Suurten FFPE-näytemäärien esikäsittely: proteiinien uutto ja nukleiinihappojen pilkkominen leikkausvoimilla
Hielscher Ultrasonics vastaa formaliinilla fiksoitujen ja parafiiniin valettujen (FFPE) kudosten esikäsittelyn haasteisiin suurten näytemäärien käsittelyyn tarkoitetulla ultraäänilaitteella UIP400MTP. Tutustu siihen, miten ultraäänikäsittelyllä käsitellään suuria määriä FFPE-näytteitä parafiinin poistamiseksi, kudosten hajottamiseksi, homogenisoimiseksi, proteiinien uuttamiseksi ja DNA:n/RNA:n pilkkomiseksi leikkausvoimilla! Hyödynnä FFPE-kudosten esikäsittelyä ultraäänellä – käsittele suuria näytemääriä monikuoppalevyissä! Tuota korkealaatuisia näytteitä ja käsittele suuria näytemääriä luotettavien tutkimustulosten saamiseksi! Ja viimeisenä mutta yhtä tärkeänä: säästä aikaa ja rahaa!
Suurten näytemäärien ultraäänikäsittely helpottaa FFPE-näytteiden esikäsittelyä
Formaliinifiksaatio ja parafiiniin valaminen (FFPE) on yleisin menetelmä kiinteiden kudosten säilyttämiseen ja arkistointiin. Biomolekyylien uuttaminen FFPE-kudosnäytteistä aiheuttaa usein merkittäviä haasteita säilytettyjen näytteiden laadun vuoksi. Nämä näytteet ovat korvaamattomia molekyylibiologiassa ja kliinisessä tutkimuksessa ja tarjoavat runsaasti biologista tietoa retrospektiivisiin tutkimuksiin ja diagnostisten biomarkkereiden validointiin. Vaikka formaliinifiksaatio ja parafiiniin valaminen säilyttävät kudoksen rakenteen ja morfologian, ne vaikeuttavat korkealaatuisten nukleiinihappojen ja proteiinien uuttamista. Formaliini aiheuttaa nukleiinihappojen ja proteiinien ristisilloittumista, mikä johtaa molekyylien fragmentoitumiseen ja kemiallisiin muutoksiin. Tutustu siihen, miten suurten näytemäärien käsittelyyn tarkoitettu ultraäänilaite UIP400MTP ratkaisee FFPE-näytteiden esikäsittelyn haasteet!
Ultraäänilaite tehokkaaseen FFPE-näytteiden esikäsittelyyn
- Helppokäyttöinen työnkulku: yksinkertaistetut, käyttäjäystävälliset prosessit.
- Parafiinin poisto, proteiinien uutto, DNA:n / RNA:n pilkkominen leikkausvoimilla
- Suurten näytemäärien nopea käsittely: monikuoppalevyjen tehokas käsittely.
- Tehokas parafiinin poisto: proteiinien parempi liukoistaminen.
- Myrkyttömät liuottimet: vältetään haitallisten orgaanisten liuottimien, kuten ksyleenin, käyttö.
Suuria näytemääriä käsittelevä ultraäänilaite UIP400MTP suurten FFPE-näytemäärien käsittelyyn monikuoppalevyissä
Edistysaskeleet proteiinien uuttomenetelmissä FFPE-kudoksista
Hielscher Ultrasonics vastaa suurten FFPE-näytemäärien esikäsittelyn haasteisiin. Ultraäänikäsittelyssä ultraääniaallot synnyttävät mekaanista värähtelyä ja kohdennettua kavitaatiota, jotka hajottavat tehokkaasti solurakenteita ja tehostavat biomolekyylien liukoistamista. Tämä menetelmä on saavuttanut suosiota, koska se parantaa nukleiinihappojen ja proteiinien uuton tehokkuutta ja saantoa FFPE-kudoksista sekä DNA:n ja RNA:n pilkkomista leikkausvoimilla kirjastojen valmistelua varten. On erittäin tärkeää korostaa, että ultraäänikäsittely monikuoppalevyjen ultraäänilaitteella UIP400MTP säilyttää näiden biomolekyylien eheyden myöhempiä sovelluksia varten.
Nukleiinihappojen pilkkominen leikkausvoimilla suurten näytemäärien ultraäänikäsittelyssä
Suurten näytemäärien käsittelyyn tarkoitettu monikuoppalevyjen ultraäänilaite UIP400MTP nostaa FFPE-näytteiden esikäsittelyn uudelle tasolle. Tämä monikuoppalevyjen ultraäänikäsittelymenetelmä tarjoaa tehokkaan ja luotettavan ratkaisun useiden näytteiden samanaikaiseen käsittelyyn. Se mahdollistaa DNA:n, RNA:n ja proteiinien nopean ja toistettavan uuton. Nämä biomolekyylit ovat ratkaisevan tärkeitä monille analyysimenetelmille, kuten uuden sukupolven sekvensoinnille (NGS), kvantitatiiviselle PCR:lle ja proteomiikka-analyyseille. Ultraäänikäsittelyn parametrien, kuten amplitudin, keston ja lämpötilan, optimointi parantaa edelleen uutettujen biomolekyylien laatua ja määrää.
Monikuoppalevyille tarkoitettu ultraäänilaite UIP400MTP tarjoaa merkittäviä etuja FFPE-kudoksen DNA:n ja RNA:n fragmentointiin ja pilkkomiseen leikkausvoimilla. Yksi tämän järjestelmän merkittävimmistä ominaisuuksista on sen kyky tuottaa DNA- ja RNA-fragmentteja kapealla kokoalueella. Ultraäänikäsittelyn voimakkuutta voidaan säätää tarkasti, jotta saadaan lyhyitä, 150–200 emäsparin (bp) fragmentteja tai pidempiä, 15–20 kiloemäsparin (kbp) fragmentteja. Tämä monipuolisuus tekee laitteesta UIP400MTP korvaamattoman sekä lyhyiden että pitkien lukemien sekvensointisovelluksissa ja varmistaa korkealaatuiset tulokset uuden sukupolven sekvensoinnissa (NGS) ja koko genomin sekvensoinnissa (WGS). Fragmenttikoon tarkka hallinta on ratkaisevan tärkeää tutkijoille kaikilla genomiikan aloilla, sillä se mahdollistaa näytteiden valmistelun määritysten mukaisesti.
Ota yhteyttä ja tutustu edistyneisiin ratkaisuihin FFPE-kudosten käsittelyssä
Tutustu monikuoppalevyjen ultraäänilaitteeseen UIP400MTP, jolla biomolekyylit voidaan ottaa tehokkaasti talteen FFPE-näytteistä säilyttäen uutettujen nukleiinihappojen ja proteiinien eheys ja varmistaen tulosten toistettavuus. Tämä teknologia integroituu saumattomasti muihin näytteiden valmistelun ja analysoinnin työnkulkuihin ja sujuvoittaa sekä tehostaa arkistoituja FFPE-kudoksia hyödyntäviä molekyylitutkimuksia.
Fiksatiivit ja niiden vaikutukset
Fiksaatio on ratkaisevan tärkeä näytteiden esikäsittelyvaihe, joka säilyttää solurakenteet, pysäyttää biokemialliset reaktiot ja estää hajoamisen. Erilaisia fiksatiiveja käytetään kokeen erityisvaatimusten mukaan. Kaksi yleisintä fiksatiivia ovat formaldehydi ja paraformaldehydi, jotka ristisilloittavat proteiineja ja nukleiinihappoja säilyttäen solujen ja kudosten morfologian ja antigeenisyyden. Muita fiksatiiveja, kuten etanolia, metanolia ja glutaraldehydiä, käytetään erityissovelluksissa.
Formaldehydi- ja paraformaldehydifiksatiivit muodostavat metyleenisiltoja aminoryhmien välille, mikä johtaa proteiinien ristisilloittumiseen. Tämä prosessi immobilisoi tehokkaasti solujen komponentit ja säilyttää niiden eheyden myöhempien analyysivaiheiden aikana. Näiden fiksatiivien vaikutuksiin voivat vaikuttaa esimerkiksi pitoisuus, pH ja lämpötila. Näiden parametrien optimointi on ratkaisevan tärkeää solurakenteiden optimaalisen säilymisen varmistamiseksi.
FFPE-näytteiden ultraääniesikäsittelyn edut
Ultraäänikäsittely on tehokas fiksoitujen solujen ja kudosten hajotusmenetelmä, joka on tavanomaisia menetelmiä parempi. Se tarjoaa useita huomattavia etuja perinteisiin hajotusmenetelmiin verrattuna:
- Nopeus ja tehokkuus: Ultraäänihajotus hajottaa solut ja kudokset nopeasti ja lyhentää käsittelyaikaa merkittävästi mekaanisiin tai kemiallisiin hajotusmenetelmiin verrattuna. Ultraäänisondin tuottamat korkeataajuiset ääniaallot synnyttävät mekaanisia leikkausvoimia, jotka hajottavat fiksoituja solurakenteita. Tämä nopea ja tehokas hajotus antaa tutkijoille mahdollisuuden käsitellä suuria näytetilavuuksia lyhyessä ajassa.
- Hellävaraisuus ja säädettävyys: Ultraäänihajotus tarjoaa hellävaraisen hajotusmekanismin, joka minimoi herkkien biomolekyylien, kuten proteiinien, nukleiinihappojen ja entsyymien, vaurioitumisen. Toisin kuin mekaaniset menetelmät, jotka tuottavat liiallista lämpöä tai leikkausvoimia, ultraäänihajotus hyödyntää hallittua kavitaatiota solujen hajottamiseen säilyttäen solunsisäisten komponenttien eheyden ja toiminnallisuuden.
- Monipuolisuus: Ultraäänihajotusta voidaan käyttää eri fiksatiiveilla käsiteltyihin näytteisiin, joten tutkijat voivat työskennellä monenlaisten fiksoitujen näytteiden kanssa. Käytettiinpä formaldehydiä, paraformaldehydiä tai vaihtoehtoisia fiksatiiveja, ultraäänihajotus tuottaa johdonmukaisesti tehokkaan hajotuksen ja varmistaa solujen komponenttien optimaalisen talteenoton.
- Suuri saanto ja korkea laatu: Ultraäänihajotus mahdollistaa ehjien solukomponenttien suuren saannon, koska se pystyy hajottamaan fiksoidut solut ja kudokset tasaisesti. Näin myöhemmissä sovelluksissa, kuten proteiinianalyyseissä, nukleiinihappojen uutossa ja entsymaattisissa määrityksissä, voidaan saada luotettavia ja toistettavia tuloksia.
- Yhteensopivuus automaation kanssa: Ultraäänihajotus voidaan helposti integroida automatisoituihin järjestelmiin, mikä mahdollistaa suurten näytemäärien käsittelyn. Tämä yhteensopivuus antaa tutkijoille mahdollisuuden sujuvoittaa työnkulkuaan ja lisätä tuottavuutta erityisesti laajamittaisissa tutkimuksissa.
96-kuoppalevyjen ultraäänilaite UIP400MTP mikrotiitteri- ja monikuoppalevyjen ultraäänikäsittelyyn
Ultraäänihajotus on mullistanut fiksoitujen solujen ja kudosten hajottamisen ja tarjoaa lukuisia etuja perinteisiin hajotusmenetelmiin verrattuna. Sen nopeus, tehokkuus, selektiivisyys, monipuolisuus, suuri saanto ja yhteensopivuus automaation kanssa tekevät siitä korvaamattoman työkalun molekyylibiologian ja bioteknologian tutkimuksessa. Hielscher Ultrasonics tarjoaa sekä kosketuksettomia että sondityyppisiä ultraäänilaitteita ja siten biotieteelliseen sovellukseesi parhaiten sopivan ultraäänihomogenisaattorin. Halusitpa käsitellä yksittäisiä näytteitä, useita näytteitä tai erittäin suuria näytemääriä samanaikaisesti, tarjoamme sinulle parhaan ultraäänilaitteen tutkimus- ja diagnostiikkavaatimuksiisi.
Lue lisää Hielscherin kosketuksettomista ultraäänilaitteista useiden näytteiden ja suurten näytemäärien esikäsittelyyn!
- kertaluonteinen investointi
- käytä omia kulutustarvikkeitasi
- ei toistuvia kustannuksia valmistajakohtaisista lisävarusteista ja kulutustarvikkeista
- suurten näytemäärien käsittely
- tarkka säätö
- uusinta teknologiaa
- luotettavuus ja kestävyys
- säädettävä, tarkka prosessinohjaus
- teollisuustasoinen: voidaan käyttää jatkuvasti 24/7
- helppo ja turvallinen käyttää
- vähäinen huoltotarve
Levyjen ultraäänilaite UIP400MTP kaikille 96-kuoppalevyille, mikrotiitterilevyille ja monikuoppalevyille.
Suunnittelu, valmistus ja konsultointi – Saksassa valmistettua laatua
Hielscherin ultraäänilaitteet tunnetaan korkeimmista laatu- ja suunnittelustandardeistaan. Kestävyys ja helppokäyttöisyys mahdollistavat ultraäänilaitteidemme sujuvan integroinnin teollisuuslaitoksiin. Hielscherin ultraäänilaitteet selviytyvät helposti ankarista olosuhteista ja vaativista ympäristöistä.
Hielscher Ultrasonics on ISO-sertifioitu yritys, joka painottaa erityisesti suorituskykyisiä ultraäänilaitteita, joissa yhdistyvät uusin teknologia ja käyttäjäystävällisyys. Hielscherin ultraäänilaitteet ovat luonnollisesti CE-vaatimusten mukaisia ja täyttävät UL-, CSA- ja RoHs-vaatimukset.
Ota yhteyttä! / Kysy meiltä!
Ultraäänilaite UIP400MTP: Suurten FFPE-näytemäärien esikäsittely monikuoppalevyssä
Usein kysytyt kysymykset
Alla vastaamme usein kysyttyihin kysymyksiin, jotka liittyvät FFPE-kudosten esikäsittelyyn ja FFPE-näytteiden ultraäänikäsittelyyn.
Miten FFPE-kudos valmistellaan?
FFPE-kudoksen valmisteluvaiheet: tuoreen kudoksen huolellinen käsittely ja prosessointi ovat ratkaisevan tärkeitä korkealaatuisten FFPE-näytteiden tuottamiseksi. Solurakenteiden, nukleiinihappojen ja proteiinien säilymisen varmistaminen on välttämätöntä tarkalle myöhemmälle analyysille. Jokainen vaihe – keräämisestä parafiiniin valamiseen – vaatii tarkkuutta, jotta näyte säilyy ehjänä erilaisia analyysejä, kuten histologista tutkimusta, immunohistokemiaa ja molekyylitutkimuksia, varten. Oikein toteutettuna tämä fiksaatio- ja valuprosessi varmistaa, että säilytetty kudos vastaa tarkasti in vivo -tilaa, mikä mahdollistaa luotettavat diagnostiset tulokset ja tutkimustulokset.
Käymme läpi FFPE-kudosnäytteiden parafiiniin valamisen 6 päävaihetta.
- Kudoksen kerääminen
Sekä eläviltä nisäkkäiltä otetut biopsiat että kudosviljelmät ovat käyttökelpoisia tuoreen kudoksen lähteitä FFPE-näytteiden valmisteluun.
On tärkeää käyttää aseptista tekniikkaa: käytä steriilejä välineitä ja käsineitä kontaminaation välttämiseksi. Ihannetapauksessa kudokset kerätään steriilissä ympäristössä, kuten leikkaussalissa tai laminaarivirtauskaapissa.
Koska näyte on erittäin hauras, sen hellävarainen käsittely on välttämätöntä: minimoi käsittelyn viiveet ja aloita kudoksen jatkokäsittely välittömästi irrottamisen jälkeen. Tämä on ratkaisevan tärkeää autolyysin ja hajoamisen estämiseksi. Pidä kudos huoneenlämmössä; vältä jäädyttämistä, sillä se voi aiheuttaa jääkiteiden muodostumista ja kudosvaurioita. - Kudoksen fiksaatio
Ensin kudos käsitellään fiksatiiviliuoksella: käytä 10 %:n neutraalipuskuroitua formaliinia (NBF), joka vastaa 4 %:n formaldehydiliuosta vedessä, puskuroituna neutraaliin pH-arvoon.
Upota kudos kokonaan formaliiniin. Varmista, että fiksatiivin ja kudoksen tilavuussuhde on vähintään 10:1. Fiksaatioaika on tyypillisesti 6–24 tuntia kudoksen tyypin ja koon mukaan. On tärkeää, että fiksatiivi pystyy tunkeutumaan kudokseen kauttaaltaan. Ylifiksointi voi kuitenkin johtaa ristisilloittumiseen, joka vaikeuttaa antigeenien paljastamista, kun taas alifiksointi voi johtaa kudoksen huonoon säilymiseen. - Kudoksen leikkaaminen sopivaan kokoon
Toiseksi leikkaa kudos noin 3–5 mm:n paksuiseksi, jotta fiksatiivi pääsee tunkeutumaan siihen riittävästi. Varmista kudoksen oikea suuntaus, jotta olennaiset histologiset rakenteet saadaan mukaan. Tämä helpottaa uuttamista, kun kudosta myöhemmin käytetään analyysiin. - Fiksoidun näytteen käsittely
Nyt fiksoidusta kudoksesta on poistettava vesi: fiksaation jälkeen kudoksesta on poistettava vesi, jotta parafiinivaha pääsee tunkeutumaan siihen kauttaaltaan. Käsittele kudos asteittain väkevöityvässä etanolisarjassa (70 %, 80 %, 90 % ja 100 %) veden poistamiseksi.
Kirkastus ksyleenillä: parafiinivaha ei liukene veteen, mutta liukenee ksyleeniin. Siksi kudoksen vesi on korvattava ksyleenillä. Ksyleeni ei kuitenkaan itse liukene veteen, mutta liukenee alkoholiin, joten tarvitaan välivaihe, jossa vesi korvataan ensin alkoholilla. Upota kudos ksyleeniin tai ksyleenin korvaavaan aineeseen etanolin poistamiseksi ja kudoksen valmistelemiseksi parafiini-infiltraatioon.
Parafiini-infiltraatio: upota kudos sulaan parafiinivahaan ja varmista täydellinen infiltraatio. Tässä vaiheessa parafiini vaihdetaan tyypillisesti useita kertoja, jotta kudos kyllästyy kauttaaltaan. - Kudoksen valaminen parafiiniin
Tässä vaiheessa kudoksesta muodostetaan kudosblokki: aseta kudos muottiin haluttuun suuntaan ja kaada sen päälle sulaa parafiinia. Anna parafiinin jähmettyä jäähdyttämällä huoneenlämmössä tai kylmälevyllä. - Leikkeiden valmistus ja kiinnitys
Mikrotomia: leikkaa parafiiniin valetusta kudoksesta ohuita leikkeitä (tyypillisesti 4–5 mikrometriä) mikrotomilla. Tämän jälkeen näyte kiinnitetään asettamalla leikkeet objektilaseille myöhempää värjäystä ja mikroskooppista analyysiä varten.
Tarkista lopuksi histologinen laatu: arvioi ensimmäiset leikkeet mikroskoopilla asianmukaisen fiksaation ja käsittelyn varmistamiseksi. Muokkaa protokollia tarvittaessa kudostyypin ja havaitun laadun perusteella.
FFPE-kudoksista voidaan ottaa talteen RNA:ta, DNA:ta ja proteiineja sekä löytää merkkejä syövästä tai muista sairauksista. Niitä voidaan säilyttää vuosia, ja ne ovat olennainen osa sitä, miten tutkijat ja lääkärit hyödyntävät kudosnäytteitä diagnostiikassa ja tutkimuksessa.
Mitkä ovat FFPE-kudosten yleiset ongelmat ja haasteet?
Formaliinilla fiksoituja ja parafiiniin valettuja (FFPE) kudosnäytteitä käytetään laajalti tutkimuksessa ja diagnostiikassa, mutta niihin liittyy useita haasteita ja yleisiä ongelmia:
- Biomolekyylien hajoaminen: Pitkittynyt fiksaatio voi johtaa DNA:n, RNA:n ja proteiinien hajoamiseen, mikä vaikeuttaa korkealaatuisten nukleiinihappojen tai proteiinien uuttamista myöhempiä sovelluksia varten. Oikea fiksaatio (ali- ja ylifiksoinnin välttäminen) on välttämätöntä kudoksen säilymiselle.
- Antigeenien peittyminen: Fiksaatioprosessi voi peittää antigeenisiä kohtia ja heikentää vasta-aineiden sitoutumisen tehokkuutta immunohistokemiassa ja muissa immunologisissa määrityksissä. Tämä edellyttää usein antigeenien paljastamista eli menetelmää, jolla epitoopin peittyminen kumotaan ja epitoopin ja vasta-aineen sitoutuminen palautetaan. Täysi antigeenisyys ei kuitenkaan välttämättä aina palaudu.
- Fiksaation vaihteleva laatu: Erot fiksaatioajoissa ja -olosuhteissa voivat johtaa näytteiden epätasaiseen laatuun ja vaikuttaa tulosten toistettavuuteen ja vertailukelpoisuuteen. Käytä luotettavia fiksaatioprotokollia ja vältä ali- ja ylifiksointia.
- DNA-vauriot ja fragmentoituminen: FFPE-näytteiden formaliinifiksaatio voi aiheuttaa erilaisia DNA-vaurioita, kuten sytosiinin deaminaatiota (C:stä T:ksi muuttavia mutaatioita), oksidatiivisia vaurioita (esimerkiksi 8-oksoguaniinia, joka johtaa G:stä T:ksi muuttaviin mutaatioihin) sekä fyysisiä vaurioita, kuten yksijuosteisia katkoja, aukkoja ja emäksettömiä kohtia, jotka haittaavat DNA-polymeraasin toimintaa. Formaliinifiksaatio voi aiheuttaa DNA:n fragmentoitumista, mikä vaikeuttaa geneettisiä ja genomisia analyysejä, kuten PCR:ää ja sekvensointia.
- RNA:n laatu: FFPE-kudoksista uutettu RNA on usein fragmentoitunutta ja kemiallisesti muuntunutta, mikä vaikeuttaa korkealaatuisten transkriptomiikka-analyysien tekemistä.
- Proteiinien muutokset: Formaliini voi aiheuttaa proteiineissa kemiallisia muutoksia, jotka vaikuttavat niiden rakenteeseen ja toimintaan ja voivat häiritä proteomiikka-analyysejä.
- Näytteiden käsittelystä aiheutuvat artefaktit: Parafiiniin valamisen ja leikkeiden valmistuksen aikana mekaaninen rasitus ja lämpö voivat aiheuttaa artefakteja ja vaurioittaa kudosta lisää.
- Erien välinen vaihtelu: Eri erien fiksaatio- ja valuprotokollien vaihtelu voi johtaa merkittävään vaihteluun tuloksissa ja vaikeuttaa tutkimusten välisiä vertailuja.
- Säilytysongelmat: FFPE-blokkien pitkäaikainen säilytys voi johtaa hajoamisen lisääntymiseen ja nukleiinihappojen eheyden heikkenemiseen ajan myötä, mikä vaikuttaa arkistoitujen näytteiden käyttökelpoisuuteen retrospektiivisissä tutkimuksissa.
Ristisilloittuminen: Formaliinifiksaatio aiheuttaa proteiinien ja nukleiinihappojen ristisilloittumista, mikä voi haitata molekyylianalyysiä ja vaikuttaa immunohistokemian ja muiden määritysten tarkkuuteen.
Optimoitujen protokollien käyttö, näytteiden huolellinen käsittely ja edistyneiden menetelmien soveltaminen auttavat parantamaan FFPE-kudoksista saadun tiedon laatua ja luotettavuutta.
Mitä eroa on FFPE-kudoksella ja pakastetulla kudoksella?
FFPE-kudos (formaliinilla fiksoitu, parafiiniin valettu kudos) säilytetään fiksoimalla se formaliinilla ja valamalla sen jälkeen parafiinivahaan, mikä mahdollistaa pitkäaikaisen säilytyksen huoneenlämmössä kudoksen morfologian säilyessä. Pakastettu kudos puolestaan säilötään nopeasti jäädyttämällä, mikä säilyttää nukleiinihappojen ja proteiinien eheyden paremmin mutta edellyttää säilytystä erittäin alhaisissa lämpötiloissa.
Mitä kemikaaleja FFPE-kudosten parafiiniin valamisessa käytetään?
FFPE-kudosten parafiiniin valamisessa käytettävät kemikaalit ovat tavallisesti formaliini fiksaatiota varten ja parafiinivaha valamista varten. FFPE-valua varten kudokset fiksoidaan yleensä joko 10 %:n (v/v) neutraalipuskuroidulla formaliinilla (FA) tai juuri valmistetulla 4 %:n (w/v) formaldehydiliuoksella (PFA), joka valmistetaan paraformaldehydijauheesta. Formaliini, joka on formaldehydin vesiliuos, puskuroidaan neutraaliin pH-arvoon kudoksen morfologian säilyttämiseksi ja liiallisen ristisilloittumisen estämiseksi. Myös paraformaldehydipohjainen liuos tarjoaa tehokkaan fiksaation ristisilloittamalla proteiineja ja siten vakauttamalla kudosrakenteen myöhempää parafiinivahaan valamista varten. Nämä kemikaalit ovat välttämättömiä kudoksen eheyden ja morfologian säilyttämiseksi fiksaatio- ja valuprosessin aikana.
Miten parafiini poistetaan FFPE-näytteistä?
Parafiinin poistamiseksi FFPE-näytteistä kudosleikkeille tehdään tyypillisesti sarja ksyleenipesuja, minkä jälkeen ne rehydratoidaan asteittain laimenevassa alkoholisarjassa ja lopuksi vedessä. Koska ksyleeni on erittäin myrkyllistä ja aiheuttaa terveysriskejä, kuten hengitystieongelmia, ihoärsytystä ja mahdollisia pitkäaikaisvaikutuksia toistuvassa altistuksessa, parafiinin poisto ultraäänellä on nousemassa lupaavaksi vaihtoehdoksi monissa laboratorioissa. Tämä menetelmä käyttää voimakkaita ultraääniaaltoja parafiinin poistamiseen tehokkaasti ja turvallisesti ilman myrkyllisiä liuottimia, kuten ksyleeniä, mikä vähentää laboratoriohenkilöstöön kohdistuvaa riskiä ja luo turvallisemman työympäristön.
Kuinka kauan kudoksia pitäisi fiksoida FFPE-näytteiden hyvän laadun saavuttamiseksi?
Fiksaation kestoa koskevissa yleisissä suosituksissa ehdotetaan tyypillisesti kudosnäytteiden fiksoimista formaliinissa 24–48 tuntia. Tämä aika riittää yleensä säilyttämään kudoksen morfologian ja solurakenteet sekä minimoimaan ylifiksoinnin, joka voi johtaa liialliseen ristisilloittumiseen ja nukleiinihappojen ja proteiinien hajoamiseen. Optimaalinen fiksaatioaika voi kuitenkin vaihdella kudoksen koon ja tyypin mukaan, ja pienemmät tai herkemmät näytteet vaativat lyhyempiä fiksaatioaikoja. On ratkaisevan tärkeää varmistaa riittävä fiksaatio kudoksen autolyysin ja hajoamisen estämiseksi ja samalla välttää pitkittynyttä fiksaatiota, joka voisi vaikeuttaa myöhempiä molekyylianalyysejä.