ขั้นตอนปฏิบัติในการใช้เครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับหลายตัวอย่างของ Hielscher ในการวิเคราะห์ไบโอฟิล์มและโปรตีโอมิกส์

การใช้เครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับหลายตัวอย่าง เช่น เครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับหลายหลอด VialTweeter และเครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับไมโครเพลต UIP400MTP ช่วยให้กระบวนการทำงานในห้องปฏิบัติการคล่องตัวขึ้นสำหรับงานที่ต้องประมวลผลตัวอย่างจำนวนมาก อุปกรณ์ทั้งสองช่วยให้สามารถประมวลผลตัวอย่างหลายตัวอย่างด้วยอัลตราซาวนด์ได้อย่างแม่นยำและสม่ำเสมอ ลดความแปรปรวนและเพิ่มความสามารถในการทำซ้ำให้ได้ผลเดิม ซึ่งเป็นประโยชน์อย่างยิ่งในการทดลองที่ต้องการให้การสลายตัวอย่าง การแยกไบโอฟิล์มออกจากพื้นผิว การสกัดโปรตีน หรือการย่อยโปรตีนเกิดขึ้นอย่างสม่ำเสมอ โดยวิธีที่ทำด้วยมือหรือประมวลผลทีละตัวอย่างมีประสิทธิภาพต่ำกว่าและมีแนวโน้มให้ผลไม่สม่ำเสมอ

ทำให้กระบวนการทำงานคล่องตัวด้วยเครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับหลายตัวอย่าง

ตัวอย่างเช่น UIP400MTP สามารถใช้ปรับสภาพหลุมของไมโครเพลตด้วยอัลตราซาวนด์พร้อมกันได้ ทำให้ไบโอฟิล์มหรือวัสดุจากเซลล์แยกออกจากพื้นผิวอย่างสม่ำเสมอ ขณะเดียวกัน VialTweeter ช่วยสลายและทำให้ตัวอย่างในหลายหลอดเป็นเนื้อเดียวกันได้อย่างแม่นยำโดยไม่มีการปนเปื้อนข้ามตัวอย่าง เครื่องโซนิเคเตอร์เหล่านี้ช่วยลดเวลาในการประมวลผลอย่างมาก เพิ่มความสามารถในการทำซ้ำการทดลองให้ได้ผลเดิม และรักษาความสมบูรณ์ของตัวอย่างไว้ในระดับสูง จึงเป็นเครื่องมือที่ขาดไม่ได้สำหรับการวิจัยด้านจุลชีววิทยา โปรตีโอมิกส์ และอณูชีววิทยา
ด้านล่างเป็นขั้นตอนปฏิบัติโดยละเอียดที่แสดงตัวอย่างการใช้เครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับหลายตัวอย่างของ Hielscher ได้แก่ เครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับหลายหลอด VialTweeter และเครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับไมโครเพลต UIP400MTP ในการศึกษาการเกิดไบโอฟิล์มของ E. coli และการวิเคราะห์โปรตีโอมิกส์ในขั้นตอนต่อมา

ขั้นตอนปฏิบัติ: การสร้างไบโอฟิล์ม การแยกไบโอฟิล์มออกจากพื้นผิว และการวิเคราะห์โปรตีโอมิกส์โดยใช้เครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับหลายตัวอย่างของ Hielscher

1. การเตรียมเชื้อแบคทีเรียเพาะเลี้ยง

• เพาะเลี้ยงแบคทีเรีย E. coli (สายพันธุ์ W3110) ที่ 30°C ซึ่งเป็นอุณหภูมิที่เอื้อต่อการเกิดไบโอฟิล์มของ E. coli ในอาหารเลี้ยงเชื้อเหลว tryptone broth (TB) ที่มีส่วนประกอบดังนี้:
  – tryptone 10 g/L
  – NaCl 5 g/L
• เติมยาปฏิชีวนะตามความจำเป็นเพื่อให้แน่ใจว่าเซลล์ยังคงเก็บรักษาพลาสมิดไว้
• สำหรับการศึกษาด้วยกล้องจุลทรรศน์และการศึกษากิจกรรมของโปรโมเตอร์ ให้ใช้ E. coli สายพันธุ์ W3110 ที่มีตัวรายงาน enhanced GFP (eGFP) อยู่ในจีโนมภายใต้การควบคุมของโปรโมเตอร์ rplL
• ใช้พลาสมิดตัวรายงาน GFP สำหรับโปรโมเตอร์ต่าง ๆ (เช่น csgA, csgD, fliA, fliC, flhD ) เพื่อวัดกิจกรรมของโปรโมเตอร์

2. การเพาะเลี้ยงไบโอฟิล์มและการแยกออกจากพื้นผิว

• ใส่เชื้อแบคทีเรียเพาะเลี้ยงที่เจือจางแล้ว 1.5 mL ต่อหลุมลงในเพลต 12 หลุม (เพลต CellStar 12 หลุม, Greiner Bio-One)
• บ่มเพื่อให้เกิดไบโอฟิล์ม
• นำเชื้อเพาะเลี้ยงที่ลอยตัวอย่างอิสระ (ไม่ยึดเกาะ) ออกอย่างระมัดระวัง

– ล้างแต่ละหลุมด้วย PBS 500 µL
– แยกเซลล์ที่ยึดเกาะอยู่ออกจากพื้นผิวโดยใช้เครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับไมโครเพลต UIP400MTP ให้คลื่นอัลตราซาวนด์แก่เพลต 12 หลุม UIP400MTP ทำให้การแยกออกจากพื้นผิวเกิดขึ้นอย่างสม่ำเสมอโดยส่งพลังงานอัลตราซาวนด์อย่างสม่ำเสมอไปยังทุกหลุม
– การตั้งค่าการโซนิเคชัน: แอมพลิจูด 60%, โหมดรอบการทำงาน: เปิด 60 sec / ปิด 30 sec

3. การเก็บเกี่ยวเซลล์และการสลายเซลล์

• ปั่นเหวี่ยงเซลล์ไบโอฟิล์มที่แยกออกจากพื้นผิวแล้วที่ 4,500 g เป็นเวลา 5 นาที
• ล้างเซลล์ที่ตกเป็นตะกอนด้วย PBS
• แขวนลอยเซลล์อีกครั้งใน sodium lauroyl sarcosinate (SLS) 2% ปริมาตร 100 µL และบ่มที่ 95°C เป็นเวลา 15 นาที
• ใช้เครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับหลายหลอด VialTweeter ให้คลื่นอัลตราซาวนด์เพื่อให้แน่ใจว่าเซลล์สลายอย่างสมบูรณ์
  – การตั้งค่าการโซนิเคชัน: แอมพลิจูด 100%, เปิด 50 s / ปิด 10 s โดยมีเวลาทำงานรวม 10 min; เก็บตัวอย่างไว้บนน้ำแข็ง

4. การรีดักชันและการแอลคิเลชัน

• เติม Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) 5 mM เพื่อรีดิวซ์พันธะไดซัลไฟด์ และบ่มที่ 95°C เป็นเวลา 15 นาที
• ทำแอลคิเลชันโปรตีนด้วย iodoacetamide 10 mM เป็นเวลา 30 นาที ที่ 25°C

5. การวัดปริมาณและการย่อยโปรตีน

• ปั่นเหวี่ยงสารที่ได้จากการสลายเซลล์เพื่อกำจัดเศษเซลล์
• วัดปริมาณโปรตีนทั้งหมดโดยใช้ Pierce BCA Protein Assay Kit
• ย่อยโปรตีนทั้งหมด 50 µg ด้วย trypsin 1 µg ในสารละลายที่มี SLS 2% และ ammonium bicarbonate 100 mM
• บ่มปฏิกิริยาการย่อยข้ามคืนที่ 30°C

6. การทำเปปไทด์ให้บริสุทธิ์

• ตกตะกอน SLS โดยเติม trifluoroacetic acid (TFA) 1.5% จากนั้นปั่นเหวี่ยง
• ทำเปปไทด์ให้บริสุทธิ์โดยใช้คอลัมน์ไมโครสปิน C18
• ทำเปปไทด์ที่บริสุทธิ์แล้วให้แห้ง และแขวนลอยอีกครั้งใน TFA 0.1%

7. โครมาโทกราฟีของเหลว–แมสสเปกโทรเมทรี (LC-MS/MS)

• วิเคราะห์เปปไทด์ด้วยเครื่องแมสสเปกโทรมิเตอร์ Q-Exactive Plus ที่เชื่อมต่อกับระบบ Ultimate 3000 RSLC nano
• แยกเปปไทด์โดยใช้คอลัมน์ HPLC แบบเฟสย้อนกลับ (75 µm × 42 cm) ที่บรรจุเรซิน C18 (2.4 µm)
• ปรับสัดส่วนตัวทำละลาย B (acetonitrile ที่มี formic acid 0.15%) แบบเกรเดียนต์จาก 2% เป็น 35% ในช่วงเวลา 140 นาที
• เก็บข้อมูลโดยใช้การสแกน MS ความละเอียดสูง ตามด้วยการสแกนแบบแทนเดม MS/MS ของไอออน 10 ชนิดที่มีความเข้มสัญญาณสูงที่สุด

8. การวิเคราะห์ข้อมูล

• ประมวลผลข้อมูลดิบ LC-MS โดยใช้ซอฟต์แวร์ Progenesis
• ส่งออกไฟล์ .mgf และวิเคราะห์ด้วย MASCOT
• วัดปริมาณเปปไทด์โดยใช้ SafeQuant เพื่อควบคุมคุณภาพและปรับแก้การค้นพบผลบวกลวง
• ทำการทดลองทั้งหมดซ้ำสองหรือสามชุดเพื่อให้แน่ใจว่าสามารถทำซ้ำให้ได้ผลเดิม

เครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับหลายตัวอย่างเพื่อการเตรียมตัวอย่างจำนวนมาก

เครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับหลายตัวอย่างรุ่น VialTweeter และ UIP400MTP เพิ่มความแม่นยำและประสิทธิภาพของกระบวนการทดลองอย่างมาก โดยเฉพาะในการวิจัยไบโอฟิล์มและโปรตีโอมิกส์ ความสามารถในการประมวลผลตัวอย่างหลายตัวอย่างอย่างสม่ำเสมอช่วยให้รองรับตัวอย่างจำนวนมากได้โดยไม่ลดทอนคุณภาพของข้อมูล ประโยชน์เหล่านี้ร่วมกับกระบวนการทำงานที่คล่องตัวซึ่งอธิบายไว้ข้างต้น ทำให้เครื่องโซนิเคเตอร์สำหรับหลายตัวอย่างของ Hielscher เป็นเครื่องมือที่จำเป็นสำหรับการวิจัยทางชีววิทยาสมัยใหม่

การออกแบบ การผลิต และการให้คำปรึกษา – คุณภาพที่ผลิตในเยอรมนี

เครื่องอัลตราโซนิเคเตอร์ของ Hielscher เป็นที่รู้จักอย่างแพร่หลายในด้านมาตรฐานคุณภาพและการออกแบบระดับสูงที่สุด ความทนทานและการใช้งานที่ง่ายช่วยให้สามารถนำเครื่องอัลตราโซนิเคเตอร์ของเราไปผสานเข้ากับโรงงานอุตสาหกรรมได้อย่างราบรื่น เครื่องอัลตราโซนิเคเตอร์ของ Hielscher รับมือกับสภาวะที่รุนแรงและสภาพแวดล้อมที่มีข้อกำหนดการใช้งานสูงได้อย่างง่ายดาย

Hielscher Ultrasonics เป็นบริษัทที่ได้รับการรับรอง ISO และให้ความสำคัญเป็นพิเศษกับเครื่องอัลตราโซนิเคเตอร์สมรรถนะสูงที่ใช้เทคโนโลยีล้ำสมัยและใช้งานง่าย แน่นอนว่าเครื่องอัลตราโซนิเคเตอร์ของ Hielscher เป็นไปตามมาตรฐาน CE และตรงตามข้อกำหนดของ UL, CSA และ RoHs