Hielscher Ultrasonics
Chętnie omówimy Państwa proces.
Prosimy o telefon: +49 3328 437-420
Prosimy o wiadomość e-mail: [email protected]

Wysokoprzepustowe przygotowanie próbek FFPE: ekstrakcja białek i ścinanie kwasów nukleinowych

Dzięki wysokoprzepustowemu sonikatorowi UIP400MTP firma Hielscher Ultrasonics rozwiązuje problemy związane z przygotowaniem tkanek utrwalonych w formalinie i zatopionych w parafinie (FFPE). Dowiedz się, jak ultradźwięki umożliwiają przetwarzanie dużej liczby próbek FFPE w celu odparafinowania, lizy tkanek, homogenizacji, ekstrakcji białek oraz ścinania DNA/RNA! Skorzystaj z ultradźwiękowego przygotowania tkanek FFPE – przetwarzaj dużą liczbę próbek na płytkach wielodołkowych! Uzyskaj wysokiej jakości próbki w dużej liczbie, aby zapewnić wiarygodne wyniki badań! I wreszcie, co równie ważne, oszczędzaj czas i pieniądze!

Przygotowanie próbek FFPE ułatwione dzięki wysokoprzepustowej sonikacji

Utrwalanie w formalinie i zatapianie w parafinie (FFPE) jest najczęściej stosowaną metodą konserwacji i archiwizacji tkanek litych. Ekstrakcja biomolekuł z próbek tkanek FFPE często wiąże się z istotnymi trudnościami ze względu na jakość przechowywanych próbek. Próbki te, stanowiące bezcenne zasoby w biologii molekularnej i badaniach klinicznych, są bogatym źródłem informacji biologicznych do badań retrospektywnych i walidacji biomarkerów diagnostycznych. Jednak proces utrwalania w formalinie i zatapiania w parafinie, choć zachowuje architekturę i morfologię tkanek, utrudnia ekstrakcję wysokiej jakości kwasów nukleinowych i białek. Formalina powoduje sieciowanie kwasów nukleinowych i białek, prowadząc do fragmentacji cząsteczek i modyfikacji chemicznych. Dowiedz się, jak wysokoprzepustowy sonikator UIP400MTP pokonuje trudności związane z przygotowaniem próbek FFPE!

Sonikator do wydajnego przygotowania próbek FFPE

  • Łatwy w realizacji przebieg pracy: uproszczone procesy przyjazne dla użytkownika.
  • Odparafinowanie, ekstrakcja białek, ścinanie DNA / RNA
  • Szybkie przetwarzanie o wysokiej przepustowości: wydajna obsługa płytek wielodołkowych.
  • Skuteczne odparafinowanie: lepsza solubilizacja białek.
  • Nietoksyczne rozpuszczalniki: pozwala uniknąć stosowania szkodliwych rozpuszczalników organicznych, takich jak ksylen.

 

Sonikator do płytek wielodołkowych UIP400MTP umożliwia wysokoprzepustowe przetwarzanie próbek FFPE w celu ekstrakcji białek oraz ścinania DNA i RNA

Wysokoprzepustowy sonikator UIP400MTP do wysokoprzepustowego przetwarzania próbek FFPE na płytkach wielodołkowych

Zapytanie o informacje



 
Przygotowanie próbek FFPE przy użyciu ultradźwięków – sonikator do płytek wielodołkowych UIP400MTP firmy Hielscher
 

Postępy w technikach ekstrakcji białek z tkanek FFPE

Hielscher Ultrasonics rozwiązuje problemy związane z wysokoprzepustowym przygotowaniem próbek FFPE. Sonikacja wykorzystuje fale ultradźwiękowe do wytwarzania drgań mechanicznych i skupionej kawitacji, skutecznie rozbijając struktury komórkowe i zwiększając solubilizację biomolekuł. Technika ta zyskała popularność dzięki zdolności do zwiększania wydajności i uzysku ekstrakcji kwasów nukleinowych i białek z tkanek FFPE, a także ścinania DNA i RNA w celu przygotowania bibliotek. Należy szczególnie podkreślić, że zastosowanie ultradźwięków przy użyciu sonikatora do płytek wielodołkowych UIP400MTP zachowuje integralność tych biomolekuł na potrzeby dalszych zastosowań.

 

Sonikator UIP400MTP do sonikacji płytek wielodołkowychFilm przedstawia ultradźwiękowy system przygotowania próbek UIP400MTP, który umożliwia niezawodne przygotowanie próbek w dowolnych standardowych płytkach wielodołkowych za pomocą ultradźwięków o wysokim natężeniu. Typowe zastosowania UIP400MTP obejmują lizę komórek, fragmentację DNA, RNA i chromatyny oraz ekstrakcję białek.
Film przedstawia ultradźwiękowy system przygotowania próbek UIP400MTP, który umożliwia niezawodne przygotowanie próbek w dowolnych standardowych płytkach wielodołkowych za pomocą ultradźwięków o wysokim natężeniu. Typowe zastosowania UIP400MTP obejmują lizę komórek, fragmentację DNA, RNA i chromatyny oraz ekstrakcję białek.

 

Ścinanie kwasów nukleinowych przy użyciu wysokoprzepustowego przetwarzania ultradźwiękowego

Płytki 96-dołkowe i inne płytki wielodołkowe najlepiej przetwarzać przy użyciu sonikatora UIP400MTP. Ten system ultradźwiękowy jest idealny do lizy, fragmentacji DNA i solubilizacji komórek podczas wysokoprzepustowego przetwarzania próbek.Sonikator do płytek wielodołkowych UIP400MTP, przeznaczony do zastosowań wymagających wysokiej przepustowości, przenosi przygotowanie próbek FFPE na nowy poziom. Ta metoda sonikacji na płytkach wielodołkowych stanowi wydajne i niezawodne rozwiązanie do jednoczesnego przetwarzania wielu próbek. Ułatwia szybką i powtarzalną ekstrakcję DNA, RNA i białek, które mają kluczowe znaczenie dla różnych technik analitycznych, w tym sekwencjonowania nowej generacji (NGS), ilościowego PCR i analiz proteomicznych. Optymalizacja parametrów sonikacji, takich jak amplituda, czas trwania i temperatura, dodatkowo poprawia jakość i zwiększa ilość wyekstrahowanych biomolekuł.

Sonikator do płytek wielodołkowych UIP400MTP oferuje istotne korzyści w zakresie fragmentacji i ścinania DNA i RNA z tkanek FFPE. Jedną z wyróżniających cech tego systemu jest możliwość uzyskania fragmentów DNA i RNA w wąskim zakresie wielkości dzięki precyzyjnej regulacji intensywności sonikacji, pozwalającej uzyskać krótkie fragmenty o długości 150–200 par zasad (bp) lub dłuższe fragmenty o długości 15–20 kilopar zasad (kbp). Ta wszechstronność sprawia, że UIP400MTP jest niezbędny zarówno w sekwencjonowaniu krótkich, jak i długich odczytów, zapewniając wysokiej jakości wyniki sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i sekwencjonowania całego genomu (WGS). Precyzyjna kontrola wielkości fragmentów ma kluczowe znaczenie dla badaczy we wszystkich dziedzinach genomiki, ponieważ umożliwia przygotowanie próbek zgodnie ze specyfikacjami.

Skontaktuj się z nami w sprawie zaawansowanych rozwiązań do pracy z tkankami FFPE

Poznaj sonikator do płytek wielodołkowych UIP400MTP, który umożliwia wydajny odzysk biomolekuł z próbek FFPE, zachowując integralność wyekstrahowanych kwasów nukleinowych i białek oraz zapewniając powtarzalność wyników. Technologia ta bezproblemowo integruje się z innymi procedurami przygotowawczymi i analitycznymi, usprawniając i doskonaląc badania molekularne wykorzystujące archiwalne tkanki FFPE.

Zapytanie o informacje



Utrwalacze i ich działanie

Utrwalanie jest kluczowym etapem przygotowania próbek, który zachowuje struktury komórkowe, zatrzymuje reakcje biochemiczne i zapobiega degradacji. W zależności od konkretnych wymagań eksperymentalnych stosuje się różne utrwalacze. Dwa najczęściej stosowane utrwalacze to formaldehyd i paraformaldehyd, które sieciują białka i kwasy nukleinowe, zachowując morfologię i antygenowość komórek oraz tkanek. Inne utrwalacze, takie jak etanol, metanol i aldehyd glutarowy, stosuje się w określonych zastosowaniach.

Utrwalacze na bazie formaldehydu i paraformaldehydu tworzą mostki metylenowe między grupami aminowymi, powodując sieciowanie białek. Proces ten skutecznie unieruchamia składniki komórkowe, zachowując ich integralność podczas kolejnych etapów analizy. Na działanie tych utrwalaczy mogą wpływać takie czynniki jak stężenie, pH i temperatura, a optymalizacja tych parametrów ma kluczowe znaczenie dla zapewnienia optymalnego zachowania struktur komórkowych.

 
Zalety ultradźwiękowego przygotowania próbek FFPE
 

Przetwarzanie ultradźwiękowe to skuteczna technika rozbijania utrwalonych komórek i tkanek, przewyższająca techniki konwencjonalne. Oferuje kilka istotnych zalet w porównaniu z tradycyjnymi metodami lizy:

  • Szybkość i wydajność: Liza ultradźwiękowa zapewnia szybkie rozbijanie komórek i tkanek, znacznie skracając czas przetwarzania w porównaniu z mechanicznymi lub chemicznymi metodami lizy. Fale dźwiękowe o wysokiej częstotliwości wytwarzane przez sonotrodę generują mechaniczne siły ścinające, powodując rozbijanie utrwalonych struktur komórkowych. To szybkie i wydajne rozbijanie umożliwia badaczom przetwarzanie dużych objętości próbek w krótkim czasie.
  • Łagodność i możliwość regulacji: Liza ultradźwiękowa zapewnia łagodny mechanizm rozbijania, który minimalizuje uszkodzenia wrażliwych biomolekuł, takich jak białka, kwasy nukleinowe i enzymy. W przeciwieństwie do metod mechanicznych, które wytwarzają nadmierne ciepło lub siły ścinające, liza ultradźwiękowa wykorzystuje kontrolowaną kawitację do rozbijania komórek, zachowując integralność i funkcjonalność składników wewnątrzkomórkowych.
  • Wszechstronność: Lizę ultradźwiękową można stosować do próbek utrwalonych różnymi utrwalaczami, co pozwala badaczom pracować z szeroką gamą utrwalonych próbek. Niezależnie od tego, czy stosuje się formaldehyd, paraformaldehyd czy alternatywne utrwalacze, liza ultradźwiękowa konsekwentnie zapewnia wydajne rozbijanie, gwarantując optymalny odzysk składników komórkowych.
  • Wysoki uzysk i jakość: Liza ultradźwiękowa ułatwia uzyskanie dużych ilości nienaruszonych składników komórkowych dzięki zdolności do równomiernego rozbijania utrwalonych komórek i tkanek. Umożliwia to uzyskiwanie wiarygodnych i powtarzalnych wyników w dalszych zastosowaniach, takich jak analiza białek, ekstrakcja kwasów nukleinowych i oznaczenia enzymatyczne.
  • Możliwość integracji z automatyzacją: Lizę ultradźwiękową można łatwo zintegrować z systemami zautomatyzowanymi, co umożliwia wysokoprzepustowe przetwarzanie próbek. Ta kompatybilność pozwala badaczom usprawnić przebieg pracy i zwiększyć produktywność, szczególnie w badaniach na dużą skalę.

Uzyskaj szczegółowy protokół odparafinowania i ekstrakcji białek przy użyciu VialTweeter Multi-Tube Sonicator!

Sonikator do płytek 96-dołkowych UIP400MTP do lizy komórek, ekstrakcji DNA, fragmentacji DNA, solubilizacji komórek i oczyszczania białek. UUP400MTp nadaje się do hodowli komórkowych i utrwalonych tkanek, takich jak skrawki FFPE.

Sonikator do płytek 96-dołkowych UIP400MTP do sonikacji płytek mikrotitracyjnych i wielodołkowych

Liza ultradźwiękowa zrewolucjonizowała rozbijanie utrwalonych komórek i tkanek, oferując liczne korzyści w porównaniu z tradycyjnymi metodami lizy. Jej szybkość, wydajność, selektywność, wszechstronność, wysoki uzysk i możliwość integracji z automatyzacją sprawiają, że jest niezbędnym narzędziem w badaniach z zakresu biologii molekularnej i biotechnologii. Oferując zarówno sonikatory bezkontaktowe, jak i sonikatory z sonotrodą, Hielscher Ultrasonics zapewnia homogenizator ultradźwiękowy najlepiej dostosowany do Twojego zastosowania w naukach o życiu. Niezależnie od tego, czy chcesz przetwarzać pojedyncze próbki, wiele próbek czy bardzo dużą liczbę próbek jednocześnie, zaoferujemy Ci najlepszy sonikator odpowiadający Twoim wymaganiom badawczym i diagnostycznym.
Dowiedz się więcej o bezkontaktowych sonikatorach Hielscher do przygotowania wielu próbek i wysokoprzepustowego przygotowania próbek!

Przygotowanie próbek FFPE przy użyciu sonikatora do płytek wielodołkowych UIP400MTP

  • jednorazowa inwestycja
  • korzystaj z własnych materiałów eksploatacyjnych
  • brak cyklicznych kosztów specjalnych akcesoriów i materiałów eksploatacyjnych dostępnych wyłącznie u producenta
  • wysoka przepustowość
  • precyzyjna kontrola
  • najnowocześniejsza technologia
  • niezawodność i wytrzymałość
  • regulowana, precyzyjna kontrola procesu
  • klasa przemysłowa: możliwość ciągłej pracy 24/7
  • łatwa i bezpieczna obsługa
  • niewielkie wymagania konserwacyjne

 
Dowiedz się więcej o zastosowaniach sonikatorów w naukach o życiu!

Sonikator do wysokoprzepustowego przygotowania próbek! Sonikator do płytek UIP400MTP ułatwia lizę, ekstrakcję białek (np. z tkanek FFPE), fragmentację DNA i solubilizację komórek w próbkach biologicznych na płytkach 96-dołkowych.

Sonikator do płytek UIP400MTP do dowolnych płytek 96-dołkowych, mikrotitracyjnych i wielodołkowych.

Projektowanie, produkcja i doradztwo – jakość wyprodukowana w Niemczech

Sonikatory Hielscher są znane z najwyższej jakości i najwyższych standardów projektowania. Wytrzymałość i łatwość obsługi umożliwiają bezproblemową integrację naszych sonikatorów z instalacjami przemysłowymi. Sonikatory Hielscher z łatwością radzą sobie w trudnych warunkach i wymagających środowiskach.

Hielscher Ultrasonics jest firmą z certyfikatem ISO i kładzie szczególny nacisk na sonikatory o wysokiej wydajności, wyróżniające się najnowocześniejszą technologią i łatwością obsługi. Oczywiście sonikatory Hielscher są zgodne z wymaganiami CE i spełniają wymagania UL, CSA oraz RoHs.

Skontaktuj się z nami! / Zadaj nam pytanie!

Zapytanie o dodatkowe informacje

Prosimy skorzystać z poniższego formularza, aby uzyskać dodatkowe informacje o urządzeniu ultradźwiękowym UIP400MTP do płytek wielodołkowych, jego zastosowaniach w przygotowaniu próbek FFPE oraz cenach. Chętnie omówimy z Państwem zastosowanie urządzenia w genomice i proteomice!





Wysokoprzepustowe sekwencjonowanie RNA na płytce wielodołkowej

Sonikator UIP400MTP: Wysokoprzepustowe przygotowanie próbek FFPE na płytce wielodołkowej



Najczęściej zadawane pytania
Poniżej odpowiadamy na często zadawane pytania dotyczące przygotowania tkanek FFPE i przetwarzania próbek FFPE za pomocą ultradźwięków.

Jak przygotowuje się tkanki FFPE?

Etapy przygotowania tkanek FFPE: staranne postępowanie ze świeżą tkanką i jej przetwarzanie mają kluczowe znaczenie dla uzyskania wysokiej jakości próbek FFPE. Zachowanie architektury komórkowej, kwasów nukleinowych i białek jest niezbędne do dokładnych dalszych analiz. Każdy etap – od pobrania do zatopienia – wymaga precyzji, aby zachować integralność próbki na potrzeby różnych analiz, w tym badania histologicznego, immunohistochemii i badań molekularnych. Prawidłowo przeprowadzony proces utrwalania i zatapiania zapewnia, że zachowana tkanka dokładnie odzwierciedla stan in vivo, umożliwiając uzyskanie wiarygodnych wyników diagnostycznych i badawczych.
Przeprowadzimy Cię przez 6 głównych etapów procesu zatapiania próbek tkanek FFPE.

  • Pobieranie tkanki
    Zarówno biopsje od żywych ssaków, jak i hodowle tkankowe są odpowiednimi źródłami świeżej tkanki do przygotowania próbek FFPE.
    Ważne jest stosowanie techniki aseptycznej: używaj sterylnych narzędzi i rękawiczek, aby uniknąć zanieczyszczenia. Najlepiej pobieraj tkanki w sterylnym środowisku, takim jak sala operacyjna lub komora laminarna.
    Ponieważ materiał jest bardzo delikatny, niezbędne jest ostrożne obchodzenie się z nim: ograniczaj opóźnienia w przetwarzaniu i rozpocznij dalsze przetwarzanie tkanki natychmiast po jej wycięciu. Ma to kluczowe znaczenie dla zapobiegania autolizie i degradacji. Przechowuj tkankę w temperaturze pokojowej; unikaj zamrażania, ponieważ może ono powodować powstawanie kryształów lodu i uszkodzenie tkanki.
  • Utrwalanie tkanki
    Najpierw tkankę poddaje się działaniu roztworu utrwalacza: użyj 10% formaliny buforowanej do obojętnego pH (NBF), która odpowiada 4% roztworowi formaldehydu w wodzie, buforowanemu do obojętnego pH.
    Całkowicie zanurz tkankę w formalinie. Zapewnij stosunek objętości utrwalacza do objętości tkanki wynoszący co najmniej 10:1. Czas utrwalania zwykle wynosi od 6 do 24 godzin, w zależności od rodzaju i wielkości tkanki. Ważne jest, aby utrwalacz mógł dokładnie przeniknąć tkankę. Jednak nadmierne utrwalenie może prowadzić do sieciowania utrudniającego odzyskiwanie antygenów, natomiast niedostateczne utrwalenie może skutkować słabym zachowaniem tkanki.
  • Przycinanie tkanki
    Następnie przytnij tkankę do grubości około 3–5 mm, aby umożliwić odpowiednie wnikanie utrwalacza. Zapewnij właściwą orientację tkanki, aby uwidocznić istotne struktury histologiczne. Ułatwia to proces ekstrakcji, gdy tkanka jest później wykorzystywana do analizy.
  • Przetwarzanie utrwalonej próbki
    Teraz utrwaloną tkankę należy odwodnić: po utrwaleniu tkanka wymaga odwodnienia, aby zapewnić dokładne przenikanie parafiny. Przeprowadź tkankę przez serię roztworów etanolu o rosnącym stężeniu (70%, 80%, 90% i 100%), aby usunąć wodę.
    Prześwietlanie ksylenem: parafina jest nierozpuszczalna w wodzie, ale rozpuszcza się w ksylenie. Dlatego wodę w tkance należy zastąpić ksylenem. Jednak sam ksylen jest nierozpuszczalny w wodzie, lecz rozpuszcza się w alkoholu, co wymaga etapu pośredniego, w którym wodę najpierw zastępuje się alkoholem. Zanurz tkankę w ksylenie lub jego zamienniku, aby usunąć etanol i przygotować tkankę do infiltracji parafiną.
    Infiltracja parafiną: zatop tkankę w stopionej parafinie, zapewniając całkowitą infiltrację. Etap ten zwykle obejmuje kilka wymian parafiny w celu zapewnienia dokładnego przesycenia tkanki.
  • Zatapianie tkanki
    Na tym etapie tkankę formuje się w bloczek tkankowy: umieść tkankę w foremce w żądanej orientacji i zalej ją stopioną parafiną. Pozwól parafinie zestalić się przez chłodzenie w temperaturze pokojowej lub na zimnej płycie.
  • Krojenie i umieszczanie na szkiełkach
    Mikrotomia: aby pokroić zatopioną tkankę, użyj mikrotomu do wycięcia cienkich skrawków (zwykle 4–5 mikrometrów) z bloczka parafinowego. Następnie przygotuj preparat, umieszczając skrawki na szkiełkach podstawowych do późniejszego barwienia i analizy mikroskopowej.
    Na koniec sprawdź jakość preparatów histologicznych: oceń pierwsze skrawki pod mikroskopem, aby upewnić się, że utrwalenie i przetwarzanie były prawidłowe. W razie potrzeby dostosuj protokoły do rodzaju tkanki i zaobserwowanej jakości.

 
Tkanki FFPE można wykorzystywać do odzyskiwania RNA, DNA i białek, a także wykrywania oznak nowotworów lub innych chorób. Można je przechowywać przez lata i stanowią one istotny element wykorzystywania próbek tkanek przez badaczy i lekarzy do diagnostyki i badań.

Jakie są typowe problemy i trudności związane z tkankami FFPE?

Próbki tkanek utrwalonych w formalinie i zatopionych w parafinie (FFPE) są szeroko stosowane w badaniach i diagnostyce, ale wiążą się z kilkoma trudnościami i typowymi problemami:

  • Degradacja biomolekuł: Długotrwałe utrwalanie może prowadzić do degradacji DNA, RNA i białek, utrudniając ekstrakcję wysokiej jakości kwasów nukleinowych lub białek do dalszych zastosowań. Prawidłowe utrwalanie (unikanie niedostatecznego i nadmiernego utrwalenia) jest niezbędne do zachowania tkanki.
  • Sieciowanie: Utrwalanie w formalinie powoduje sieciowanie białek i kwasów nukleinowych, co może utrudniać analizę molekularną oraz wpływać na dokładność immunohistochemii i innych oznaczeń.

  • Maskowanie antygenów: Proces utrwalania może maskować miejsca antygenowe, zmniejszając skuteczność wiązania przeciwciał w immunohistochemii i innych oznaczeniach immunologicznych. Często wymaga to odzyskiwania antygenów, czyli procedury, która odwraca maskowanie epitopu i przywraca wiązanie między epitopem a przeciwciałem. Jednak pełna antygenowość nie zawsze może zostać przywrócona.
  • Zmienna jakość utrwalenia: Różnice w czasie i warunkach utrwalania mogą prowadzić do niejednolitej jakości próbek, wpływając na powtarzalność i porównywalność wyników. Stosuj niezawodne protokoły utrwalania i unikaj niedostatecznego oraz nadmiernego utrwalenia.
  • Uszkodzenia i fragmentacja DNA: Utrwalanie próbek FFPE w formalinie może powodować różne rodzaje uszkodzeń DNA, w tym deaminację cytozyny (mutacje C do T), uszkodzenia oksydacyjne (np. 8-oksoguaninę prowadzącą do mutacji G do T), a także uszkodzenia fizyczne, takie jak nacięcia, luki i miejsca abazowe, które utrudniają aktywność polimerazy DNA. Proces utrwalania w formalinie może powodować fragmentację DNA, utrudniając analizy genetyczne i genomowe, takie jak PCR i sekwencjonowanie.
  • Jakość RNA: RNA wyekstrahowane z tkanek FFPE jest często pofragmentowane i zmodyfikowane chemicznie, co utrudnia przeprowadzanie wysokiej jakości analiz transkryptomicznych.
  • Modyfikacje białek: Formalina może wywoływać modyfikacje chemiczne białek, wpływając na ich strukturę i funkcję, co może zakłócać analizy proteomiczne.
  • Artefakty powstające podczas przetwarzania próbek: Podczas zatapiania i krojenia naprężenia mechaniczne oraz ciepło mogą powodować powstawanie artefaktów i dalsze uszkodzenia tkanki.
  • Zmienność między partiami: Różnice w protokołach utrwalania i zatapiania między poszczególnymi partiami mogą prowadzić do znacznej zmienności wyników, utrudniając porównania między badaniami.
  • Problemy związane z przechowywaniem: Długotrwałe przechowywanie bloczków FFPE może z czasem prowadzić do dodatkowej degradacji i utraty integralności kwasów nukleinowych, wpływając na przydatność próbek archiwalnych do badań retrospektywnych.

Stosowanie zoptymalizowanych protokołów, ostrożne obchodzenie się z próbkami i wykorzystywanie zaawansowanych technik pomagają poprawić jakość i wiarygodność danych uzyskiwanych z tkanek FFPE.

Jaka jest różnica między tkanką FFPE a tkanką zamrożoną?

Tkankę FFPE (utrwaloną w formalinie i zatopioną w parafinie) konserwuje się przez utrwalenie w formalinie, a następnie zatopienie w parafinie, co umożliwia długotrwałe przechowywanie w temperaturze pokojowej przy zachowaniu morfologii tkanki. Natomiast tkankę zamrożoną szybko konserwuje się przez zamrażanie, które lepiej zachowuje integralność kwasów nukleinowych i białek, ale wymaga przechowywania w bardzo niskich temperaturach.

Jakie substancje chemiczne stosuje się do zatapiania próbek FFPE?

Substancje chemiczne stosowane do przygotowania próbek FFPE zwykle obejmują formalinę do utrwalania i parafinę do zatapiania. W przypadku przygotowania próbek FFPE tkanki zazwyczaj utrwala się przy użyciu 10% (v/v) formaliny buforowanej do obojętnego pH (FA) lub świeżo przygotowanego 4% (w/v) roztworu formaldehydu (PFA) sporządzonego z paraformaldehydu w proszku. Formalinę, będącą roztworem formaldehydu w wodzie, buforuje się do obojętnego pH, aby zachować morfologię tkanki i zapobiec nadmiernemu sieciowaniu. Roztwór na bazie paraformaldehydu również zapewnia skuteczne utrwalanie przez sieciowanie białek, stabilizując w ten sposób strukturę tkanki na potrzeby późniejszego zatapiania w parafinie. Substancje te są niezbędne do zachowania integralności i morfologii tkanki podczas procesu utrwalania i zatapiania.

Jak usuwa się parafinę z próbek FFPE?

Aby usunąć parafinę z próbek FFPE, skrawki tkankowe zazwyczaj poddaje się serii płukań ksylenem, a następnie nawadnianiu w serii roztworów alkoholi o stopniowo zmieniającym się stężeniu i na końcu w wodzie. Ponieważ ksylen jest wysoce toksyczny i stwarza zagrożenia dla zdrowia, takie jak problemy z układem oddechowym, podrażnienie skóry i potencjalne skutki długoterminowe przy powtarzającej się ekspozycji, ultradźwiękowe usuwanie parafiny staje się obiecującą alternatywą w wielu laboratoriach. Metoda ta wykorzystuje intensywne fale ultradźwiękowe do wydajnego i bezpiecznego usuwania parafiny bez konieczności stosowania toksycznych rozpuszczalników, takich jak ksylen, zmniejszając tym samym ryzyko dla personelu laboratoryjnego i tworząc bezpieczniejsze środowisko pracy.

Jak długo należy utrwalać tkanki, aby uzyskać dobrą jakość próbek FFPE?

Ogólne zalecenia dotyczące czasu utrwalania zazwyczaj sugerują utrwalanie próbek tkanek w formalinie przez 24 do 48 godzin. Czas ten jest na ogół wystarczający do zachowania morfologii tkanki i struktur komórkowych przy jednoczesnym ograniczeniu nadmiernego utrwalenia, które może prowadzić do nadmiernego sieciowania i degradacji kwasów nukleinowych oraz białek. Jednak optymalny czas utrwalania może się różnić w zależności od wielkości i rodzaju tkanki, przy czym mniejsze lub bardziej delikatne próbki wymagają krótszego czasu utrwalania. Kluczowe jest zapewnienie odpowiedniego utrwalenia, aby zapobiec autolizie i degradacji tkanki, przy jednoczesnym unikaniu długotrwałego utrwalania, które mogłoby utrudniać dalsze analizy molekularne.

Chętnie omówimy Państwa proces.

✕