Ultrazvučna liza Uzoraka melanogastera Drosophila

Drosophila melanogaster se u laboratorijama široko koristi kao model organizma. Stoga se moraju često provoditi preda analitički koraci pripreme kao što su liza, poremećaj ćelija, ekstrakcija proteina i snižavanje DNK uzoraka Drosophila melanogastera. Ultrazvučni dismembratori su pouzdani i efikasni i mogu se koristiti za obavljanje raznih zadataka kao što su liza, ekstrakcija proteina ili fragmentacija DNK na jednostavnost podešavanjem samo ultrazvučnih parametara procesa. Ultrazvučni homogenizatori su time fleksibilni alati sa širokim spektrom aplikacija.

Ultrazvučna liza i ekstrakcija proteina

Drosophila melanogaster is widely used as model organism in biological labs. Find here protocols for lysis, protein extracion and DNA shearing of D. melanogaster samples.Liza, rastvor ćelija, homogenizacija tkiva i ekstrakcija proteina su tipični zadaci za ultrazvučne dismembratore u biološkim laboratorijama. Ultrazvučni dismembratori i poremećaji ćelija su prikladni za homogenizaciju životinjskih tkiv, insekata (npr. Drosophila melanogaster, C. elegans) ili biljnih primjeraka. Naknadno primjena ultrasonication su liza ćelijskih suspenzija i peleta kao i ekstrakcija intraćelijskih proteina.
Ultrazvučna liza i ekstrakcija proteina su vrlo pouzdani i reproduktivni procesi, koji se mogu izvoditi na osnovu utvrđenih protokola. Pošto se ultrazvučni procesni intenzivitet može tačno podesiti preko parametara sonication kao što su amplitude, ciklus / pulsni mod, temperatura i volumen uzorka, nakon što se dokazani protokoli mogu ponavljati sa istim ishodom iznova i iznova.

Prednosti ultrazvučne pripreme uzoraka

  • vrlo učinkovit
  • Podesivo specifičnom materijalu uzorka
  • Pogodan za bilo koji volumen
  • Ne-termalni tretman
  • ponovljive rezultate
  • Jednostavno i sigurno

Ultrazvučna DNK i rascjepkanost RNK

After cell lysis and protein extraction, a common required step in sample preparation is the shearing and fragmentation of DNA, RNA, and chromatin, e.g. before chromatin immunoprecipitation (ChIP). DNA and RNA fragmentation can be reliably achieved by breaking the covalent bonds that hold the DNA together by physical forces. Using physical shearing such as sonication, at first the DNA strands are broken, then the DNA is fragmented into smaller pieces.
Ultrazvučna fragmentacija DNK je pouzdana i efikasna u šiljanju DNK do ciljane dužine, npr. 500bp (bazni parovi). Glavne prednosti ultrazvučne fragmentacije DNK uključuju preciznu kontrolu ultrazvučnih parametara procesa i intenzivnosti. Parametri ultrazvučnog procesa mogu se podesiti podešavanjem jačine sonikacije, ciklusa i vremena precizno. Tako je moguće stvoriti željene veličine DNK i ciljana dužina DNK može biti pouzdano proizvedena kao i razmnožavana. Ultrazvučno šišanje DNK je idealno i za stvaranje fragmenata DNK visoke molekularne težine.

Ultrasonicator UP200Ht with microtip S26d2 for ultrasonic lysis of Drosophila samples

ultrasonicator Uf200 ः t with 2mm microtip S26d2 for the sonication of Drosophila samples

Informativni zahtev




Zabilježi naš Politika privatnosti.


Protokoli za ultrazvučnu lizu drosophila melanogastera

U nastavku možete pronaći različite protokole za ultrazvučno potpomognutu lizu, ekstrakciju proteina, i DNK ili fragmentaciju hromatina uzoraka Drosophila.

Ultrazvučna liza za unakrsno povezivanje imunoprecipitacije (CLIP) Assay

CLIP assay was performed as previously reported with some modifications. Approximately 20 mg ovaries from 0- to 1-day-old wild-type females were UV crosslinked (3 × 2000 μJ/cm2), homogenized on ice in 1 mL RCB buffer (50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 0.1% Triton X-100, 250 mM sucrose, 1 mM DTT, 1× EDTA-free Complete Protease Inhibitors, 1 mM PMSF) supplemented with 300 U RNAseOUT and placed on ice for 30 min. The homogenate was sonicated on ice, at 80% power, five times in 20 s bursts with a 60 s rest in between using the Hielscher Ultrasonic Processor UP100H (100 W, 30 kHz) i centrifugiran (16000 × g za 5 min na 4°C). Rastvorljiv ekstrakt je bio praćen sa 20 μl protein-G dinamida 20 min na 4°C. Nakon uklanjanja uzoraka za imunoblotiranje i kvantitacije ulaza RNK (1%), HP1 je imunoprecipitiran anti-HP1 9A9 antitijelom iz 450 μl precleared ekstrakta inkubacijom za 4 h sa 50 μl Protein-G dinamine. Imunoprecipitati su 4 puta oprani RCB-om. Da bi se eluirale imunoprecipitirane RNA- e, kuglice su kuhane u 100 μL UltraPure DEPC-tretirane vode 5 min. 900 μL Qiazol Reagent je dodano supernatantu koji se oporavio za pripremu RNK. RNK pročišćena je korištena kao predložak za sintezu cDNA koristeći oligo dT, slučajne heksameri i SuperScript reverznu transkriptazu III prema protokolu proizvođača.
(Cassale et al. 2019)

Ultrazvučna liza za hromatin imunoprecipitacija Assay

Chromatin immunoprecipitation was performed according to the method described by Menet with minor modifications. Approximately 20 mg ovaries from 0- to 1-day-old wild-type females were homogenized in 1 mL of NEB buffer (10 mM HEPES-Na at pH 8.0, 10 mM NaCl, 0.1 mM EGTA-Na at pH 8, 0.5 mM EDTA-Na at pH 8, 1 mM DTT, 0.5% NP-40, 0.5 mM Spermidine, 0.15 mM Spermine, 1× EDTA- free Complete Protease Inhibitors) with a homogenizer / immersion disperser 1 min (at 3000 rpm). The homogenate was transferred to a pre-chilled glass dounce and 15 full strokes were applied with a tight pestle. Free nuclei were then centrifuged at 6000xg for 10 min at 4°C. The nuclei-containing pellets were resuspended in 1 mL of NEB and centrifuged at 20000 × g for 20 min on sucrose gradient (0.65 mL of 1.6 M sucrose in NEB, 0.35 mL of 0.8 M sucrose in NEB). The pellet was resuspended in 1 mL of NEB and formaldehyde to a final concentration of 1%. Nuclei were cross-linked for 10 min at room temperature and quenched by adding 1/10 vol of 1.375 M glycine. The nuclei were collected by centrifugation at 6000 × g for 5 min. Nuclei were washed twice in 1 mL of NEB and resuspended in 1 mL of Lysis Buffer (15 mM HEPES-Na at pH 7.6, 140 mM NaCl, 0.5 mM EGTA, 1 mM EDTA at pH 8, 1% Triton X-100, 0.5 mM DTT, 0.1% Na Deoxycholate, 0.1% SDS, 0.5% N-lauroylsarcosine and 1× EDTA-free Complete Protease Inhibitors). Nuclei were sonicated using a Hielscher Ultrasonic Processor UP100H (100 W, 30 kHz) šest puta za 20 s na i 1 min na ledu. Sonicated nuclei su centrifugirani na 13000 × g 4 min na 4°C. Većina sonitiranog hromatina je bila 500 do 1000 baznih parova (bp) dužine. Za svaku imunoprecipitaciju inkubirao se 15 μg hromatina u prisustvu 10 μg monoklonskog protutijela HP1 9A9 (3 h na 4°C u rotirajućem kotaču). Zatim je dodano 50 μl dinamidnog proteina G, a inkubacija je nastavljena preko noći na 4°C. Natprirodni su odbačeni i uzorci su dva puta oprani u Lysis Bufferu (svako pranje 15 min na 4 °C) i dva puta u TE Bufferu (1 mM EDTA, 10 mM TrisHCl na pH 8). Hromatin je u dva koraka izdiran iz šmuka; prvi u 100 μl Eluition Buffer 1 (10 mM EDTA, 1% SDS, 50 mM TrisHCl na pH 8) na 65°C 15 min, nakon toga centrifugacija i oporavak supernatanta. Materijal je izvađen u 100 μl TE + 0,67% SDS- a. Kombinovani eluat (200 μl) inkubiran je preko noći na 65°C kako bi se obrnule unakrsne veze i tretirale sa 50 μg/ml RNaseA 15 min na 65°C i za 500 μg/ml Proteinaze K za 3 h na 65°C. Uzorci su ekstrahirani fenol-hloroform i etanol precipitiran. DNK je ponovo ubaиen u 25 μl vode. Za maksimiziranje molekularnih analiza sa imunoprecipitiranim DNK, geni kandidata su pojačani u parovima putem optimiziranog dupleks-PCR protokola koristeći dva različita seta primera koji imaju slične temperature topljenja u jednoj reakciji.
(Casale et al. 2019)

UP200St TD_CupHorn za indirektno sonikaciju uzoraka

UP200St TD_CupHorn za indirektno sonikaciju uzoraka kao što su DNK i šaranje hromatina

High-Performance Ultrasonic Cell Disruptors za biološke uzorke

Hielscher Ultrasonics je vaš dugo iskusni partner kada su u pitanju ultrasonikatori visokih performansi za poremećaj ćelije, lizu, ekstrakciju proteina, DNK, RNK, i fragmentaciju hromatina kao i druge predanalitičke korake pripreme uzoraka. Nudeći sveobuhvatan portfelj ultrazvučnih laboratorijskih homogenizatora i jedinica za pripremu uzoraka, Hielscher ima idealan ultrazvučni uređaj za vašu biološku primjenu i zahtjeve.
Sonda tipa insonifier UP200St za lizuKlasični ultrasonikator tipa sonde s mikro vrhom kao što je UP200St (200W; vidi sliku lijevo) ili jednu od ultrazvučnih jedinica za pripremu uzoraka VialTweeter ili UP200ST_TD_CupHorn sa VialHolderom su omiljeni modeli u istraživačkim i analitičkim laboratorijama. Klasična ultrazvučna sonda je idealna, kada se pripremi manje uzoraka mora biti liziran, izvađen ili fragmentiran. Jedinice za pripremu uzoraka VialTweeter i UP200St_TD_CupHorn omogućavaju istovremeno sonikaciju do 10 ili 5 bočica, odnosno.
Ako se moraju obraditi visoki brojevi uzoraka (npr. ploče sa 96 dobrota, mikrotiterske ploče itd.) UIP400MTP je idealno podešavanje sonikacije. UIP400MTP funkcionira kao veći cuphorn, koji je ispunjen vodom i ima dovoljno prostora za držanje mikro-well ploča. Powered by a 400 watts powerful ultrasonic processor, UIP400MTP isporučuje vrlo jednoličan i intezivan sonication multi-well ploča kako bi poremetio ćelije, lyse uzorke, solubilize pelete, ekstrakt proteina ili smicne DNK.

Precizna kontrola putem smart softvera

Hielscher industrijskih procesora iz HDT serije može biti udoban i user-friendly upravlja putem daljinskog upravljača preglednika.Sva Hielscherova sonication rješenja od 200 vata prema gore opremljena su digitalnim ekranom osjetljivim na dodir u boji i inteligentnim softverom. Preko pametnog protokoliranja podataka svi parametri ultrazvučnog procesa se automatski čuvaju kao CSV fajl na ugrađenoj SD-kartici čim se počne sa ultrasonikatorom. Ovo istraživanje i protokoliranje čini mnogo zgodnim. Nakon ispitivanja sonication ili pripreme uzoraka, možete jednostavno pregledati parametre sonication svakog sonication pokrenuti i usporediti ih.
Preko intuitivnog menija, brojan parametar može biti postavljen prije sonicationa: Na primjer, da bi se kontrolirala temperatura u uzorku i kako bi se spriječila njegova toplinska degradacija, može se postaviti i gornje ograničenje temperature uzorka. Pluggable temperaturni senzor, koji dolazi sa ultrazvučnom jedinicom, daje ultrazvučnu povratnu vezu procesora o stvarnoj temperaturi sonikacije. Kada se dostigne gornje ograničenje temperature, ultrazvučni uređaj pauzira sve dok se ne postigne donja granica postavljenog ∆T i počne onda ponovo automatski sonicira.
Ako je potrebno sonication sa specifičnim unosom energije, možete predoceriti konačnu ultrazvučnu energiju sonication runa. Naravno, ultrazvučna pulsacija i režim ciklusa mogu biti pojedinačno postavljeni, previše.
Da bi ponovo koristili svoje najuspješnije parametre sonicationa, možete sačuvati razne načine sonication (npr. vrijeme sonication, intenzivitet, režim ciklusa itd.) kao pred-set modove, tako da mogu biti laki i brzo pokrenuti ponovo.
Za više operativnih pogodnosti, svim digitalnim ultrazvučnim jedinicama može se upravljati preko daljinskog upravljača preglednika u bilo koji zajednički preglednik (npr. InternetExplorer, Safari, Chrome itd.). LAN veza je jednostavna plug-n-play instalacija i ne zahtijeva dodatnu instalaciju softvera.
Mi u Hielscheru znamo da uspješno sonikacija bioloških uzoraka zahtijeva preciznost i ponovenost. Stoga smo naše ultrasonikatore dizajnirali kao pametne uređaje sa svim funkcijama koje omogućavaju efikasnu, pouzdanu, reprodukcijljivu i zgodnu pripremu uzoraka.

Kontaktirajte nas sada i recite nam o vašim biološkim uzorcima i potrebnim koracima pripreme. Predložićemo vam najpoesniji ultrazvučni uređaj za pripremu uzoraka i pomoći vam sa dodatnim informacijama kao što su protokoli i preporuke.

Tablica ispod vam daje naznaku o približnom kapacitetu obrade naših ultrazvučnih sistema od ultrazvučnih mikro-savjeta i klasičnih ultrazvučnih homogenizatora do MultiSample ultrasonicatora za pogodnu, pouzdanu pripremu brojnih uzoraka:

Batch Volumen protok Preporučeni uređaji
96-dobro / mikrotiter ploče N / A. UIP400MTP
10 bočica à 0,5 do 1,5mL N / A. VialTweeter na UP200St
CupHorn za indirektno sonication, npr. do 5 bočica N / A. UP200ST_TD_CupHorn
0.01 do 250mL 5 do 100mL/min UP50H
0.01 do 500mL 10 do 200ml / min UP100H
0.02 na 1L 20 do 400mL / min Uf200 ः t / UP200St
10 do 2000mL 20 do 400mL / min Uf200 ः t, UP400St
0.25 do 5L 0.05 do 1L/min UIP500hdT

Kontaktiraj nas! / Pitajte nas!

Traži više informacija

Molimo koristite formular ispod da Zatražit dodatne informacije o ultrazvučnim procesorima, aplikacijama i cijeni. Biće nam drago da diskutujemo o vašem procesu sa vama i da vam ponudimo ultrazvučni sistem.









Molim vas, obratite se našem Politika privatnosti.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

Ultrazvučna jedinica za pripremu više uzoraka VialTweeter omogućava istovremeno sonikaciju do 10 bočica. Uz stezaljku uređaja VialPress, do 4 dodatne cijevi se mogu pritisnuti na prednju stranu za intenzivno sonication.

Književnost/reference



Hielscher Ultrasonics supplies high-performance ultrasonic homogenizers from lab to industrial size.

Ultrazvuka visokih performansi! Hielscherov proizvodni raspon pokriva cijeli spektar od kompaktnog lab ultrasonicatora preko klupa-top jedinica do puno-industrijskih ultrazvučnih sistema.


Činjenice vredi znati

Metabolomika

Metabolomics is the study of small molecules, known as metabolites, present within cells, biofluids, tissues or organisms. These small molecules and their interactions within a biological system are summarized under the umbrella term “metabolome” and the research field is called metabolomics. The metabolome research is closely connected with the rapidly emerging field of precision medicine. The understanding of the metabolome and its relation to various diseases helps to develop disease prevention and clinical care strategies whilst individual variability in environment, lifestyle, genetics, and molecular phenotype. In order to release metabolite molecules from cells, ultrasonication is frequently used in biological laboratories for pre-analytical sample preparation such as cell disruption, lysis and the extraction of proteins, lipids and other molecules.