सोनिकेशन के साथ क्रोमैटिन कतरनी
क्रोमैटिन कतरनी कई एपिजेनेटिक्स और आणविक जीव विज्ञान वर्कफ़्लो में एक महत्वपूर्ण कदम है, विशेष रूप से क्रोमैटिन इम्यूनोप्रेसिपिटेशन (चिप), चिप-सीक और संबंधित परख में। लक्ष्य क्रोमैटिन को प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य डीएनए-प्रोटीन परिसरों में खंडित करना है, जबकि एपिटोप अखंडता को संरक्षित करना और नमूना हानि को कम करना है। उपलब्ध तरीकों में, अल्ट्रासोनिक क्रोमैटिन विखंडन एक व्यापक रूप से इस्तेमाल किया जाने वाला दृष्टिकोण बन गया है क्योंकि यह उत्कृष्ट प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता के साथ विश्वसनीय, अभिकर्मक-मुक्त विखंडन प्रदान करता है।
क्रोमैटिन कतरते समय मुझे क्या विचार करना चाहिए?
कुशल क्रोमैटिन कतरनी प्रयोगात्मक मापदंडों के सावधानीपूर्वक नियंत्रण की आवश्यकता होती है। अनुचित विखंडन उन टुकड़ों को उत्पन्न करके डाउनस्ट्रीम चिप प्रयोगों से समझौता कर सकता है जो या तो बहुत बड़े, अत्यधिक अवक्रमित, या नमूनों के बीच असंगत हैं।
सबसे महत्वपूर्ण कारकों में से एक वांछित टुकड़ा आकार वितरण है। अधिकांश चिप और चिप-सीक्यू अनुप्रयोगों के लिए, 100 और 600 बेस जोड़े के बीच क्रोमैटिन टुकड़े इष्टतम हैं। यह आकार सीमा जीनोमिक मैपिंग के लिए पर्याप्त रिज़ॉल्यूशन प्रदान करते हुए कुशल इम्यूनोप्रेक्टेशन को सक्षम बनाती है।
एक अन्य महत्वपूर्ण कारक sonication से पहले क्रॉसलिंकिंग दक्षता है। अधिकांश चिप वर्कफ़्लो में प्रोटीन-डीएनए इंटरैक्शन को स्थिर करने के लिए फॉर्मलाडेहाइड निर्धारण शामिल होता है। हालांकि, अत्यधिक क्रॉसलिंकिंग क्रोमैटिन को विखंडन के लिए अधिक प्रतिरोधी बना सकती है, जिसके लिए लंबे समय तक सोनिकेशन समय की आवश्यकता होती है और संभावित रूप से गर्मी के जोखिम में वृद्धि होती है।
तापमान नियंत्रण भी महत्वपूर्ण है। सोनिकेशन स्थानीयकृत ऊर्जा उत्पन्न करता है जो नमूना तापमान बढ़ा सकता है। ऊंचा तापमान डीएनए को नुकसान पहुंचा सकता है या प्रोटीन को विकृत कर सकता है, जिससे चिप के दौरान एंटीबॉडी की पहचान प्रभावित हो सकती है। इसलिए कई शोधकर्ता नमूना स्थिरता बनाए रखने के लिए शीतलन अंतराल के साथ संयुक्त स्पंदित सोनिकेशन चक्र करते हैं।
नमूना एकाग्रता और मात्रा भी विखंडन दक्षता को प्रभावित करती है। अत्यधिक केंद्रित क्रोमैटिन निलंबन को लंबे समय तक सोनिकेशन समय की आवश्यकता हो सकती है, जबकि छोटे नमूना मात्रा ओवर-प्रोसेसिंग को रोकने के लिए सटीक ऊर्जा वितरण की मांग करती है।
अंत में, सोनिकेशन डिवाइस की पसंद प्रयोगात्मक प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता को दृढ़ता से प्रभावित करती है। क्रोमैटिन कतरनी के लिए डिज़ाइन किए गए उपकरण आमतौर पर नियंत्रित अल्ट्रासोनिक ऊर्जा और मानकीकृत नमूना हैंडलिंग प्रदान करते हैं, जिससे कई नमूनों में लगातार विखंडन सक्षम होता है।
चिप के दौरान अल्ट्रासोनिक डीएनए बाल काटना – क्रोमैटिन इम्यूनोप्रिपिटेशन
क्रोमैटिन कतरनी के लिए मुझे कौन सा सोनिकेटर चुनना चाहिए?
विभिन्न प्रयोगशाला वर्कफ़्लो के लिए अलग-अलग सोनिकेशन कॉन्फ़िगरेशन की आवश्यकता होती है। इष्टतम प्रणाली काफी हद तक नमूना थ्रूपुट, मात्रा और प्रयोगात्मक प्रारूप पर निर्भर करती है।
जांच-प्रकार सोनिकेटर
एक जांच-प्रकार सोनिकेटर टाइटेनियम जांच के माध्यम से सीधे नमूने में अल्ट्रासोनिक ऊर्जा प्रदान करता है। यह कॉन्फ़िगरेशन बहुत उच्च ऊर्जा घनत्व प्रदान करता है और इसलिए व्यक्तिगत नमूनों में मजबूत क्रोमैटिन व्यवधान के लिए उपयुक्त है।
जांच सोनिकेटर इसके लिए विशेष रूप से उपयोगी हैं:
- छोटे से मध्यम नमूना संख्या
- कठिन-से-टुकड़ा क्रोमैटिन
- लचीले प्रयोगात्मक प्रोटोकॉल
मल्टी-ट्यूब सोनिकेटर - VialTweeter
एक साथ कई नमूनों को संसाधित करने वाली प्रयोगशालाओं के लिए, VialTweeter मल्टी-ट्यूब सोनिकेटर एक अत्यधिक प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य समाधान प्रदान करता है। सिस्टम शीशी धारक के माध्यम से अप्रत्यक्ष रूप से अल्ट्रासोनिक ऊर्जा प्रसारित करता है, जिससे कई सीलबंद ट्यूबों को समान परिस्थितियों में खंडित किया जा सकता है।
यह कॉन्फ़िगरेशन महत्वपूर्ण लाभ प्रदान करता है:
- कई नमूनों की समानांतर क्रोमैटिन कतरनी
- जांच संदूषण का उन्मूलन
- ट्यूबों के बीच उच्च प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता
- चिप नमूना तैयार करने के लिए सरलीकृत वर्कफ़्लो
इस तरह के मल्टी-ट्यूब सिस्टम नियमित चिप प्रयोगों और मध्यम-थ्रूपुट अध्ययनों के लिए अच्छी तरह से अनुकूल हैं।
माइक्रोप्लेट सोनिकेटर - UIP400MTP
उच्च-थ्रूपुट एपिजेनेटिक्स अध्ययन तेजी से माइक्रोप्लेट-आधारित नमूना प्रसंस्करण पर निर्भर करते हैं। UIP400MTP माइक्रोप्लेट सोनिकेटर को नमूनों को स्थानांतरित किए बिना सीधे मानक माइक्रोप्लेट्स में क्रोमैटिन को टुकड़े करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।
यह दृष्टिकोण सक्षम बनाता है:
- दर्जनों या सैकड़ों नमूनों का एक साथ प्रसंस्करण
- स्वचालन-अनुकूल वर्कफ़्लो
- कुओं में समान अल्ट्रासोनिक ऊर्जा वितरण
- नमूना प्रबंधन चरणों में महत्वपूर्ण कमी
बड़े चिप-सीक्यू स्क्रीनिंग परियोजनाओं या उच्च-थ्रूपुट एपिजेनेटिक अध्ययनों के लिए, माइक्रोप्लेट सोनिकेशन असाधारण मापनीयता और दक्षता प्रदान करता है। मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर UIP400MTP के लिए अच्छी तरह से अनुकूल है तरल हैंडलिंग सिस्टम और स्वचालित प्रयोगशाला वर्कफ़्लो में एकीकरण।
अन्य क्रोमैटिन कतरनी तकनीकों पर सोनिकेशन क्यों चुनना?
एंजाइमी दृष्टिकोण की तुलना में, चिप के लिए सोनिकेशन निष्पक्ष विखंडन प्रदान करता है, क्योंकि प्रक्रिया अनुक्रम-विशिष्ट एंजाइम गतिविधि पर निर्भर नहीं करती है। यह जीनोम-वाइड एपिजेनेटिक अध्ययनों के लिए विशेष रूप से महत्वपूर्ण है, जहां एक समान कवरेज आवश्यक है।
एक अन्य प्रमुख लाभ स्केलेबिलिटी है। अल्ट्रासोनिक सिस्टम एकल नमूने, कई ट्यूब, या पूरे माइक्रोप्लेट्स को समायोजित कर सकते हैं, जिससे प्रयोगशालाओं को अपने प्रयोगात्मक थ्रूपुट के लिए सबसे उपयुक्त कॉन्फ़िगरेशन का चयन करने की अनुमति मिलती है।
अंत में, sonication विखंडन मापदंडों पर उत्कृष्ट नियंत्रण प्रदान करता है। पल्स चक्र, अवधि और शक्ति के स्तर को समायोजित करके, शोधकर्ता मज़बूती से वांछित टुकड़ा आकार वितरण प्राप्त कर सकते हैं।
चिप नमूनों के अनुकूलित sonication द्वारा क्रोमैटिन विखंडन।
(ए) कोई कतरनी नहीं (जेल में लंबे टुकड़े);
(बी) इष्टतम विखंडन प्रोफ़ाइल (200-600 बीपी के साथ टुकड़ों का संवर्धन);
(सी) अतिरिक्त डीएनए विखंडन (200 बीपी से छोटे टुकड़ों का अधिक प्रतिनिधित्व)
© जरिलो एट अल., 2018
क्रोमैटिन कतरनी तकनीकों की तुलना
| क्रोमैटिन कतरनी विधि | सिद्धांत | लाभ | सीमाओं |
| सोनिकेशन | उच्च आवृत्ति ध्वनिक ऊर्जा यांत्रिक रूप से क्रोमैटिन को टुकड़े करती है। | अभिकर्मक-मुक्त विखंडन, अत्यधिक प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य परिणाम, ट्यून करने योग्य टुकड़ा आकार वितरण, क्रॉसलिंक्ड क्रोमैटिन के साथ संगत, एकल ट्यूबों से बहु-नमूना और माइक्रोप्लेट प्रारूपों तक स्केलेबल है। | सोनिकेशन उपकरण और सोनिकेशन मापदंडों के अनुकूलन की आवश्यकता है। |
| एंजाइमेटिक पाचन (MNase) | माइक्रोकोकल न्यूक्लियस न्यूक्लियोसोम के बीच डीएनए को पचाता है। | कोमल विखंडन और देशी क्रोमैटिन विश्लेषण के लिए उपयोगी। | एंजाइम पूर्वाग्रह, अनुक्रम वरीयता, पाचन को नियंत्रित करना मुश्किल, प्रयोगों के बीच संभावित परिवर्तनशीलता। |
| यांत्रिक बाल काटना (सुई/सिरिंज) | क्रोमैटिन बार-बार शारीरिक बल के माध्यम से बाधित होता है। | सरल विधि जिसके लिए न्यूनतम उपकरण की आवश्यकता होती है। | खराब प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता, टुकड़े के आकार पर सीमित नियंत्रण, कई नमूनों के लिए श्रम-गहन। |
| नेबुलाइजेशन | संपीड़ित वायु डीएनए को छोटे छिद्रों के माध्यम से विखंडन का कारण बनता है। | तेजी से विखंडन प्रक्रिया। | संभावित नमूना हानि, सीमित मापनीयता, विशेष उपकरणों की आवश्यकता होती है। |
मैं अल्ट्रासोनिक विखंडन के बाद क्रोमैटिन उपज की मात्रा कैसे निर्धारित और अर्हता प्राप्त करूं?
चिप के लिए sonication के बाद, शोधकर्ताओं को खंडित क्रोमैटिन की मात्रा और गुणवत्ता दोनों का मूल्यांकन करना चाहिए। यह सत्यापन चरण सुनिश्चित करता है कि क्रोमैटिन विखंडन ChIP-qPCR या ChIP-seq जैसे डाउनस्ट्रीम अनुप्रयोगों की आवश्यकताओं को पूरा करता है।
परिमाणीकरण आमतौर पर डीएनए एकाग्रता को मापने के साथ शुरू होता है। स्पेक्ट्रोफोटोमेट्रिक तरीके जैसे नैनोड्रॉप विश्लेषण या क्यूबिट डीएनए परिमाणीकरण जैसे फ्लोरोमेट्रिक परख डीक्रॉसलिंकिंग और शुद्धिकरण के बाद क्रोमैटिन उपज का विश्वसनीय अनुमान प्रदान करते हैं।
हालांकि, अकेले डीएनए एकाग्रता से यह पता नहीं चलता है कि विखंडन सफल रहा या नहीं। इसलिए शोधकर्ता इलेक्ट्रोफोरेटिक तकनीकों का उपयोग करके टुकड़े आकार वितरण का आकलन करते हैं। Agarose gel वैद्युतकणसंचलन डीएनए अंशों की कल्पना करने और यह सत्यापित करने के लिए आमतौर पर इस्तेमाल किया जाने वाला दृष्टिकोण है कि बहुमत लक्ष्य आकार सीमा के भीतर आते हैं।
अधिक उन्नत प्रयोगशालाएं अक्सर केशिका वैद्युतकणसंचलन प्रणालियों का उपयोग करती हैं, जैसे कि एगिलेंट बायोएनालाइज़र या टेपस्टेशन। ये प्लेटफ़ॉर्म सटीक आकार वितरण प्रोफाइल प्रदान करते हैं और शोधकर्ताओं को अति-विखंडन या अपूर्ण कतरनी का पता लगाने की अनुमति देते हैं।
अल्ट्रासोनिक विखंडन के बाद क्रोमैटिन गुणवत्ता का मूल्यांकन करते समय, शोधकर्ता आमतौर पर पुष्टि करते हैं:
- अधिकांश डीएनए टुकड़े 100-600 बीपी रेंज के भीतर आते हैं
- टुकड़ा वितरण प्रतिकृति नमूनों में सुसंगत है
- डीएनए का क्षरण न्यूनतम है
- कुल क्रोमैटिन उपज नियोजित चिप परख के लिए पर्याप्त है
उचित गुणवत्ता नियंत्रण यह सुनिश्चित करता है कि अल्ट्रासोनिक क्रोमैटिन कतरनी चरण प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य और जैविक रूप से सार्थक परिणाम उत्पन्न करता है।
निष्कर्ष: विश्वसनीय अनुसंधान के लिए अल्ट्रासोनिक क्रोमैटिन कतरनी
विश्वसनीय क्रोमैटिन कतरनी सफल चिप और एपिजेनेटिक्स अनुसंधान के लिए मौलिक है। अल्ट्रासोनिक विखंडन एक शक्तिशाली समाधान प्रदान करता है क्योंकि यह प्रयोगात्मक प्रारूपों की एक विस्तृत श्रृंखला में सटीक, प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य और अभिकर्मक-मुक्त क्रोमैटिन व्यवधान को सक्षम बनाता है।
सोनिकेशन मापदंडों को सावधानीपूर्वक अनुकूलित करके, टुकड़े आकार वितरण की पुष्टि करके, और उपयुक्त सोनिकेशन प्रणाली का चयन करके – चाहे एक जांच-प्रकार सोनिकेटर, मल्टी-ट्यूब VialTweeter, या उच्च-थ्रूपुट UIP400MTP माइक्रोप्लेट सोनिकेटर – शोधकर्ता लगातार क्रोमैटिन विखंडन प्राप्त कर सकते हैं जो उच्च गुणवत्ता वाले चिप और चिप-सीक्यू परिणामों का समर्थन करता है।
चूंकि एपिजेनेटिक्स अनुसंधान उच्च थ्रूपुट और अधिक प्रयोगात्मक प्रजनन क्षमता की ओर विस्तार करना जारी रखता है, अल्ट्रासोनिक क्रोमैटिन कतरनी आधुनिक आणविक जीव विज्ञान प्रयोगशालाओं के लिए उपलब्ध सबसे बहुमुखी और विश्वसनीय तरीकों में से एक है।
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क्रोमैटिन कतरनी के लिए UIP400MTP में ट्यूब रैक sonified
साहित्य/सन्दर्भ
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mittal, N., Guimaraes, J.C., Gross, T. et al. (2017): The Gcn4 transcription factor reduces protein synthesis capacity and extends yeast lifespan. Nat Commun 8, 457 (2017).
- Shih H.-T., Chen W.-Y., Liu K.-Y., Shih Z.-S., Chen Y.-J., Hsieh P.-C., et al. (2016): dBRWD3 Regulates Tissue Overgrowth and Ectopic Gene Expression Caused by Polycomb Group Mutations. PLoS Genetics 12(9): e1006262.
- José A. Jarillo, Dorota N. Komar, and Manuel Piñeiro (2018): The Use of the Chromatin Immunoprecipitation Technique for In Vivo Identification of Plant Protein–DNA Interactions. Chapter in book: Luis Oñate-Sánchez (ed.), Two-Hybrid Systems: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, vol. 1794, 2018.
- Einig, E., Jin, C., Andrioletti, V. et al. (2023): RNAPII-dependent ATM signaling at collisions with replication forks. Nature Communications 14, 5147 (2023)
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न
क्रोमैटिन क्या है?
क्रोमैटिन डीएनए और संबंधित प्रोटीन का संरचनात्मक परिसर है जो यूकेरियोटिक कोशिकाओं के नाभिक के भीतर आनुवंशिक सामग्री को व्यवस्थित करता है। क्रोमैटिन में प्राथमिक प्रोटीन हिस्टोन होते हैं, जिसके चारों ओर डीएनए को न्यूक्लियोसोम बनाने के लिए लपेटा जाता है। यह संगठन डीएनए को कॉम्पैक्ट करता है जबकि साथ ही साथ ट्रांसक्रिप्शन, प्रतिकृति और डीएनए मरम्मत जैसी प्रक्रियाओं के लिए आनुवंशिक जानकारी तक पहुंच को विनियमित करता है।
क्रोमैटिन के प्रकार क्या हैं?
क्रोमैटिन को आम तौर पर दो मुख्य रूपों में वर्गीकृत किया जाता है: यूक्रोमैटिन और हेटरोक्रोमैटिन। यूक्रोमैटिन शिथिल रूप से पैक किया जाता है और ट्रांसक्रिप्शनल रूप से सक्रिय होता है, जिससे जीन को ट्रांसक्रिप्शनल मशीनरी द्वारा आसानी से एक्सेस किया जा सकता है। हेटरोक्रोमैटिन अधिक सघन रूप से पैक किया जाता है और ट्रांसक्रिप्शनल रूप से निष्क्रिय होता है, जिसमें आमतौर पर दोहराए जाने वाले डीएनए अनुक्रम या जीन होते हैं जिन्हें चुप करा दिया जाता है। हेटरोक्रोमैटिन को आगे संवैधानिक हेटरोक्रोमैटिन में विभाजित किया जा सकता है, जो स्थायी रूप से संघनित रहता है, और वैकल्पिक हेटरोक्रोमैटिन, जो सेलुलर स्थितियों के आधार पर सक्रिय और निष्क्रिय अवस्थाओं के बीच स्विच कर सकता है।
क्रॉसलिंकिंग क्या है?
क्रॉसलिंकिंग एक जैव रासायनिक प्रक्रिया है जिसका उपयोग बायोमोलेक्यूल्स के बीच सहसंयोजक बंधन बनाकर बातचीत को स्थिर करने के लिए किया जाता है। क्रोमैटिन अनुसंधान में, क्रॉसलिंकिंग का उपयोग आमतौर पर विश्लेषण से पहले क्रोमैटिन के भीतर प्रोटीन-डीएनए इंटरैक्शन को संरक्षित करने के लिए किया जाता है। फॉर्मलाडेहाइड जैसे रासायनिक एजेंटों का उपयोग आमतौर पर डीएनए और संबंधित प्रोटीन के बीच प्रतिवर्ती सहसंयोजक लिंक बनाने के लिए किया जाता है, प्रभावी ढंग से “हिमांक” समय में एक विशिष्ट क्षण में आणविक बातचीत। यह स्थिरीकरण क्रोमैटिन कॉम्प्लेक्स को डीएनए और नियामक प्रोटीन के बीच मूल संघों को खोए बिना खंडित और संसाधित करने की अनुमति देता है, जो क्रोमैटिन इम्यूनोप्रेसिपिटेशन (चिप) जैसी तकनीकों के लिए आवश्यक है।
चिप क्या है?
क्रोमैटिन इम्यूनोप्रेगेशन (चिप) एक आणविक जीव विज्ञान तकनीक है जिसका उपयोग क्रोमैटिन के भीतर प्रोटीन और डीएनए के बीच बातचीत की जांच करने के लिए किया जाता है। इस पद्धति में, डीएनए-प्रोटीन परिसरों को पहले स्थिर किया जाता है, आमतौर पर क्रॉसलिंकिंग द्वारा, और क्रोमैटिन को तब खंडित किया जाता है। एक लक्ष्य प्रोटीन के लिए विशिष्ट एंटीबॉडी का उपयोग प्रोटीन-डीएनए परिसरों को इम्यूनोप्रेसिपिटेट करने के लिए किया जाता है, जिससे संबंधित डीएनए अनुक्रमों को अलग और विश्लेषण किया जा सकता है।
चिप किसके लिए प्रयोग किया जाता है?
चिप का उपयोग विशिष्ट डीएनए से जुड़े प्रोटीन जैसे ट्रांसक्रिप्शन कारकों, हिस्टोन संशोधनों या क्रोमैटिन-संबंधित नियामक प्रोटीन से बंधे जीनोमिक क्षेत्रों की पहचान करने के लिए किया जाता है। तकनीक को व्यापक रूप से जीन विनियमन, एपिजेनेटिक संशोधनों, ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर बाइंडिंग साइटों और क्रोमैटिन संरचना का अध्ययन करने के लिए लागू किया जाता है। जब मात्रात्मक पीसीआर (चिप-क्यूपीसीआर) या उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण (चिप-सीक्यू) जैसे डाउनस्ट्रीम विश्लेषणात्मक तरीकों के साथ जोड़ा जाता है, तो यह प्रोटीन-डीएनए इंटरैक्शन के जीनोम-वाइड मैपिंग को सक्षम बनाता है।
चिप के प्रकार क्या हैं?
प्रयोगात्मक डिजाइन और डाउनस्ट्रीम विश्लेषण के आधार पर क्रोमैटिन इम्यूनोप्रेसिपिटेशन के कई प्रकार मौजूद हैं। सबसे आम दृष्टिकोणों में चिप-क्यूपीसीआर शामिल है, जो विशिष्ट जीनोमिक क्षेत्रों के संवर्धन की मात्रा निर्धारित करता है; चिप-सीक्यू, जो जीनोम में प्रोटीन-डीएनए इंटरैक्शन को मैप करने के लिए अगली पीढ़ी के अनुक्रमण का उपयोग करता है; और चिप-चिप, जो डीएनए माइक्रोएरे विश्लेषण के साथ चिप को जोड़ती है। देशी चिप (एन-चिप) जैसे अतिरिक्त वेरिएंट, जो गैर-क्रॉसलिंक्ड क्रोमैटिन का विश्लेषण करता है, और क्रॉसलिंक्ड चिप (एक्स-चिप), जो प्रोटीन-डीएनए इंटरैक्शन को स्थिर करने के लिए रासायनिक क्रॉसलिंकिंग का उपयोग करता है, जांच किए जा रहे जैविक प्रश्न के आधार पर भी व्यापक रूप से उपयोग किया जाता है।
माइक्रोप्लेट सोनिकेटर UIP400MTP के साथ उच्च-थ्रूपुट क्रोमैटिन कतरनी
Hielscher Ultrasonics से उच्च प्रदर्शन अल्ट्रासोनिक homogenizers बनाती है प्रयोगशाला तक औद्योगिक आकार।