โพรโทคอลโปรตีโอมิกส์: การใช้คลื่นอัลตราโซนิกแบบไม่สัมผัสช่วยปรับปรุงการเตรียมตัวอย่างเปปไทด์สำหรับ MS
โปรตีโอมิกส์แบบล่างขึ้นบนได้กลายเป็นรากฐานสำคัญของการค้นพบตัวบ่งชี้ทางชีวภาพ ชีววิทยาโครงสร้าง และการวินิจฉัยทางคลินิกในปัจจุบัน การย่อยโปรตีนให้เป็นเปปไทด์ก่อนการวิเคราะห์ด้วยแมสสเปกโทรเมทรี (MS) ช่วยให้นักวิจัยสามารถครอบคลุมลำดับกรดอะมิโนได้มากขึ้นและวัดปริมาณได้อย่างน่าเชื่อถือยิ่งขึ้น อย่างไรก็ตาม การเตรียมตัวอย่างทางชีวภาพที่มีความซับซ้อนสูงสำหรับ MS ยังคงมีความท้าทายทางเทคนิค ความก้าวหน้าด้านระเบียบวิธีล่าสุดแสดงให้เห็นว่าการประมวลผลด้วยคลื่นอัลตราโซนิกแบบควบคุม – โดยเฉพาะด้วยเครื่องอัลตราโซนิกแบบหลายหลอดชนิดไม่สัมผัส VialTweeter และเครื่องอัลตราโซนิกสำหรับไมโครเพลต UIP400MTP – สามารถช่วยให้ขั้นตอนการทำงานนี้คล่องตัวขึ้นอย่างมาก เพิ่มความสามารถในการทำซ้ำ และป้องกันปัญหาคอขวดที่พบบ่อยในเครื่องมือได้
ดูโพรโทคอลการเตรียมตัวอย่างโดยละเอียดเพื่อให้ได้เปปไทด์ที่มีขนาดเหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ด้วย MS
ใครควรใช้คลื่นอัลตราโซนิกแบบไม่สัมผัสในการเตรียมตัวอย่างเปปไทด์?
- ห้องปฏิบัติการโปรตีโอมิกส์แบบล่างขึ้นบนและการค้นพบ: นักวิจัยที่เตรียมตัวอย่างที่มีความซับซ้อนสูงสำหรับขั้นตอนการทำงาน LC-MS หรือ MALDI และต้องการการกู้คืนเปปไทด์อย่างสม่ำเสมอในปริมาณสูงจากเมทริกซ์ทางชีวภาพที่หลากหลาย
- ผู้ใช้ S-Trap™ และการดักจับสารแขวนลอย: ทีมที่ใช้ไมโครคอลัมน์ในการทำความสะอาดตัวอย่าง และต้องการตัดเฉือน DNA อย่างควบคุมเพื่อป้องกันการอุดตันของคอลัมน์และให้การป้อนตัวอย่างและการย่อยดำเนินไปอย่างราบรื่น
- กลุ่มวิจัยทางคลินิกและการวิจัยเชิงแปลผล: ห้องปฏิบัติการที่ประมวลผลเนื้อเยื่อ เซลล์ พลาสมา ซีรัม หรือน้ำหล่อสมองและไขสันหลัง ซึ่งความสามารถในการทำซ้ำระหว่างชุดและความสมบูรณ์ของตัวอย่างมีความสำคัญอย่างยิ่ง
- ทีมวิเคราะห์ MS เชิงปริมาณและแบบมุ่งเป้า: ห้องปฏิบัติการที่ดำเนินการศึกษาเปรียบเทียบอย่างเข้มงวด โดยเครื่องอัลตราโซนิกแบบโพรบก่อให้เกิดความเสี่ยงต่อการปนเปื้อนข้ามที่อาจกระทบต่อการวัดปริมาณเปปไทด์ที่มีปริมาณต่ำ
- หน่วยบริการเครื่องมือกลางและงานที่รองรับตัวอย่างจำนวนมาก: กลุ่มที่ประมวลผลตัวอย่างซ้ำทางชีวภาพหลายตัวอย่างพร้อมกัน ซึ่งได้รับประโยชน์จากการใช้คลื่นอัลตราโซนิกด้วยบล็อกแบบหลายหลอดในหลอดปิดด้วย VialTweeter โดยไม่ต้องทำความสะอาดโพรบ ลดเวลาที่ต้องลงมือปฏิบัติงาน และรักษาสภาวะปลอดเชื้อ
- นักวิจัย PTM และโครงสร้างโปรตีน: นักวิจัยที่ต้องการการประมวลผลอย่างอ่อนโยนและควบคุมอุณหภูมิ เพื่อรักษาการดัดแปลงที่ไม่เสถียรและเพิ่มความครอบคลุมของลำดับกรดอะมิโนให้มากที่สุดระหว่างการสลายเซลล์และการทำให้เป็นเนื้อเดียวกัน
เครื่องอัลตราโซนิกสำหรับหลายตัวอย่าง “VialTweeter” สำหรับการเตรียมตัวอย่างโปรตีโอมิกส์แบบไม่สัมผัสในขวดตัวอย่างปิดผนึกหลายขวด
ภาพรวมโพรโทคอล: จากเนื้อเยื่อและเซลล์สู่เปปไทด์ที่พร้อมสำหรับ MS
ขั้นตอนการทำงานโปรตีโอมิกส์แบบล่างขึ้นบนที่ Wojtkiewicz และคณะอธิบายไว้และมีการนำไปใช้อย่างแพร่หลาย เป็นวิธีการที่มีความน่าเชื่อถือและสามารถขยายขนาดได้สำหรับการเตรียมตัวอย่างเปปไทด์จากเมทริกซ์ทางชีวภาพที่หลากหลาย โดยเริ่มจากเนื้อเยื่อที่แช่แข็งอย่างรวดเร็ว 50–100 mg หรือเซลล์ 1–20 ล้านเซลล์ โพรโทคอลนี้ผสานเทคโนโลยีการดักจับสารแขวนลอย (S-Trap™) เพื่อกำจัดสารซักฟอก เกลือ และสารปนเปื้อนอย่างมีประสิทธิภาพก่อนการย่อยด้วยเอนไซม์
หลังจากการสลายเซลล์ การวัดปริมาณโปรตีน การรีดิวซ์ และการเติมหมู่อัลคิล ตัวอย่างจะถูกปรับให้เป็นกรดและป้อนลงในคอลัมน์แบบปั่นเหวี่ยง S-Trap™ ซึ่งเกิดการย่อยด้วย trypsin/lysC เปปไทด์ที่ได้จะถูกชะออก ทำให้แห้ง และนำไปวิเคราะห์ด้วย LC-MS เมื่อนำไปใช้กับเนื้อเยื่อหัวใจมนุษย์ 50 mg ขั้นตอนการทำงานนี้ให้เปปไทด์เพียงพอสำหรับการฉีดตัวอย่าง 30–40 ครั้งอย่างสม่ำเสมอ โดยระบุโปรตีนที่แตกต่างกันได้มากกว่า 4,000 ชนิดต่อการวิเคราะห์หนึ่งรอบ แม้ว่ากระบวนการทางเคมีและการทำความสะอาดด้วยคอลัมน์จะมีการกำหนดไว้อย่างชัดเจน แต่ความสำเร็จของกระบวนการขึ้นอยู่เป็นอย่างมากกับขั้นตอนการทำลายทางกายภาพและการจัดการ DNA ในช่วงเริ่มต้น
โพรโทคอลแนะนำให้ใช้เครื่องอัลตราโซนิกแบบหลายหลอด VialTweeter เพื่อสลายเซลล์และตัดเฉือน DNA ด้วยคลื่นอัลตราโซนิก – ทั้งสองขั้นตอนมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการวิเคราะห์เปปไทด์
VialTweeter ใช้คลื่นอัลตราโซนิกกับหลอด Eppendorf ขนาด 1.0, 1.5 และ 2.0mL ที่ปิดผนึก รวมทั้งขวดตัวอย่าง NUNC หลากหลายชนิด
การสลายเซลล์และเนื้อเยื่อด้วยคลื่นอัลตราโซนิกเพื่อสกัดโปรตีน
ในขั้นตอนการทำงานโปรตีโอมิกส์แบบล่างขึ้นบน การใช้คลื่นอัลตราโซนิกเป็นขั้นตอนสำคัญในการสลายตัวอย่างเซลล์เพื่อสกัดโปรตีนสำหรับการวิเคราะห์ด้วยแมสสเปกโทรเมทรีในลำดับถัดไป หลังจากเติมบัฟเฟอร์สลายเซลล์ SDS ลงในตะกอนเซลล์ ตัวอย่างจะผ่านการประมวลผลด้วยคลื่นอัลตราโซนิกโดยใช้เครื่องอัลตราโซนิกแบบหลายหลอด VialTweeter โพรโทคอลใช้หลอดไมโครฟิวจ์ขนาด 1.5 mL และกำหนดให้เดินเครื่องอัลตราโซนิกที่กำลัง 30% โดยเปิด 10 วินาทีและปิด 10 วินาที ทำซ้ำเป็นจำนวน 3 รอบ หลังจากรอ 1 นาที ให้ทำรอบดังกล่าวซ้ำอีกสองครั้ง ตัวอย่างได้รับการทำให้เย็นด้วยน้ำแข็งอย่างต่อเนื่อง
กระบวนการนี้ไม่เพียงช่วยทำลายเซลล์ แต่ยังจำเป็นโดยเฉพาะสำหรับการตัดเฉือน DNA จีโนมที่ถูกปล่อยออกมาระหว่างการสลายเซลล์ การตัดเฉือน DNA อย่างมีประสิทธิภาพมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการลดความหนืดของตัวอย่างและป้องกันการอุดตันของคอลัมน์ S-Trap™ จึงช่วยให้กู้คืนโปรตีนได้อย่างเหมาะสมที่สุดและย่อยเปปไทด์ในขั้นตอนถัดไปได้อย่างน่าเชื่อถือ
บทบาทสำคัญของการตัดเฉือน DNA ด้วยคลื่นอัลตราโซนิก
หนึ่งในปัญหาที่พบบ่อยที่สุดในขั้นตอนการทำงานที่ใช้ S-Trap™ คือการอุดตันของคอลัมน์ ซึ่งเกือบทั้งหมดเกิดจาก DNA จีโนมที่มีน้ำหนักโมเลกุลสูงซึ่งถูกปล่อยออกมาระหว่างการทำให้เซลล์หรือเนื้อเยื่อเป็นเนื้อเดียวกัน DNA ที่ยังสมบูรณ์จะเพิ่มความหนืดของตัวอย่างอย่างมาก กักเปปไทด์ และอุดตันชั้นสารดูดซับที่มีรูพรุนขนาดเล็กของ S-Trap™
การประมวลผลด้วยคลื่นอัลตราโซนิกแก้ปัญหานี้โดยทำให้ DNA แตกเป็นชิ้นส่วนขนาดเล็กที่ละลายได้ด้วยแรงเชิงกล การใช้พลังงานเสียงอย่างควบคุมทำให้ VialTweeter ตัดเฉือนกรดนิวคลีอิกได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยไม่ก่อให้เกิดความร้อนมากเกินไปหรือเพิ่มสารปนเปื้อนจากภายนอก การลดความหนืดนี้ช่วยให้ป้อนตัวอย่างได้อย่างราบรื่น มีอัตราการไหลผ่านที่สม่ำเสมอ และมีจลนพลศาสตร์การย่อยที่ไม่หยุดชะงัก
พารามิเตอร์การใช้คลื่นอัลตราโซนิกด้วย VialTweeter ที่ปรับให้เหมาะสม
โพรโทคอลกำหนดรูปแบบการใช้คลื่นอัลตราโซนิกที่ทำซ้ำได้อย่างสม่ำเสมอสูง โดยปรับให้เหมาะสมเพื่อรักษาความสมบูรณ์ของตัวอย่างทางชีวภาพและความเข้ากันได้กับ MS ในขั้นตอนถัดไป สำหรับตัวอย่างในหลอดไมโครเซนตริฟิวจ์ขนาด 1.5mL ที่ใช้เครื่องอัลตราโซนิกแบบบล็อกชนิดไม่สัมผัส Hielscher VialTweeter พารามิเตอร์ต่อไปนี้ช่วยให้เกิดการสลายเซลล์และการตัดเฉือน DNA อย่างเหมาะสมที่สุด พร้อมรักษาโครงสร้างโปรตีน:
- แอมพลิจูด: กำลัง 30%
- รูปแบบรอบการทำงาน: เปิด 10 วินาที / ปิด 10 วินาที
- ระยะเวลา: 3 รอบ (เปิด 10 วินาที/ปิด 10 วินาที) → พักบนน้ำแข็ง 1 นาที → ทำซ้ำอีก 2 ครั้ง
- การจัดการอุณหภูมิ: วางตัวอย่างบนน้ำแข็งระหว่างการประมวลผลเพื่อป้องกันการเสียสภาพจากความร้อนและการทำงานของเอนไซม์ก่อนเวลาอันควร
วิธีใช้คลื่นอัลตราโซนิกแบบพัลส์นี้ป้องกันความร้อนสูงเกินไปเฉพาะจุด ลดการเกิดออกซิเดชันของเปปไทด์ให้เหลือน้อยที่สุด และทำให้ขวดตัวอย่างทุกขวดได้รับพลังงานเสียงอย่างสม่ำเสมอ การใช้หลอดปิดยังทำให้ไม่ต้องทำความสะอาดโพรบระหว่างตัวอย่าง จึงลดเวลาที่ต้องลงมือปฏิบัติงานและความแปรปรวนจากผู้ปฏิบัติงานได้อย่างมาก
ข้อได้เปรียบสำคัญสำหรับขั้นตอนการทำงานโปรตีโอมิกส์สมัยใหม่
การผสาน VialTweeter เข้ากับกระบวนการโปรตีโอมิกส์แบบล่างขึ้นบนของคุณให้ประโยชน์หลายประการทั้งด้านการปฏิบัติงานและด้านวิทยาศาสตร์:
- การทำให้ DNA แตกเป็นชิ้นส่วนอย่างสม่ำเสมอ: การส่งพลังงานเสียงอย่างสม่ำเสมอไปยังขวดตัวอย่างทุกขวดช่วยให้การลดความหนืดมีผลลัพธ์ที่ทำซ้ำได้ และป้องกันความแปรปรวนระหว่างชุดในการป้อนตัวอย่างเข้า S-Trap™
- การรักษาการดัดแปลงที่ไม่เสถียร: การประมวลผลที่อุณหภูมิต่ำในอ่างน้ำแข็งช่วยปกป้องการดัดแปลงหลังการแปลรหัส (PTMs) และป้องกันการรวมตัวของโปรตีนที่เกิดจากความร้อนระหว่างการสลายเซลล์
- การทำให้การประมวลผลขั้นตอนถัดไปคล่องตัวขึ้น: สารละลายจากการสลายเซลล์ที่ผ่านการประมวลผลด้วย VialTweeter สามารถนำไปปั่นเหวี่ยงเพื่อแยกส่วนใสและวัดปริมาณได้โดยตรง โดยไม่ต้องมีขั้นตอนทำความสะอาดเพิ่มเติม จึงช่วยให้เข้าสู่การย่อยด้วย S-Trap™ ได้เร็วขึ้น
- ความสามารถในการขยายขนาดและความยืดหยุ่น: การตั้งค่าคลื่นอัลตราโซนิกแบบเดียวกันใช้ได้ทั้งกับตัวอย่างเนื้อเยื่อที่มีความซับซ้อนสูงและสารแขวนลอยเซลล์ รองรับขั้นตอนการทำงานโปรตีโอมิกส์เพื่อการค้นพบ การวัดปริมาณแบบมุ่งเป้า และไกลโคโปรตีโอมิกส์ เครื่องอัลตราโซนิกสำหรับไมโครเพลต Hielscher ช่วยให้ขยายการประมวลผลไปสู่ตัวอย่างจำนวนมากในเพลตหลายหลุมได้ง่าย
เครื่องอัลตราโซนิกแบบหลายหลอดชนิดไม่สัมผัส VialTweeter สามารถใช้งานในตู้แช่เย็นได้
เครื่องอัลตราโซนิกสำหรับการเตรียมตัวอย่างโปรตีโอมิกส์
การเตรียมตัวอย่างเปปไทด์คุณภาพสูงสำหรับแมสสเปกโทรเมทรีต้องอาศัยมากกว่าการสลายเซลล์อย่างมีประสิทธิภาพ – ต้องควบคุมการตัดเฉือน DNA อุณหภูมิ และการป้องกันการปนเปื้อนอย่างแม่นยำ การผสาน Hielscher VialTweeter เข้ากับขั้นตอนการทำงานโปรตีโอมิกส์แบบล่างขึ้นบนของคุณช่วยให้คุณขจัดการอุดตันของ S-Trap™ กู้คืนโปรตีนได้อย่างทำซ้ำได้ และรักษาความสะอาดที่จำเป็นสำหรับการวิเคราะห์ MS ที่มีความไวสูง ไม่ว่าคุณจะประมวลผลเนื้อเยื่อมนุษย์ เซลล์เพาะเลี้ยง หรือสารละลายจากการสลายเซลล์ที่ซับซ้อน การประมวลผลด้วยบล็อกอัลตราโซนิกให้ความน่าเชื่อถือ ความสามารถในการขยายขนาด และการควบคุมกระบวนการตามที่ห้องปฏิบัติการโปรตีโอมิกส์สมัยใหม่ต้องการ
หากต้องการขยายการประมวลผลไปสู่จำนวนตัวอย่างที่มากขึ้น ให้ใช้ประโยชน์จากเครื่องอัลตราโซนิกสำหรับไมโครเพลตแบบโฟกัสชนิดไม่สัมผัส Hielscher รุ่น UIP400MTP และ UIP550MTP! ประมวลผลเพลตหลายหลุมมาตรฐานใดก็ได้สำหรับงานโปรตีโอมิกส์ที่รองรับตัวอย่างจำนวนมาก!
การประมวลผลในหลอดปิดเทียบกับเครื่องอัลตราโซนิกแบบโพรบทั่วไป
ที่ผ่านมา นักวิจัยใช้เครื่องอัลตราโซนิกแบบโพรบสัมผัสโดยตรงสำหรับการตัดเฉือน DNA แม้จะมีประสิทธิภาพ แต่ระบบโพรบมีข้อจำกัดสำคัญหลายประการในขั้นตอนการทำงานโปรตีโอมิกส์:
- ความเสี่ยงต่อการปนเปื้อนข้าม: การใช้โพรบซ้ำกับตัวอย่างหลายตัวอย่างทำให้เกิดการพาละอองลอยจากตัวอย่างหนึ่งไปสู่อีกตัวอย่างหนึ่ง และนำสารปนเปื้อนข้ามเข้ามา ซึ่งทำให้ผล MS เชิงปริมาณคลาดเคลื่อน
- การสูญเสียตัวอย่าง: การสอดโพรบลงไปโดยตรงอาจทำให้เกิดการกระเด็น การระเหย และการเกาะติดของเปปไทด์ที่มีค่าบนผิวโพรบ
- การทำความสะอาด: การกำจัดการปนเปื้อนออกจากโพรบอย่างทั่วถึงระหว่างการใช้งานแต่ละรอบใช้เวลามากและมักทำได้ไม่สมบูรณ์ ส่งผลกระทบต่อการศึกษาโปรตีนที่มีปริมาณต่ำ
เครื่องอัลตราโซนิกแบบบล็อก VialTweeter ประมวลผลตัวอย่างทั้งหมดภายในหลอดไมโครเซนตริฟิวจ์ที่ปิดผนึก การออกแบบระบบปิดนี้ขจัดการสัมผัสระหว่างโพรบกับตัวอย่าง ป้องกันการเกิดละอองลอย และรักษาสภาวะปลอดเชื้ออย่างเคร่งครัดตลอดการทำให้เป็นเนื้อเดียวกันและการสลายเซลล์ สำหรับห้องปฏิบัติการที่ประมวลผลสารละลายจากการสลายเนื้อเยื่อที่มีความซับซ้อนสูงหรือเซลล์หลายสายพันธุ์ สิ่งนี้ส่งผลให้ข้อมูล MS สะอาดขึ้น กู้คืนเปปไทด์ได้มากขึ้น และมีตัวอย่างซ้ำทางชีวภาพที่น่าเชื่อถือยิ่งขึ้น
การขยายขนาดสู่การเตรียมตัวอย่างจำนวนมากในเพลตหลายหลุม
ด้วยเครื่องอัลตราโซนิกสำหรับไมโครเพลต รุ่น UIP400MTP และ UIP550MTP, การประมวลผลในหลอดสามารถขยายไปสู่การประมวลผลตัวอย่างจำนวนมากในเพลตหลายหลุมมาตรฐานใดก็ได้อย่างง่ายดาย
เครื่องอัลตราโซนิกสำหรับเพลตหลายหลุม UIP400MTP สำหรับการสกัดโปรตีนจากตัวอย่างจำนวนมาก
คำถามที่พบบ่อยเกี่ยวกับการใช้คลื่นอัลตราโซนิกในการเตรียมตัวอย่างเปปไทด์
เหตุใดจึงต้องใช้คลื่นอัลตราโซนิกก่อนการประมวลผลเปปไทด์ด้วย S-Trap™?
การใช้คลื่นอัลตราโซนิกจำเป็นต่อการตัดเฉือน DNA จีโนมที่มีน้ำหนักโมเลกุลสูงซึ่งถูกปล่อยออกมาระหว่างการสลายเซลล์หรือเนื้อเยื่อ DNA ที่ยังสมบูรณ์จะเพิ่มความหนืดของตัวอย่างอย่างมาก ซึ่งอาจอุดตันไมโครคอลัมน์ S-Trap™ และกักเปปไทด์ ทำให้การกู้คืนและความเข้ากันได้กับ MS ลดลงอย่างรุนแรง
เครื่องอัลตราโซนิกแบบบล็อก VialTweeter ช่วยปรับปรุงการเตรียมตัวอย่างเมื่อเทียบกับเครื่องอัลตราโซนิกแบบโพรบทั่วไปอย่างไร?
ต่างจากเครื่องอัลตราโซนิกแบบโพรบสัมผัสโดยตรงที่ต้องทำความสะอาดอย่างระมัดระวังระหว่างการใช้งานแต่ละรอบและมีความเสี่ยงต่อการพาละอองลอยจากตัวอย่างหนึ่งไปสู่อีกตัวอย่างหนึ่ง VialTweeter ประมวลผลตัวอย่างทั้งหมดภายในขวดตัวอย่างและหลอดไมโครเซนตริฟิวจ์ที่ปิดผนึก การออกแบบให้ใช้หลอดปิดนี้ขจัดการปนเปื้อนข้าม ป้องกันการสูญเสียตัวอย่าง และรักษาสภาวะปลอดเชื้ออย่างเคร่งครัดตลอดการทำให้เป็นเนื้อเดียวกันและการสลายเซลล์
พารามิเตอร์การใช้คลื่นอัลตราโซนิกที่เหมาะสมที่สุดสำหรับการเตรียมตัวอย่างโปรตีโอมิกส์คืออะไร?
สำหรับตัวอย่างทางชีวภาพ เช่น เซลล์และเนื้อเยื่อ โพรโทคอลที่แนะนำใช้เครื่องอัลตราโซนิก VialTweeter ที่กำลัง 30% โดยมีรอบการทำงานเปิด 10 วินาที / ปิด 10 วินาที ทำซ้ำ 3 ครั้ง ควรเก็บตัวอย่างไว้บนน้ำแข็งระหว่างการประมวลผล และทำรอบดังกล่าวซ้ำอีกสองครั้งหากประมวลผลเซลล์ ≥5 ล้านเซลล์ (เทียบกับ Wojtkiewicz และคณะ, 2021)
ฉันควรทำอย่างไรหากคอลัมน์ S-Trap™ อุดตันระหว่างการป้อนตัวอย่าง?
โดยทั่วไป การอุดตันของคอลัมน์เกิดจากความหนืดสูงของ DNA หรือการแยกส่วนใสที่ไม่เพียงพอ เพื่อแก้ปัญหานี้ ให้ปั่นเหวี่ยงสารละลายจากการสลายเซลล์อย่างทั่วถึงก่อนดูดด้วยปิเปต และตรวจสอบให้แน่ใจว่า DNA ได้รับการตัดเฉือนด้วยคลื่นอัลตราโซนิกอย่างเพียงพอ
การใช้คลื่นอัลตราโซนิกแบบไม่สัมผัสมีประโยชน์ต่อขั้นตอนการทำงานโปรตีโอมิกส์เชิงปริมาณอย่างไร?
ในการศึกษาเชิงปริมาณ แม้การปนเปื้อนข้ามระหว่างตัวอย่างในระดับร่องรอยก็อาจทำให้การวัดเปปไทด์ที่มีปริมาณต่ำคลาดเคลื่อนได้ การประมวลผลขวดตัวอย่างหลายขวดแบบหลอดปิดของ VialTweeter ทำให้ไม่ต้องสอดโพรบเข้าไป ช่วยให้ทำซ้ำระหว่างชุดได้ และรักษาความสมบูรณ์ของตัวอย่างสำหรับการวิเคราะห์เปรียบเทียบที่แม่นยำ
ฉันสามารถคาดหวังผลได้ของโปรตีนและความลึกของการวิเคราะห์ MS จากโพรโทคอลนี้ได้เท่าใด?
เมื่อเริ่มจากเนื้อเยื่อหัวใจมนุษย์ 50 mg หรือเซลล์ 5 ล้านเซลล์ โดยทั่วไปขั้นตอนการทำงาน S-Trap™ ให้เปปไทด์เพียงพอสำหรับการฉีดตัวอย่างเข้า LC-MS 30–50 ครั้ง โดยระบุโปรตีนที่แตกต่างกันได้มากกว่า 4,000 ชนิดต่อการวิเคราะห์หนึ่งรอบอย่างสม่ำเสมอ (เทียบกับ Wojtkiewicz และคณะ, 2021)
เอกสารวิชาการ / เอกสารอ้างอิง
- FactSheet VialTweeter – Sonicator for Simultaneous Sample Preparation
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP550MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- Wojtkiewicz M., Berg Luecke L., Kelly M.I., Gundry R.L. (2021): Facile Preparation of Peptides for Mass Spectrometry Analysis in Bottom-Up Proteomics Workflows. Current Protocols 2021 Mar;1(3):e85.
- Lori C., Kaczmarczyk A., de Jong I., Jenal U. (2018): A single-domain response regulator functions as an integrating hub to coordinate general stress response and development in alphaproteobacteria. mBio Vol 9, No 3; 2018.
- Jorge S., Pereira K., López-Fernández H., LaFramboise W., Dhir R., Fernández-Lodeiro J., Lodeiro C., Santos H.M., Capelo-Martínez J.L. (2020): Ultrasonic-assisted extraction and digestion of proteins from solid biopsies followed by peptide sequential extraction hyphenated to MALDI-based profiling holds the promise of distinguishing renal oncocytoma from chromophobe renal cell carcinoma. Talanta, 2020.
Hielscher Ultrasonics จัดหาเครื่องอัลตราโซนิกแบบไม่สัมผัสที่ทรงพลังสำหรับการเตรียมตัวอย่างและการวิเคราะห์ทางคลินิก เครื่องอัลตราโซนิกสำหรับเพลตหลายหลุม UIP400MTP, VialTweeter, CupHorn และเครื่องอัลตราโซนิกแบบไหล GDmini2 ประมวลผลตัวอย่างโดยไม่สัมผัสตัวอย่าง