Геномска истраживања уз помоћ ултразвука

Геномска истраживања су револуционисала наше разумевање биолошких система, омогућавајући разјашњење сложених генетских механизама који леже у основи различитих болести и особина. Соникација, техника која је првобитно развијена за разбијање ћелијских мембрана, нашла је велику корист у истраживању генома. Овај чланак даје преглед примене соникације у геномским студијама, укључујући изолацију и фрагментацију ДНК, имунопреципитацију хроматина (ЦхИП) и припрему библиотека за секвенцирање следеће генерације. Овај чланак пружа преглед принципа, методологија и примена соникације у геномском истраживању и упознаје вас са најпогоднијим соникаторима за истраживање генома.

Соникатори у истраживању генома

Соникатор типа сонде УП100Х за припрему биолошких узорака, нпр. фрагментација ДНК, смицање хроматина, лиза ћелија.Геномска истраживања су доживела изузетан напредак у последњих неколико деценија, подстакнута развојем високопропусних технологија секвенцирања и иновативних експерименталних методологија. Овај напредак је олакшао свеобухватну анализу генома, епигенома и транскриптома, нудећи увид у генетску основу болести, еволуцију и фенотипске варијације.
Соникација, механички процес који укључује примену физичких сила ултразвука да поремети молекуларне структуре, појавио се као свестран алат у истраживању генома. Соникација је добро успостављена техника која се користи за фрагментацију ДНК, сечење хроматина и припрему НГС библиотеке.

Захтев за информације




Obratite pažnju na naše Правила о приватности.


 

Ovo uputstvo objašnjava koja vrsta sononika je najbolja za zadatke pripreme uzorka kao što su liza, poremećaj ćelija, izolacija proteina, DNK i RNK fragmentacija u laboratorijama, analizama i istraživanjima. Odaberite idealan tip soniatora za aplikaciju, volumen uzorka, broj uzorka i protok. Hielscher Ultrasonics ima idealan ultrazvučni homogenizer za vas!

How to Find the Perfect Sonicator for Cell Disruption and Protein Extraction in Science and Analysis

Video sličica

 

Примене соникације у геномским истраживањима

Соникација се примењује на биолошке узорке за припрему узорака пре анализе, анализе или у припреми за даље низводне процесе. Најчешће апликације за припрему узорака које користе соникацију укључују:

  • Fragmentacija DNK: Као припремни корак за анализе и друге технике анализе, геномска ДНК мора бити исечена на дефинисану величину фрагмената.
    Соникација се користи за прецизну фрагментацију геномске ДНК, омогућавајући генерисање фрагмената ДНК жељене величине за различите низводне примене, укључујући ПЦР, клонирање и Соутхерн блотинг. Соникација нуди предности у односу на ензимске методе, јер омогућава флексибилну контролу над величином и дистрибуцијом фрагмената. Високо пропусна припрема узорака са соникатором плоча УИП400МТП поједностављује обраду великог броја узорака.
    Прочитајте више о ултразвуку Fragmentacija DNK и Фрагментација плазмида!
  • Имунопреципитација хроматина (ЦхИП): ЦхИП је широко коришћена техника за истраживање интеракција протеин-ДНК, као што су модификације хистона и везивање фактора транскрипције. Соникација игра кључну улогу у фрагментацији хроматина на мање фрагменте (~200-1000 парова база), који су подложни имунопреципитацији. Ово омогућава изолацију и анализу специфичних геномских региона повезаних са протеинима од интереса.
  • Секвенцирање следеће генерације (НГС): Технологије секвенцирања високе пропусности, као што су Иллумина и Ион Торрент, захтевају фрагментирану ДНК за припрему . Соникација олакшава контролисану фрагментацију геномске ДНК да би се генерисали фрагменти ДНК уједначене величине, који се касније користе за изградњу библиотеке. Ово осигурава тачну репрезентацију геномског садржаја и побољшава ефикасност секвенцирања.
    Прочитајте више о употреби соникације за секвенцирање следеће генерације!
  • Kompletna instalacija: Vialvajeter sonotjahat na ultrasonprocessor UP200St

    VialTweeter sonicator za istovremenu probnu pripremu više bočica

    Како да изаберем најбољи соникатор за своја истраживања везана за ДНК?

    Je termin “Soniranost” користи се за различите начине примене ултразвука. Најраспрострањеније методе су ултразвучна купка и соникатор типа сонде. У наставку ћете открити зашто ће прави избор соникатора побољшати квалитет и валидност ваших истраживања.

    Научите о разликама између различитих модела ултрасоникатора, њиховим предностима и ограничењима. Овде ћемо заронити у најчешће коришћене моделе соникатора за истраживање генома.

    Соникација у купатилу: Зашто соникатори типа за купање дају непоуздане резултате који се не могу поновити? Геномски узорци се стављају у водено купатило опремљено са неколико ултразвучних претварача причвршћених на дно резервоара за воду. Тачке акустичне кавитације се јављају веома неравномерно кроз резервоар и не дају конзистентну снагу ултразвука. Ова метода третира узорке различитим интензитетом и не даје поновљиве резултате у припреми узорка као што је фрагментација ДНК. Као последица овог неуједначеног третмана, контрола над величином фрагмента ДНК није дата. Са уобичајеном ултразвучном купком, поуздано, поновљиво истраживање је неизводљиво.
    Да ли желите да сазнате више о соникатору типа сонде у односу на ултразвучну купку? Кликните овде!

    За разлику од ултразвучне купке, Хиелсцхер су соникатори са прецизном контролом који испоручују моћан ултразвук. Интензитет ултразвучне обраде може се тачно подесити према примени тако да се избегне нежељена деградација биолошких узорака. Обезбеђује оптимално очување нуклеинских киселина и других биомолекула током обраде узорка. Ово је посебно корисно за геномска истраживања, где је интегритет узорка критичан за анализу низводно. Паметне функције као што су програмибилно подешавање, даљинско управљање претраживачем и аутоматско снимање података олакшавају истраживачки рад у лабораторијама.

    Хиелсцхер Соницатор модели за геномска истраживања

    • Sonicija tipa sonication tipa sonication: Сонда за соникацију се директно убацује у епрувету за узорак, омогућавајући локализовану соникацију и прецизну контролу параметара фрагментације. Ова метода је пожељна за мале узорке као што су појединачне бочице или чаше.
      Пронађите све соникаторе типа сонде за фрагментацију ДНК и припрему узорака овде!
    • ЦупХорн и УИП400МТП: Хиелсцхер модели ултразвучног соникатора Ултрасониц Цупхорн и УИП400МТП Плате Соницатор значајно се разликују од уобичајене ултразвучне купке или резервоара за чишћење. Док на први поглед, принцип индиректног преноса ултразвучних таласа кроз водено купатило изгледа сличан – разлика између Хиелсцхер ултразвучног цупхорна или соникатора плоча и уобичајене ултразвучне купке не може бити већа! У Хиелсцхер системима, комплетно дно соникатора за чаше и плоче равномерно се агитира снажним ултразвуком. То значи да цела површина вибрира са потпуно истом амплитудом и фреквенцијом. Није пронађено мртво, несоницирано место, сви узорци су соникирани истим интензитетом! Ово осигурава уједначене, поновљиве резултате у припреми ултразвучног узорка.
      Више информација о ултразвучном купхорну можете пронаћи овде!
      Више информација о соникатору плоча УИП400МТП можете пронаћи овде!
    • VialTweeter: ВиалТвеетер користи јединствени дизајн вибрирајуће блок сонотроде која држи бочицу за пренос ултразвучне енергије директно у бочице за узорке без потребе за урањањем у водено купатило или други медијум. Ова индиректна, али веома ефикасна метода соникације је идеална за третман до 10 затворених бочица и избегава унакрсну контаминацију.
      Прочитајте више о ултразвуку без контаминације до 10 затворених бочица са ВиалТвеетер-ом!
    Ultrazvučni cuphorn za ujednačenu i intenzivnu sonikuaciju do 5 zatvorenih cevi i bočica za ujednačeni i brzi sterilni uzorak homogenizacije.

    Ultrasonični CupHorn за интензивну соникацију затворених епрувета и бочица за стерилну фрагментацију ДНК.

    Захтев за информације




    Obratite pažnju na naše Правила о приватности.


    Соникатори у аутоматизованим системима – Једноставна интеграција

    Hielscher ultrazvučni uređaji se mogu daljinski kontrolisati putem kontrole pregledača. Parametri sonikacije se mogu pratiti i precizno prilagoditi zahtevima procesa.Хиелсцхер соникатори се могу интегрисати у аутоматизоване системе. Са отвореним мрежним интерфејсом и функцијама програмирања, Хиелсцхер соникатори су погодни за аутоматизацију. Интеграција са аутоматизацијом и роботиком омогућава обраду геномских узорака високе пропусности, олакшавајући студије великих размера и персонализоване медицинске иницијативе. Могућност интеграције вашег соникатора у аутоматизовани систем за припрему узорака оптимизује руковање узорком и обезбедиће ефикасну, поновљиву и безбедну обраду узорака у различитим апликацијама и типовима узорака.

    Zašto Hielscher Ultrasonics?

    • висока ефикасност
    • Najmodnišna tehnologija
    • Pouzdanost & robusnosti
    • podesiva, precizna kontrola procesa
    • grupnu obradu & Umetnute
    • za bilo koji volumen
    • inteligentan softver
    • pametne funkcije (npr. programibilne, protokolarstvo podataka, daljinski upravljač)
    • Lak i bezbedan za rad
    • slabo održavanje
    • CIP (čisto na mestu)

    Dizajn, proizvodnja i konsalting – Kvalitet napravljen u Nemačkoj

    Hielscher ultrazvučni su dobro poznati po najvišim standardima kvaliteta i dizajna. Robustnost i lak rad omogućavaju nesmetanu integraciju naših ultrazvučnika u industrijske objekte. Grubim uslovima i zahtevnim okruženjima lako rukohvate Hielscher ultrazvučnici.

    Hielscher Ultrasonics je ISO sertifikovana kompanija i poseban akcenat stavlja na ultrazvučnike visokih performansi koji sadrže vrhunsku tehnologiju i user-friendliness. Naravno, Hielscher ultrazvučni su CE usaglašeni i ispunjavaju zahteve UL, CSA i RoHs.

    Табела испод даје вам индикацију приближног капацитета обраде наших лабораторијских ултразвучних апарата, који су идеални за задатке припреме узорака као што су фрагментација ДНК и РНК, лиза ћелија као и изолација ДНК и протеина:

    Uređaj Vlast [W] Tip Volumen [mL]
    UIP400MTP 400 za mikroplate 6 – 3456 bunara
    ВиалТвеетер 200 za do 10 bočica plus stega-mogućnost 0.5 – 1,5
    УП50Х 50 Tip istrage 0.01 – 250
    УП100Х 100 Tip istrage 0.01 – 500
    УП200Хт 200 Tip istrage 0.1 – 1000
    УП200Ст 200 Tip istrage 0.1 – 1000
    УП400Ст 400 Tip istrage 5,0 – 2000
    Cuphorn 200 CupHorn, sonoreni glumac 10 – 200
    ГДмини2 200 контаминације фрее флов целл

    Контактирајте нас! / Питајте нас!

    Traži više informacija

    Molimo vas da koristite dole navedeni formular da biste zatražili dodatne informacije o ultrazvučnim procesorima, aplikacijama i ceni. Biće nam drago da sa vama razgovaramo o vašem procesu i da vam ponudimo ultrazvučni sistem koji ispunjava vaše zahteve!









    Molimo vas da zabeležite naše Правила о приватности.


    Ovaj video klip prikazuje Hielscher ultrazvučni homogenizer UP100H, ultrazvučnik koji se široko koristi za pripremu uzoraka u laboratorijama.

    Ultrazvučni Homogenizer UP100H

    Video sličica



    Често постављана питања о геномици и соникацији

    Овде пронађите одговоре на најчешће постављана питања када су у питању ултразвучна и геномска истраживања.

    Шта је соникација за ДНК?

    Соникација разбија ДНК на мање фрагменте применом високофреквентних звучних таласа који стварају механичке силе, узрокујући ломљење ланаца ДНК на насумичне тачке. Подешавање интензитета соникације омогућава стварање већих или мањих фрагмената ДНК у зависности од захтева за накнадну обраду и анализу.

    Који је протокол соникације за фрагментацију ДНК?

    Типичан протокол ултразвучне обраде за фрагментацију ДНК укључује примену ултразвучних таласа на узорке ДНК у пуферском раствору за низ кратких рафала, након чега следе интервали хлађења како би се спречило загревање узорка. Параметри као што су амплитуда, трајање и број циклуса се оптимизују на основу типа узорка и жељене величине фрагмента.

    Како ултразвук ради за сечење ДНК?

    Соникација за смицање ДНК укључује примену контролисаних механичких сила на молекуле ДНК помоћу ултразвучних таласа. Ове силе ометају водоничне везе и друге интеракције које држе ланце ДНК заједно, што доводи до насумичних прекида и фрагментације ДНК на мање делове.

    Колико дуго треба соникирати узорке ДНК?

    Трајање соникације за узорке ДНК зависи од фактора као што су запремина узорка, концентрација и жељена величина фрагмента. Типично, соникација се изводи за кратке рафале у распону од неколико секунди до неколико минута, са интервалима хлађења како би се спречило прегревање узорка.

    Који је најбољи соникатор за изолацију ДНК?

    Избор најбољег соникатора за изолацију ДНК зависи од фактора као што су запремина узорка, проток и жељена величина фрагмента. Неке популарне опције укључују Хиелсцхер УИП400МТП соникатор плоча, ВиалТвеетер, ЦупХорн и ултразвучну сонду УП100Х. Ови соникатори нуде прецизну контролу над параметрима соникације и погодни су за различите апликације изолације ДНК у истраживачким лабораторијама.

    Шта је Геномика?

    Геномика је мултидисциплинарна грана биологије која се бави разумевањем комплетног састава, функција, еволуције, мапирања и модификације генома. Геном обухвата сву ДНК унутар организма, укључујући и његове гене и њихову сложену тродимензионалну организацију. За разлику од генетике, која се фокусира на појединачне гене и њихове обрасце наслеђивања, геномика има за циљ да свеобухватно карактерише и квантификује све гене унутар организма, разјашњавајући њихове интеракције и утицај на организам у целини. Гени играју кључну улогу у усмеравању синтезе протеина, уз помоћ ензима и молекула гласника. Ови протеини, заузврат, чине структурне компоненте органа и ткива, регулишу биохемијске процесе и олакшавају комуникацију између ћелије. Геномика обухвата секвенцирање и анализу целих генома, користећи технике секвенцирања ДНК високе пропусности и биоинформатичке алате за дешифровање структуре и функција генома у целини.
    Геномика је проучавање целокупног генетског материјала организма, укључујући његову ДНК секвенцу, организацију, функцију и варијацију. Обухвата анализу гена, њихових интеракција и њиховог утицаја на особине и понашања. Геномска истраживања укључују различите технике и приступе разумевању структуре и функције генома, као и њихове улоге у здрављу, болести, еволуцији и другим биолошким процесима.

    Геномска истраживања имају за циљ:

    • Геноми секвенце: Ово укључује одређивање редоследа нуклеотида (А, Т, Ц и Г) унутар ДНК организма. Ово може бити цео геном или специфични региони од интереса.
    • Анализирајте генетске варијације: Геномска истраживања истражују варијације у секвенцама ДНК међу појединцима или популацијама, што може пружити увид у генетску основу болести, особина и еволуционих процеса.
    • Функционална геномика: Ово поље истражује како гени функционишу и комуницирају једни са другима и околином. Укључује транскриптомику (проучавање експресије гена), протеомику (проучавање протеина) и метаболомику (проучавање метаболита).
    • Компаративна геномика: Упоређујући геноме различитих врста, истраживачи могу открити еволуционе односе, идентификовати очуване регионе и разумети генетску основу биолошке разноврсности.
    • медицинска геномика: Геномска истраживања у медицини фокусирају се на разумевање генетске основе болести, предвиђање ризика од болести и развој персонализованих третмана и интервенција.

    Геномска истраживања су довела до значајног напретка у областима као што су медицина, пољопривреда, еволуциона биологија и биотехнологија, доприносећи нашем разумевању живота на молекуларном нивоу и побољшању људског здравља и благостања.

    Literatura/reference


    Ultrazvuk visokih performansi! Hielscher proizvodni asortiman pokriva pun spektar od kompaktnog laboratorijskog ultrazvučnika preko klupa-vrhunskih jedinica do potpuno industrijskih ultrazvučnih sistema.

    Hielscher Ultrasonics proizvodi ultrazvučne homogenizatore visokih performansi od Лаб до industrijske veličine.


    Biće nam drago da razgovaramo o vašem procesu.

    Hajde da stupimo u kontakt.