Ультразвуковий лізис зразків меланогастера дрозофіли

Дрозофіла меланогастер широко використовується в лабораторіях як модельний організм. Тому необхідно часто проводити попередні аналітичні етапи підготовки, такі як лізис, порушення клітин, екстракція білка та сорування ДНК зразків drosophila melanogaster. Ультразвукові дезмембратори надійні та ефективні і можуть використовуватися для виконання різних завдань, таких як лізис, екстракція білка або фрагментація ДНК з легкістю, лише коригуючи параметри ультразвукового процесу. Ультразвукові гомогенізатори тим самим гнучкі інструменти з широким спектром застосувань.

Ультразвукова лізис і екстракція білка

Drosophila melanogaster is widely used as model organism in biological labs. Find here protocols for lysis, protein extracion and DNA shearing of D. melanogaster samples.Лізис, клітинна солюбілізація, гомогенізація тканин і екстракція білка є типовими завданнями для ультразвукових дисмембратів в біологічних лабораторіях. Ультразвукові дисмембративи і клітинні руйнівники добре підходять для гомогенізації тканин тварин, комах (наприклад, дрозофіла меланогастера, C. elegans) або зразків рослин. Наступними застосуваннями ультразвуку є лізис клітинних суспензій і пелет, а також вилучення внутрішньоклітинних білків.
Ультразвуковий лізис і екстракція білка є дуже надійними і відтворюваними процесами, які можуть виконуватися на основі встановлених протоколів. Оскільки інтенсивність ультразвукового процесу може бути точно скоригована за допомогою параметрів ультразвукової обробки, таких як амплітуда, режим циклу / пульсу, температура та об'єм вибірки, після того, як доведені протоколи можуть повторюватися з тим же результатом знову і знову.

Переваги ультразвукової підготовки зразків

  • високоефективний
  • Регульований під конкретний зразок матеріалу
  • Підходить для будь-якого обсягу
  • Нетемальне лікування
  • відтворювані результати
  • Простий і безпечний

Ультразвукова ДНК та фрагментація РНК

Після лізису клітин і вилучення білка поширеним необхідним кроком при підготовці зразків є перешлагування і фрагментація ДНК, РНК і хроматину, наприклад, перед імунопресітацією хроматину (CHIP). У 1990 році він був номінований на «100 000» за «1000» і 2000 років за «1000». Використовуючи фізичне перестриження, таке як ультразвукова обробка, спочатку розбиваються нитки ДНК, потім ДНК фрагментується на більш дрібні шматки.
Фрагментація ультразвукової ДНК є надійною та ефективною при звисі ДНК до цільової довжини, наприклад, 500bp (базові пари). Основні переваги фрагментації ультразвукової ДНК включають точний контроль параметрів і інтенсивності ультразвукового процесу. Параметри ультразвукового процесу можна регулювати, налаштувавши інтенсивність ультразвукової обробки, цикли та час точно. Це дає можливість створювати бажані розміри ДНК, а цільова довжина ДНК може бути надійно вироблена, а також відтворена. Ультразвукове звисання ДНК також ідеально підходить для створення фрагментів ДНК високої молекулярної ваги.

Ultrasonicator UP200Ht with microtip S26d2 for ultrasonic lysis of Drosophila samples

Ультразвуковий пристрій UP200Ht з 2 мм мікротип S26d2 для ультразвукової обробки зразків Drosophila

Запит інформації




Зверніть увагу на наші Політика конфіденційності.


Протоколи ультразвукового лізису дрозофіла меланогастера

Нижче ви можете знайти різні протоколи для ультразвукового лізису, видалення білка, а також фрагментації ДНК або хроматину зразків Дрозофіли.

Ультразвуковий лізис для перехресного зв'язування імунопреципітації (КЛІП) Аналіз

Clip аналіз був виконаний, як раніше повідомлялося з деякими модифікаціями. Приблизно 20 мг яєчників від 0- до 1-денних самок дикого типу були УФ-зшитими (3 × 2000 μJ/см2), гомогенізовані на льоду в буфері RCB 1 мл (50 mM HEPES pH 7.4, 200 мМ NaCl, 2,5 мМ MgCl2, 0,1% Тритон X-100, 250 мМ сахарози, 1 мМ ДТТ, 1× EDTA-безкоштовні інгібітори повної протеази, 1 мМ ПМСФ) доповнені 300 U RNAseOUT і розміщені на льоду протягом 30 хв. Гомогенат був ультразвуком на льоду, при 80% потужності, п'ять разів в 20 сплесках з 60 с відпочинку між використанням ультразвукового процесора Hielscher UP100H (100 Вт, 30 кГц) і відцентрований (16000 × г протягом 5 хв при 4°C). Розчинний екстракт був попередньо розклеєний 20 мкл Протеїн-Г динабіади протягом 20 хв при 4 °C. Після видалення зразків для імуноблоттингу та кількісного введення РНК (1%), HP1 був імунсертифікований анти-HP1 9A9 антитілами з 450 мкл попередньо визначеного екстракту шляхом інкубації на 4 год з 50 мкл Протеїн-Г динабеади. Імунопреципітати 4 рази мили РКБ. Для того, щоб з'ясувати імунопреційовані РНК, гранульовані намистини були відварені в 100 мкл ультрапурної води, обробленої DEPC протягом 5 хв. Очищена РНК використовувалася як шаблон для синтезу cDNA за допомогою оліго dT, випадкових шестикамер і зворотної транскриптази SuperScript III відповідно до протоколу виробника.
(Кассейл та ін. 2019)

Ультразвуковий лізис для аналізу імунопреципітації хроматину

Chromatin immunoprecipitation was performed according to the method described by Menet with minor modifications. Approximately 20 mg ovaries from 0- to 1-day-old wild-type females were homogenized in 1 mL of NEB buffer (10 mM HEPES-Na at pH 8.0, 10 mM NaCl, 0.1 mM EGTA-Na at pH 8, 0.5 mM EDTA-Na at pH 8, 1 mM DTT, 0.5% NP-40, 0.5 mM Spermidine, 0.15 mM Spermine, 1× EDTA- free Complete Protease Inhibitors) with a homogenizer / immersion disperser 1 min (at 3000 rpm). The homogenate was transferred to a pre-chilled glass dounce and 15 full strokes were applied with a tight pestle. Free nuclei were then centrifuged at 6000xg for 10 min at 4°C. The nuclei-containing pellets were resuspended in 1 mL of NEB and centrifuged at 20000 × g for 20 min on sucrose gradient (0.65 mL of 1.6 M sucrose in NEB, 0.35 mL of 0.8 M sucrose in NEB). The pellet was resuspended in 1 mL of NEB and formaldehyde to a final concentration of 1%. Nuclei were cross-linked for 10 min at room temperature and quenched by adding 1/10 vol of 1.375 M glycine. The nuclei were collected by centrifugation at 6000 × g for 5 min. Nuclei were washed twice in 1 mL of NEB and resuspended in 1 mL of Lysis Buffer (15 mM HEPES-Na at pH 7.6, 140 mM NaCl, 0.5 mM EGTA, 1 mM EDTA at pH 8, 1% Triton X-100, 0.5 mM DTT, 0.1% Na Deoxycholate, 0.1% SDS, 0.5% N-lauroylsarcosine and 1× EDTA-free Complete Protease Inhibitors). Nuclei were sonicated using a Hielscher Ultrasonic Processor UP100H (100 Вт, 30 кГц) шість разів по 20 с на і 1 хв на льоду. Sonicated ядра були центрифуговані на 13000 × г протягом 4 хв при 4 ° C. Більшість звукових хроматинів становить від 500 до 1000 базових пар (bp) в довжину. Для кожного імунопреціації інкубовано 15 мкг хроматину при наявності 10 мкг моноклональних антитіл HP1 9A9 (3 год при 4°C в обертовому колесі). Потім було додано 50 мкл білка Dynabeads G, а інкубація продовжувалася протягом ночі при 4°C. Суперприроди були відкинуті, а зразки двічі милися в буфері Лізіс (кожне миття 15 хв при 4 °C) і двічі в TE Buffer (1 мМ EDTA, 10 мМ TrisHCl при pH 8). Хроматин був вимотаний з бісеру в два етапи; перший в 100 мкл Eluition Buffer 1 (10 мМ EDTA, 1% SDS, 50 мМ TrisHCl при рН 8) при 65°C протягом 15 хв з подальшою центрифугацією і відновленням надприродного. Матеріал бісеру був повторно витягнутий в 100 мкл TE + 0,67% SDS. Комбінований елюат (200 мкл) був інкубований протягом ночі при 65 ° C для зворотного перехресного зв'язку і оброблений 50 мкг / мл RNaseA протягом 15 хв при 65 ° C і на 500 мкг / мл Протеїназа K протягом 3 год при 65 ° C. Зразки були видобуті фенол-хлороформ і етанол осаджений. ДНК було повторно в 25 мкл води. Для максимального молекулярного аналізу з імунопреційованими ДНК, гени кандидатів підсилюються парами за допомогою оптимізованого дуплексного протоколу ПЛР за допомогою двох різних наборів ґрунтовок, що мають аналогічні температури плавлення в одній реакції.
(Казале та ін. 2019)

UP200st TD_CupHorn для непрямої про sonication зразків

UP200-TD_CupHorn для непрямої оздоблення зразків, таких як ДНК і хроматин зів'янення

Високоеструкційні ультразвукові дезресори клітин для біологічних зразків

Hielscher Ultrasonics є вашим давно досвідченим партнером, коли мова йде про високоефетичні ультразвукові апарати для порушення клітин, лізису, вилучення білка, ДНК, РНК та фрагментації хроматину, а також інших доінологічних етапів підготовки зразків. Пропонуючи всеосяжний портфель ультразвукових лабораторних гомогенізаторів та блоків підготовки зразків, Hielscher має ідеальний ультразвуковий пристрій для вашого біологічного застосування та вимог.
Зондовий тип ізоніфікатора UP200St для лізисуКласичний ультразвуковий апарат зондового типу з мікро-наконечником, таким як UP200St (200W; див. малюнок ліворуч) або один з одиниць підготовки ультразвукового зразка VialTweeter або UP200ST_TD_CupHorn з VialHolder є улюбленими моделями в дослідницьких та аналітичних лабораторіях. Класичний ультразвуковий зонд ідеально підходить, при приготувані менше зразків необхідно лишити, витягти або фрагментувати. Блоки підготовки зразків VialTweeter і UP200St_TD_CupHorn дозволяють одночасно використовувати соковиження до 10 або 5 флаконів відповідно.
Якщо необхідно обробити високі номери зразків (наприклад, 96-колодязні пластини, пластини-мікротитери тощо), (УІП400МТП) є ідеальною установкою sonication. UIP400MTP функціонує як більший купгорн, який наповнений водою і має достатньо місця для утримання мікро-колодязних пластин. Працює на потужному ультразвуковому процесорі потужністю 400 Вт, UIP400MTP забезпечує дуже рівномірну і інтенсивну ультразвукову ультразвукову речовину для того, щоб порушити клітини, зразки лізу, солюбілізувати пелети, витягти білки або підшипник ДНК.

Точне керування за допомогою інтелектуального програмного забезпечення

Промислові процесори Hielscher серії hdT можуть бути зручними та зручними за допомогою пульта дистанційного керування браузером.Всі рішення hielscher sonication від 200 Вт вгору оснащені цифровим кольоровим сенсорним екраном і інтелектуальним програмним забезпеченням. За допомогою інтелектуального протоколу даних всі параметри ультразвукового процесу автоматично зберігаються як файл CSV на вбудованій SD-карті, як тільки ультразвук запускається. Це робить дослідження та протоколи набагато зручнішими. Після випробувань на про sonication або підготовки зразків, ви можете просто переглянути параметри sonication кожного sonication запустити і порівняти їх.
Через інтуїтивне меню, численні параметри можуть бути попередньо встановлені перед ультразвуковою обробкою: Наприклад, для контролю температури в зразку та запобігання його термічної деградації може бути встановлена верхня межа температури зразка. Підключений датчик температури, який поставляється з ультразвуковим блоком, дає ультразвуковому процесору зворотний зв'язок щодо фактичної температури ультразвукової обробки. Коли верхня межа температури досягнута, ультразвуковий пристрій призупиняється до тих пір, поки не буде досягнута нижня межа набору ∆T, а потім автоматично почнеться знову ультразвукова обробка.
Якщо потрібна ультразвукова з певним введенням енергії, ви можете попередньо задати остаточну ультразвукову енергію ультразвукової ультразвукової реакції. Звичайно, ультразвуковий пульсація і режим циклу також можуть бути індивідуально встановлені.
Щоб повторно використовувати найуспішніші параметри sonication, ви можете зберегти різні режими sonication (наприклад, час sonication, інтенсивність, режим циклу тощо) як попередньо встановлені режими, так що вони можуть бути легкими і швидко почалися знову.
Для більшої зручності роботи всі цифрові ультразвукові блоки можуть працювати за допомогою пульта дистанційного керування браузера в будь-якому загальному браузері (наприклад, InternetExplorer, Safari, Chrome і т.д.). Підключення до локальної мережі є простим налаштуванням plug-n-play і не вимагає додаткової установки програмного забезпечення.
Ми в Hielscher знаємо, що успішна ультразвукова шикування біологічних зразків вимагає точності і повторюваності. Тому ми розробили наші ультразвукові пристрої як розумні пристрої з усіма функціями, які дозволяють ефективно, надійно, відтворювано і зручно готувати зразки.

Зв'яжіться з нами зараз і розкажіть нам про ваші біологічні зразки і необхідні кроки підготовки. Ми запропонуємо вам найбільш підходящий пристрій підготовки ультразвукових зразків і допоможемо вам отримати додаткову інформацію, таку як протоколи та рекомендації.

Таблиця нижче дає вам вказівку на приблизну продуктивність обробки наших ультразвукових систем від ультразвукових мікро-порад та класичних ультразвукових гомогенізаторів до мультисампле ультраакукаторів для зручної, надійної підготовки численних зразків:

пакетний Обсяг швидкість потоку Рекомендовані пристрої
96-колодязні / мікротестерні пластини застосовується (УІП400МТП)
10 флаконів від 0,5 до 1,5 мл застосовується VialTweeter на UP200St
CupHorn для непрямої sonication, наприклад, до 5 флаконів застосовується UP200ST_TD_CupHorn
0.01 до 250mL від 5 до 100мл/хв UP50H
0.01 до 500mL Від 10 до 200мл / хв UP100H
0від 0,02 до 1л Від 20 до 400мл / хв UP200Ht / UP200St
Від 10 до 2000мл Від 20 до 400мл / хв UP200Ht, UP400St
0. від 25 до 5 л 0.05 до 1л/хв UIP500hdT

Зв'яжіться з нами! / Запитати нас!

Запитайте більше інформації

Будь ласка, використовуйте форму нижче, щоб запросити додаткову інформацію про ультразвукові процесори, програми та ціни. Ми будемо раді обговорити ваш процес з вами і запропонувати вам ультразвукову систему, що відповідає вашим вимогам!









Будь ласка, зверніть увагу на наші Політика конфіденційності.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

Ультразвуковий багатопробивний блок підготовки VialTweeter дозволяє одночасної sonication до 10 флаконів. За допомогою затискного пристрою VialPress до 4 додаткових трубок можна притиснути до передньої частини для інтенсивної про sonication.

Література/довідники



Hielscher Ultrasonics supplies high-performance ultrasonic homogenizers from lab to industrial size.

Висока продуктивність ультразвуку! Асортимент продукції Hielscher охоплює повний спектр від компактного лабораторного ультразвукового над лавковими агрегатами до повноіндативних ультразвукових систем.


Факти варті знати

Метаболоміка

Метаболоміка - це вивчення малих молекул, відомих як метаболіти, присутні в клітинах, біофлуїдах, тканинах або організмах. Ці малі молекули та їх взаємодії всередині біологічної системи підсумовуються під загальним терміном «метаболом», а дослідницьке поле називається метаболомікою. Дослідження метаболом тісно пов'язані з швидко розвивається області точної медицини. Розуміння метаболоми та її відношення до різних захворювань допомагає розробити стратегії профілактики захворювань та клінічної допомоги, в той час як індивідуальна мінливість у навколишньому середовищі, способі життя, генетиці та молекулярному фенотипі. Для того, щоб вивільняти молекули метаболіту з клітин, ультразвук часто використовується в біологічних лабораторіях для підготовки до аналітичних зразків, таких як порушення клітин, лізис і вилучення білків, ліпідів та інших молекул.