Мікропланшетний сонатор підтверджено в рецензованому дослідженні з протеоміки

Hielscher Ultrasonics оголошує, що його ультразвуковий мікропланшетний сокатор UIP400MTP був успішно підтверджений у рецензованому порівняльному дослідженні протеоміки, опублікованому в Proteomics (2024). Дослідження демонструє, що ультразвукова підготовка зразків на основі мікропланшетів забезпечує відтворювані високоякісні білкові екстракти, повністю сумісні з передовими робочими процесами протеоміки та терміноміки.

Видання, “TermineR: Вилучення інформації про ендогенний протеолітичний процесинг з даних рушничної протеоміки”представляє нову біоінформатичну структуру для аналізу ендогенного протеолізу безпосередньо зі стандартних наборів даних мас-спектрометрії. В рамках валідації методу автори порівняли три найпоширеніші методи гомогенізації тканин: биття бісеру (Precellys), ультразвукова обробка у ванні (Bioruptor) та ультразвукова обробка мікропланшетів за допомогою приладу UIP400MTP.

Порівнянне покриття протеому без штучного протеолізу

Основною метою порівняльного дослідження було оцінити, чи впливають різні методи видобутку на ідентифікацію та кількісну оцінку напівспецифічних пептидів, які мають вирішальне значення для вивчення ендогенної протеолітичної обробки. Результати показують, що ультразвукова екстракція на основі UIP400MTP забезпечує покриття протеому, порівнянне з відомими методами механічного руйнування, зберігаючи при цьому стабільні пропорції повністю специфічних і напівспецифічних пептидів.
Важливо, що дані демонструють, що ультразвукова ультразвукова обробка мікропланшетів високої потужності не призводить до штучного розщеплення білка, що є загальною проблемою в термінології та напівспецифічному аналізі пептидів. Це підтверджує, що UIP400MTP забезпечує ефективне руйнування зразків при збереженні біологічно значущих протеолітичних сигнатур.

Кількісна відтворюваність напівспецифічних пептидів різними методами екстракції –
Кореляційні теплові карти Пірсона log2-трансформованих інтенсивностей напівспецифічних пептидів, що порівнюють різні методи екстракції білка для зразків дикого типу (WT, ліворуч) та нокаутованих (KO, праворуч). Високі коефіцієнти кореляції (зазвичай ≥0,95) спостерігаються між ультразвуковою обробкою мікропланшетів UIP400MTP, биттям бісеру (Precellys®) та ультразвуковою обробкою у ванні (Bioruptor®), що демонструє відмінну кількісну узгодженість. Ці результати підтверджують, що ультразвукове дослідження на основі мікропланшетів зберігає відносну кількість пептидів і повністю сумісне з кількісними аналізами протеоміки та терміноміки.
Дослідження та графіки: ©Cosenza-Contreras та ін. 2024

Висока відтворюваність у кількісній протеоміці

Дослідження також повідомляє про високу кількісну відтворюваність методів екстракції. Кореляційний аналіз інтенсивності пептидів за Пірсоном виявив сильну узгодженість між зразками, обробленими UIP400MTP, і зразками, отриманими за допомогою биття бісеру або ультразвукової обробки у ванні, з коефіцієнтами кореляції, що зазвичай перевищують 0,95.
Ці результати підтверджують, що ультразвукова обробка мікропланшетів зберігає відносну кількість пептидів, що робить її добре придатною для диференціальної протеоміки, мультиплексування на основі ТМТ та досліджень, орієнтованих на захворювання, що вимагають точних кількісних порівнянь.

Кількість ідентифікованих пептидних прекурсорів за специфічністю та методом екстракції
Порівняння кількості ідентифікованих попередників пептидів, класифікованих за ферментативною специфічністю (повністю специфічні, С-кінцеві напівспецифічні та N-кінцеві напівспецифічні) за допомогою трьох методів екстракції білків: биття білків (Precellys®), ультразвукова обробка у ванні (Bioruptor®) та ультразвукова обробка мікропланшетів за допомогою приладу UIP400MTP. Дані наведено для біологічних реплік із зразків нирок мишей дикого типу (WT) та нокаутованих (KO). Результати демонструють порівнянне покриття протеому та подібний розподіл специфічності пептидів за всіма методами екстракції, що свідчить про те, що ультразвукова обробка мікропланшетів на основі UIP400MTP забезпечує ефективну екстракцію білків без збільшення неспецифічного протеолітичного розщеплення.
Дослідження та графіки: ©Cosenza-Contreras та ін. 2024

Забезпечення високопродуктивних і стандартизованих робочих процесів протеоміки

Поєднуючи безконтактну доставку ультразвукової енергії з паралельною обробкою цілих 96-лункових планшетів, UIP400MTP підтримує високопродуктивну, стандартизовану і сумісну з автоматизацією підготовку зразків. В опублікованому дослідженні система була успішно інтегрована в робочий процес протеоміки з використанням DIA, мічених TMT, застосований до мишачої моделі полікістозу нирок.
Автори роблять висновок, що ультразвукове дослідження мікропланшетів повністю сумісне з сучасною рушничною протеомікою і дозволяє аналізувати ендогенний протеоліз без необхідності трудомістких етапів біохімічного збагачення.

Прихильність до науково обґрунтованих рішень

“Включення UIP400MTP в суворе, рецензоване порівняльне дослідження підкреслює Hielscher Ultrasonics’ зобов'язання надавати науково обґрунтовані технології підготовки зразків,” сказав представник компанії. “Незалежна валідація у вимогливих робочих процесах протеоміки має важливе значення для лабораторій, які шукають надійні, відтворювані та масштабовані рішення.”
Повна версія дослідження доступна у відкритому доступі в журналі Proteomics (DOI: 10.1002/pmic.202300491).

Знайдіть інформацію про багатолунковий пластинчастий сокатор UIP400MTP тут!