การกระจายตัวของดีเอ็นเออัลตราโซนิกสําหรับการจัดลําดับ Gen ถัดไป

การจัดลําดับรุ่นต่อไป (NGS) ต้องใช้การลดและการกระจายตัวของดีเอ็นเอจีโนมที่เชื่อถือได้เพื่อจัดลําดับเส้นดีเอ็นเอจีโนมและสร้างห้องสมุดจีโนม การกระจายตัวของดีเอ็นเอที่ควบคุมเป็นชิ้นส่วนดีเอ็นเอเป็นขั้นตอนการเตรียมตัวอย่างที่จําเป็นก่อนที่จะมีการจัดลําดับดีเอ็นเอ Ultrasonication ได้รับการพิสูจน์ว่าเป็นเทคนิคที่มีประสิทธิภาพและเชื่อถือได้สําหรับการกระจายตัวของดีเอ็นเอที่มีความยาวที่แน่นอน โปรโตคอลการกระจายตัวของดีเอ็นเออัลตราโซนิกบรรลุผลการกระจายตัวที่ทําซ้ําได้ ไฮลเชอร์ ultrasonicators มีความสามารถในการผลิตความหลากหลายของการกระจายขนาดชิ้นส่วนดีเอ็นเอจีโนม, ควบคุมได้อย่างแม่นยําผ่านพารามิเตอร์การดําเนินงาน. เนื่องจากระบบเฉือนดีเอ็นเออัลตราโซนิก Hielscher มีให้สําหรับขวดเดียวและหลายเช่นเดียวกับไมโครเพลทการเตรียมตัวอย่างจึงมีประสิทธิภาพสูง

ลําดับถัดไป: การกระจายตัวของดีเอ็นเออัลตราโซนิกสําหรับการเตรียมห้องสมุด

ในการดําเนินการจัดลําดับรุ่นต่อไปจะต้องดําเนินการขั้นตอนพื้นฐานของ (1) การเตรียมห้องสมุด (2) การจัดลําดับและ (3) การวิเคราะห์ข้อมูล ในระหว่างการเตรียมห้องสมุดดีเอ็นเอจะถูกแยกส่วนจากนั้นปลายชิ้นส่วนจะได้รับการซ่อมแซม (ขัด) โดยการเพิ่มฐานอะดีนีนเดียวและชิ้นส่วนเป้าหมายจะถูกแปลงเป็นดีเอ็นเอสองเส้น ในที่สุดอะแดปเตอร์ที่เรียกว่าจะแนบมาด้วย ligation, PCR หรือแท็กเพื่อให้ผลิตภัณฑ์ดีเอ็นเอห้องสมุดขั้นสุดท้ายสามารถปริมาณสําหรับการจัดลําดับ
การกระจายตัวของดีเอ็นเอโดยใช้ Sonication: โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อเทคโนโลยีการจัดลําดับการอ่านสั้น ๆ เช่น Illumina ซึ่งไม่สามารถอ่านชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ยาวขึ้นได้อย่างง่ายดายดีเอ็นเอยืนจะต้องแยกส่วนให้มีขนาดที่แน่นอนซึ่งสามารถทําได้อย่างน่าเชื่อถือโดยการ ultrasonication
Ultrasonication สามารถใช้ที่เชื่อถือได้สําหรับดีเอ็นเอ RNA และการกระจายตัวของโครมาติน

การกระจายตัวของดีเอ็นเออัลตราโซนิกทํางานอย่างไร?

Sonication หรือที่เรียกว่าการประมวลผลตัวอย่างอะคูสติกเป็นวิธีที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการแยกดีเอ็นเอ สําหรับเฉือนดีเอ็นเออัลตราโซนิกตัวอย่างจะสัมผัสกับคลื่นอัลตราโซนิกภายใต้เงื่อนไขการควบคุม หลักการทํางานของการกระจายตัวของดีเอ็นเออัลตราโซนิกขึ้นอยู่กับการสั่นสะเทือนและโพรงอากาศที่สร้างขึ้นโดยคลื่นอัลตราซาวนด์ แรงเฉือนที่เป็นผลมาจากโพรงอากาศอัลตราโซนิก (อะคูสติก) แบ่งโมเลกุลน้ําหนักโมเลกุลสูงดีเอ็นเอโมเลกุล การตั้งค่าของ sonication เช่นความเข้ม (แอมพลิจูดระยะเวลา) โหมดการเต้นของชีพบและอุณหภูมิช่วยให้การกระจายตัวของดีเอ็นเอที่แม่นยําตามความยาวที่ต้องการของชิ้นส่วนดีเอ็นเอ ในขณะที่ดีเอ็นเอมักจะลดลงถึง 100 ถึง 600 bp โดยใช้ ultrasonication ชิ้นส่วนดีเอ็นเออีกต่อไปได้ถึง 1300 bp สามารถรับได้เมื่อใช้เงื่อนไขอัลตราโซนิกอ่อน

การควบคุมอุณหภูมิเพื่อป้องกันการย่อยสลายดีเอ็นเอ

รูปร่างโมเลกุลสองชั้นของดีเอ็นเอมีความไวสูงต่ออุณหภูมิสูงเพื่อให้การควบคุมอุณหภูมิที่แน่นอนในระหว่างขั้นตอนการเตรียมตัวอย่างเป็นปัจจัยสําคัญสําหรับผลการวิเคราะห์ที่เชื่อถือได้
ไม่ว่าคุณจะใช้เครื่องวัดอัลตราโซนิกโพรบของ Hielscher, VialTweeter หรือ UIP400MTP – การตรวจสอบและควบคุมอุณหภูมิอย่างต่อเนื่องจะมั่นใจได้เนื่องจากเซ็นเซอร์อุณหภูมิที่เสียบได้และซอฟต์แวร์อุปกรณ์อัจฉริยะ เพื่อรักษาอุณหภูมิภายในช่วงที่กําหนดคุณสามารถตั้งค่าขีด จํากัด อุณหภูมิบนและล่าง ดังนั้น ultrasonicator จะหยุดชั่วคราวทันทีที่อุณหภูมินี้เกินและโดยอัตโนมัติจะยังคง sonicate เมื่ออุณหภูมิลดลงโดยชุด ∆T
ซอฟต์แวร์ที่ซับซ้อนของ Ultrasonicators Hielscher ช่วยให้มั่นใจในการบํารุงรักษาที่เชื่อถือได้ของเงื่อนไขการรักษาตัวอย่างในอุดมคติ

การกระจายตัวของดีเอ็นเอตัวอย่างมวลด้วยเครื่องอัลตราโซนิกแผ่นหลายหลุม UIP400MTP

ตัวเลขตัวอย่างในวิทยาศาสตร์ชีวภาพเพิ่มขึ้นอย่างมีนัยสําคัญภายในทศวรรษที่ผ่านมา ซึ่งหมายความว่าต้องประมวลผลตัวอย่างจํานวนมาก (เช่น 384, 1536 หรือ 3456 หลุมต่อไมโครเพลท) ระหว่างการเตรียมตัวอย่างและการวิเคราะห์ภายใต้เงื่อนไขที่เท่าเทียมกันอย่างสม่ําเสมอเพื่อให้ได้ผลลัพธ์ที่เทียบเคียงและถูกต้อง ด้วย UIP400MTP ไฮเอลเชอร์อัลตราโซนิกเป็นไปตามแนวโน้มของการประมวลผลตัวอย่างมวล UIP400MTP เป็น ultrasonicator สําหรับการเตรียมตัวอย่างโดยใช้ไมโครเพลท UIP400MTP สามารถประมวลผลแผ่นที่มี 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 หรือ 3456 หลุม โดยทั่วไปบ่อน้ําแต่ละบ่อสามารถเก็บปริมาตรตัวอย่างระหว่างหลายสิบนาโนลิตรถึงหลายมิลลิลิตรทั้งนี้ขึ้นอยู่กับชนิดไมโครเพลท ใช้กันอย่างแพร่หลายในการวิจัยวิทยาศาสตร์ชีวภาพ UIP400MTP มักใช้สําหรับการเตรียมตัวอย่างก่อนการทดสอบเช่น ELISA (การทดสอบภูมิคุ้มกันที่เชื่อมโยงเอนไซม์) หรือ PCR ก่อนการวิเคราะห์โปรตีนรวมถึงการเตรียมโครมาตินก่อน CHiP และ CHiP-seq การระบุการปรับเปลี่ยน histone และการรักษาเชิงวิเคราะห์อื่น ๆ (เช่นอิเล็กโทรโฟเรซิสเจลสเปกโตรเมตรีย์มวล)

VialTweeter สําหรับตัวอย่างการประณามได้ถึง 10 ขวด

VialTweeter เป็นเครื่องอัลตราโซนิกห้องปฏิบัติการ VialTweeter ที่ใช้กันอย่างแพร่หลายซึ่งช่วยให้ sonication ที่มีประสิทธิภาพและสะดวกสบายได้ถึง 10 ขวดพร้อมกัน เนื่องจากขวดและหลอดทดลอง (เช่นขวด Eppendorf ขวด cryo หลอดหมุนเหวี่ยง) จึงถูก sonicated ทางอ้อมจึงหลีกเลี่ยงการปนเปื้อนข้ามใด ๆ เนื่องจากความเข้มอัลตราซาวนด์เดียวกันจะถูกส่งไปยังแต่ละตัวอย่างผลลัพธ์ sonication ทั้งหมดเป็นเนื้อเดียวกันและทําซ้ําได้ VialTweeter มีคุณสมบัติสมาร์ททั้งหมดเช่นอุปกรณ์ดิจิทัลอื่น ๆ ของเรา (เช่นเมนูอัจฉริยะการตั้งค่าที่ตั้งโปรแกรมได้การควบคุมอุณหภูมิการควบคุมระยะไกล ฯลฯ ) เพื่อให้มั่นใจได้ถึงความสะดวกสบายสูงสุดของผู้ใช้

หัววัดหลายนิ้วสําหรับแผ่นไมโครเวลล์

ใช้ได้สําหรับโพรบอัลตราโซนิก homogenizers UP200Ht และ UP200St, หัววัดหลายนิ้วที่มี 4 หรือ 8 นิ้วเป็นตัวเลือกที่สะดวกสบายในการ sonicate หลายตัวอย่างในเวลาเดียวกันภายใต้เงื่อนไขเดียวกัน ตัวอย่างเช่น sonotrode MTP-24-8-96 เป็นโพรบแปดนิ้วซึ่งเหมาะสําหรับการรวมเข้ากับระบบอัตโนมัติหรือการเตรียมตัวอย่างด้วยตนเองที่มีประสิทธิภาพของหลุมของแผ่นหลายดี sonotrode หลายนิ้วเหมาะสําหรับห้องปฏิบัติการอัตโนมัติซึ่งส่วนใหญ่บีกเกอร์และหลอดทดลองโดยใช้ sonotrode อัลตราโซมาตรฐานจะถูกประมวลผล หัววัดหลายนิ้วและมาตรฐานสามารถเปลี่ยนแปลงได้อย่างรวดเร็วระหว่างภายในไม่กี่นาทีเปลี่ยนอัลตราโซนิกโพรบเดียวเป็นเครื่องรบกวนอัลตราโซนิกหลายโพรบ

Hielscher อัลตราโซนิกสําหรับการกระจายตัวของดีเอ็นเอ

Hielscher Ultrasonics นําเสนอแพลตฟอร์มอัลตราซาวนด์ต่างๆสําหรับ DNA, RNA และการกระจายตัวของโครมาติน แพลตฟอร์มที่แตกต่างกันเหล่านี้รวมถึงโพรบอัลตราโซนิก (sonotrodes), โซลูชั่น sonication ทางอ้อมสําหรับการเตรียมตัวอย่างพร้อมกันของหลายหลอดหรือแผ่นหลายดี (เช่น, แผ่น 96 ดี, แผ่นจุลทรรศน์), sonoreactors และ cuphorns ล้ํา แพลตฟอร์มทั้งหมดสําหรับการป้องกันดีเอ็นเอขับเคลื่อนด้วยโปรเซสเซอร์อัลตราโซนิกที่ปรับความถี่และมีประสิทธิภาพสูงซึ่งสามารถควบคุมได้อย่างแม่นยําและให้ผลลัพธ์ที่ทําซ้ําได้

โปรเซสเซอร์อัลตราโซนิกสําหรับจํานวนตัวอย่างและขนาดใด ๆ

ด้วย ultrasonicators หลายตัวอย่างของ Hielscher VialTweeter (สําหรับหลอดทดสอบสูงสุด 10 หลอด) และ UIP400MTP (สําหรับไมโครเพลท / แผ่นมัลติเวล) มันเป็นไปได้ที่จะลดเวลาในการประมวลผลตัวอย่างเนื่องจาก ultrasonication ที่รุนแรงและควบคุมได้อย่างแม่นยําในขณะที่ได้รับการกระจายขนาดและผลผลิตชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ต้องการ การกระจายตัวของดีเอ็นเออัลตราโซนิกทําให้การเตรียมตัวอย่างมีประสิทธิภาพเชื่อถือได้และปรับขนาดได้ โปรโตคอลสามารถปรับขนาดเป็นเส้นตรงจากตัวอย่างหนึ่งถึงตัวอย่างจํานวนมากโดยใช้อัลตราซาวนด์ที่ควบคุมอย่างต่อเนื่อง
เครื่องวัดอัลตราโซนิกด้วยนิ้วหนึ่งถึงห้านิ้วเหมาะสําหรับการเตรียมจํานวนตัวอย่างที่เล็กลง เครื่อง ultrasonicators ห้องปฏิบัติการของ Hielscher มีให้เลือกหลายขนาดเพื่อให้เราสามารถแนะนําอุปกรณ์ที่เหมาะสําหรับการใช้งานและความต้องการของคุณ

การควบคุมกระบวนการผลิตได้อย่างแม่นยำ

การตั้งค่า sonication ควบคุมได้อย่างแม่นยําเป็นสิ่งสําคัญเนื่องจาก sonification หมดแรงสามารถทําลายดีเอ็นเอ, RNA และโครมาติน, แต่ไม่เพียงพอตัดอัลตราโซนิกผลในดีเอ็นเอยาวเกินไปและชิ้นส่วนโครมาติน. เครื่อง ultrasonicators ดิจิตอลของ Hielscher สามารถตั้งค่าได้อย่างง่ายดายเพื่อพารามิเตอร์ sonication ที่แม่นยํา การตั้งค่า sonication ที่เฉพาะเจาะจงยังสามารถบันทึกเป็นการตั้งค่าที่ตั้งโปรแกรมไว้สําหรับการทําซ้ําอย่างรวดเร็วของขั้นตอนเดียวกัน
sonication ทั้งหมดจะถูกโปรโตคอลโดยอัตโนมัติและจัดเก็บเป็นไฟล์ CSV บนการ์ด SD ในตัว สิ่งนี้ช่วยให้เอกสารที่ถูกต้องของการทดลองที่ดําเนินการและทําให้สามารถแก้ไข sonication ทํางานได้อย่างง่ายดาย
ผ่านการควบคุมระยะไกลของเบราว์เซอร์ ultrasonicators ดิจิตอลทั้งหมดสามารถดําเนินการและตรวจสอบผ่านเบราว์เซอร์มาตรฐานใด ๆ ไม่จําเป็นต้องติดตั้งซอฟต์แวร์เพิ่มเติมเนื่องจากการเชื่อมต่อ LAN ช่วยให้สามารถตั้งค่า plug-n-play ได้ง่ายมาก

ใช้งานง่ายที่สุดในการเตรียมตัวอย่างอัลตราโซนิก

Ultrasonicators Hielscher ทั้งหมดได้รับการออกแบบมาเพื่อส่งมอบอัลตราซาวนด์ประสิทธิภาพสูงในขณะที่ในเวลาเดียวกันมักจะใช้งานง่ายและใช้งานง่าย การตั้งค่าทั้งหมดมีโครงสร้างที่ดีในเมนูที่ชัดเจนซึ่งสามารถเข้าถึงได้ง่ายผ่านหน้าจอสัมผัสสีหรือรีโมทคอนโทรลของเบราว์เซอร์ ซอฟต์แวร์อัจฉริยะที่มีการตั้งค่าที่ตั้งโปรแกรมได้และการบันทึกข้อมูลอัตโนมัติช่วยให้มั่นใจได้ถึงการตั้งค่า sonication ที่ดีที่สุดสําหรับผลลัพธ์ที่เชื่อถือได้และทําซ้ําได้ อินเทอร์เฟซเมนูที่สะอาดและใช้งานง่ายเปลี่ยน Ultrasonicators Hielscher ให้เป็นอุปกรณ์ที่ใช้งานง่ายและมีประสิทธิภาพ
ตารางด้านล่างช่วยให้คุณบ่งชี้ถึงความสามารถในการประมวลผลโดยประมาณของ ultrasonicators ห้องปฏิบัติการของเราซึ่งเหมาะสําหรับงานเตรียมตัวอย่างเช่น DNA และการกระจายตัวของ RNA การสลายเซลล์และการสกัดโปรตีน: