Extraction de la matrice extracellulaire avec le sonicateur 96 puits UIP400MTP

Les méthodes traditionnelles d'extraction de la matrice extracellulaire (ME) impliquent souvent plusieurs étapes pour perturber la matrice du biofilm. Cependant, ces techniques peuvent prendre du temps et manquer de cohérence, ce qui entraîne une variabilité des résultats. Avec le sonicateur UIP400MTP pour plaques à 96 puits, le processus d'extraction de la matrice cellulaire est considérablement facilité, ce qui permet de désagréger le biofilm de manière très efficace, précise et uniforme dans des formats à haut débit. L'UIP400MTP utilise des ultrasons focalisés pour générer une cavitation contrôlée, décomposant efficacement la matrice du biofilm tout en préservant la viabilité et l'intégrité des cellules incluses dans le biofilm. L'utilisation de l'UIP400MTP améliore la reproductibilité et la précision des essais en aval, tels que les analyses métabolomiques et protéomiques, les tests de viabilité et les études de sensibilité aux antimicrobiens. En rationalisant l'extraction EM, l'UIP400MTP permet aux chercheurs d'obtenir des résultats cohérents et de haute qualité, offrant une vision plus approfondie de la dynamique des biofilms et des interactions avec les agents externes.

extraction de la matrice extracellulaire

La matrice extracellulaire (ME) est un composant essentiel des biofilms formés par des micro-organismes tels que Candida albicans. Composée de polysaccharides, de protéines, de lipides et d'ADN extracellulaire, la matrice extracellulaire assure l'intégrité structurelle, facilite l'adhésion aux surfaces et contribue de manière significative à la résistance aux antimicrobiens. L'extraction et l'analyse de l'EM sont essentielles pour comprendre la biologie des biofilms, élucider les mécanismes de résistance aux médicaments et identifier de nouvelles cibles thérapeutiques.

Protocole d'extraction de la matrice extracellulaire (ME) des biofilms de Candida albicans à l'aide de l'UIP400MTP

Ce protocole se concentre sur l'extraction de la matrice extracellulaire (EM) des biofilms statiques de Candida albicans. L'intégration du sonicateur UIP400MTP pour remplacer les étapes traditionnelles de raclage ou d'enzymage permet d'améliorer l'efficacité et la reproductibilité.

Matériel nécessaire

Instructions étape par étape pour l'extraction de l'EM

1. Formation d'un biofilm statique
   Pour les biofilms statiques, inoculer C. albicans dans les puits d'une plaque à 96 puits en utilisant le milieu RPMI-1640. Chaque puits doit contenir un volume constant d'inoculum (par exemple, 200 µl par puits).
   Incuber la plaque à 37°C en conditions statiques pendant 24 heures pour permettre la formation d'un biofilm à la surface des puits.
2. Préparation du biofilm pour l'extraction
   Après l'incubation, aspirer doucement et jeter le milieu usé de chaque puits sans perturber le biofilm.
   Rincer soigneusement chaque puits avec du PBS stérile (par exemple, 200 µl) pour éliminer les cellules non fixées et les débris planctoniques. Répéter cette étape deux fois.
   Ajouter du PBS frais ou le tampon d'extraction (par exemple, 200 µL) à chaque puits pour préparer la sonication.
3. Sonication avec UIP400MTP
   Placer la plaque à 96 puits contenant du PBS ou du tampon d'extraction dans le plateau du sonicateur UIP400MTP. Pour placer correctement la plaque multi-puits, suivez les instructions du manuel.
   Soniquer pendant 5 à 6 minutes à un rythme doux (amplitude de 60 %, mode pulsé), pour assurer une rupture uniforme de la structure du biofilm et la libération des composants de l'EM.
   Utilisez le contrôle de la température du sonicateur UIP400MTP (capteur de température et réglages) pour éviter de chauffer excessivement ou d'endommager l'échantillon.
4. Traitement à la résine échangeuse de cations (CER)
   Transférer le liquide soniqué de chaque puits dans une nouvelle plaque à 96 puits.
   Ajouter un volume double de suspension CER (préparée dans du PBS ou du tampon) à chaque puits (par exemple, 400 µl de volume total par puits).
   Sceller la plaque et l'incuber sur un agitateur de plaques ou un rotateur à 400 tr/min pendant 3 heures pour permettre la fixation et l'isolement des composants EM.
5. Séparation et filtration
   Centrifuger la plaque à 2 000 × g pendant 10 minutes pour séparer la résine et les cellules du surnageant.
   Transférer avec précaution le surnageant contenant l'EM de chaque puits dans une nouvelle plaque à 96 puits.
   Filtrer le surnageant sur un filtre de 0,22 µm à l'aide d'un système de vide à plaques ou équivalent afin d'obtenir un extrait EM propre.
6. Analyse de l'EM
   Utiliser des techniques telles que l'UPLC-Q-TOF-MS pour le profilage des métabolites non ciblés, ou employer des tests spécifiques (par exemple, BCA pour les protéines, les triglycérides et les kits de quantification des hydrates de carbone) pour caractériser les composants de l'EM.

Extraction à haut débit de la matrice extracellulaire

La grande efficacité de l'extraction de la matrice extracellulaire (ME) avec le sonicateur UIP400MTP a révolutionné la préparation des échantillons pour les essais nécessitant une analyse précise des propriétés du biofilm. L'UIP400MTP utilise des ondes ultrasoniques pour perturber précisément et uniformément la matrice du biofilm, ce qui permet de libérer efficacement les composants de la matrice extracellulaire tout en préservant la viabilité et l'intégrité des cellules. Cette approche améliore considérablement la fiabilité des essais tels que les tests de viabilité du biofilm, les études protéomiques et métabolomiques et les évaluations de la sensibilité aux antimicrobiens.

Pour les essais de récupération du biofilm, tels que le comptage des unités de formation de colonies (CFU), l'extraction EM avec l'UIP400MTP garantit un accès sans obstacle des réactifs aux cellules incluses dans le biofilm. De même, les analyses protéomiques et métabolomiques, telles que l'UPLC-Q-TOF-MS, bénéficient de l'isolement à haut rendement des protéines, des lipides et des métabolites. L'UIP400MTP permet également de réaliser des tests précis de sensibilité aux antimicrobiens, en déterminant avec exactitude les valeurs de la CMI et de la CMEB du biofilm. En outre, l'extraction efficace facilitée par l'UIP400MTP permet de réaliser des tests d'activité enzymatique, de quantifier les composants et d'effectuer des études structurelles, offrant ainsi des informations précieuses sur le rôle des matrices extracellulaires dans l'architecture du biofilm, l'adhésion et les mécanismes de résistance.

Cette méthode d'extraction reproductible à haut débit optimise la préparation des EM, garantissant des résultats supérieurs pour toute une série d'essais liés aux biofilms.