ขั้นตอนการวิเคราะห์โปรตีโอมิกส์: การใช้คลื่นเสียงแบบไม่สัมผัสช่วยปรับปรุงการเตรียมตัวอย่างเปปไทด์สำหรับการวิเคราะห์ด้วย MS
โปรตีโอมิกส์แบบบอตทอม-อัพ (bottom-up proteomics) ได้กลายเป็นรากฐานสำคัญของการค้นพบไบโอมาร์คเกอร์สมัยใหม่ ชีววิทยาเชิงโครงสร้าง และการวินิจฉัยทางคลินิก โดยการย่อยโปรตีนให้เป็นเปปไทด์ก่อนการวิเคราะห์ด้วยสเปกโตรเมตรีมวล (MS) นักวิจัยสามารถครอบคลุมลำดับโปรตีนได้ลึกขึ้นและวัดปริมาณได้อย่างน่าเชื่อถือมากขึ้น อย่างไรก็ตาม การเตรียมตัวอย่างชีวภาพที่มีความซับซ้อนสูงสำหรับการวิเคราะห์ด้วย MS ยังคงเป็นกระบวนการที่ท้าทายทางเทคนิค ความก้าวหน้าทางวิธีการล่าสุดได้ชี้ให้เห็นว่า การประมวลผลด้วยคลื่นอัลตราโซนิกที่ควบคุมได้ – โดยเฉพาะอย่างยิ่งกับเครื่องโซนิเคเตอร์แบบไม่สัมผัส VialTweeter Multi-Tube และเครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับไมโครเพลท UIP400MTP – สามารถปรับปรุงกระบวนการทำงานนี้ได้อย่างมีนัยสำคัญ เพิ่มความสามารถในการทำซ้ำ และป้องกันจุดคอขวดที่มักเกิดขึ้นในอุปกรณ์
ค้นหาขั้นตอนการเตรียมตัวอย่างอย่างละเอียด เพื่อได้เปปไทด์ที่มีขนาดเหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ด้วย MS.
ใครควรใช้การสั่นด้วยคลื่นเสียงแบบไม่สัมผัสในการเตรียมตัวอย่างเปปไทด์?
- โปรตีโอมิกส์แบบจากล่างขึ้นบน & Discovery Labs: นักวิจัยที่กำลังเตรียมตัวอย่างที่มีความซับซ้อนสูงสำหรับกระบวนการ LC-MS หรือ MALDI และต้องการการสกัดเปปไทด์ที่มีประสิทธิภาพสูงและสม่ำเสมอจากแมทริกซ์ชีวภาพที่หลากหลาย
- S-Trap™ & ระบบระงับการใช้งานที่กักขังผู้ใช้: ทีมที่ใช้กระบวนการทำความสะอาดด้วยไมโครคอลัมน์ และต้องการการตัด DNA อย่างควบคุม เพื่อป้องกันการอุดตันของคอลัมน์ และรับประกันการโหลดตัวอย่างและการย่อยตัวอย่างได้อย่างราบรื่น
- คลินิก & กลุ่มวิจัยการประยุกต์: ห้องปฏิบัติการที่ดำเนินการกับเนื้อเยื่อ เซลล์ พลาสมา ซีรัม หรือน้ำไขสันหลัง ซึ่งความสม่ำเสมอระหว่างแต่ละชุดตัวอย่างและความสมบูรณ์ของตัวอย่างเป็นปัจจัยสำคัญ
- เชิงปริมาณ & ทีม MS Teams ที่กำหนดเป้าหมาย: ห้องปฏิบัติการที่ดำเนินการศึกษาเปรียบเทียบอย่างเคร่งครัด ซึ่งการใช้เครื่องโซนิเคเตอร์แบบหัววัดที่ใช้ซ้ำได้อาจก่อให้เกิดความเสี่ยงต่อการปนเปื้อนข้าม ซึ่งอาจส่งผลให้การวัดปริมาณเปปไทด์ที่มีปริมาณน้อยไม่แม่นยำ
- ศูนย์บริการหลัก & การดำเนินงานแบบความเร็วสูง: กลุ่มวิจัยที่ดำเนินการวิเคราะห์ตัวอย่างชีวภาพหลายชุดพร้อมกัน และได้รับประโยชน์จากระบบการสั่นด้วยคลื่นเสียงแบบปิดในหลอดหลายหลอดด้วย VialTweeter ซึ่งช่วยลดความจำเป็นในการทำความสะอาดหัววัด ลดเวลาที่ต้องดำเนินการด้วยมือ และรักษาสภาพปลอดเชื้อ
- การประชุมผู้ปกครองและครู & นักวิจัยด้านโปรตีนโครงสร้าง: นักวิจัยที่ต้องการกระบวนการประมวลผลที่อ่อนโยนและควบคุมอุณหภูมิ เพื่อรักษาการเปลี่ยนแปลงที่เสื่อมสภาพได้ง่าย และเพิ่มการครอบคลุมลำดับให้สูงสุดระหว่างการแตกเซลล์และการทำให้เป็นเนื้อเดียวกัน
เครื่องโซนิโคนหลายตัวอย่าง “ไวอัลทวีตเตอร์” สำหรับการเตรียมตัวอย่างแบบไม่สัมผัสของขวดปิดหลายขวดเพื่อวิเคราะห์โปรตีโอมิกส์
ภาพรวมของกระบวนการ: จากเนื้อเยื่อและเซลล์สู่เปปไทด์ที่พร้อมสำหรับการวิเคราะห์ด้วย MS
กระบวนการโปรตีโอมิกส์แบบบอตทอม-อัพ (bottom-up) ที่ได้รับการยอมรับอย่างกว้างขวาง ซึ่งถูกเสนอโดย Wojtkiewicz และคณะ เป็นวิธีการที่มั่นคงและสามารถขยายขนาดได้ สำหรับการเตรียมตัวอย่างเปปไทด์จากแมทริกซ์ชีวภาพที่หลากหลาย โดยเริ่มจากเนื้อเยื่อที่ถูกแช่แข็งแบบแฟลช 50–100 มก. หรือเซลล์ 1–20 ล้านเซลล์ ขั้นตอนดังกล่าวได้ผสานเทคโนโลยีการดักจับในสารแขวนลอย (S-Trap™) เพื่อกำจัดสารทำความสะอาด เกลือ และสารปนเปื้อนได้อย่างมีประสิทธิภาพ ก่อนการย่อยด้วยเอนไซม์
หลังจากกระบวนการสลายเซลล์ การวัดปริมาณโปรตีน การลดสภาพ และการอัลคิลเลชัน ตัวอย่างจะถูกทำให้เป็นกรดและใส่ลงในคอลัมน์หมุน S-Trap™ ซึ่งเกิดการย่อยด้วยทริปซิน/ไลซิสโปรตีเอส C เปปไทด์ที่ได้จะถูกสกัดออกมา แห้ง และนำไปวิเคราะห์ด้วย LC-MS เมื่อนำไปใช้กับเนื้อเยื่อหัวใจมนุษย์ 50 มก. กระบวนการนี้ให้ผลผลิตเปปไทด์ที่เพียงพอสำหรับการฉีด 30–40 ครั้งอย่างสม่ำเสมอ โดยสามารถระบุโปรตีนที่ไม่ซ้ำกันได้มากกว่า 4,000 ชนิดต่อครั้ง แม้กระบวนการทางเคมีและการทำความสะอาดด้วยคอลัมน์จะถูกกำหนดไว้อย่างชัดเจน แต่ความสำเร็จของกระบวนการนี้ขึ้นอยู่กับขั้นตอนการสลายทางกายภาพในขั้นต้นและการจัดการ DNA เป็นหลัก
โปรโตคอลนี้แนะนำให้ใช้เครื่อง VialTweeter Multi-Tube Sonicator เพื่อทำการสั่นด้วยคลื่นเสียงในการสลายเซลล์และตัด DNA – ทั้งสองขั้นตอนมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการวิเคราะห์เปปไทด์
เครื่อง VialTweeter สามารถใช้เทคโนโลยีโซนิเคชันกับหลอด Eppendorf ขนาด 1.0, 1.5 และ 2.0 มิลลิลิตรที่ปิดผนึกแล้ว รวมถึงขวด NUNC ชนิดต่าง ๆ
การสลายเซลล์และเนื้อเยื่อด้วยคลื่นอัลตราโซนิกเพื่อสกัดโปรตีน
ในกระบวนการโปรตีโอมิกส์แบบ bottom-up การใช้คลื่นเสียงอัลตราโซนิกเป็นขั้นตอนสำคัญในการสลายตัวอย่างเซลล์เพื่อสกัดโปรตีนสำหรับการวิเคราะห์ด้วยแมสสเปกโตรเมตรีในขั้นตอนต่อไป หลังจากเติมบัฟเฟอร์สลายเซลล์ SDS ลงในก้อนเซลล์ ตัวอย่างจะถูกส่งผ่านกระบวนการอัลตราโซนิกโดยใช้เครื่อง VialTweeter Multi-Tube Sonicator โปรโตคอลนี้ใช้หลอดไมโครฟิวจ์ขนาด 1.5 mL และกำหนดให้เครื่องโซนิเคเตอร์ทำงานที่ระดับกำลัง 30% เป็นเวลา 10 วินาที แล้วหยุด 10 วินาที ทำซ้ำทั้งหมด 3 รอบ หลังจากรอ 1 นาที ให้ทำซ้ำรอบนี้อีก 2 ครั้ง ตัวอย่างถูกทำให้เย็นอย่างต่อเนื่องด้วยน้ำแข็ง
กระบวนการนี้ไม่เพียงแต่ช่วยในการทำลายเซลล์เท่านั้น แต่ยังจำเป็นอย่างยิ่งในการตัด DNA จีโนมที่ถูกปล่อยออกมาในระหว่างการสลายเซลล์ การตัด DNA อย่างมีประสิทธิภาพเป็นปัจจัยสำคัญในการลดความหนืดของตัวอย่างและป้องกันการอุดตันของคอลัมน์ S-Trap™ ซึ่งช่วยรับประกันการสกัดโปรตีนได้อย่างสูงสุดและกระบวนการย่อยเปปไทด์ในขั้นตอนต่อไปที่เชื่อถือได้
บทบาทสำคัญของการตัด DNA ด้วยคลื่นอัลตราโซนิก
หนึ่งในปัญหาที่เกิดขึ้นบ่อยที่สุดในกระบวนการทำงานที่ใช้ S-Trap™ คือการอุดตันของคอลัมน์ ซึ่งเกิดจาก DNA จีโนมที่มีน้ำหนักโมเลกุลสูงที่ปล่อยออกมาในระหว่างการทำให้เซลล์หรือเนื้อเยื่อเป็นเนื้อเดียวกันเป็นหลัก DNA ที่ยังไม่ถูกทำลายจะเพิ่มความหนืดของตัวอย่างอย่างรุนแรง ทำให้เปปไทด์ถูกกักไว้ และทำให้ชั้นสารดูดซับ S-Trap™ ที่มีรูพรุนขนาดเล็กถูกอุดตัน
การประมวลผลด้วยคลื่นอัลตราโซนิกช่วยแก้ปัญหาดังกล่าวโดยการสลาย DNA เป็นชิ้นส่วนเล็กๆ ที่ละลายน้ำได้ ด้วยการใช้พลังงานเสียงที่ควบคุมได้ VialTweeter สามารถตัดกรดนิวคลีอิกได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยไม่ก่อให้เกิดความร้อนมากเกินไปหรือนำสารปนเปื้อนจากภายนอกเข้ามา การลดความหนืดนี้ช่วยให้การใส่ตัวอย่างเป็นไปอย่างราบรื่น อัตราการไหลผ่านคงที่ และกระบวนการย่อยสลายดำเนินไปโดยไม่ถูกขัดจังหวะ
พารามิเตอร์การสั่นด้วยคลื่นเสียงของ VialTweeter ที่ได้รับการปรับให้เหมาะสม
โปรโตคอลนี้กำหนดขั้นตอนการอัลตราโซนิกที่มีระดับการซ้ำได้สูง ซึ่งได้รับการปรับให้เหมาะสมเพื่อรักษาความสมบูรณ์ของตัวอย่างชีวภาพและความเข้ากันได้กับกระบวนการวิเคราะห์ด้วย MS ในขั้นตอนต่อไป สำหรับตัวอย่างในหลอดไมโครเซนทริฟิวจ์ขนาด 1.5 mL ที่ใช้เครื่องอัลตราโซนิกแบบบล็อกไม่สัมผัส Hielscher VialTweeter พารามิเตอร์ต่อไปนี้จะช่วยให้เกิดการแตกสลายของเซลล์และตัด DNA ได้อย่างเหมาะสม พร้อมทั้งรักษาโครงสร้างของโปรตีนไว้:
- แอมพลิจูด: 30% ของกำลัง
- รูปแบบการทำงาน: 10 วินาที เปิด / 10 วินาที ปิด
- ระยะเวลา: 3 รอบ (เปิด 10 วินาที/ปิด 10 วินาที) → พัก 1 นาทีบนน้ำแข็ง → ทำซ้ำอีก 2 ครั้ง
- การจัดการอุณหภูมิ: ตัวอย่างถูกวางบนน้ำแข็งระหว่างกระบวนการเพื่อป้องกันการเปลี่ยนโครงสร้างโปรตีนเนื่องจากอุณหภูมิสูง และกิจกรรมของเอนไซม์ที่เกิดขึ้นก่อนเวลา
วิธีการใช้คลื่นเสียงแบบพัลส์นี้ช่วยป้องกันการร้อนเกินในบริเวณเฉพาะจุด ลดการออกซิเดชันของเปปไทด์ให้น้อยที่สุด และรับประกันการสัมผัสคลื่นเสียงอย่างสม่ำเสมอในทุกหลอด การจัดตั้งระบบแบบท่อปิดยังช่วยขจัดความจำเป็นในการทำความสะอาดหัววัดระหว่างตัวอย่าง ซึ่งช่วยลดเวลาการทำงานด้วยมือและความแปรปรวนจากผู้ปฏิบัติงานได้อย่างมาก
ข้อได้เปรียบหลักของกระบวนการทำงานด้านโปรตีโอมิกส์สมัยใหม่
การนำ VialTweeter เข้ามาใช้ในกระบวนการโปรตีโอมิกส์แบบ bottom-up ของคุณ จะให้ประโยชน์ทั้งด้านการดำเนินงานและด้านวิทยาศาสตร์หลายประการ:
- การแตกตัวของ DNA ที่เกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง: การส่งพลังงานเสียงอย่างสม่ำเสมอไปยังทุกหลอดช่วยรับประกันการลดความหนืดที่ซ้ำได้ และป้องกันความแปรปรวนระหว่างแต่ละล็อตในการเติม S-Trap™
- การรักษาการเปลี่ยนแปลงที่เสื่อมสภาพได้ง่าย: การประมวลผลที่อุณหภูมิต่ำในอ่างน้ำแข็งช่วยรักษาการเปลี่ยนแปลงหลังการแปล (PTMs) และป้องกันการรวมตัวของโปรตีนที่เกิดจากความร้อนระหว่างการแตกเซลล์
- กระบวนการแปรรูปขั้นปลายที่ได้รับการปรับปรุงให้มีความคล่องตัว: สารสกัดที่ผ่านกระบวนการ VialTweeter สามารถทำให้ใสได้โดยตรงด้วยการปั่นเหวี่ยง และวัดปริมาณได้โดยไม่ต้องผ่านขั้นตอนการทำความสะอาดเพิ่มเติม ซึ่งช่วยเร่งกระบวนการย่อยด้วย S-Trap™
- ความสามารถในการปรับขนาด & ความยืดหยุ่น: การตั้งค่าการอัลตราโซนิกเดียวกันนี้สามารถใช้ได้ทั้งกับตัวอย่างเนื้อเยื่อที่มีความซับซ้อนสูงและสารแขวนลอยเซลล์ ซึ่งสนับสนุนกระบวนการโปรตีโอมิกส์เพื่อการค้นพบ การวัดปริมาณแบบมีเป้าหมาย และกระบวนการกลัยโคโปรตีโอมิกส์ เครื่องอัลตราโซนิกไมโครเพลทของ Hielscher ช่วยให้สามารถขยายขนาดการทดลองไปยังตัวอย่างจำนวนมากในไมโครเพลทแบบหลายหลุมได้อย่างง่ายดาย
เครื่องโซนิเคเตอร์แบบหลายท่อ VialTweeter ที่ไม่สัมผัสสามารถใช้งานได้ภายในตู้เย็น
เครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับการเตรียมตัวอย่างโปรตีโอมิกส์
การเตรียมตัวอย่างเปปไทด์คุณภาพสูงสำหรับการวิเคราะห์ด้วยสเปกโตรเมตรีมวลนั้น ต้องทำมากกว่าการสลายเซลล์อย่างมีประสิทธิภาพ – กระบวนการนี้ต้องการการควบคุมอย่างแม่นยำต่อการตัด DNA อุณหภูมิ และการป้องกันการปนเปื้อน โดยการนำ Hielscher VialTweeter มาใช้ในกระบวนการโปรตีโอมิกส์แบบ bottom-up ของคุณ คุณสามารถป้องกันการอุดตันของ S-Trap™ ได้ รับรองการสกัดโปรตีนที่สามารถทำซ้ำได้ และรักษาความสะอาดที่จำเป็นสำหรับการวิเคราะห์ MS ที่มีความไวสูง ไม่ว่าคุณจะกำลังประมวลผลเนื้อเยื่อมนุษย์ เซลล์ที่เพาะเลี้ยง หรือไลเสตที่ซับซ้อน การประมวลผลแบบบล็อกด้วยคลื่นอัลตราโซนิกจะมอบความน่าเชื่อถือ ความสามารถในการขยายขนาด และการควบคุมกระบวนการที่ห้องปฏิบัติการโปรตีโอมิกส์สมัยใหม่ต้องการ
เพื่อขยายขนาดการทดลองให้ใช้ตัวอย่างได้มากขึ้น ให้ใช้ประโยชน์จากเครื่องโซนิเคเตอร์ไมโครเพลทแบบโฟกัสและไม่สัมผัสของ Hielscher รุ่น UIP400MTP และ UIP550MTP! สามารถประมวลผลไมโครเพลทแบบหลายหลุมมาตรฐานได้ทุกชนิด เพื่อการวิเคราะห์โปรตีโอมิกส์แบบผ่านปริมาณสูง!
การประมวลผลด้วยท่อปิด เทียบกับเครื่องโซนิเคเตอร์แบบหัววัดแบบดั้งเดิม
ในอดีต นักวิจัยมักใช้เครื่องโซนิเคเตอร์แบบสัมผัสโดยตรงเพื่อตัด DNA แม้ระบบนี้จะมีความประสิทธิภาพ แต่ระบบดังกล่าวกลับก่อให้เกิดข้อจำกัดสำคัญหลายประการในกระบวนการทำงานด้านโปรตีโอมิกส์:
- ความเสี่ยงจากการปนเปื้อนข้าม: การใช้หัววัดซ้ำกับตัวอย่างหลายตัวอย่างจะก่อให้เกิดการแพร่กระจายของละอองลอย และนำสารปนเปื้อนข้ามตัวอย่างเข้ามา ซึ่งทำให้ผลการวิเคราะห์เชิงปริมาณด้วยเทคนิค MS ไม่ถูกต้อง
- ตัวอย่างการสูญเสีย: การฉีดสารโดยตรงอาจทำให้เกิดการกระเด็น การระเหย และการติดของเปปไทด์ที่มีค่าสูงบนพื้นผิวของโพรบ
- การทำความสะอาด: การทำความสะอาดอย่างละเอียดระหว่างการทดลองแต่ละครั้งใช้เวลานานและมักไม่ครบถ้วน ซึ่งส่งผลให้การวิจัยโปรตีนที่มีปริมาณน้อยไม่ได้รับผลที่แม่นยำ
เครื่องโซนิเคเตอร์แบบบล็อก VialTweeter ดำเนินการประมวลผลตัวอย่างทั้งหมดภายในหลอดไมโครเซนทริฟิวจ์ที่ปิดสนิท การออกแบบระบบปิดนี้ช่วยป้องกันการสัมผัสระหว่างหัวโซนิเคเตอร์กับตัวอย่าง ป้องกันการเกิดละอองฝอย และรักษาสภาพปลอดเชื้ออย่างเคร่งครัดตลอดกระบวนการโฮโมจีไนเซชันและการไลซิส สำหรับห้องปฏิบัติการที่ดำเนินการกับสารสกัดจากเนื้อเยื่อที่มีความซับซ้อนสูงหรือหลายสายพันธุ์เซลล์ สิ่งนี้ส่งผลให้ได้ข้อมูล MS ที่สะอาดยิ่งขึ้น อัตราการกู้คืนเปปไทด์ที่สูงขึ้น และผลการทดลองซ้ำทางชีวภาพที่น่าเชื่อถือมากขึ้น
ขยายกระบวนการเตรียมตัวอย่างให้มีความสามารถในการประมวลผลสูงในแผ่นหลายหลุม
ด้วยเครื่อง Microplate Sonicator รุ่น UIP400MTP และ UIP550MTP, การประมวลผลในหลอดสามารถปรับขนาดได้อย่างง่ายดายเพื่อประมวลผลตัวอย่างในปริมาณมากบนแผ่นมัลติเวลล์มาตรฐานใดก็ตาม
เครื่อง sonicator แผ่นมัลติเวล UIP400MTP สำหรับการสกัดโปรตีนจากตัวอย่างที่มีปริมาณมาก
คำถามที่มักถูกถามเกี่ยวกับการใช้คลื่นเสียงในการเตรียมตัวอย่างเปปไทด์
ทำไมจึงจำเป็นต้องใช้การสั่นด้วยคลื่นเสียงก่อนการประมวลผลเปปไทด์ S-Trap™?
การอัลตราโซนิกเป็นขั้นตอนที่จำเป็นเพื่อตัด DNA จีโนมที่มีน้ำหนักโมเลกุลสูง ซึ่งถูกปล่อยออกมาในระหว่างการแตกสลายของเซลล์หรือเนื้อเยื่อ DNA ที่ยังไม่ถูกตัดจะเพิ่มความหนืดของตัวอย่างอย่างรุนแรง ซึ่งอาจทำให้ไมโครคอลัมน์ S-Trap™ ถูกอุดตันและกักเก็บเปปไทด์ไว้ ส่งผลให้อัตราการกู้คืนและประสิทธิภาพในการใช้งานกับ MS ลดลงอย่างมาก
เครื่องบล็อกโซนิกาเตอร์ VialTweeter ช่วยปรับปรุงกระบวนการเตรียมตัวอย่างได้อย่างไร เมื่อเทียบกับเครื่องโซนิกาเตอร์แบบโพรบแบบดั้งเดิม?
ต่างจากเครื่องโซนิเคเตอร์แบบหัววัดสัมผัสโดยตรง ซึ่งต้องทำความสะอาดอย่างระมัดระวังระหว่างการดำเนินการแต่ละครั้ง และมีความเสี่ยงต่อการแพร่กระจายของละอองอากาศ VialTweeter ดำเนินการประมวลผลตัวอย่างทั้งหมดภายในหลอดปิดสนิทและหลอดไมโครเซนทริฟิวจ์ การออกแบบแบบท่อปิดนี้ช่วยป้องกันการปนเปื้อนข้าม ป้องกันการสูญเสียตัวอย่าง และรักษาสภาพปลอดเชื้ออย่างเคร่งครัดตลอดกระบวนการทำให้เป็นเนื้อเดียวกันและการแตกเซลล์
พารามิเตอร์การอัลตราโซนิกที่เหมาะสมที่สุดสำหรับการเตรียมตัวอย่างโปรตีโอมิกส์คืออะไร?
สำหรับตัวอย่างชีวภาพ เช่น เซลล์และเนื้อเยื่อ ขั้นตอนที่แนะนำคือใช้เครื่องสร้างคลื่นเสียง VialTweeter ที่กำลัง 30% ด้วยรอบการทำงาน 10 วินาทีเปิด / 10 วินาทีปิด และทำซ้ำ 3 ครั้ง ตัวอย่างควรเก็บไว้บนน้ำแข็งระหว่างการประมวลผล และควรทำซ้ำรอบนี้อีก 2 ครั้ง หากจำนวนเซลล์ที่ประมวลผล ≥5 ล้านเซลล์ (ดู Wojtkiewicz et al., 2021)
หากคอลัมน์ S-Trap™ ของผมถูกอุดตันระหว่างการโหลดตัวอย่าง ผมควรทำอย่างไร?
การอุดตันของคอลัมน์มักเกิดจากความหนืดของ DNA ที่สูงหรือการแยกส่วนไม่เพียงพอ เพื่อแก้ไขปัญหานี้ ให้ทำการแยกส่วนด้วยเครื่องเซ็นทริฟิวจ์อย่างละเอียดก่อนการดูดด้วยปิเปต และตรวจสอบให้แน่ใจว่า DNA ถูกตัดเป็นชิ้นเล็กอย่างเพียงพอผ่านกระบวนการอัลตราโซนิก
การใช้เครื่องอัลตราโซนิกแบบไม่สัมผัสมีประโยชน์อย่างไรต่อกระบวนการทำงานด้านโปรตีโอมิกส์เชิงปริมาณ?
ในการศึกษาเชิงปริมาณ แม้การปนเปื้อนข้ามระหว่างตัวอย่างในปริมาณน้อยมากก็อาจทำให้ผลการวัดเปปไทด์ที่มีปริมาณน้อยผิดเพี้ยนได้ ระบบ VialTweeter ที่ใช้ท่อปิดและสามารถประมวลผลหลายหลอดพร้อมกัน ช่วยหลีกเลี่ยงการต้องใส่โพรบเข้าไปในตัวอย่าง รับประกันความสม่ำเสมอของผลการทดลองระหว่างแต่ละชุดตัวอย่าง และรักษาความสมบูรณ์ของตัวอย่างไว้เพื่อการวิเคราะห์เปรียบเทียบที่แม่นยำ
จากโปรโตคอลนี้ ฉันสามารถคาดหวังปริมาณโปรตีนที่ได้และความลึกของ MS ได้เท่าใด?
เมื่อเริ่มต้นด้วยเนื้อเยื่อหัวใจมนุษย์ 50 มก. หรือเซลล์ 5 ล้านเซลล์ กระบวนการ S-Trap™ มักให้ผลผลิตเปปไทด์ที่เพียงพอสำหรับการฉีด LC-MS 30–50 ครั้ง โดยสามารถระบุโปรตีนที่ไม่ซ้ำกันได้มากกว่า 4,000 ชนิดในแต่ละรอบการวิเคราะห์อย่างสม่ำเสมอ (ดู Wojtkiewicz et al., 2021)
วรรณกรรม / อ้างอิง
- FactSheet VialTweeter – Sonicator for Simultaneous Sample Preparation
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP550MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- Wojtkiewicz M., Berg Luecke L., Kelly M.I., Gundry R.L. (2021): Facile Preparation of Peptides for Mass Spectrometry Analysis in Bottom-Up Proteomics Workflows. Current Protocols 2021 Mar;1(3):e85.
- Lori C., Kaczmarczyk A., de Jong I., Jenal U. (2018): A single-domain response regulator functions as an integrating hub to coordinate general stress response and development in alphaproteobacteria. mBio Vol 9, No 3; 2018.
- Jorge S., Pereira K., López-Fernández H., LaFramboise W., Dhir R., Fernández-Lodeiro J., Lodeiro C., Santos H.M., Capelo-Martínez J.L. (2020): Ultrasonic-assisted extraction and digestion of proteins from solid biopsies followed by peptide sequential extraction hyphenated to MALDI-based profiling holds the promise of distinguishing renal oncocytoma from chromophobe renal cell carcinoma. Talanta, 2020.
Hielscher Ultrasonics จัดจำหน่ายเครื่องอัลตราโซนิกแบบไม่สัมผัสที่มีประสิทธิภาพสูง สำหรับการเตรียมตัวอย่างและการวิเคราะห์ทางคลินิก เครื่องอัลตราโซนิกสำหรับเพลทหลายหลุม UIP400MTP, VialTweeter, CupHorn และเครื่องอัลตราโซนิกแบบไหล GDmini2 สามารถประมวลผลตัวอย่างได้โดยไม่สัมผัสกับตัวอย่าง