajo tuottaa yksityiskohtaisen sonikaatioprotokollan arviointia ja dokumentointia varten. Protokollatiedosto on ei-omistetussa CSV-muodossa, jonka voit avata haluamallasi ohjelmalla, kuten Microsoft Excelillä, Apple Numbersilla tai OpenOffice Calcilla. |
| Vankka ja luotettava | Saksassa korkeimpien laatustandardien mukaisesti suunniteltu ja valmistettu UIP400MTP ei ole vain tehokas, vaan myös huomattavan kestävä. Sen rakenne täyttää teolliset standardit ja kestää helposti päivittäisen käytön rasitukset vaativassa laboratorioympäristössä. Voit käyttää UIP400MTP jatkuvasti 24 tuntia 7 päivänä viikossa suuren suorituskyvyn toiminnoissa. |
- korkea hyötysuhde
- Uusinta teknologiaa
- luotettavuus & rotevuus
- säädettävä, tarkka prosessinohjaus
- Älykäs ohjelmisto
- älykkäät ominaisuudet (esim. ohjelmoitava, dataprotokolla, kaukosäädin)
- Helppo ja turvallinen käyttää
- vähän huoltoa vaativa
- CIP (puhdas paikan päällä)
Suunnittelu, valmistus ja konsultointi – Laatu valmistettu Saksassa
Hielscher-ultraääniastiat ovat tunnettuja korkeimmista laatu- ja suunnittelustandardeistaan. Kestävyys ja helppokäyttöisyys mahdollistavat ultraäänilaitteidemme sujuvan integroinnin teollisuuslaitoksiin. Hielscher-ultraäänilaitteet käsittelevät helposti karkeita olosuhteita ja vaativia ympäristöjä.
Hielscher Ultrasonics on ISO-sertifioitu yritys ja painottaa erityisesti korkean suorituskyvyn ultraäänilaitteita, joissa on huipputeknologia ja käyttäjäystävällisyys. Tietenkin, Hielscher-ultraäänilaitteet ovat CE-yhteensopivia ja täyttävät UL: n, CSA: n ja RoHs: n vaatimukset.
Kosketukseton sonikaattori UIP400MTP mikrobiominäytteiden valmistukseen monikuoppalevyissä.
Kirjallisuus / Viitteet
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- InfoGraphic UIP400MTP – 96-well plate Ultrasonicator for High-Throughput Sample Prep – english – Hielscher Ultrasonics
- Jannike L. Krause, Sven-Bastiaan Haange, Stephanie S. Schäpe, Beatrice Engelmann, Ulrike Rolle-Kampczyk, Katarina Fritz-Wallace, Zhipeng Wang, Nico Jehmlich, Dominique Türkowsky, Kristin Schubert, Judith Pöppe, Katrin Bote, Uwe Rösler, Gunda Herberth, Martin von Bergen (2020): The glyphosate formulation Roundup® LB plus influences the global metabolome of pig gut microbiota in vitro. Science of The Total Environment, Volume 745, 2020.
- Tröscher-Mußotter, Johanna; Sáenz, Johan; Grindler, Sandra; Meyer, Jennifer; Kononov, Susanne; Mezger, Beate; Borda, Daniel; Frahm, Jana; Dänicke, Sven; Camarinha-Silva, Amelia; Huber, Korinna; Seifert, Jana (2021): Microbiome Clusters Disclose Physiologic Variances in Dairy Cows Challenged by Calving and Lipopolysaccharides. mSystems 2021.
- Jannike Lea Krause, Beatrice Engelmann, Stephanie Serena Schaepe, Ulrike Rolle-Kampczyk, Nico Jehmlich, Hyun-Dong Chang, Ulla Slanina, Maximillian Hoffman, Jörg Lehmann, Ana Claudia Zenclussen, Gunda Herberth, Martin von Bergen, Sven-Bastiaan Haange (2024): DSS treatment does not affect murine colonic microbiota in absence of thehost. Gut Microbes 2024.
Usein kysyttyjä kysymyksiä mikrobiomitutkimuksesta
Mitä sonikaatio tekee bakteereille?
Sonikaatio häiritsee bakteerisoluja käyttämällä korkeataajuisia ääniaaltoja, mikä aiheuttaa kavitaatiota, joka tuottaa iskuaaltoja ja mekaanisia voimia, mikä johtaa solujen hajoamiseen ja solunsisäisen sisällön vapautumiseen.
Mitä menetelmiä käytetään mikrobiomien tutkimiseen?
Mikrobiomien tutkimusmenetelmiin kuuluvat DNA-sekvensointitekniikat, kuten 16S rRNA -geenisekvensointi ja metagenomiikka, sekä transkriptomiikka, proteomiikka ja metabolomiikka mikrobien toimintojen ja vuorovaikutusten analysoimiseksi. Bioinformatiikan työkaluja käytetään tuottamaan valtavan datan tulkintaan.
Mitä tekniikoita käytetään mikrobiomianalyysissä?
Mikrobiomianalyysissä käytettyjä tekniikoita ovat 16S rRNA -geenisekvensointi taksonomiseen profilointiin, metagenominen sekvensointi kattavaan geneettiseen analyysiin, metatranskriptomiikka geenien ilmentymisen tutkimiseen, metaproteomiikka proteiinien analysointiin ja metabolomiikka aineenvaihduntatuotteiden tunnistamiseen. Bioinformatiikan työkalut ovat välttämättömiä tietojen käsittelyssä ja tulkinnassa.
Mitä ovat metabolomiikka, metagenomiikka ja metaproteomiikka mikrobiomitutkimuksessa?
Mikrobiomitutkimuksessa metabolomiikka analysoi mikrobien tuottamia pieniä molekyylejä ja metaboliitteja ja antaa tietoa mikrobien aineenvaihdunnallisesta toiminnasta. Metagenomiikkaan kuuluu mikrobiyhteisöjen kollektiivisten genomien sekvensointi niiden geneettisen koostumuksen ja toiminnallisen potentiaalin ymmärtämiseksi. Metaproteomiikka tutkii mikrobiomin koko proteiinipitoisuutta paljastaen geenien toiminnallisen ilmentymisen ja proteiinien roolit mikrobiyhteisössä.
Mitä ovat bakteeripesäkkeet mikrobiomitutkimuksessa?
Mikrobiomitutkimuksessa bakteeripesäkkeet ovat kiinteällä kasvualustalla yhdestä tai muutamasta solusta kasvatettuja bakteeriryhmiä, jotka muodostavat näkyviä ryppäitä. Nämä pesäkkeet edustavat klonaalisia populaatioita, joita käytetään tutkimaan mikrobiyhteisön tiettyjen bakteerikantojen ominaisuuksia, monimuotoisuutta ja toimintoja.
Hielscher Ultrasonics valmistaa korkean suorituskyvyn ultraäänihomogenisaattoreita laboratorio jotta Teollisuuden koko.