クロマチンせん断:ハイスループットで非接触精度
クロマチンのせん断は、多くの分子生物学ワークフローにおいて重要なステップであり、ChIPやNGSなどのアプリケーションでクロマチンを正確なサイズに断片化することができます。UIP400MTPマルチウェルプレートソニケーターは、ハイスループットの非接触技術でこのプロセスに革命をもたらし、比類のない効率、再現性、およびサンプルの完全性を提供します。この記事では、このUIP400MTPがどのようにクロマチンせん断を簡素化および強化し、現代の研究の要求を満たすかを探ります。
ライフサイエンスにおけるクロマチンせん断
クロマチン剪断は、クロマチンを扱いやすいサイズに断片化するプロセスであり、特にエピジェネティクス研究、クロマチン免疫沈降(ChIP)、次世代シーケンシング(NGS)において、分子生物学において不可欠なステップです。この手法は、DNA-タンパク質複合体の単離、ヒストン修飾の研究、およびDNA結合タンパク質の同定に使用されます。一貫性のある再現性のあるクロマチン断片化を達成することは、高品質のデータを得るために重要であり、これはせん断プロセス中に使用される機器と方法に大きく依存します。
従来のクロマチン剪断法では、サンプルの汚染、ばらつきのある結果、時間の非効率性などの課題がしばしばありました。研究の規模が拡大するにつれて、特にハイスループット環境では、複数のサンプル間で一貫した結果を保証する革新的なソリューションに対する需要が高まっています。UIP400MTPマルチウェルプレートソニケーターは、高度でハイスループットな非接触アプローチを提供し、クロマチン剪断の新たな基準を打ち立てました。
Mutli-Well Plate Sonicator UIP400MTPによるクロマチン剪断の効率化
ハイスループットのソニケーター UIP400MTP、酵素消化や機械的せん断などの従来の方法を凌駕する、クロマチン剪断技術の中で際立っています。ハイスループット効率と非接触超音波処理を組み合わせることで、優れた再現性、速度、およびサンプルの完全性を提供し、現代の研究ワークフローに適した選択肢となっています。
- 高スループット効率
UIP400MTPは複数のサンプルを同時に処理できるため、時間と労力を大幅に節約できます。これにより、手動でサンプルを繰り返し処理する必要がなくなり、研究者は下流の分析に集中でき、全体的な生産性が向上します。 - サンプルの完全性のための非接触超音波処理
非接触超音波処理は、サンプルを汚染から保護するだけでなく、装置の機械的摩耗のリスクも最小限に抑えます。これにより、機密性の高い生体サンプルが制御された無菌環境で処理されるようになります。 - 均一なフラグメンテーション
再現性は、信頼性の高い研究の基礎です。このUIP400MTPにより、各ウェルは同一の超音波曝露を受け、均一なクロマチン断片が得られます。この均一性は、サンプル調製の一貫性がデータ品質に直接影響するChIPやNGSなどの実験にとって非常に重要です。 - 拡張性と柔軟性
このUIP400MTPは、小規模な実験にも大規模な研究にも適しています。研究者は、さまざまなサンプル量に合わせてシステムを簡単に調整できるため、さまざまなアプリケーションに対応する汎用性の高いツールとなっています。 - クロスコンタミネーションのリスクの低減
プローブの超音波処理など、直接接触する従来の方法では、サンプル間の汚染のリスクがあります。UIP400MTPの非接触アプローチはこのリスクを排除し、エピジェネティック研究のような繊細なアプリケーションに特に適しています。
UIP400MTPによるクロマチンせん断の応用
このUIP400MTPは、次の場合に最適です。
- クロマチン免疫沈降(ChIP): クロマチンの精密な剪断により、特定のDNA-タンパク質複合体への抗体の最適な結合が保証されます。
- 次世代シーケンシング(NGS): DNAの均一な断片化は、シーケンシングライブラリ調製に不可欠であり、高品質のリードを保証します。
- ヒストン修飾研究: 一貫したクロマチン調製により、研究者はヒストン-DNA相互作用を高い精度で解析することができます。
- エピジェネティック研究: このUIP400MTPは、再現性のあるサンプル処理を通じて、DNAメチル化パターンやその他のエピジェネティックな修飾の研究をサポートします。
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以下の表は、ラボサイズの超音波装置のおおよその処理能力を示しています。
| 推奨デバイス | バッチボリューム | 流量 |
|---|---|---|
| UIP400MTP 96ウェルプレートソニケーター | マルチウェル/マイクロタイタープレート | N.A. |
| 超音波カップホーン | バイアルまたはビーカー用のCupHorn | N.A. |
| GDmini2の | 超音波マイクロフローリアクター | N.A. |
| バイアルツイーター | 0.5〜1.5mL | N.A. |
| UP100Hの | 1〜500mL | 10〜200mL/分 |
| UP200HTの, UP200セント | 10〜1000mL | 20〜200mL/分 |
| UP400セント | 10〜2000mL | 20〜400mL/分 |
| 超音波ふるいシェーカー | N.A. | N.A. |
UIP400MTP – マイクロプレートでのハイスループットサンプル調製
文献/参考文献
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
よくある質問
クロマチンフラグメンテーションとは?
クロマチン断片化とは、DNAとタンパク質の複合体であるクロマチンを、より小さく、管理しやすい断片に分解するプロセスです。これは、クロマチン免疫沈降(ChIP)や次世代シーケンシング(NGS)などの分子生物学アプリケーションにおけるDNA-タンパク質相互作用、ヒストン修飾、またはDNAアクセシビリティの研究を促進するために達成されます。このプロセスにより、クロマチンは、通常は超音波処理や酵素消化などの物理的方法によって特定のサイズ範囲に断片化され、DNA-タンパク質複合体の完全性が下流の分析のために維持されます。
クロマチン架橋法とは?
クロマチン架橋は、DNAとタンパク質または他のクロマチン関連分子との間の相互作用を安定化するために使用される生化学的プロセスです。これには、ホルムアルデヒドなどの架橋剤を使用して、相互作用する分子間に共有結合を効果的に作成することが含まれます “凍結” 彼らの相互作用が所定の位置にあります。この手法は、クロマチン免疫沈降(ChIP)および関連アッセイで広く使用されており、ネイティブクロマチン構造を保持し、ダウンストリーム解析中のDNA-タンパク質間またはタンパク質-タンパク質相互作用の同定を容易にします。
クロマチンコンパクションの原因は何ですか?
クロマチンの圧縮は、主にヒストンとDNAの間の相互作用によって引き起こされるだけでなく、リンカーヒストン(H1など)、クロマチン関連タンパク質、およびヒストンのメチル化や脱アセチル化などのエピジェネティックな修飾によって媒介される高次フォールディングによって引き起こされます。これらの要因により、ヌクレオソームの密集が促進され、DNAへのアクセス性が低下します。イオン濃度などの細胞条件や、細胞分裂や遺伝子サイレンシングなどのプロセスも、クロマチンの圧縮に寄与します。
