Ultrazvučna DNK fragmentacija za sledeće gen sekvenciranje

Next Generation Sequencing (NGS) zahteva pouzdano šišanje i fragmentaciju genomske DNK kako bi se sekvencirali genomski DNK pramenovi i stvorile biblioteke genoma. Kontrolisana fragmentacija DNK u DNK fragmente je suštinski korak pripreme uzorka koji je potreban pre sekvence DNK. Ultrazvučnost je dokazana kao efikasna i pouzdana tehnika za DNK fragmentaciju određene dužine. Ultrazvučni protokoli fragmentacije DNK postižu reproduktivne rezultate fragmentacije. Hielscher ultrazvučni su sposobni da proizvedu širok spektar genomskih DNK raspodela veličine, precizno kontrolišući putem operativnih parametara. S obzirom na to da su Hielscher ultrazvučni DNK sistemi za šišanje dostupni za jednokratne i više bočica, kao i za mikroplate, priprema uzorka postaje veoma efikasna.

Захтев за информације




Obratite pažnju na naše Правила о приватности.


Ultrasonic DNA fragmentation is frequently used as sample preparation step in Next Generation Sequencing (NGS)

Elektrofosretne analize genomičnog DNA E. kola EDL933 se podvrgne na 0 – 15 min ultrazvučnih komplikacija. L označava DNK lestvici. (Basselet et Al. 2008)

Prednosti ultrazvučne fragmentacije DNK

  • ponovljeni / reproduktivni rezultati
  • precizno podesiv za dobijanje određene dužine fragmenta
  • brzu obradu
  • konzistentni rezultati fragmentacije DNK
  • uređaji za bilo koji uzorak volumena (npr. više bočica ili mikroplata)
  • visoka protok
  • precizno upravljanje temperaturnim
  • jednostavna operacija prilagođena korisniku

Next-Gen Sequencing: Ultrazvučna DNK fragmentacija za pripremu biblioteke

Da bi se izvršio sekvenciranje sledeće generacije, moraju se izvršiti tri osnovna koraka (1) pripreme biblioteke, (2) sekvenciranje i (3) analiza podataka. Tokom pripreme biblioteke, DNK se fragmentira, zatim se fragmentirani krajevi popravljaju (glancaju) dodavanjem jedne adenidne baze i delovi cilja se pretvaraju u dvostruko nasukanu DNK. Konačno takozvani adapteri su priloženi ligacijom, PCR-om ili tagovanjem tako da finalni DNK proizvod biblioteke može da se količina za sekvenciranje.
Fragmentacija DNK pomoću sonication: Naročito kada su kratko čitane tehnologije sekvenci kao što je Ilumina, koje ne mogu da pročitaju duže DNK fragmente spremno, DNK štandovi moraju biti fragmentirani do određene veličine koja se pouzdano može postići ultrazvukom.
Ultrazvučnost se pouzdano može koristiti za DNK, RNK i fragmentaciju hromatina.

Kako funkcioniše ultrazvučna fragmentacija DNK?

Sonication, poznat i kao akustična obrada uzoraka, široko je korišćen metod fragmentirane DNK. Za ultrazvučno DNK prelivanje, uzorci su izloženi ultrazvučnim talasima pod kontrolisanim stanjem. Radni princip ultrazvučne DNK fragmentacije zasnovan je na vibracijama i kavitaciji koju generišu ultrazvučni talasi. Sile koje su rezultat ultrazvučne (akustične) kavitacije razbijaju molekule DNK visoke molekularne težine. Postavka sonikacije kao što su intenzitet (amplitude, trajanje), režim pulsiranja i temperatura omogućavaju preciznu fragmentaciju DNK do određene željene dužine DNK fragmenata. Dok se DNK često smanjuje na 100 do 600 bp koristeći ultrazvučnost, duži DNK fragmenti do 1300 bp mogu se dobiti kada se primene blaži ultrazvučni uslovi.

Ultrasonic homogenizers are reliable for DNA shearing

Ultrazvučno šišanje DNK tokom CHIP-a – Hromatin immunopadavina
Adaptirano iz Jkwchui pod CC-BY-SA.03

Kontrola temperature za sprečavanje degradacije DNK

Dvostruki molekularni oblik DNK je veoma osetljiv na povišene temperature tako da je tačna kontrola temperature tokom koraka pripreme uzoraka ključni faktor za pouzdane rezultate analize.
Bilo da koristite Hielscherove ultrazvučnike sonde, VialTweeter ili UIP400MTP – neprekidno praćenje i kontrola temperature osigurani su zahvaljujući senzoru temperature koji se može priključiti i softveru pametnog uređaja. Da biste održali temperaturu u određenom opsegu, možete postaviti gornju i donju temperaturu. Shodno tome, ultrazvučnik će pauzirati čim se prekorači ova temperaturna granica i automatski će nastaviti da se sonicira kada se temperatura spusti za set ∆T.
Sofisticirani softver Hielscher ultrazvučnih uređaja obezbeđuje pouzdano održavanje idealnih uslova lečenja uzoraka.

Mass Sample DNA Fragmentation with the UIP400MTP Multi-Well Plate Ultrasonicator

Ultrasonic Multi-Sample Preparation Unit UIP400MTP for multi-well plate sonicationBroj uzoraka u životnoj nauci značajno se povećao u poslednjoj deceniji. To znači da veoma veliki broj uzoraka (npr. 384, 1536 ili 3456 bunara po mikroplati) mora da se obradi tokom pripreme uzorka i analize pod dosledno jednakim uslovima da bi se dobili uporedivi i validni rezultati. Sa UIP400MTP, Hielscher Ultrasonics prati trend masovne obrade uzoraka. UIP400MTP je ultrazvučnik za pripremu uzoraka pomoću mikroplata. UIP400MTP može da obradi ploče sa 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 ili 3456 bunara. U zavisnosti od tipa mikroplate, svaki bunar obično može da drži uzorke volumena između desetina nanolitara do nekoliko mililitara. Široko korišćen u istraživanju životnih nauka, UIP400MTP se veoma često koristi za pripremu uzoraka pre napada kao što su ELISA (imunosorbent assay povezan sa enzimom) ili PCR, pre proteinske analitike, kao i za pripremu hromatina pre CHiP i CHiP-seq, identifikaciju histone modifikacije i druge analitičke tretmane (npr. gel elektroforeza, masovna spektrometrija).

The VialTweeter for Sample Praparation of up to 10 Vials

Kompletna instalacija: Vialvajeter sonotjahat na ultrasonprocessor UP200StVialTweeter je široko korišćen laboratorijski ultrazvučni VialTweeter koji omogućava efikasno i udobno soničavanje do 10 bočica istovremeno. Pošto se bočice i epruvete (npr. Eppendorf bočice, krio bočice, centrifuge cevi) indirektno sonično, izbegava se svaka unakrsna kontaminacija. Kako se isti ultrazvučni intenzitet isporučuje na svaki uzorak, svi rezultati sonication su homogeni i reproduktivni. VialTweeter nudi sve pametne funkcije kao što su naši drugi digitalni uređaji (npr. pametni meni, programska podešavanja, kontrola temperature, daljinski upravljač itd.) tako da se obezbedi najveća udobnost korisnika.

Sonde sa više prstiju za Mikrovel ploče

4 probe heads or 4 sonotrodes for simultaneous sonication of 4 samples at the same intensity with the Hielscher 200 watts ultrasonicator models UP200ST and UP200HTDostupne za ultrazvučnu sondu homogenizatore UP200Ht i UP200St, sonde sa više prstiju sa 4 ili 8 prstiju su udobna opcija da se istovremeno sonicira više uzoraka pod istim uslovima. Na primer, sonotrode MTP-24-8-96 je sonda sa osam prstiju, koja je idealna za integraciju u automatizovane sisteme ili efikasnu ručnu pripremu uzoraka bunara sa više bunara. Sonotrod sa više prstiju je idealan za automatizovane laboratorije, gde se uglavnom kljunovi i epruvete obrađuju pomoću standardne ultrazvučne sonotrode. Više prstiju i standardne sonde mogu se brzo promeniti u roku od nekoliko minuta pretvarajući ultrazvuk sa jednom sondom u ultrazvučni remetilac sa više sondi.

Захтев за информације




Obratite pažnju na naše Правила о приватности.


Hielscher ultrazvučni za fragmentaciju DNK

Hielscher Ultrasonics nudi razne ultrazvučne platforme za DNK, RNK i fragmentaciju hromatina. Ove različite platforme uključuju ultrazvučne sonotrode( sonotrode), indirektna sonikativna rešenja za istovremenu probnu pripremu više cevi ili više bunarskih ploča (npr. 96-bunarske ploče, mikrotiter ploče), sonoreaktore i ultrazvučne cuphorne. Sve platforme za DNK shearing se napajaju pomoću frekventno podešenih ultrazvučnih procesora visokih performansi, koji precizno kontrolišu i pružaju reproduktivne rezultate.

Ultrazvučni procesori za bilo koji uzorak broja i veličine

Sa Hielscher-ovim ultrazvučnim ultrazvučnicima VialTweeter (za do 10 epruveta) i UIP400MTP (za mikroplate/ multiwell ploče) postaje lako moguće skratiti vreme obrade uzoraka zbog intenzivne i precizno kontrolne ultrazvučnosti dok dobijate željenu DNK raspodelu veličine i prinosa. Ultrazvučna DNK fragmentacija čini pripremu uzorka efikasnom, pouzdanom i skalabilnom. Protokoli se mogu linearno popeti sa jednog na brojne uzorke primenom konstantno kontrolisanog ultrazvuka.
Sondni ultrazvučnici sa jednim do pet prstiju idealni su za pripremu manjih uzoraka brojeva. Hielscherovi laboratorijski ultrazvučni uređaji dostupni su u raznim veličinama kako bismo vam preporučili idealan uređaj za vašu primenu i zahteve.

precizna kontrola procesa

Hielscher ultrasonicators can be remotely controlled via browser control. Sonication parameters can be monitored and adjusted precisely to the process requirements.Precizno kontrolišuća postavka sonikacije su ključna pošto iscrpna sinifikacija može da uništi DNK, RNK i hromatin, ali neadekvatno ultrazvučno prelivanje rezultira predugim DNK i delovima hromatina. Hielscherovi digitalni ultrazvučni uređaji se mogu lako postaviti na precizan parametar sonication. Određene postavke sonication-a se takođe mogu sačuvati kao programirana postavka za brzo ponavljanje iste procedure.
Sva sonikacija se automatski protokolarno i skladišti kao CSV datoteka na ugrađenoj SD kartici. To omogućava preciznu dokumentaciju izvršenih suđenja i omogućava lako korigovanje sonication.
Putem daljinskog upravljača pregledačem, svi digitalni ultrazvučni uređaji mogu da se operišu i nadgledaju putem bilo kog standardnog pregledača. Instalacija dodatnog softvera nije potrebna, s obzirom da LAN veza dozvoljava veoma jednostavno podešavanje plug-n-play-a.

Najviša user-friendliness in Ultrasonic Sample Preparation

Svi Hielscher ultrazvučnici su dizajnirani da isporuče ultrazvuk visokih performansi, dok su istovremeno uvek veoma pogodni za korisnike i laki za rad. Sve postavke su dobro strukturirane u jasnom meniju, kojem se može lako pristupiti putem obojenog ekrana osetljivog na dodir ili daljinskog upravljača pregledača. Pametni softver sa programljivim postavkama i automatskim snimanjem podataka obezbeđuje optimalne postavke sonication za pouzdane i reproduktivne rezultate. Čist i jednostavan interfejs menija pretvara Hielscher ultrazvučnike u uređaje prilagođene korisnicima i efikasne uređaje.
Sledeća tabela vam daje nagoveštaj približnog kapaciteta obrade naših laboratorijskih ultrazvučnika, koji su idealni za zadatke pripreme uzoraka kao što su DNK i RNK fragmentacija, liza ćelija kao i vađenje proteina:

Uređaj Vlast [W] Tip Volumen [mL]
UIP400MTP 400 za mikroplate 6 – 3456 bunara
ВиалТвеетер 200 za do 10 bočica plus stega-mogućnost 0.5 – 1,5
УП50Х 50 Tip istrage 0.01 – 250
УП100Х 100 Tip istrage 0.01 – 500
УП200Хт 200 Tip istrage 0.1 – 1000
УП200Ст 200 Tip istrage 0.1 – 1000
УП400Ст 400 Tip istrage 5,0 – 2000
Cuphorn 200 CupHorn, sonoreni glumac 10 – 200
ГДмини2 200 контаминације фрее флов целл

Контактирајте нас! / Питајте нас!

Traži više informacija

Koristite donji obrazac da biste zatražili dodatne informacije o Ultrason, procesorima, aplikacijama i ceni. Biće nam drago da razgovaramo o vašem procesu sa vama i da vam ponudimo ultrasonični sistem koji ispunjava vaše zahteve!









Molimo vas da zabeležite naše Правила о приватности.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

Ultrazvučna jedinica za pripremu više uzoraka ВиалТвеетер omogućava istovremenu sonaciju do 10 bočica. Uz klempavi uređaj VialPress, do 4 dodatne cevi se mogu pritisnuti napred radi intenzivne sonikacije.


Sonotrode MTP-24-8-96 ima osam ultrazvučnih sondi za sonikaciju bunara mikrotiterskih ploča.

Sonotrode MTP-24-8-96 ima osam ultrazvučnih sondi za sonikaciju bunara mikrotiterskih ploča.



Literatura/reference

Чињенице вреди знати

Šta je sekvenciranje sledeće generacije?

Sekvenciranje sledeće generacije, takođe Next Gen Sequencing (NGS), sekvenciranje visoke protoka ili sekvenciranje druge generacije, odnosi se na pristup masivnog paralelnog sekvenci, gde se veoma velike (ogromne) količine DNK miliona fragmenata sekvenciraju istovremeno paralelno po trčanju.
Da bi se izvršio sekvenciranje sledeće generacije, moraju se izvršiti tri osnovna koraka (1) pripreme biblioteke, (2) sekvenciranje i (3) analiza podataka. Tokom pripreme biblioteke, DNK pramenovi moraju biti fragmentirani u DNK delove određene dužine. Sonication je jedna od poželjnih tehnika fragmentirane DNK.
Tokom procesa DNK sekvenciranja, redosled nukleotida u DNK – poznat kao sekvenca nukleinska kiselina – određuje se. Sekvenca nukleinska kiselina se sastoji iz četiri baze nukleotida – adenina, citozina, guanina, timina – koji kod za informacije.
Sekvenciranje sledeće generacije pokreće istraživanja u nauci o životu i personalizovanoj medicini s obzirom da se DNK i RNK sekvenciranje u velikoj meri koriste u genomskim istraživanjima, istraživanjima raka, istraživanjima retkih i složenih bolesti, mikrobiološkim istraživanjima, agrigenomici i mnogim drugim istraživačkim poljima.

Next Generation Sequencing vs Sanger Sequencing

Dok je sa Next Generation Sequencing (NGS) moguće sekvenciranjem masivnog broja genomskih uzoraka, Sanger Sequencing (poznat i kao metod prekida lanca ili Sekvenciranje prve generacije) ima samo mogućnost sekvence malih uzoraka brojeva. Sekvenciranje sangera sekvencira samo jedan po jedan DNK fragment i može se postići u jednom danu. Zbog svoje akumulizacije, Sekvenciranje Sangera se takođe smatra tehnologijom zlatnog standarda, koja se koristi za verifikaciju rezultata dobijenih sekvenciranjem sledeće generacije.
Sekvenciranje sangera ostvaruje pročitane dužine od približno 800bp (obično 500-600bp sa neobogaćenom DNK). Duže dužine čitanja u Sanger sekvenciranju prikazuju značajne prednosti u odnosu na druge metode sekvencivanja posebno u smislu sekvenci koje se ponavljaju u regionima genoma. Izazov kratko pročitanih podataka o sekvenci je posebno problem u sekvenciranju novih genoma (de novo) i u sekvenciranju visoko preuređenih segmenata genoma, obično onih koji se vide od genoma raka ili u regionima hromozoma koji ispoljavaju strukturne varijacije. [cp. Morozova and Marra, 2008]


High performance ultrasonics! Hielscher's product range covers the full spectrum from the compact lab ultrasonicator over bench-top units to full-industrial ultrasonic systems.

Hielscher Ultrasonics proizvodi ultrazvučne homogenizatore visokih performansi od Лаб до industrijske veličine.