Sonication tomonidan osonlashtirilgan genomik tadqiqotlar

Genomik tadqiqotlar biologik tizimlar haqidagi tushunchamizni tubdan o'zgartirib, turli kasalliklar va belgilar asosidagi murakkab genetik mexanizmlarni aniqlash imkonini berdi. Uyali membranalarni buzish uchun dastlab ishlab chiqilgan sonikatsiya usuli genomik tadqiqotlarda keng qo'llanilgan. Ushbu maqolada sonikatsiyani genomik tadqiqotlarda qo'llash, jumladan DNK izolyatsiyasi va parchalanishi, xromatin immunoprecipitatsiyasi (ChIP) va keyingi avlod sekvensiya kutubxonalarini tayyorlash haqida umumiy ma'lumot berilgan. Ushbu maqola genomik tadqiqotlarda sonikatsiya tamoyillari, metodologiyalari va qo'llanilishi haqida umumiy ma'lumot beradi va sizni genomik tadqiqotlar uchun eng mos sonikatorlar bilan tanishtiradi.

Genomik tadqiqotlardagi sonikatorlar

Biologik namunalarni tayyorlash uchun prob tipidagi sonikator UP100H, masalan, DNK parchalanishi, xromatinni kesish, hujayra lizisi.Genomik tadqiqotlar so'nggi o'n yilliklarda yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi texnologiyalari va innovatsion eksperimental metodologiyalarning rivojlanishi tufayli ajoyib yutuqlarga erishdi. Ushbu yutuqlar genomlar, epigenomlar va transkriptomlarni har tomonlama tahlil qilishni osonlashtirdi, kasalliklarning genetik asoslari, evolyutsiya va fenotipik o'zgaruvchanlik haqida tushuncha berdi.
Ultratovushning jismoniy kuchlarini molekulyar tuzilmalarni buzish uchun qo'llashni o'z ichiga olgan mexanik jarayon sonikatsiya genomik tadqiqotlarda ko'p qirrali vosita sifatida paydo bo'ldi.Sonication DNK parchalanishi, xromatinni kesish va NGS kutubxonasini tayyorlash uchun ishlatiladigan yaxshi tasdiqlangan texnikadir.

Ma'lumot so'rovini




Bizning e'tibor bering Maxfiylik siyosati.


 

Ushbu qo'llanmada laboratoriyalarda liziz, hujayra buzilishi, oqsil izolyatsiyasi, DNK va RNK parchalanishi, tahlil va tadqiqotlar kabi namuna tayyorlash vazifalaringiz uchun qaysi turdagi sonikator eng yaxshi ekanligini tushuntiradi. Ilovangiz, namuna hajmi, namuna raqami va o'tkazish qobiliyati uchun ideal sonikator turini tanlang. Hielscher Ultrasonics siz uchun ideal ultratovushli homogenizatorga ega!

Fan va tahlilda hujayra buzilishi va oqsil olish uchun mukammal sonikatorni qanday topish mumkin

Video eskizi

 

Genomik tadqiqotlarda sonikatsiyani qo'llash

Sonication biologik namunalarga tahlillar, tahlillar oldidan yoki keyingi quyi oqim jarayonlariga tayyorgarlik ko'rish uchun namunalar tayyorlash uchun qo'llaniladi. Sonikatsiya yordamida eng keng tarqalgan namunali tayyorgarlik dasturlari quyidagilarni o'z ichiga oladi:

  • DNKning parchalanishi: Tahlillarga va boshqa tahlil usullariga tayyorgarlik bosqichi sifatida genomik DNK fragmentlarning belgilangan hajmiga qadar kesilishi kerak.
    Sonikatsiya genomik DNKning aniq parchalanishi uchun ishlatiladi, bu turli xil quyi oqim dasturlari, jumladan PCR, klonlash va janubiy blotlash uchun kerakli o'lchamdagi DNK fragmentlarini yaratishga imkon beradi. Sonication enzimatik usullarga nisbatan afzalliklarni taqdim etadi, chunki u fragment o'lchami va taqsimotini moslashuvchan boshqarish imkonini beradi. UIP400MTP plastinka sonikatori bilan yuqori mahsuldorlikka ega namuna tayyorlash katta namuna raqamlarini qayta ishlashni soddalashtiradi.
    Ultratovush haqida ko'proq o'qing DNKning parchalanishi va Plazmid parchalanishi!
  • Xromatin immunoprecipitatsiyasi (ChIP): ChIP - giston modifikatsiyalari va transkripsiya faktorlari bilan bog'lanish kabi oqsil-DNK o'zaro ta'sirini o'rganish uchun keng qo'llaniladigan usul. Sonikatsiya xromatinni immunopresipitatsiyaga moyil bo'lgan kichikroq bo'laklarga (~ 200-1000 tayanch juft) bo'lishda hal qiluvchi rol o'ynaydi. Bu qiziqish oqsillari bilan bog'liq maxsus genomik hududlarni ajratish va tahlil qilish imkonini beradi.
  • Keyingi avlod ketma-ketligi (NGS): Illumina va Ion Torrent kabi yuqori samarali sekvensiya texnologiyalari . Sonication bir xil o'lchamdagi DNK fragmentlarini yaratish uchun genomik DNKning boshqariladigan parchalanishini osonlashtiradi, keyinchalik ular kutubxonani qurish uchun ishlatiladi. Bu genomik tarkibning aniq ifodalanishini ta'minlaydi va ketma-ketlik samaradorligini oshiradi.
    Next Gen Sequencing uchun sonication foydalanish haqida ko'proq o'qing!
  • VialTweeter komplektini o'rnatish: UP200St ultrasonik protsessorida VialTweeter sonotrode

    VialTweeter sonikatori bir vaqtning o'zida bir nechta flakonlardan namuna tayyorlash uchun

    DNK bilan bog'liq tadqiqotlarim uchun eng yaxshi sonikatorni qanday tanlashim mumkin?

    Atama “sonikasyon” ultratovushni qo'llashning turli usullari uchun ishlatiladi. Eng keng tarqalgan usullar ultratovushli vanna va prob tipidagi sonikatordir. Quyida, nima uchun to'g'ri sonikatorni tanlash tadqiqotingiz sifati va asosliligini oshirishini bilib olasiz.

    Turli xil ultratovushli modellar o'rtasidagi farqlar, ularning afzalliklari va cheklovlari haqida bilib oling. Bu erda biz genomik tadqiqotlar uchun eng keng tarqalgan sonikator modellariga sho'ng'iymiz.

    Vanna sonikasiyasi: Nima uchun vanna tipidagi sonikatorlar sizga ishonchsiz, takrorlanmaydigan natijalar beradi? Genomik namunalar suv idishining pastki qismiga biriktirilgan bir nechta ultratovush transduserlari bilan jihozlangan suv hammomiga joylashtiriladi. Akustik kavitatsiya dog'lari tank orqali juda notekis ravishda paydo bo'ladi va doimiy ultratovush quvvatini ta'minlamaydi. Bu usul namunalarni turli intensivlikda ko'rib chiqadi va DNK parchalanishi kabi namunalarni tayyorlashda takrorlanadigan natijalarni bermaydi. Ushbu notekis davolash natijasida DNK fragmenti hajmi ustidan nazorat berilmaydi. Umumiy ultratovushli hammom bilan ishonchli, takrorlanadigan tadqiqotni amalga oshirish mumkin emas.
    Zond tipidagi sonikator va ultratovushli vanna haqida ko'proq bilishni xohlaysizmi? Bu yerni bosing!

    Ultrasonik vannadan farqli o'laroq, Hielscher kuchli ultratovushni etkazib beradigan aniq boshqariladigan sonikatorlardir. Biologik namunalarning istalmagan degradatsiyasining oldini olish uchun sonikatsiyaning intensivligi dasturga to'liq moslashtirilishi mumkin. Namunani qayta ishlash jarayonida nuklein kislotalar va boshqa biomolekulalarning optimal saqlanishini ta'minlaydi. Bu, ayniqsa, genomik tadqiqotlar uchun foydalidir, bu erda namunaning yaxlitligi quyi oqim tahlili uchun juda muhimdir. Dasturlashtiriladigan sozlash, brauzerni masofadan boshqarish va avtomatik ma'lumotlarni yozib olish kabi aqlli xususiyatlar laboratoriyalarda tadqiqot ishlarini osonlashtiradi.

    Genomik tadqiqotlar uchun Hielscher Sonicator modellari

    • Prob tipidagi sonikatsiya: Sonikatsiya probi to'g'ridan-to'g'ri namuna trubasiga kiritiladi, bu mahalliy sonikatsiya va parchalanish parametrlarini aniq nazorat qilish imkonini beradi. Bu usul bitta flakon yoki stakan kabi kichik namunalar uchun afzaldir.
      DNK parchalanishi va namunani tayyorlash uchun barcha zond tipidagi sonikatorni bu yerda toping!
    • CupHorn va UIP400MTP: Hielscher sonikator modellari Ultrasonic Cuphorn va UIP400MTP Plate Sonicator umumiy ultratovushli hammom yoki tozalash tankidan sezilarli darajada farq qiladi. Birinchi qarashda ultratovush to'lqinlarini suv hammomi orqali bilvosita uzatish printsipi o'xshash ko'rinadi. – Hielscher ultratovushli kupa yoki plastinka sonikatori va umumiy ultratovushli hammom o'rtasidagi farq kattaroq bo'lishi mumkin emas! Hielscher tizimlarida kupa va plastinka sonikatorining to'liq pastki qismi kuchli ultratovush yordamida bir xilda aralashtiriladi. Bu shuni anglatadiki, butun sirt bir xil amplituda va chastotada tebranadi. Hech qanday o'lik, tovushsiz joy topilmadi, barcha namunalar bir xil intensivlikda sonikatsiya qilinadi! Bu sizning ultratovush namunangizni tayyorlashda bir xil, takrorlanadigan natijalarni ta'minlaydi.
      Bu yerda ultratovushli kupa haqida ko'proq ma'lumot olishingiz mumkin!
      UIP400MTP plastinka-sonikatori haqida ko'proq ma'lumotni bu erda topishingiz mumkin!
    • VialTweeter: VialTweeter ultratovush energiyasini suv hammomiga yoki boshqa muhitga botirmasdan to'g'ridan-to'g'ri namuna flakonlariga uzatish uchun tebranish flakonini ushlab turadigan blok sonotrodning noyob dizaynidan foydalanadi. Ushbu bilvosita, ammo yuqori samarali sonikatsiya usuli 10 tagacha yopiq flakonlarni davolash uchun ideal va o'zaro kontaminatsiyani oldini oladi.
      TheVialTweeter bilan 10 tagacha yopiq flakonlarni ifloslanishsiz sonikatsiya qilish haqida ko'proq o'qing!
    5 tagacha yopiq naychalar va flakonlarni bir xil va intensiv sonikatsiya qilish uchun ultratovushli kupa.

    ultratovush cuphorn steril DNK parchalanishi uchun yopiq naychalar va flakonlarni intensiv sonikatsiya qilish uchun.

    Ma'lumot so'rovini




    Bizning e'tibor bering Maxfiylik siyosati.


    Avtomatlashtirilgan tizimlardagi sonikatorlar – Oddiy integratsiya

    Hielscher ultrasonikatorlari brauzer nazorati orqali masofadan boshqarilishi mumkin. Sonication parametrlari kuzatilishi va jarayon talablariga aniq moslashtirilishi mumkin.Hielscher sonikatorlari avtomatlashtirilgan tizimlarga birlashtirilishi mumkin. Ochiq tarmoq interfeysi va dasturlash xususiyatlari bilan Hielscher sonikatorlari avtomatlashtirish uchun javob beradi. Avtomatlashtirish va robototexnika bilan integratsiya genomik namunalarni yuqori samarali qayta ishlash imkonini beradi, keng ko'lamli tadqiqotlar va shaxsiylashtirilgan tibbiyot tashabbuslarini osonlashtiradi. Sonikatoringizni avtomatlashtirilgan namuna tayyorlash tizimiga integratsiya qilish imkoniyati namunalarni qayta ishlashni optimallashtiradi va turli xil ilovalar va namuna turlari bo'yicha samarali, takrorlanadigan va xavfsiz namunani qayta ishlashni ta'minlaydi.

    Nima uchun Hielscher Ultrasonik?

    • yuqori mahsuldorlik
    • Zamonaviy texnologiyalar
    • ishonchliligi & chidamlilik
    • sozlanishi, aniq jarayon nazorati
    • partiyasi & mos ravishda
    • har qanday hajm uchun
    • aqlli dastur
    • aqlli xususiyatlar (masalan, dasturlashtiriladigan, ma'lumotlarni protokollash, masofadan boshqarish)
    • Foydalanish oson va xavfsiz
    • past texnik xizmat
    • CIP (joyida toza)

    Dizayn, ishlab chiqarish va konsalting – Germaniyada ishlab chiqarilgan sifat

    Hielscher ultrasonikatorlari eng yuqori sifat va dizayn standartlari bilan mashhur. Mustahkamlik va qulay foydalanish ultratovush qurilmalarimizni sanoat ob'ektlariga silliq integratsiya qilish imkonini beradi. Qo'pol sharoitlar va talabchan muhit Hielscher ultrasonikatorlari tomonidan osonlik bilan hal qilinadi.

    Hielscher Ultrasonics ISO sertifikatiga ega kompaniya bo'lib, eng zamonaviy texnologiya va foydalanuvchilarga qulaylik bilan ajralib turadigan yuqori samarali ultratovush apparatlariga alohida e'tibor beradi. Albatta, Hielscher ultrasonikatorlari Idoralar talablariga javob beradi va UL, CSA va RoHs talablariga javob beradi.

    Quyidagi jadval DNK va RNK parchalanishi, hujayra lizisi, shuningdek DNK va oqsil izolyatsiyasi kabi namunalarni tayyorlash vazifalari uchun ideal bo'lgan laboratoriya ultratovush apparatlarining taxminiy qayta ishlash imkoniyatlarini ko'rsatadi:

    Qurilma Quvvat [V] shrift Volume [ml]
    UIP400MTP 400 mikroto'lqinlar uchun 6 – 3456 ta quduq
    VialTweeter 200 10 flakongacha, shuningdek, qisish imkoniyati 0.5 – 1,5
    UP50H 50 Tekshirish-turi 0.01 – 250
    UP100H 100 Tekshirish-turi 0.01 – 500
    Uf200 ः t 200 Tekshirish-turi 0.1 – 1000
    UP200St 200 Tekshirish-turi 0.1 – 1000
    UP400St 400 Tekshirish-turi 5.0 – 2000 yil
    Cuphorn 200 CupHorn, sonoreactor 10 – 200
    GDmini2 200 ifloslanish-ochiq oqimi hujayra

    Biz bilan bog'lanish! Bizdan so'rang!

    Qo'shimcha ma'lumotni so'rang

    Ultrasonik protsessorlar, ilovalar va narx haqida qo'shimcha ma'lumot so'rash uchun quyidagi shakldan foydalaning. Biz sizning jarayoningizni siz bilan muhokama qilishdan va sizning talablaringizni qondiradigan ultratovush tizimini taklif qilishdan mamnun bo'lamiz!









    Iltimos, bizning e'tibor bering Maxfiylik siyosati.


    Ushbu videoklip Hielscher ultratovushli gomogenizator UP100H, laboratoriyalarda namuna tayyorlash uchun keng qo'llaniladigan ultratovush qurilmasini ko'rsatadi.

    Ultrasonik gomogenizator UP100H

    Video eskizi



    Genomika va sonikatsiya haqida tez-tez so'raladigan savollar

    Bu erda ultratovush va genomik tadqiqotlar haqida gap ketganda eng ko'p beriladigan savollarga javoblarni toping.

    DNKga sonikatsiya nima qiladi?

    Sonikatsiya mexanik kuchlarni yaratadigan yuqori chastotali tovush to'lqinlarini qo'llash orqali DNKni kichikroq bo'laklarga ajratadi, bu esa DNK iplarini tasodifiy nuqtalarda parchalanishiga olib keladi. Sonikatsiyaning intensivligini sozlash keyingi qayta ishlash va tahlil qilish uchun talablarga qarab kattaroq yoki kichikroq DNK fragmentlarini yaratishga imkon beradi.

    DNK parchalanishi uchun sonikatsiya protokoli nima?

    DNK parchalanishi uchun odatiy sonikatsiya protokoli ultratovush to'lqinlarini DNK namunalariga bir qator qisqa portlashlar uchun bufer eritmasida qo'llashni o'z ichiga oladi, so'ngra namunani isitishning oldini olish uchun sovutish intervallari. Amplituda, davomiylik va sikl soni kabi parametrlar namuna turiga va kerakli fragment hajmiga qarab optimallashtiriladi.

    DNKni kesish uchun sonikatsiya qanday ishlaydi?

    DNKni kesish uchun sonikatsiya ultratovush to'lqinlari yordamida DNK molekulalariga boshqariladigan mexanik kuchlarni qo'llashni o'z ichiga oladi. Bu kuchlar DNK zanjirlarini bir-biriga bog'lab turuvchi vodorod aloqalarini va boshqa o'zaro ta'sirlarni buzadi, natijada tasodifiy uzilishlar va DNKning kichikroq bo'laklarga bo'linishi sodir bo'ladi.

    DNK namunalarini qancha vaqt soniklash kerak?

    DNK namunalari uchun sonikatsiyaning davomiyligi namuna hajmi, kontsentratsiyasi va kerakli bo'lak hajmi kabi omillarga bog'liq. Odatda, sonikatsiya bir necha soniyadan bir necha daqiqagacha bo'lgan qisqa portlashlar uchun, namunaning qizib ketishining oldini olish uchun sovutish intervallari bilan amalga oshiriladi.

    DNK izolyatsiyasi uchun eng yaxshi sonikator nima?

    DNK izolyatsiyasi uchun eng yaxshi sonikatorni tanlash namuna hajmi, o'tkazish qobiliyati va kerakli fragment hajmi kabi omillarga bog'liq. Ba'zi mashhur variantlar orasida Hielscher UIP400MTP plastinka-sonikator, VialTweeter, CupHorn va UP100H ultratovush probi mavjud. Ushbu sonikatorlar sonikatsiya parametrlari ustidan aniq nazoratni taklif qiladi va tadqiqot laboratoriyalarida turli xil DNK izolatsiyasi ilovalari uchun javob beradi.

    Genomika nima?

    Genomika biologiyaning ko'p tarmoqli bo'limi bo'lib, genomlarning to'liq tuzilishi, funktsiyalari, evolyutsiyasi, xaritalash va modifikatsiyasini tushunishga qaratilgan. Genom organizmdagi barcha DNKni o'z ichiga oladi, uning genlarini va ularning murakkab uch o'lchovli tuzilishini o'z ichiga oladi. Alohida genlar va ularning irsiyat naqshlariga e'tibor qaratadigan genetikadan farqli o'laroq, genomika organizmdagi barcha genlarni har tomonlama tavsiflash va miqdorini aniqlash, ularning o'zaro ta'sirini va umuman organizmga ta'sirini aniqlashga qaratilgan. Genlar fermentlar va messenjer molekulalar tomonidan osonlashtirilgan oqsillar sintezini boshqarishda hal qiluvchi rol o'ynaydi. Bu oqsillar, o'z navbatida, organlar va to'qimalarning tarkibiy qismlarini tashkil qiladi, biokimyoviy jarayonlarni tartibga soladi va hujayralar o'rtasidagi aloqani osonlashtiradi. Genomika butun genomlarni ketma-ketlashtirish va tahlil qilishni o'z ichiga oladi, genomlarning tuzilishi va funktsiyalarini to'liq ochish uchun yuqori samarali DNK ketma-ketlik texnikasi va bioinformatika vositalaridan foydalanadi.
    Genomika - bu organizmning butun genetik materialini, jumladan, DNK ketma-ketligini, tuzilishini, funktsiyasini va o'zgaruvchanligini o'rganadigan fan. U genlarni tahlil qilishni, ularning o'zaro ta'sirini va xususiyatlar va xatti-harakatlarga ta'sirini o'z ichiga oladi. Genomik tadqiqotlar genomlarning tuzilishi va funktsiyasini, shuningdek, ularning salomatlik, kasallik, evolyutsiya va boshqa biologik jarayonlardagi rolini tushunish uchun turli xil texnika va yondashuvlarni o'z ichiga oladi.

    Genomik tadqiqotlar quyidagilarga qaratilgan:

    • Genomlar ketma-ketligi: Bu organizm DNKsidagi nukleotidlarning (A, T, C va G) tartibini aniqlashni o'z ichiga oladi. Bu butun genom yoki qiziqishning muayyan hududlari bo'lishi mumkin.
    • Genetik o'zgarishlarni tahlil qilish: Genomik tadqiqotlar kasalliklar, xususiyatlar va evolyutsiya jarayonlarining genetik asoslari haqida tushuncha berishi mumkin bo'lgan shaxslar yoki populyatsiyalar o'rtasidagi DNK ketma-ketligidagi o'zgarishlarni o'rganadi.
    • Funktsional genomika: Bu soha genlarning bir-biri va atrof-muhit bilan qanday ishlashi va o'zaro ta'sirini o'rganadi. U transkriptomikani (genlarni ifodalashni o'rganish), proteomikani (oqsillarni o'rganish) va metabolomikani (metabolitlarni o'rganish) o'z ichiga oladi.
    • Qiyosiy genomika: Turli xil turlar bo'yicha genomlarni taqqoslash orqali tadqiqotchilar evolyutsion munosabatlarni ochib berishlari, saqlanib qolgan hududlarni aniqlashlari va biologik xilma-xillikning genetik asoslarini tushunishlari mumkin.
    • Tibbiy genomika: Tibbiyotdagi genomik tadqiqotlar kasalliklarning genetik asoslarini tushunishga, kasallik xavfini bashorat qilishga va shaxsiylashtirilgan davolash va aralashuvlarni ishlab chiqishga qaratilgan.

    Genomik tadqiqotlar tibbiyot, qishloq xo'jaligi, evolyutsion biologiya va biotexnologiya kabi sohalarda muhim yutuqlarga olib keldi, bu bizning hayotni molekulyar darajada tushunishimizga va inson salomatligi va farovonligini yaxshilashga yordam berdi.

    Adabiyotlar / Adabiyotlar


    Yuqori samarali ultratovush! Hielscher mahsulot assortimenti ixcham laboratoriya ultratovush qurilmasidan to'liq sanoat ultratovush tizimlarigacha bo'lgan to'liq spektrni qamrab oladi.

    Hielscher Ultrasonics kompaniyasi yuqori samarali ultratovushli homogenizatorlarni ishlab chiqaradi laboratoriya uchun sanoat hajmi.


    Jarayoningizni muhokama qilishdan mamnun bo'lamiz.

    Keling, aloqaga chiqamiz.