ულტრაბგერითი დნმ-ის ფრაგმენტაცია შემდეგი თაობის თანმიმდევრობისთვის
შემდეგი თაობის თანმიმდევრობა (NGS) მოითხოვს გენომის დნმ-ის საიმედო განაწილებას და ფრაგმენტაციას, რათა მოხდეს გენომის დნმ-ის ჯაჭვების თანმიმდევრობა და შექმნას გენომის ბიბლიოთეკები. დნმ-ის კონტროლირებადი ფრაგმენტაცია დნმ-ის ფრაგმენტებად არის ნიმუშის მომზადების აუცილებელი ეტაპი, რომელიც საჭიროა დნმ-ის თანმიმდევრობის დადგენამდე. ულტრაბგერითი დადასტურებულია, როგორც ეფექტური და საიმედო ტექნიკა გარკვეული სიგრძის დნმ-ის ფრაგმენტაციისთვის. ულტრაბგერითი დნმ-ის ფრაგმენტაციის პროტოკოლები აღწევენ რეპროდუქციულ ფრაგმენტაციის შედეგებს. Hielscher-ის ულტრაბგერითებს შეუძლიათ წარმოქმნან გენომიური დნმ-ის ფრაგმენტების ზომის განაწილების ფართო სპექტრი, ზუსტად კონტროლირებადი ოპერაციული პარამეტრების მეშვეობით. მას შემდეგ, რაც Hielscher ულტრაბგერითი დნმ-ის თხრილის სისტემები ხელმისაწვდომია ერთჯერადი და მრავალჯერადი ფლაკონებისთვის, ასევე მიკროფირფიტებისთვის, ნიმუშის მომზადება ხდება ძალიან ეფექტური.
UIP400MTP Plate Sonicator მაღალი გამტარუნარიანობის ნიმუშის მომზადებისთვის ნიმუშების ერთგვაროვანი გაჟონვა მრავალ ჭაბურღილში, მიკროტიტრულ ფირფიტებში და 96 ჭაბურღილების ფირფიტებში
- განმეორებადი/გამეორებადი შედეგები
- ზუსტად რეგულირდება გარკვეული ფრაგმენტის სიგრძის მისაღებად
- სწრაფი დამუშავება
- დნმ-ის ფრაგმენტაციის თანმიმდევრული შედეგები
- მოწყობილობები ნებისმიერი ნიმუშის მოცულობისთვის (მაგ., მრავალი ფლაკონი ან მიკროფირფიტი)
- მაღალი გამტარუნარიანობა
- ზუსტი ტემპერატურის კონტროლი
- მარტივი, მოსახერხებელი ოპერაცია
შემდეგი თაობის თანმიმდევრობა: ულტრაბგერითი დნმ-ის ფრაგმენტაცია ბიბლიოთეკის მომზადებისთვის
შემდეგი თაობის თანმიმდევრობის განსახორციელებლად, უნდა შესრულდეს სამი ძირითადი ეტაპი: (1) ბიბლიოთეკის მომზადება, (2) თანმიმდევრობა და (3) მონაცემთა ანალიზი. ბიბლიოთეკის მომზადებისას ხდება დნმ-ის ფრაგმენტაცია, შემდეგ ხდება ფრაგმენტების ბოლოების შეკეთება (გაპრიალება) ერთი ადენინის ფუძის დამატებით და სამიზნე ფრაგმენტები გარდაიქმნება ორჯაჭვიან დნმ-ში. საბოლოოდ ეგრეთ წოდებული ადაპტერები მიმაგრებულია ლიგაციის, PCR ან ტაგმენტაციის გზით, რათა საბოლოო ბიბლიოთეკის დნმ-ის პროდუქტის რაოდენობრივი დადგენა შესაძლებელია თანმიმდევრობისთვის.
დნმ-ის ფრაგმენტაცია გახმოვანების გამოყენებით: განსაკუთრებით მაშინ, როდესაც მოკლე წაკითხული თანმიმდევრობის ტექნოლოგიები, როგორიცაა Illumina, რომელსაც არ შეუძლია ადვილად წაიკითხოს დნმ-ის უფრო გრძელი ფრაგმენტები, დნმ-ის სადგამები უნდა იყოს ფრაგმენტირებული გარკვეულ ზომამდე, რაც საიმედოდ მიიღწევა ულტრაბგერითი გამოკვლევით.
ულტრაბგერითი შეიძლება საიმედოდ იქნას გამოყენებული დნმ-ის, რნმ-ის და ქრომატინის ფრაგმენტაციისთვის.
შემდეგი თაობის თანმიმდევრობა – ბიბლიოთეკის მომზადება
ულტრაბგერითი დნმ-ის ფრაგმენტაცია ჩვეულებრივ გამოიყენება დნმ-ის თანმიმდევრობის ბიბლიოთეკების მომზადებაში შემდეგი თაობის თანმიმდევრობის (NGS) პლატფორმებისთვის. ეს ტექნიკა გამოიყენება დნმ-ის მოლეკულების დასაშლელად სასურველი ზომის დიაპაზონის პატარა ფრაგმენტებად, რაც ხელს უწყობს ბიბლიოთეკის მომზადების შემდგომ ეტაპებს. ულტრაბგერითი დნმ-ის ფრაგმენტაცია, როგორც წესი, საჭიროა NGS სამუშაო ნაკადების ბიბლიოთეკის მომზადების საფეხურზე, რათა დაფრაგმენტირდეს გენომის დნმ უფრო პატარა ნაჭრებად, რომლებიც შესაფერისია ქვედა დინების დამუშავებისა და თანმიმდევრობისთვის. ის გადამწყვეტ როლს ასრულებს თანმიმდევრობის ექსპერიმენტის წარმატების უზრუნველსაყოფად, დნმ-ის ფრაგმენტების შესაბამისი ზომის დიაპაზონის გენერირებით კონკრეტული სეკვევენირების პლატფორმისთვის.
E. coli EDL933-ის გენომიური დნმ-ის ელექტროფორეზული ანალიზები ექვემდებარება 0 – 15 წთ ულტრაბგერითი გამოკვლევის დროს. L მიუთითებს დნმ-ის კიბეზე. (Basselet et al. 2008)
შემდეგი თაობის თანმიმდევრობა – პროცესის ეტაპები:
- ულტრაბგერითი დნმ ფრაგმენტაცია: ბიბლიოთეკის მშენებლობამდე, გენომის დნმ ფრაგმენტირებულია პატარა, უფრო მართვად ნაწილებად. ულტრაბგერითი ფრაგმენტაცია გულისხმობს მაღალი სიხშირის ხმის ტალღების გამოყენებას დნმ-ის მოლეკულების სასურველი ზომის დიაპაზონის ფრაგმენტებად გადასაჭრელად. ეს ნაბიჯი გადამწყვეტია, რადგან ის გვეხმარება იმის უზრუნველსაყოფად, რომ შემდგომში გენერირებული თანმიმდევრობის წაკითხვები იქნება შესაბამისი სიგრძის თანმიმდევრობის პლატფორმისთვის. ფრაგმენტების ზომის დიაპაზონი შეიძლება დარეგულირდეს თანმიმდევრობის ექსპერიმენტის სპეციფიკური მოთხოვნების საფუძველზე.
- კლონური გაძლიერება PCR-ით: ულტრაბგერითი ფრაგმენტაციის შემდეგ, დნმ-ის ფრაგმენტები გადიან საბოლოო შეკეთებას, ადაპტერის ლიგირებას და PCR გაძლიერებას საბოლოო დნმ-ის თანმიმდევრობის ბიბლიოთეკების შესაქმნელად. ეს საფეხურები ამზადებს ფრაგმენტულ დნმ-ის მოლეკულებს თანმიმდევრობის პროცესისთვის ადაპტერული თანმიმდევრობების დამატებით, რომლებიც აუცილებელია თანმიმდევრობის პლატფორმაზე დასაკავშირებლად და PCR გაძლიერებისთვის პრაიმინგის ადგილების უზრუნველყოფით.
- დნმ-ის თანმიმდევრობა სინთეზით: მას შემდეგ, რაც თანმიმდევრობის ბიბლიოთეკები მომზადდება, იწყება დნმ-ის თანმიმდევრობის სინთეზის (SBS) პროცესი. SBS-ის დროს დნმ-ის თანმიმდევრობა განისაზღვრება ნუკლეოტიდების თანმიმდევრული დამატებით ჯაჭვში. ეს ნაბიჯი მოიცავს ნუკლეოტიდების შეყვანის, გამოსახულების და გაყოფის ციკლურ რეაქციებს, რაც საშუალებას იძლევა განისაზღვროს დნმ-ის თანმიმდევრობა ფლუორესცენტური სიგნალების საფუძველზე, რომლებიც ასხივებენ ინკორპორირებულ ნუკლეოტიდებს.
- მასიურად პარალელური თანმიმდევრობა: საბოლოო საფეხურზე, სივრცით გამოყოფილი, გაძლიერებული დნმ-ის შაბლონები თანმიმდევრობით ხდება ერთდროულად მასიურად პარალელურად. ეს მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობის მიდგომა იძლევა მილიონობით ან მილიარდობით თანმიმდევრობის წაკითხვის გენერირებას ერთ თანმიმდევრობის პერსპექტივაში, რაც საშუალებას იძლევა დნმ-ის თანმიმდევრობების ეფექტური და სწრაფი განსაზღვრა.
როგორ მუშაობს ულტრაბგერითი დნმ-ის ფრაგმენტაცია?
Sonication, ასევე ცნობილი როგორც აკუსტიკური ნიმუშის დამუშავება, არის ფართოდ გამოყენებული მეთოდი დნმ-ის ფრაგმენტაციისთვის. ულტრაბგერითი დნმ-ის გადაკვეთისთვის, ნიმუშები ექვემდებარება ულტრაბგერითი ტალღებს კონტროლირებად პირობებში. ულტრაბგერითი დნმ-ის ფრაგმენტაციის მუშაობის პრინციპი ემყარება ულტრაბგერითი ტალღების მიერ წარმოქმნილ ვიბრაციას და კავიტაციას. ათვლის ძალები, რომლებიც წარმოიქმნება ულტრაბგერითი (აკუსტიკური) კავიტაციის შედეგად, არღვევს მაღალი მოლეკულური წონის დნმ-ის მოლეკულებს. ხმოვანი გამოსხივების ისეთი პარამეტრი, როგორიცაა ინტენსივობა (ამპლიტუდა, ხანგრძლივობა), პულსაციის რეჟიმი და ტემპერატურა, იძლევა დნმ-ის ზუსტი ფრაგმენტაციის საშუალებას დნმ-ის ფრაგმენტების გარკვეულ სასურველ სიგრძემდე. მიუხედავად იმისა, რომ დნმ ხშირად მცირდება 100-დან 600 bp-მდე ულტრაბგერითი გამოკვლევის გამოყენებით, 1300 bp-მდე უფრო გრძელი დნმ-ის ფრაგმენტების მიღება შესაძლებელია უფრო რბილი ულტრაბგერითი პირობების გამოყენებისას.
ულტრაბგერითი დნმ-ის გაპარსვა ჩიპ-ის დროს – ქრომატინის იმუნოპრეციპიტაცია
ადაპტირებულია Jkwchui-დან CC-BY-SA.03-ით
ტემპერატურის კონტროლი დნმ-ის დეგრადაციის თავიდან ასაცილებლად
დნმ-ის ორჯაჭვიანი მოლეკულური ფორმა ძალიან მგრძნობიარეა ამაღლებული ტემპერატურის მიმართ, ამიტომ ნიმუშის მომზადების ეტაპებზე ტემპერატურის ზუსტი კონტროლი გადამწყვეტი ფაქტორია საიმედო ანალიზის შედეგებისთვის.
იყენებთ Hielscher-ის ზონდის ულტრაბგერას, VialTweeter-ს თუ UIP400MTP-ს – ტემპერატურის უწყვეტი მონიტორინგი და კონტროლი უზრუნველყოფილია ჩართვის ტემპერატურის სენსორისა და ჭკვიანი მოწყობილობის პროგრამული უზრუნველყოფის წყალობით. ტემპერატურის გარკვეულ დიაპაზონში შესანარჩუნებლად, შეგიძლიათ დააყენოთ ტემპერატურის ზედა და ქვედა ზღვარი. შესაბამისად, ულტრაბგერითი შეჩერდება, როგორც კი ამ ტემპერატურულ ზღვარს გადააჭარბებს და ავტომატურად გააგრძელებს ხმოვან გამომუშავებას, როდესაც ტემპერატურა შემცირდება მითითებული ΔT-ით.
Hielscher ულტრაბგერითი აპარატების დახვეწილი პროგრამული უზრუნველყოფა უზრუნველყოფს ნიმუშის იდეალური მკურნალობის პირობების საიმედო შენარჩუნებას.
მასობრივი ნიმუშის დნმ-ის ფრაგმენტაცია UIP400MTP მრავალ ჭაბურღილის ფირფიტის ულტრაბგერითი აპარატით
სიცოცხლის მეცნიერებაში ნიმუშების რაოდენობა მნიშვნელოვნად გაიზარდა ბოლო ათწლეულის განმავლობაში. ეს ნიშნავს, რომ ნიმუშების ძალიან დიდი რაოდენობა (მაგ., 384, 1536 ან 3456 ჭაბურღილი თითო მიკროფირფიტაზე) უნდა დამუშავდეს ნიმუშის მომზადებისა და ანალიზის დროს თანმიმდევრულად თანაბარ პირობებში, რათა მივიღოთ შესადარებელი და მართებული შედეგები. UIP400MTP-ით Hielscher Ultrasonics მიჰყვება მასობრივი ნიმუშის დამუშავების ტენდენციას. UIP400MTP არის ულტრაბგერითი აპარატი ნიმუშების მომზადებისთვის მიკროფირფიტების გამოყენებით. UIP400MTP-ს შეუძლია ფირფიტების დამუშავება 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 ან 3456 ჭაბურღილით. მიკროფირფიტის ტიპის მიხედვით, თითოეულ ჭას შეუძლია, როგორც წესი, შეინახოს ნიმუშის მოცულობა ათობით ნანოლიტრიდან რამდენიმე მილილიტრამდე. ფართოდ გამოიყენება სიცოცხლის მეცნიერების კვლევაში, UIP400MTP ძალიან ხშირად გამოიყენება ნიმუშის მოსამზადებლად ანალიზამდე, როგორიცაა ELISA (ფერმენტთან დაკავშირებული იმუნოსორბენტული ანალიზი) ან PCR, ცილების ანალიტიკამდე, ასევე ქრომატინის მოსამზადებლად CHiP და CHiP-seq, ჰისტონის მოდიფიკაციამდე. იდენტიფიკაცია და სხვა ანალიტიკური მკურნალობა (მაგ., გელის ელექტროფორეზი, მასის სპექტრომეტრია).
VialTweeter 10-მდე ფლაკონის ნიმუშის მოსამზადებლად
VialTweeter არის ფართოდ გამოყენებული ლაბორატორიული ულტრაბგერითი VialTweeter, რომელიც იძლევა 10-მდე ფლაკონის ერთდროულად ეფექტური და კომფორტული გაჟღერების საშუალებას. ვინაიდან ფლაკონები და სატესტო მილები (მაგ., ეპენდორფის ფლაკონები, კრიო ფლაკონები, ცენტრიფუგა მილები) ხდება არაპირდაპირი ხმით, ყოველგვარი ჯვარედინი დაბინძურება თავიდან უნდა იქნას აცილებული. ვინაიდან ულტრაბგერის იგივე ინტენსივობა მიეწოდება თითოეულ ნიმუშს, ბგერითი გამოკვლევის ყველა შედეგი ერთგვაროვანი და რეპროდუცირებადია. VialTweeter გთავაზობთ ყველა სმარტ ფუნქციას, როგორიცაა ჩვენი სხვა ციფრული მოწყობილობები (მაგ., ჭკვიანი მენიუ, პროგრამირებადი პარამეტრები, ტემპერატურის კონტროლი, დისტანციური მართვა და ა.შ.), რათა უზრუნველყოფილი იყოს მომხმარებლის მაქსიმალური კომფორტი.
Multi-Finger Probes Microwell Plates-ისთვის
ხელმისაწვდომია ულტრაბგერითი ზონდის ჰომოგენიზატორებისთვის UP200Ht და UP200St, მრავალ თითის ზონდები 4 ან 8 თითით არის კომფორტული ვარიანტი რამდენიმე ნიმუშის გაჟღერებისთვის ერთსა და იმავე პირობებში. მაგალითად, sonotrode MTP-24-8-96 არის რვა თითის ზონდი, რომელიც იდეალურია ავტომატიზირებულ სისტემებში ინტეგრირებისთვის ან მრავალჭაბურიანი ფირფიტების ჭაბურღილების ჭების ეფექტური ხელით მომზადებისთვის. მრავალ თითის სონოტროდი იდეალურია ავტომატიზირებული ლაბორატორიებისთვის, სადაც ძირითადად მუშავდება ჭიქა და ტესტი მილები სტანდარტული ულტრაბგერითი სონოტროდის გამოყენებით. მრავალ თითის და სტანდარტული ზონდები შეიძლება სწრაფად შეიცვალოს რამდენიმე წუთში და გარდაიქმნება ერთი ზონდის ულტრაბგერითი მრავალპრობიანი ულტრაბგერითი დამრღვევი.
Hielscher Ultrasonicators დნმ-ის ფრაგმენტაციისთვის
Hielscher Ultrasonics გთავაზობთ ულტრაბგერით დაფუძნებულ სხვადასხვა პლატფორმებს დნმ-ის, რნმ-ისა და ქრომატინის ფრაგმენტაციისთვის. ეს სხვადასხვა პლატფორმები მოიცავს ულტრაბგერითი ზონდებს (სონოტროდები), არაპირდაპირი სონიკაციის ხსნარებს მრავალი მილის ან მრავალ ჭაბურღილის ფირფიტების ერთდროული ნიმუშის მოსამზადებლად (მაგ., 96 ჭაბურღილის ფირფიტები, მიკროტიტრული ფირფიტები), სონორეაქტორები და ულტრაბგერითი თასების რქები. დნმ-ის ჭრის ყველა პლატფორმა იკვებება სიხშირით მორგებული, მაღალი ხარისხის ულტრაბგერითი პროცესორებით, რომლებიც ზუსტად კონტროლირებადია და იძლევა გამეორებად შედეგებს.
ულტრაბგერითი პროცესორები ნებისმიერი ნიმუშის რაოდენობისა და ზომისთვის
Hielscher-ის მრავალნიმუშიანი ულტრაბგერითი VialTweeter (10 ტესტის მილისთვის) და UIP400MTP (მიკროპლატების/მულტიბგერითი ფირფიტებისთვის) ადვილად შესაძლებელი ხდება ნიმუშის დამუშავების დროის შემცირება ინტენსიური და ზუსტად კონტროლირებადი ულტრაბგერითი გამოკვლევის შედეგად, დნმ-ის ფრაგმენტების სასურველი ზომის განაწილებისა და გამოსავლიანობის მიღებისას. . ულტრაბგერითი დნმ-ის ფრაგმენტაცია ხდის ნიმუშის მომზადებას ეფექტურ, საიმედო და მასშტაბურს. პროტოკოლების ხაზოვანი მასშტაბირება შესაძლებელია ერთიდან მრავალრიცხოვან ნიმუშამდე, მუდმივად კონტროლირებადი ულტრაბგერითი გამოყენებით.
ულტრაბგერითი ზონდი ერთიდან ხუთამდე თითით იდეალურია მცირე რაოდენობის ნიმუშის მოსამზადებლად. Hielscher-ის ლაბორატორიული ულტრაბგერითები ხელმისაწვდომია სხვადასხვა ზომებში, ასე რომ, ჩვენ შეგვიძლია შემოგთავაზოთ იდეალური მოწყობილობა თქვენი განაცხადისა და მოთხოვნებისთვის.
პროცესის ზუსტი კონტროლი
ზუსტად კონტროლირებადი სონიფიკაციის პარამეტრები გადამწყვეტია, რადგან ამომწურავი სონიფიკაციას შეუძლია გაანადგუროს დნმ, რნმ და ქრომატინი, მაგრამ არაადეკვატური ულტრაბგერითი ცვლა იწვევს ძალიან გრძელ დნმ-ს და ქრომატინის ფრაგმენტებს. Hielscher-ის ციფრული ულტრაბგერითი აპარატები ადვილად შეიძლება დაყენდეს ზუსტ ხმოვან პარამეტრზე. ხმოვანი გამოსხივების სპეციფიკური პარამეტრები ასევე შეიძლება შენახული იყოს როგორც დაპროგრამებული პარამეტრი იგივე პროცედურის სწრაფი განმეორებისთვის.
ყველა sonication ავტომატურად პროტოკოლდება და ინახება როგორც CSV ფაილი ჩაშენებულ SD ბარათზე. ეს შესაძლებელს ხდის შესრულებული ცდების ზუსტი დოკუმენტაციას და შესაძლებელს ხდის სონიკაციის გაშვებების მარტივად გადახედვას.
ბრაუზერის დისტანციური მართვის საშუალებით, ყველა ციფრული ულტრაბგერითი შეიძლება მუშაობდეს და აკონტროლოთ ნებისმიერი სტანდარტული ბრაუზერის საშუალებით. დამატებითი პროგრამული უზრუნველყოფის ინსტალაცია არ არის საჭირო, რადგან LAN კავშირი საშუალებას იძლევა ძალიან მარტივი plug-n-play დაყენება.
ულტრაბგერითი ნიმუშის მომზადების უმაღლესი მომხმარებლის მეგობრობა
Hielscher-ის ყველა ულტრაბგერითი შექმნილია მაღალი ხარისხის ულტრაბგერითი გამოკვლევისთვის, ამავდროულად ყოველთვის არის ძალიან მოსახერხებელი და ადვილად გამოსაყენებელი. ყველა პარამეტრი კარგად არის სტრუქტურირებული მკაფიო მენიუში, რომელზედაც ადვილად წვდომა შეიძლება ფერადი სენსორული ეკრანის ან ბრაუზერის დისტანციური მართვის საშუალებით. ჭკვიანი პროგრამული უზრუნველყოფა პროგრამირებადი პარამეტრებით და მონაცემთა ავტომატური ჩაწერით უზრუნველყოფს ხმოვანი გამოსხივების ოპტიმალურ პარამეტრებს საიმედო და რეპროდუცირებადი შედეგებისთვის. მენიუს სუფთა და ადვილად გამოსაყენებელი ინტერფეისი აქცევს Hielscher ულტრაბგერითებს მომხმარებლისთვის მოსახერხებელი და ეფექტურ მოწყობილობებად.
ქვემოთ მოყვანილი ცხრილი გაძლევთ მითითებას ჩვენი ლაბორატორიის ულტრაბგერითი აპარატების დამუშავების სავარაუდო შესაძლებლობებზე, რომლებიც იდეალურია ნიმუშების მომზადებისთვის, როგორიცაა დნმ და რნმ-ის ფრაგმენტაცია, უჯრედების ლიზი, ასევე ცილების ექსტრაქცია:
| მოწყობილობა | სიმძლავრე [W] | ტიპი | მოცულობა [მლ] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | მიკროფილებისთვის | 6 – 3456 ჭაბურღილი | VialTweeter | 200 | 10-მდე ფლაკონისთვის, პლუს დამაგრების შესაძლებლობა | 0.5 – 1.5 |
| UP50H | 50 | ზონდის ტიპის | 0.01 – 250 |
| UP100H | 100 | ზონდის ტიპის | 0.01 – 500 |
| UP200Ht | 200 | ზონდის ტიპის | 0.1 – 1000 |
| UP200 ქ | 200 | ზონდის ტიპის | 0.1 – 1000 |
| UP400 ქ | 400 | ზონდის ტიპის | 5.0 – 2000 წ |
| ჭიქის რქა | 200 | CupHorn, სონორეაქტორი | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | დაბინძურებისგან თავისუფალი ნაკადის უჯრედი |
Დაგვიკავშირდით! / Გვკითხე ჩვენ!
ულტრაბგერითი მრავალ ნიმუშის მომზადების განყოფილება VialTweeter იძლევა 10-მდე ფლაკონის ერთდროული გაჟონვის საშუალებას. დამჭერი მოწყობილობა VialPress-ით, შესაძლებელია 4-მდე დამატებითი მილის დაჭერა წინა მხარეს ინტენსიური სონიკაციისთვის.
Sonotrode MTP-24-8-96 აქვს რვა ულტრაბგერითი ზონდი მიკროტიტრული ფირფიტების ჭაბურღილების გახმოვანებისთვის.
ლიტერატურა / ლიტერატურა
- Poptsova, M., Il’icheva, I., Nechipurenko, D. et al. (2014): Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Scientific Reports 4, 4532; 2014.
- Basselet P., Wegrzyn G., Enfors S.-O., Gabig-Ciminska M. (2008): Sample processing for DNA chip array-based analysis of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC). Microbial Cell Factories 7:29. 2008.
- Doublier S., Riganti Ch., Voena C., Costamagna C., Aldieri E., Pescarmona G., Ghigo D., Bosia A. (008): RhoA Silencing Reverts the Resistance to Doxorubicin in Human Colon Cancer Cells. Molecular Cancer Research 6(10), 2008.
- Fredlund E., Gidlund A., Olsen M., Börjesson T., Spliid N.H.H., Simonsson M. (2008): Method evaluation of Fusarium DNA extraction from mycelia and wheat for down-stream real-time PCR quantification and correlation to mycotoxin levels. Journal of Microbiological Methods 2008.
- Fritsche C., Sitz M., Weiland N., Breitling R., Pohl H.-D. (2007): Characterization of the growth behavior of Leishmania tarentolae – a new expression system for recombinant proteins. Journal of Basic Microbiology 47, 2007. 384–393.
- Ristola M., Arpiainen S., Saleem M. A., Mathieson P. W., Welsh G. I., Lehtonen S., Holthöfer H. (2009): Regulation of Neph3 gene in podocytes – key roles of transcription factors NF-κB and Sp1. BMC Molecular Biology 10:83, 2009.
- Rodriguez J., Vives L., Jorda M., Morales C., Munoz M., Vendrell E., Peinado M. A. (2008): Genome-wide tracking of unmethylated DNA Alu repeats in normal and cancer cells. Nucleic Acids Research Vol. 36, No. 3, 2008. 770-784.
- Weiske J. Huber O. (2006): The Histidine Triad Protein Hint1 Triggers Apoptosis Independent of Its Enzymatic Activity. The Journal of Biological chemistry. Vol. 281, No. 37, 2006. 27356–27366.
ფაქტები, რომელთა ცოდნაც ღირს
რა არის შემდეგი თაობის თანმიმდევრობა?
შემდეგი თაობის თანმიმდევრობა, ასევე შემდეგი თაობის თანმიმდევრობა (NGS), მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობა ან მეორე თაობის თანმიმდევრობა, ეხება მასიური პარალელური თანმიმდევრობის მიდგომას, სადაც მილიონობით ფრაგმენტის დნმ-ის ძალიან დიდი (მასიური) რაოდენობების თანმიმდევრობა ხდება ერთდროულად პარალელურად. თითო პერსპექტივაში.
შემდეგი თაობის თანმიმდევრობის განსახორციელებლად, სამი ძირითადი ნაბიჯი
- ბიბლიოთეკის მომზადება,
- თანმიმდევრობა და
- მონაცემთა ანალიზი
საჭიროა.
ბიბლიოთეკის მომზადების დროს დნმ-ის ჯაჭვები უნდა დაიყოს გარკვეული სიგრძის დნმ-ის ფრაგმენტებად. Sonication არის დნმ-ის ფრაგმენტაციის ერთ-ერთი სასურველი ტექნიკა.
დნმ-ის თანმიმდევრობის პროცესში ნუკლეოტიდების რიგი დნმ-ში – ცნობილია როგორც ნუკლეინის მჟავების თანმიმდევრობა - განისაზღვრება. ნუკლეინის მჟავების თანმიმდევრობა შედგება ოთხი ნუკლეოტიდური ფუძისგან - ადენინი, ციტოზინი, გუანინი, თიმინი. – რომელი კოდი ინფორმაციისთვის.
შემდეგი თაობის თანმიმდევრობა ხელმძღვანელობს კვლევებს სიცოცხლის მეცნიერებაში და პერსონალიზებულ მედიცინაში, რადგან დნმ-ისა და რნმ-ის თანმიმდევრობა ფართოდ გამოიყენება გენომიურ კვლევებში, კიბოს კვლევაში, იშვიათი და რთული დაავადებების კვლევაში, მიკრობული კვლევები, აგროგენომიკა და მრავალი სხვა კვლევის სფეროში.
შემდეგი თაობის თანმიმდევრობა vs Sanger Sequencing
მიუხედავად იმისა, რომ შემდეგი თაობის თანმიმდევრობით (NGS) შესაძლებელია გენომიური ნიმუშების მასიური რაოდენობის თანმიმდევრობა, Sanger Sequencing (ასევე ცნობილია როგორც ჯაჭვის შეწყვეტის მეთოდი ან პირველი თაობის თანმიმდევრობა) აქვს მხოლოდ მცირე რაოდენობის ნიმუშების თანმიმდევრობის დადგენა. სანჯერის თანმიმდევრობა ადგენს მხოლოდ დნმ-ის ერთ ფრაგმენტს ერთდროულად და შეიძლება განხორციელდეს ერთ დღეში. მისი სიზუსტის გამო Sanger-ის თანმიმდევრობა ასევე ითვლება ოქროს სტანდარტის ტექნოლოგიად, რომელიც გამოიყენება შემდეგი თაობის თანმიმდევრობით მიღებული შედეგების შესამოწმებლად.
Sanger-ის თანმიმდევრობა აღწევს წაკითხვის სიგრძეს დაახლოებით 800bp (ჩვეულებრივ 500-600bp არაგამდიდრებული დნმ-ით). უფრო გრძელი წაკითხვის სიგრძე Sanger-ის თანმიმდევრობით აჩვენებს მნიშვნელოვან უპირატესობას სხვა თანმიმდევრობის მეთოდებთან შედარებით, განსაკუთრებით გენომის განმეორებადი რეგიონების თანმიმდევრობის თვალსაზრისით. მოკლედ წაკითხული თანმიმდევრობის მონაცემების გამოწვევა განსაკუთრებით პრობლემას წარმოადგენს ახალი გენომების (de novo) თანმიმდევრობის დადგენისას და გენომის უაღრესად გადაწყობილი სეგმენტების თანმიმდევრობის დასადგენად, როგორც წესი, კიბოს გენომებში ან ქრომოსომების რეგიონებში, რომლებიც ავლენენ სტრუქტურულ ცვალებადობას. [cp. მოროზოვა და მარრა, 2008]
დნმ – Დეზოქსირიბონუკლეინის მჟავა – მისი ფორმები და ფუნქციები
დნმ-ის თითოეულ ფორმას აქვს უნიკალური მახასიათებლები და გამოყენება, რაც ხელს უწყობს კვლევის სფეროების ფართო სპექტრს, მათ შორის ონკოლოგიას, გენეტიკას, სასამართლო მეცნიერებას და ევოლუციურ ბიოლოგიას. Hielscher sonicators არის უაღრესად ეფექტური და საიმედო გამოსავალი დნმ-ისა და რნმ-ის იზოლირებისთვის და ფრაგმენტისთვის თქვენი ანალიზის მიზნებისთვის. ქვემოთ მოცემულ სიაში ჩვენ აგიხსნით დნმ-ის სპეციფიკურ ფორმებს და ვახარისხებთ მათ ბიოლოგიურ კონტექსტსა და ფუნქციებზე დაყრდნობით:
- გენომიური დნმ (gDNA)
გენომის დნმ (gDNA): ორგანიზმში დნმ-ის სრული ნაკრები, რომელიც მოიცავს როგორც კოდირებულ (გენებს) ასევე არაკოდირებულ რეგიონებს. - უჯრედგარე დნმ
მოცირკულირე სიმსივნის დნმ (ctDNA): სიმსივნური უჯრედების მიერ სისხლში გამოთავისუფლებული დნმ-ის ფრაგმენტები.
უჯრედებისგან თავისუფალი დნმ (cfDNA): დნმ-ის ფრაგმენტები, რომლებიც თავისუფლად ცირკულირებს სისხლძარღვში, წარმოიქმნება სხვადასხვა ქსოვილებიდან. - ექსტრაქრომოსომული წრიული დნმ (eccDNA): წრიული დნმ-ის მოლეკულები ნაპოვნი ქრომოსომების გარეთ ევკარიოტულ უჯრედებში.
ვირუსული დნმ: ვირუსებისგან წარმოქმნილი დნმ, ინტეგრირებული მასპინძლის გენომში ან ეპისომური დნმ-ის სახით. - მიტოქონდრიული დნმ
მიტოქონდრიული დნმ (mtDNA): დნმ, რომელიც მდებარეობს მიტოქონდრიაში, მემკვიდრეობით მიიღება დედისგან და მონაწილეობს ენერგიის წარმოებაში. - პლაზმიდური დნმ
პლაზმური დნმ: მცირე, წრიული დნმ-ის მოლეკულები, რომლებიც მეორდება ქრომოსომული დნმ-ისგან დამოუკიდებლად, ჩვეულებრივ გვხვდება ბაქტერიებში და გამოიყენება გენური ინჟინერიაში. - ბირთვული დნმ
ბირთვული დნმ (nDNA): დნმ შეიცავს ევკარიოტული უჯრედების ბირთვს, რომელიც შეიცავს ორგანიზმის გენეტიკური მასალის უმეტესობას. - ერთუჯრედიანი დნმ
ერთუჯრედიანი დნმ (scDNA): დნმ ამოღებულია ერთი უჯრედიდან, გამოიყენება დეტალური გენომიური ანალიზისთვის ცალკეული უჯრედის დონეზე. - რეკომბინანტული დნმ
რეკომბინანტული დნმ (rDNA): გენეტიკური რეკომბინაციის ლაბორატორიული მეთოდებით წარმოქმნილი დნმ-ის მოლეკულები მრავალი წყაროდან გენეტიკური მასალის გაერთიანების მიზნით. - სპეციალიზებული ფორმები
გარემოს დნმ (eDNA): დნმ შეგროვებული გარემოს ნიმუშებიდან (ნიადაგი, წყალი) წყარო ორგანიზმების იზოლირების გარეშე
უძველესი დნმ (aDNA): უძველესი ნიმუშებიდან ამოღებული დნმ, რომელიც გვაწვდის ინფორმაციას ევოლუციური ბიოლოგიისა და უძველესი პოპულაციების შესახებ. - ქრომოსომული დნმ
ქრომოსომული დნმ: დნმ, რომელიც წარმოადგენს ქრომოსომებს უჯრედის ბირთვში, რომელიც მოიცავს როგორც კოდირებულ, ასევე არაკოდირებულ რეგიონებს. - ვირუსული და სინთეზური ფორმები
ვირუსული დნმ: ვირუსებისგან მიღებული დნმ, რომელიც შეიძლება იყოს ინტეგრირებული მასპინძლის გენომებში ან არსებობდეს როგორც დამოუკიდებელი ერთეულები.
სინთეზური დნმ: ხელოვნურად სინთეზირებული დნმ-ის თანმიმდევრობები, რომლებიც შექმნილია ქიმიური პროცესების შედეგად, რომლებიც ხშირად გამოიყენება კვლევებსა და ბიოტექნოლოგიაში.
Hielscher Ultrasonics აწარმოებს მაღალი ხარისხის ულტრაბგერითი ჰომოგენიზატორებისგან ლაბორატორია რომ სამრეწველო ზომა.