Drosophila melanogaster paraugu ultraskaņas līze

Drosophila melanogaster plaši izmanto laboratorijās kā paraugorganismu. Tādēļ bieži jāveic pirmsanalizēšanas sagatavošanas posmi, piemēram, analīze, šūnu traucējumi, olbaltumvielu ekstrakcija un Drosophila melanogaster paraugu DNS nošķelšana. Ultraskaņas disembratori ir uzticami un efektīvi, un tos var izmantot, lai viegli veiktu dažādus uzdevumus, piemēram, līdu, olbaltumvielu ekstrakciju vai DNS fragmentāciju, tikai pielāgojot ultraskaņas procesa parametrus. Ultraskaņas homogenizatori tādējādi ir elastīgi instrumenti ar plašu pielietojumu klāstu.

Ultraskaņas sabrukšana un olbaltumvielu ekstrakcija

Drosophila melanogaster is widely used as model organism in biological labs. Find here protocols for lysis, protein extracion and DNA shearing of D. melanogaster samples.Līze, šūnu šķīdība, audu homogenizācija un olbaltumvielu ekstrakcija ir tipiski ultraskaņas dismembratoru uzdevumi bioloģiskajās laboratorijās. Ultraskaņas dismembratori un šūnu traucētāji ir labi piemēroti, lai homogenizētu dzīvnieku audus, kukaiņus (piemēram, Drosophila melanogaster, C. elegans) vai augu paraugus. Turpmākie ultraskaņas pielietojumi ir šūnu suspensiju un granulu līze, kā arī intracelulāro proteīnu ekstrakcija.
Ultraskaņas līze un olbaltumvielu ekstrakcija ir ļoti uzticami un reproducējami procesi, kurus var veikt, pamatojoties uz izveidotiem protokoliem. Tā kā ultraskaņas procesa intensitāti var precīzi pielāgot, izmantojot ultraskaņas parametrus, piemēram, amplitūdu, cikla / pulsa režīmu, temperatūru un parauga tilpumu, kad pierādītos protokolus var atkārtot ar tādu pašu rezultātu atkal un atkal.

Ultraskaņas paraugu sagatavošanas priekšrocības

  • ļoti efektīvs
  • Regulējams līdz konkrētam parauga materiālam
  • Piemērots jebkuram sējumam
  • Nei thermal apstrāde
  • Reproducēt rezultāti
  • Vienkāršs un drošs

Ultraskaņas DNS un RNS sadrumstalotība

Pēc šūnu analīzes un olbaltumvielu ekstrakcijas paraugu sagatavošanā parasti nepieciešamais posms ir DNS, RNS un hromatīna noārdīšanās un fragmentācija, piemēram, pirms hromatīna imūnprecipitācijas (ChIP). DNS un RNS sadrumstalotību var droši panākt, pārtraucot kovalentās saites, kas satur DNS kopā ar fiziskiem spēkiem. Izmantojot fizisku nokasīšanu, piemēram, ultraskaņas apstrāde, sākumā DNS dzīslas tiek sadalītas, tad DNS ir sadalīts mazākos gabalos.
Ultraskaņas DNS sadrumstalotība ir uzticama un efektīva DNS nobīdīšanai līdz mērķa garumam, piemēram, 500bp (bāzes pāriem). Ultraskaņas DNS sadrumstalotības galvenās priekšrocības ietver precīzu ultraskaņas procesa parametru un intensitātes kontroli. Ultraskaņas procesa parametrus var pielāgot, precīzi noregulējot ultraskaņas intensitāti, ciklus un laiku. Tas ļauj izveidot vēlamo DNS izmēru un mērķtiecīgu DNS garumu var droši ražot, kā arī reproducēt. Ultraskaņas DNS griešana ir arī ideāls, lai radītu augstas molekulmasas DNS fragmentus.

Ultrasonicator UP200Ht with microtip S26d2 for ultrasonic lysis of Drosophila samples

Ultraskaņotājs UP200Ht ar 2 mm mikrotipu S26d2 Drosophila paraugu apstrādei ar ultraskaņas

Informācijas pieprasījums




Ņemiet vērā, ka mūsu Privātuma politika.


Protokoli Drosophila melanogaster ultraskaņas līzei

Zemāk jūs varat atrast dažādus protokolus ultrasoniski atbalstītailīzei, olbaltumvielu ekstrakcijai un DNS vai Drosophila paraugu hromatīna sadrumstalotībai.

Ultraskaņas sabrukšana krusteniskā sasaistei ar imūnsasprāšu (CLIP) pamatviela

CLIP tests tika veikts, kā iepriekš ziņots ar dažām modifikācijām. Aptuveni 20 mg olnīcu no 0 līdz 1 dienu vecām savvaļas tipa mātītēm bija krusteniski saistītas ar UV starojumu (3 × 2000 μJ/cm2), kas homogenizētas uz ledus 1 ml RCB buferšķīdumā (50 mM HEPES pH 7,4, 200 mM NaCl, 2, 5 mM MgCl2, 0, 1% Triton X- 100, 250 mM saharoze, 1 mM DTT, 1× EDTA nesaturoši pilnīgi proteāzes inhibitori, 1 mM PMSF), kas papildināti ar 300 U RNSeOUT un novietoti uz ledus 30 min. Homogenāts tika sonicated uz ledus, ar 80% jaudu, piecas reizes 20 s pārrāvumi ar 60 s atpūta starp hielscher ultraskaņas procesora izmantošanu UP100H (100 W, 30 kHz) UP100H (100 W, 30 kHz) centrifugēts (16000 × g 5 min 4 °C temperatūrā). Šķīstošais ekstrakts tika iepriekš konstatēts ar 20 μl proteīna-G dinamoelēm 20 minūtes 4°C temperatūrā. Pēc paraugu noņemšanas RNS ievades imūnblotēšanai un kvantitatīvai noteikšanai (1%), HP1 tika imunopremitēta ar anti- HP1 9A9 antivielām no 450 μl iepriekš izšķīlināta ekstrakta, inkubējot 4 h ar 50 μl proteīna G dinamozēm. Ar RCB imūnprecipitāti tika mazgāti 4 reizes. Lai eluētu ar imūnprecipitāciju RNS, granulētās lodītes tika vārītas 100 μl ultrapure DEPC apstrādāta ūdens 5 min. 900 μL Qiazol reaģenta tika pievienots supernatantam, kas reģenerēts RNS sagatavošanai. RNS attīrīts tika izmantots kā veidni, lai sintezētu cDNS izmantojot oligo dT, izlases hexamers un SuperScript reverse transcriptase III saskaņā ar ražotāja protokolu.
(Cassale et al. 2019)

Ultraskaņas līze hromatīna imūnsprecipitācijas testam

Hromatīna imūnprecipitācija tika veikta saskaņā ar Menet aprakstīto metodi ar nelielām modifikācijām. Aptuveni 20 mg olnīcas no 0 līdz 1 dienu vecām savvaļas tipa mātītēm tika homogenizētas 1 ml NEB buferšķīduma (10 mM HEPES-Na pie pH 8,0, 10 mM NaCl, 0,1 mM EGTA-Na pie pH 8, 0,5 mM EDTA-Na pie pH 8, 1 mM DTT, 0,5% NP-40, 0,5 mM spermidīna, 0,15 mM spermīna, 1× EDTA nesaturoši pilnīgi proteāzes inhibitori) ar homogenizatoru / iegremdēšanas disperģētāju 1 min (pie 3000 apgriezieniem minūtē). Homogenāts tika pārnests uz iepriekš atdzesētu stikla dounce un 15 pilni insulti tika uzklāti ar ciešu piestu. Pēc tam brīvos kodolus centrifugēja 6000xg 10 minūtes 4°C temperatūrā. Kodolus saturošas granulas atkārtoti sasēja 1 ml NEB un centrifugēja pie 20000 × g 20 minūtes saharozes gradientā (0,65 ml 1,6 M saharozes NEB, 0,35 ml 0,8 M saharozes NEB). Granula tika atkārtoti suspendēta 1 ml NEB un formaldehīda līdz galīgajai koncentrācijai 1%. Kodoli tika šķērsšūni 10 minūtes istabas temperatūrā un remdēti, pievienojot 1/10 tilpumu 1,375 M glicīna. Kodolus savāca centrifugējot ar 6000 × g 5 minūtes. Kodoli tika mazgāti divas reizes 1 ml NEB un atkārtoti saskaloti 1 ml laizes buferšķīduma (15 mM HEPES-Na pie pH 7,6, 140 mM NaCl, 0, 5 mM EGTA, 1 mM EDTA pie pH 8, 1% Triton X- 100, 0, 5 mM DTT, 0, 1% Na dezoksiholāta, 0, 1% SDS, 0, 5% N- lauroilsarkozīna un 1, 5 mM DTT, 0, 1% Na dezoksiholāta, 0, 1% SDS, 0, 5% N- lauroilsarkozīna un 1, 5 mM DTT, 0, 1% Na deoksiholāta, 0, 1% SDS, 0, 5% N- lauroilsarkozīna un 1× EDTA nesaturošo pilno proteāzes inhibitoru). Kodoli tika ultraskaņu, izmantojot Hielscher ultraskaņas procesoru UP100H (100 W, 30 kHz) UP100H (100 W, 30 kHz) sešas reizes 20 s un 1 min uz ledus. Sonicated kodoli tika centrifugēti pie 13000 × g 4 min pie 4 ° C. Lielākā daļa ultraskaņas hromatīna bija 500 līdz 1000 bāzes pāru (bp) garumā. Katrai imūnprecipācijai 15 μg hromatīna tika inkubē 10 μg HP1 9A9 monoklonālo antivielu (3 h 4°C temperatūrā rotējošā ritenī). Pēc tam pievienoja 50 μl dynabeads G proteīna un inkubācija turpinājās pa nakti 4°C temperatūrā. Centrifugāt tika izmesti un paraugi tika divreiz mazgāti līzes buferšķīdumā (katrs mazgā 15 minūtes 4 °C temperatūrā) un divreiz TE buferšķīdumā (1 mM EDTA, 10 mM TrisHCl pie pH 8). Hromatīns tika eluēts no krellēm divos posmos; pirmais 100 μl Eluīsa 1. buferšķīduma (10 mM EDTA, 1% SDS, 50 mM TrisHCl pie pH 8) pie pH 8) 65°C temperatūrā 15 min, kam seko centrifugēšana un supernatanta reģenerācija. Krelles materiāls tika atkārtoti ekstrahēts 100 μl TE + 0,67% SDS. Kombinētais eluāts (200 μl) tika inkubēts pa nakti 65 °C temperatūrā, lai apgriezti šķērssaites, un apstrādāts ar 50 μg/ml RNaseA 15 minūtes 65 °C temperatūrā un par 500 μg/ml Proteināze K 3 h 65°C temperatūrā. Paraugi tika ekstrahēti ar fenolu-hloroformu un etanols tika nogulsnēts. DNS tika atkārtoti uzpildīts 25 μl ūdens. Lai maksimāli palielinātu molekulārās analīzes ar DNS imūnprecipizēšanu, kandidātgēni tika pastiprināti pa pāriem, izmantojot optimizētu dupleksa-PCR protokolu, izmantojot divas dažādas praimeru kopas ar līdzīgu kušanas temperatūru vienā reakcijā.
(Casale et al. 2019)

UP200St TD_CupHorn par paraugu netiešu ultraskaņu

UP200St TD_CupHorn netiešu ultraskaņu tādiem paraugiem kā DNS un hromatīna nobīdes

Augstas veiktspējas ultraskaņas šūnu traucētāji bioloģiskajiem paraugiem

Hielscher Ultrasonics ir jūsu sen pieredzējis partneris, kad runa ir par augstas veiktspējas ultrasonatori šūnu traucējumiem, līze, olbaltumvielu ekstrakcija, DNS, RNS un hromatīna sadrumstalotību, kā arī citiem iepriekš analītiskiem paraugu sagatavošanas posmiem. Piedāvājot visaptverošu ultraskaņas laboratorijas homogenizatoru un paraugu sagatavošanas vienību portfeli, Hielscher ir ideāla ultraskaņas ierīce jūsu bioloģiskajai lietošanai un prasībām.
Zondes tipa insonifier UP200St līzesKlasisks zondes tipa ultrasonators ar mikrogalu, piemēram, UP200St (200W; skatīt attēlu pa kreisi) vai vienu no ultraskaņas paraugu sagatavošanas vienībām VialTweeter vai UP200ST_TD_CupHorn ar VialHolder ir iecienītākie modeļi pētniecības un analītiskajās laboratorijās. Klasiskā ultraskaņas zonde ir ideāla, kad sagatavo mazāk paraugu, ir jākliedē, jāekstrahē vai jāsadrumstalo. Parauga sagatavošanas vienības VialTweeter UP200St_TD_CupHorn flakons ļauj vienlaicīgi apstrādāt ar ultraskaņu attiecīgi līdz 10 vai 5 flakoniem.
Ja jāapstrādā liels paraugu skaits (piemēram, 96 urbu plāksnes, mikrotitrēšanas plates utt.), UIP400MTP UIP400MTP ir ideāls ultraskaņas iestatījumu. UIP400MTP darbojas kā lielāks cuphorn, kas ir piepildīta ar ūdeni un ir pietiekami daudz vietas, lai noturētu mikro-labi plates. Powered by 400 vati spēcīgs ultraskaņas procesors, UIP400MTP nodrošina ļoti vienotu un intensīvu ultraskaņu multi-well plates, lai izjauktu šūnas, lyse paraugus, šķīdināt granulas, ekstrakta olbaltumvielas vai bīdes DNS.

Precīza kontrole, izmantojot viedo programmatūru

Hielscher rūpniecības procesori hdT sērijas var ērti un lietotājam draudzīgi darbojas ar pārlūka tālvadības pulti.Visi Hielscher ultraskaņas risinājumi no 200 vatiem uz augšu ir aprīkoti ar digitālu krāsu skārienekrānu un inteliģentu programmatūru. Izmantojot viedo datu protokolu, visi ultraskaņas procesa parametri tiek automātiski saglabāti kā CSV fails iebūvētajā SD kartē, tiklīdz tiek startēts ultraskaņas aparāts. Tas padara pētniecību un protokolēšanu tik daudz ērtāku. Pēc ultraskaņas apstrādes vai paraugu sagatavošanas jūs varat vienkārši pārskatīt katras ultraskaņas apstrādes parametrus un salīdzināt tos.
Izmantojot intuitīvo izvēlni, pirms ultraskaņas apstrādes var iepriekš iestatīt daudzus parametrus: Piemēram, lai kontrolētu temperatūru paraugā un novērstu tā termisko degradāciju, var noteikt parauga temperatūras augšējo robežu. Spraudnējams temperatūras sensors, kas nāk ar ultraskaņas vienību, dod ultraskaņas procesora atgriezenisko saiti par faktisko ultraskaņas temperatūru. Kad augšējā temperatūras robeža ir sasniegta, ultraskaņas ierīce apstājas, līdz tiek sasniegta iestatītā ∆T apakšējā robeža, un sāk automātiski ultraskaņu no jauna.
Ja ir nepieciešama ultraskaņas apstrāde ar konkrētu enerģijas ievadi, varat iepriekš iestatīt ultraskaņas enerģiju ultraskaņas kārtošanas laikā. Protams, ultraskaņas pulsāciju un cikla režīmu var iestatīt arī atsevišķi.
Lai atkārtoti izmantotu savus veiksmīgākos ultraskaņas apstrādes parametrus, varat saglabāt dažādus ultraskaņas režīmus (piemēram, ultraskaņas apstrādes laiku, intensitāti, cikla režīmu utt.) kā iepriekš iestatītus režīmus, lai tie būtu viegli un ātri sākti no jauna.
Lai iegūtu vairāk darbības ērtību, visas digitālās ultraskaņas vienības var darbināt, izmantojot pārlūka tālvadības pulti jebkurā kopējā pārlūkprogrammā (piemēram, InternetExplorer, Safari, Chrome u.c.). LAN savienojums ir vienkāršs plug-n-play setup un nav nepieciešama papildu programmatūras instalēšanu.
Mēs Hielscher zinām, ka veiksmīgai bioloģisko paraugu apstrādei ar ultraskaņu ir nepieciešama precizitāte un atkārtojamība. Tāpēc mēs izstrādājām mūsu ultraskaņas aparātus kā viedās ierīces ar visām funkcijām, kas nodrošina efektīvu, uzticamu, reproducējamu un ērtu paraugu sagatavošanu.

Sazinieties ar mums tagad un pastāstiet mums par saviem bioloģiskajiem paraugiem un nepieciešamajiem sagatavošanās posmiem. Mēs ierosināsim jums vispiemērotāko ultraskaņas paraugu sagatavošanas ierīci un palīdzēsim jums ar papildu informāciju, piemēram, protokoliem un ieteikumiem.

Zemāk redzamajā tabulā ir sniegta norāde par mūsu ultraskaņas sistēmu aptuveno apstrādes jaudu no ultraskaņas mikro galiem un klasiskajiem ultraskaņas homogenizatoriem līdz MultiSample ultrasonikatoriem, lai ērti un uzticami sagatavotu daudzus paraugus:

partijas apjoms Plūsmas ātrums Ieteicamie ierīces
96-aukli / mikrotitrēšanas plates nav | UIP400MTP UIP400MTP
10 flakoni ā 0,5 līdz 1,5ml nav | VialTweeter UP200St
CupHorn netiešai apstrādei ar ultraskaņu, piemēram, līdz 5 flakoniem nav | UP200ST_TD_CupHorn
0.01 līdz 250ml 5 līdz 100ml/min UP50H
0.01 līdz 500ml 10 līdz 200 ml / min UP100H
0.02 līdz 1L 20 līdz 400 ml / min UP200Ht / UP200St
10 līdz 2000mL 20 līdz 400 ml / min UP200Ht, UP400St
0.25 līdz 5L 0.05 līdz 1L/min UIP500hdT

Sazinies ar mums! / Uzdot mums!

Lūgt vairāk informācijas

Lūdzu, izmantojiet zemāk esošo formu, lai pieprasītu papildu informāciju par ultraskaņas procesoriem, lietojumprogrammām un cenu. Mēs labprāt apspriedīsim jūsu procesu ar jums un piedāvāsim jums ultraskaņas sistēmu, kas atbilst jūsu prasībām!









Lūdzu, ņemiet vērā mūsu Privātuma politika.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

Ultraskaņas vairāku paraugu sagatavošanas vienība VialTweeter ļauj vienlaicīgi apstrādāt līdz 10 flakoniem. Ar iespīlēšanas ierīci VialPress, līdz 4 papildu caurulēm var nospiest uz priekšu intensīvai apstrādei ar ultraskaņu.

Literatūra/atsauces



Hielscher Ultrasonics supplies high-performance ultrasonic homogenizers from lab to industrial size.

Augstas veiktspējas ultrasonikācija! Hielscher produktu klāsts aptver pilnu spektru no kompaktā laboratorijas ultrasonatora pār galda vienībām līdz pilnas rūpniecības ultraskaņas sistēmām.


Fakti ir vērts zināt

Metabolomi

Metabolomika ir pētījums par mazām molekulām, kas pazīstamas kā metabolīti un atrodas šūnās, biofluīdos, audos vai organismos. Šīs mazās molekulas un to mijiedarbība bioloģiskajā sistēmā ir apkopota zem jumta termina "metaboloms", un pētniecības jomu sauc par metabolomiku. Metabolomu pētījumi ir cieši saistīti ar strauji augošo precīzās medicīnas jomu. Izpratne par metabolomu un tā saistību ar dažādām slimībām palīdz izstrādāt slimību profilakses un klīniskās aprūpes stratēģijas, vienlaikus saglabājot individuālo mainīgumu vidē, dzīvesveidā, ģenētikā un molekulārajā fenotipā. Lai atbrīvotu metabolītu molekulas no šūnām, ultrasonizāciju bieži izmanto bioloģiskajās laboratorijās pirmsausinājumu paraugu sagatavošanai, piemēram, šūnu traucējumiem, līzei un olbaltumvielu, lipīdu un citu molekulu ekstrakcijai.