माइक्रोप्लेट सोनिकेटर सहकर्मी-समीक्षित प्रोटिओमिक्स अध्ययन में मान्य

Hielscher Ultrasonics ने घोषणा की है कि इसके UIP400MTP अल्ट्रासोनिक माइक्रोप्लेट सोनिकेटर को प्रोटिओमिक्स (2024) में प्रकाशित एक सहकर्मी-समीक्षित तुलनात्मक प्रोटिओमिक्स अध्ययन में सफलतापूर्वक मान्य किया गया है। अध्ययन से पता चलता है कि अल्ट्रासोनिक माइक्रोप्लेट-आधारित नमूना तैयारी प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य, उच्च गुणवत्ता वाले प्रोटीन अर्क को पूरी तरह से उन्नत शॉटगन प्रोटिओमिक्स और टर्मिनोमिक्स वर्कफ़्लो के साथ संगत प्रदान करती है।

प्रकाशन, “TermineR: शॉटगन प्रोटिओमिक्स डेटा से अंतर्जात प्रोटियोलिटिक प्रसंस्करण पर जानकारी निकालना”, मानक मास स्पेक्ट्रोमेट्री डेटासेट से सीधे अंतर्जात प्रोटियोलिसिस के विश्लेषण के लिए एक नया जैव सूचना विज्ञान ढांचा पेश करता है। विधि सत्यापन के हिस्से के रूप में, लेखकों ने तीन आमतौर पर इस्तेमाल किए जाने वाले ऊतक समरूपीकरण तकनीकों की तुलना की: मनका धड़कन (प्रीसेलीज़), स्नान सोनिकेशन (बायोरुपटर), और अल्ट्रासोनिक माइक्रोप्लेट सोनिकेशन UIP400MTP का उपयोग करके।

कृत्रिम प्रोटियोलिसिस के बिना तुलनीय प्रोटिओम कवरेज

तुलनात्मक अध्ययन का एक केंद्रीय उद्देश्य यह आकलन करना था कि क्या विभिन्न निष्कर्षण विधियां अर्ध-विशिष्ट पेप्टाइड्स की पहचान और मात्रा का ठहराव को प्रभावित करती हैं, जो अंतर्जात प्रोटियोलिटिक प्रसंस्करण का अध्ययन करने के लिए महत्वपूर्ण हैं। परिणाम बताते हैं कि UIP400MTP-आधारित अल्ट्रासोनिक निष्कर्षण पूरी तरह से विशिष्ट और अर्ध-विशिष्ट पेप्टाइड्स के लगातार अनुपात को बनाए रखते हुए, स्थापित यांत्रिक व्यवधान विधियों की तुलना में प्रोटिओम कवरेज प्राप्त करता है।
महत्वपूर्ण रूप से, डेटा प्रदर्शित करता है कि उच्च शक्ति अल्ट्रासोनिक माइक्रोप्लेट सोनिकेशन कृत्रिम प्रोटीन दरार का परिचय नहीं देता है, शब्दावली और अर्ध-विशिष्ट पेप्टाइड विश्लेषण में एक आम चिंता को संबोधित करता है। यह पुष्टि करता है कि UIP400MTP जैविक रूप से सार्थक प्रोटियोलिटिक हस्ताक्षरों को संरक्षित करते हुए कुशल नमूना व्यवधान प्रदान करता है।

निष्कर्षण विधियों में अर्ध-विशिष्ट पेप्टाइड्स की मात्रात्मक प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता –
पियर्सन सहसंबंध हीटमैप्स अर्ध-विशिष्ट पेप्टाइड्स की लॉग 2-रूपांतरित तीव्रता जंगली-प्रकार (डब्ल्यूटी, बाएं) और नॉक-आउट (केओ, दाएं) नमूनों के लिए विभिन्न प्रोटीन निष्कर्षण विधियों की तुलना करते हैं। उच्च सहसंबंध गुणांक (आमतौर पर ≥0.95) UIP400MTP अल्ट्रासोनिक माइक्रोप्लेट सोनिकेशन, मनका पिटाई (प्रीसेलीज़®), और स्नान सोनिकेशन (बायोरुपटोर)® के बीच मनाया जाता है, जो उत्कृष्ट मात्रात्मक समझौते का प्रदर्शन करता है। ये परिणाम पुष्टि करते हैं कि माइक्रोप्लेट-आधारित अल्ट्रासोनिकेशन सापेक्ष पेप्टाइड बहुतायत को संरक्षित करता है और मात्रात्मक प्रोटिओमिक्स और शब्दावली विश्लेषण के साथ पूरी तरह से संगत है।
अध्ययन और ग्राफिक्स: ©Cosenza-Contreras एट अल. 2024

मात्रात्मक प्रोटिओमिक्स में उच्च प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता

अध्ययन आगे निष्कर्षण विधियों में उच्च मात्रात्मक प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता की रिपोर्ट करता है। पेप्टाइड तीव्रता के पियर्सन सहसंबंध विश्लेषण से UIP400MTP-संसाधित नमूनों और मनका पिटाई या स्नान सोनिकेशन का उपयोग करके तैयार किए गए लोगों के बीच मजबूत समझौते का पता चला, सहसंबंध गुणांक आमतौर पर 0.95 से अधिक होते हैं।
ये निष्कर्ष इस बात की पुष्टि करते हैं कि अल्ट्रासोनिक माइक्रोप्लेट सोनिकेशन सापेक्ष पेप्टाइड बहुतायत को संरक्षित करता है, जिससे यह विभेदक प्रोटिओमिक्स, टीएमटी-आधारित मल्टीप्लेक्सिंग और रोग-केंद्रित अध्ययनों के लिए उपयुक्त है जिसमें सटीक मात्रात्मक तुलना की आवश्यकता होती है।

विशिष्टता और निष्कर्षण विधि द्वारा पहचाने गए पेप्टाइड अग्रदूतों की संख्या
तीन प्रोटीन निष्कर्षण विधियों में एंजाइमेटिक विशिष्टता (पूरी तरह से विशिष्ट, सी-टर्मिनल अर्ध-विशिष्ट, और एन-टर्मिनल अर्ध-विशिष्ट) द्वारा वर्गीकृत पहचाने गए पेप्टाइड अग्रदूतों की संख्या की तुलना: मनका पिटाई (प्रीसेलीज़®), स्नान सोनिकेशन (बायोरुप्टर),® और UIP400MTP का उपयोग करके अल्ट्रासोनिक माइक्रोप्लेट सोनिकेशन। डेटा जंगली प्रकार (WT) और नॉक-आउट (KO) माउस गुर्दे के नमूनों से जैविक प्रतिकृति के लिए दिखाया जाता है। परिणाम तुलनीय प्रोटिओम कवरेज और सभी निष्कर्षण विधियों में पेप्टाइड विशिष्टताओं के समान वितरण को प्रदर्शित करते हैं, यह दर्शाता है कि UIP400MTP-आधारित माइक्रोप्लेट सोनिकेशन गैर-विशिष्ट प्रोटियोलिटिक दरार को बढ़ाए बिना कुशल प्रोटीन निष्कर्षण प्रदान करता है।
अध्ययन और ग्राफिक्स: ©Cosenza-Contreras एट अल. 2024

उच्च-थ्रूपुट और मानकीकृत प्रोटिओमिक्स वर्कफ़्लो को सक्षम करना

पूरे 96-अच्छी तरह से प्लेटों के समानांतर प्रसंस्करण के साथ गैर-संपर्क अल्ट्रासोनिक ऊर्जा वितरण के संयोजन से, UIP400MTP उच्च-थ्रूपुट, मानकीकृत और स्वचालन-संगत नमूना तैयारी का समर्थन करता है। प्रकाशित अध्ययन में, सिस्टम को सफलतापूर्वक एक डीआईए-सक्षम, टीएमटी-लेबल वाले प्रोटिओमिक्स वर्कफ़्लो में एकीकृत किया गया था, जो पॉलीसिस्टिक किडनी रोग के माउस मॉडल पर लागू होता है।
लेखकों ने निष्कर्ष निकाला है कि माइक्रोप्लेट अल्ट्रासोनिकेशन आधुनिक शॉटगन प्रोटिओमिक्स के साथ पूरी तरह से संगत है और श्रम-गहन जैव रासायनिक संवर्धन चरणों की आवश्यकता के बिना अंतर्जात प्रोटियोलिसिस के विश्लेषण को सक्षम बनाता है।

वैज्ञानिक रूप से मान्य समाधानों के प्रति प्रतिबद्धता

“एक कठोर, सहकर्मी-समीक्षित तुलनात्मक अध्ययन में UIP400MTP को शामिल करना Hielscher Ultrasonics को रेखांकित करता है’ वैज्ञानिक रूप से मान्य नमूना तैयार करने की प्रौद्योगिकियां प्रदान करने की प्रतिबद्धता,” कंपनी के एक प्रतिनिधि ने कहा। “प्रोटिओमिक्स वर्कफ़्लो की मांग में स्वतंत्र सत्यापन मजबूत, प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य और स्केलेबल समाधान चाहने वाली प्रयोगशालाओं के लिए आवश्यक है।”
पूरा अध्ययन प्रोटिओमिक्स (डीओआई) में एक ओपन-एक्सेस प्रकाशन के रूप में उपलब्ध है: 10.1002/पीएमआईसी.202300491).

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