მიკროფირფიტის სონიკატორი დადასტურდა რეცენზირებული პროტეომიკის კვლევის ფარგლებში

Hielscher Ultrasonics აცხადებს, რომ მისი UIP400MTP ულტრაბგერითი მიკროფირფიტების სონიკატორი წარმატებით დადასტურდა პროტეომიკის შესახებ რეცენზირებულ შედარებით კვლევაში, რომელიც გამოქვეყნდა Proteomics-ში (2024). კვლევა აჩვენებს, რომ ულტრაბგერითი მიკროფირფიტებზე დაფუძნებული ნიმუშის მომზადება უზრუნველყოფს რეპროდუცირებად, მაღალი ხარისხის ცილის ექსტრაქტებს, რომლებიც სრულად თავსებადია მოწინავე პროტეომიკისა და ტერმინომიკის სამუშაო პროცესებთან.

პუბლიკაცია, “TermineR: ენდოგენური პროტეოლიზური დამუშავების შესახებ ინფორმაციის ამოღება შოტლანდიური პროტეომიკის მონაცემებიდან”, წარმოგიდგენთ ახალ ბიოინფორმატიკულ ჩარჩოს ენდოგენური პროტეოლიზის ანალიზისთვის პირდაპირ სტანდარტული მას-სპექტრომეტრიის მონაცემთა ნაკრებებიდან. მეთოდის ვალიდაციის ფარგლებში, ავტორებმა შეადარეს ქსოვილის ჰომოგენიზაციის სამი ხშირად გამოყენებული ტექნიკა: მძივების ცემა (Precellys), აბაზანის ულტრაბგერითი სონიკაცია (Bioruptor) და ულტრაბგერითი მიკროფირფიტების ულტრაბგერითი სონიკაცია UIP400MTP-ის გამოყენებით.

შედარებითი პროტეომის დაფარვა ხელოვნური პროტეოლიზის გარეშე

შედარებითი კვლევის ცენტრალური მიზანი იყო იმის შეფასება, გავლენას ახდენს თუ არა სხვადასხვა ექსტრაქციის მეთოდები ნახევრად სპეციფიკური პეპტიდების იდენტიფიკაციასა და რაოდენობრივ განსაზღვრაზე, რომლებიც კრიტიკულია ენდოგენური პროტეოლიზური დამუშავების შესასწავლად. შედეგები აჩვენებს, რომ UIP400MTP-ზე დაფუძნებული ულტრაბგერითი ექსტრაქცია აღწევს პროტეომის დაფარვას, რომელიც შედარებადია დამკვიდრებულ მექანიკურ დარღვევის მეთოდებთან, ამავდროულად ინარჩუნებს სრულად სპეციფიკური და ნახევრად სპეციფიკური პეპტიდების თანმიმდევრულ პროპორციებს.
მნიშვნელოვანია, რომ მონაცემები აჩვენებს, რომ მაღალი სიმძლავრის ულტრაბგერითი მიკროპლატების სონიკაცია არ იწვევს ცილის ხელოვნურ დაშლას, რაც ტერმინომიკისა და ნახევრად სპეციფიკური პეპტიდური ანალიზის საერთო შეშფოთებას ეხება. ეს ადასტურებს, რომ UIP400MTP უზრუნველყოფს ნიმუშის ეფექტურ დარღვევას, ხოლო ბიოლოგიურად მნიშვნელოვანი პროტეოლიზური ხელმოწერების შენარჩუნებას.

ნახევრად სპეციფიკური პეპტიდების რაოდენობრივი რეპროდუცირებადობა ექსტრაქციის მეთოდებს შორის –
ნახევრად სპეციფიკური პეპტიდების log2-ტრანსფორმირებული ინტენსივობის პირსონის კორელაციის სითბური რუკები, რომლებიც ადარებენ ცილის ექსტრაქციის სხვადასხვა მეთოდს ველური ტიპის (WT, მარცხნივ) და ნოკაუტის (KO, მარჯვნივ) ნიმუშებისთვის. მაღალი კორელაციის კოეფიციენტები (ტიპიურად ≥0.95) შეინიშნება UIP400MTP ულტრაბგერითი მიკროფირფიტის ულტრაბგერითი სონიკაციის, მძივების ცემის (Precellys®) და აბაზანის ულტრაბგერითი სონიკაციის (Bioruptor®) შორის, რაც აჩვენებს შესანიშნავ რაოდენობრივ თანხვედრას. ეს შედეგები ადასტურებს, რომ მიკროფირფიტებზე დაფუძნებული ულტრაბგერითი ...
შესწავლა და გრაფიკა: ©Cosenza-Contreras et al. 2024 წელი

მაღალი რეპროდუცირებადობა რაოდენობრივ პროტეომიკაში

კვლევა ასევე აჩვენებს მაღალ რაოდენობრივ რეპროდუცირებადობას ექსტრაქციის მეთოდებს შორის. პეპტიდების ინტენსივობის პირსონის კორელაციის ანალიზებმა გამოავლინა ძლიერი შესაბამისობა UIP400MTP-ით დამუშავებულ ნიმუშებსა და მძივებით ცემის ან აბაზანის ულტრაბგერითი დამუშავების გამოყენებით მომზადებულ ნიმუშებს შორის, კორელაციის კოეფიციენტებით, რომლებიც, როგორც წესი, აღემატება 0.95-ს.
ეს დასკვნები ადასტურებს, რომ ულტრაბგერითი მიკროფირფიტების სონიკაცია ინარჩუნებს პეპტიდების ფარდობით სიჭარბეს, რაც მას კარგად შესაფერისს ხდის დიფერენციალური პროტეომიკის, TMT-ზე დაფუძნებული მულტიპლექსირებისა და დაავადებაზე ორიენტირებული კვლევებისთვის, რომლებიც ზუსტ რაოდენობრივ შედარებებს მოითხოვს.

სპეციფიკურობისა და ექსტრაქციის მეთოდით იდენტიფიცირებული პეპტიდური წინამორბედების რაოდენობა
ფერმენტული სპეციფიკურობის მიხედვით (სრულიად სპეციფიკური, C-ტერმინალური ნახევრად სპეციფიკური და N-ტერმინალური ნახევრად სპეციფიკური) კლასიფიცირებული იდენტიფიცირებული პეპტიდური წინამორბედების რაოდენობის შედარება ცილის ექსტრაქციის სამ მეთოდში: მძივების ცემა (Precellys®), აბაზანის სონიკაცია (Bioruptor®) და ულტრაბგერითი მიკროფირფიტის სონიკაცია UIP400MTP-ის გამოყენებით. მონაცემები ნაჩვენებია ველური ტიპის (WT) და ნოკაუტის (KO) თაგვის თირკმლის ნიმუშებიდან აღებული ბიოლოგიური რეპლიკებისთვის. შედეგები აჩვენებს შედარებით პროტეომის დაფარვას და პეპტიდის სპეციფიკურობის მსგავს განაწილებას ყველა ექსტრაქციის მეთოდში, რაც მიუთითებს, რომ UIP400MTP-ზე დაფუძნებული მიკროფირფიტის სონიკაცია უზრუნველყოფს ცილის ეფექტურ ექსტრაქციას არასპეციფიკური პროტეოლიზური დაშლის გაზრდის გარეშე.
შესწავლა და გრაფიკა: ©Cosenza-Contreras et al. 2024 წელი

მაღალი გამტარუნარიანობისა და სტანდარტიზებული პროტეომიკის სამუშაო პროცესების ჩართვა

უკონტაქტო ულტრაბგერითი ენერგიის მიწოდებისა და მთელი 96-ჭაბურღილის ფირფიტების პარალელური დამუშავების კომბინირებით, UIP400MTP მხარს უჭერს მაღალი გამტარუნარიანობის, სტანდარტიზებულ და ავტომატიზაციასთან თავსებად ნიმუშის მომზადებას. გამოქვეყნებულ კვლევაში, სისტემა წარმატებით იქნა ინტეგრირებული DIA-ზე დაფუძნებულ, TMT-ით მონიშნულ პროტეომიკის სამუშაო პროცესში, რომელიც გამოყენებული იყო პოლიკისტოზური თირკმლის დაავადების თაგვის მოდელზე.
ავტორები ასკვნიან, რომ მიკროფირფიტების ულტრაბგერითი გამოყენება სრულად თავსებადია თანამედროვე პროტეომიკასთან და საშუალებას იძლევა ენდოგენური პროტეოლიზის ანალიზი ჩატარდეს შრომატევადი ბიოქიმიური გამდიდრების ნაბიჯების გარეშე.

მეცნიერულად დადასტურებული გადაწყვეტილებებისადმი ერთგულება

“UIP400MTP-ის ჩართვა მკაცრ, რეცენზირებულ შედარებით კვლევაში ხაზს უსვამს Hielscher Ultrasonics-ის ეფექტურობას.’ მეცნიერულად დადასტურებული ნიმუშების მომზადების ტექნოლოგიების უზრუნველყოფისადმი ვალდებულება,” განაცხადა კომპანიის წარმომადგენელმა. “მომთხოვნი პროტეომიკის სამუშაო პროცესებში დამოუკიდებელი ვალიდაცია აუცილებელია ლაბორატორიებისთვის, რომლებიც ეძებენ საიმედო, რეპროდუცირებად და მასშტაბირებად გადაწყვეტილებებს.”
სრული კვლევა ხელმისაწვდომია ღია წვდომის პუბლიკაციის სახით Proteomics-ში (DOI: 10.1002/pmic.202300491).

ინფორმაცია მრავალჭაბურღიანი ფირფიტის სონიკატორის UIP400MTP-ის შესახებ აქ იპოვეთ!