હાઇ-ઇન્ટેન્સિટી સોનિકેશનનો ઉપયોગ કરીને માઇક્રોપ્લેટ્સમાં યીસ્ટ સેલ લિસિસ
માઇક્રોબાયોલોજિસ્ટ્સ અને જીવન વિજ્ઞાન સંશોધકો સાથે કામ કરી રહ્યા છે saccharomyces cerevisiae, પિચિયા પાદરી / કોમાગાટેલા ફાફી, અને અન્ય યીસ્ટ સિસ્ટમ્સ પડકારને જાણે છે: યીસ્ટ કોષો મજબૂત છે, પ્રજનન કરી શકાય તેવા લિસિસ મુશ્કેલ હોઈ શકે છે, અને મેન્યુઅલ નમૂના વિક્ષેપ ઝડપથી અવરોધ બની જાય છે જ્યારે ઘણા સ્ટ્રેન, ક્લોન્સ, કલ્ચર શરતો અથવા અભિવ્યક્તિ રચનાઓની તપાસ કરવી આવશ્યક છે.
માઇક્રોબાયોલોજી, મોલેક્યુલર બાયોલોજી અને પ્રોટીન એનાલિટિક્સ માટે હાઇ-થ્રુપુટ યીસ્ટ લિસિસ
હિલશર માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર્સ જેમ કે UIP400MTP (400 ડબલ્યુ) અને UIP550MTP (550 ડબલ્યુ) માઇક્રોપ્લેટ્સમાં સીધા જ યાંત્રિક યીસ્ટ સેલ લિસિસ માટે ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સોલ્યુશન પ્રદાન કરે છે. પ્રોબ સાથે એક પછી એક નમૂનાઓ પર પ્રક્રિયા કરવાને બદલે, સમગ્ર માઇક્રોપ્લેટ્સને સમાન પરિસ્થિતિઓમાં સોનિકેશન કરી શકાય છે. આ અલ્ટ્રાસોનિક યીસ્ટ લિસિસને ઝડપી, વધુ પ્રજનન અને આધુનિક માઇક્રોબાયોલોજી, પ્રોટીન અભિવ્યક્તિ, એન્ઝાઇમ સ્ક્રીનિંગ અને ઓમિક્સ વર્કફ્લોમાં એકીકૃત કરવા માટે સરળ બનાવે છે.
શું તમને P. pastorisમાંથી રીકંબિનેન્ટ પ્રોટીન છોડવાની જરૂર છે, એન્જાઇમ અસેસ માટે ખમીર લિસેટ તૈયાર કરવા, પ્રોટીન વિશ્લેષણ માટે S. cerevisiae વિક્ષેપિત કરવા, અથવા બંદરખમીરના દશકાણાં ક્લોન્સને પૈરસલી સ્ક્રીન કરવાની જરૂર છે, હિલ્સેર માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર્સ કુશળ кавીટેશન આધારિત સેલ વિક્ષેપિતી યોગ્ય પ્રક્રિયા નિયંત્રણ સાથે આપે છે.
તમારે જરૂરી શું છે પુનરાવર્તનશીલ લિસિસ માટે એસ. સેરેવિસિયા, પી. પેસ્ટોરિસ, અથવા માઇક્રોપ્લેટમાં અન્ય ખમીર જાતો? અમને તમારું પ્લેટ ફોર્મેટ, નમૂના નું વોલ્યમ, સેલ ઘનત્વ, અને લક્ષ્ય વિશ્લેષક જણાવો. અમે તમારી UIP400MTP અથવા UIP550MTP વર્કફ્લો માટે યોગ્ય સોનિકેશન પેરામિટર નિર્ધારિત કરવામાં મદદ કરીશું.
શા માટે ખમીર કોષોને અસરકારક મેકેનિકલ લિસિસની જરૂર છે
યીસ્ટ કોષો ઘણા બેક્ટેરિયા અથવા સસ્તન કોષો કરતાં લાઇઝ કરવા માટે વધુ મુશ્કેલ છે કારણ કે તેઓ મુખ્યત્વે પોલિસેકરાઇડ્સથી બનેલી કઠોર કોષની દિવાલ દ્વારા સુરક્ષિત છે, ગ્લુકન્સ, મેનોપ્રોટીન અને ચિટિન. આ સેલ દિવાલ યાંત્રિક સ્થિરતા પ્રદાન કરે છે, પરંતુ તે ઇન્ટ્રાસેલ્યુલર પ્રોટીન, ન્યુક્લિક એસિડ્સ, ચયાપચય અને ઉત્સેચકોના પ્રકાશનને પણ મર્યાદિત કરે છે.
પરંપરાગત યીસ્ટ લિસિસ પદ્ધતિઓમાં મણકાના ધબકારા , ઉત્સેચક પાચન, ફ્રીઝ-પીગળવાના ચક્ર, રાસાયણિક લિસિસ અને પ્રોબ-ટાઇપ સોનિકેશનનો સમાવેશ થાય છે. આ પદ્ધતિઓ અસરકારક હોઈ શકે છે, પરંતુ તેમની મર્યાદાઓ પણ છે. મણકા બીટિંગ કાટમાળ અને ગરમી રજૂ કરી શકે છે, એન્ઝાઇમેટિક પાચન ખર્ચ અને વિવિધતા ઉમેરી શકે છે, અને જ્યારે મોટા નમૂના નંબરો પર પ્રક્રિયા કરવી આવશ્યક છે ત્યારે એકલ-નમૂના પ્રોબ સોનિકેશન સમય માંગી લે છે.
ઉચ્ચ-તીવ્રતા, કેન્દ્રિત અલ્ટ્રાસોનિક પોલાણ તીવ્ર યાંત્રિક શીયર દળો, દબાણની વધઘટ અને માઇક્રોસ્ટ્રીમિંગ પર યીસ્ટ સસ્પેન્શન લાગુ કરીને આ મર્યાદાઓને દૂર કરે છે. પરિણામ એ કોષની દિવાલો અને પટલનો ઝડપી વિક્ષેપ, સુધારેલ ઇન્ટ્રાસેલ્યુલર પ્રકાશન અને પ્લેટ ફોર્મેટમાં અત્યંત પ્રજનનક્ષમ નમૂના તૈયારી છે.
સમાંતર યીસ્ટ નમૂના તૈયારી માટે માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન
હિલ્સચર UIP400MTP અને UIP550MTP માઇક્રોપ્લેટ્સ, મલ્ટિવેલ પ્લેટો, પીસીઆર પ્લેટો અને યોગ્ય નમૂના રેક્સના સમાન સોનિકેશન માટે રચાયેલ છે. પ્રોબ સોનિકેશનથી વિપરીત, નમૂનાઓને વ્યક્તિગત રીતે સારવાર કરવાની જરૂર નથી. સંપૂર્ણ પ્લેટ નિયંત્રિત અલ્ટ્રાસોનિક energyર્જાના સંપર્કમાં આવે છે, જે વર્કફ્લોને સમાંતર નમૂના પ્રક્રિયા માટે ખૂબ યોગ્ય બનાવે છે.
આ ખાસ કરીને માટે ઉપયોગી છે:
- સ્ક્રીનીંગ એસ. સેરેવિસિયા મ્યુટન્ટ્સ અથવા અભિવ્યક્તિ તાણ
- લિસિસ ઓફ પી. પેસ્ટોરિસ / કે. ફેફી રિકોમ્બિનન્ટ પ્રોટીન અભિવ્યક્તિ પછી ક્લોન્સ
- એન્ઝાઇમ એસેસ માટે યીસ્ટ લાઇસેટ્સની તૈયારી
- એસડીએસ-પેજ માટે પ્રોટીન નિષ્કાલન, વેસ્ટર્ન બ્લોટ, એલિસા, એલસી-એમએસ / એમએસ, અથવા પ્રવૃત્તિ પરીક્ષણ
- ચયાપચય માટે ઇન્ટ્રાસેલ્યુલર મેટાબોલાઇટ્સનું પ્રકાશન
- યોગ્ય ડાઉનસ્ટ્રીમ શુદ્ધિકરણ પછી ડીએનએ અને આરએનએ નમૂનાની તૈયારી
- લિસિસ બફર્સ, એડિટિવ્સ અને નિષ્કાષણ શરતોનું ઉચ્ચ-થ્રુપુટ ઓપ્ટિમાઇઝેશન
ઉલ્ટ્રાસોનિક કેવિટેશન यीસ્ટ કોષોને કેવી રીતે તોડે છે
સોનિકેશન દરમિયાન, કેન્દ્રિત ઉચ્ચ-પાવર અલ્ટ્રાસાઉન્ડ પ્રવાહી નમૂનામાં વૈકલ્પિક સંકોચન અને દુર્લભ ચક્ર પેદા કરે છે. પૂરતી તીવ્રતામાં, આ દબાણની વધઘટ એકોસ્ટિક પોલાણ બનાવે છે. પોલાણના પરપોટા રચાય છે, ઓસિલેટ થાય છે અને તૂટી જાય છે, જે સ્થાનિક શીયર બળો, માઇક્રોજેટ્સ, તોફાન અને મજબૂત દબાણ ઢાળ ઉત્પન્ન કરે છે.
યીસ્ટ સસ્પેન્શનમાં, આ યાંત્રિક અસરો સેલ દિવાલ અને સેલ પટલને નબળી પાડે છે અને ફાડી નાખે છે. ઇન્ટ્રાસેલ્યુલર પ્રોટીન, ઉત્સેચકો, ન્યુક્લિક એસિડ્સ અને ચયાપચય લિસિસ બફરમાં મુક્ત થાય છે. પ્રક્રિયા યાંત્રિક હોવાથી, તેનો ઉપયોગ ઘણી જુદી જુદી બફર સિસ્ટમો સાથે થઈ શકે છે અને પ્રોટીઝ અવરોધકો, ઘટાડવાના એજન્ટો, ડિટર્જન્ટ, ક્ષારો અથવા હળવા ઉત્સેચક પૂર્વ-સારવાર સાથે જોડી શકાય છે.
સામાન્ય પ્રોટોકોલ: માઇક્રોપ્લેટમાં यीસ્ટ કોષ લાયસિસ
આ પ્રોટોકોલ Hielscher UIP400MTP અથવા UIP550MTP માઇક્રોપ્લેટ સോണિકેટરનો ઉપયોગ કરીને यीસ્ટ લાયસિસ માટે વ્યવહારિક શરૂઆત પ્રદાન કરે છે. પેરામીટર્સને यीસ્ટ સ્ટ્રેન, કોષ ঘનતા, લક્ષ્ય અણુ, બફર ઘટકો, પ્લેટ પ્રકાર, અને ડાઉનસ્ટ્રીમ આસે અનુસાર 최માઈક કરવું જોઈએ.
1. यीસ્ટ કોષોને ત્યાર કરવું અને ધોવાવું
Grow Saccharomyces, Pichia, Hansenula, Debaryomyces, or another yeast strain under the desired culture conditions. Harvest the cells by centrifugation and remove the culture medium. Wash the pellet with cold distilled water, PBS, or the selected lysis buffer to remove residual medium components that may interfere with downstream analysis.
પ્રોટીન નિષ્કાષણ માટે, નમૂનાઓને ઠંડા રાખો અને ઝડપથી કામ કરો. જો પ્રોટીઝ ચિંતાજનક હોય, તો તમામ બફર્સ અને કન્ઝ્યુમેબલ્સને પ્રી-કૂલ કરો.
2. સેલ પેલેટને ફરીથી શરૂ કરો
યોગ્ય ઠંડા લિસિસ બફરમાં યીસ્ટ પેલેટને ફરીથી સસ્પેન્ડ કરો. કાર્યક્ષમ પ્રોટીન પ્રકાશન માટે, ઉચ્ચ કોષ ઘનતા ઘણીવાર ફાયદાકારક હોય છે. પ્રારંભિક બિંદુ તરીકે, આશરે 10-20% ડબલ્યુ / વી વેટ સેલ પેલેટ અથવા ઓડીને અનુરૂપ ગાઢ સસ્પેન્શનનો ઉપયોગ કરો600 > 10, મૂલ્યાંકનના આધારે.
એક લાક્ષણિક યીસ્ટ પ્રોટીન લિસિસ બફરમાં શામેલ હોઈ શકે છે:
- બફર સિસ્ટમ જેમ કે ટ્રાઇસ-એચસીએલ, ફોસ્ફેટ બફર, અથવા એચઇપીઇએસ
- મીઠું જેમ કે એનએસીએલ અથવા કેસીએલ
- પ્રોટીઝ અવરોધક કોકટેલ
- ડીટીટી અથવા β-મર્કેપ્ટોઇથેનોલ જેવા વૈકલ્પિક ઘટાડવાના એજન્ટ
- વૈકલ્પિક ડિટર્જન્ટ જેમ કે ટ્રાઇટોન એક્સ -100, એનપી -40, એસડીએસ, અથવા સીએચએપીએસ, ડાઉનસ્ટ્રીમ સુસંગતતા પર આધાર રાખીને
- ફોસ્ફોરિલેશન અભ્યાસ માટે વૈકલ્પિક ફોસ્ફેટેઝ અવરોધકો
મુશ્કેલ યીસ્ટ તાણ અથવા ખૂબ જ સૌમ્ય પ્રોટીન નિષ્કાષણ માટે, ઝાયમોલિયસ, લિટિકેસ અથવા અન્ય સેલ-વોલ-પાચક એન્ઝાઇમ સાથે ટૂંકી પૂર્વ-સારવારનો ઉપયોગ સોનિકેશન પહેલાં કરી શકાય છે. આ એન્ઝાઇમેટિક પૂર્વ-સારવાર વૈકલ્પિક છે પરંતુ તે લિસિસની કાર્યક્ષમતામાં સુધારો કરી શકે છે અથવા જરૂરી અલ્ટ્રાસોનિક તીવ્રતા ઘટાડી શકે છે.
3. યોગ્ય માઇક્રોપ્લેટમાં નમૂનાઓ સ્થાનાંતરિત કરો
યીસ્ટ સસ્પેન્શનને સોનિકેશન-સુસંગત માઇક્રોપ્લેટમાં વિતરિત કરો. રાઉન્ડ-બોટમ પ્લેટો ઘણીવાર પસંદ કરવામાં આવે છે કારણ કે તે નમૂના સંગ્રહમાં સુધારો કરે છે અને ડેડ ઝોન ઘટાડે છે. પ્રજનનક્ષમતા સુધારવા માટે કુવાઓમાં સમાન નમૂના વોલ્યુમનો ઉપયોગ કરો.
Seal the plate with a suitable sealing mat or film to prevent evaporation, aerosol formation, and cross-contamination. Ensure that the seal is compatible with the selected temperature and sonication conditions.
Typical working volumes depend on the plate format and application. Common formats include 96-well plates, deep-well plates, PCR plates, or suitable tube racks.
4. Set Up Cooling
યીસ્ટ લિસિસને ઉચ્ચ અલ્ટ્રાસોનિક તીવ્રતાની જરૂર હોય છે, અને યાંત્રિક વિક્ષેપ ગરમી પેદા કરે છે. તાપમાન નિયંત્રણ તેથી મહત્વપૂર્ણ છે, ખાસ કરીને પ્રોટીન, એન્ઝાઇમ, આરએનએ અથવા ફોસ્ફોરિલેશન વિશ્લેષણ માટે.
યોગ્ય ઠંડક વ્યૂહરચનાનો ઉપયોગ કરો, જેમ કે:
- પ્રી-ચિલ્ડ લિસિસ બફર
- પ્રી-કૂલ્ડ માઇક્રોપ્લેટ્સ
- સોનિકેશન અંતરાલો વચ્ચે ઠંડક વિરામ
- સોનિકેશન પ્લેટફોર્મની બાહ્ય ઠંડક, જ્યાં લાગુ પડે છે
ધ્યેય એ છે કે પ્રોટીન ડિનેચ્યુરેશનને રોકવા માટે નમૂનાને પૂરતું ઠંડું રાખવું, એન્ઝાઇમ નિષ્ક્રિયકરણ, આરએનએ અધોગતિ અને ગરમી-પ્રેરિત નમૂનાની વિવિધતા.
5. યીસ્ટ સસ્પેન્શનને સોનિકેટ કરો
સીલબંધ પ્લેટને હિલ્સચર UIP400MTP અથવા UIP550MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરમાં મૂકો, અને સ્પંદન સોનિકેશન પ્રોગ્રામ પસંદ કરો. પલ્સિંગની ભલામણ કરવામાં આવે છે કારણ કે તે ઓન તબક્કાઓ દરમિયાન યાંત્રિક વિક્ષેપ અને બંધ તબક્કાઓ દરમિયાન ગરમીના વિસર્જનને મંજૂરી આપે છે.
યીસ્ટ સેલ લિસિસ માટે પ્રારંભિક બિંદુ તરીકે:
| પરિમાણ | ભલામણ કરેલ પ્રારંભિક શ્રેણી | હેતુ |
|---|---|---|
| કંપનવિસ્તાર | 60-100% | મજબૂત યીસ્ટ કોષો માટે ઉચ્ચ પોલાણની તીવ્રતા |
| પલ્સ મોડ | 10-30 સેકન્ડ ઓન / 30-60 સેકન્ડ ઓફ | નિયંત્રિત ગરમી બિલ્ડ-અપ સાથે કાર્યક્ષમ લિસિસ |
| સંચિત ઓન-ટાઇમ | 5-15 મિનિટ | તાણ, ઘનતા અને લક્ષ્ય પરમાણુ અનુસાર સમાયોજિત કરો |
| તાપમાન | નમૂનાઓ ઠંડા રાખો | પ્રોટીન, એન્સાયમ, RNA, અને મેટાબોલાઇટ્સની સંરક્ષા કરો |
| પ્લેટ સીલિંગ | સૂચવેલું | વાસ્ટવપન, એરોસોલ ઉત્પન્ન થવું, અને ક્રોસ-પ્રદૂષણ અટકાવે છે |
ઉચ્ચ પ્રતિસાદક્ષમ यीસ્ટ સસ્પેન્શન, ડેન્સ P. pastoris બાયોમાસ, અથવા મુશ્કેલ રિકોમ્બિનënt પ્રોટીન કાઢવા માટે, ક્યુમ્યુલેટિવ ON-ટાઈમ પગલાંવાર વધારશો. ગરમ્સેતિવપ્રોટીન અથવા એન્સાયમ અસેસ માટે, ટૂંકા પલ્સ, લાંબા કૂલિંગ વિરામ, અને ઓછો શરૂઆતી એમ્પ્લિટ્યૂડ વાપરો.
6. લાયસેટને સ્પષ્ટ કરો
સોનિકેશન પછી, માઇક્રોપ્લેટને સેન્ટ્રીફ્યુજ કરો અથવા સેન્ટ્રીફ્યુગેશન માટે નમૂનાઓને ટ્યુબમાં સ્થાનાંતરિત કરો. સેન્ટ્રીફ્યુગેશન દ્વારા યોગ્ય ગતિ અને તાપમાને સેલ કાટમાળ દૂર કરો. ડાઉનસ્ટ્રીમ વિશ્લેષણ માટે સુપરનેટન્ટ એકત્રિત કરો.
એપ્લિકેશનના આધારે, લાઇસેટનો ઉપયોગ આના માટે થઈ શકે છે:
- પ્રોટીનનું પ્રમાણીકરણ
- એન્ઝાઇમ પ્રવૃત્તિ એસેસ
- એસડીએસ-પેજ અને વેસ્ટર્ન બ્લોટિંગ
- એલિસા અને ઇમ્યુનોએસેસ
- એલસી-એમએસ / એમએસ પ્રોટીઓમિક્સ
- મેટાબોલાઇટ વિશ્લેષણ
- ડીએનએ અથવા આરએનએ શુદ્ધિકરણ
7. પદ્ધતિને ઑપ્ટિમાઇઝ કરો અને દસ્તાવેજીકરણ કરો
પ્રજનનક્ષમ યીસ્ટ લિસિસ માટે, તાણ, સંસ્કૃતિની સ્થિતિ, ઓડી600, ભીના સેલ સમૂહ, બફર રચના, પ્લેટ પ્રકાર, નમૂના વોલ્યુમ સહિતના તમામ સંબંધિત પરિમાણોનું દસ્તાવેજીકરણ કરો, કંપનવિસ્તાર, પલ્સ ચક્ર, સંચિત ઓન-ટાઇમ, ઠંડક પદ્ધતિ અને અંતિમ નમૂના તાપમાન.
જો હિલ્સચર સોનિકેટર સ્વચાલિત ડેટા રેકોર્ડિંગથી સજ્જ છે, તો પ્રક્રિયા ડેટાનો ઉપયોગ દસ્તાવેજીકરણ, પદ્ધતિ વિકાસ, સ્કેલ-અપ અને ગુણવત્તા નિયંત્રણ માટે થઈ શકે છે.
યીસ્ટ લિસિસ માટે ઑપ્ટિમાઇઝેશન ટીપ્સ
મહત્તમ પ્રોટીન પ્રકાશન માટે, ગાઢ ખમીર સસ્પેન્શન, ઉચ્ચ અલ્ટ્રાસોનિક તીવ્રતા અને પર્યાપ્ત સંચિત ઓન-ટાઇમનો ઉપયોગ કરો. સંવેદનશીલ પ્રોટીન માટે, કંપનવિસ્તાર ઘટાડો, ઠંડક વિરામ લંબાવો અને સમગ્ર રન દરમિયાન પ્લેટને ઠંડી રાખો.
જો લિસિસ અધૂરું હોય, તો સોનિકેશનનો સમય તબક્કાવાર વધારો, એન્ઝાઇમેટિક પૂર્વ-સારવારનું પરીક્ષણ કરો, નમૂના સ્નિગ્ધતા ઘટાડો, અથવા બફરને ઑપ્ટિમાઇઝ કરો. જો પ્રોટીન અધોગતિ કરે છે અથવા પ્રવૃત્તિ ગુમાવે છે, તો ઠંડકમાં સુધારો કરો, ઓન અંતરાલો ટૂંકા કરો, અવરોધકો ઉમેરો અને ચકાસો કે ડિટર્જન્ટ સિસ્ટમ લક્ષ્ય પ્રોટીન સાથે સુસંગત છે.
કારણ કે યીસ્ટ તાણ સેલ દિવાલની રચના, વૃદ્ધિનો તબક્કો, અભિવ્યક્તિ સિસ્ટમ અને બાયોમાસ ઘનતામાં નોંધપાત્ર રીતે અલગ પડે છે, ટૂંકા ઓપ્ટિમાઇઝેશન મેટ્રિક્સની ભલામણ કરવામાં આવે છે. ઉદાહરણ તરીકે, ત્રણ કંપનવિસ્તાર, બે પલ્સ ચક્ર અને બે કુલ ઓન-ટાઇમ્સનું પરીક્ષણ કરો, પછી લિસિસ કાર્યક્ષમતા અને પ્રોટીન અખંડિતતાનું મૂલ્યાંકન કરો.
ભલે તમે થોડી એસે પ્લેટો પર પ્રક્રિયા કરો અથવા ઉચ્ચ-થ્રુપુટ યીસ્ટ સ્ક્રીનિંગ ચલાવો, હિલ્સચર તમને યોગ્ય માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર પસંદ કરવામાં અને મજબૂત લિસિસ પ્રોટોકોલ વિકસાવવામાં મદદ કરી શકે છે. તમારા યીસ્ટ તાણ, વર્કફ્લો અને થ્રુપુટ આવશ્યકતાઓ સાથે અમારો સંપર્ક કરો!
યીસ્ટ લિસિસ માટે હિલ્સચર માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર્સના ફાયદા
હિલશર માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર્સ પ્રયોગશાળાઓ માટે આદર્શ છે જેને ઘણા નમૂનાઓમાં પ્રજનન લાયસિસની જરૂર છે. તેઓ પ્રોબ સોનિકેશનના ધીમા એક-નમૂના-એટ-ટાઇમ હેન્ડલિંગને દૂર કરે છે અને મેન્યુઅલ પ્રોબ પોઝિશનિંગ, નિમજ્જન ઊંડાઈ અને નમૂના-થી-નમૂના હેન્ડલિંગ તફાવતોને કારણે થતી વિવિધતાને ઘટાડે છે.
મુખ્ય ફાયદાઓમાં શામેલ છે:
- ઉચ્ચ-થ્રુપુટ પ્રક્રિયા: માઇક્રોપ્લેટ્સ અથવા સુસંગત નમૂના રેકમાં સમાંતર ઘણા યીસ્ટ નમૂનાઓને સોનિકેશન કરો.
- પ્રજનન શરતો: એકસમાન, તુલનાત્મક લિસિસ પરિણામો માટે તમામ કુવાઓમાં સમાન સોનિકેશન શરતો.
- કોઈ પ્રોબ ક્રોસ-પ્રદૂષણ નથી: સોનિકેશન દરમિયાન નમૂનાઓ સીલ રહે છે, કેરીઓવર અને સફાઈના પગલાઓ ઘટાડવા.
- મજબૂત કોષો માટે યોગ્ય: ઉચ્ચ-તીવ્રતા અલ્ટ્રાસાઉન્ડ ખમીર સેલ દિવાલોના વિક્ષેપને ટેકો આપે છે.
- કાર્યક્ષમ વર્કફ્લો: સ્ક્રીનિંગ સ્ટ્રેન્સ, ક્લોન્સ, અભિવ્યક્તિ શરતો અને લિસિસ બફર્સ માટે આદર્શ.
- કાર્યક્ષમ વર્કફ્લો: પ્રોગ્રામેબલ સેટિંગ્સ, સ્વચાલિત ડેટા લોગિંગ અને લેબ ઓટોમેશન માટે યોગ્ય છે.
ઇસ્ટ બાયોટેકનોલોજી અને લાઇફ સાયન્સ રિસર્ચમાં એપ્લિકેશન્સ
માઇક્રોપ્લેટ્સમાં અલ્ટ્રાસોનિક યીસ્ટ લિસિસ ઘણા સંશોધન અને સ્ક્રીનિંગ વર્કફ્લોને ટેકો આપે છે. રિકોમ્બિનન્ટ પ્રોટીન અભિવ્યક્તિમાં, પી. પેસ્ટોરિસ અને એસ. સેરેવિસિયા ક્લોન્સને અભિવ્યક્તિના સ્તર અથવા ઉત્સેચક પ્રવૃત્તિની તુલના કરવા માટે સમાંતર રીતે લાઇઝ કરી શકાય છે. સિસ્ટમ્સ બાયોલોજી અને ઓમિક્સમાં, પ્રમાણિત લિસિસ પરિસ્થિતિઓમાં તુલનાત્મક સુધારો કરે છે. માઇક્રોબાયોલોજીમાં, સોનિકેશન બહુવિધ તાણ, મીડિયા પરિસ્થિતિઓ અથવા તણાવની સારવારથી લાઇસેટ્સની ઝડપી તૈયારીને ટેકો આપે છે.
લાક્ષણિક એપ્લિકેશન ક્ષેત્રોમાં શામેલ છે:
- યીસ્ટ પ્રોટીન નિષ્કર્ષણ
- રિકોમ્બિનન્ટ પ્રોટીન સ્ક્રીનિંગ
- એન્ઝાઇમ પ્રવૃત્તિ સ્ક્રીનિંગ
- ટ્રાન્સફોર્મેશન પછી ક્લોન પસંદગી
- આથો ઓપ્ટિમાઇઝેશન
- પ્રોટીઓમિક્સ નમૂના તૈયારી
- મેટાબોલોમિક્સ નમૂના તૈયારી
- સેલ દિવાલ વિક્ષેપ અભ્યાસો
- ઉચ્ચ-થ્રુપુટ માઇક્રોબાયોલોજી મૂલ્યાંકન
વિશ્વસનીય યીસ્ટ લિસિસ સાથે શરૂ થાય છે. નિયંત્રિત સોનિકેશન
Yeast lysis can be difficult when sample numbers increase, but Hielscher microplate sonicators make the process faster, cleaner, and more reproducible. The UIP400MTP and UIP550MTP allow researchers to process complete plates under defined ultrasonic conditions, improving throughput while reducing manual handling.
માઇક્રોબાયોલોજિસ્ટ્સ, મોલેક્યુલર બાયોલોજિસ્ટ્સ, પ્રોટીન વૈજ્ઞાનિકો અને બાયોટેક પ્રયોગશાળાઓ માટે, માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન એ ઇન્ટ્રાસેલ્યુલર યીસ્ટ ઘટકોને અસરકારક અને પ્રજનન રીતે મુક્ત કરવા માટે એક શક્તિશાળી સાધન છે.
માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન દ્વારા યિસ્ટ કોષ લાઇસિસ વિશે ઘણીવાર પૂછાતા પ્રશ્નો
શું યિસ્ટ કોષોને સોનિકેશન દ્વારા લાઇસિસ કરી શકાય છે?
હા. Saccharomyces cerevisiae અને Pichia pastoris જેવી યિસ્ટ કોષોને હાઈ-ઈન્ટેન્સિટી સોનિકેશન દ્વારા લાઇસિસ કરી શકાય છે. અલ્ટ્રાસોનિક કાવિટેશન મજબૂત મેકેનિકલ શિયર ફોર્સ બનાવે છે જે યિસ્ટ કોષની ભિતિ અને મેમ્બ્રેનને વિક્ષિપ્ત કરે છે, જે પ્રોટીન, એન્ઝાઇમ, ન્યુક્લિક એસિડ અને મેટાબોલાઇટ્સને મુક્ત કરે છે.
યિસ્ટ કોષોને બેક્ટેરિયલ કોષો કરતા વધુ કઠિન કેમ હોય છે?
યિસ્ટ કોષોમાં મુખ્યત્વે ગ્લુકૅન્સ, મેનેપ્રોટીન અને ચિટિન બનેલું ગાઢ અને મેકેનિકલી રેઝિસ્ટન્ટ કોષ ભીતિ હોય છે. આ કઠોર સંરચના યિસ્ટને ઘણી બેક્ટેરિયલ અથવા સ્મૃધુમનો કોષ કરતાં વિક્ષિપ્ત કરવાને વધારે મુશ્કેલ બનાવે છે. તેથી, યિસ્ટ લાઇસિસ માટે સામાન્ય રીતે વધુ ઈન્ટેન્સિટી, લાંબી પ્રક્રિયા અથવા વૈકલ્પિક એન્ઝાઇમેટિક પૂર્વ-ઉપચારની જરૂર પડે છે.
કયા હીેલ્સચેર સોનિકેટર્સ માઇક્રોપ્લેટ્સમાં યિસ્ટ લિસિસ માટે યોગ્ય છે?
હીેલ્સચેર UIP400MTP અને UIP550MTP માઇક્રોપ્લેટ્સમાં ઉચ્ચ-પ્રવાહ યિસ્ટ લિસિસ માટે યોગ્ય છે. UIP400MTP નિયમિત સમાપલ તૈયાર કરવાના કામ માટે આદર્શ છે, જ્યારે UIP550MTP વધુ દબાણવાળા લિસિસ કાર્ય, ઘણી સસ્પેન્શન, અને મજબૂત યિસ્ટ પ્રજાતિઓ માટે ઉચ્ચ સોનિક શક્તિ પૂરી પાડે છે.
પીચિયા પાસ્ટોરીસને માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરમાં લાઇસ કરી શકાય શું?
હા. પીચિયા પાસ્ટોરીસ, જેને કોમાગા્ટેએલા ફાફી પણ કહે છે, તેને ઉચ્ચ-તીવ્ર માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશનથી લાઇસ કરી શકાય છે. કેમ કે પી. પાસ્ટોરીસ ઘન બાયોમાસ બનાવી શકે છે અને મજબૂત સેલ વૉલ ધરાવે છે, તેથી એમ્પ્લિટ્યુડ, પલ્સ સાયકલ, ઠંડક, અને કુલ સોનિકેશન સમયના ઓપ્ટિમાઈઝેશનની સલાહ આપવામાં આવે છે.
યિસ્ટ લિસિસ માટે સામાન્ય સોનિકેશન પેરામિટર્સ શું હોય છે?
એક ઉપયોગી પ્રારંભિક શ્રેણી 50-80% કંપનવિસ્તાર છે, ધબકારા ઓપરેશન જેમ કે 10-30 સેકન્ડ ઓન અને 30-60 સેકન્ડ બંધ, અને 5-15 મિનિટ સંચિત ઓન-ટાઇમ. ચોક્કસ પરિમાણો યીસ્ટ તાણ, સેલ ઘનતા, નમૂના વોલ્યુમ, પ્લેટ પ્રકાર, બફર અને લક્ષ્ય પરમાણુ પર આધાર રાખે છે.
ઇસ્ટ લાયસીસ પલ્સ મોડમાં કેમ કરવી જોઈએ?
પલ્સ મોડ સોનિકેશન દરમિયાન ગરમીના સંચયને ઘટાડે છે. ON તબક્કામાં, અલ્ટ્રાસોનિક કેવિટેશન કોષોને તોડે છે. OFF તબક્કામાં, નમૂનાને ઠંડું થવા દેવામાં આવે છે. આ મહત્વપૂર્ણ છે કારણ કે વધુ ગરમી પ્રોટીનને ડિનેચર, એન્ઝાઇમ પ્રવૃત્તિને ઘટાડે, RNAને નષ્ટ કરે અને પુનરાવર્તનક્ષમતા પર અસર કરે છે.
ઇસ્ટ કોષોને સોનિકેશન પહેલાં એન્ઝાઇમેટિક પૂર્વ-ચિકિત્સા જરૂરી છે કે નહી?
એન્ઝાઇમેટિક પૂર્વ-સારવાર હંમેશાં જરૂરી નથી, પરંતુ તે લિસિસ કાર્યક્ષમતામાં સુધારો કરી શકે છે. ઝાયમોલેઝ અથવા લિટિકેસ જેવા ઉત્સેચકો આંશિક રીતે ખમીર કોષની દિવાલને પચાવે છે અને સંપૂર્ણ લિસિસ માટે જરૂરી અલ્ટ્રાસોનિક તીવ્રતા અથવા સમયને ઘટાડી શકે છે. આ સંવેદનશીલ પ્રોટીન અથવા મુશ્કેલ તાણ માટે ઉપયોગી થઈ શકે છે.
યીસ્ટ સોનિકેશન દરમિયાન વધુ ગરમ થવાનું કેવી રીતે અટકાવી શકાય?
પ્રી-ચિલ્ડ બફર્સ, પલ્સ મોડ, કૂલિંગ વિરામ અને ઠંડા પ્લેટ સેટઅપનો ઉપયોગ કરો. માઇક્રોપ્લેટને સીલ રાખો અને શક્ય હોય ત્યાં તાપમાનનું નિરીક્ષણ કરો. સંવેદનશીલ પ્રોટીન માટે, ટૂંકા ઓન અંતરાલો, લાંબા OFF અંતરાલોનો ઉપયોગ કરો અને ઠંડી પરિસ્થિતિઓમાં નમૂનાઓ પર પ્રક્રિયા કરો.
શું માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન યીસ્ટ લિસિસ માટે મણકાના બીટિંગને બદલી શકે છે?
ઘણાં વર્કફ્લોઝમાં, હા. જયારે સાફ, પુનરાવર્તનક્ષમ અને પેરલલ લાઇસિસ જરૂરી હોય ત્યારે માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન બીડ બીટિંગની જગ્યા લઈ શકે છે. તે બીડ હેન્ડલિંગ ટાળે છે, ખર્ચવાખરી જટિલતા ઘટાડે છે, અને ઓટોમેશનને સરળ બનાવે છે. જોકે, દરેક એપ્લિકેશનનું પ્રમાણપત્ર લાયસિસ યિલ્ડ, પ્રોટીન ઇન્ટિગ્રિટી, અને એસે પરફોર્મન્સની તુલના કરીને કરવું જોઈએ.
શામ્સ સોરી, મોસ્ટ ઓફ ધ ટાઇમ માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન યિસ્ટમાંથી પ્રોટીન નિષ્કર્ષ માટે યોગ્ય છે?
હા. માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન ખાસ કરીને ત્યારે યિસ્ટમાંથી પ્રોટીન નિષ્કર્ષ માટે યોગ્ય છે જ્યારે અનેક ક્લોન્સ અથવા કલ્ચર કન્ડિશન્સની તુલના કરવી હોય. પ્રોટીઅઝ નિર્વૅદક, ઠંડા બફર્સ, અને નિયંત્રિત પલ્સ સેટિંગ્સ પ્રોટીનની ગુણવત્તા જાળવવામાં મદદ કરે છે.
શું એકજ પદ્ધતિ DNA, RNA, અને પ્રોટીન નિષ્કર્ષ માટે ઉપયોગ કરી શકાય છે?
સમાન મૂળભૂત સોનિકેશન સિદ્ધાંતોનો ઉપયોગ કરી શકાય છે, પરંતુ બફર અને પ્રક્રિયા શરતો ટાર્ગેટ મોલેક્યુલ માટે અનુરૂપ હોવી જોઇએ. પ્રોટીન વર્કફ્લોઝ માટે પ્રોટેઝ ઇનHIBિશન અને તાપમાન નિયંત્રણ જરૂરી છે. RNA વર્કફ્લોઝ માટે RNase મુક્ત હેન્ડલિંગ અને મજબૂત ઠંડક જરૂરી છે. DNA વર્કફ્લોઝ માટે જુદી લાયસિસ અને શુદ્ધિકરણ શરતોની જરૂર પડી શકે છે, ઉપર આધાર રાખે છે કે સંપૂર્ણ જૅનોમિક DNA કે ટુકડામાં વિભાજિત DNA જોઈતી છે.
ઈસ્ટ લાયસિસ માટે કઈ પ્રકારની પ્લેટ વાપરવી જોઈએ?
સોનિકેશન-સંગત માઇક્રોપ્લેટ અથવા ડીપ-વેલ પ્લેટ વાપરો જે યોગ્ય સીલિંગ ધરાવે. સસ્પેન્શન હેન્ડલિંગ માટે રાઉન્ડ-બોટમ પ્લેટો ઘણીવાર ઉપયોગી હોય છે. પ્લેટને પસંદ કરાયેલા સોનિકેશન શરતો, નમૂનાના તાપમાન અને સેન્ટ્રિફ્યુગેશન સ્ટેપ્સ સામે સહનશીલ હોવી જોઇએ.
મને કેવી રીતે ખબર પડે કે ઇસ્ટનો લાયસિસ પૂર્ણ થઈ ગયો છે?
lysis કાર્યક્ષમતા સૂક્ષ્મદર્શી, પ્રોટીન ઉપજ, એંઝાઇમ પ્રવૃત્તિ, ચીંચળપણું ઘટાડવું, SDS-PAGE વિશ્લેષણ, DNA/RNA ઉપજય, અથવા જાણીતાં લિસિસ પદ્ધતિ સાથે તુલના કરીને તપાસી શકાય છે. પદ્ધતિ વિકાસ માટે, રિલીઝ થયા હેતુના અણુની ઉપજ અને ગુણવત્તાનું મૂલ્યાંકન કરો.
UIP400MTP અથવા UIP550MTP: તમારે કયું માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર પસંદ કરવું જોઈએ?
UIP400MTP એ નિયમિત ઉચ્ચ-થ્રુપુટ નમૂના તૈયારી માટે એક શક્તિશાળી માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર છે, જેમાં યીસ્ટ લિસિસ, પ્રોટીન નિષ્કર્ષણ, ડીએનએ શીયરિંગ, બાયોફિલ્મ ડિટેચમેન્ટ અને એસે તૈયારીનો સમાવેશ થાય છે. તે પ્રયોગશાળાઓ માટે યોગ્ય છે જેને પ્રમાણભૂત પ્લેટ ફોર્મેટમાં પ્રજનન કરવાની જરૂર છે.
UIP550MTP વધુ અલ્ટ્રાસોનિક શક્તિ પ્રદાન કરે છે અને જ્યારે વધુ માંગણીઓવાળા એપ્લિકેશન્સ વધુ પ્રબળ ધ્વનિકીય તીવ્રતા, ટૂંકા પ્રક્રિયાકાળ, વધારે નમૂનાઓની લોડિંગ, અથવા વધુ મજબૂત વિઘટન સ્થિતિઓની જરૂરિયાત હોય ત્યારે તેની ભલામણ કરવામાં આવે છે. यीસ્ટ લાયસિસ માટે, UIP550MTP ખાસ કરીને ઘન બાયોમાસ, મુશ્કેલ સ્ટ્રેઇન્સ, મોટા વર્કિંગ વોલ્યુમ્સ, અને ઉચ્ચ-થ્રૂપુટ એક્સપ્રેશન સ્ક્રીનિંગ માટે ઉપયોગી છે.
માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેશન દ્વારા ઈસ્ટ લિસિસને સ્વચાલિત કરી શકાય છે?
હાં. માઇક્રોપ્લેટ આધારિત સોનિકેશન ઓટોમેટેડ લાબોરેટરી વર્કફ્લોઝ માટે ખૂબ યોગ્ય છે કારણ કે નમૂનાઓ પ્લેટ ફોર્મેટમાં રહે છે. આ પિપેટિંગ સિસ્ટમ્સ, પ્લેટ હેન્ડલિંગ, સેન્ટ્રિફ્યુગેશન, એસે તૈયારી અને હાઈ-થ્રુપુટ સ્ક્રીનિંગ વર્કફ્લોઝ સાથે એકીકરણને સમર્થન આપે છે.
સાહિત્ય / સંદર્ભો
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP550MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics 2024.



